Tutorial Kimia Medisinal

1. Pencarian Data Aktivitas Biologis

Data aktivitas biologis senyawa uji dicari melalui pencarian literatur. Data
aktivitas biologis senyawa uji berupa IC50 diperoleh dari hasil penelitian secara
in vivo maupun secara in vitro.
2. Penentuan Parameter Sifat Fisikokimia menggunakan Software Chemdraw
dan Chem3D
Struktur molekul 2D diunduh dari Pubchem atau digambar menggunakan
software Chemdraw dan dibuat pemodelan secara 3D menggunakan software
Chem3D kemudian dilakukan penetuan sifat fisikokimia, antara lain:
2.1.Koefisien Partisi (Log P) dan Molar Refractivity (MR)
Senyawa dalam model 2D menggunakan software Chemdraw di block
kemudian lakukan perintah klik view, lalu akan muncul kotak dialog show
molecule properties windows nilai Log p dan MR muncul. Lakukan
interpretasi hasil.
2.2.Menentukan Kemiripan Struktur Senyawa Uji dengan Overlaying
Overlay senyawa uji terhadap ligan alaminya dilakukan dalam pemodelan
3D dengan menggunakan program Chem3D. Buka file ligan.pdb yang
sudah dipisahkan dari proteinnya, buka file senyawa uji, pada menu Tool
(Chem3D), kemudian pilih Deselect show H’s and Lp’s. Pada menu View,
pilih submenu Setting, kemudian klik Atom display, klik Serial Number.
Setelah itu pasangkan senyawa uji dengan senyawa pemandu dengan cara
klik tombol “A” pada atom C nomer tertentu dari senyawa uji, kemudian
tekan tombol shift pada keyboard dan klik pada atom C nomer tertentu dari
senyawa pemandu, kemudian pada menu object dipilih menu set distance.
Langkah tersebut diulangi untuk untuk setiap pasangan atom-atom C
lainnya. Klik View pada submenu Setting pilih Atom Labels dan Deselect
Serial Number tekan OK. Langkah selanjutnya pada menu Tools pilih
submenu Overlay ketikkan Min RMS error 0,100 ; Min RMS Gradien 0,010
tekan Start. Lakukan interpretasi hasil.

Tutorial Kimia Medisinal – Created by Taufik Muhammad Fakih 1

3. Optimasi Geometri menggunakan Software Gaussian 09
Dilakukan menggunakan software Gaussian 09 dibuat model 3D struktur
senyawa uji menu Calculate pilih Gaussian Calculate Setup pada menu Job
Type lalu pilih Optmization. Pada menu Method pilih Density Functional
Theory dengan metode B3LYP dan basis set 3-21G. Pada menu LinkO klik pada
kotak Read-Write File pilih Default name kemudian Submit. Lakukan
interpretasi hasil.
4. Energi Ikatan (HOMO-LUMO) menggunakan Software Gaussian 09
Buka file senyawa uji yang telah mengalami proses optimasi dengan format file
.chk. Pada menu Edit, pilih submenu MOs. Lakukan interpretasi hasil.
5. Validasi Metode Molecular Docking menggunakan Software
AutodockTools v.4.2.3
5.1.Persiapan Reseptor
Simpan semua berkas dalam satu folder ex: AutoGrid4, AutoDock4, File
Protein, dan File Ligan. Buka program AutodockTools v.4.2.3 Lakukan Set
keseluruhan folder dalam menu File, klik Preferences lalu Set. Muncul
kotak dialog klik Startup Directory, Make Default pilih file yang
menyimpan semua berkas dalam satu folder tekan Set. Klik File read
molecule, Open protein, Edit, Hidrogen tambahkan hanya yang polar tekan
Ok. Klik Menu Edit, Charge, Add Kollman Charges tekan Ok. Klik Grid,
Macromolecule, Choose Molekul, Select simpan berkas dalam format
PDBQT.
5.2.Persiapan Ligan
Dari menu AutodockTools Klik Ligand, Input, open pilih berkas ligan yang
akan digunakan Klik Ligand kemudian Torsion Tree, Klik Detect Root,
Choose Torsions, pilih Make Amide Bonds Rotatable, tekan Ok. Klik
MenuEdit, Charge, Compute Gasteiger tekan Ok. Klik Ligand, Output
kemudian Save as PDBQT.
5.3.Pembuatan Berkas Grid Parameter
Berkas Grid parameter dilakukan dengan klik menu Grid, Macromolecule
Open Protein, klik Grid, Set Map Type, Choose Ligand, pilih berkas ligand
kemudian Select Ligand. Masih pada menu klik Grid, pilih Grid Box

Tutorial Kimia Medisinal – Created by Taufik Muhammad Fakih 2

 Tentukan pusat kotak pencarian dengan perintah Grid Option, Center,
Center On Ligand. Tentukan banyaknya titik pada masing-masing sisi kotak
pencarian dengan memutar tombol pada posisi X,Y, dan Z sehingga terlihat
kotak berwarna merah, biru, dan hijau berubah. Kotak ini harus melingkupi
daerah situs pengikatan, dan ukurannya lebih besar dari ligan. Simpan
berkas parameter Grid dengan menyimpan berkas Output dalam format .gpf.
Menjalankan program AutoGrid klik Run AutoGrid kemudian tekan
Launch.
5.4.Pembuatan Berkas Docking Parameter
Sama halnya berkas grid parameter dilakukan pula pembuatan berkas
docking parameter dengan klik menu Docking, Macromolecule, Set Rigid
Filename. Bukalah Ligan dengan klik menu Docking, Ligand, Choose,
Accept. Klik Docking kemudian Search Parameter pilih metode Genetic
Algorithm. Masih pada menu Docking, klik Docking Parameters, Accept.
Selanjutnya klik Docking simpan bekas Output dengan klik Lamarckian GA
(4.2). Menjalankan program AutoDock klik Run lalu pilih AutoDock
kemudian klik Launch tunggu kalkulasi sampai selesai.
5.5.Melihat Hasil Output Nilai RMSD Hasil Validasi
Klik menu Analyze tekan menu Docking Open file dalam format .dlg.
Kemudian klik Anlayze akan muncul kotak hasil berupa Clustering pilih
kurva yang paling tinggi klik Gambar (&) Show Info lalu tekan Ok. Buka
file hasil validasi (.dlg) dengan menggunakan notepad, klik Edit lalu pilih
Find (Ctrl + F), kemudian ketik RMSD, cari nilai RMSD kurang dari 2
dengan binding energy terendah
6. Simulasi Molecular Docking Senyawa Uji menggunakan Software
AutodockTools v.4.2.3
6.1.Persiapan Reseptor
Simpan semua berkas dalam satu folder ex: AutoGrid4, AutoDock4, File
Protein, dan File Senyawa Uji. Buka program AutodockTools v.4.2.3
Lakukan Set keseluruhan folder dalam menu File, klik Preferences lalu Set.
Muncul kotak dialog klik Startup Directory, Make Default pilih file yang
menyimpan semua berkas dalam satu folder tekan Set. Klik File read

Tutorial Kimia Medisinal – Created by Taufik Muhammad Fakih 3

 molecule, Open protein, Edit, Hidrogen tambahkan hanya yang polar tekan
Ok. Klik Menu Edit, Charge, Add Kollman Charges tekan Ok. Klik Grid,
Macromolecule, Choose Molekul, Select simpan berkas dalam format
PDBQT.
6.2.Persiapan Senyawa Uji
Dari menu AutodockTools Klik Ligand, Input, open pilih berkas senyawa
uji yang akan digunakan (senyawa uji yang telah mengalami proses
optimasi geometri). Klik Ligand kemudian Torsion Tree, Klik Detect Root,
Choose Torsions, pilih Make Amide Bonds Rotatable, tekan Ok. Klik
Ligand, Output kemudian Save as PDBQT. Buka file senyawa uji dalam
bentuk .pdbqt dengan notepad dan buka file senyawa uji yang telah
mengalami proses optimasi geometri dengan software Gaussian 09 dan
Avogadro. Software Gaussian 09 digunakan untuk melihat nilai muatan
atom-atom yang terdapat pada senyawa uji, dengan cara pilih menu Results,
pilih submenu Charge Distribution, klik Show Numbers, Close. Software
Avogadro digunakan untuk melihat posisi atom-atom yang terdapat pada
senyawa uji, dengan cara klik Display Settings, pilih Label. Kemudian edit
file senyawa uji dalam bentuk .pdbqt yang dibuka dengan notepad dengan
cara memasukkan nilai-nilai muatan atom dari senyawa uji yang telah
mengalami proses optimasi geometri.
6.3.Pembuatan Berkas Grid Parameter
Berkas Grid parameter dilakukan dengan klik menu Grid, Macromolecule
Open Protein, klik Grid, Set Map Type, Choose Ligand, pilih berkas ligand
kemudian Select Ligand. Masih pada menu klik Grid, pilih Grid Box
tentukan banyaknya titik pada masing-masing sisi kotak pencarian dengan
menyesuaikan tombol pada posisi X,Y, dan Z sehingga terlihat kotak
berwarna merah, biru, dan hijau berubah. Kotak ini harus sesuai dengan
besar Grid Box pada saat validasi metode molecular docking. Simpan berkas
parameter Grid dengan menyimpan berkas Output dalam format .gpf.
Menjalankan program AutoGrid klik Run AutoGrid kemudian tekan
Launch.

Tutorial Kimia Medisinal – Created by Taufik Muhammad Fakih 4

6.4.Pembuatan Berkas Docking Parameter
Sama halnya berkas grid parameter dilakukan pula pembuatan berkas
docking parameter dengan klik menu Docking, Macromolecule, Set Rigid
Filename. Bukalah Ligan dengan klik menu Docking, Ligand, Choose,
Accept. Klik Docking kemudian Search Parameter pilih metode Genetic
Algorithm. Masih pada menu Docking, klik Docking Parameters, Accept.
Selanjutnya klik Docking simpan bekas Output dengan klik Lamarckian GA
(4.2). Menjalankan program AutoDock klik Run lalu pilih AutoDock
kemudian klik Launch tunggu kalkulasi sampai selesai.
6.5.Melihat Hasil Output Nilai RMSD Hasil Docking Senyawa Uji
Klik menu Analyze tekan menu Docking Open file dalam format .dlg.
Kemudian klik Anlayze akan muncul kotak hasil berupa Clustering pilih
kurva yang paling tinggi klik Gambar (&) Show Info lalu tekan Ok. Buka
file hasil validasi (.dlg) dengan menggunakan notepad, klik Edit lalu pilih
Find (Ctrl + F), kemudian ketik RMSD, cari nilai RMSD kurang dari 2
dengan binding energy terendah.
6.6.Melihat Nilai Energi Ikatan dan Konstanta Inhibisi
Buka file hasil docking (.dlg) dengan menggunakan notepad, Klik Edit lalu
pilih Find (Ctrl + F), kemudian ketik run dengan nilai RMSD kurang dari 2
dengan binding energy terendah, cari nilai binding energy ∆G (kcal/mol)
dan konstanta inhibisi atau ki (mM atau µM).

Tutorial Kimia Medisinal – Created by Taufik Muhammad Fakih 5