Biocatalyst

Bioprocess Engineering
2019

Syllabus:
 Catalysis and biocatalysis
 Enzim classification and activity
 Immobilization of enzyme methods
 The factors influence biocatalyst performance
 Inactivations of biocatalyst
 Biocatalyst reaction kinetics
 Enzyme production
 Product recovery
 Application of biocatalyst

Resume for Biochemical Engineering

 Enzim adalah molekul protein yang berfungsi sebagai sebagai katalis atau molekul yang
mempercepat laju reaksi tanpa ikut bereaksi.
 Enzim sebagai biokatalis bekerja dengan menurunkan energy barrier dari reaksi biokimia
 Apoenzyme adalah bentuk enzyme yang tidak aktif karena tidak memiliki kofaktor. Ketika
apoenzym telah berikatan dengan satu atau lebih kofaktor maka disebut sebagai holoenzyme.
 Kofaktor adalah senyawa non-kimia yang terikat dalam enzim. E.g. metal ion
 Koenzim adalah molekul kecil, organik, non-protein


 Katalisasi bekerja pada bagian active site enzyme yang terbentuk dari sebagian kecil amino acid
saja, sementara protein lainnya berfungsi sebagai penopang kerja enzim.
 Emil Fischer pada tahun 1894 pada teori lock and key nya menyebutkan bahwa active site memiliki
bentuk geometri unik yang cocok dengan bentuk substrat yang sesuai
 Pada tahun 1958, Koshland memberikan teori lain yakni teori induced-fit dimana menurut Koshland
substrat yang terinduksi oleh enzim akan diikuti bentuknya oleh active site.
 Enzyme classes
o Oxidoreductase = mengkatalis reaksi redoks
o Transferase = mengkatalis transfer functional group
o Hydrolases = mengkatalis reaksi hydrolysis
o Lyases = mengkatalis reaksi non-hydrolytic dan non-oxidative cleavage of chemical bonds
o Isomerases = mengkatalis konversi substrat menjadi isomer
o Ligases = mengkatalis reaksi covalent linkage dari dua molekul
 Simple Enzyme Kinetics
o Rate of reaction dapat dilihat dari perubahan konsentrasi substrat dan perubahan
kosentrasi produk. Karena seiring berjalannya waktu, produk akan bertambah sementara
substrat akan berkurang
 o
o Reaction rate proporsional terhadap konsentrasi substrat (orde 1) ketika substrat berada di
range rendah
o Reaction rate tidak dipengaruhi oleh konsentrasi substrat ketika konsentrasi subsrtat tinggi
 karena berubah dari orde 1 ke orde 0
o Rmax proporsional terhadap konsentrasi enzim
 3 pendekatan untuk mencari persamaan rate:
o Michaelis-Menten Approach


 Eq 2.6 lebih lambat dari eq 2.5, slow step tersebut menentukan rate.
 Asumsi yang digunakan:
 reaksi reversible 2.5 dianggap equilibrium sehinga forwar reaction = reverse
reaction
 Karena konsentrasi enzim susah diketahui, maka diasumsikan Total enzyme
contents are conserved

 Mensubstitusikan asumsi didapat:

 Sehingga rate produk = rate konsumsi substrat proposional terhadap konsentrasi

komplek enzim-subsrat ; KM = michaelis constant

= konsentrasi substrat saat reaction rate setengah dari maximum

 Analog ke persamaan Langmuir isotherm: ; dimana 0 adalah fraction of

solid surface covered by gas molecules, dan K = reciprocal of the adsorption
equilibrium constant
o Brigg-Haldane Approach


 Asumsi yang digunakan:

 dCES/dt is negliglbe lalu dimasukkan ke dCs/dt

maka didapatkan rate of product formation dan substrate consumption

adalah sama
 Total enzyme contents are conserved

 Mengabungkan asumsi didapat

  ; KM =
 Jika k2 >> k3 yang artinya product releasing step lebih lambat daripada enzym-
subtrate complex dissociation step.
 Evaluation of kinetic parameters

o Persamaan Michaelis-Menten dimodifikasi menjadi linear yakni:

o Persamaan pertama
 Langmuir  Slope = 1/rmax, Intercept = KM/rmax
 Lineweaver burk (1/r vs 1/cs)  slope = KM/rmax. Intercept = 1/rmax
 Lebih sering digunakan karena menunjukkan hubungan antara independet
variable cs dan dependent variable r
 Tidak cocok untuk substrat sangat sedikit atau sangat banyak
 Eadie-hosftee plot (r vs r/Cs)  slope = -KM, Intercept = rmax

o
 Enzyme reactor with simple kinetics
o Batch or steady state plug-flow reactor


o Continuous stirred-tank reactor


 Inhibition of enzyme reaction
o Competitive Inhibition


 Asumsi:

 Riverssible nya equillibrium didapat

 Enzime tetap =
 Menggabungkan asumsi dengan mengeliminasi CE, CES dan CEI
 
o Noncompetitive Inhibition


 Asumsi

 Reversible nya equillibrium didapat

 ???
 Other influence enzyme activity
o pH = different for each enzyme
 Karena enzyme terdiri dari asam amino  asam amino punya basic, neutral dan acid
side groups  enzym akan catalyctically active jika amino acid residue berada dalam
particular charge
o Temperature
 Arrhenius equation
Klasifikasi Enzim

 Tempat bekerja
o Endoenzim
o Eksoenzim
 Cara terbentuk
o Konstitutif
o Adaptif/Induktif
 Suhu
o Mesofilik
 Tidak tahan dengan panas di Industri  di kondisi ekstrim akan mati, tidak sebagus
termofilik
o Termofilik
 Tahan suhu ekstrem
o Penting untuk katalis di industri
o Termostabil
 Disebut jguga termozim  tidak mengalami denaturasi
 Dihasilkan oleh mikroorganisme termofilik
 Memiliki mekanimse katalitik yang sama dengan enzim mesofilik tapi lebih tahan
panas, dan meminimalkan risiko kontaminan
o Ekstremofil
 Bekerja di kondisi ekstrem
 Lebih dipilih daripada termofilik  punya sifat yang berguna, daya jual lebih tinggi,
punya kestabilan tinggi
 Fungsi/proses reaksi katalis
o Katalase
 Mengkatalis penguraian hidrogen peroksida menjadi H2O dan O2
 Enzim terdiri dari 4 sub-unit protein, dengan 1 NADPH per unit untuk menstabilkan
enzim

 katalase memecah
H2O2
o Oksidase
 Mengkatalis reaksi redoks yang melibatkan oksigen sebagai penerima elektron
o Karboksilase
 Piruvat karboksilase mengkatalis kaborksilasi, piruvat  asam oksaloasetat
 Yang tadinya rantainya 3 jadi 4


o Hidrase
 Menambah atau mengurangi air dari senyawa
 Tapi C nya tidak berubah
  Contohnya fumarate jadi malate
o Dehidrogenase
 Mengkatasi reaksi redoks
o Enzim Desmolase
 Mengkatalisis pembentukan dan pemutusan ikatan karbon
o Enzim transfosforilase
 Memindahkan gugus fosfat dari molekul ke molekul lain
 Untuk fosforilasi
o Enzim peroksidase
 Mirip banget sama katalase
 Tapi tidak selalu jadi substart
 Apa yang di katalis
o Karbohidrase
 Mengkatalis pemecahan karbohidrat
 Jenis:
 Selulose
 Amylase
 Pektinase
 Maltosa
 Sukrosa
 Laktosa
 Respirasi aerobik: Glikolisis, Siklus Krebs, transport elektron
 Respirasi anaerobik
o Protease
 Mengurai golongan protein
 Penting bagi mahluk hidup: koagulasi sel darah, pencernaan makanan, menggunakan
kembali protein intraseluler
 Jenis:
 Pepsin
 Peptidase
 Renin
 Tripsin
 Galaktase
 Entrokinase
 Gelatinase
o Esterase
 Memecah rantai ester
 Jenis:
 Lipase
 Fofatase
 6 Kelas besar:
o Ligase/Sintase
 Lawannya restriksi, nyambungin enzim
 Memecah ikatan pirofosfat
 Jenis:
 T4 DNA ligase
 T7 DNA ligase
o Isomerase
 Mengkatalis membentuk isomer
 Jenis:
 Epimerase
  Isomerase
o Liase
 Mengkatalis reaksi penghapusan kelompok substrat, ikatan C-N, C-O, C-C
 Jenis:
 Dekarboksilase
 Dehidratase
 Fumarase
o Hidrolase
 Mengkatalis reaksi hidrolisis
o Transferase
 Mengkatalis gugus fungsional dari molekul donor ke molekul akseptor yang cocok
o Oksidoreduktase

Katalis dan Biokatalis

 Katalis = substansi yang mempercepat laju reaksi, tanpa ikut bereaksi
o Katalis meningkatkan laju reaksi
o Katalis menghambat laju reaksi = inhibitor
 Jenis
o Katalis homogen = fasenya sama dengan reaktan, butuh proses separasi lagi  lebih mahal
o Katalis heterogen = fasenya berbeda
 Kerja katalis dihambat/dihentikan oleh substansi pengotor
 Tabel perbdaan katalis dan biokatalis: LIHAT LTM
 Struktur biokatalis:
o Apoenzyme
o Substrat yang melekat: karbo, protein, lipid
o Sisi alosterik = kofaktor
o Kofaktor = komponen selain protein
 Koenzim = senyawa organik, vitamin, berikatan secara kovalen
 Gugus polistetik = senyawa non-organik, mineral  menyebabkan termostabil
 Holoenzim = koenzim + kofaktor
o Mekanisme
 Lock and key
 Induced fit

Penemuan Enzim
 LIHAT LTM
 Anselme Payen = isolasi enzim pertam akali

Cara kerja enzim

Faktor yang mempengaruhi kerja enzim

 Kosentrasi substrat
 Konsentrasi enzim
 Inhibitor
o Unspesifik
o Irreversible
o Reversible
 pH
 Temperature
 Aktivator
 Denaturasi dan Deaktivasi