Sudah disebutkan diatas bahsawannya Ma'had Aly sudah diakui sejak 2016 lalu

dengan diturunkannya SK dari menteri agama sebagai Perguruan Tinggi

Keagamaan Islam (PTKI). Ibarat bayi yang baru dilahirkan, Ma'had Aly pastinya
punya banyak problematika dan tantangan, walau di sisi lain Ma'had Aly juga
memiliki banyak potensi.
Dari sisi problematika sendiri, Ma'had Aly masih belum terlalu dilirik oleh
masyarakat. Kurangnya sosialisasi dan pengenalan akan Ma'had Aly itu sendiri
menjadikan minat yang masih sedikit dari anak-anak yang akan melanjutkan
kuliah dan masyarakat yang ingin mengkuliahkan anak-anak mereka. Bahkan
tidak sedikit dari mereka menganggap bahwasannya Ma'had Aly itu sebagai
pilihan terakhir dari anak-anak yang tidak diterima di PTN atau PTS.
Disisi yang lain, adanya perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi
membuat persepsi mereka akan tidak terlalu pentingnya mempelajari ilmu
agama. Mereka beranggapan bahwa di zaman seperti sekarang ini, ilmu umum
itu lebih penting daripada ilmu agama. Mereka khawatir akan masa depan dan
pekerjaan mereka nantinya bilamana mereka melanjutkan pendidikan mereka
di Ma'had Aly.
Dari intern Ma'had Aly itu sendiri, tidak sedikit dari para peminat yang akan
masuk ke Ma'had Aly itu berasal dari latar belakang yang belum mengenal
kitab kuning, seperti SMA dan SMK apalagi yang berada di luar naungan
pondok pesantren. Hal ini membuat Ma'had Aly itu harus memutar otak
bagaimana mengenalkan kepada mereka tentang kitab kuning sebelum
melangkah ke yang lebih jauh lagi dengan waktu yang singkat. Tidak banyak
dari mereka membuat kelas intensif bagi para mahasantri yang belum terlalu
mengenal tentang kitab kuning.
Dari sisi yang lain lagi, kurangnya tenaga pengajar (dosen) yang mumpuni dan
faham betul akan kitab kuning juga masih sedikit. Kalaupun ada, itupun agak
sulit untuk mencari jam-jam kosong para dosen karena mereka sudah
disibukkan dengan jam-jam di sekolah. Ma'had Aly yang harusnya itu
diutamakan tetapi hanya diberi sisa waktu dari para dosen yang ada sehingga
membuat kegiatan belajar-mengajar itu kurang efektif.