Sifat Asam Nukleat

Capaian Pembelajaran
Mahasiswa mampu menjelaskan
CP-3.1 struktur asam nukleat
CP-3.2 sifat kimiawi dan fisik asam nukleat
CP-3.3 sifat spektroskopik dan termal asam nukleat
 NUCLEIC ACID STRUCTURE
 Basa DNA dan RNA
Bases adalah heterosiklik
(yang mengandung
karbon dan nitrogen)
Purines
cincin aromatik,
dengan berbagai
substituen.
Pyrimidines  Adenin (A) dan guanin
(G) adalah purin bisiklik
(dua cincin menyatu)
 Sitosin (C), timin (T)
Fig. 1. Nucleic acid bases. dan urasil (U) adalah
pirimidin monosiklik.
 Pada RNA, basis timin
digantikan oleh urasil.

CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat

NUCLEIC ACID STRUCTURE
Nucleosides
 Dalam asam nukleat, basa berikatan kovelen dengan posisi-1 cincin gula
pentosa, untuk membentuk nukleosida (Gbr. 2).
 Dalam RNA, gula adalah ribosa, dan DNA adalah 2-deoksiribosa, di mana
gugus hidroksil pada posisi-2 digantikan oleh hidrogen.
 Basa pirimidin posisi-1 (N-1) dan basa purin posisi-9 (N-9) berikatan dengan
posisi-1 gula pentosa (Gbr. 1).

CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat

Nucleosides
 Angka atom dalam cincin
ribosa (1', 2', dll) hanya untuk
membedakan dengan angka
atom basa.
 Ikatan antara basa dan gula
adalah ikatan glikosilik
(glikosidik).
 Jika gula adalah ribosa, maka
nukleosidanya adalah
adenosin, guanosin, sitidin dan
uridin.
 Jika gula adalah deoksiribosa
(seperti dalam DNA), maka
nukleosidanya (2'-
deoksiribonukleosida) adalah
deoksiadenosin, dll
 Timidin dan deoksitimidin dapat
digunakan secara bergantian.

CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat

Nucleotides
 Nukleotida adalah nukleosida dengan satu atau lebih gugus fosfat terikat
secara kovalen dengan posisi 3'-, 5‘ atau 2' (dalam ribonucleotides saja).
 Jika gula adalah deoksiribosa, maka disebut deoksinukleotida (Gbr. 3).
Nucleotides
 Pada posisi 5', tiga fosfat terikat untuk membentuk, misalnya, adenosine 5'-
trifosfat, atau deoksiguanosin 5'-trifosfat, yang biasa disingkat ATP dan dGTP
masing-masing.
 Dengan cara yang sama, kita memiliki dCTP, UTP dan dTTP (setara dengan
TTP).
 5'-Mono dan -diphosphates yang disingkat, misalnya, AMP dan dGDP.
 Nucleoside 5'-trifosfat (NTP), atau deoksinukleosida 5-trifosfat (dNTP) adalah
monomer asam nukleat.
 Pada sintesis DNA atau RNA, dua fosfat membebaskan diri sebagai pirofosfat
dan meninggalkan satu fosfat per nukleotida dalam rantai asam nukleat
 Unit rantai DNA atau RNA adalah nukleotida.
NUCLEIC ACID STRUCTURE
Phosphodiester bonds  Dalam polimer asam nukleat, yang
gula ribosa atau deoksiribosa
dihubungkan oleh fosfat antara
posisi-5' satu gula dan posisi-3‘ gula
berikutnya, membentuk ikatan
fosfodiester.
 Asam nukleat terdiri dari tulang
punggung gula-fosfat dengan basa
yang melekat pada posisi-1' masing-
masing gula.
 Unit berulang adalah nukleotida.
 Setiap rantai asam nukleat,
berapapun panjangnya, mempunyai
ujung 5’ bebas dan ujung 3’ OH
bebas.
 Pada pH netral, setiap gugus fosfat
bermuatan negatif.
 Asam nukleat adalah polimer
bermuatan negatif.

CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat

NUCLEIC ACID STRUCTURE
DNA/RNA sequence
 Secara konvensional, monomer berulang DNA atau RNA
ditulis dalam huruf tunggal yaitu A, T, G, C atau U.
 Selain itu, konvensi penulisan urutan adalah ujung 5′ di
sebelah kiri.
 Urutan DNA dapat ditulis 5′-ATAAGCTC-3′, atau hanya
ATAAGCTC.
 Urutan RNA ditulis 5′-AUAGCUUGA-3′.
 Arah rantai, sebagai contoh, ATAAG tidak sama dengan
GAATA.
NUCLEIC ACID STRUCTURE
DNA double helix  DNA paling sering dalam
bentuk heliks ganda
(double helix).
 Dua rantai antiparalel
melilit satu sama lain ke
arah kanan, dengan
tulang punggung gula-
fosfat di luar dan basa-
basa berpasangan
melalui ikatan hidrogen
dan bertumpuk satu sama
lain berada di dalam.
 Adenin berpasangan
dengan timin; guanin
berpasangan dengan
sitosin.
CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat
 NUCLEIC ACID STRUCTURE
A, B and Z helices DNA heliks standar yang
ditemukan oleh Watson
dan Crick, yang dikenal
sebagai bentuk-B dan
diyakini sebagai struktur
utama DNA in vivo.
Asam nukleat dapat
berbentuk heliks-A
dengan arah putar
kanan pada RNA in vivo.
Asam nukleat juga
dalam bentuk heliks-Z
Fig. 7. The alternative helical forms of the
dengan arah putar kiri,
DNA double helix bentuk ini mungkin tidak
penting dalam in vivo
konformasi.
CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat
 NUCLEIC ACID STRUCTURE
A, B and Z helices

Fig. 7. The alternative helical forms of the DNA

double helix

CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat

 NUCLEIC ACID STRUCTURE
RNA secondary structure
 Kebanyakan molekul RNA
dalam bentuk untai tunggal,
yang dapat dilipat menjadi
konformasi yang kompleks
melalui ikatan hidrogen
intramolekul.
 Kompleksitas bentuk RNA ini
sesuai fungsi RNA yang
bervariasi.

Nucleic Acids in Chemistry and Biology-Royal

Society of Chemistry (2006)

CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat

NUCLEIC ACID STRUCTURE
Modified nucleic acids
 Modifikasi kimia basa atau nukleotida dalam asam nukleat
tersebar luas, dan memiliki sejumlah peran tertentu.
 Dalam DNA seluler, modifikasi melalui metilasi posisi N-6
adenin dan gugus amino-4 dan posisi-5 sitosin (Gbr. 1),
modifikasi yang lebih kompleks terjadi di beberapa DNA
faga.
 Metilasi berperan dalam modifikasi restriksi, perbaikan basa
mismatch, dan struktur genom eukariotik.
 Modifikasi jauh lebih beragam pada RNA setelah transkripsi,
yang mencerminkan peran RNA yang berbeda-beda dalam
sel.

CP 3.1: menjelaskan struktur asam nukleat

CHEMICAL AND PHYSICAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
Stability of nucleic acids
 Struktur DNA untai ganda dan RNA tidak distabilkan oleh
ikatan hidrogen,
 Ikatan hidrogen menentukan spesifisitas pasangan basa.
 Stabilitas heliks asam nukleat ditentukan oleh interaksi
hidrofobik dan dipol-dipol antara pasangan basa yang
bertumpuk.

CP 3.2: menjelaskan sifat kimiawi dan fisik asam nukleat

CHEMICAL AND PHYSICAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
Effect of acid
 Kondisi asam kuat (asam perklorat, HClO4) dan suhu tinggi
lebih dari 100°C dapat menghidrolisis asam nukleat menjadi
komponen penyusunnya: basa, gula dan fosfat.
 Asam moderat (pH 3-4) menyebabkan hidrolisis ikatan
glikosilik basa purin menjadi asam apurinic.
 Kondisi kimiawi yang lebih kompleks telah dikembangkan
untuk menghilangkan basa tertentu, dan merupakan dasar
sekuensing DNA metode kimiawi yang dikembangkan oleh
Maxam and Gilbert.

CP 3.2: menjelaskan sifat kimiawi dan fisik asam nukleat

CHEMICAL AND PHYSICAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS

Effect of alkali
 pH tinggi mendenaturasi DNA dan RNA dengan mengubah
keadaan tautomerik basa dan memutus ikatan hidrogen
tertentu.

CP 3.2: menjelaskan sifat kimiawi dan fisik asam nukleat

CHEMICAL AND PHYSICAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS

Effect of alkali
 RNA juga rentan terhadap hidrolisis pada pH tinggi, dengan
partisipasi dari 2'-OH dalam pemutusan intramolekul tulang
punggung fosfodiester.

CP 3.2: menjelaskan sifat kimiawi dan fisik asam nukleat

CHEMICAL AND PHYSICAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS

Chemical denaturation
 Sejumlah bahan kimia dapat menyebabkan denaturasi DNA
atau RNA pada pH netral, contohnya urea (H2NCONH2) dan
formamida (HCONH2).
 Konsentrasi yang relatif tinggi agen ini (beberapa molar)
memiliki efek memutus ikatan hidrogen.
 Ini berarti bahwa stabilisasi energik struktur sekunder asam
nukleat, yang disebabkan oleh pembuangan air di antara
tumpukan basa hidrofobik, berkurang dan untai DNA menjadi
terdenaturasi.

CP 3.2: menjelaskan sifat kimiawi dan fisik asam nukleat

CHEMICAL AND PHYSICAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
Viscosity
 DNA sangat panjang dan tipis, dan larutan DNA memiliki
viskositas tinggi.
 Molekul DNA panjang rentan terhadap pemutusan secara
fisik (shearing) atau sonikasi- proses ini dapat digunakan
untuk menghasilkan DNA dengan panjang rata-rata tertentu.

CP 3.2: menjelaskan sifat kimiawi dan fisik asam nukleat

CHEMICAL AND PHYSICAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
Buoyant density
 DNA memiliki kerapatan sekitar 1,7 g cm-3, dan dapat dianalisis dan
dimurnikan dengan kemampuannya untuk menyeimbangkan keraptan
apung pada kerapatan gradien cesium klorida.
 Kerapatan DNA adalah fungsi kandungan G+C, dan teknik ini dapat
digunakan untuk menganalisis komposisi/kandungan G+C DNA

CP 3.2: menjelaskan sifat kimiawi dan fisik asam nukleat

SPECTROSCOPIC AND THERMAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
UV absorption
 Asam nukleat menyerap sinar UV karena sifat aromatik
terkonjugasi basa; tulang punggung gula-fosfat tidak
memberikan kontribusi dalam penyerapan.
 Panjang gelombang cahaya serapan maksimum DNA dan
RNA adalah 260 nm (max = 260 nm), yang berbeda dari
protein yang memiliki serapan maksimum 280 nm.
 Sifat penyerapan asam nukleat dapat digunakan untuk
deteksi, kuantitasi dan penilaian kemurnian.

CP 3.3: menjelaskan sifat spektroskopik dan termal asam nukleat

SPECTROSCOPIC AND THERMAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
Hipokromisitas
 Meskipun max untuk basa DNA atau RNA konstan,
koefisien ekstinsi tergantung pada lingkungan basa.
 Absorbansi pada 260 nm (A260) terbesar adalah nukleotida
hasil isolasi, menengah adalah untai tunggal DNA (ssDNA)
atau RNA, dan terkecil adalah untai ganda DNA (dsDNA).
 Efek ini disebabkan oleh penetapan (fixing) basa dalam
lingkungan hidrofobik.
 Istilah klasik untuk perubahan dalam absorbansi adalah
hipokromisitas, yaitu, dsDNA adalah hipokromik ('kurang
berwarna') relatif terhadap ssDNA.
 Atau, ssDNA dapat dikatakan hiperkromik bila dibandingkan
dengan dsDNA.

CP 3.3: menjelaskan sifat spektroskopik dan termal asam nukleat

SPECTROSCOPIC AND THERMAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS

Quantitation of nucleic acids

 Absorbansi pada 260 nm digunakan untuk menentukan
konsentrasi asam nukleat.
 Pada konsentrasi 1 mg/ml dan 1 cm panjang lintasan
(pathlength),
 DNA untai ganda memiliki A260 = 20.
 RNA dan DNA untai tunggal memiliki A260 = 25.
 Nilai untuk RNA dan DNA untai tunggal tergantung pada
komposisi dan struktur sekunder basa.

CP 3.3: menjelaskan sifat spektroskopik dan termal asam nukleat

SPECTROSCOPIC AND THERMAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
Purity of DNA
 Kemurnian DNA untai ganda dapat ditentukan dengan
menghitng rasio A260/A280.
 DNA murni adalah 1.8.
 Nilai di atas 1.8 menyarankan terkontaminasi RNA dan nilai
di bawah 1.8 menyarankan terkontaminasi protein.

CP 3.3: menjelaskan sifat spektroskopik dan termal asam nukleat

SPECTROSCOPIC AND THERMAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS

Thermal denaturation
 Peningkatan suhu dapat mendenaturasi DNA dan RNA.
 RNA mendenaturasi secara bertahap pada pemanasan
 DNA untai ganda terdeturasi menjadi untai tunggal pada suhu yang
tertentu
 Tm, yang merupakan fungsi dari kandungan G + C DNA.
 Denaturasi dapat dideteksi oleh perubahan A260.

CP 3.3: menjelaskan sifat spektroskopik dan termal asam nukleat

SPECTROSCOPIC AND THERMAL PROPERTIES OF NUCLEIC ACIDS
Renaturation
 Denaturasi termal DNA dapat dikembalikan (renaturasi) melalui pendinginan
larutan.
 Pendinginan cepat hanya memungkinkan pembentukan daerah lokal dsDNA,
dibentuk oleh pasangan basa atau penempelan daerah pendek komplementer
dalam atau di antara untai DNA;
 Penurunan A260 ini maka agak kecil (Gbr. 2b).

 Di sisi lain, pendinginan lambat

memungkinkan waktu untuk untai DNA
sepenuhnya merenaturasi menjadi untai
ganda sepenuhnya, dengan absorbansi
yang sama dengan sampel awalnya.
 Renaturasi daerah kompelementer
antara untai asam nukleat yang berbeda
dikenal sebagai hibridisasi.

Fig. 2 (b) renaturation of DNA by fast

and slow cooling.
CP 3.3: menjelaskan sifat spektroskopik dan termal asam nukleat
Prokaryotic and eukaryotic
chromosome structure