METODE ANALISIS MIKROBIOLOGI

Bogor, 28 Desember 2018

 OUTLINE

1. KERAGAAN JUMLAH SAMPEL DAN JENIS ANALISIS

2. METODE ANALISIS MIKROBIOLOGI
 KERAGAAN JUMLAH SAMPEL 2018

900
Total Contoh 1357
800
784
700

600
Jumlah Contoh

500
496
400

300

200

100
65 3 9
0
PO PUHAY TANAH Tanaman Isolat
Jenis Contoh
 KERAGAAN JENIS ANALISIS
MIKROBIOLOGI PER NOV 2018
No Jenis Analisis Jumlah Analisis Ranking
1. E. Coli 846 1
2. salmonella 846 1
3. Total Bakteri aerob heterotrof 388 2

4. Total Fungi 287 3

5. Aktivitas BPF (kualitatif) 259 4
6. Aktivitas Penambatan N 252 5
(kualitatif)/N-free tmedia test
7. Jumlah BPN 244 6
8. Jumlah BPF 215 7
9. Respirasi 190 8

Total Analisis 4599

 KERAGAAN JENIS ANALISIS
MIKROBIOLOGI 2018
No Jenis Analisis Jumlah Analisis Ranking
10. Actinomycetes 159 9
11. Bacillus 83 10
12. Dehidrogenase 74 11

13. Rhizobium/Bradyrhizobium 74 11
14 Azotobacter 65 12
15. Aktivitas Perombakan Bahan 63 13
Organik

Total Analisis 4599

 JENIS ANALISIS

• Populasi Mikroba Metode Kultur (TPC, MPN, )

• Aktivitas Mikroba (produksi metabolit,
aktivitas pelarutan fosfat, dll)
• Aktivitas Enzim (selulolitik, ligninolitik,
dehidrogenase, respirasi, ARA, fosfatase)
 ACUAN

• P. Nannipieri, Methods in applied soil Biology and

Biochemistry, 2003, p 145-151
• RM Atlas, Handbook of Microbiologycal media, 2000, p
1117
• Somasegaran dan Hoben, Handbook for
Rhizobia(1994)
• Peraturan Menteri Pertanian Nomor
70/Permentan/SR.140/10/2011
• IK Analisis Lab Biologi tanah
 METODE ANALISIS
(Jumlah Mikroba, TPC)
Jumlah Bakteri Aerob Heterotrof
Prinsip: enumerasi sel viable non-fastidious pada medium umum (NA) bakteri
aerob heterotrof .

Prosedur:
- Pengenceran Serial : 10-1- 10-7
Tahap 10-1 : recovery , homogenkan (tahap krusial)
Recovery : penggunaan bufer fosfat
Homogenkan : pengocokan manual 50 X, rotary shaker 30 menit,
Stomacher, central pneumatic paint shaker (?? Selain pengocokan, ada
getaran fibrid).
 METODE ANALISIS
(Jumlah Mikroba, TPC)
Jumlah Bakteri Aerob Heterotrof
Plating
Inkubasi: 2-3 hari, 25 – 30°C

Rumus:
Jumlah Bakteri (CFU/g) = Jumlah koloni x FP
0.1 ml
 METODE ANALISIS
(JUMLAH FUNGI,TPC)
Prinsip:
Suspensi contoh dari pengenceran serial diinkulasikan pada
PDA+ RB + Chloramphenicol (Puhay) dan RBA + RB +
Chloramphenicol (PO, Tanah).
 METODE ANALISIS
(JUMLAH BPN, TPC)

Prinsip: “Respiratory Protection” , bakteri dapat tumbuh dan

membentuk koloni pada media Petri tanpa sumber N
inorganik/organik (N-free Agar).
 METODE ANALISIS
(JUMLAH BPF, TPC)
Prinsip:
Koloni bakteri membentuk zona jernih sekitar koloni pada
medium Pikovskaya + P tidak larut (Ca-, Al-, Fe-, RP,
hidroksiapatit). Zona jernih adalah zona pelarutan P.
 METODE ANALISIS
(JUMLAH Rhizobium & Bradyrhizobium,
Prinsip: TPC)
Pertumbuhan rhizobium pada medium YEMA + CR (pupuk
hayati) atau YEMA + CR + Nystatin (PO, tanah) dengan suhu 25 -
30°C, kondisi gelap, selama 3-5 hari , k.oloni tidak menyerap CR
 METODE ANALISIS
(METODE MPN)

Jumlah BPN (MPN dengan medium N-free semisolid)

Prinsip : Estimasi bakteri viable dalam suatu contoh dengan cara
mengetahui pertumbuhan pada medium cair dalam suatu seri
tabung. Mikroba yang dianalisis dengan metode ini harus
memiliki karakteristik selektif yang dapat dideteksi (misal
pembentukan gas, aerotaktik).
Sifat aerotaktik bakteri: bergerak ke area di dalam medium
dimana laju respirasi adalah equilibrium dengan laju difusi
oksigen. Bakteri membentuk pelikel 5 mm di bawah
permukaan, lalu bergerak mendekati permukaan medium.
 METODE ANALISIS
(METODE MPN)

Jumlah BPN (MPN dengan medium N-free semisolid)

Prinsip ..lanjutan :
Pertumbuhan atau uji positif dicatat setelah masa inkubasi 7 – 14
hari, 25 – 30°C. Hasil ditabulasikan sebagai Table Probibiliti.
MPN populasi bakteri diekspresikan per ml/per g contoh.
Jumlah = Nilai MPN x FP = MPN/ml or MPN/g.
 METODE ANALISIS
(METODE MPN)
Jumlah E.coli/Salmonella
Prinsip:
- Presumtive test :karakteristik pembentukan gas dalam medium
LSTB (E. coli) dan kekeruhan pada medium TTB (Salmonella).
- Confirmation test: streak pada medium EMB (E. coli) dan SS agar
(Salmonella).
 METODE ANALISIS
(Aktivitas Mikroba Fungsional)
Aktivitas Pelarutan Fosfat (Kuantitatif)

Prinsip: Sebanyak 0.1 ml suspensi contoh pupuk (10-1)

diinokulasikan ke dalam media Pikovskaya Broth+ P tidak
larut (Ca, Al, Fe, rock P, hydroxyapatite). Media diinkubasi
selama 5 hari, P larut diukur dengan metode Bray I.
P larut terkoreksi dari contoh = P larut dalam media diinokulasi
suspensi contoh - P larut dalam media tidak diinokulasi.
Aktivitas pelarutan P diekspresikan dengan P larut ppm/g.hari.
 METODE ANALISIS
(AKTIVITAS MIKROBA)
Estimasi Respirasi Tanah
Prinsip:
Mo heterotrofik menggunakan bo (selulosa, protein, nukleotida,
dan senyawa humus) sebagai sumber energi.
Rx suplai energi , rx redok didasarkan transfer e dari suatu donor
ke suatu aseptor.
Dalam respirasi, mo aerobik mengoksidasi bo, O2 sebagai aseptor
e terakhir.
Produk akhir : CO2 + H2O. Aktivitas metabolisme mo tanah dapat
ditentukan dengan mengukur produksi CO2 atau konsumsi O2.
 METODE ANALISIS
(AKTIVITAS MIKROBA)
Estimasi Respirasi Tanah
Prinsip..lanjutan:
Estimasi CO2 yang dievolusikan selama inkubasi tanah dalam
wadah kedap udara. CO2 diperangkap larutan KOH/NaOH
yang kemudian dititrasi dengan HCl.
 METODE ANALISIS
(AKTIVITAS MIKROBA)
Estimasi Respirasi Tanah
Rumus:
RCO2 = 4,4 (VC – VK)
msWsd
Ket:
RCO2 = laju evolusi CO2 pada contoh tanah (mgCO2 g-1).
VC = volume HCl yang diskonsumsi pada titrasi KOH contoh tanah/kompos (ml)*.
VK = volume HCl yang dikonsumsi pada titrasi KOH kontrol (ml)*.
Ms = Berat contoh tanah (g)
4,4 = Suatu faktor (1 ml HCl 0.2 molar setara 4.4 mg of CO2) (mg/ml).
Wsd = fraksi berat tanah kering
* Volume HCl yang terpakai setelah KOH+MeO
 METODE ANALISIS
(AKTIVITAS ENZIM)
Aktivitas Nitrogenase (Kuantitatif)
Prinsip:
Nitrogenase di dalam sel bakteri mereduksi N2 menjadi NH4 dan dan dapat mereduksi
substrat senyawa lain seperti C2H2 menjadi C2H4.
Contoh tanah atau kultur contoh pupuk dalam medium N-free di dalam erlenmeyer/ta
diberi substrat asetilen 10% volume.
Kontrol positif: kultur Azospirillum sp. diujikan.
Kontrol negatif: media tidak diinokulasi dan diberi asetilen.
Etilen yang terbetuk dianalisis dengan GC.

Aktivitas nitrogenase = Etilen (ppm)/jam.g atau Etilen (ppm)/jam.kultur

 METODE ANALISIS
(AKTIVITAS ENZIM)
Aktivitas Dehidrogenase
Prinsip:
Enzim dehidrogenase melepaskan e dari berbagai substrat respirasi.
Elektron-elektron (NADH) lalu dialirkan kedalam rantai respirasi
melalui flavoprotein NADH dehidrogenase, lalu ditransfer ke dalam
system sitorkom untuk oksidasi oleh oksigen.
 METODE ANALISIS
(AKTIVITAS ENZIM)
Aktivitas Dehidrogenase

Prinsip..lanjutan:

Metode berdasarkan estimasi laju reduksi TTC menjadi TPF setelah

inkubasi tanah selama 24 jam pada suh 30 °C.

Reaksi berlangsung dalam tabung kedap. TTC, substrat pengganti O2

yang direduksi oleh e yang dihasilkan, menjadi TPF (berwarna merah)
 METODE ANALISIS
(AKTIVITAS ENZIM)
Aktivitas Dehidrogenase
Prinsip:

Rumus:
AD (µg /g.hari) = TPF (µg/ml) x 45 ml
Dwt x 5
Ket :
Dwt = berat kering 1 gram contoh tanah (g)
5 = berat contoh yang digunakan (g)
45 = volume larutan pengekstrak (methanol) yang digunakan ml
• TERIMAKASIH