Review Jurnal

GENETIKA MIKROBIA

“REGULASI GEN”

OLEH:
IKA INDAYATI (18/436647/PBI/01585)

PROGRAM MAGISTER BIOLOGI

FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
TAHUN 2019
Permasalahan : Bakteri gram negative genus Xanthomonas adalah pathogen pada tanaman,
menyebabkan penyakit parah pada banyak tanaman didunia termasuk tanaman jeruk nipis.
The Diffusible Signal Factor (DSF) – mediated Quorum Sensing (QS) adalah sistem
koordinasi dari ekspresi sifat virulensi dari patogen tanaman Xanthomonas spp. Namun, efek
pengaturan sistem ini selama interaksi Xanthomonas-plant masih belum jelas baik aspek
patogen maupun inang.

Tujuan : Penelitian ini bertujuan menyelidiki pengaturan QS yang dimediasi oleh DSF dari
X. citri subsp. citri (Xac), yang menjadi penyebab kanker pada tanaman jeruk.
Hasil :
1. Pengelompokan gen Xac secara fungsional diatur oleh DSF / Rpf untuk
pengaturan Sistem QS pada tahap awal Infeksi host : Hasil penelitian
menunjukkan itu Clusters of Orthologous Groups (COGs) terkait dengan 'Transportasi
dan metabolisme karbohidrat' (39 anggota, 16,3%), 'transportasi asam amino dan
metabolisme' (29 anggota, 14,4%), 'Transportasi ion dan metabolisme ion' (21
anggota, 10,4%), dan ‘Dinding / membran sel biogenesis ’(19 anggota, 9,41%).
Termasuk pula Transportasi lipid dan metabolisme, produksi energi dan konversi
modifikasi pasca-penerjemahan, pergantian protein, dan pendamping transduksi
sinyal mekanisme Transkripsi.
2. DSS / Rpf-mediated QS mengatur toleransi stres Xac selama tahap awal infeksi
host : Total 12 gen pengkodean enzim yang terlibat dalam detoksifikasi dan toleransi
stres Xac pada tahap awal infeksi host secara berbeda diatur oleh DSF – mediated
Quorum Sensing (QS) (Tabel 1)
 Endoproteinase bakteri mampu menurunkan protein pertahanan inang, trehalosa
melindungi sel bakteri dari osmotic dan tekanan oksidatif. Gen katE (XAC1211)
mengkode katalase yang penting untuk hydrogen peroksida torelance di Xac, juga
diregulasi oleh 2 kali lipat.

3. DSS / Rpf-mediated QS terlibat dalam regulasi pemanfaatan nutrisi Xac

selama tahap awal inang infeksi : Sebagian besar Xac di planta transkriptome
diatur oleh DSF / Rpf-mediated QS didedikasikan untuk pemanfaatan nutrisi (Gbr. 3).

Dari 39 gen yang terlibat dalam metabolisme karbohudrat, 14 diatur secara positif
oleh DSF / QS-mediated Rpf, sementara 25 diatur secara negative (Tabel 2 terlampir pada
jurnal).

4. Gen untuk transduser sinyal dan / atau regulator transkripsi diatur oleh QS yang
dimediasi DSF / Rpf di Xac selama tahap awal infeksi host : Ekspresi 12 gen yang
mengkode transduser sinyal dan / atau regulator transkripsi di Xac berbeda diatur oleh QS
yang dimediasi DSF / Rpf (Tabel 4).
 5. Perbandingan regulasi QS yang dimediasi DSF / Rpf di planta dan in vitro
31 gen tumpang tindih dengan regulator DSF / Rpf di planta, 26 di antaranya
menunjukkan tren serupa dalam perubahan ekspresi antara keduanya karena kondisi
lingkungan (Tabel S5). Secara khusus, subset dari 20 gen diidentifikasi dalam DSF /
RpfF regulator Xac dalam fase pertumbuhan eksponensial, 25 gen diidentifikasi
dalam regulasi XF DSF / RpfF dalam fase pertumbuhan stasioner, dan 14 gen
diidentifikasi di kedua regulator. Gen-gen ini terutama terlibat dalam metabolisme
energi (transportasi karbohidrat dan metabolisme), sintesis protein (transportasi asam
amino dan metabolisme atau modifikasi pasca-translasi), dan transduksi sinyal atau
regulasi transkripsi.

6. Infeksi Xac-mediated DSF / Rpf menekan fotosintesis pada jeruk

Tingkat ekspresi sembilan gen yang terlibat dalam fotosintesis menurun secara
signifikan pada strain wild type Xac 306 jaringan daun yang terinfeksi, dibandingkan
dengan ΔrpfF mutan pada jaringan daun yang terinfeksi (Tabel 6). Tiga transkrip
penyandian subunit dari photosystem I juga menurun pada daun yang terinfeksi Xac wild
type, termasuk sub unit pusat reaksi fotosistem III (PsaD), VI-2 (PsaH), dan O subunit
(PsaO). Selain itu, gen untuk transpor elektron fotosintesis protein plastocyanin (PetE) dan
untuk ATP sintase subunit (tipe H + −mengangkut subunit ATPase gamma, Cs4g10260)
 menurun pada daun yang teri feksi Xac wild type (Tabel 6). Hasil ini menunjukkan bahwa
infeksi patogen umumnya menekan fotosintesis pada tanaman inang.

7. Perubahan metabolisme hormon pada jeruk merespon untuk infeksi Xac yang
dimediasi DSF/Rpf
Perubahan transkripsional yang signifikan dalam menanggapi DSF pada Infeksi Xac
yang dimediasi-rf diamati pada kelompok gen yang berkaitan dengan biosintesis hormon
tanaman, transportasi, metabolisme, dan transduksi sinyal yang terkait (Tabel 7). Transkrip
untuk auksinesis terkait biosintesis enzim dan protein auksin-responsif, termasuk indole-3-
asetat beta-D-glucosyltransferase (IAGLU), UDP-glucosyltransferase (UGT74E2), dan
SAUR (sort auksin-up RNA) -seperti protein auksin-responsif. Tiga gen yang terlibat di
dalam biosintesis sitokinin (sitokinin sintase, isopenteniltransferase (IPT), dan superfamili
UDP-Glycosyltransferase protein) diregulasi dalam wild type Xac pada daun yang
terinfeksi, sedangkan dua gen terlibat dalam sitokinin proses metabolisme (UDP-glukosil
transferase 85A5 (UGT85A5) dan DON-Glucosyltransferase) diregulasi dalam wild type
pada daun yang terinfeksi Xac. Secara khusus, transkrip untuk ERF1 dan RAP2.1 lebih
 banyak terjadi pada wild type Xac pada daun yang terinfeksi, sedangkan transkrip untuk
EREBP-3, ERF-4, ERF-6, ERF104, dan untuk etilegenerasi protein nukleus(ERT2) kurang
berlimpah pada wild type Xac. Satu gen (Cs4g05190) terlibat dalam biosintesis etilen
diregulasi wild type Xac. Dua gen untuk asam giberelat (GA) biosintesis (sitokrom p450
keluarga CYP701A protein) dan inaktivasi GA (GA2OX: giberelin 2-oksidase) diregulasi ke
bawah dalam wild type Xac (Tabel 7 terlampir pada jurnal).

8. Respons pertahanan jeruk terhadap infeksi Xac yang dimediasi DSF / Rpf
Dari 1946 DEG jeruk yang terinfeksi antara wild type Xac dan ΔrpfF mutan , 102
gen (5,4%) diidentifikasi terlibat dalam respons pertahanan tanaman, dengan 32 gen
upregulated dan 70 gen downregulated oleh infeksi Xac yang dimediasi oleh DSF / Rpf
(Tabel S6; Tabel 8 terlampir pada jurnal). Hebatnya, 34 gen menyandi tanaman protein
seperti reseptor imun atau kinase seperti reseptor adalah downregulated. Gen
downregulated lainnya termasuk lima gen yang mengkode NB-ARC (adaptor pengikat
nukleotida dibagi oleh Apaf-1, protein resistensi, dan CED-4) protein resistensi penyakit
yang mengandung domain, dan tiga gen yang mengkode keluarga faktor transkripsi MYB
protein, yang terlibat dalam berbagai tanaman biologis proses termasuk tanggapan
pertahanan . Di antara 32 gen yang diregulasi oleh DSF / Rpf mediated Infeksi Xac, tiga gen
mengkodekan transkripsi WRKY faktor, termasuk WRKY18, WRKY22, dan WRKY54
(Tabel 8). Menariknya, dalam Arabidopsis, AtWRKY18 sendiri dengan AtWRKY40 dan
AtWRKY60, bertindak sebagai regulator negatif dari pensinyalan pertahanan . Gen yang
diregulasi mencakup dua gen yang mengkode untuk Faktor transkripsi MYB, tiga gen untuk
keluarga PR protein termasuk satu PR-5 dan dua PR-6, empat gen untuk reseptor keluarga
NB-LRR, untuk lima gen protein yang responsif terhadap luka atau yang diinduksi, dan
beberapa lainnya untuk protein responsif terhadap penyakit dan protein responsif stres (file
tambahan 6: Tabel S6).