Lampiran Cara Kerja

A. Mengimport File
1. Pilih File

2. Klik Import Molekul

3. Pilih file ligan yang akan diimport (1XKK.pdb) klik open

4. Akan muncul

5. Unceklist yang tidak diinginkan , klik Import

6. Protein dan ligan akan muncul pada Visualization Window

 7. Unceklist protein intuk melihat ligan | tampilann ligan

8. Unceklist ligan untuk melihat protein | Gambar tampilan protein

B. Memprediksi tempat pengikatan

1. Klik Preparation, pilih detect Cavities
 2. Muncul tampilan dibawah ini || pilih jumlah cavities sesuai yang diinginkan

3. Muncul 5 cavities yang berwarna hijau

C. Menjalankan simulasi penambatan molekuler co-crystal ligand

1. Jika ligan yang tersedia berjumlah lebih dari satu, maka ligan aktif dapat dipilih dengan
mengklik kanan pada jendela pertama, kemudian pilih set as Active Ligand
2. Pilih menu Dockung | Docking Wizard.

3. Pilih ligan yang sesuaisebagai Reference ligand

3. Klik Next
4. Pada bagian Binding Site: Origin, pilih cavity yang sesuai

5. Klik Next dan untuk memulai penambatan molekuler klik Start

6. Proses penambatan molekuler, ditunggu hingga 100%

 7. Kilk Poses all untuk melihan nilai Rerank Score dan RSDM

D. Menjalankan simulasi penambatan molekuler ligan uji

1. Import file ligan yang akan diuji

2. Ubah nama ligan dengan mengklik kanan ligan lalu pilih Rename Ligand

3. Pilih ligan uji sebagai ligan aktif

4. Atur posisi ligan uji dengan cara mengklik 3 atom pada ligan uji

5. Dan juga klik 3 atom pada co-cristal ligand.

6. laluklik kanan dan pilih Align To this Molecule

 7. Tampilan setalah di Align To this Molecule

8. Lakukan penambatan molekuler dengan tahapan yang sama dengan simulasi

penambatan co-cyrstal ligand

E. Menampilkan Ikatan Hidrogen

1. Pilih ligan menjadi ligan aktif
2. Klik View | Hydrogen Bond Interaction

3. Untuk mengembalikan tampilan, klik view | Reset View

F. Nilai Rerank Score
 a. Co-crystal ligand receptor 1XKK (lapatinib)

b. 1,3-Difenil-2-propen-1-on

c. 1-(4’-Metilfenil)-3-(3’,4’-dimetoksifenil)2-propenon

G. Penentuan Asam amino

a. Co-crystal ligand receptor 1XKK (lapatinib)
 b. 1,3-Difenil-2-propen-1-on

c. 1-(4’-Metilfenil)-3-(3’,4’-dimetoksifenil)2-propenon

H. Penentuan Gugus Fungsi

a. Klik pada salah satu atom kemudaan akun muncul properties
I. Penentuan Ikatan Hidofobik
a.

b. 1,3-Difenil-2-propen-1-on

c. 1-(4’-Metilfenil)-3-(3’,4’-dimetoksifenil)2-propenon

J. Penentuan Ikatan Hidrogen

a. Co-crystal ligand receptor 1XKK (lapatinib)
b. 1,3-Difenil-2-propen-1-on

c. 1-(4’-Metilfenil)-3-(3’,4’-dimetoksifenil)2-propenon