Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan yang memisahkan analit berdasarkan

kemampuannya bergerak dalam medium konduksi yang biasanya berupa larutan buffer dan akan
memberikan respons setelah diberikan medan listrik (Harvey, 2000).

Salah satu metode PAGE yang umumnya digunakan untuk analisa campuran protein secara
kualitatif adalah SDS ‐ PAGE ( Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrilamide Gel Electroforesis ).
Prinsip penggunaan metode ini adalah migrasi komponen akril amida dengan N.N`
bisakrilamida. Kisi – kisi tersebut berfungsi sebagai saringan molekul sehingga konsentrasi atau
rasio akrilamid dengan bisa krilamid dapat diatur untuk mengoptimalkan kondisi migrasi
komponen protein. Metode ini sering digunakan untuk menentukan berat molekul suatu protein
disamping untuk memonitor pemurnian protein (Wilson dan Walker, 2000). SDS ‐ PAGE
dilakukan terhadap protein tak larut dengan kekuatan ion rendah dan dapat menentukan apakah
suatu protein termasuk monomerik atau oligomerik, menetapkan berat molekul dan jumlah
rantai polipeptida sebagai subunit atau monomer.

Fungsi SDS (sodium dodecyl sulfat) merupakan detergen anionik, yang apabila dilarutkan
molekulnya memiliki muatan negatif dalam range pH yang luas. Fungsi utama SDS padametode
SDS-PAGE (SDS-Polyacrylamide gel electrophoresis) yaitu untuk memberikan muatan negatif
pada protein yang akan dianalisis, selain itu SDS dapat mendenaturasi protein, mempermudah
menyamakan kondisi, dan menyederhanakan protein (bentuk,ukuran, dan muatan). Muatan
negatif SDS akan menghancurkan sebagian stukturkompleks protein dan secara kuat tertarik ke
arah anoda bila ditempatkan pada suatumedan listrik (Anam, 2009)

Penggunaan SDS ‐ PAGE bertujuan untuk memberikan muatan negatif pada protein yang akan
dianalisa. Protein yang terdenaturasi sempurna akan mengikat SDS dalam jumlah yang setara
dengan berat molekul protein tersebut (Dunn,1989). Denaturasi protein dilakukan dengan
merebus sampel dalam buffer yang mengandung β ‐ merkaptoetanol (berfungsi untuk mereduksi
ikatan isulfide), gliserol dan SDS (Wilson dan Walker,2000). Muatan asli protein akan digantikan
oleh muatan negatif dari anion yang teikat sehingga kompleks protein ‐ SDS memiliki rasio
muatan per berat molekul yang konstan. (Hames, 1987).

merupakan elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fasediam untuk memisahkan molekul-
molekul seperti DNA dan protein menjadi pita-pitayang masing-masing terdiri atas molekul-
molekuldengan panjang yang sama.Elektroforesis gel merupakan teknik memisahkan suatu
makromolekul dengan caramemberi gaya pada makromolekul tersebut untuk melewati medium
berisi gel yangdibantu dengan tenaga listrik. Elektroforesis gel memisahkan berdasarkan
lajuperpindahannya melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik. Media atau gelyang
dapat digunakan yaitu agarose gel (elektroforesis DNA) dan poliakrilamid gel(elektroforesis
protein). Laju pergerakan molekul dipengaruhi oleh ukuran molekul,konsentrasi gel, bentuk
molekul, densitas muatan, pori-pori gel, voltase, dan larutanbuffer elektroforesis (Martin, 2006)

3.1 Elektroforesis SDS – PAGE

Elektroforesis adalah sebuah metode untuk separasi atau pemisahan sebuah molekul besar
(seperti protein, fragmen DNA, RNA dll) dari campuran molekul yang serupa. Elektroforesis
digunakan untuk memisahkan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat
migrasinya dalam sebuah medan listrik. Sebuah arus listrik dilewatkan melalui medium yang
mengandung sampel yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan
muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika
molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium (misal agarosa), maka
molekul tersebut akan bergerak dari muatan negatif menuju muatan positif. Kecepatan gerak
molekul tersebut tergantung pada rasio muatan terhadap massanya dan bentuk molekulnya
(Yuwono, 2008).

3.2 Fungsi SDS pada metode SDS-PAGE

SDS (sodium dodecyl sulfat) merupakan detergen anionik, yang apabila dilarutkan molekulnya
memiliki muatan negatif dalam range pH yang luas. Fungsi utama SDS pada metode SDS-PAGE
(SDS-Polyacrylamide gel electrophoresis) yaitu untuk memberikan muatan negatif pada protein
yang akan dianalisis, selain itu SDS dapat mendenaturasi protein, mempermudah menyamakan
kondisi, dan menyederhanakan protein (bentuk, ukuran, dan muatan). Muatan negatif SDS akan
menghancurkan sebagian stuktur kompleks protein dan secara kuat tertarik ke arah anoda bila
ditempatkan pada suatu medan listrik (Anam, 2009).

3.3 Fungsi akrilamid pada metode SDS-PAGE

Fungsi akrilamid pada metode SDS-PAGE yaitu untuk mencegah difusi akibat timbulnya panas
pada arus listrik. Selain itu gel akrilamid sering dimanfaatkan untuk memisahkan molekul
protein yang kecil. Konsentrasi akrilamid total dalam gel dapat mempengaruhi migrasi protein.
Pada proses pembuatan gel, akrilamid akan berpolimerisasi secara spontan bila tidak ada
oksigen (Prihanto, 2011).

3.4 Fungsi pewarnaan gel pada metode elektroforesis

Pewarnaan atau staining pada gel merupakan bagian dari metode SDS-PAGE. Fungsi pewarnaan
gel pada elektroforesis yaitu untuk membantu memonitor jalannya elektroforesis. Pewarnaan gel
pada metode elektroforesis protein terdiri dari commasie blue staining dan silver salt staining.
Pada pengecatan dengan menggunakan perak nitrat dianalisa jarak migrasi pita-pita protein
terbentuk pada gel pemisah. Jarak migrasi diukur dan dibandingkan dengan jarak yang ditempuh
oleh pewarna biru bromofenol. Sedangkan pewarna biru bromofenol untuk mengamati migrasi
molekul protein selama elektroforesis (Anam, 2009).

3.5 Stacking gel

Stacking gel merupakan salah satu gel yang digunakan dalam SDS-PAGE. Stackinggel
merupakan gel pengumpul atau gel penimbun yang terletak pada bagian atas.Stacking gel dibuat
dengan campuran antara akrilamid 30%, Tris HCl 1 M pH 6,8, sterilaquades, SDS 10%,
Ammonium Phosphate (APS) 10%, dan temed (Utami, 2007).

Stacking gel diperlukan dalam elektroforesis protein karena digunakan untuk mencetak sumuran
( well ), selain itu digunakan untuk menimbun atau memekatkan protein menjadi satu jalur yang
sempit sebelum protein itu memasuki gel pemisah. Stacking gel juga digunakan untuk menahan
sementara agar sampel bermigrasi pada waktu yang bersamaan. Pada saat elekroforesis protein,
protein akan tertarik ke bagian bawah aruslistrik. Protein yang memiliki berat molekul paling
kecil bergerak cepat sehingga tertariksampai bagian bawah gel, sedangkan protein yang memiliki
berat molekul paling besarakan berada pada bagian atas dari gel (Utami, 2007).