BAB II

PEMBAHASAN

A. MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT

Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin menjadi
urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA
bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template), tetapi
identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA
strand/nontemplate strand). Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana
berikut ini: 5’-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA
pengkode

3’-TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5’ Untaian DNA cetakan

Transkripsi

5’-AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA UUU -3’ RNA hasil transkripsi

Perlu diingat bahwa pada struktur RNA tidak ada nukleotida T (thymine),
karena struktur T digantikan oleh U (uracil). Nukleotida T dan U mempunyai
cincin yang serupa yaitu cincin pirimidin, tetapi pada basa T ada gugus metil
(CH3) pada atom C nomor 5, sedangkan pada basa U tidak ada gugus metil.

Secara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa dengan

transkripsi pada eukaryot, meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda
antara kedua system tersebut. Pada prokaryot, transkripsi dimulai dengan
penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen. pada
awal penempelan, RNA polimerase masih belum terikat secara kuat dan struktur
promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter complex). Selanjutnya,
RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada
bagian promoter mulai terbuka (membentuk struktur open promoter complex).
Pada prokaryot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah
promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain. Dalam proses
penempelan promoter tersebut, subunit σ berperan dalam menemukan bagian
promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel. Diduga, proses
pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan
enzim tersebut secara tidak spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya, RNA
polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu
promoter. Struktur khas tersebut berupa suatu kelompok ikatan hydrogen anatara
kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10. kecepatan suatu polimerase dalam
menemukan promoter diperkirakan mencapai 1.000 pasangan basa per detik.

Setelah RNA polimerase menempel pada promoter, subunit σ melepaskan

diri dari struktur holoenzim. Pelepasan subunit σ biasanya terjadi setelah
terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. RNA polimerase inti yang
sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak
lepas. Ikatan ini sangat penting dalam proses transkripsi selesai.

B. MEKANISME TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT

Terdapat perbedaan antara proses transkripsi dan translasi antara prokariot

dan eukariot. Proses transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks
daripada prokariot, termasuk beberapa intermediet tingkat prosesing mRNA. Pada
eukariot tidak dapat terjadi proses transkripsi dan translasi secara bersamaan.
Transkripsi terjadi di dalam nucleus dan translasi terjadi dalam sitoplasma.

mRNA pada eukariot berasal dari gen transkripsi primer, yang terbentuk
melalui beberapa proses.Pross tersebut meliputi:

1.pemotongan dari sebagian besar mRNA precursor (pre-mRNA) untuk

smaller molekul mRNA.

2.penambahan kelompok 7-metil quanosine (mRNA “caps”) untuk ujung 5’

yang terakhir dari molekul.
 3.penambahanya kira-kira 200 nukleotida yang panjang urutannya dari
adenylate nucleotides (poly-A tail) pada ujung 3’ yang terakhir dari suatu
molekul.

4.mebentuk suatu komplek dengan suatu protein khusus.

Kodon dan anti kodon terletak diantara urutan kode-kode genetika.

Transkripsi gen individual mungkin juga mengalami proses dari keempat tipe
proses tersebut, baik hanya sebagian maupun keseluruhannya. Tidak semua
mRNA mengandung 5’ cap dan poly A-tail. Kerana akan kesulitan dalam
menentukan fungsinya dari modifikasi dari posttrankripsi.

Heterogeneous nuclear RNA adalah RNA yang disintesis di dalam inti sel
yang terdiri atas molekul yang berukuran besar dan ukurannya berubah-ubah. Pre-
mRNA dalam nucleus segera melakukan transkripsi yang akan menghasilkan:

bagian terbesar dari sintesis RNA nonribosom dalam nucleus

pembentukan dari molekul smaller mRNA yang mengangkut ke

sitoplasma

Proses pembentukan molekul mRNA akan dihasilkan gen transkripsi dalam

eukariot. Proses ini berasal dari pemotongan antikodon yang menghalangi urutan
atau intron di antara urutan kode m-RNA dari virus prokariotik yang urutan-
urutannya dimulai dari 5” pada translasi kodon dari m-RNA.

Perbedaan Transkripsi Pada Prokariot Dan Transkripsi Pada Eukariot

Transkripsi Pada Prokariot

1. Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali

(promoter); bagian struktural dan terminator. Promoter merupakan
bagian gen yang berperanan dlm mengendalikan proses transkripsi dan
terletak pada ujung 5’.
 Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah
bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter.
Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik)
yg akan ditranskripsi.
Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian
struktural yg berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi.
Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase
agar menghentikan proses transkripsi. Proses terminasi transkripsi pd
prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu 1) terminasi yg
ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan 2)
diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.

2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh :

operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa
pada bakteri Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu
promotor mengendalikan seluruh gen struktural.

3. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa

kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA
polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari
satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan
demikian, masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen
dari satu untaian mRNA yg sama.

4. Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi
translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi
(kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi
rangkaian asam amino.
Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut
akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh
tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada
intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu.
 5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA
di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang
membedakan dengan eukariot)

6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara

serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah
dpt dimulai.

7. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida

komplementer dengan cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka
hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yg ditranskripsi adalah
untai ganda, namun yang berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu
untaiannya

8. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:

1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),

2) pemanjangan

3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Transkripsi pada eukariot

1. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg

mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA
polimerase I);
Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara
(spacer promoter) dan promoter utama. Gen kelas II : meliputi semua gen
yg mengkode protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm
nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II); Promoter gen kelas II
terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yg terletak pd
daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir (downstream) yg terletak
disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen
 hulu (upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5S
rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh
RNA polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu
cluster dan berulang

2. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan

seluruh gen struktural.

3. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg

dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA
hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam
polipeptida).

4. Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang

sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron.

5. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai

mekanisme pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh
proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA
polimerase pd daerah promoter. RNA polimerase eukariot tidak
menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter, melainkan
melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut faktor transkripsi
(transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu : (1) TF umum dan (2)
TF yg khusus untuk suatu gen. TF umum dalam mengarahkan RNA
polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF,
TFIIH, TFIIJ.

6. Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara

serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi
berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda
waktu antara transkripsi dengan translasi, yg disebut sebagai fase pasca-
transkripsi.
Pada fase ini, terjadi proses :

1) Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);

2) Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA);
3) Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA dan
4) Penyuntingan mRNA

7. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang

mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode
urutan spesifik (intron).

BIOLOGI MOLEKULER VETERINER

 PERBEDAAN TRANSKRIPSI
PROKARIOT DAN EUKARIOT

Disusun Oleh:
Fachrian Dwi Armanda 115130101111050

PROGRAM KEDOKTERAN HEWAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2012
BIOLOGI MOLEKULER VETERINER
PERBEDAAN TRANSKRIPSI
PROKARIOT DAN EUKARIOT

Disusun Oleh:
Agdila okke k. 115130107111016

PROGRAM KEDOKTERAN HEWAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2012