Secara umum metode yang bisa digunakan untuk mengendalikan virus yaitu:

1. Metode Eradikasi yaitu menghilangkan sumber inokulum di lapangan diantaranya

dengan cara melakukan tanaman yang telah terinfeksi virus, dan membersihkan gulma
yang menjadi inang virus.
2. Metode mengendalikan serangga vektor yaitu Mencegah atau menghambat
penyebaran virus dari satu pertanaman ke pertanaman lain. Karena virus sebagian
besar ditularkan oleh serangga, maka pencegahan penyebaran virus dapat dilakukan
dengan mengendalikan serangga vektor, baik secara kimiawi maupun biologis.
3. Metode Menggunakan kultivar tahan yaitu Tanaman yang tahan terhadap virus adalah
tanaman yang mampu menghambat replikasi dan penyebaran virus di dalam tanaman
atau perkembangan gejala.
4. Metode Perlakuan benih dengan PGPR yaitu Plant growth promoting rhizobacteria
(PGPR) dapat digunakan untuk menekan insiden penyakit melalui mekanisme induksi
ketahanan secara sistemik atau menghasilkan hormon tumbuh.
5. Metode Karantina Menjaga supaya virus tidak masuk, yang dikalukan melaluui sistem
karantina, pengawasan (inspeksi) dan sertifikasi.
6. Metode Fumigasi tanah Untuk mengendalikan nematoda sebagai pembawa virus.
7. Metode Pencelupan ke dalam air panas Organ perbanyakan yang sehat biasanya
dicelupkan ke dalam air panas (35-54oC) selama beberapa menit atau beberapa jam.
Sedangkan tanaman yang sedang tumbuh aktif biasanya dipelihara di dalam rumah
kaca atau ruang tumbuh pada suhu 35-40oC selama beberapa hari, minggu atau bulan.
Setelah itu beberapa diantara virus menjadi tidak aktif dan tumbuhan tersebut akan
kembali tumbuh sehat secara keseluruhan.
8. Metode Aplikasi ZPT tertentu pada daun Seperti asam giberelik, efektif memacu
pertumbuhan tunas axillary yang tertekan virus pada sour cherry yellows, yang
menghasilkan peningkatan produksi buah. Sama halnya, penyemprotan asam giberelik
dapat mengatasi stunting yang disebabkan oleh virus belok (etch virus) yang ganas
pada tembakau.