di mana huruf kapital mewakili molekul atau atom tertentu dan huruf kecil
mewakili jumlah masing-masing dalam rumus reaksi, konstanta kesetimbangan
diberikan oleh
di mana tanda kurung menunjukkan konsentrasi molekul. Laju reaksi maju (kiri
ke kanan dalam Persamaan (2-1) adalah
dimana kf adalah tetapan laju untuk reaksi maju. Demikian pula dengan laju
reaksi balik (kanan ke kiri dalam Persamaan (2-1) adalah
di mana kr adalah tetapan laju untuk reaksi balik. Pada kesetimbangan laju maju
dan mundur adalah sama, maka Tingkat maju / kurs balik 1. Dengan mengatur
ulang persamaan ini, kita dapat menyatakan konstanta kesetimbangan sebagai
rasio konstanta laju.
GAMBAR 2-21 Perbandingan reaksi pada kesetimbangan dan keadaan tunak. (a)
Dalam tabung reaksi, reaksi biokimia (A n B) pada akhirnya akan mencapai
kesetimbangan di mana laju reaksi maju dan mundur sama (seperti ditunjukkan
oleh panah reaksi dengan panjang yang sama). (B) Dalam jalur metabolisme
dalam sel, produk B umumnya akan dikonsumsi, dalam contoh ini dengan
konversi ke C. Jalur reaksi terkait berada pada kondisi tunak ketika laju
pembentukan zat antara (misalnya, B) sama dengan laju mereka. konsumsi.
Seperti yang ditunjukkan oleh panjang panah yang tidak sama, reaksi reversibel
individu yang membentuk jalur metabolisme tidak mencapai keseimbangan.
Selain itu, konsentrasi zat antara pada kondisi tunak berbeda dari apa yang akan
terjadi pada kesetimbangan.
Konsep keseimbangan kimia juga berlaku untuk pengikatan satu molekul dengan
molekul lainnya. Banyak proses seluler penting bergantung pada "reaksi"
mengikat seperti itu, yang melibatkan pembuatan dan pemutusan berbagai
interaksi non-kovalen daripada ikatan kovalen, seperti yang dibahas di atas.
Contoh umum adalah pengikatan ligan (mis., Hormon insulin atau adrenalin) ke
reseptornya pada permukaan sel, memicu respons biologis. Contoh lain adalah
pengikatan protein ke urutan spesifik pasangan basa dalam molekul DNA, yang
sering menyebabkan ekspresi gen di dekatnya. untuk menambah atau mengurangi
(Bab 11). Jika konstanta kesetimbangan untuk reaksi pengikatan diketahui,
stabilitas intraseluler dari kompleks yang dihasilkan dapat diprediksi. Untuk
mengilustrasikan pendekatan umum untuk menentukan konsentrasi kompleks
yang terkait secara nonkovalen, kami akan menghitung sejauh mana protein
terikat pada DNA dalam sebuah sel.
Paling umum, reaksi mengikat dijelaskan dalam hal konstanta disosiasi Kd, yang
merupakan kebalikan dari konstanta kesetimbangan. Untuk reaksi pengikatan
P+D. P PD di mana PD adalah kompleks spesifik dari protein (P) dan DNA
(D), konstanta disosiasi diberikan oleh
Reaksi khas di mana protein berikatan dengan sekuens DNA spesifik memiliki Kd
10 M, di mana M melambangkan molaritas, atau mol per liter (mol / L). Untuk
menghubungkan besarnya konstanta disosiasi ini dengan rasio intraseluler dari
DNA terikat, mari kita perhatikan contoh sederhana dari sel bakteri yang memiliki
volume 1,5 10 10 15 L dan mengandung 1 molekul DNA dan 10 molekul dari
Protein pengikat DNA P. Dalam hal ini, diberi Kd 10 M, 99 persen dari waktu
urutan DNA spesifik ini akan memiliki molekul protein yang terikat padanya, dan
1 persen dari waktu itu tidak akan, meskipun sel hanya mengandung 10 molekul
protein Jelas, P dan D berikatan sangat erat (memiliki afinitas tinggi),
sebagaimana tercermin oleh nilai rendah konstanta disosiasi untuk reaksi
ikatannya. 10
Ukuran besar makromolekul biologis, seperti protein, dapat mengakibatkan
ketersediaan beberapa permukaan untuk interaksi intermolekul komplementer.
Akibatnya, banyak makromolekul memiliki kapasitas untuk mengikat banyak
molekul lain secara bersamaan. Dalam beberapa kasus, reaksi yang mengikat ini
independen, dengan nilai Kd mereka sendiri yang konstan. Dalam kasus lain,
pengikatan molekul di satu situs pada makromolekul dapat mengubah bentuk tiga
dimensi dari situs yang jauh, sehingga mengubah interaksi pengikatan di situs
yang jauh. Ini adalah mekanisme penting di mana satu molekul dapat mengubah
(mengatur) aktivitas molekul kedua (mis., Protein) dengan mengubah
kapasitasnya untuk berinteraksi dengan molekul ketiga. Kami memeriksa
mekanisme pengaturan ini secara lebih rinci dalam Bab 3.
Konsentrasi ion hidrogen dalam suatu larutan dinyatakan secara konvensional sebagai
pH-nya, yang didefinisikan sebagai log negatif dari konsentrasi ion hidrogen. PH air murni
pada 25 ºC adalah 7:
Penting untuk diingat bahwa perbedaan 1 unit pH mewakili perbedaan sepuluh kali lipat
dalam konsentrasi proton. Pada skala pH, 7,0 dianggap netral: nilai pH di bawah 7,0
menunjukkan larutan asam (lebih tinggi [H]), dan nilai di atas 7,0 menunjukkan larutan
basa (basa). Misalnya, jus lambung, yang kaya akan asam klorida (HCl), memiliki pH
sekitar 1. [H] nya kira-kira satu juta kali lipat lebih besar dari sitoplasma dengan pH
sekitar 7. Meskipun sitosol sel biasanya memiliki pH sekitar 7,2, pH jauh lebih rendah
(sekitar 4,5) di bagian dalam lisosom, salah satu jenis organel dalam sel eukariotik.
Banyak enzim degradatif dalam fungsi lisosom secara optimal dalam lingkungan asam,
sedangkan aksi mereka dihambat di lingkungan yang hampir netral dari sitoplasma. Ini
menggambarkan bahwa pemeliharaan pH tertentu sangat penting untuk berfungsinya
beberapa struktur seluler. Di sisi lain, perubahan dramatis dalam pH seluler mungkin
memainkan peran penting dalam mengendalikan aktivitas seluler. Misalnya, pH
sitoplasma telur landak laut yang tidak dibuahi adalah 6,6. Namun, dalam 1 menit
pembuahan, pH naik menjadi 7,2; yaitu, konsentrasi H menurun sekitar seperempat dari
nilai aslinya, suatu perubahan yang diperlukan untuk pertumbuhan dan pembelahan sel
telur selanjutnya.
Ion Hidrogen Dirilis oleh Asam dan Diambil oleh Basa
Secara umum, asam adalah molekul, ion, atau kelompok kimia apa pun yang
cenderung melepaskan ion hidrogen (H), seperti asam klorida (HCl) dan gugus
karboksil (OCOOH), yang cenderung berdisosiasi membentuk karboksilat
bermuatan negatif. ion (OCOO). Demikian juga, basa adalah setiap molekul, ion,
atau kelompok kimia yang siap bergabung dengan H, seperti ion hidroksil (OH),
amonia (NH3), yang membentuk ion amonium (NH4), dan gugus amino ( ONH2).
Ketika asam ditambahkan ke larutan air, [H] meningkat (pH turun). Sebaliknya,
ketika basa ditambahkan ke larutan, [H] menurun (pH naik). Karena [H] ditambah
dengan penurunan [OH 14] [OH 2] 10 M, setiap kenaikan [H], dan sebaliknya.
Banyak molekul biologis mengandung gugus asam dan basa. Sebagai contoh,
dalam larutan netral (pH 7,0), asam amino terutama ada dalam bentuk terionisasi
ganda di mana gugus karboksil kehilangan proton dan gugus amino telah
menerimanya:
di mana R mewakili rantai samping. Molekul semacam itu, yang mengandung ion
positif dan negatif dalam jumlah yang sama, disebut zwitterion. Zwitterions, tanpa
muatan bersih, bersifat netral. Pada nilai pH ekstrem, hanya satu dari dua
kelompok asam amino terionisasi ini yang akan diisi.
Reaksi disosiasi untuk asam (atau gugus asam dalam molekul yang lebih besar)
HA dapat ditulis sebagai Konstanta kesetimbangan untuk
reaksi ini, dilambangkan Ka (subskrip untuk "asam"), didefinisikan sebagai
Mengambil logaritma dari kedua sisi dan menata ulang
hasilnya menghasilkan hubungan yang sangat berguna antara konstanta
kesetimbangan dan pH:
▲ GAMBAR 2-22 Kurva titrasi asam asetat (CH3COOH). PKa untuk disosiasi
asam asetat menjadi Ion hidrogen dan asetat adalah 4,75. Pada pH ini, setengah
asam molekul terdisosiasi. Karena pH diukur pada logaritmik skala, larutan
berubah dari 91 persen CH3COOH pada pH 3,75 menjadi 9 persen CH3COOH
pada pH 5,75. Asam memiliki kapasitas buffering maksimum dalam kisaran pH
ini.
▲ GAMBAR 2-23 Kurva titrasi asam fosfat (H3PO4). Molekul yang ada di
mana-mana secara biologis ini memiliki tiga atom hidrogen yang berdisosiasi
pada nilai pH yang berbeda; dengan demikian, asam fosfat memiliki tiga nilai
pKa, seperti yang tercantum pada grafik. Area yang diarsir menunjukkan rentang
pH — dalam satu unit pH dari tiga nilai pKa — di mana kapasitas buffering asam
fosfat tinggi. Di wilayah ini penambahan asam (atau basa) akan menyebabkan
perubahan pH yang relatif kecil.
Pada nilai pH lebih dari satu unit di atas atau di bawah pKa, kapasitas buffer asam
lemah dan basa menurun dengan cepat. Dengan kata lain, penambahan jumlah
mol asam yang sama ke dalam larutan yang mengandung campuran HA dan A
dalam A yang berada pada pH dekat pKa akan menyebabkan perubahan pH yang
lebih sedikit daripada jika HA dan A tidak ada atau jika pH jauh dari nilai pKa.
Semua sistem biologis mengandung satu atau lebih buffer. Ion fosfat, bentuk asam
fosfat terionisasi, hadir dalam jumlah yang cukup besar dalam sel dan merupakan
faktor penting dalam mempertahankan, atau melindungi, pH sitoplasma. Asam
fosfat (H3PO4) memiliki tiga proton yang mampu terlepas, tetapi tidak
terdisosiasi secara bersamaan. Hilangnya masing-masing proton dapat
digambarkan oleh reaksi disosiasi diskrit dan pKa seperti yang ditunjukkan pada
Gambar 2-23. Kurva titrasi untuk asam fosfat menunjukkan bahwa pKa untuk
disosiasi proton kedua adalah 7,2. Jadi pada pH 7.2, sekitar 50 persen seluler
fosfat adalah H2PO4 dan sekitar 50 persen adalah HPO4 2 menurut persamaan
Henderson-Hasselbalch. Untuk alasan ini, fosfat adalah penyangga yang sangat
baik pada nilai pH sekitar 7,2, perkiraan pH sitoplasma sel, dan pada pH 7,4, pH
darah manusia.
Hubungan G dengan arah reaksi kimia dapat diringkas dalam tiga pernyataan:
■ Jika G negatif, reaksi maju (dari kiri ke kanan seperti tertulis) akan cenderung
terjadi secara spontan.
■ Jika G positif, reaksi balik (dari kanan ke kiri seperti yang tertulis) akan
cenderung terjadi.
■ Jika G adalah nol, reaksi maju dan mundur terjadi dengan laju yang sama;
reaksi berada pada kesetimbangan.
Perubahan energi bebas standar dari reaksi Gº adalah nilai perubahan energi bebas
dalam kondisi 298 K (25 ºC), tekanan 1 atm, pH 7,0 (seperti dalam air murni), dan
konsentrasi awal 1 M untuk semua reaktan dan produk kecuali proton, yang
disimpan pada 10 -7 M (pH 7,0). Sebagian besar reaksi biologis berbeda dari
kondisi standar, terutama dalam konsentrasi reaktan, yang biasanya kurang dari 1
M.
Energi bebas dari suatu sistem kimia dapat didefinisikan sebagai G H TS, di mana
H adalah energi ikatan, atau entalpi, dari sistem; T adalah suhunya dalam derajat
Kelvin (K); dan S adalah entropi, ukuran keacakan atau kelainannya. Jika suhu
tetap konstan, reaksi berlangsung secara spontan hanya jika perubahan energi
bebas G dalam persamaan berikut negatif:
Dalam reaksi eksotermik, produk mengandung energi ikatan lebih sedikit daripada
reaktan, energi yang dibebaskan biasanya diubah menjadi panas (energi gerak
molekuler), dan H negatif. Dalam reaksi endotermik, produk mengandung lebih
banyak energi ikatan daripada reaktan, panas diserap, dan H positif. Efek
gabungan dari perubahan entalpi dan entropi menentukan apakah G untuk reaksi
positif atau negatif. Reaksi eksotermik (H0) di mana entropi meningkat (S0)
terjadi secara spontan (G0). Reaksi endotermik (H0) akan terjadi secara spontan
jika S meningkat cukup sehingga istilah TS dapat mengatasi positif H.
Banyak reaksi biologis menyebabkan peningkatan urutan, dan dengan demikian
penurunan entropi (S 0). Contoh nyata adalah reaksi yang menghubungkan asam
amino bersama untuk membentuk protein. Suatu solusi dari molekul protein
memiliki entropi yang lebih rendah daripada larutan dari asam amino yang sama
yang tidak terhubung, karena pergerakan bebas dari setiap asam amino dalam
suatu protein dibatasi ketika ia terikat pada rantai panjang. Seringkali sel
mengkompensasi penurunan entropi dengan "menggabungkan" reaksi sintetik
seperti itu dengan reaksi independen yang memiliki G sangat sangat negatif (lihat
di bawah). Dengan cara ini sel dapat mengubah sumber energi di lingkungan
mereka menjadi pembangunan struktur yang sangat terorganisir dan jalur
metabolisme yang penting untuk kehidupan.
Perubahan aktual dalam energi bebas G selama reaksi dipengaruhi oleh suhu,
tekanan, dan konsentrasi awal reaktan dan produk dan biasanya berbeda dari Gº.
Sebagian besar reaksi biologis — seperti yang lain yang terjadi dalam larutan
berair — juga dipengaruhi oleh pH larutan. Kita dapat memperkirakan perubahan
energi bebas untuk suhu dan konsentrasi awal yang berbeda, menggunakan
persamaan.
di mana R adalah konstanta gas 1,987 kal / (derajat · mol), T adalah suhu (dalam derajat
Kelvin), dan Q adalah rasio awal produk terhadap reaktan. Untuk reaksi A + B -> C, di
mana dua molekul bergabung membentuk yang ketiga, Q dalam Persamaan 2-7 sama
dengan [C] / [A] [B]. Dalam hal ini, peningkatan konsentrasi awal [A] atau [B] akan
menghasilkan nilai negatif besar untuk G dan dengan demikian mendorong reaksi ke
arah pembentukan lebih banyak C.
Terlepas dari Gº untuk reaksi biokimia tertentu, ia akan diproses secara spontan di dalam
sel hanya jika G negatif, mengingat konsentrasi reaktan dan produk intraseluler yang
biasa. Sebagai contoh, konversi gliseraldehida 3-fosfat (G3P) menjadi dihidroksiaseton
fosfat (DHAP), dua zat antara dalam pemecahan glukosa,
memiliki Gº 1840 cal / mol. Jika konsentrasi awal G3P dan DHAP sama, maka G
Gº, karena RT ln 1 0; dalam situasi ini, reaksi reversibel G3P -> DHAP akan
berlanjut ke arah pembentukan DHAP sampai kesetimbangan tercapai. Namun,
jika [DHAP] awal adalah 0,1 M dan [G3P] awal adalah 0,001 M, dengan kondisi
lain yang standar, maka Q dalam Persamaan 2-7 sama dengan 0,1 / 0,001 = 100,
memberikan G 887 kal / mol . Dalam kondisi ini, reaksi akan berlanjut ke arah
pembentukan G3P.
G untuk suatu reaksi tidak tergantung pada laju reaksi. Memang, dalam kondisi
fisiologis yang biasa, sedikit, jika ada, dari reaksi biokimia yang diperlukan untuk
mempertahankan kehidupan akan terjadi tanpa mekanisme untuk meningkatkan
laju reaksi. Seperti yang kami jelaskan di Bab 3, laju reaksi dalam sistem biologis
biasanya ditentukan oleh aktivitas enzim, katalis protein yang mempercepat
pembentukan produk dari reaktan tanpa mengubah nilai G.
di hampir semua organisme, adenosin trifosfat, atau ATP, adalah molekul paling
penting untuk menangkap, menyimpan sementara, dan selanjutnya mentransfer
energi untuk melakukan pekerjaan (mis., biosintesis, gerakan mekanis). Energi
yang berguna dalam molekul ATP terkandung dalam ikatan fosfoanhidrida, yang
merupakan ikatan kovalen yang terbentuk dari kondensasi dua molekul fosfat oleh
hilangnya air:
Alasan utama perbedaan ini adalah ATP dan hidrolisisnya produk ADP dan Pi
sangat bermuatan pada pH netral. Selama sintesis ATP, input energi yang besar
diperlukan untuk memaksa muatan negatif dalam ADP dan Pi bersamaan.
Sebaliknya, banyak energi dilepaskan ketika ATP dihidrolisis menjadi ADP dan
Pi. Sebagai perbandingan, pembentukan ikatan fosfoester antara hidroksil yang
tidak bermuatan dalam gliserol dan Pi membutuhkan lebih sedikit energi, dan
lebih sedikit energi yang dilepaskan ketika ikatan ini dihidrolisis. Sel telah
berevolusi mekanisme yang dimediasi protein untuk mentransfer energi bebas
yang dilepaskan oleh hidrolisis ikatan fosfanhidrida ke molekul lain, sehingga
mendorong reaksi yang jika tidak secara energetik tidak menguntungkan.
Misalnya, jika G untuk reaksi B C On D positif tetapi kurang dari G untuk
hidrolisis ATP, reaksi dapat didorong ke kanan dengan menyambungkannya
dengan hidrolisis ikatan terminal phosphoanhydride di ATP. Dalam satu
mekanisme umum dari penggabungan energi semacam itu, sebagian energi yang
tersimpan dalam ikatan fosfanhidrida ditransfer ke salah satu reaktan dengan
memutus ikatan dalam ATP dan membentuk ikatan kovalen antara gugus fosfat
yang dilepaskan dan salah satu reaktan. Intermediate terfosforilasi yang dihasilkan
dengan cara ini kemudian dapat bereaksi dengan C untuk membentuk D Pi dalam
reaksi yang memiliki G negatif:
Reaksi keseluruhan
di mana [Cin] adalah konsentrasi awal zat di dalam sel dan [Cout] adalah
konsentrasi di luar sel. Kita dapat melihat dari Persamaan 2-10 bahwa G positif
untuk pengangkutan suatu zat ke dalam sel terhadap gradien konsentrasinya
(ketika [Cin] [Cout]); energi untuk menggerakkan transportasi "menanjak" seperti
itu sering kali dipasok oleh hidrolisis ATP. Sebaliknya, ketika suatu zat bergerak
ke bawah gradien konsentrasi ([Cout] [Cin]), G negatif. Transport “menurun”
seperti itu melepaskan energi yang dapat digabungkan dengan reaksi yang
membutuhkan energi, katakanlah, pergerakan zat lain yang menanjak melintasi
membran atau sintesis ATP itu sendiri (lihat Bab 7).
Jelas, untuk terus berfungsi sel harus terus-menerus mengisi kembali pasokan ATP
mereka. Sumber energi awal yang energinya pada akhirnya diubah menjadi ikatan
fosfananhidrida ATP dan ikatan dalam senyawa lain di hampir semua sel adalah
sinar matahari. Dalam fotosintesis, tanaman dan mikroorganisme tertentu dapat
memerangkap energi dalam cahaya dan menggunakannya untuk mensintesis ATP
dari ADP dan Pi. Sebagian besar ATP yang diproduksi dalam fotosintesis
dihidrolisis untuk menyediakan energi untuk konversi karbon dioksida menjadi
gula enam-karbon, sebuah proses yang disebut fiksasi karbon:
Pada hewan, energi bebas dalam gula dan molekul lain berasal dari makanan
dilepaskan dalam proses respirasi. Semua sintesis ATP dalam sel-sel hewan dan
dalam mikroorganisme nonfotosintetik dihasilkan dari transformasi kimiawi
senyawa yang kaya energi dalam makanan (mis., Glukosa, pati). Kami membahas
mekanisme fotosintesis dan respirasi seluler pada Bab 8.
Oksidasi lengkap glukosa untuk menghasilkan karbon dioksida
memiliki Gº 686 kkal / mol dan merupakan kebalikan dari fiksasi karbon
fotosintesis. Sel menggunakan serangkaian reaksi yang dikatalisis oleh enzim
untuk menggabungkan metabolisme 1 molekul glukosa dengan sintesis sebanyak
30 molekul ATP dari 30 molekul ADP. Degradasi (katabolisme) yang bergantung
pada oksigen (aerob) ini glukosa adalah jalur utama untuk menghasilkan ATP di
semua sel hewan, sel tumbuhan nonfotosintetik, dan banyak sel bakteri. Energi
cahaya yang ditangkap dalam fotosintesis bukan satu-satunya sumber energi kimia
untuk semua sel. Mikroorganisme tertentu yang hidup di ventilasi laut dalam, di
mana sinar matahari benar-benar tidak ada, mendapatkan energi untuk mengubah
ADP dan Pi menjadi ATP dari oksidasi senyawa anorganik yang berkurang.
Senyawa tereduksi ini berasal dari pusat bumi dan dilepaskan pada ventilasi.
NAD + dan FAD Pasangan Banyak Reaksi Oksidasi dan Pengurangan
Biologis
Dalam banyak reaksi kimia, elektron ditransfer dari satu atom ke molekul lain;
pemindahan ini mungkin atau tidak bisa menyertai pembentukan ikatan kimia
baru. Hilangnya elektron dari atom atau molekul disebut oksidasi, dan penguatan
elektron oleh atom atau molekul disebut reduksi. Karena elektron tidak diciptakan
atau dihancurkan dalam reaksi kimia, jika satu atom atau molekul teroksidasi,
yang lain harus dikurangi. Sebagai contoh, oksigen menarik elektron dari ion Fe
2+ (besi) untuk membentuk ion Fe 3+ (besi), suatu reaksi yang terjadi sebagai
bagian dari proses dimana karbohidrat terdegradasi dalam mitokondria. Setiap
atom oksigen menerima dua elektron, satu dari masing-masing dua ion Fe 2+:
Untuk menggambarkan reaksi redoks, seperti reaksi ion besi (Fe 2+) dan oksigen
(O2), paling mudah untuk membaginya menjadi dua reaksi setengah:
Nilai E untuk molekul atau atom dalam kondisi standar adalah potensial reduksi
standarnya E0. Molekul atau ion dengan E0 positif memiliki afinitas yang lebih
tinggi untuk elektron daripada ion H dalam kondisi standar. Sebaliknya, molekul
atau ion dengan E0 negatif memiliki afinitas yang lebih rendah untuk elektron
daripada ion H + dalam kondisi standar. Seperti nilai Gº, potensi reduksi standar
mungkin agak berbeda dari yang ditemukan di bawah kondisi dalam sel karena
konsentrasi reaktan dalam sel tidak 1 M.
Dalam reaksi redoks, elektron bergerak secara spontan ke arah atom atau molekul
yang memiliki potensi reduksi lebih positif. Dengan kata lain, suatu senyawa yang
memiliki potensi reduksi yang lebih negatif dapat mentransfer elektron ke (yaitu,
mereduksi) senyawa dengan potensi reduksi yang lebih positif. Dalam jenis reaksi
ini, perubahan potensial listrik E adalah jumlah dari reduksi dan potensial oksidasi
untuk dua setengah reaksi. E untuk reaksi redoks terkait dengan perubahan energi
bebas G dengan ekspresi berikut:
di mana n adalah jumlah elektron yang ditransfer. Perhatikan bahwa reaksi redoks
dengan nilai E positif akan memiliki G negatif dan karenanya cenderung bergerak
dari kiri ke kanan.