STUDI POTENSI SENYAWA TURUNAN KUMARIN-KALKON-UREA SEBAGAI ANTI-

KANKER HATI SECARA IN SILICO: PENELUSURAN FARMAKOFOR, SKRINING

VIRTUAL, DAN PENTAUTAN MOLEKUL

Nur Syamsi Dhuha*,Haeria*, Alfiana Dwi Puspita*

*
Program Studi Farmasi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Alauddin Makassar
Email: nursyamsi.dhuha@uin-alauddin.ac.id

ABSTRAK
Kanker hati (HCC) merupakan penyakit karsinoma mematikan kedua setelah karsinoma
pankreas. Hal ini berkaitan dengan sulitnya diagnosis awal serta sifat asimptomatik penyakit
ini yang menyebabkan HCC terdiagnosa setelah pasien ada di stadium lanjut. Penelitian ini
bertujuan untuk mendapatkan senyawa baru sebagai calon obat berdasarkan kajian
farmakofor dari turunan kumarin-kalkon-urea secara in silico. Prosedur dilakukan dengan
melakukan pemodelan tiga dimensi senyawa dan optimasi geometri oleh HyperChem 8.0.
Selanjutnya, penelusuran farmakofor, skrining virtual dari Zinc Database, serta pentautan
molekul dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MOE 2009. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa senyawa dengan kode ZINC12138892 merupakan senyawa yang
memilki potensi sebagai calon obat kanker hati berdasarkan analisis kesesuaian pada
farmakofor reseptor protein serta pentautan molekul.
Kata Kunci : Skrining virtual, farmakofor, pentautan molekul, kumarin-kalkon-urea, kanker
hati

PENDAHULUAN
Kanker merupakan sel yang derajat diferensiasi yang bervariasi. Pada
berproliferasi secara abnormal dan manusia, sebagian besar HCC muncul
merupakan penyebab kematian kedua dengan latar belakang hepatitis kronis atau
pada manusia setelah penyakit sirosis. HCC merupakan karsinoma kedua
kardiovaskular. Sudah banyak jenis paling mematikan setelah karsinoma
pengobatan untuk antikanker, seperti pankreas. Hampir seluruh pasien
kemoterapi dan radioterapi. Namun, meninggal dalam 6-7 bulan setelah
toksisitas yang tinggi dan resistensi obat didiagnosa. Prognosis buruk ini
membatasi hasil terapi yang diinginkan berhubungan dengan masih kurang
(Rahayu dan Tjitraresmi, 2017). baiknya diagnosis awal dan resistensi
Salah satu kanker yang patut tumor karena HCC bersifat asimptomatik
diwaspadai adalah kanker hati atau biasa atau gejalanya baru terbentuk saat stadium
disebut juga dengan hepatoma. Karsinoma lanjut (Alianto, 2015). Karena lambatnya
hepatoseluler atau Hepatocellular disadari pasien yang terkena HCC, hanya
Carcinoma (HCC) merupakan penyakit 15% yang dapat melakukan pengobatan
hepar golongan primer yang disebabkan kuratif. Selain itu, beberapa pasien
oleh neoplasma yang ganas, Sel ini terdiri mungkin menderita akibat pengobatan
dari sel yang menyerupai hepatosit dengan

121
dengan operasi yang berkelanjutan atau aktivitas yang lebih baik dan mempunyai
berulang (Elbaz, et. al. 2013). toksisitas yang lebih rendah melalui
Pengobatan HCC saat ini secara modifikasi struktur. Modifikasi struktur
umum adalah bedah reseksi dan dilakukan dengan mensintesis sejumlah
kemoterapi, namun tidak memberikan efek turunan senyawa induk, melakukan
yang signifikan pada HCC, kecuali untuk identifikasi struktur dan melakukan uji
transplantasi hati, sehingga pilihan aktivitas biologisnya. Perubahan struktur
terhadap penggunaan agen kemoterapi dari suatu senyawa akan mengubah sifat
masih terbatas (Kurt, et al. 2017). Oleh fisikokimia senyawa, termasuk sifat lipofilik,
karena itu, usaha terhadap pencarian elektronik dan sterik, dan perubahan sifat
antikanker hati yang baru sangat fisikokimia ini akan menyebabkan
diperlukan untuk memaksimalkan perubahan aktivitas biologis senyawa
efektivitas dan meminimalkan (Elbaz, et. al. 2013).
toksisitasnya. Kumarin (1,2H-chromen-2-on atau
Vascular endothelial growth factor 2H-1-benzopiran-2-on) adalah senyawa
receptor (VEGFR) tirosin kinase adalah bisiklik yang bersifat oksigen heterosiklik,
target obat yang telah divalidasi secara terdiri dari benzena dan cincin 2-pyrone.
klinis untuk terapi kanker. VEGF/VEGFR2 Kumarin juga merupakan kelas luas dari
dianggap sebagai jalur proangiogenik senyawa alami dan sintetis yang
paling penting untuk meningkatkan semua menunjukkan aktivitas farmakologi yang
tahap angiogenesis termasuk permeabilitas beragam, salah satunya adalah sebagai
vaskular, kelangsungan hidup sel antikanker (Basanagouda, et al. 2014).
endotelial, proliferasi, migrasi atau invasi Kalkon (1,3-difenil-2-propen-1-on)
ke jaringan sekitar, dan pembentukan terdiri dari dua cincin aromatik yang
tabung kapiler. Perkembangan kanker dihubungkan oleh gugus karbonil tak jenuh,
sering dikaitkan dengan ekspresi VEGF, yang termasuk dalam produk alami kelas
dan jalur sinyal VEGF/VEGFR2 pada flavonoid. Kalkon telah menarik perhatian
umumnya dianggap sebagai mediator peneliti karena sifat farmakologisnya dan
utama tumor angiogenesis, sehingga turunan sintetisnya memiliki aktivitas
VEGF/VEGFR2 merupakan sistem target sitotoksik yang signifikan terhadap
untuk intervensi terapeutik pada kanker berbagai kanker (Pingaew, et al. 2014).
(Elbaz, et. al. 2013). Turunan urea, terutama bis-aril
Upaya pengembangan obat yang urea, adalah salah satu kelas yang terkenal
telah ada dapat dilakukan dengan di antara agen antikanker, karena aktivitas
rancangan obat. Rancangan obat bertujuan penghambatan yang kuat terhadap
untuk mendapatkan obat baru dengan pertumbuhan sel kanker. Sorafenib dan

122
turunan diariil-urea yang serupa telah Penelusuran Farmakofor dan Skrining
memberikan sintesis turunan urea baru Virtual
karena aktivitas antiproliferatif yang tinggi Protein VEGFR2 (dengan kode
(Lu, et al. 2014). 3WZE dan 4ASD) diunduh dari situs
Pada penelitian antikanker RCSB.PDB. Seluruh struktur ligan dan
sebelumnya, dilaporkan bahwa aktivitas protein kemudian dibuka pada jendela
kumarin, kalkon dan urea, yang sekarang MOE dan disejajarkan sehingga rantai
ditangani dengan desain dan sintesis memiliki struktur yang sama yang akan
turunan kumarin-kalkon-urea terbukti bergerak bersama-sama sebagai satu unit.
bahwa senyawa yang disintesis Dengan cara ini kompleks protein-ligan
menghambat proliferasi sel kanker, tetapi dapat disejajarkan. File kemudian disimpan
senyawa tersebut tidak menunjukkan efek sebagai database.
penghambatan proliferasi pada sel normal Setelah senyawa penuntun terbuka
dikonsentrasi yang sama (Kurt, et al. pada jendela MOE, Pharmacopore Query
2017). editor dibuka dengan perintah MOE> File>
Berdasarkan uraian diatas, maka New> Pharmacopore Query. Skema
penelitian ini akan mengkaji potensi anotasi farmakofor otomatis membuat
pengembangan obat antikanker hati dari query pharmacopore, sehingga pada
turunan kumarin-kalkon-urea dengan jendela MOE akan terlihat fitur-fitur
metode penelusuran farmakofor serta farmakofor yang terdapat pada senyawa
pentautan molekul berdasarkan hasil virtual penuntun. Skema anotasi yang digunakan
skrining senyawa dari tanaman alam. adalah unified. Titik anotasi yang sesuai
METODOLOGI PENELITIAN dengan hasil penelitian interaksi ligan
Software. reseptor dan SAR dipilih untuk menjadi fitur
Sistem operasi Windows™ 7 Ultimate, farmakofor.
Hyperchem® release 8.0., Molecular Langkah ketiga adalah menjalankan
Operating Environment (MOE) release pharmacophore search. Tujuannya adalah
2009.10, Zinc Database. untuk menguji query pharmacophore
Hardware. apakah cocok dengan fitur-fitur farmakofor
Komputer Processor Intel® Core™ 2 Duo dari keseluruhan senyawa atau sebagian
CPU E7500 @ 2.93 GHz 2.94 GHz, RAM senyawa yang terbaik, sehingg dapat
2,00 GB dan harddisk 700 GB dan laptop ditentukan fitur berperan penting pada
dengan spesifikasi Processor Pentium® aktivitas senyawa. Perbaikan query
Dual-Core CPU T4400@ 2.20 GHz 220 dimaksudkan untuk memodifikasi query
GHz, RAM 4,00 GB dan harddisk 500 GB. atau menghasilkan kecocokan dengan
pengaturan query yang lebih ketat.

123
 Untuk molekul yang mirip dapat Reseptor diunduh dari situs
diselaraskan dan dibuat konsensus RSCB.PDB dalam format *.pdb/*.ent.
sehingga memudahkan untuk memilih fitur Molekul air kemudian dihapus dari struktur.
farmakofor. Konsensus farmakofor Protein kemudian diprotonisasi dengan
menyediakan fitur yang disarankan yang langkah yang sama pada preparasi ligan.
terdapat pada molekul-molekul yang Untuk memastikan telah dilakukan
selaras. Penyelarasan (alignment) protonisasi, dilakukan pengecekan hingga
senyawa-senyawa dalam database dipastikan tiap atom pada molekul memiliki
konformasi dengan menggunakan MOE’s muatan.
Flexible Alignment, dengan urutan perintah Ligan dan reseptor yang telah
MOE> Compute> Simulations> Flexible diprotonisasi dibuka dalam jendela MOE.
Alignment. Panel simulasi docking dibuka dengan
Langkah keempat adalah virtual urutan perintah MOE > Compute >
skrining, dengan mendownload terlebih Simulations > Dock. Receptor pada panel
dahulu beberapa ribu senyawa dari zinc Dock diatur Receptor + Solvent, Site diatur
database. Senyawa-senyawa yang telah Ligand atoms. Ligan diatur MDB File (atau
didownload kemudian disimpan sebagai Selected atoms jika ligan terbuka pada
database, untuk melakukan langkah virtual jendela MOE dan di-select). Placement
skrining ikuti beberapa perintah MOE> diatur Proxy triange, rescoring 1
Compute> Pharmacophore> Search. menggunakan Alpha HB dan refinement
Tujuan virtual skrining adalah untuk diatur Forcefield dan rescoring 2
memperoleh senyawa-senyawa yang hits menggunakan Alpha HB. Posisi docking
antara senyawa-senyawa dari zinc terbaik dipilih berdasarkan nilai rmsd (≤ 2)
database dengan fitur farmakofor yang atau kedekatan dengan struktur ligan dan
diperoleh. nilai scoring terendah.
Docking Molekul HASIL DAN PEMBAHASAN
Ligan dalam bentuk struktur tiga Penelusuran Farmakofor dan Virtual
dimensi dioptimasi dengan metode Ab initio Skrining
menggunakan program Hyperchem. Terdapat dua struktur yang telah
Struktur kemudian disimpan dalam format dilaporkan (diunduh dari situs
*.mol. File dibuka pada jendela MOE. www.rcsb.org) dengan kode protein 3WZE
Struktur diprotonisasi untuk menambahkan dan 4ASD dimana ligan alami yang dipilih
hidrogen dan muatan parsial, dengan dari kedua reseptor-ligan adalah sorafenib.
Protonisasi tiga dimensi. Urutan perintah Sidik jari ligan sorafenib menunjukkan
MOE > Compute > Protonate 3D. File bahwa asam amino yang penting pada
kemudian disimpan dalam database*.mdb.

124
ligan adalah GLU 885, CYS 919 dan ASP yang diunduh dari situs
10461 dengan kode sidik jari DDddaaaa. http://zinc.docking.org/. Proses tersebut
D : Donor ikatan hidrogen rantai menghasilkan 6 senyawa kimia bahan
samping protein. alam yang yang berpotensi memiliki
a : Akseptor ikatan hidrogen mekanisme kerja yang sama seperti
backbone protein interaksi senyawa sorafenib dan reseptor
d : Donor ikatan hidrogen VEGFR2. Enam senyawa tersebut
backbone protein kemudian ditautkan secara molekuler
Penelusuran farmakofor terhadap interaksi dengan farmakofor reseptor VEGFR2
ligan-reseptor senyawa sorafenib dan untuk menganalisis interaksinya.
reseptor VEGFR2 yaitu memilki gugus Pentautan Molekul
aromatik (F1 & F2: Aro), donor dan Asam amino utama yang berpengaruh
akseptor proton (F3: Acc & Don), gugus pada reseptor VEGFR2 menurut Temirak
aromatik, serta donor dan akseptor proton et al. (2012) adalah Glu885 dan Asp1048,
(F4: Aro, Acc, & Don). Didapatkan jarak selain itu ada pula asam amino Lys868,
fitur farmakofor wilayah hinge dengan dan Cys919. Tanpa kedua asam amino
wilayah gatekeeper adalah 6,50 Å. Wilayah utama, maka efek inhibitor VEGFR2 tidak
hinge dengan wilayah selektif adalah 11,65 akan terjadi.
Å, serta wilayah gatekeeper dan wilayah
selektif adalah 5,10 Å.

Gambar 2. Interaksi ligan asli

protein 3WZE
Berdasarkan hasil pentautan molekul serta
analisis interaksi yang dilakukan pada 6
senyawa di atas, senyawa ZINC12138892
dan ZINC34633488 menunjukkan interaksi
Gambar 1. Query farmakofor inhibitor
terhadap asam amino Glu885 dan
VEGFR2.
Asp1048 dengan membentuk jembatan
Berdasarkan farmakofor interaksi
garam terhadap residu asam pada reseptor
ligan-reseptor senyawa sorafenib dan
VEGFR2 sehingga menghasilkan efek
reseptor VEGFR2, dilakukan proses
inhibitor.
skrining virtual terhadap 23.340 senyawa
125
 potential anti-cancer and anti-
KESIMPULAN mycobacterial agents. 2013.
Penelusuran farmakofor menunjukkan Chen, Jia-Nian et al. Design, synthesis,
asam amino yang penting dalam interaksi and biological evaluation of novel
inhibitor reseptor VEGFR2 dengan quinazolinyl-diaryl urea derivatives
senyawa turunan kumarin-kalkon-urea as potential anticancer agents.
maupun senyawa alami dari reseptor 2016.
adalah Glu885 dan Asp1048. Gugus-gugus Dehmer, Matthias, et al. Statistical
fungsi farmakofor yang berperan dalam Modelling of Molecular Descriptors
interaksi ligan-reseptor memiliki fitur gugus in QSAR/QSPR. Wiley-Blackwell:
aromatik (F1 & F2: Aro), donor dan Jerman. 2008.
akseptor proton (F3: Acc & Don), gugus Elbaz, Tamer et al. Management of
aromatik, serta donor dan akseptor proton Hepatocellular Carcinoma: Updated
(F4: Aro, Acc, & Don). Review. 2013.
Skrining virtual terhadap senyawa-senyawa Farhat. Vascular Endothelial Growth Factor
alami (http://zinc.docking.org/) yang pada Karsinoma Nasofaring.
berpotensi sebagai inhibitor reseptor Majalah Kedokteran Nusantara
VEGFR2 berdasarkan fitur farmakofor Volume 42 y No. 1 y Maret 2009
adalah SN00002719, ZINC08439619, 2009.
ZINC08555320, ZINC12138892, Gao H, Nishida J, Saito S dan Kawabata J.
ZINC34633488, dan ZINC40310270, Inhibitory Effect of 5,6,7
namun yang memiliki interaksi yang baik Trihydroxyflavones on Tyrosinase.
dengan adanya interaksi dengan asam Molecules. 2007.
amino Glu885 dan atau Asp1048 adalah Goel dan Mercurio. VEGF targets the
senyawa ZINC08555320 dan tumour cell. 2013.
ZINC12138892. Hawash, Mohammed M.A. et al. Synthesis
and biological evaluation of novel
KEPUSTAKAAN pyrazolic chalcone derivatives as
Alianto, Ricky. 2015. Gambaran novel hepatocellular carcinoma
Histopatologi Karsinoma therapeutics. 2017.
Hepatoseluler, Cermin Dunia Hou, Tingjun et al. ADME Evaluation in
Kedokteran-229, Vol. 42 No. 6. Drug Discovery. Hou, Tingjun et al.
Basanagouda, Mahantesha et al. ADME Molecular Pharmaceutics
Synthesis, structure–activity Vol. 8 No.3. 2007.
relationship of iodinated-4-
aryloxymethyl-coumarins as

126
Kemenkes RI. InfoDATIN Pusat Data dan Nahdenla RR. Molecular Modelling : A
Informasi Kementrian Kesehatan. powerfull Tool for Drug Design and
2015. Molecular Docking. J. Resonance.
Kementrian Agama. Al-Qur’an dan 2004.
Terjemahnya. 2018 O’Rourte et al. John Kerr and Apoptosis.
Kesuma, dkk. Uji in silico Aktivitas 2000.
Sitotoksik dan Toksisitas Senyawa Pingaew, Ratchanok et al. Synthesis,
Turunan N-(Benzoil)-N’- feniltiourea biological evaluation and molecular
Sebagai Calon Obat Antikanker. docking of novel
2018 chalconeecoumarin hybrids as
Kurt, Belma Zengin et al. Synthesis and anticancer and antimalarial agents.
biological evaluation of novel 2014.
coumarin-chalcone derivatives Rahayu, Alsya Utami dan Ami Tjitraresmi.
containing urea moiety as potential Aktivitas Farmakologi Dari Senyawa
anticancer agents. Arabian Journal Kalkon Dan Derivatnya, Farmaka
of Chemistry, 2017. Vol. 15 Nomor 12017.
Leach, A. R. Molecular Modelling: Salem, Mounir A. I. et al. Synthesis and
Principles and Aplications. Characterization of Some New
Longman. London 1996. Coumarins with In Vitro Antitumor
Lu, Chenshu et al. Design, synthesis and and Antioxidant Activity and High
evaluation of novel diaryl urea Protective Effects against DNA
derivatives as potential antitumor Damage. Molecules Vol. 21 No. 2,
agents, European Journal of 2016.
Medicinal Chemistry Vol. 77, 2014. Sudiana, I Ketut. Patobiologi Molekular
Mai, Chun Wai et al. Chalcones with Kanker. Jakarta: Salemba Medika.
electron-withdrawing and electron- 2008.
donating substituents: Anticancer Temirak et al. Rational Drug Design for
activity against TRAIL resistant Identifying Novel Multi-target
cancer cells, structure activity Inhibitors for Hepatocellular
relationship analysis and regulation Carcinoma. 2012.
of apoptotic proteins. European Thurston, G. et al. The Delta Paradox:
Journal of Medicinal Chemistry, DLL4 Blockade Leads to more
2014. Tumour Vessels but less Tumour
Mohan V, et al. Docking: Successes and Growth. 2007.
Challenges. Current Pharmaceutical Verma, Rajeshwar P. dan Corwin Hansch.
13
Design Vol. 11, 2005. Use of C NMR Chemical Shift as

127
 QSAR/QSPR Descriptor. Chem.
Rev. 2011.
Wermuth, Camille Georges. The Practice
of Medicinal Chemistry. Academic
Press: United States. 2008.

128