Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) penanda DNA

Ramajid Hafizhasando1
1
Graduate Student UNNES
E-mail: hafizhasando1903@gmail.com

Abstract
Kemajuan ilmu pengetahuan biologi saat ini mulai merambah ke bidang molekuler. Bidang molekuler
sering menjadi acuan untuk menjawab permasalahan-permasalahan biologi yang selama ini tidak bisa
dijawab dengan cara analisis pengamatan biasa. Apalagi tingkat keakuratan dengan merujuk ke
molekuler sangat tinggi dibandingkan dengan cara yang konvensional. (PCR) telah menjadi salah satu
teknik molekuler yang paling umum digunakan untuk mengembangkan penanda DNA. penanda
RAPD adalah produk amplifikasi sekuens DNA anonim menggunakan primer oligonukleotida
tunggal, pendek dan menyeuruh, sehingga tidak memerlukan pengetahuan sebelumnya dari urutan
DNA. Biaya rendah, efisiensi dalam developing sejumlah besar penanda DNA dalam waktu singkat
dan kebutuhan untuk peralatan kurang canggih telah membuat teknik RAPD berharga meskipun
reproduksibilitas profil RAPD masih pusat perdebatan.

Keywords: RAPD, DNA, primer oligonukleotida.

PENDAHULUAN. dari penanda DNA. Utilitas penanda

Penggunaan Random Amplified
berbasis DNA umumnya ditentukan oleh
Polymorphic DNA adalah tekhnik analisis
teknologi yang digunakan untuk
DNA yang menjadi sangat populer akhir-
mengungkapkan polimorfisme berbasis
akhir ini. Pendekatan metoda ini berkenan
DNA. Kesederhanaan dan penerapan
dengan analisis buta DNA. Hal ini
teknik RAPD telah terpikat banyak
berdasarkan kenyataan bahwa metoda ini
kepentingan scientistsí. Mungkin alasan
tepat digunakan pada tingkat DNA. Metode
utama untuk keberhasilan analisis RAPD
RAPD itu sendiri melibatkan penggunaan
adalah keuntungan dari sejumlah besar
teknik polimerisasi DNA (Polymerase
penanda genetik yang memerlukan
Chain Reaction, PCR). (Evita, 2008).
sejumlah kecil DNA tanpa persyaratan
Kemajuan dalam teknik biologi
untuk kloning, sekuensing atau bentuk lain
molekuler telah memberikan dasar untuk
dari karakterisasi molekuler genom dari
mengungkap angka hampir tak terbatas
spesies yang bersangkutan. (fevzi, 2000).
PEMBAHASAN menentukan hubungan kekerabatan pada
bermacam-macam tanaman dan serangga
RAPD (Random Amplified Polymorphic hama. (Evita, 2008)
DNA) RAPD diistilahkan oleh William
RAPD dapat digunakan untuk dkk (1990) untuk Random Amplified
berbagai bidang diantaranya analisis
Polymorphic untuk menghasilkan berjuta-
keanekaragaman, hubungan antar juta kopi segmen DNA tertentu. Metoda
filogenetik, identifikasi dan perifikasi
ini mengandalkan menggunakan primer
galur, kesehatan dan epidemiologi, tunggal (oligo nukleotida sintetik) untuk
teknologi pangan dan ekologi molekuler,
mulai PCR. Istilah random agak kurang
juga dapat digunakan untuk penelitian tepat, hanya komponen random
bakteri, jamur, alga, serangga, tanaman dan
dimulainya pilihan primer untuk PCR,
manusia (Sentra Biosains Dinamika, 2005) karena primer tunggal memilih secara
Metoda RAPD merupakan metoda
random daerah-daerah genom urutan DNA
baru untuk mengidentifikasi sejumlah tertentu untuk amplifikasi dan biasanya
besar polimorfisme DNA pada genom
ditemukan dalam kisaran ukuran DNA 0,1
dengan cepat dan efisien. Tipe dan 3 kb.
polimorfisme ini membuat RAPD cocok
Random Amplified Polymorphic
untuk studi keanekaragaman genetik, DNA (RAPD) adalah suatu sistem deteksi
hubungan kekerabatan, peta genetik, sidik
molekuler yang berbasis PCR, salah satu
jari DNA.Sidik jari DNA banyak teknik molekuler untuk mendeteksi
digunakan untuk kasus paternity dan
keragaman DNA didasarkan pada
forensik. Metoda RAPD menggunakan
penggandaan DNA. RAPD juga
oligonukleotida pendek (biasanya 10 bp)
merupakan penanda DNA yang
sebagai primer yang akan berikatan memanfaatkan primer acak oligonukleotida
dengan bagian (sites) komplemennya .
pendek (dekamer) untuk mengamplifikasi
Metoda RAPD digunakan untuk DNA genom organisme (Cheema dan Pant.
mendeteksi polimorfisme DNA yang
2013).
digunakan sebagai genetik marker dan
Mekanisme kerja RAPD dipisahkan menurut ukurannya secara
William et all (1990) dalam elektroforesis pada gel agarosa dan
Vierling dan Nguyen berhasil melakukan divisualisasi melalui pewarnaan dengan
amplifikasi segmen DNA dengan etidium bromide. Primer tunggal ini akan
menggunakan primer tunggal menginisisasi proses amplifikasi daerah-
dekanukleotida berisi basa GC sebanyak daerah DNA genom tertentu secara
50% atau lebih dengan urutan basa yang random.
terdistribusi acak. Penemuan ini dikenal Kunci RAPD bahwa primer yang
sebagai penanda RAPD. Primer yang digunakan dengan urutan acak, primer
berukuran pendek menempel pada daerah tidak spesifik untuk gen tertentu atau
penempelan primer yang tersebar acak dengan urutan tertentu dan mengikat DNA
pada daerah di sepanjang DNA genom. komplemennya dari bermacam-macam
Polimorfisme di daerah tersebut specimen DNA. Primer yang digunakan
menghasilkan perbedaan amplifikasi. tunggal dan menganealing tempat
Welsh dan Mc Clelland (1990) pelekatan primer (priming site) dengan
menyatakan bahwa larik DNA yang arah yang berlawanan untuk terjadinya
dihasilkan dapat digunakan sebagai amplifikasi.
penanda molekul karena pola yang Primer menentukan daerah genom
dihasilkan memiliki karakteristik. tertentu. mana yang akan diamplifikasi melalui
Pekerjaan RAPD melibatkan tekhnik PCR. Walaupun factor lain pada metoda ini
Polymerase Chain Reaction (PCR). termasuk waktu denaturasi, waktu
Amplifikasi DNA, dengan PCR extension dapat mempengaruhi banyak
menghasilkan banyak kopi segmen DNA. hasil, Urutan primer yang digunakan dalam
Pekerjaan ini menggunakan primer analisis ini panjangnya dapat bervariasi,
sintetik yang ukurannya pendek kadang dipakai sebagai standar universal.
(oligonukleotida) adalah urutan- urutan Primer 10 mer paling sering digunakan.
nukleotida yang dikenali oleh primer yang Tergantung pada daerah pelekatan primer
selanjutnya ini disebut lokus RAPD. yang komplemen yang dicampuri pada
Produk amplifikasi yang dihasilkan dapat genom individu tersebut dan panjangnya
urutan DNA yang diintervensi, primer
mengamplifikasi 0 sampai 30 produk
amplifikasi. Beratus-ratus primer RAPD
tersedia secara komersial dari Tekhnologi
Operon Inc. Alameda dan beberapa primer
digunakan secara bebas. Banyak penanda
polimorfisme bisa diidentifikasi. Spesies
yang berbeda dapat menunjukkan tingkat
polimorfisme yang berbeda, sebanding
dengan variasi lokus RAPD dan jumlah
lokus yang diamplifikasi.
Prinsip kerja dari metode PCR
RAPD adalah mengaplikasikan PCR
dengan cara mengamplifikasi urutan
nukleotida dengan menggunakan primer
acak. Primer yang digunakan adalah
oligonukleotida yang terdiri dari 5–10
nukleotida. Keunggulan dari teknik PCR
RAPD adalah hanya dibutuhkan kuantitas
sampel DNA yang sedikit, hemat biaya,
mudah dipelajari, dan primer yang mudah
didapatkan. Sedangkan kelemahannya
adalah tingkat reproduksibilitasnya rendah,
sensitif terhadap variasi konsentrasi DNA,
dan memerlukan optimasi suhu dan primer
pada saat pengujian (Azrai, 2005,
McPherson & Møller, 2006).
Prinsip teknik RAPD didasarkan
pada kemampuan primer menempel pada
cetakan DNA. Primer yang didesain berupa
primer tunggal pendek agar dapat
menempel secara acak pada DNA genom
organisme. Dengan demikian akan terdapat
banyak pola fragmen DNA. Perbedaan ini
dapat dilihat dengan adanya pola pita pada
gel agarosa setelah diWarnai dengan
pewarnaan DNA seperti etidjum bromide.
Di samping ditentukan oleh ada tidaknya
situs penempelan primer, keberhasilan
teknik ini ditentukan juga oleh kemurnian
dan keutuhan DNA cetakan. DNA cetakan
yang tidak murni akan mengganggu
penempelan primer pada situsnya dan akan
menghambat aktifitas enzim polymerase
DNA. Enzim ini berfungsi untuk
melakukan polimerisasi DNA. Sedangkan '
DNA cetakan yang banyak mengalami
fragmentasi dapat menghilangkan situs
penempelan primer. (Amin.S, 2011)
Kelebihan dan kekurangan RAPD
Kelebihan RAPD penanda
1. Mudah dan cepat dapat diselesaikan
dalam waktu empat sampai lima jam.
2. tidak ada informasi urutan sebelum
diperlukan untuk primer merancang.
 3. Ketiga adalah RAPD dapat dilakukan 7. Menentukan berapa banyak
bahkan dengan beberapa gram nano spesies yang dikumpulkan di
suatu daerah
DNA.
8. Membantu mengenal karakter
Kekurangan RAPD penanda morfologi untuk
membedakan bermacam-macam
1. Reproduktifitas rendah sebagai primer
spesies.
yang pendek dan berakhir suhu
9. Membantu menetapkan suatu spesies
amplikon nonspesifik terlalu rendah
10. Mengiidentifikasi etahui
hasil tidak selalu direproduksi.
keanekaragaman genetik suatu
2. RAPD penanda dominan yang mereka organisme
tidak bisa membedakan antara individu 11. Konstruksi peta genetic suatu
homozigot dan heterezygout. organisme

3. Memerlukan optimasi suhu dan primer Metoda RAPD dapat diaplikasikan

pada saat pengujian. pada berbagai bidang ilmu. Salah satu
contohnya pada bidang ekologi molekuler,
Aplikasi RAPD dalam menjelaskan
fenomena Biologi termasuk menentukan identitas taksonomi.

Analisis RAPD sangat membantu Beberapa polimorfisme dalam penelitian

memecahkan masalah taksonomi dan populasi dapat digunakan untuk membuat

biologi populasi organisme. RAPD peta pautan pada organisme yang sama

digunakan untuk :
PENUTUP
1. Pendeteksian polimorfisme pada
parasitoid Penanda RAPD telah menemukan
berbagai aplikasi dalam pemetaan gen,
2. Pola pewarisan dengan marker RAPD
genetika populasi, genetika evolusi
3. Pemeriksaan asal populasi
molekuler dan tanaman dan peternakan.
4. Pemetaan genom local dan global
suatu spesies Hal ini terutama karena kecepatan, biaya

5. Asal geografi seranggga hama dan efisiensi teknik RAPD untuk

menghasilkan sejumlah besar penanda
6. Diagnosis spesies yang saling
berhubungan dalam waktu singkat dibandingkan dengan
metode sebelumnya. Oleh karena itu, Cheema, S.A. 2010. India-IranRelations:
Progress, Challenges and Prospects,’
teknik RAPD dapat dilakukan di
India Quarterly, vol. 66, no. 4, pp.
laboratorium moderat untuk sebagian besar 383-396.
aplikasi. Meskipun masalah
Evita. A. 2008. Random Amplified
reproduktifitas, metode RAPD mungkin Polymorphic DNA (RAPD), Suatu
Metode Analisis DNA Dalam
akan menjadi penting selama teknik
Menjelaskan Berbagai Fenomena
berbasis DNA lainnya tetap tersedia dalam Biologi. Journal Biospecies Volume
1 No 2, Juni, hllm 73 - 76
hal biaya, waktu dan tenaga kerja

Fevzi B. 2001. Random Amplified

DAFTAR PUSTAKA
Akram A. Abu Seadah, Mohey Eldin El
Shikh. 2007. RAPD typing of
Aspergillus chevalieri, Aspergillus
nidulans, Aspergillus tetrazonus
(quadrilineatus) and their
teleomorphs using and primers.
Springer Science.
Amin.S, 2011. Keanekaragaman Hayati.
Universitas Brawijaya Press:
Malang.
B. Arnholdt-Schmitt. 2000. RAPD
analysis: a method to investigate
aspects of the reproductive biology
of Hypericum perforatum L. Theor
Appl Genet
Campbell. 2002. Biologi. edisi kelima,
jilid 1 (terjemahan). Penerbit
Erlangga. Jakarta
Polymorphic DNA (RAPD)
Markers. Journal Cumhuriyet
University, Faculty of Arts and
Science, Department of Biology,
58140, Sivas-TURKEY
Welsh, J. dan Mc Clelland, M. genom
1990. Sidik Jari menggunakan PCR
dengan primer sewenang-wenang.
Asam Nukleat Res., 18, 7213-7218
Williams.et.al. 1990. Polimorfisme SV
DNA diamplifikasi dengan primer
sewenang-wenang berguna sebagai
penanda genetik. Asam Nukleat
Res., 18, 6531-6535.
Zhiqiang. M. 2007. Genetic analysis of
Penthorum chinense Pursh. By
improved-RAPD and ISSR in
China. Electronic Journal of
Biotechnology