Regulasi metabolik

Fermentasi
Regulasi metabolic :
Mo memiliki mekanisme mengatur system metabolismenya …..penting di bidang industry
fermentasi…..dapat dimanipulasi agar sesuai dengan kebutuhan proses industry. …….dimulai dari
seleksi strain awal, pengembangan strain, dan optimasi kondisi fermentasi
Kebanyakan jalur metabolic dikendalikan oleh kombinasi bbrp system yg berbeda, yg bertujuan
utk menjaga energy dan bahan baku, sambil mempertahankan komponen sel tdp dlm kondisi
optimum
Regulasi katabolic dan regulasi anabolic : sedikit berbeda
Keduanya diatur oleh : produk akhir, konsentrasi ATP, ADP, AMP dan NAD+
Pd anabolisma : yg lbh berpengaruh adalah regulasi produk akhir
 Regulasi ditentukan pada 2 level :
1. Modifikasi aktivitas enzim → didasarkan pd aktivitas :
◦ Enzim dan substrat
◦ Enzim pengatur (regulatory enzyme)
2. Pengendalian sintesis enzim → didasarkan pada proses :
◦ Konstitutif
◦ Induksi
◦ Represi
◦ Atenuasi
Modifikasi aktivitas enzim :
Meliputi aktivitas stimulasi dan inhibisi enzim2 spesifik
Utk secara cepat mengubah aliran karbon dalam suatu jalur reaksi metabolik
Regulasi enzim dan substrat :
Mekanisme paling sederhana
Mengendalikan konsentrasi substrat dan koenzim…..
Contoh : pada pengendalian substrat yg masuk ke dalam sel melalui membrane
plasma → diperantarai oleh system transport spesifik → mengendalikan nutrient
yg masuk → berperan sbg alat regulasi enzim intraseluler
Pd prokariot : gradien konsentrasi metabolit dan koenzim pd daerah membrane
sitoplasma dpt mempengaruhi system regulasi metabolik
Pd eukariot : tdp organel bermembran, shg peran enzim2 dipisahkan oleh
organel, shg peran enzim terpisah jelas, memudahkan control regulasi metabolik
Aktivitas enzim regulasi
Jalur2 metabolisme melibatkan enzim2 regulasi
Didasarkan pada sifat enzim → aktivitas enzim dpt dipengaruhi dg menambahkan molekul
efektor atau modulator, utk mengatur aliran karbon dlm suatu jalur metabolic. Efektor
positif bersifat meningkatkan, efektor negative bersifat menurunkan aktivitas enzim.
Aktivitas enzim2 regulasi dpt bersifat on / off, contoh pd fosforilasi dan defosforilasi

Mekanisme control enzim regulasi :

Penghambatan feedback atau penghambatan produk akhir → produk akhir menghambat
kerja enzim pd tahapan reaksi tertentu, biasanya di awal jalur reaksi metabolik
Feedback inhibition
Kontrol sintesis enzim

KONTROL : SINTESIS PROTEIN :

Konstitutif
Induksi
Represi
Atenuasi
Enzim konstitutif, induksi, represi, dan atenuasi:
Enzim konstitutif :
• merupakan enzim2 jalur metabolism, selalu disintesis
• ekspresi gen tinggi → dikendalikan oleh kekuatan gen promoternya
Induksi dan represi :
• induksi → mengatur sintesis enzim katabolic → efisien, enzim disintesis hanya bila tdp substrat yg
berfungsi sbg inducer
• Represi → mengendalikan sintesis enzim2 anabolisme, bila hasil anabolisme terakumulasi,
sintesis enzim ybs mengalami represi
• Atenuasi :
◦ Mengendalikan sintesis enzim dg cara terminasi transkripsi
◦ Contoh : sintesis tryptophan, melibatkan operon 5 enzim, dikendalikan oleh mekanisme represi
dan atenuasi
Regulasi respirasi dan fermentasi
Respirasi aerobic dan fermentasi dapat diregulasi melalui factor lingkungan → oksigen dan gula
Pd kondisi aerob, banyak mikroorganisme menunjukkan laju yg rendah dlm katabolisme gula
melalui glikolisis dp dlm kondisi anaerob → dikarenakan lbh sedikit karbon dimetabolisme utk
memperoleh jumlah ATP yg sama, krn respirasi aerob dan fosforilasi oksidatif lbh efisien drpd
fermentasi dlm menghasilkan energi.
Fenomena ini disebut Efek Pasteur
Efek Pasteur
Penghambatan glikolisis oleh oksigen (kondisi aerobic) → Penghambatan tjd pd aktivitas
enzim fosfofruktokinase → produk intermediet fruktosa 1,6 bifosfat
menurun/berkurang ttp produk intermedet sebelumnya terakumulasi
Aerasi kultur yeast pd glikolisis berefek meningkatkan pertumbuhan yeast ttp
menurunkan proses fermentasi
Tjd pd konsentrasi gula rendah, yi < 5 mmol/L
Yeast (bersifat fakultatif naerob) dpt menghasilkan energy melalui 2 jalur metabolism. Pada kondisi
konsentrasi oksigen rendah, piruvat diubah menjadi etanol dan CO2, energy yg dihasilkan rendah (2
ATP/1 mol glukosa). Jika konsentrasi oksigen tinggi, piruvat diubah menjadi asetil Co A dan digunakan
dalam siklus TCA, dihasilkan 36 ATL/1 mol glukosa…..→ secara anaerob dibutuhkan 16 kali glukosa
utk menghasilkan jumlah ATP yang sama pada waktu kondisi aerob.
Pada kondisi anaerob, laju metabolism glukosa lebih tinggi, tp energy yg dihasilkan lbh sedikit.
Pada kondisi aerob, produksi energy dan citrate meningkat dan laju glikolisis melambat, karena ATP
dan citrate berfungsi sbg inhibitor alosterik bagi fosfofruktokinase 1, enzim ketiga pd jalur
Efek Pasteur hanya terjadi pd konsentrasi glukosa rendah (<2 g/L) dan jika nutrient lain dlm
konsentrasi terbatas terutama nitrogen.
Shg berdasarkan jumlah ATP yg dihasilkan, menguntungkan bagi yeast utk menggunakan siklus TCA
pada kondisi aerob, krn lbh banyak ATP dihasilkan dr sedikit glukosa
Tetapi, yeast akan mengarah ke mekanisme fermentative bila glukosa tdp berlimpah
Crabtree effect
Kebalikan dari Pasteur effect
Konsentrasi glukosa tinggi, wlp kondisi aerob, terjadi fermentasi menghambat konsumsi oksigen,
menunjukkan glikolisis aerobic yg tinggi
Tjd pd sumber karbon glukosa dan lainnya
Bila tdp glukosa berlimpah, yeast akan memetabolisir glukosa dan menghentikan jalur metabolic
penggunaan karbon lainnya
Carbon catabolyte repression
Ketika tdp glukosa dan sumber karbon lain, yg akan digunakan adalah glukosa lbh dulu → Akan
menghasilkan pertumbuhan diauxi (bifasik) → Dikarenakan : produksi enzim utk menggunakan
karbon lainnya direpress oleh glukosa atau produk pertama hsl metabolisme
Bisa dikarenakan inaktivasi enzim kunci yg diinduksi oleh glukosa, represi krn penggunaan
glukosa yg cepat → yg menyebabkan cyclic adenosine monophosphate (cAMP) intraselular turun
cAMP : activator protein catabolite activator protein (CAP), yg bila dlm keadaan
aktif akan terikat pd daerah promoter gen.
Tanpa CAP : RNA polymerase tdk dpt terikat dan tdk tjd transkripsi. Shg, bila tdk
ada cAMP, molekul CAP tdk aktif, tdk tjd transkripsi.
Level cAMP meningkat bila laju transport glukosa ke dalam sel turun di bawah
level tertentu
Kontrol tambahan
NRPS
Autoregulasi
End-product regulation
Inducible effects
Nitrogen and phosphate regulation
Sintesis non-ribosomal peptide
Sintesis peptide tidak melalui proses transkripsi DNA mjd RNA dan translasi mjd polipeptida oleh
ribosom
Peptida disintesis melalui aksi peptide syntethases, enzim yg dihasilkan pada akhir fase
eksponensial.
Enzim berfungsi sbg template sintesis peptide.
Contoh :
Gramicidin S yg dihasilkan oleh Bacillus brevis, tersusun dari 2 dimer pentapeptida. Setiap dimer
dibentuk dari 4 asam amino yg teraktivasi (turunan amino-acyl). Asam amino lainnya, yaitu L-
phenylalanine, diaktivasi oleh gramicidin synthase II dan diubah mjd bentuk D. Selanjutnya,
ditransfer ke gramicidin synthase I dan asam amino teraktivasi lainnya dihubungkan
membentuk pentapeptida. Dua pentapeptida kmd bergabung membentuk molekul cyclic
gramicidin S aktif
Autoregulasi
Melibatkan molekul kecil factor A yg dihasilkan oleh Streptomyces.
Faktor A berfungsi sbg senyawa autoregulatori spt hormone, yg akan menstimulasi
pembentukan met sekunder
Faktor A berfungsi mengendalikan biosintesis streptomycin, resistensi streptomycin dan
sporulasi
End-product regulation
Produk akhir menghambat dibentuknya senyawa metabolit sekunder sbg efek feedback
inhibition pada jalur metabolismenya
Contoh : chloramphenicol menghambat kerja enzim aryl amine synthatase….. Enzim yg bekerja
pd sintesis chloramphenicol
Inducible effects
Produksi met sekunder banyak dipengaruhi oleh system induksi (pemberian senyawa induser) ke
dalam medium fermentasi
Senyawa inducer dapat adalah senyawa metabolit primer, contoh :
asam amino methionine menginduksi produksi cephalosporin
L-tryptophan atau analog tryptophan menstimulasi produksi ergoline oleh Claviceps purpurea
Nitrogen and phosphate regulation
Nitrogen dan phosphate yg mudah digunakan dapat menghambat sintesis metabolit sekunder
Contoh :
Ammonia menghambat produksi penisilin
Konsentrasi phosphate > 10 mmol/L menghambat produksi candicidin, streptomycin,
tetracycline