Analisis perbandingan genetik pada mamalia memberikan informasi penting untuk struktur dan fungsi

gen. Namun, analisis perbandingan untuk urutan gen dari individu-individu yang berasal dari spesies
yang sama dan berbeda juga menerangkan tentang perkembangan gen, populasi, dan spesies. Kami
memberikan 2 contoh yaitu dua penggunaan informasi genetik. Pertama, kita mendokumentasikan
hubungan perkembangan anjing domestik dengan karnivora lain yang menggunakan berbagai informasi
berbasis DNA. Perbandingan filogenetik dari urutan DNA mitokondria pada anjing
dan serigala abu-abu menunjukkan bahwa anjing mungkin berasal dari beberapa populasi serigala
pada suatu waktu jauh lebih awal daripada yang disarankan oleh catatan arkeolog. Kami
membahas teori-teori sebelumnya tentang pengembangan anjing dan evolusi dalam data genetik
terbaru. Kedua, kita meninjau kemajuan terbaru dalam pemetaan genetik anjing karena
pengembangan banyaknya penanda variabel dan pewarnaan kromosom tertentu.
Persamaan genetik dalam hal yang lebih luas dan fungsi gen antara manusia dan
anjing telah ditemukan. Anjing dapat menjadi model yang berharga untuk
mengidentifikasi gen yang mengontrol perbedaan morfologi antara mamalia juga
sebagai pemahaman berbasis penyakit genetik. BioEssays 21: 247-257,
1999 r 1999 John Wiley & Sons, Inc

Pendahuluan
Kami akan meninjau studi terbaru keragaman genetik dan pemetaan genetik anjing untuk menunjukkan
penggunaan informasi genetik dalam perkembangan studi biomedis. Awalnya, kami akan
membahas sejarah perkembangan anjing dan hubungan mereka
untuk gigi taring terhadap karnivora lainnya seperti yang telah diungkapkan dengan penelitian berbasis
DNA . Hasil ini menunjukkan bahwa gigi taring memiliki keturunan genetik yang sangat berbeda untuk
keunikan dan panjangnya pada karnivora. Setelah itu,
kami akan menjelaskan studi genetik baru menunjukkan bahwa
anjing telah menjadi hewan peliharaan lebih dari 100.000 tahun yang lalu. meskipun
semua anjing tampaknya berasal dari serigala abu-abu, keaslian atau antar perkawinan sedarah mungkin
telah terjadi beberapa kali selama sejarah manusia. Serigala abu-abu dapat terus
mempengaruhi keragaman genetik anjing melalui perkawinan yang
hibrida antara anjing-serigala dengan anjing domestik. Kami menyimpulkan bahwa hasil penelitian
gambaran studi pemetaan genetik anjing dan hubungan mereka memiliki kesamaan pada manusia dan
mamalia lainnya.
Kemajuan dalam peta fisik genetik telah mengalami keterlambatan karena anjing memiliki kariotipe
bernomor tinggi (2n 5 78)
dan unsur-unsur kromosom terkecil yang sulit untuk diidentifikasi. Namun, kemajuan terbaru dalam
studi banding dan perkembangan banyaknya variable penanda dan pewarnaan kromosom telah
mengakibatkan tiruan yang lebih luas dan peta fisik.
Keterkaitan dalam perkembangan anjing lokal
Anjing domestik adalah spesies dalam keluarga Canidae temasuk jenis Carnivora, dan famili Canidae
yang meliputi anjing laut, beruang, musang, rakun yang jenisnya karnivora (Gbr. 1). Anjing keluarga
kadang-kadang dianggap mewakili famili tersebut, tapi dalam kenyataannya lebih dari 50
juta tahun yang lalu Canidae adalah keluarga filogenetis yang paling berbeda, menyimpang dari
karnivora lainnya (Gambar. 1). Bahkan, kariotipe anjing memegang sedikit kesamaan dengan yang ada di
setiap keluarga karnivora lainny, (1,2) menunjukkan blok besar kromosom yang tidak dapat dilestarikan.
Namun, kelompok gen buatan yang dilestarikan telah ditemukan di seluruh Carnivora. (3) Meskipun
demikian, perhitungan tentang struktur dan fungsi gen dari satu karnivora dengan keluarga lainnya
mungkin meragukan karena perbedaan evolusi kuno antara anjing dan karnivora lainnya. (4)
Meskipun anjing memiliki garis keturunan purba, 35 spesies yang masih ada sangat erat kaitannya (Gbr.
2). Radiasi dari garis keturunan kemungkinan dimulai sekitar 12 sampai 15 juta tahun yang lalu dan
diversifikasi menjadi tiga kelompok yang berbeda: (1) merah
canids mirip rubah, termasuk merah, kit, dan rubah Arktik; (2)
Rubah Amerika Selatan; dan canids (3) serigala-seperti, termasuk
anjing domestik, serigala abu-abu, coyote, dan serigala. Rubah abu-abu, rakun, dan kelelawar bertelinga
rubah tidak cocok dengan
kategori ini dan merupakan garis keturunan yang perbedaannya panjang. Anjing rakun
tampaknya memiliki kromosom pelengkap yang paling primitif
dan mungkin memiliki beberapa blok kromosom besar yang
homolog dengan yang ada di kucing. (2) Namun, jumlah kromosom
dan struktur bervariasi di antara spesies anjing, dari 36
kromosom metasentrik (rubah merah) ke 78 kromosom akrosentrik
(serigala, coyote, dan serigala) (Gbr. 2). Tingkat variasi berlawanan dengan sebagian besar keluarga
karnivora lainnya di mana jumlah kromosom dan struktur dilestarikan dengan baik. (1)

Asal anjing domestik

Hewan domestik digunakan secara luas sebagai model untuk penyelidikan genetik
mulai dari studi pemuliaan klasik untuk
pemeriksaan genetika molekuler secara detail. (5) Namun, asal
keragaman varietas genetik yang digabungkan jarang dapat dikenali dengan baik . Seringkali, jumlah,
waktu, dan asal geografis pendiri peristiwa tidak jelas dari catatan sejarah atau
catatan domestikasi yang lampau, dilaporkan bahwa tidak ada catatan yang dapat disimpan. Contohnya
anjing domestik (Canis familiaris). Teori jarak genetik dari anjing murni bahwa hanya satu anjing ras
murni berasal dari sekumpulan kelompok yang terbatas jumlahnya berdasarkan dari beberapa silsilah,
mungkin lebih dari dari satu spesies, selama sejarah manusia. (6,7) Kebanyakan dari beberapa ratus jenis
anjing yang masih memiliki turunannya telah dikembangkan dalam beberapa ratus tahun terakhir, tetapi
hasil persilangan yang spesifik menyebabkan pembentukan mereka tidak tercatat (8). Keragaman
genetik dari adanya beberapa populasi merupakan pengetahuan penting untuk memahami
keragaman fenotipik terbesar besar dari anjing. Sebuah gen yang beragam
menunjukkan bahwa keragaman gen sangat penting untuk perbedaan fenotipik,
sedangkan kelompok gen yang terbatas menunjukkan perkembangan
plastisitas merupakan hal yang lebih penting dalam mengembangkan jenis ras. Selain itu, sebuah
pemahaman keanekaragaman genetik diperlukan agar studi tentang pemetaan genetik dapat disimpan
dan digunakan secara efisien terhadap keragaman genetik yang ada pada anjing.

Semua spesies anjing dalam genus Canis adalah berdasarkan filogenetik memiliki kaitan yang
erat dan berpotensi terjadinya kawin silang. Charles Darwin
merasa bahwa anjing lokal memiliki fenotip yang beragam sehingga mereka mungkin telah berasal dari
dua atau lebih spesies anjing liar . (9) Demikian pula, Konrad Lorenz awalnya menyarankan bahwa
ciri-ciri dari serigala dan jakal dapat diamati pada anjing. (10) Namun, teori polifiletik anjing ras murni
jarang terjadi, dan sebagian besar peneliti berpendapat bahwa anjing berasal dari satu atau lebih
populasi serigala abu-abu. (6,7) Data genetik molekular jelas mendukung asal anjing dari serigala;
anjing memiliki alel protein yang sama dengan serigala, (11,12) bagian mikrosatelit yang sangat
polimorfik, (13) dan memiliki mitokondria
DNA sekuens yang mirip atau identik dengan yang ditemukan dalam serigala abu-abu . (14,15) Baru-baru
ini, survei yang membandingkan dari beberapa ratus serigala abu-abu dan anjing menemukan bahwa
dua spesies ini hanya memiliki sedikit perbedaan sekuens pada daerah kontrol dari DNA mitokondria.
(16) Sebagai contoh, perbedaan rata-rata antara anjing dan serigala adalah sekitar 1,5% dibandingkan
dengan hubungan terdekat mereka yang berikutnya yaitu antara anjing dan coyote sebesar 7,5%.

Yang lebih kontroversial adalah jumlah yang spesifik dari domestikasi serta waktu dan lokasi
mereka. Catatan archeologic menunjukkan bahwa anjing lokal pertama ditemukan di Tengah
Timur sekitar 14.000 tahun yang lalu. (6,7) Namun, sisa-sisa fosil yang usianya mendekati dari yang
ditemukan di Timur Tengah ini, ternyata diketahui berasal dari Eropa, dan spesimen yang berumur 8.000
tahun diketahui dari Amerika Utara. (6,7,17) perbandingan morfologis menunjukkan bahwa fenotip
anjing paling dekat dengan Serigala Cina. (18) Plastisitas fenotipik anjing adalah
masalah ketika mencoba memperbaiki asal-usul mereka.
Beberapa fenotip anjing berkaitan erat dengan serigala liar, sedangkan yang lainnya kurang begitu
dekat. (19) Akibatnya, penampilan pertama
dalam catatan fosil anjing domestik, ditandai dengan adanya
perbedaan fenotipik dari serigala yang mungkin akan membingungkan.
Dibandingkan dengan domestikasi anjing pertama kali, penampilan
anjing dibedakan pertama dalam catatan fosil sebagai gantinya mungkin
telah mencatat perubahan dalam seleksi buatan yang terkait dengan
perubahan budaya dalam masyarakat manusia. (16)

Penilaian mandiri dari anjing lokal disediakan oleh kontrol mitokondria data sekuens daerah
(Gbr. 3). (16) Analisis filogenetik kontrol urutan wilayah
mengungkapkan empat clades urutan berbeda. Yang paling beragam
clades ini mengandung urutan yang berbeda dengan paling banyak 1% di
Urutan DNA (Gambar. 3, clade 1). Oleh karena itu, karena serigala
dan coyote menyimpang sekitar 1 juta tahun yang lalu dan memiliki
urutan daerah kontrol yang 7,5% yang berbeda, anjing dan
serigala abu-abu mungkin telah menyimpang 1 / 7.5 selama lalu atau sekitar
135.000 tahun sebelum sekarang. Akibatnya, molekul
Hasil penelitian menunjukkan asal kuno anjing domestik dari
serigala. Bahkan, serigala dan manusia hidup di habitat yang sama
sebanyak 500.000 tahun (6) Oleh karena itu, mereka mungkin memiliki.
telah dijinakkan sebelumnya dan hanya baru-baru berubah di
konformasi dengan perubahan kondisi yang terkait dengan
pergeseran dari pemburu-mengumpulkan budaya untuk masyarakat yang lebih agraria
sekitar 12.000 tahun yang lalu. (6) Peran yang dimainkan ini anjing di
masyarakat sebelum periode ini mungkin telah secara dramatis
berbeda, mungkin dibatasi lebih perlindungan dan berburu
dan hidup kurang erat dengan manusia. Atau, anjing mungkin
memiliki lebih asal baru-baru ini, tetapi keturunan dari sekarang
spesies punah dari canid yang terdekat hidup relatif adalah
serigala abu-abu.

Setidaknya telah dilakukan empat originasi atau kawin silang peristiwa yang tersirat
dengan hasil genetik karena urutan anjing yang tertanam dalam empat kelompok yang berbeda atau
clades, masing-masing dengan terpisah
keturunan dengan serigala (Gbr. 3). Dalam clade 4, urutan serigala adalah
identik dengan urutan anjing, menunjukkan sangat baru-baru ini
kawin silang atau peristiwa originasi. Sayangnya, domestikasi
Peristiwa sulit dibedakan dari perkawinan
peristiwa. Setelah anjing telah didomestikasi, mereka mungkin memiliki
tersebar di wilayah yang luas dan, setelah itu, sesekali antar pembiakan
dengan serigala liar akan ditransfer serigala mtDNA untuk
mereka. Jumlah originasi / kawin silang peristiwa kemungkinan
lebih dari itu tersirat oleh pohon karena beberapa alasan.
Pertama, karena DNA mitokondria dari garis ibu diwariskan,
kawin silang antara serigala acara laki-laki dan anjing betina
tidak akan dipertahankan. Bahkan, salib tersebut mungkin lebih
berhasil dari serigala betina / anjing jantan melintasi karena
serigala betina mungkin cenderung untuk meningkatkan keturunannya di alam liar di mana
kondisi lebih sulit. (20) Kedua, secara kebetulan, yang
DNA mitokondria dari anjing / serigala kawin silang peristiwa mungkin
telah hilang selama sejarah domestikasi. karena
DNA mitokondria klonal diwarisi dari perempuan
orang tua, secara kebetulan, keturunan perempuan tidak dapat mereproduksi
meskipun gen nuklir ditularkan melalui keturunan laki-laki.

Dalam keturunan, keragaman urutan juga tinggi. Sebagian besar

keturunan baik-sampel memiliki setidaknya 3-6 berbeda
urutan, menunjukkan bahwa banyak perempuan yang terlibat dalam
pengembangan berkembang biak. (16) Untuk alasan di atas,
jumlah pendiri perempuan untuk setiap berkembang biak mungkin jauh
lebih besar dari yang disarankan oleh jumlah urutan yang berbeda
sendiri. Beberapa keturunan memiliki urutan yang unik, dan genealogis
hubungan antar ras tidak jelas dalam
pohon urutan. Kebanyakan keturunan berasal terlalu baru-baru ini,
dalam beberapa ratus tahun terakhir, sehingga breeddefining unik
mutasi tidak terjadi di wilayah kontrol.
Oleh karena itu, hubungan urutan antar ras
mencerminkan perbedaan dalam gen umum leluhur
anjing daripada hubungan leluhur-keturunan tertentu
baru-baru ini menyimpang keturunan. Keragaman genetik yang cukup dalam
breed juga didukung oleh analisis alel protein (12,21)
dan hypervariable mikrosatelit lokus. Lokus mikrosatelit memiliki
nilai rata-rata heterozigositas yang diharapkan dalam breed
mulai dari 36% sampai 55%, (22,23) sedangkan populasi liar murni
serigala memiliki nilai rata-rata 53%. (13,24) Akibatnya,
moderat untuk keragaman genetik yang tinggi ras anjing
mengindikasikan bahwa mereka berasal dari kolam gen beragam dan
sering belum intensif bawaan.
Ras anjing kuno
Hasil genetik menunjukkan bahwa mayoritas keturunan yang
genetik beragam dan tidak baik dibedakan (Gambar. 3). (20)
Hasil ini diharapkan karena sebagian besar keturunan telah
dikembangkan baru-baru ini dan tampaknya berasal dari
beragam dan tercampur gen. Namun, lebih kuno
keturunan, seperti dingo, New Guinea bernyanyi anjing,
bulldog, dan mastiffs dikembangkan saat manusia
populasi yang lebih terisolasi. Beberapa keturunan ini mungkin
telah secara independen domestikasi dari serigala. Bahkan,
keturunan Norwegia dalam penelitian kami memiliki urutan yang
mendefinisikan clade yang sangat berbeda, menunjukkan kuno dan
mungkin asal independen dari serigala (Gbr. 3, Clade 2). untuk
menentukan apakah keturunan kuno lainnya dengan sejarah panjang
isolasi secara independen berasal dari serigala, survei
yang berbulu Meksiko, atau Xolo, dilakukan. (25) Xolo The
adalah jenis anjing berbulu dikembangkan di Meksiko lebih dari 1.000
tahun yang lalu. Sebuah survei dari 26 Xolos menunjukkan bahwa mereka mengandung

urutan identik dengan yang ditemukan pada jenis anjing lain.

Selain itu, perwakilan dari semua empat clades urutan yang
ditemukan di Xolo (Gbr. 3), menunjukkan bahwa populasi
anjing yang bermigrasi dengan manusia ke Dunia Baru lebih
10.000 tahun yang lalu itu besar dan beragam dan memiliki baru-baru ini
nenek moyang yang sama dengan anjing dari Dunia Lama. Tak satu pun dari
Urutan Xolo yang mirip dengan serigala New World, menunjukkan
bahwa mereka tidak independen domestikasi dari
mereka.
Serigala-anjing hibridisasi
Wolves terus mempengaruhi keragaman genetik anjing. dalam
Amerika Serikat, lebih dari 100.000 hibrida serigala-anjing ada.
Hibrida serigala-anjing sering kawin dengan anjing, dan
keturunan hibrida, dengan memiliki proporsi yang lebih rendah dari serigala
gen, mungkin lebih jinak. Akibatnya, gen serigala akan
berdifusi ke dalam populasi anjing pada umumnya. Gen anjing mungkin juga
menjadi mempengaruhi komposisi genetik dari serigala liar. di Italia
dan Spanyol, serigala abu-abu berinteraksi dan dapat kawin silang dengan
populasi semi-liar anjing domestik. (20) hibridisasi tersebut
dapat mengancam integritas genetik dari populasi serigala liar,
meskipun frekuensi kejadian mungkin tidak setinggi
diperkirakan sebelumnya. (20)
Implikasi bagi genomemapping
Implikasi dari hasil ini untuk studi genetik anjing adalah
bahwa meskipun pilihan intens untuk keseragaman fenotipe dalam
keturunan, keragaman genetik dalam banyak trah anjing adalah
mirip dengan yang di populasi serigala abu-abu liar. Akibatnya,
keturunan tanpa riwayat ketat dikontrol dari perkawinan sedarah
tidak boleh dianggap genetik seragam, kecuali
tentang gen-gen tertentu yang mempengaruhi konformasi dan berkembang biak
mendefinisikan sifat. Selain itu, hasil ini menunjukkan bahwa
keragaman gen fungsional pada anjing harus sistematis
dieksplorasi untuk melengkapi upaya dalam pemetaan genom. Sebuah genom
peta berdasarkan penelitian dari sampel yang terbatas anjing
tidak akan cukup mewakili keragaman genetik anjing.
Namun, persilangan antara ras anjing yang berbeda untuk menciptakan
individu yang sangat heterozigot untuk studi pemetaan mungkin tidak
sangat berguna karena rendahnya tingkat perbedaan antara
keturunan. Persilangan antara anjing dan coyote mungkin lebih
informatif dalam hal ini (Gbr. 2).
Perkembangan dan genetik keanekaragaman
Sebuah pertanyaan yang menarik menyangkut asal fenotipik
keragaman pada anjing domestik. Anjing jelas yang paling beragam
spesies domestik. Berbagai ukuran dan konformasi adalah
dicontohkan oleh petite Chihuahua (0,5 kg) dan besar
Great Dane (80 kg). Ini dua kali lipat perbedaan
dalam ukuran tidak memiliki paralel pada hewan peliharaan lainnya. Past
teori untuk menjelaskan asal-usul keragaman fenotipik pada anjing
telah memperkirakan bahwa itu terkait dengan perkembangan mendalam
perubahan yang terjadi dari neonatus untuk orang dewasa. (19) Neonatal
anjing memiliki tengkorak yang sangat luas dan menyempit,
sedangkan orang dewasa Jerman Shepard memiliki wajah yang panjang meruncing
dan tengkorak (Gbr. 4). Perubahan perkembangan yang memotong,
mempercepat, atau menghambat aspek transformasi ontogenetic ini
membuat morfologi tengkorak dramatis perbedaan yang
mudah dapat dipilih oleh peternak. Fitur Puppy-seperti di
hewan dewasa sering dibudidayakan oleh manusia. (26) Sebaliknya,
kucing domestik neonatal dan dewasa bervariasi sedikit dalam proporsi dan,
dengan demikian, perubahan tingkat pertumbuhan atau waktu tidak akan menyebabkan seperti
perubahan dramatis dalam konformasi (Gbr. 4). Keragaman Breed adalah
tercermin keragaman ontogenetic pada mamalia domestik lainnya
juga. (19) Temuan ini menunjukkan bahwa perbedaan dalam keragaman
antara anjing dan hewan domestik lainnya mencerminkan
sejauh mana neonatus dan orang dewasa berbeda dalam konformasi.
Tindakan hanya beberapa gen pembangunan pada pertumbuhan akan
menyebabkan perubahan yang lebih dramatis pada anjing daripada di dalam negeri lainnya
hewan. Namun, kesimpulan ini didasarkan pada asumsi
bahwa anjing dan spesies domestik lainnya memiliki awal yang sama
tingkat variasi genetik. Temuan bahwa anjing memiliki
beragam dan kuno asal menunjukkan bahwa variasi genetik
mungkin merupakan prasyarat penting bagi variasi fenotipik di
anjing dan spesies domestik lainnya.
The anjing genom: organisasi Genome
dan Sitogenetika
Di antara banyak metode untuk mempelajari variasi genetik
yang didasarkan pada analisis sitogenetik, studi banding
keluarga gen, dan analisis genetika molekuler. Yang pertama dari
ini, analisis sitogenetik, telah sangat sulit untuk
tampil di anjing karena jumlah besar akrosentrik kecil
kromosom (2n 5 78). Berdasarkan resolusi tinggi
banding kromosom metafase dari fibroblast anjing, sebuah
ideogram dari 460 band nomor dan landmark hanya memiliki
baru-baru ini telah diusulkan. (27) Tapi standar untuk kromosom
identifikasi oleh G-banding telah ditetapkan untuk hanya
terbesar 22 autosom anjing oleh Komite untuk
Standar Kariotipe dari Anjing. (27,28) Jadi, upaya untuk
reproducibly membedakan kromosom anjing harus
sebagian besar bergantung pada pendekatan molekuler baru, seperti kromosom
lukisan setelah isolasi aliran-diurutkan tunggal anjing
kromosom (29) Pendekatan khusus ini telah bekerja dengan baik.;
penerapan aliran cytometry dual-laser telah memungkinkan highresolution
menyortir kromosom anjing di 32 berbeda
puncak. Bahan aliran diurutkan ini dapat diperkuat dengan menggunakan
polymerase chain reaction (PCR) dan kemudian digunakan sebagai probe dalam
sitogenetik analisis pada spread metafase kromosom anjing.
Dua puluh dua dari cat kromosom anjing memungkinkan
identifikasi kromosom anjing tunggal; sisanya
mengidentifikasi dua kromosom yang serupa dalam ukuran. Reagen
seperti cat kromosom anjing diharapkan
memainkan peran kunci dalam mengungkap organisasi anjing tersebut
genom dan menentukan hubungan antara erat
genom mamalia terkait.
Gen dan genom