MAKALAH MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

MIKROORGANISME
Dosen Pembimbing:

Dr. Nanik Astuti Rahman ST, MT

KELOMPOK 7

Achmad Alfiansyah 1614037

Rikardus Y. Dji Bai 1614018

JURUSAN TEKNIK KIMIA

FAKULTAS TEKNOLOGI INDUSTRI

INSTITUT TEKNOLOGI NASIONAL MALANG

2018
 PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG
Indonesia merupakan salah satu Negara terkaya akan plasma nutfah, termasuk
mikroorganisme yang hidup dan berkembang biak di tanah nusantara nan subur. Negara
yang kaya ini memiliki sekurangnya 10 ribu jenis mikroorganisme yang diperkirakan hidup
secara alami dalam ekosistem yang “ramah” untuk berkembangbiak. Pada dasarnya dari
seluruh mikroorganisme yang ada di alam, hanya sebagian kecil saja yang merupakan
patogen. Patogen adalah organisme atau mikroorganisme yang menyaebabkan penyakit
pada organisme lain. Kemampuan patogen untuk menyebabkan penyakit disebut dengan
patogenitas.
Mikroorganisme dapat ditemukan di semua tempat yang memungkinkan terjadiny
kehidupan, disegala lingkungan hidup manusia. Mereka ada di dalam tanah, di lingkungan
akuatik, dan atmosfer (udara) serta makanan, dan karena beberapa hal mikroorganisme
tersebut dapat masuk secara alami ke dalam tubuh manusia, tinggal menetap dalam tubuh
manusia atau hanya bertempat tinggal sementara. Mikroorganisme ini dapat
menguntungkan inangnya tetapi dalam kondisi tertentu dapat juga menimbulkan penyakit.
Untuk itulah makalah ini disusun guna membahas mikroorganisme alami, sehingga kita
dapat mengetahui tentang mikroorganisme itu sendiri.
B. Rumusan Masalah
Apa yang dimaksud dengan Mikroorganisme?
Apa Manfaat dari Mikroorganisme?
Apa ciri-ciri utama dari suatu Mikroorganisme?

C. Tujuan Penulisan
Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Mikroorganisme
Untuk mengetahui Manfaat Mikroorganisme
Untuk mengetahui Ciri-Ciri Utama dari Mikroorganisme
A. STREPTOMYCES GRISEUS

Domain: Bakteri
Filum: Actinobacteria
Order: Actinomycetales
Keluarga: Streptomycetaceae
Genus: Streptomyces
Spesies: Streptomyces griseus
Jenis
NCBI: Taksonomi
Genus Spesies: streptomyces griseus
nama lain: Actinomyces griseus

Streptomyces griseus adalah spesies bakteri dalam genus Streptomyces yang biasa ditemukan
di tanah. Beberapa strain juga dilaporkan berasal dari sedimen laut dalam. Ini adalah bakteri
Gram positif dengan kadar GC tinggi. Seiring dengan kebanyakan streptomycetes lainnya,
strain S. griseus adalah produsen antibiotik yang terkenal dan metabolit sekunder sekunder
lainnya. Strain ini dikenal sebagai produsen dari 32 jenis struktural senyawa bioaktif yang
berbeda. Streptomisin, antibiotik pertama yang pernah dilaporkan berasal dari bakteri S.
griseus. Baru-baru ini, keseluruhan urutan genom salah satu strainnya telah selesai.
Sejarah taksonomi S. griseus dan strain filogenetiknya terkait dengan turbulen. S. griseus
pertama kali dijelaskan pada tahun 1914 oleh Krainsky, yang menyebut spesies Actinomyces
griseus. Nama itu diubah pada tahun 1948 oleh Waksman dan Henrici ke S. griseus. Minat
pada strain ini berasal dari kemampuan mereka menghasilkan streptomisin, senyawa yang
menunjukkan aktivitas bakterisida yang signifikan terhadap organisme seperti Yersinia pestis
(agen penyebab wabah) dan Mycobacterium tuberculosis (agen penyebab tuberkulosis).
Streptomisin ditemukan di laboratorium Selman Waksman, walaupun mahasiswa PhD-nya
Albert Schatz mungkin melakukan sebagian besar pekerjaan pada strain bakteri dan antibiotik
yang mereka hasilkan.
Streptomyces adalah genus terbesar dari Actinobacteria dan merupakan genus tipe keluarga
Streptomycetaceae. Ini adalah bakteri Gram positif dengan kandungan GC tinggi dan ditandai
oleh metabolisme sekunder yang kompleks. Mereka menghasilkan lebih dari dua pertiga
antibiotik yang berguna secara klinis dari asal alami. Streptomycetes ditemukan terutama di
tanah dan pada pembusukan vegetasi, dan sebagian besar menghasilkan spora. Streptomycetes
dicatat karena bau "bersahaja" mereka yang berbeda yang dihasilkan dari produksi metabolit
volatil, geosmin.
Seperti streptomycetes lainnya, S. griseus memiliki kandungan GC yang tinggi dalam
genomnya, dengan rata-rata 72,2%. Spesies ini pertama kali diklasifikasikan dalam genus
Streptomyces oleh Waksman dan Henrici pada tahun 1948.Taksonomi S. griseus dan strain
yang terkait evolusionernya telah menjadi sumber kebingungan bagi ahli sistem mikroba. Data
sekuens gen 16S rRNA telah digunakan untuk mengenali strain yang terkait, dan disebut klade
gen S. griseus 16S rRNA. Strain dari clade ini memiliki sifat fenotipik homogen namun
menunjukkan heterogenitas genotipik yang substansial berdasarkan data genomik. Beberapa
upaya masih dilakukan untuk memecahkan masalah ini dengan menggunakan teknik seperti
DNA: homologi DNA dan urutan multilokus mengetik. Urutan genom keseluruhan baru-baru
ini dilakukan pada strain IFO 13350 S. griseus.
S. griseus dan strainnya yang terkait baru-baru ini terbukti alkaliphilik, yaitu, mereka tumbuh
paling baik pada nilai pH basa. Meskipun organisme ini tumbuh dalam kisaran pH yang lebar
(dari 5 sampai 11), mereka menunjukkan tingkat pertumbuhan optimum pada pH 9. Mereka
menghasilkan massa spora abu-abu dan pigmen reverse abu-abu kuning saat tumbuh sebagai
koloni. Spora memiliki permukaan yang halus dan diatur sebagai rantai lurus.
Streptomyces griseus strain telah diisolasi dari berbagai ekologi, termasuk tip limbah stell,
rhizosfer, sedimen laut dalam dan sistem pasir pantai dan gundukan pasir. Studi terbaru
menunjukkan bahwa strain S. griseus mungkin mengalami evolusi spesifik ekologi, sehingga
menimbulkan variasi genetik dengan ekologi spesifik, yang disebut ecovars.
Minat pada genus Streptomyces untuk antibiotik muncul setelah ditemukannya antibiotik
streptomisin pada strain S. griseus pada tahun 1943. Penemuan streptomisin, antibiotik
antituberkulosis, menghasilkan Waksman Hadiah Nobel pada tahun 1952. Penghargaan
tersebut bukan tanpa kontroversi, karena ia mengecam pencalonan Albert Schatz, yang
sekarang dikenal sebagai salah satu penemu utama streptomisin. Strain spesies ini sekarang
dikenal sebagai sumber antibiotik yang kaya dan menghasilkan 32 jenis struktural metabolit
sekunder komersial yang signifikan. Selanjutnya, penelitian genom telah menunjukkan adanya
strain S. griseus IFO 13350 yang memiliki kapasitas untuk menghasilkan 34 metabolit
sekunder yang berbeda.

Streptococcus griceus adalah jenis bakteri ini nonmotil dan berfilamen. Selain ditemukan pada
tanah, bakteri ini juga dapat ditemukan pada tumbuhan yang membusuk. Streptococcus griceus
dikenal juga karena memproduksi senyawa volatil yaitu Geosmin yang memiliki bau khas pada
tanah. Streptococcus griceus termasuk ke dalam golongan Actinomyces yaitu bakteri yang
memiliki struktur hifa bercabang menyerupai fungi dan dapat menghasilkan spora.
 Karateristik Streptococcus griceus yang lain adalah koloni mereka yang keras, berbulu dan
tidak/jarang berpigmen. Streptococcus griceus adalah organisme kemoheteroorganotrof yaitu
organisme yang mampu menggunakan materi organik yang kompleks sebagai sumber karbon
dan energi. Materi yang mereka dapatkan berasal dari degradasi molekul ini di dalam tanah.
Karena sifat ini bakteri ini penting untuk menjaga tekstur dan kesuburan tanah. Bakteri ini
memiliki suhu optimal untuk pertumbuhan pada 25oC dan pH 8-9.

Antibiotik yang dihasilkan oleh Streptococcus griceus sangat banyak, antara lain neomisin dan
kloramfenikol. Selain itu antibiotik streptomisin juga dinamakan berdasarkan bakteri
penghasilnya, yaitu Streptococcus griceus. Antibiotik yang dihasilkan oleh Streptococcus
griceus ini antara lain nystatin dari S. noursei, amphotericin B dari S. nodosus, natamycin dari
S. natalensis, erythromycin dari S. erythreus, neomycin dari S. fradiae, streptomycin dari S.
griseus, tetrasiklin dari S. rimosus, vancomycin dari S. orientalis, rifamycin dari S.
mediterranei, chloramphenicol dari S. venezuelae, puromycin dari S. alboniger dan lincomycin
dari S. lincolnensis.

Spora S. Griseus diinokulasi kedalam media untuk mendapatkan kultur pertumbuhan dengan
biomassa miselia yang tinggi sebelum dimasukkan kedalam tangki inokulum. Media dasar
untuk praduksi streptomisin mengandung pati kedelai sebagai sumber nitrogen, glukosa
sebagai sumber karbon, dan NaCl. Temperatur optimum untuk proses fermentasi ini berkisar
pada 28°C, dengan kecepatan pengadukan dan aerasi yang tinggi diperlukan untuk
mendapatkan produksi streptomisin yang maksimal. Proses fermentasi berlangsung sekitar 10
hari dengan jumlah streptomisinyang dipanen berkisar 1g/L.
Streptomyces griseus merupakan bakteri yang dapat menghasilkan streptomisin dan S.fradiae
menghasilkan antibiotic neomisin. obat ini mempunyai efek anti tuberkulosis pada binatang
percobaan dan kemudian digunakan sebagai Obat Anti Tuberkulosis yang pertama pada
manusia. Selain menghasilkan streptomisin dan S.fradiae bakteri ini juga menghasilkan enzim
proteoliti yang dimana enzim ini dapat digunakan untuk penyamak kulit, penyamakan
merupakan proses untuk mengubah kulit hewan(sapi, kambing) menjadi kulit yang lembut
sehingga dapat di gunakan untuk membuat sepatu dan tas.

B. LACTOBACILLUS BREVIS
Domain: Bakteri
Phylum: Firmicutes
Kelas: Bacilli
Pesanan: Lactobacillales
Keluarga: Lactobacillaceae
Genus: Lactobacillus
Spesies: L. Brevis
Lactobacillus brevis adalah bakteri gram positif berbentuk batang dari bakteri asam laktat yang
bersifat heterofermentive, menciptakan CO2 dan asam laktat selama fermentasi. Ada sekitar
16 strain yang berbeda. Hal ini dapat ditemukan di berbagai lingkungan, seperti makanan
fermentasi, dan seperti mikrobiota normal. L.brevis ditemukan pada makanan seperti asinan
kubis dan acar. Ini juga salah satu penyebab pembusukan bir yang paling umum. Penelanan
telah terbukti memperbaiki fungsi kekebalan tubuh manusia, dan telah dipatenkan beberapa
kali. Mikrobiota usus normal L.brevis ditemukan di usus manusia, vagina dan kotoran.
L. brevis adalah salah satu spesies Lactobacillus utama yang ditemukan pada biji tibicos (alias
biji kefir), dan telah diidentifikasi sebagai spesies yang bertanggung jawab atas produksi
polisakarida (dekstran) yang membentuk biji-bijian. Metabolisme utama L. brevis meliputi
asam laktat dan etanol. Strain L. brevis dan L. hilgardii telah ditemukan menghasilkan biogenic
amines tyramine dan phenylethylamine.
E.B.Fred, W.H. Peterson, dan J.A. Anderson pada awalnya menemukan seluruh spesies
Lactobacillus pada tahun 1921 dan spesies ini dikategorikan berdasarkan kemampuan untuk
memetabolisme karbon dan gula tertentu. Studi awal ini menunjukkan bahwa ini dapat
menghasilkan asam asetat, karbon dioksida dan sejumlah besar manitol. Mannitol yang
merupakan sumber karbon lain yang bisa digunakan untuk memproduksi asam laktat.
L. brevis telah terbukti secara aktif mengangkut glukosa dan galaktosa. Bila fruktosa digunakan
sebagai sumber karbon, hanya ada beberapa pertumbuhan dan L. brevis dapat memecah
fraksinasi menjadi manitol secara parsial. Pertumbuhan normal mengikuti jalur asam laktat
yang umum digunakan oleh kebanyakan bakteri asam laktat. Ada beberapa strain yang kurang
memetabolisme glukosa, sedangkan strain lainnya dapat dengan mudah memetabolisme gula.
Seperti yang dinyatakan, ini dianggap sebagai jalur asam laktat.
Dengan menggunakan jalur fermentasi hasil akhirnya adalah asam laktat. Tampak bahwa di
bawah kondisi suhu tinggi, 50 derajat celcius dan di lingkungan asam, kelangsungan hidup
bakteri ini lebih panjang daripada kebanyakan bakteri dalam kondisi asam, bakteri bisa hidup
sekitar 45 menit.
Resistensi antibiotik diperoleh melalui konjugasi, suatu metode reproduksi bakteri. Konjugasi
memungkinkan pembagian DNA yang memungkinkan bakteri mempelajari berbagai antibiotik
melalui paparan dan informasi ini diturunkan melalui replikasi bakteri.
 L. brevis menghasilkan lebih banyak asam organik, khususnya asam asetat dan etanol. Ini
berarti bakteri ini menghasilkan peningkatan lingkungan asam dan alkohol. Kondisi
pertumbuhan semua bergantung pada lokasi bakteri dalam usus. Tampaknya mereka tidak
dapat secara signifikan meniru di lingkungan anaerobik.
Jalur metabolik didefinisikan sebagai proses kimiawi yang terjadi di dalam organisme. L.
brevis menggunakan proses glikolisis untuk memetabolisme sumber karbon dengan transport
aktif, yang memindahkan material melawan gradien konsentrasi, biasanya hal ini terjadi adalah
pergerakan dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah. Jalur ini digunakan dalam probiotik
dan pelestarian makanan.

C. PSEUDOMONAS SOLANACEARUM

Domain: Bakteri

Filum: Proteobakteri

Kelas: Betaproteobacteria

Pesan: Burkholderiales

Keluarga: Burkholderiaceae

Genus: Ralstonia

Nama binomial

Ralstonia solanacearum

Pseudomonas solanacearum merupakan salah satu bakteri penyebab layu bakteri, bakteri ini
mempunyai banyak ras dan dapat diisolasi dengan baik pada medium yang mengandung 2, 3,
5- trifenil-tetra sodium klorida (medium TTK). Infeksi terutama melalui luka pada bagian
tanaman. Bakteri terangkut dalam pembuluh kayu dan pada batang yang lunak, masuk ke dalam
ruang antara sel dalam kulit dan empulur, menguraikan sel-sel sehingga terjadi rongga- rongga.
Suhu yang relatif tinggi mendukung perkembangan penyakit. Di dataran rendah penyakit
timbul lebih berat karena suhu udara relatif tinggi. Bakteri berkembang baik di tanah alkalis
yang suhunya agak tinggi di saat banyak hujan.

Beberapa daun muda layu dan daun tua sebelah bawah menguning. Apabila bagian tanaman
yang terinfeksi (batang, cabang, dan tangkai daun) dibelah akan tampak pembuluh berwarna
coklat, demikian juga empulur sering berwarna kecoklatan. Pada penyakit stadium lanjut
 apabila batang dipotong, akan keluar lendir bakteri berwarna putih susu. Lendir ini dapat
dipakai untuk membedakan penyakit layu bakteri dengan layu Fusarium. Tanaman inangnya =
Tembakau (Nicotiana tabacum L.), kentang (Solanum tuberosum L.), kacang tanah (Arachis
hypogea L), dan pisang (Musa spp.)

Pengendalian:
1. Gunakan pupuk kandang yang telah masak. Pupuk kandang yang belum masak dapat
memacu perkembangan bakteri ini memalui kenaikan suhu tanah yang disebabkan oleh
proses fermentasi pupuk organik.
2. Kurangi penggunaan urea, Kalau perlu gunakan NPK saja. Penggunaan urea yang
berlebihan akan menyebabkan tanaman sukulen dan mudah terserang penyakit.
3. Gunakan benih varietas yang tahan terhadap penyakit ini.
4. Pergiliran tanaman menggunakan tanaman selain famili solanaceae (terung-terungan).
5. Hindari mengocor NPK maupun pupuk kimia lain pada akar tanaman. Pengocoran pupuk
kimia akan menyebabkan luka pada akar tanaman
6. Pencelupan bibit sebelum tanam menggunakan larutan bakterisida
7. Mencabut tanaman yang telah terserang penyakit layu bakteri ini.
8. Hindari mengairi lahan dengan menggenangi lahan terlalu tinggi, kalau perlu jangan
digenangi.
9. Berdasarkan pengalaman, jika tanaman telah terserang layu penggunaan bakterisida
menjadi kurang efektif.

D. ERWINIA AMYLOVORA

Kingdom : Bakteria
Filum : Protobacteria
Kelas : Gammaproteobacteria
Order : Enterobacterialles
Famili : Enterobacteriaceae
Genus : Erwinia
Speceis : Erwinia carotovora
Erwinia adalah sebuah genus bakteri gram negatif dari famili Enterobacteriaceae. Ukuran
selnya (0.5 – 1.0) x (1 – 3) mikron, motil (kecuali E. stewartii ). Kelompok Amylovora yang
memuat spesies seperti E. amylovora, yang memerlukan nitrogen organik untuk pertumbuhan
dan menyebabkan penyakit wilt pembuluh atau nekrotik kering pada tanaman.

E. amylovora merupakan bakteri gram negatif, berbentuk batang, berukuran 0,3 x 1-3 µm,
muncul secara tunggal atau berpasangan dan terkadang dalam bentuk rantai yang pendek.
Bakteri ini dapat bergerak menggunkan 2-7 flagel peritrik. Bakteri E. amylovora membentuk
koloni dengan karakteristik warna dan bentuk yang khas untuk setiap jenis media biakan.
Misalnya pada media agar nutrisi sukrosa, koloni E. amylovora berbentuk seperti kubah
melingkar dan membentuk lendir; pada media MS, koloni berwarna merah hingga jingga; pada
media KB, koloninya berwarna putih, berbentuk melingkar, dan menghasilkan lendir; pada
media CCT, koloni bakteri berukuran lebar, permukaanya pipih, berwarna biru muda dengan
lubang di bagian tengahnya (seperti kawah); dan pada media MMZCU, koloni bakteri berwarna
kuning, sangat berlendeir atau tidak terlalu berlendir.

Pertumbuhan terjadi misalnya pada agar nutrisi atau agar YGC; suhu optimum : 27–30°C.
Asam (sedikit atau tanpa gas) diproduksi dari glukosa, fruktosa, galaktosa, sukrosa dan beta
metilglukosida. GC%: 50–58. Spesies tipe: E. amylovora. Erwinia spp muncul sebagai
saprotrof atau patogen pada atau di dalam tanaman; sebagian juga hidup pada serangga, dan
beberapa strain merupakan patogen oportunistik pada manusia dan hewan.

Kelompok Amylovora yang memuat spesies seperti E. amylovora, yang memerlukan nitrogen
organik untuk pertumbuhan dan menyebabkan penyakit wilt pembuluh atau nekrotik kering
pada tanaman.

Tanaman yang biasanya digunakan sebagai inang diantaranya

 Malus domesticum (apel),

 Prunus dulcis (almon),
 Prunus americana (aprikot),
 Prunus cerrasus (ceri),
 Pyrus communis (pear),
 Prunus persica (persik).

Bakteri dapat menyebabkan berbagai macam gejala penyakit antara lain bercak dan bercak
(blight) pada daun, ranting, cabang dan sebagainya, busuk lunak pada buah, akar dan bagian-
bagian tempat penyimpanan zat makanan, layu, kudis, kanker, puru dan sebagainya

Tidak seperti patogen tanaman lainnya, E. amylovora bersifat epiphytic, sehingga dapat
memperbanyak diri pada permukaan tanaman yang sehat, misalnya pada bagian stigma bunga.
Serangga penyerbuk dan serangga pendatang bunga lainnya dapat menyebarkan bakteri dari
bunga yang sakit atau terinfeksi ke bunga yang sehat. Keberadaan bakteri pada stigma bunga
sehat dipengaruhi oleh suhu harian lingkungannya. Suhu antara 18 dan 30°C yang disertai
hujan dapat mendukung terjadinya infeksi pada bunga. Bakteri ini dapat disebarkan oleh angin
yang disertai hujan lebat. Penyebaran hingga jarak jauh terjadi lewat pengiriman material
tanaman yang terinfeksi atau tanaman terinfeksi yang menunjukkan gejala laten.
Penyakit ini tersebar di beberapa negara diantaranya Eropa: Albania, Austria, Belgium, Bosnia
and Herzegovina, Bulgaria, Croatia, Cyprus, Czech, Denmark, France, Germany, Greece,
Hungary, Ireland, Italy, Luxembourg, Macedonia, Moldova, Netherlands, Norway, Poland,
Romania, Spain, Sweden, Switzerlands, UK, Yugoslavia. Asia: Armenia, Iran, Israel, Jordan,
Libanon, Turkey. Afrika: Egypt. Amerika: Bermuda, Guatemala, Mexico, USA Oceania: New
Zealand. Penyebaran ini dapat memalui perantara diantaranya tunas (bud), planlet, buah (fruit),
bunga (flower/infloresence), daun (leaf), batang (stem).
 DAFTAR PUSTAKA

https://en.wikipedia.org/wiki/Streptomyces_griseus
https://en.wikipedia.org/wiki/Lactobacillus_brevis
https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Lactobacillus_brevis
https://en.wikipedia.org/wiki/Ralstonia_solanacearum
https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Erwinia_amylovora