MATERI KULIAH BIOLOGI SEL

MATERI GENETIK & EKSPRESI GEN

Retno Widowati
 MATERI GENETIK
Di dalam setiap organisma hidup
terdapat suatu unsur yang dikenal
sebagai materi genetik.

Materi genetik tersusun dari DNA

(Deoxy ribonucleic acid).

Urutan nukleotida atau basa-basa

nitrogen pada DNA yang
mengkode karakter makhluk
hidup
Retno Widowati - LENGKAP DNA to CHROMOSOME, REPLIKASI, TRANSKRIPSI &TRANSLASI[www.keepvid.com].3gp
Biologi Sel
journeyintodna_verse.swf
Rabbit AID sequence and comparisons with other species. (A) DNA sequence and deduced
encoded protein sequence of rabbit AID. Lowercase letters at the 5′ end indicate the location of
the primer sequence used for initial PCR amplification. (B) Rabbit AID amino acid sequence
compared with human, mouse, and chicken AID sequences. The red rectangles represent the
locations of peptides synthesized for use as immunogens.
Retno Widowati - Biologi Sel
 MATERI GENETIK : DNA & RNA
1. Asam deoksiribonukleat
atau
Deoxyribo Nucleic Acid
(DNA),
2. Asam ribonukleat atau
Ribo Nucleic Acid (RNA).
 pada beberapa virus
DNA & RNA
KROMATIN & KROMOSOM
• DNA selaku materi genetik
terdapat di dalam nukleus,
dalam bentuk kompleks DNA-
protein yang disebut kromatin.
• Pada saat pembelahan sel, DNA
terdapat dalam bentuk unit-unit
terpisah yang disebut
kromosom.

Retno Widowati - Biologi Sel

KROMATIN & KROMOSOM

Retno Widowati - Biologi Sel

FROM DNA TO CHROMOSOME

Retno Widowati - Biologi Sel

FROM DNA TO CHROMOSOME

Retno Widowati - Biologi Sel

STRUKTUR DNA

Retno Widowati - Biologi Sel

Retno Widowati - Biologi Sel
FILM STRUKTUR DNA & KROMOSOM

DNAstructure.mov

chromostructure.swf
 GEN & DNA
• Materi dasar GEN adalah DNA

• DNA terorganisasi dalam unit-unit yang

dinamakan gen yang menggerakkan semua
aktivitas metabolisme di dalam sel.

• Tugas gen adalah mengatur berbagai jenis

karakter (sifat) makhluk hidup  Karakter
fisik (morfologi & anatomi), karakter psikis
(pemalu, pemarah, penakut).

• Cara kerja gen dalam mengatur berbagai

karakter adalah melalui sintesis protein
(+ Enzim & Hormon)

Retno Widowati - Biologi Sel

 GEN

• Gen adalah unit molekul DNA atau RNA yang

membawa informasi mengenai urutan asam
amino lengkap suatu protein. Terlibat dalam
mengkode protein dan mewariskan keturunan

• Jika ada sepotong molekul DNA yang tidak

membawa informasi genetik yang lengkap,
berarti tidak bisa disebut gen, namun hanya
sebuah fragmen DNA.

Retno Widowati - Biologi Sel

 GEN
• Gen adalah unit pewarisan sifat bagi organisme
hidup.
• Bentuk fisiknya adalah urutan DNA yang
menyandi suatu protein, polipeptida, atau
seuntai RNA yang memiliki fungsi bagi
organisme yang memilikinya.
• Batasan modern gen adalah suatu lokasi
tertentu pada genom yang berhubungan
dengan pewarisan sifat dan dapat dihubungkan
dengan fungsi sebagai regulator (pengendali),
sasaran transkripsi, atau peran-peran
fungsional lainnya

Retno Widowati - Biologi Sel

 STRUKTUR GEN
Secara umum gen pada prokariot dan eukariot terdiri
dari 3 bagian:
• Promoter : Bagian gen yang berfungsi sebagai
pengatur proses ekspresi genetik.
Bagian yg pertama kali dikenalioleh RNA
polimerase dan protein regulator sebelum
transkripsi
• Coding sequence : Bagian gen yang membawa kode-
kode genetik, yang ditranskripsi
menjadi mRNA
• Terminator : Berperan dalam penghentian
transkripsi
STRUKTUR GEN

Retno Widowati - Biologi Sel

 Perbedaan gen prokariot dan eukariot

• Coding sequence pada eukariot terdapat bagian

intron dan ekson.
• Intron : sekuens nukleotida yang tidak ada
terjemahan proteinnya .
• Ekson : sekuens yang akan diterjemahkan.
• Pada eukariot setelah di transkripsi, bagian intron
akan dipotong baru jadi mRNA.

Retno Widowati - Biologi Sel

 Perbedaan gen prokariot dan eukariot
• Pada prokariot gen ≈ ekson.
• Pada prokariot terdapat Operon.
• Operon merupakan sekelompok gen struktural
yang letaknya berdekatan dan dikendalikan oleh
satu promoter yang sama.
• Dengan adanya operon maka mRNA hasil
transkripsi gen prokariot bersifat polisistronik
karena satu molekul mRNA mengkode lebih dari
satu protein.

Retno Widowati - Biologi Sel

CODING SEQUENCE

Retno Widowati - Biologi Sel

Retno Widowati - Biologi Sel
BAGAIMANA GEN DIEKSPRESIKAN ?

• Ekspresi gen adalah proses dimana kode-

kode informasi yang ada pada gen diubah
menjadi protein-protein yang beroperasi di
dalam sel. Ekspresi gen terdiri dari dua tahap:

• TRANSKRIPSI
• TRANSLASI

Retno Widowati - Biologi Sel

BAGAIMANA GEN DIEKSPRESIKAN ?

• Proses transkripsi, menjadikan DNA mencetak

mRNA
• Proses translasi, membuat mRNA menjadi
sebuah polipeptida disebut dogma sentral (one
gen - one polipeptide).
• Dogma sentral berlaku pada prokariot dan
eukariot.
• Pada eukariot ada tahap tambahan yang terjadi
di antara transkripsi dan translasi yang disebut
tahap pre-mRNA.

Retno Widowati - Biologi Sel

BAGAIMANA GEN DIEKSPRESIKAN ?
• Tahap pre-mRNA adalah untuk menyeleksi
mRNA yang akan dikirim keluar nukleus untuk
ditranslasikan di ribosom.
• Ekson merupakan mRNA yang akan dikirim
keluar nukleus untuk ditranslasikan.
• Intron merupakan mRNA yang akan tetap
berada di dalam nukleus karena kemungkinan
mRNA tersebut akan membentuk protein yang
tidak fungsional (tidak berguna) jika
ditranslasikan. Intron kemudian akan terurai
kembali untuk membentuk rantai mRNA baru.

Retno Widowati - Biologi Sel

DOGMA SENTRAL

Retno Widowati - Biologi Sel

Retno Widowati - Biologi Sel
 REPLIKASI DNA
• Penggandaan rantai DNA.
• Dilakukan pada interfase – Fase
S pada siklus sel.
• Hipotesis Matthew Meselson
dan Franklin Stahl : model
replikasi DNA adalah
semikonservatif.
• Semikonservatif :
Setiap molekul untaian ganda
DNA hasil replikasi akan terdiri
dari 1 untai DNA induk dan 1
untai DNA baru.
Retno Widowati - Biologi Sel
 KOMPONEN REPLIKASI DNA
• DNA template : molekul DNA yang akan direplikasi
• Molekul nukleotida : komponen basa purin/pirimidin + deoksiribosa +
fosfat = dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP
• DNA polimerase : enzim utama yang mengkatalisis polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA
• Enzim primase : mengkatalis sintesis primer untuk memulai
replikasi DNA. Di E.coli dinamakan primosom.
Primer : fragmen RNA yang digunakan untuk menempelkan
nukleotida pertama pada untaian DNA baru.
• Enzim girase : enzim topoisomerase yang memutar untaian DNA
sehingga ketegangan pilinan menurun
• Enzim helikase : enzim untuk membuka untai ganda DNA
• SSB : single stranded binding protein molekul protein
yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka
agar tidak berikatan kembali
• Enzim DNA ligase : enzim untuk menyambung fragmen-fragmen DNA dari
fragmen Okazaki

Retno Widowati - Biologi Sel

KOMPONEN REPLIKASI DNA

Retno Widowati - Biologi Sel

 Proses Replikasi DNA
• Pemisahan untaian DNA
• Pemisahan untai DNA dimulai dengan enzim
helikase yang memutus ikatan hidrogen untai
ganda DNA. Bila pilinan terlalu kuat, maka
enzim girase akan mengurai pilinan.

Retno Widowati - Biologi Sel

 Proses Replikasi DNA

• Pembentukan garpu replikasi (replication fork)

• Kedua untai DNA yang telah terpisah akan ditahan
oleh protein SSB, hingga terbentuk struktur garpu
replikasi.
• Masing-masing untai diberi nama :
* leading strand
(arah replikasi searah ama pembukaan untai DNA)
* lagging strand
(arah replikasi berlawanan arah ama pembukaan
untai DNA)

Retno Widowati - Biologi Sel

Proses Replikasi DNA

Retno Widowati - Biologi Sel

 Proses Replikasi DNA

• Pembentukan RNA primer

• Enzim primase membentuk fragmen RNA
sebagai awal / primer menempelan
nukleotida DNA
• Setelah fragmen RNA primer terbentuk,
enzim primase melepaskan diri dari DNA.
• Bila polimerisasi DNA sudah berlangsung,
RNA primer disingkirkan dan diubah oleh
enzim DNA polimerase I menjadi DNA

Retno Widowati - Biologi Sel

 Proses Replikasi DNA
• Polimerisasi DNA
• Leading strand : sintesis untaian DNA baru dilakukan
searah dengan pembukaan garpu replikasi , dilakukan
tanpa terputus atau kontinyu.
• Lagging strand: sintesis untaian DNA berlawanan
dengan pembukaan garpu replikasi, dilakukan secara
tahap demi tahap (diskontinu) dan karenanya
membentuk fragmen yang disebut fragmen okazaki.

Retno Widowati - Biologi Sel

 Proses Replikasi DNA
• Penyambungan DNA pada lagging strand
• Pada lagging strand, terdapat fragmen-fragmen
okazaki. Fragmen-fragmen okazaki merupakan
fragmen-fragmen DNA yang belum menyambung
satu sama lain.
• Enzim ligase yang kemudian merekatkan fragmen-
fragmen DNA tersebut hingga menjadi untai DNA
yang utuh.

Retno Widowati - Biologi Sel

Proses Replikasi DNA

• Terminasi Replikasi
• Replikasi berakhir saat DNA Polimerase
mengenali daerah basa nitrogen yang diulang-
ulang (contoh pada vertebrata :
TTAGGG/AATCCC) daerah ini disebut telomer.
Maka terbentuklah rantai DNA yang baru yang
utuh.
• Pada molekul DNA prokariot yang berbentuk
linker, terminasi replikasi akan terjadi ikatan
kedua garpu replikasi yang bergerak ke arah
yang berbeda bertemu pada sisi terminasi.

Retno Widowati - Biologi Sel

Proses
Replikasi
DNA

• TELOMER

Retno Widowati - Biologi Sel

Proses Replikasi DNA
• Proofreading
• Proofreading merupakan
sistem koreksi pembacaan
yang dilakukan oleh DNA
polimerase III dan DNA
polimerase I. DNA polimerase
III akan memotong nukleotida
yang salah tersebut dengan
aktivitas eksonuklease 3′  5′

Retno Widowati - Biologi Sel

FILM REPLIKASI DNA

DNAReplication 1.swf

DNA REPLIKASI 2.swf

Bothstrands - REPLIKASI 3.mov

REPLIKASI DNA_[www.keepvid.com].3gp
http://faculty.cbu.ca/cglogowski/2008%20BIOL101%20LAB5%20DNA.htm

Retno Widowati - Biologi Sel

http://faculty.cbu.ca/cglogowski/2008%20BIOL101%20LAB5%20DNA.htm

Retno Widowati - Biologi Sel

http://faculty.cbu.ca/cglogowski/2008%20BIOL101%20LAB5%20DNA.htm

Retno Widowati - Biologi Sel

 TERIMAKASIH

• BERLANJUT KE MINGGU DEPAN

Retno Widowati - Biologi Sel

 DNA_Replication_[www.keepvid.com] cartoon 1.3gp

meiosis 1