SISTEM TRANSKRIPSI PADA PROKARYOT

Hasil-hasil penelitian menunjukkan bahwa ada perbedaan fundamental dalam

hal struktur gen, faktor-faktor pengendali, mekanisme, serta sistem regulasi trankripsi
antara jasad prokaryot dengan eukaryot. Perbedaan tersebut sangat erat kaitannya
dengan perbedaan struktural sel prokaryot dengan sel eukaryot. Seperti diketahui, sel
jasad prokaryot mempunyai struktur yang lebih sederhana dibandingkan dengan sel
eukaryot. Pada jasad prokaryot tidak ada struktur seluler dengan fungsi spesifik seperti
yang dapat diamati pada sel eukaryot. Sebagai contoh, pada jasad prokaryot tidak ada
struktur inti sel (nukleus) sehingga tidak ada pemisahan ruang antara molekul bahan
genetik dengan organel lainnya. Hal ini mempunyai implikasi yang sangat penting
dalam hal mekanisme transkripsi pada prokariot. Pada jasad prokaryot, sebelum
transkripsi selesai dilakukan, proses translasi juga sudah berlangsung. Sebaliknya pada
eukaryot terdapat struktur nukleus yang memisahkan bahan genetik dari organel sel
lainnya. Oleh karena itu, pada jasad eukaryot, proses transkripsi terjadi di dalam
nukleus sedangkan proses translasi terjadi di sitoplasma. Dengan demikian, translasi
baru dapat dilakukan jika proses transkripsi sudah selesai.

Meskipun ada perbedaan fundamental dalam hal mekanisme transkripsi antara

prokaryot dengan eukaryot, namun secara umum pola mekanisme sintesis RNA
serupa. Beberapa karakteristik kimiawi sintesis RNA pada prokaryot dan eukaryot dapat
dijelaskan sebagai berikut:
1. prekursor untuk sintesis RNA adalah empat macam ribonukleotida yaitu 5’-trifosfat
ATP, GTP, CTP, dan UTP (pada RNA tidak ada thymin)
2. reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi DNA yaitu
dengan arah 5’ menuju 3’
3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya, yaitu urutan DNA
yang ditranskripsi. Nukleotida RNA yang digabungkan adalah nukleotida yang
komplementer dengan cetakannya. Sebagai contoh jika urutan DNA yang
ditranskripsi adalah ATG maka urutan nukleotida RNA yang digabungkan adalah
UAC
4. molekul DNA yang ditranskipsi adalah molekul untai ganda tetapi yang berperan
sebagai cetakannya hanya salah satu untaiannya
5. hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal
 Pada umumnya gen yang mengkode protein pada prokaryot berupa gen dengan
kopi tunggal, sedangkan gen yang mengkode tRNA dan rRNA berupa gen dengan
jumlah kopi banyak. Gen-gen pada prokaryot yang bertanggungjawab dalam jalur
biokimia tertentu pada umunya diorganisasikan dalam struktur operon. Suatu operon
adalah organisasi beberapa gen struktural yang ekspresinya dikendalikan oleh satu
promoter yang sama. Sebagai contoh adalah operon lac, yaitu operon yang
mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa bakteri E. coli. Dalam
operon lac terdapat tiga macam gen struktural yang mengkode protein berbeda, yaitu
gen Z (mengkode B galaktosidase, gen Y (mengkode permease), dan gen A
(mengkode transasetilase). Masing-masing gen struktural tersebut mempunyai kodon
inisiasi (awal) dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter
yang sama. Pada waktu ditranskripsi, operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode-kode genetik untuk tiga macam polipeptda yang berbeda (polisistronik).
Masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA
yang sama. Kejadian tersebut tidak ditemukan dalam sistem jasad eukaryot.pada jasad
eukaryot, satu gen struktural yang mengkode suatu protein dikendalikan ekspresinya
oleh satu promoter yang spesifik sehingga mRNA yang dihasilkan berupa mRNA yang
monosistronik. Molekul mRNA yang hanya membawa rangkaian kode genetik untuk 1
macam protein.

Tiga kelompok RNA yaitu: 1) mRNA, yaitu molekul RNAyang urutannya akan
diterjemahkan menjadi urutan asam amino suatu polipeptida, 2) rRNA yaitu molekul
yang menyusun ribosom yang merupakan molekul tempat sintesis protein, 3) tRNA
yaitu molekul RNA yang khusus membawa asm-asam amino yang akan dipolimerisasi
dalam proses sintesis protein. Operon adalah organisasi beberapa gen sruktural yang
ekpresinya dikendalikan oleh satu promoter yang sama. Sebagai contoh: operon lac,
yaitu operon yang mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri E.coli.

Ciri utama gen struktural jasad prokaryot, khususnya gen sruktural yang
mengkode suatu polipeptida, adalah bahwa sekuens yang ada pada DNA prokaryot
mulai dari sekuens inisiasi translasi ATG sampai kodon terakhir sebelum titik akhir
translasi kodon stop TAATAGTGA akan diterjemahkan ditranslasi menjadi rangkaian
asma amino. Dengan kata lain tidak ada sekuen yang tidak mengkode asam amino (jika
gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen struktual tersebut mengkode 300
asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuen nukleotida yang
berurutan.
 Dengan demikian pada jasad prokaryot tidak ada sekuens penyisip (intervening
sequences atau intron). Hal ini berbeda dengan eukariot ada banyak gen yang tidak
semua sekuens nukleotidanya mengkode asam amino (intron), sedangkan ekson
merupakan nukleotida pengkode asam amino. Tidak ada intron merupakan ciri khas
gen struktural jasad prokaryot, meskipun ada perkecualian, misalnya pada
archaebacter dan bakteriofag tertentu yang menyerang E. coli (pada genom kedua
jasad tersebut diketahui terdapat intron). Tidak semua gen mengkode terutama asam
amino yang menysusun suatu polipeptida atau protein. Secara garis besar gen dibagi 3:
gen yang mengkode protein gen, yang mengkode rRNA, gen yang mengkode tRNA.

Urutan nukleotida yang mengkode protein akan disalin menjadi mRNA

selanjutnya translasi menjadi urutan asam amio. Gen yang mengkode rRNA dan tRNA
tidak pernah ditranslasi karena yang diperlukan dalam proses ekspresi genetik molekul
mRNA.

1. Mekanisme transkripsi pada prokaryot

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang

terdapat pada molekul DNA. Dalam proses ttranskripsi, hanya salah satu untaian DNA
yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkrip RNA). Urutan nukleotida pada
transkrip RNA bersifat komplementer dengan urutan DNA cetakan/template, tetapi
identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian
pengkode/coding DNA strand/nontempate strand).

a. Inisiasi

Insisiasi meliputi empat langkah yaitu:1) pembentukan kompleks promoter

tertutup, 2) pembentukan kompleks promoter terbuka, 3) penggabungan beberapa
nukleotida awal sekiar 10 nukleotida, 4) perubahan konformasi RNA polimerase karena
sub unit alfa dilepaskan dari kompleks holoenzim. Sub unit alfa tersebut selajutnya
digunakan lagi dalam proses insisasi transkripsi selanjutny. Bagian DNA yang terbuka
setelah RNA polimerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 sampai +3
sehingga menjadi struktur untai tunggal. Bagian DNA yang berikatan dengan DNA
polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription bubble)
sepanjang lebih kurang 17 pasangan basa. Setelah struktur promoter terbuka secara
stabil, maka selanjutnya RNA polimerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan
mengunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya. Dalam proses transkripsi,
nukleotid RNA digabungkan sehingga membentuk transkrip RNA.

Sub unit alfa mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi
tidak mempercepat laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi
merupakan proses yang menentukan laju transkripsi. Setelah proses inisiasi transkripsi
terjadi, selanjutnya sub unit alfa terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan lagi oleh
enzim inti RNA polimerase yang lain

b. Elongasi/proses pemanjangan transkrip

Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hibrid

dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini
bersifat sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut
akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA
polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses
pemanjangan/elongation untaian RNA. Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip
antara 30 sampai 60 nukleotida per detik meskipun laju rata-ratanya lebih rendah dari
nilai ini. Secara umum berdasarkan atas nilai laju semacam ini suatu gen yang
mengkode protein akan disalin menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun
demikian, laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0,1
nukleotida perdetik) jika RNA polimerase melewati sisi jeda yang biasanya banyak
mengandung basa GC. Dalam pemanajngan transkrip nukleotida ditambahkan secara
kovalen pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbenuk. Nukleotida RNA yang
ditambahkan tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA
cetakan .

Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai
perubahan topologi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA
polimerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalanannya. Dengan cara
demikian maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada struktur DNA, tetapi untaian
RNA hasil transkripsinya akan melintir sepanjang untaian DNA. Sebaliknya hipotesis
kedua, menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian
DNA sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA
yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. Untaian DNA yang ada di depan RNA
polimerase akan membuka sedangkan DNA yang berada dibelakangnya akan
memuntir kembali untuk menutup.
 Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi
sintesis RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodisester antara nukleotida RNA yang
satu dengan nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut,
ditentukan oleh keberadaan sub unit beta pada RNA polimerase. Transkripsi akan
berakhir pada saat RNA polimerase mencapai ujung gen yang disebut terminator.

c. Pengakhiran /terminasi transkripsi pada prokariot

Pada bakteri E. Coli ada dua macam terminator, yaitu: 1) terminator yang tidak
tergantung pada protein rho (rho dependent terminator), 2) terminator yang tergantung
pada protein rho (rho-independent terminator).

Protein Rho: Enzim ini mempunyai aktivitas RNA-DNA helikase, untuk aktivitasnya
membutuhkan ATP, mungkin berfungsi untuk merusak/mengganggu hibrid RNA-DNA.
ATP dihidrolisa oleh protein Rho pada terminasi.

Protein Rho-independent: terdiri atas 2 pola (Moeloprawiro, 2007):

1. urutan yang merupakan Self-Complementary 15-20 nukleotida sebelum RNA
berakhir
2. Urutan basa adenylat pada DNA template ditranskrip menjadi uridylat pada RNA

Urutan jepit rambut ini mengganggu sebagian hybrid RNA-DNA

Tiga gambaran terjadinya terminasi

1. Gangguan hybrida RNA-DNA akibat pembentukan pasangan basa G-C (jepit
rambut)
2. Penghentian peran RNA polimerase akibat terhalang tusuk/jepit rambut
3. Ketidakstabilan daerah Uridilat-Adenilat

(Moeljoprawiro, 2007)

1. Pengakhiran transkripsi yang tidak tergantung pada fakto rho

Pengakhran transkripsi yang tidaktergantung pada faktor rho dilakukan tanpa

harus melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya sustu urutan
nukleotida tertentu pada bagian terminator. Sinyal yang akan mengkhiri transkripsi
dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh daerah yang banyak mengandung
urutan GC yang dapat membentuk struktur batang dan lengkung (stem and loop) pada
RNA dengan panjang sekitar 20 basa disebelah hulu dari ujung 3’ OH dan diikut oleh
rangkaian 4-8 residu uridin berturutan. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan
RNA polimerase berhenti dan merusak bagian dari hibrid RNA-DNA. Bagian sisa hibrid
RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo rU yang tiada cukup stabil berpasnagan dengan
dA. Akibatnya ujung 3’ hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir.

Eksperimen yang dilakukan Peggy Franham dan Terry Platt menunjukkan bahwa
pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan faktor rho mempunyai dua ciri utama yaitu: 1)
lengkungan, 2) adanya rangkaian basa T pada untaian DNA
bukan cetakan/nontemplate strand sehingga terbentuk pasangan basa yang lemah
antara rU-dA yang menahan transkrip RNA pada untaian DAN cetakan. Pada waktu
lenkungan RNA terbentuk, maka RNA polimerase berhenti dan ikatan basa yang lemah
menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan terlepas.

2. Pengakhiran transkripsi yang tergantung pada faktor Rho

Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini memerluka protein rho, hanya

terjadi pada daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter. Dengan
demikian jika ada daereh jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter, tidak
dapat berfungsi sebagai daerah pengakhiran transkipsi. Terminator yang tergantung
pada rho terdiri atas suatu urutan berulang balik yang dapat membentuk
lengkungan loop tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah terminator yang
tidak melibatkan faktor rho.

Faktor rho diduga ikut terikat pada proses transkrip dan mengikuti pergerakan
RNA polimerase sampai akhirnya RNA polimerase berhenti pada daerah terminator
yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan RNA. Selanjutnya faktor rho
menyebabkan destabilisasi ikatan RNA-DNA sehingga transkrip RNA terlepas dari
cetakan (Yuwono, 2005).

Secara umum mekanisme dasar transkripsi pada eukariot serupa dengan yang
terjadi pada prokariot, yaitu memerlukan DNA cetakan, DNA polimerase, NTP
ribonukleotida serta molekul protein regulator. Transkripsi pada eukariot juga
berlangsung dengan diawali proses inisiasi transkripsi kemudian dilanjutkan dengan
pemanjangan transkrip, dan berhenti pada saat DNA polimerase mencapai daerah
terminator. Meskipun demikian ada banyak perbedaan fundamental antara sistem
transkipsi prokariot dengan transkripsi pada eukariot.

Berbeda halnya dari organisasi gen pada prokariot yang ada umumnya bersifat
polisistronik, gen-gen pada jasad eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip
yang dihasilkan hanya mengkode atau macam produk ekspresi. Pada jasad eukariot
tidak dikenal adanya sistem operon karena satu gen struktural dikendalikan oleh satu
promoter. Gen-gen eukariot tersebar pada beberapa kromosom. Hal ini berbeda dari
organisasi gen prokariot yang umumnya hanya terdapat dalam satu unit bahan genetik
utama. Banyak gen eukaryot yang bagian strukturalnya berselang seling antara
sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson), dan sekuens yang tidak
mengkode urutan spesifik (intron).

Secara genetis jasad eukaryot yang paling sederhana mempunyai organisasi

gen yang lebih kompleks dibandingkan prokaryot. Tidak seperti pada prokariot pada
jasad eukariot terdapat tiga macam RNA polimerase yang bertanggungjawab di dalam
proses transkripsi tiga kelas gen. Pada eukariot dapat dibedakan tiga kelas gen yaitu: 1)
gen kelas I (ditranskripsi oleh RNA polimerae I) meliputi gen-gen yang mengkode 18S
RNA dan 28S rRNA dan 5,8S rRNA; 2) gen kelas II (ditranskipsi oleh RNA polimerase
II) meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa RNA berukuran kecil yang
terdapat di dalam nukleus; 3) gen kelas III (ditranskripsi oleh RNA polimerase III)
meliputi gen-gen yang mengkode tRNA, 5S rRNA, dan beberapa RNA kecil yang ada di
dalam nukleus. Perbedaan kelas gen tersebut mempunyai implikasi dalam hal struktur
gen. Corebima (2002) menyatakan secara opeasional kajian transkripsi pada makhluk
hidup eukariotik ini adalah yang dikatalisasi oleh enzim RNA polimerase I, II, III. Russel
(1992) dalam Corebima (2002) menyatakan RNA polimerisasi I hanya mengkatalisasi
transkripsi unit-unit transkripsi RNA r precursor.