AIDIL MUBARROK

TANAMAN FENOLIK : FENILPROPANOID

Shin-ichi Ayabe, Hiroshi Uchiyama, Toshio Aoki, dan

Tomoyoshi Akashi, Universitas Nihon, Fujisawa, Jepang

2010 Elsevier Ltd. Hak cipta dilindungi undang-undang.

1.24.1 Pengantar
1.24.1.1 Tinjauan Singkat Penelitian Fenilpropanooid dalam 10 Tahun Terakhir 930
1.24.2 Fungsi Enzim Baru dalam Metabolisme Fenilpropanooid 931
1.24.2.1 CYP98A Mengkatalisasi 3-Hidroksilasi dari 4-Ester asam kumarat 931
1.24.2.2 Sintase fenilpropena dan O-Metiltransferase terlibat dalam rasa dan arona
biosentesis
931
1.24.2.3 Sintase kurkuminoid 933
1.24.2.4 Biosintesis dari kumarin 934
1.24.2.4.1 Biosintesis Skopoletin di Arabidopsis thaliana: Identifikasi feruloyl-CoA
69-hidroksilase sebagai 2-oksoglutarat bergantung dioksigenase 934
1.24.2.4.2 biosintesis Furanokumarin: Identifikasi sintase psoralen 935
1.24.2.4.3 Modifikasi kerangka kumarin 936
1.24.3 Flavonoid 937
1.24.3.1 Chalcone 937
1.24.3.1.1 69-Deoksichalcone 938
1.24.3.1.2 Dekorasi chalcones 939
1.24.3.1.3 Biosintesis xanthohumol 940
1.24.3.2 Aurone 940
1.24.3.3 Chalcone Isomerase dan flavanon 941
1.24.3.4 Flavon, Flavonol, Antosianin, dan Proantosianidin 943
1.24.3.4.1 Konstruksi kerangka flavonoid 943
1.24.3.4.2 dekorasi Enzim 948
1.24.3.5 Isoflavonoid 957
1.24.3.5.1 Biosintesis isoflavon di tanaman legum 958
1.24.3.5.2 Isoflavonoid phytoalexin 962
1.24.3.5.3 Transformasi 966
1.24.4 Fungsional Genomika dan Evolusi Biosintesis fenilpropanoid / Flavonoid 966
1.24.4.1 Metabolomik dan Transkriptomik 966
1.24.4.2 Hubungan Organisasi dan Filogenetik Gen fenilpropanoid
dan (Iso) Jalur Flavonoid 967
1.24.4.3 Evolusi fenillpropanoid / Biosintesis Flavonoid 967
Referensi 968

1.24.1 Pengantar

Bab ini menjelaskan temuan selama 10 tahun terakhir pada biosintesis tumbuhan
fenilpropanoid tidak termasuk lignan, lignin, dan monolignol terkait, yang akan dilaporkan
dalam Bab 1.23. Detail tentang sintase poliketida
termasuk chalcone synthase (CHS), pertama enzim berkomitmen dari jalur flavonoid, dan
sintase stilben terkait juga akan dibahas di Bab 1.06. Biosintesis fenilpropanoid dimulai
dengan deaminasi
L-fenillalanin (1) oleh L- fenillalanin amonia-lyase (PAL) untuk menghasilkan trans-
asam sinamat (2), dengan sangat jarang kasus di mana tirosin-lyase menghasilkan asam 4-
kumarat (3). Tindakan selanjutnya pada senyawa 2 oleh cinnamate 4-hydroxylase (C4H) dan
4- asam kumarat -CoA ligase (4CL) menghasilkan 4-coumaroyl-CoA (4) (Skema 1),
dimana formal mengurangi proses pada fungsi karbonil dan dekorasi cincin oleh hidroksilasi
dan O-metilasi menyebabkan monolignol, prekursor langsung lignin dan lignan. Produk jalur
percabangan.

fenilpropanoid termasuk keluarga besar flavonoid dan isoflavonoid, stilbenes,

coumarin, asam benzoat dan turunan benzaldehid, fenilpropena, diarylheptanoids, dan
glikosida dan konjugat lainnya. Fokus utama dalam bab ini adalah pada biosintesis flavonoid
dan isoflavonoid, sementara penemuan baru pada biosintesis kumarin, fenilpropena, dan
diarilheptanoid juga diuraikan. Enzim baru untuk gen dan / atau cDNA dikloning dan jalur
biosintetis yang diungkapkan oleh penemuan gen struktural adalah prinsipal subyek, tetapi
beberapa temuan hanya berdasarkan karakterisasi biokimia dari enzim juga disertakan.

1.24.1.1 Tinjauan Singkat Penelitian Fenilpropanoid dalam 10 Tahun Terakhir

Kemajuan biologi molekuler dan biokimia tumbuhan telah menghasilkan identifikasi

banyak gen dan enzim dari metabolisme fenilpropanoid, dan, yang lebih penting, penelitian
berorientasi genom yang telah tumbuh secara eksplosif pada pergantian abad telah
menyediakan struktur gen-gen tersebut. yang selanjutnya memperluas studi tentang struktur
protein, pertimbangan evolusi dari jalur, dan aplikasi ekofisiologis komparatif. Untuk
menemukan fungsi enzim baru, metode baru berdasarkan pendekatan genom dikombinasikan
dengan sumber daya tanaman model telah berhasil; misalnya, 2-oxoglutarate-dependent
dioxygenase (2-ODD) yang terlibat dalam biosintesis coumarin dapat diidentifikasi dari
informasi genom Arabidopsis thaliana dan pola ekspresi dalam database MPSS dan lebih
lanjut memeriksa tanaman mutan dengan gen kandidat yang ditekan untuk banyak berkurang.
tingkat produk akhir (lihat Bagian 1.24.2.4.1) .1 Di sisi lain, pada saat yang sama, metodologi
yang tampaknya klasik dalam studi biosintesis berdasarkan kimia organik dan biokimia
diakui sebagai semakin penting, karena anotasi fungsi gen hanya bergantung pada urutan
asam amino sering tidak akurat. Jadi, metode yang dimulai dengan pemurnian protein enzim
memberi informasi yang sangat berharga tentang gen yang dikodekan; misalnya, urutan asam
amino parsial dari fragmen peptida protein sintase aureusidin yang sangat murni dari 32 kg
tunas snapdragon dikombinasikan dengan pendekatan hibridisasi subtraktif untuk
mengidentifikasi newenzyme yang terlibat dalam konstruksi kerangka aurone (lihat Bagian
1.24.3.2) .2 Juga, meskipun bukan pendekatan yang benar-benar baru, kombinasi
pemeriksaan in vitro dari enzim rekombinan dan fraksinasi cDNAlibrary yang diekspresikan
dalam Escherichia coli atau ragi telah terbukti menjadi alat yang ampuh untuk
mengkarakterisasi enzim di mana informasi pada protein tidak tersedia, seperti sebagai 2-
hydroxyisoflavanone dehydratase yang menghasilkan isoflavon (lihat Bagian 1.24.4.5.1 (ii))
.3 Pada bagian berikutnya, enzim baru dari metabolisme fenilpropanoid yang telah
dikarakterisasi melalui pendekatan ini dijelaskan.
 Perkembangan luar biasa lainnya mengenai enzim metabolisme sekunder tanaman
pada umumnya adalah penentuan berbasis kristalografi X-ray dari struktur tiga dimensi
protein enzim. Untuk jalur fenilpropanoid umum, struktur protein dari enzim titik masuk,
PAL dari peterseli (Petroselinum crispum) ditentukan. 4 Kelompok prostetik yang tidak
lazim (4-methylidene-imidazole-5-one, MIO) yang sama dengan histidin amoniaase. untuk
reaksi yang diidentifikasi, dan sebuah criticalmotif dalam struktur protein telah didefinisikan
(reviewarticles ringkas di PAL tersedia). 5 Meskipun tidak ada struktur protein dari C4H dan
4CL telah dilaporkan, struktur dari banyak enzim yang terlibat dalam
fenilpropanoidmetabolisme seperti sintase poliketida, S-adenosyl-L-methionine (SAM) -
tergantung O-methyltransferases (OMTs), dan reduktase telah diatasi. dan mekanisme reaksi
spesifik, substrat dan spesifikasi produk, dan mekanisme evolusi telah dibahas.
Peragaan homologi dan mutagenesis yang diarahkan ke lokasi juga telah berguna
dalam menjelaskan spesifisitas reaksi enzim-katalis, terutama untuk enzim yang struktur
stereostrukturnya sulit untuk diselesaikan melalui kristalografi, seperti cyochrome P-450s (P-
450s). Tanaman yang lebih tinggi adalah sumber terkaya dari molekul P-450 dan tanaman P-
450 yang paling melimpah adalah C4H dari jalur fenilpropanoid, dan pemodelan homologi P-
450 (CYP73A5) dan tiga P-450 lainnya dari jalur fenilpropanoid (coniferaldehyde 5 -
hydroxylase (CYP84A1), 4-coumaroyl shikimate 3-hydroxylase (CYP98A3), dan flavonoid
39,59-hydroxylase (CYP75B1)) A. thaliana pada bakteri dan mamalia P-450 sebagai
template dilakukan, dan arsitektur situs aktif yang dilestarikan dan strategi umum untuk
mengidentifikasi substrat mereka telah diklarifikasi. Penelitian lebih lanjut tentang struktur
C4H dan mekanisme reaksi telah dilakukan oleh mutagenesis situs-diarahkan, dan juga
resonansi magnetik nuklir (NMR) diaplikasikan untuk menemukan substrat analog di situs
aktif. Seperti studi mutagenesis juga dilakukan dengan P-450 legum khusus yang
menghasilkan kerangka isoflavonoid (lihat Bagian 1.24.4.5.1 (i)). Glikosiltransferase dari
fenilpropanoid dan metabolisme flavonoid adalah contoh lain yang pemodelan / mutagenesis
menghasilkan temuan menarik pada spesifitas reaksi dan mekanisme evolusi (lihat Bagian
1.24.4.5.1 (v) (i)).
Penyaluran metabolik sebagai mekanisme biosintesis yang efektif dari jalur
biosintetik khusus telah dibahas untuk waktu yang lama, dan studi biologi-biokimia
molekuler menggunakan metodologi sistem ragi dua-hibrida memberikan bukti kuat interaksi
enzim dalam metabolisme flavonoid di A. thaliana.12 Dalam analisis planta gen PAL dan
C4H multipel ditransformasi lebih lanjut menunjukkan kemungkinan interaksi enzim
biosintesis, 13,14 dan beberapa temuan pada penyaluran dalam metabolisme fenilpropanoid /
flavonoid telah dilaporkan..15,16 Namun, rekonstitusi jalur fenilpropanoid dalam ragi tidak
mengungkapkan bukti penyaluran oleh kompleks multienzim, 17 dan telah ada banyak
perdebatan mengenai hal ini; salah satu alasannya adalah karena sedikit bukti langsung dari
interaksi protein. Teknik-teknik baru untuk mendeteksi interaksi protein yang lemah dan
banyak dalam metabolisme sekunder tanaman sangat diharapkan. Juga, ada beberapa
pengamatan menarik pada lokalisasi subseluler enzim, seperti nuklir, 18 plastidial, 19 dan
vacuolar20 jalur flavonoid.
Akhirnya, apa yang tidak dibahas di sini adalah: pengaturan biosintesis dilihat dari
gen pengatur (faktor transkripsi) dan penelitian yang berorientasi aplikasi seperti produksi
mikroba flavonoid bioaktif atau pemuliaan molekuler tanaman hias dengan sifat baru, karena
topik akan menjadi subjek dalam volume lain dari seri ini. Untuk kemajuan terbaru dalam
penelitian pada fenilpropanoid dan metabolisme flavonoid, pembaca dirujuk ke artikel oleh
Boudet dan Petersen antara lain.

1.24.2 Fungsi Enzim Baru dalam Metabolisme Fenilpropanoid

Jalur monolignol telah dipahami dengan baik dalam beberapa tahun terakhir. Karena
semua jalur percabangan fenilpropanoid berasal dari beberapa prekursor dan intermediet jalur
monolignol, fungsi enzim baru yang relevan dengan jalur umum dan bercabang di dalam
metabolisme fenilpropanoid tanaman secara singkat dibahas di bawah ini, meskipun mungkin
ada beberapa tumpang tindih dengan bab-bab lain.

1.24.2.1 CYP98A Mengkatalisasi 3-Hidroksilasi dari 4-Ester asam kumarat

Meta-hidroksilasi selama biosintesis fenilpropanoid dengan cincin aromatik tersubtitusi

asam-asam telah lama sulit dipahami. A-450 dari A. thaliana, CYP98A3, adalah untuk
pertama kalinya ditunjukkan untuk mengkatalisis meta-hidroksilasi 5-O-shikimate (5) dan 5-
OD-quinat (6) ester dari 4-coumaric acid (3), tetapi bukan asam bebas (Skema 2).23,24,25
Bersama dengan penemuan acyltransferases menghasilkan ester shikimate / quinate 4-
coumarate dari 4-coumaroyl-CoA (4) dan reesterifikasi untuk menghasilkan caffeoyl-CoA
(7), mata rantai yang hilang di jalur monolignol dengan demikian diklarifikasi, dan p -450
enzim telah terdeteksi dari beberapa spesies tanaman.21,22,26 Temuan ini juga
mengungkapkan mekanisme biosintesis asam klorogenik (8) (ester caffeic acid quinate;
Skema 2). Enzim P-450 dari subfamili CYP98A yang sama juga telah diidentifikasi sebagai
asam 4-coumaroyl-49- hydroxyphenyllactic (9) 3-hydroxylase (CYP98A6) dari asam
rosmarinic (10) jalur biosintetik di Lithospermum erythrorhizon (aktivitas yang sama juga
terdeteksi). dalam kemangi manis (Ocimum basilicum) dari mana CYP98A13 telah dicirikan
sebagai 4-coumaroyl shikimate 3-hydroxylase).27,28 Selanjutnya, gandum ditemukan
mengandung beberapa CYP98A, dan mereka dapat meta-hydroxylate 4-coumaroyltyramine
(11) (hydroxycinnamic acid amide), CYP98A12 yang paling efektif, untuk sintesis monomer
fenolik suberin..26

1.24.2.2 Sintase fenilpropena dan O-Metiltransferase terlibat dalam rasa dan arona
biosentesis

Tanaman volatil yang bertindak sebagai senyawa defensif serta atraktan untuk
penyerbuk merupakan beberapa kelas metabolit sekunder seperti terpena dan fenolik.29,30
Fenilpropena berasal dari jalur fenilpropanoid, dan kerangka yang ditampilkan untuk
diproduksi dari cinnamyl acetate tersubtitusi oleh spesifik kelas
AIDIL MUBARROK – DESI DAMAR YANTI – DIAH RONA UTAMIE

Biographical Sketches

Shin-ichi Ayabe, Ph.D. lulus dari Departemen Kimia, Universitas Tokyo, dan setelah
mengambil gelar master dari sekolah pascasarjana di sana, ia memulai studinya tentang
konstituen, terutama flavonoid legum licorice obat, dan biosintesis mereka dalam sel tanaman
berbudaya di School of Pharmaceutical Ilmu Pengetahuan, Universitas Kitasato (Tokyo) pada
tahun 1973. Dia kemudian pindah ke Departemen Ilmu Biologi Terapan, Universitas Nihon,
di Fujisawa, Kanagawa, pada tahun 1989 di mana dia adalah seorang profesor biokimia
tumbuhan sejak tahun 1998. Dia adalah seorang peneliti penelitian postdoctoral di St Louis
University, AS, dari tahun 1982 hingga 1983, dan bekerja pada biosintesis alkaloid
morphinan. Penelitiannya telah berkembang dari penyelidikan biosintesis retrochalcone yang
tidak biasa pada tahun 1980-an menjadi pendekatan biologis biokimia dan molekuler untuk
metabolisme (iso) flavonoid dan mengarah pada penemuan dan studi mekanistik dari
sitokrom P-450s spesifik flavonoid pada 1990-an-2000an. Dia juga telah tertarik pada
mekanisme elisitasi produksi phytoalexin di sel tumbuhan, dan baru-baru ini, dalam fungsi
metabolit sekunder tanaman pada simbiosis tanaman-mikroba.