TUGAS MATRIKULASI

MIKROBIOLOGI

OLEH:
NUR’AINI (19/447360/PBI/01639)

PROGRAM PASCASARJANA BIOLOGI

FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
2019
A. Nutrisi Mikroba
Sumber Nutrisi
 Karbon
Sumber Karbon, semua organisme membutuhkan sedikitnya sejumlah kecil karbon dioksida, tetapi
kebanyakan diantaranya juga membutuhkan beberapa senyawa karbon organik, seperti gula –gulaan
dan karbohidrat lain. Semua organisme lain memperoleh karbonnya terutama dari zat gizi organik.
 Nitrogen
Sumber Nitrogen dan Belerang, Kebanyakan mikroorganisme dapat menggunakan NH 4+ sebagai
sumber nitrogen utama, dan banyak organisme memiliki kemampuan untuk menghasilkan NH 4+ dari
amina (R-NH2) atau dari asam amino (RCHNH2COOH). Produksi amoniak dari deaminasi asam
amino disebut ammonifikasi. Amoniak dimasukkan ke dalam bahan organik melalui jalur biokomia
yang melibatkan glutamat dan glutamine.
 Oksigen
Banyak organisme yang tergantung dari oksigen molekul (O2 atau dioksigen). Oksigen yang
berasal dari molekul oksigen hanya akan diinkorporasi ke dalam substansi sel kalau sebagai
sumber karbon digunakan metana atau hidrokarbon aromatic yang berantai panjang.
 Hydrogen
Semua senyawa organik membutuhkan hydrogen, berupa H2O kompleks organik H2.
 Fostat
Fosfat (PO43-) dibutuhkan sebagai komponen ATP, asam nukleat dan sejumlah koenzim seperti NAD,
NADP dan flavin. Selain itu, banyak metabolit, lipid (fosfolipid, lipid A), komponen dinding sel
(teichoic acid), beberapa polisakarida kapsul dan beberapa protein adalah bergugus fosfat. Fosfat
selalu diasimilasi sebagai fosfat anorganik bebas (Pi).
 Belerang
Belerang membentuk bagian struktur beberapa koenzim dan ditemukan dalam rantai samping
cisteinil dan merionil protein. Belerang dalam bentuk asalnya tidak dapat digunakan oleh tumbuhan
atau hewan. Namun, beberapa bakteri autotropik dapat mengoksidasinya menjadi sulfat (SO42-).

Transportasi Nutrisi
Difusi terfasilitasi: proses melibatkan molekul pembawa (permease) untuk meningkatkan
kecepatan difusi; pengaruh menguntungkan dibatasinya perpindahan dari konsentrasi lebih
tinggi ke daerah dengan konsentrasi lebih rendahMembutuhkan dradien konsentrasi lebih
rendah daripada difusi pasifKecepatan plateaus ketika pembawa menjadi jenuh (yaitu, ketika
ini mengikat dan mentransfer molekul secepat mungkin)Umumnya lebih penting pada
eucaryotes daripada procaryotes

Transportasi yang difasilitasi

Transportasi difasilitasi adalah jenis transportasi pasif. Tidak seperti difusi sederhana di mana
bahan melewati membran tanpa bantuan protein, transportasi difasilitasi, juga disebut difusi
difasilitasi, bahan berdifusi melintasi membran plasma dengan bantuan protein membran.
Sebuah gradien konsentrasi ada yang akan memungkinkan bahan-bahan untuk berdifusi ke
dalam sel tanpa pengeluaran energi sel.
Fungsi difusi difasilitasi (dimediasi saluran) seperti sebuah jembatan di atas sungai yang harus
menaikkan dan menurunkan untuk memungkinkan kapal untuk melewati. Ketika jembatan ini
diturunkan, kapal tidak bisa melewati ke sisi lain dari sungai. Demikian pula, sebuah protein
saluran terjaga keamanannya sering tetap tertutup, tidak memungkinkan zat ke dalam sel
sampai menerima sinyal (seperti pengikatan ion) untuk membuka. Ketika sinyal ini diterima,
jembatan (pintu gerbang) terbuka, yang memungkinkan kapal (zat) untuk melewati jembatan
dan ke sisi lain sungai (sel).

Bahan yang diangkut pertama melekat pada protein atau glikoprotein reseptor pada
permukaan luar membran plasma. Hal ini memungkinkan bahan yang dibutuhkan oleh sel
untuk dihapus dari cairan ekstraselular. Zat tersebut kemudian diteruskan ke protein integral
tertentu yang memfasilitasi perjalanan mereka. Beberapa dari protein integral adalah koleksi
lembar beta-lipit yang membentuk saluran melalui fosfolipid bilayer. Lainnya adalah protein
pembawa yang mengikat dengan substansi dan membantu difusi melalui membran.

Transpor nutrisi aktif

Transport aktif merupakan transport yang memerlukan energy dari ATP untuk memindahkan
nutrient atau substansi dari sisi yang berlawanan.
 Difusi sederhana (Simple diffusion)
Difusi sederhana adalah perpindahan solute atau molekul yang menggunakan energi dari
gradient elektrokimia, untuk dapat memasuki sel melalui membran. Molekul yang dapat
 menggunakan difusi sederhana diantaranya : oksigen, karbon dioksida, dan zat kimia
yang larut dalam lemak.

 Difusi dipermudah (facilitated diffusion)

Difusi yang dipermudah merupakan perpindahan molekul atau solute yang menggunakan
energi dari garient elektrokimia serta memerlukan chanel atau protein pembawa untuk
lintasannya. Molekul yang dapat menggunakan difusi dipermudah diantaranya : glukosa,
fruktosa, urea, dan beberapa vitamin.

B. Struktur dan fungsi sel

1) Dinding sel, berfungsi melindungi isi sel dan memberi bentuk sel.
2) Membrane plasma, berfungsi melindungi sel, mengatur keluar masuknya zat-zat (bersifat
semipermeabel), sebagai reseptor/penerima rangsangan dari luar, membatasi isi sel dengan
bagian luar sel.
3) Sitoplasma, berfungsi sebagai tempat berlangsungnya reaksi metabolisme sel.
4) Nukleus (Inti sel), berfungsi mengendalikan atau mengatur seluruh kegiatan yang terjadi di
dalam sel.
5) Mitokondria berfungsi tempat respirasi sel untuk menghasilkan energy.
6) Plastida berfungsi tempat berlangsungnya fotosíntesis
7) Retikulum Endoplasma berfungsi transpor dan sintesis protein
8) Badan golgi berfungsi tempat menampung dan mengolah protein yang dihasilkan di RE
9) Ribosom berfungsi sintesis protein

C. Metabolisme mikroba
 Respirasi secara aerob, terjadi didalam sitoplasma dan berlangsung melalui empat tahap,
yaitu:
Glikolisis merupakan pengubahan glukosa menjadi piruvat dan ATP tanpa membutuhkan
oksigen. Proses glikolisis terdiri atas 10 tahap, yaitu:
a) Tahap 1: Glukosa yang masuk kedalam sel mengalami fosfolirasi dengan bantuan enzim
heksokinase dan menghasilkan glukosa 6-fosfat. Untuk keperluan ini ATP diubah menjadi
ADP agar diperoleh energi.
b) Tahap 2: Glukosa 6-fosfat diubah oleh enzim fosfoglukoisomerase menjadi bentuk
isomernya berupa fruktosa 6-fosfat.
c) Tahap 3: Dengan menggunakan energi hasil perubahan ATP menjadi ADP, fruktosa 6-fosfat
diubah oleh enzim fosfofruktokinase menjadi fruktosa 1,6-bifosfat
d) Tahap 4: Enzim aldolase mengubah fruktosa 1,6-bifosfat menjadi dihidroksiaseton fosfat
dan gliseraldehida fosfat.
e) Tahap 5: Terjadi perubahan reaksi bolak balik antara dihidroksi aseton fosfat dengan
gliseraldehid fosfat sehingga akhirnya hanya gliseraldehid fosfat saja yang digunakan untuk
reaksi berikutnya.
f) Tahap 6: Melalui bantuan enzim triosofosfat dehidrogenase, terjadi perubahan dari
gliseraldehid fosfat menjadi 1,3-bifogliserat. Dalam tahap ini juga terjadi transfer elektron
sehingga NAD berubah menjadi NADH, serta pengikatan fosfat anorganik dari sitoplasma. g)
Tahap 7: Terjadi perubahan dari 1,3-bifogliserat menjadi 3-fosfogliserat dengan bantuan
enzim fosfogliserokinase. Pada tahap ini juga terjadi pembentukan dua molekul ATP dengan
menggunakan gugus fosfat yang sudah ada pada reaksi sebelumnya.
h) Tahap 8: Terjadi perubahan 3-fosfogliserat menjadi 2-fosfogliserat karena enzim
fosfogliseromutase memindahkan gugus fosfatnya.
i) Tahap 9: Terjadi pembentukan fosfoenol piruvat (PEP) dan 2-fosfogliserat dengan bantuan
enzim enolase, sekaligus juga terjadi pembentukan 2 molekul air.
j) Tahap 10: Terjadi perubahan fosfoenol piruvat (PEP) menjadi asam piruvat dengan enzim
piruvatkinase, serta terjadi pembentukan 2 molekul ATP Dengan demikian, pada akhir
glikolisis akan dihasilkan 2 molekul asam piruvat yang berkarbon 3, 2 ATP dan 2 NADH dari
setiap perubahan 1 molekul glukosa.
 Respirasi Anaerob (Fermentasi) Fermentasi adalah proses pembebasan energi tanpa oksigen.
Ciri-ciri dari fermentasi adalah:
1. Terjadi pada organisme yang tidak membutuhkan oksigen bebas.
2. Tidak terjadi penyaluran elektron ke siklus krebs dan transpor elektron.
3. Energi (ATP) yang terbentuk lebih sedikit jika dibandingkan dengan respirasi aerob yaitu 2
molekul ATP setiap mol glukosa.
4. Jalur yang ditempuh ialah glikolisis dan pembentukan alkohol (fermentasi alkohol) dan
pembentukan asam laktat.
5. Menghasilkan produk berupa asam-asam organik, alkohol dan gas.
6. Organisme anaerobik juga menghasilkan energi, yaitu melalui reaksi-reaksi yang disebut
fermentasi yang menggunakan bahan organik sebagai donor dan akseptor elektron. Bakteri
anaerobik fakultatif dan bakteri anaerobik obligat menggunakan berbagai macam fermentasi
untuk menghasilkan energi. Misalnya pada bakteri Streptococus lactis menggunakan
fermentasi asam laktat untuk perolehan energi yaitu dengan menguraikan glukosa menjadi
asam laktat melalui proses glikolisis, satu molekul glukosa diubah menjadi dua molekul asam
piruvat disertai dengan pembentukan dua NADH +

D. Mediah tumbuh
Mikroorganisme harus dibiakkan di laboratorium pada bahan nutrien yang berperan
penting untuk pertumbuhan dan perkembangbiakannya. Susunan bahan nutrien, baik bahan alami
maupun sintetik/buatan, yang dipergunakan untuk pertumbuhan dan perkembangan bakteri.
Media berfungsi untuk menumbuhkan bakteri, isolasi, memperbanyak jumlah, menguji sifat-sifat
fisiologi dan perhitungan jumlah bakteri, dimana dalam proses pembuatannya harus disterilisasi
dan menerapkan metode aseptis untuk menghindari kontaminasi pada media. Macam nutrien
yang digunakan tergantung dari macam bakteri yang dibiakkan.

Untuk menciptakan keadaan lingkungan yang tepat secara sintetis sebagai pengganti
keadaan alam, maka diperlukan persyaratan tertentu agar bakteri dapat tumbuh dan berkembang
dengan baik dalam media. Persyaratan tersebut yaitu:

1) Media harus mengandung semua unsur hara yang diperlukan untuk pertumbuhan dan
perkembangan bakteri.
2) Media harus mempunyai tekanan osmosis, tegangan permukaan dan pH yang sesuai dengan
kebutuhan bakteri.
3) Media harus dalam keadaan steril, artinya sebelum ditanami bakteri yang dimaksud tidak
ditumbuhi oleh mikroba lain.

Sesuai dengan fungsi fisiologi dan masing-masing komponen yang terdapat di dalam
media, maka susunan media mempunyai kesamaan isi, yaitu:
1) Kandungan air
2) Kandungan nitrogen, baik berasal dari protein, asam amino, dan senyawa lain yang
mengandung nitrogen. Sebagian besar digunakan untuk sintesis protein dan asam-asam
nukleat.
3) Kandungan karbon berasal dari karbohidrat, lemak, dan senyawa-senyawa lain yang.
Diperlukan sebagai sumber energi bagi reaksi-reaksi sintesis dalam pertumbuhan,
pemeliharaan keseimbangan cairan, bergerak dan sebagainya.
4) Kandungan garam-garam anorganik, baik unsur makro maupun mikro, seperti fosfat,
potasium, sodium, besi, mangan, magnesium, dan sulfat
5) Kandungan vitamin dan asam-asam amino sebagai unsur tambahan bagi pertumbuhan dan
sintesis metabolik esensial.