Konsep dasar transkripsi

Sintesa RNA berdasarkan arahan DNA [ perintah gen ]

- Saat ini kedua asam nukleat menggunakan bahasa yg sama sehingga informasinya langsung
ditranskripsi/ disalin dari satu molekul ke molekul yg lain.

Tahapan

Transkripsi
DNA menyediakan suatu cetakan untuk penyusunan urutan nukleotida RNA
- Molekul RNA yg dihasilkan merupakan rekaman penuh dari instruksi2 pembangun protein dari
gen disebut mRNA

Translasi
Sintesis polipeptida yg sesungguhnya berdasarkan arahan dari mRNA
- Tahap ini terjadi perubahan bahasa shg sel tersebut harus menterjemah/translasi urutan basa
molekul mRNA ke dalam urutan as. amino polipeptida
- Tempat proses di ribosom

PERBEDAAN TRANSKRIPSI dan TRANSLASI pada PROKARIOT dan EUKARIOT

* prokariot merupakan organisme yang masih sederhana, ditandai dengan inti yang belum
terlindungi oleh membran inti, sehingga tidak ada batas
yang tegas antara inti dan sitoplasma sel.
* Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi
sepenuhnya dirampungkan.
* Hal ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul
mRNA di translasikan berdasarkan arah dari ujung 5` ke
ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot : tidak terdapat
membran inti, sehingga tidak ada yang memisahkan
transkripsi dan translasi (sebagaimana yang
terjadi pada eukariot) sehingga translasi dapat segera
dilakukan.

PROKARIOT
1. gen terdiri atas 3 bagian utama :
 Daerah pengendali (promoter); bagian struktural dan terminator. Promoter merupakan
bagian gen yang berperanan dalam mengendalikan proses transkripsi dan terletak
pada ujung 5’. [ Promoter pada prokariot juga terdiri atas operator ]
 Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream)
dari promoter. Bagian inilah yg mengandung uruta DNA spesifik (kode-kode
genetik) yg akan ditranskripsi.
 Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yang
berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi :
 memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses
transkripsi.

2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon.

Contoh : operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada
bakteri Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh
gen struktural.

3. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yang membawa kode-kode genetik
untuk 3 macam polipeptida yang berbeda :
 mRNA polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu
rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-
masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg
sama.
 Operon kumpulan gen yg lokasinya berdekatan dan berperan dalam proses ekspresi
gen dimana semua gen dalam satu opreon diekspresikan sebagai satu unit tunggal.
Dalam operon terdapat gen regulator / repressor dan operator

4. Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG)
sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan
diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida
maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh
tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens
penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu.

5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter
tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot)

6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai.

7. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan
cetakannya (100% sama dengan DNA-nya). Misal : urutan ATG pada DNA, maka hasil
transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang
berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya.
8. Bakteri hanya memiliki satu tipe RNA polimerase

TRANSKRIPSI
yang masih sederhana, ditandai dengan inti yang belum terlindungi oleh membran inti,
sehingga tidak ada batas yang tegas antara inti dan sitoplasma sel.

Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:

1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
2) pemanjangan
3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Proses terminasi transkripsi pada prokariot dpt dikelompokkan

menjadi 2 kelas, yaitu :
1) terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent)
2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.

TRANSLASI
translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan.
* Hal ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah
dari ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot : tidak terdapat membran inti,
sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang
terjadi pada eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan.
EUKARIOT

 transkripsi dan translasi terjadi pd ruangan terpisah yaitu nukleus dan sitoplasma
 transkripsi terjadi dalam nukleus dengan hasil pra-mRNA, kemudian diproses dengan
berbagai cara oleh enzim sebelum meninggalkan nukleus sebagai mRNA akhir yg
fungsional
 mRNA berpindah dari nukleus ke sitoplasma melalui pori2 diselubung nukleus
 jadi transkripsi gen eukariotik menghasilkan pra-mRNA dan pemprosesan [ RNA
prosesing],menghasilkan RNA akhir
 Waktu transkripsi dan translasi tidak bersamaan. Translasi baru akan dimulai jika proses
transkripsi telah komplit/selesai.
 Proses transkripsi dan translasi eukariota lbh kompleks……

TRANSKRIPSI dan TRANSLASI EUKARIOTIK

 Membran nukleus memisahkan transkripsi dari translasi
 Perbanyakan RNA terjadi di nukleus
 Eukariota memiliki 3 tipe, RNA polimerase yg dipakai utk sintesis mRNA adalah RNA
polimerase II

TRANSKIPSI EUKARIOTIK
 Dipengaruhi enzim RNA polimerase yg bergerak disepanjang promoter sampai dibelakang
terminator
 Enzim ini membuka pilinan kedua untai DNA shg terpisah dan mengaitkan nukleotida
 RNA pd saat molekul ini membentuk pasangan basa disepanjang cetakan DNA
 RNA polimerase dapat menambahkan nukleotida hanya pd ujung 3'dari polimer yg sedang
tumbuh
 Rentangan DNA yg ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut ‘unit transkripsi’
 merupakan sintesis DNA yang menghasilkan RNA
 Sintesis RNA
o Katalisator (sesuatu yang mempercepat) yang dilakukan oleh RNA polimerase, dengan
membuka ikatan DNA dan menyangga bersama nukleotida RNA
o Mengikuti peraturan ikatan basa yang sama seperti DNA (tapi di RNA ada pengecualian
sehingga U→T)
 Pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkrip
o PROMOTER = daerah DNA dimana RNA pol melekat dan mengawali transkripsi,
membentang td bbrp lusin nukleotida dan menentukan untai heliks DNA yg mana sbg
cetakan. Promotor terdiri dari
- Kotak TATA
- Kotak CCAT
- Kotak GC
 RNA pol secara spesifik mengenali dan berikatan dg promoter.
- Pd eukariota, sekumpulan protein disebut ‘faktor Transkripsi (FT)’ menjadi perantara pd
pengikatan RNA pol dan inisiasi transk. Setelah faktor transk tertentu diikat ke promoter
barulah RNA pol mengikatkan diri disebut 'kompleks inisiasi transkripsi’.
- Peran faktor transk dan urutan DNA promotor menjadi penting utk mengenal ‘boks
TATA’ dalam membentuk komplek inisiasi.
- Begitu RNA pol terikat kuat pd promotor, kedua untai DNA membuka dan enzim mulai
mentranskripsi untai cetakanya.
TRANSKRIPSI EUKARIOTIK
Tahapan transkripsi
Inisiasi
Pemanjangan
Terminasi

Pemanjangan RNA
Saat RNA pol bergerak
disepanjang DNA ,enzim tsb
terus
membuka puntiran DNA lebih
kurang 10-20 basa DNA sekali
gus berpsngan dg nukleotida RNA
- RNA pol menambahkan nukleotida ke ujung 3’ RNA yg
sedang tumbuh
Pd saat sintesis RNA berlsng heliks ganda DNA terbentuk
kembali,dan mol RNA yg baru akan lepas dari cetakannya
* Pd eukariota berlangsung dg laju 40 nukl/detik, krn satu
gen tunggal dapat ditransk secara bersamaan oleh RNA pol
yg saling mengikuti

Terminasi Transkripsi
- Transkripsi berlangsung sampai RNA pol menca
pai urutan DNA terminator
- Pada prokariota transk biasanya berhenti
tepat pd akhir terminasi
- Pd eukariota
RNA pol terus melewati sinyal terminasi
suatu urutan poliadenilase [AAUAAA]
di dalam pra-mRNA
- Pada titik akhir, 10-35 nukleotida, pra-mRNA dipotong
hingga terlepas
- Tempat pemotongan pra-m RNA tempat untuk
menambah ekor poli [A]
Proses RNA
Proses penambahan tutup (topi/cap) 5’dan ekor poli
[A], yg dimodifikasi oleh enzim dan terletak pd kedua
ujung pra mRNA eukariotik
- Ujung 5'
ditutup nukleotida guanin
- Ujung 3’
terdiri dari 30-200 nukleotida adenin
Fungsi ujung-ujung tersebut adalah:
- Melindungi m RNA dari perombakan oleh enzim hidrolitik
[nukleus]
- Tempat melekat ribosom [sitoplasma]
Tahap yg paling mengagumkan dari pemprosesan RNA di
dalam nukleus eukariota adalah pemindahan sebagian
besar molekul RNA yg mula-mula disintesis akan mengalami
pekerjaan potong dan tempel yg disbt penyambungan RNA
[RNA splicing].
Ini terjadi karena panjang DNA sekitar 8000 nukleotida
dibutuhkan 1200 nukleotida [400 as am] utk mengkode
protein. Hal ini berarti gen eukariota dan transkrip RNA nya
memiliki rentangan nukleotida bukan pengkode.
Lebih mengejutkan lagi bahwa sebagian besar urutan bukan
pengkode tersebar berselang seling diantara sel pengkode.
- Disebut ‘intron’daerah yang tidak diterjemahkan dan
‘ekson’ daerah kode yang diterjemahkan
- Cara penyambungan RNA, sinyal2 pd urutan nukleotida
pendek diujung intron

Proses mRNA
Transkripsi primer = mRNA yang belum matang
Potongan DNA memiliki wilayah pengkodean (exon) dan wilayan non pengkodean (intron)
Intorn harus dihilangkan sebelum transkripsi primer yakni mRNA bisa meninggalkan nukleus

Langkah2 pemotongan pre mRNA (pemotongan intron)

Efek mutasi daerah splising
TRANSLASI
- Suatu sel menginterpretasikan/menerjemahkan suatu
pesan genetik dan membentuk protein yg sesuai
- Pesan berupa serangkaian kodon disepanjang mol mRNA
- Interpreternya adalah RNA transfer [tRNA]
* tRNA ditranskripsi dari DNA,
digunakan berulang2 untuk
mengambil as. amino dari
sitoplasma.
* Pada eukariota mol tRNA
dibuat di nukleus
disekresikan ke sitoplasma.
Ribosom
- Memudahkan pemasangan yg spesifik antara antikodon
tRNA dg kodon mRNA
- Tersusun dari 2 sub unit yaitu sub unit besar dan kecil
- Sel mengandung ribuan ribosom,rRNA terdapat 60 %

• Pd eukariota, sel lebih besar dan mempunyai komposisi

molekuler yg berbeda dengan bakteri, shg obat ttt dapat
melumpuhkan ribosom bakteri
• Mempunyai 3 tempat pengikatan tRNA
*P---utk rantai yg sdng tumbuh
*A---utk as. amino yg akan ditambahkan
*E---tempat keluar tRNA yg tidak membawa asam amino

TRANSLASI
- Dibagi 3 tahap yaitu inisiasi, elongasi dan
terminasi
- Untuk inisiasi dan elongasi rantai diperlukan energi dari
hidrolisis GTP [Guanin Tri Phosfat]
Tahap Inisiasi translasi
Pengikatan faktor inisiasi
(IF1,IF2,IF3) ke ribosom sub unit
kecil
* Pengikatan mol.charge tRNA dan
mRNA ke ribosom sub unit kecil
* Pembentukan kompleks inisiasi 70S
Tahap Elongasi Translasi
* Pengikatan aminoasil tRNA
* Pembentukan ikatan
peptida
* Translokasi
Kode genetik
* Terdapat di mRNA
* Mengkode spesifisitas asam amino penyusun protein
* Terdiri dari 3 nukleotida (triplet) kodon
* Total ada 64 kodon
* 3 kodon (UAA, UAG, UGA) : kodon terminasi
* Hampir universal
* Akan dikenal oleh antikodon pd tRNA

Terminasi (translasi)
* Situs A ditempati stop kodon
* Tak ada tRNA yang mengenali stop kodon
* Situs A ditempati release factor
* Memicu pelepasan polipeptida dari peptidil tRNA,
pemecahan secara hidrolitik
* Kompleks ribosom pecah menjadi komponen semula

Pematangan protein
Dapat terjadi :
* Pelepasan ggs N-formil pada ujung amino
* Pelepasan metionin
* Pemutusan rantai polipeptida
* Reaksi oksidasi
* Reaksi hidroksilasi
* Pembentukan ikatan disulfida
* Dan lain-lain

Inhibitor Sintesis Protein

Pada prokariot
Streptomisin : Berikatan dg subunit ribosom 30S shg menghambat inisiasi dan
menyebabkan
salah baca mRNA

Tetrasiklin : Berikatan dg subunit ribosom 30S dan

menghambat pengikatan aminoasil tRNA

Kloramfenikol : Berikatan dg subunit ribosom 50S dan menghambat aktivitas

peptidiltransferase

Eritromisin : Berikatan dg subunit ribosom 50S dan

menghambat translokasi

Pada prokariot dan eukariot

Puromisin: Analog aminoasil-tRNA, shg terjadi
terminasi dini
Actinomisin D: Mengikat DNA dan menghambat gerakan
RNA polimerase: shg mencegah transkripsi
Mitomisin : Terjadi iktan kovalen antara 2 rantai DNA,
sehingga replikasi menurun
PADA EUKARIOT
Sikloheksimid : menghambat aktivitas
peptidil transferase
ribosom sub unit 60 S

RNA

RNA is single stranded, not double stranded like DNA

* RNA is short, only 1 gene long, where DNA is very long and contains many
genes
* RNA uses the sugar ribose instead of deoxyribose in DNA
* RNA uses the base uracil (U) instead of thymine (T) in DNA.
Ketika (-) laktosa, repressor stop, ga ngapa2in
(+) laktosa, repressor berikatan dg laktosa untuk memecahnya jadi glukosa