Untuk menangani masalah otonomi khusus di Papua dibutuhkan pengawasan dari

pemerintah melalui Kementrian Dalam Negeri juga partisipasi masyarakat di daerah.

Dengan demikian sangat diharapkan peran masyarakat di daerah seperti lembaga swadaya
masyarakat, organisasi sosial keagamaan di Papua. Penyalahgunaan dana otonomi khusus
dapat ditangani dengan diberlakukannya pengawasan terhadap penggunaan dana tersebut
oleh MRP. MRP haruslah membentuk tim khusus dari setiap masalah yang terjadi di Papua
sehingga pengawasan oleh MRP dapat tepat sasaran dan tidak tumpang tindih dengan
masalah yang lain. Selanjutnya pihak yang melakukan penyalahgunaan dana otonomi
khusus dapat dikenakan sanksi seusai undang-undang yang berlaku. Selain itu, pencegahan
penyalahgunaan dana otonomi khusus dapat dilakukan dengan memberi pendidikan
kepada calon Kepala Daerah mengenai kesadaran pentingnya dana otonomi khusus bagi
masyarakat Papua agar Kepala Daerah tidak terpengaruh oleh interferensi dari pihak lawan
pemerintahannya. Kajian mengenai pembatasan kewenangan pusat, provinsi, ataupun kota
di Papua juga dapat mengurangi kegiatan/program yang tumpang tindih antara pusat dan
daerah. Hal yang paling mendasar dari solusi di atas adalah perlu adanya pemberdayaan
masyarakat Papua dengan pendekatan budaya sehingga terciptanya kualitas masyarakat
Papua yang baik untuk membantu KPK atau badan pengawas lainnya mengawasi
pemerintahan daerahnya sendiri.