Plasmid dan Episome

Plasmid merupakan satu dari beberapa molekul DNA ekstrakromosomal

atau kromosom mini. Plasmid dapat didefinikan sebagai replika yang diwariskan
secara stabil dalam keadaan ekstrakromosomal. Plasmid kebanyakan disingkirkan
walaupun terkadang sangat penting ada lingkungan tetentu. Plasmid memiliki
signifikansi praktis utama pada 2 bidang yaitu, penyebaran beberapa antibiotik
serta resistensi obat pada bakteri patogen dan ketidakstabilan mikroorganisme
industri yang penting.
Terdapat tiga jenis utama plasmid bakteri telah dipelajari secara luas: (1) F
dan F 'plasmid, faktor kesuburan konjugasi yang telah dibahas sebelumnya; (2)
Plasid R (sebelumnya disebut RTF, atau faktor transfer resistansi), plasmid yang
membawa gen untuk resistensi terhadap antibiotik atau obat antibakteri lainnya;
dan (3) plasma Colid (sebelumnya disebut faktor colicinogenik), plasma yang
mengkode colicins, yang merupakan protein yang membunuh sel E.coli. Transfer
DNA plasmid konjugatif atau dapat ditularkan melalui konjugasi. Semua plasmid
F dan F, banyak plasmid R, dan beberapa plasmid Col bersifat konjugatif. Sifat
konjugatif dari banyak plasmid R memiliki signifikansi utama dalam penyebaran
gen resistensi antibiotik dan obat melalui populasi bakteri patogen.
Episome merupakan elemen genetik yang dapat mereplikasi di salah satu
dari dua keadaan alternatif sebagai bagian yang terintegrasi dari krom host utama
atau sebagai elemen genetik otonom, independen dari kromosom bost utama.
Banyak plasmid tidak ada dalam keadaan terintegrasi dan karenanya bukan episom.
Banyak dari sifat mereka sekarang diketahui bergantung pada keberadaan sekuens
DNA pendek yang disebut elemen IS atau sekuens penyisipan. Elemen IS juga ada
dalam kromosom inang utama. Urutan pendek ini (dari sekitar 800 hingga sekitar
1400 nukleotida-panjang) dapat transposable, yaitu, mereka dapat bergerak dari
satu posisi ke posisi lain dalam suatu kromo, atau pindah dari satu kromosom ke
kromosom yang berbeda. IS memediasi rekomendasi antara elemen genetik yang
tidak homogen di mana mereka berada.
Elemen-elemen IS memediasi integrasi episom ke dalam kromosom inang.
Seperti hanlnya dalam kasus integrasi E. coli K12 F plasmid selama pembentukan
Hfr's . Faktor E. coli K12 F mengandung satu salinan IS2 dan dua salinan IS3 (Gbr.
8.20). Posisi elemen-elemen IS dalam berbagai faktor F dan dalam kromosom dari
berbagai galur E. coli dipercayai untuk menentukan lokasi-lokasi integrasi faktor F
selama pembentukan galur

Transposable materi genetic

Unsur transposable ditemukan oleh B. Mc-Clintock melalui analisis
ketidakstabilan genetik pada jagung. McClintock menduga mosaik, alel C'
penghambatan telah hilang beberapa saat selama pengembangan endosperma, yang
mengarah ke klon jaringan yang mampu menghasilkan pigmen. Genotipnya -CC,
di mana tanda hubung menunjukkan hilangnya alel C '. Analisis lebih lanjut
menunjukkan bahwa alel ini telah hilang melalui kerusakan kromosom. Lepasnya
segmen kromosom dari sentromernya, menghasilkan fragmen asentrik. Fragmen
itu hilang selama pembelahan sel, sehingga semua keturunan sel ini akan
kekurangan bagian dari kromosom yang diturunkan dari ayah. fragmen yang hilang
adalah fragmen yang membawa alel C ', tidak ada sel dalam klon ini yang akan
dihambat untuk membentuk pigmen maka saat satu dari mereka menghasilkan
bagian dari aleuron, warna akan muncul.
McClintock menemukan bahwa mosaik kernel seperti itu kerap dihasilkan
dari jeda pada situs tertentu pada kromosom 9. McClintock menemukan contoh
kerusakan lainnya di situs yang berbeda pada chromomome 9, dan juga pada
kromosom lain. kerusakan pada situs-situs ini bergantung pada aktivasi dan faktor
Ds juga terlibat. Ds bisa ada di banyak situs berbeda dalam genom, dan bahwa
mungkin bagi Ds untuk mengubah posisinya. Melalui analisis genetik, Mc-Clintock
menunjukkan bahwa Ac dan Ds dapat bergerak. Elemen ac dapat mengaktifkan
dirinya sendiri, tetapi elemen Ds tidak bisa. Setiap kali transposon mengaktifkan
diri, ia dikatakan berfungsi secara otonom; setiap kali tidak melakukan swadaya,
itu dianggap tidak otonom.

Transposabel elemen pada bakteria

Transposon bakteri paling sederhana adalah urutan penyisipan, atau elemen
IS. Biasanya kurang dari 1500 nukleotida-pasangan panjang dan hanya
mengandung gen yang terlibat dalam mempromosikan atau mengatur transposisi.
Kadang-kadang dua elemen IS homolog bergabung dengan gen lain untuk
membentuk transposon komposit (Tn) dan yg tiak mengandung elemen IS (Tn3).
Bakteriofage X yang terintegrasi dianggap elemen transposabel karena dapat
memasukkan dirinya ke dalam bakteri kromosom. Namun, fag ini mewakili batas
atas ukuran transposon dan jelas mengandung banyak gen yang tidak diperlukan
untuk perilaku penyisipan.
IS Element
elemen diatur secara kompak dan terdapat urutan pengkodean tunggal
dengan pendek, identik, atau urutan yang hampir identik di kedua ujungnya.
Panjangnya berkisar antara 9 hingga 40 pasangan nukleotida. Satu salinan duplikasi
terletak di setiap sisi elemen. elemen-elemen IS memediasi integrasi episom ke
dalam kromosom bakteri. Proses ini melibatkan rekombinasi homolog antara
elemen-elemen IS yang terletak di episom dan dalam kromosom. Transposon
komposit dibuat ketika dua elemen IS menyisipkan saling berdekatan. Masing-
masing transposon komposit ini membawa gen untuk resistensi antibiotik-resistensi
kloramfenikol pada Tn9, resistensi kanamisin pada Tn5, dan resistensi tetrasiklin
pada Tn10.
Keluarga Tn3
kelompok transposon ini memiliki pengulangan terminal terbalik yang
panjangnya 38-40 nukleotida dan menghasilkan duplikasi situs target 5 pasang
nukleotida pada saat penyisipan. Mereka lebih besar dari IS dan biasanya
mengandung gen aksesori serta gen yang diperlukan untuk transposisi. Ada tiga
gen, tnpA, trpR, dan bla, yang masing-masing mengkodekan transposase, penekan
resolvasel, dan enzim yang disebut beta laktamase. Transposase memediasi
perpaduan dua molekul, membentuk struktur yang disebut kointegrasi. Pada tahap
kedua transposisi, resolusi tnph yang dikodekan memediasi spesifik-situs
rekombinasi antara dua elemen Tn3 Produk gen tnpR juga memiliki fungsi lain,
yaitu, untuk menekan sintesis protein transposase dan resolvase.

Signifikansi Medis dari Transposon Bakteri

Transposon bakteri jelas bertanggung jawab untuk transposisi gen yang
mengendalikan resistensi terhadap antibiotik dari satu molekul ke molekul lainnya.
Semua plasmid R konjugatif memiliki setidaknya dua komponen, satu segmen
membawa set gen yang terlibat dalam transfer DNA konjugatif dan segmen kedua
membawa gen atau gen antibiotik dan / atau resistensi obat. Beberapa senyawa R
plasmid telah ditandai sebagai mengandung dua atau lebih penentu-R, masing-
masing diapit oleh elemen IS. Tidak hanya plasmid yang tersebar dengan cepat di
dalam spesies bakteri, tetapi mereka juga ditransmisikan melintasi spesies dan
bahkan garis generik. Membatasi penggunaan antibiotik untuk infeksi bakteri serius
dan tidak menggunakannya untuk setiap infeksi kecil yang datang. Jika kita tidak
membatasi penggunaan, antibiotik dan obat yang sangat efektif saat ini mungkin
memiliki sedikit utilitas di masa depan.

Elemen transposable dalam Eukariot

Meskipun beberapa penelitian terinci dari unsur-unsur yang telah dilakukan
dengan bakteri, ada juga penelitian yang luas tentang transposons dalam eukariota,
dimulai dengan karya klasik Mc-Clintock. Beberapa penemuan terbaru dengan
transposon ragi, jagung, dan Drosophila selanjutnya dibahas.

Elemen Ragi TY
Ragi Saccharomyces cerevisiae membawa sekitar 35 salinan elemen
transposabel (Ty) dalam genom haploidnya. Transposon ini sekitar 5.900 dan
pasangan nukleotida panjang dan dibatasi di setiap ujungnya oleh segmen DNA
yang disebut urutan d, yang panjangnya kira-kira 340 pasangan basa Setiap bagian
berorientasi pada arah yang sama, membentuk apa yang dikenal sebagai
pengulangan terminal panjang langsung, atau LTRS. Terkadang LTR terlepas dari
elemen Ty. ment, menciptakan solo yang disebut ᵟ. Diperkirakan bahwa solo ᵟ ini
dihasilkan oleh rekombinasi antara LTRS dari elemen Ty yang lengkap. Transposisi
unsur-unsur Ty melibatkan zat antara RNA. Setelah RNA disintesis dari DNA Ty,
produk gen TyB menggunakan RNA untuk membuat DNA beruntai ganda. Proses
ini disebut transkripsi terbalik. Kemudian DNA yang baru disintesis dimasukkan
di suatu tempat di dalam geom tersebut, menciptakan elemen Ty baru. Karena
kesamaan keseluruhannya dengan retrovirus, elemen Ty ragi kadang-kadang
disebut retrotransposon.

Transposon Jagung
Unsur transposabel telah ditemukan di beberapa pabrik, terutama jagung
(Zea mays) dan snapdrag (Antirrbinum majus). Investigasi yang paling luas telah
melibatkan jagung, di mana beberapa keluarga transparan telah diidentifikasi.

Elemen Ac dan Ds
Keluarga jagung Ac / Ds, awalnya ditemukan oleh McClintock, terdiri dari
banyak elemen yang tersebar di seluruh genom. Studi molekuler telah
menunjukkan bahwa elemen otonom fungsional, Ac, terdiri dari 4563 pasangan
nukleotida yang terikat oleh pengulangan langsung 8- pasangan nukleotida.
Pengulangan langsung ini dibuat pada saat elemen dimasukkan pada site di sebuah
kromosom. McClintock menyebut Ac dan Ds sebagai elemen pengontrol. Kadang-
kadang, mutasi yang diakibatkan oleh elemen kontrol ini tidak tetap. Sebagai
contoh, salah satu mutasi dari lokus bronze yaitu bz–m2. Mutasi ini diakibatkan
oleh insersi dari elemen Ac dan akan berbalik jika elemen Ac dihilangkan.
Sedangkan mutasi yang lain yaitu bz–m1, disebabkan oleh insersi dari Ds. Namun
reversi pada kasus ini hanya terjadi jika elemen Ac ada di bagian manapun pada
genom. Inilah perbedaan dari kedua alel tersebut. Elemen Ac dapat aktif sendiri
namun Ds tidak. Ketika suatu transposon dapat mengaktifkan dirinya sendiri, hal
ini disebut berfungsi secara autonom, sedangkan jika tidak maka disebut
nonautonom.

Elemen Spm dan dSpm

Kelompok transposon jagung lainnya yang ditemukan oleh McClintock
adalah kelompok suppressor-mutator. Dalam kelompok ini, elemen otonom disebut
Spm dan elemen non-otonom disebut dSpm ("d" berarti dihapus atau rusak).
Elemen Spm adalah sepanjang 8287 pasang nukleotida, termasuk 13 pasang
nukleotida dengan putaran (ulangan) terbalik. ketika masuk ke dalam kromosom,
mereka membuat duplikasi lokasi target 3 pasang nukleotida. Elemen dSpm lebih
kecil dari elemen Spm karena sebagian dari rangkaian DNA telah dihapus.
Penghapusan ini mengganggu fungsi gen yang dibawa oleh elemen Spm lengkap
sehingga mencegah sintesis produk gen. karena produk ini diperlukan untuk
transposisi, elemen dSpm yang dihapus tidak dapat merangsang gerakan mereka
sendiri.
Kelompok Spm dinamai karena elemennya dapat menekan fungsi gen yang
telah ditransfusikan.Hal ini terjadi ketika elemen dSpm yang dimasukkan
berinteraksi dengan elemen Spm yang terletak di tempat lain dalam genom. Gambar
9.17 menunjukkan contoh di mana elemen dSpm telah dimasukkan ke dalam salah
satu gen yang mengendalikan pigmentasi dalam biji. Perhatikan bahwa meskipun
penyisipan dSpm mengurangi ekspresi gen tersebut, ia tidak menghapus
sepenuhnya. Namun, ketika elemen Spm otonom dimasukkan ke dalam genom,
ekspresi gen pigmentasi sepenuhnya dihambat di sebagian besar biji. Ini
menunjukkan aksi "suppressor" atau penghambatan oleh elemen Spm. Selain itu,
elemen ini merangsang eksisi (penghilangan) elemen dSpm di beberapa sel, yang
mengarah ke klon di mana fungsi gen sebagian dikembalikan. Klon ini, yang
dikenali dari pigmentasi sedang hingga berat, menunjukkan fungsi "mutator" trans-
acting dari elemen Spm. Baru-baru ini, analisis biokimia telah menyatakan bahwa
aktivitas unsur-unsur Ac dan Spm dikendalikan oleh metilasi nukleotida yang
dipilih dalam urutan DNA. penelitian tentang fenomena ini saat ini sedang
berlangsung dan dapat mengarah pada pemahaman yang lebih mendalam tentang
mekanisme yang mengatur perilaku kelompok elemen transposable.

DROSOPHILA TRANSPOSONS
Elemen yang dapat diubah telah ditemukan pada berbagai binatang, tapi
beberapa informaasi terbaik datang dari penelitian dengan Drosophila. Yang mana
sebanyak 15% dari DNA adalah aktif. Beberapa kelas dari Drosopila transposons
telah diidentifikasi.

Retrotransposons
Merrupakan grup terbesar dari Drosophila transposons terdiri atas elemen
retrovirus seperti element atau Retrotransposons. Elemen ini adalah 5000-15000
pasangan nukleotida panjang dan menyerupai bentuk terpadu dari retrovirus seperti
halnya element TY dari ragi. Masing- masing retrotransposons dibatasi dari salah
satu ujung dari rangkaian terminal panjang yang diulang atau LTR, yang mana
mungkin terdiri dari beberapa ratus pasangan nukleotida. Keduanya baik LTRs
diorientasikan dalam tujuan yang sama. Dalam hal ini, LTRs dibatasi oleh
rangkaian pendek yang diulang yang mana mempunyai tujuan yang berlawanan.
Ketika retrotransposons masuk kedalam sebuah transposons, ini menciptakan target
sisi duplikasi, dengan satu salinan dalam tiap tiap sisi transposons. Ukuran dari
duplikasi ini merupakan ciri dari masing masing family retroposons.
Target dari sisi duplikat duplikat selalu berorientasi dalam tujuan yang
sama. Ini tidak jelas berapa banyak perbedaan retrotransposons dalam Drosophila,
tapi kenyataannya tidak ada lebih dari 30. Penelitian dengan strain yang berbeda
berindikasi ukuran dari masing-masing family yang berbeda. Contohnya, beberapa
strain hanya mempunyai beberapa element gypsy, yang lainnya mempunyai lebih
dari seratus. Oleh karena itu, element-element ini tersebar disemua genom.
Penempatan posisis dalam strain yang berbeda. Yang mana kemungkinan banyak
dari variasi acak. Tapi banyak peneliti mempunyai spekulasi bahwa jumlah dari
element dalam family retroposons mungkin diatur. Retrotransposons bertanggung
jawab untuk banyak pada mutasi dari genetik keunggulan drosophila. menunjukkan
4 alel dari tempat X- Linked white yang mana dikarenakansisipan
Retrotransposons. Dalam satu kasus, ekspresi dari locus terhapus pada pokoknya.
Dimana dalam lainnya ini semata mata mengurangi dari level tipe liar. Walaupun
banyak dari sispan Retrotranposons dalam mutasi Drosophila seimbang, sedikit
penelitian telah di amati. Untuk hal ini, gypsy mutasi sisipan dari pemotongan sayap
sayap locus kadang kadang kembali ke tipe liar. Pengembalian dari alel ini tampak
diasosiasi dengan pemotongan dari elemen Gypsy. Seperti halnya TY elemen pada
ragi, penempatan dari drosophila retrotransposons tampak terlibat sebuah RNA
intermediet.
Mekanisme detail tidak diketahui, tapi ini terfikirkan untuk menyerupai
proses dari infeksi retroviral. P element dan disgenesis hibrida Beberapa dari
penelitian yang sangat luas pada Drosophila transponsons telah fokus pada anggota
dari family P element (19.20). transponsons kecil ini berakhir di 31 pasang
nukleotida dibalik pengulangan dan diapit oleh 8 pasang nukleotida target sisi
duplikat. Anggota dari keluarga P elemen merubah dalam ukuran. Elemen yang
paling besar adalah 2907 pasang nukleotida panjang, termasuk penghubung dibalik
pengulangan tapi bukan termasuk target sisi duplikat. Elemen-elemen yang lengkap
ini mengurus kebutuhan pergerakannya sendiri.

Genetik dan evolusioner penting dari transposible elemen

Mutasi dan kerusakan kromosom
keraguan bahwa transposibel elemen adalah bertanggung jawab dari mutasi
dalam organisme yang memiliki perbedaan sangat luas. Pembuktian yang terbaik
berasal dari Drodophila, yang mana banyak mutasi alel yang telah ditunjukkan
untuk membuktikan sisipan transposons. Bagaimanapun pekerjaan percobaan
dengan elemen transposible yang berbeda jenis meyarankan bahwa kejadian dari
mutasi sebuah mutasi sisipan masih agak jarang terjadi, mungkin karena banyak
keluarga transposons yang beregulasi secara ketat. Ketika regulasi ini kalah,
tranposisi penuh bisa saja terjadi, disebabkan banyak mutasi secara langsung. Ini
nampaknya apa yang terjadi ketika P elemen berpindah pada disgenik hibrida dari
drosophila. Transposable element juga menghasilkan kerusakan kromosom.
Demonstrasi ini oleh kebiasaan dari DS elemen ganda dalam maize dan oleh P
elemen di drosophila.
Di kedua kasus, kerusakan dapat menyebabkan kehilangan atau penyusunan
ulang dari material kromosom. Diskusi serius dari struktural aberasion di bahas
dalam bab 18 dan 19. Kadang kadang transposable elemen transposibel mediet
kejadian kombinasikan kembali antara DNA molekul. Satu contoh adalah, IS
mediet hasil dari F plasmid kedalam kromosom E-coli. Yang lain adalah
penyusunan kembali struktur dari x kromosom dari Drosophila berikut
dikombinasikan kembali antara homologi transposons yang ditempatkan dalam
posisi yang berbeda. J. K. Liem telah menemukan bahwa satu famili dari element
transposable menampakkan kejadian kejadian ini menyebabkan dari penghilangan
atau pembalikan dari segmen yang besar dari kromosom. Penemuan ini dan yang
lainnya menyarankan bahwa transpososn mungkin berperan sangat penting dalam
evolusi dari struktur kromosom.

Penggunaan dalam Analisis genetik

Kebiasaan alami dari transposabel elemen menyebabkan perpindahan telah
dimanfaatkan dalam lab. Dalam beberapa organisme, kemungkinan saat ini untuk
merangsang perpindahan dari elemen terperinci dari sebuah famili, yang mana
meningkatkan taraf perpindahan alami. Prosedur ini mempunyai keuntungan
melalui metode tradisional termasuk perpindahan. Sebab elemen yang dapat
berubah yang mana telah menyebabkan perpindahan masuk kedalam gen dapat
melayani sebagai tanda untuk penelitian lebih detail. Mas adepan ini terlihat paling
baik dalam Drosophila, yang mana teknik dari in situ hibrition dapat digunakan
untuk lokasi dari sisipan transposons. Dalam teknik ini, penamaan radioaktiv
rangkaian transposons dibuat single strain. Dan kemudian hibrida pada single
stranded DNA pada kromosom raksasa dari kelanjar saliva. Reaksi hibridisasi
mengambil alih dari permukaan slide mikroskop dimana kromosom telah tersebar
oleh kelenjar terdistorsi.Ketika reaksi hibridisasi lengkap. Tempat dari rangkaian
radioaktiv dapat dipisahkan dengan autoradiography. Kromosom dalam gambar ini
Resume Cytoplasmic Inheritance
Cytoplasmic Inheritance / Extrachromosomal Inheritance
Genetika ekstranuklear mempelajari bagaimana fungsi dari genom
organisme yang terdapat diluar inti, dalam hal ini yang lebih ditekankan adalah pada
genom ekstranuklear dari organisme eukariot. Genome ekstrakromosomal pada
eukariot adalah berupa Mitochondria dan Chloroplast (plastida), yang sering
disebut dengan mtDNA dan cpDNA.
Pewarisan ektrakromosomal didefinisikan sebagai pewarisan non-
mendelian, biasanya mencakup organel-organel seperti mitokondria dan plastida.
Ada sejumlah sifat genetik pada eukariot yang pewarisannya diatur oleh unsur-
unsur di luar nukleus. Pewarisan ekstranukleus, atau dikenal pula sebagai pewarisan
sitoplasmik, ini tidak mengikuti pola Mendel.
Pewarisan sifat sitoplasmik diatur oleh materi genetik yang terdapat di
dalam organel-organel seperti mitokondria, kloroplas (pada tumbuhan), dan
beberapa komponen sitoplasmik lainnya. Begitu juga virus dan partikel mirip
bakteri dapat bertindak sebagai pembawa sifat herediter sitoplasmik.

Organel Sitoplasmik Pembawa Materi Genetik

Di dalam sitoplasma antara lain terdapat organel-organel seperti
mitokondria dan kloroplas, yang memiliki molekul DNA sendiri. Kedua organel
ini dapat mengadakan pembelahan subseluler sendiri, sehingga kedua organel ini
disebut organel otonom. Mitokondria, yang dijumpai pada semua jenis organisme
eukariot membawa hingga lebih kurang 50 gen di dalam molekul DNAnya. Gen-
gen ini di antaranya bertanggung jawab atas struktur mitokondria dan pengaturan
berbagai bentuk metabolisme. Enzim-enzim untuk keperluan respirasi sel dan
produksi energi terdapat di dalam mitokondria.
Kloroplas merupakan organel fotosintetik pada tumbuhan dan beberapa
mikroorganisme yang membawa sejumlah materi genetik yang diperlukan bagi
struktur dan fungsinya dalam melaksanakan proses fotosintesis. Pada alga hijau
plastida diduga membawa mekanisme genetik lainnya, misalnya mekanisme
ketahanan terhadap antibiotik streptomisin pada Chlamydomonas.
 Ada perbedaan karakter antara sifat yang dipengaruhi olah gen dalam
kromoson dan gen-gen diluar kromosom, diantaranya ialah :
1. Perbedaan dalam hasil persilangan resiprok yang diperkirakan merupakan
suatu deviasi dari pola transmisi gen autosomal untuk mengatur persilangan
resiprok. Betina dari strain A dikawinkan dengan jantan dari strain B dan
jantan dari strain A dikawinkan dengan betina dari strain B. Jika sex linkage
mengalami perputaran, perbedaan pada hasil persilangan resiprok
menunjukkan bahwa satu induk (biasanya induk betina)memiliki pengaruh
yang lebih besar daripada yang lainnya pada sidfat tertentu.
2. Sel reproduksi betina biasanya membawa banyak sitoplasma dan organel
sitoplasmik daripada sel jantan, hal ini akan mempengaruhi sifat organel
dan simbion di dalam sitoplasma.
3. Gen dalam kromosom menempati lokus tertentu yang berhubungan dengan
gen lain, kegagalan dalam menemukan keterkaitan kemungkinan
disebabkan pengaruh gen diluar nukleus.
4. Kekurangan pada segregasi Mendel dan karakteristik Mendelian tergantung
pada transmisi kromosomal dalam meiosis yang menunjukkan transmisi
ekstrakromosomal.
5. Eksperimen substitusi nukleus mungkin memperjelas pengaruh relatif
nukleus dan sitoplasma. Perubahan sifat tanpa transmisi gen kromosomal
menunjukkan pewarisan ekstranuklear.

Organel Sitoplasma dan Simbion

Organel sitoplasma membawa DNA yang berkembang dari simbion
prokaryot yang mampu bertahan selama evolusi. Mitokondria diduga merupakan
bakteri yang hidup bebas yang bersimbiosis dengan sel eukaryot dan berevolusi
menjadi organel di dalamnya, sedangkan kloroplas diduga merupakan evolusi dari
alga yang hidup bebas yang bersimbiosis dengan sel eukariot atau sel tumbuhan.

DNA Mitokondria
DNA mitokondria merupakan DNA genom berbentuk sirkuler double helix
yang ditemukan pada organel sel respiratori yaitu pada mitokhondria. Organel ini
mengandung beberapa komponen-komponen untuk berlangsungnya proses
replikasi, transkripsi dan translasi yaitu tRNAs, aminoasil, rRNAs dan beberapa
subunit polipeptida penyusun protein sitokrom oksidase, NADH-dehidrogenase,
dan ATP-ase.
Gambar : Bentuk mtDNA Manusia

Organisasi dari genom mitokhondria sangat unik, yaitu ribosomnya terdiri

dari 16S rRNA (subunit besar) dan 12S rRNA (subunit kecil) yang berbeda dengan
ribosom pada genom inti. Keunikan yang lainnya adalah, terdapatnya beberapa
bagian dari genom sirkular ini daerah pengkode resistensi terhadap antibiotik
seperti streptomycin, neomycin dan chloramphenicol. Gen-gen ini biasanya hanya
ditemukan pada Plasmid dari bakteri. Intron hanya ditemukan pada mtDNA dari
yeast, tumbuhan dan beberapa jenis organisme lainnya, tapi tidak pernah ditemukan
pada mtDNA dari manusia (primata). Dibutuhkan paling sedikit 22 tRNA untuk
membaca keseluruhan kodon dari mRNA dan dalam pembacaan mRNA dari
mtDNA oleh tRNA terdapat beberapa perbedaan dengan mRNA dari genom inti.
DNA Kloroplas
Chloroplast umumnya ditemukan pada organel seluler dari tumbuhan hijau
dan protista fotosintetik. cpDNA mempunyai struktur organisasi replikasi yang
sama dengan mtDNA. Berbentuk sirkuler, double strand, supercoil. Ukurannya
sedikit lebih besar dibandingkan dengan mtDNA dari hewan, yaitu 80 – 600 kb.
Contohnya pada tembakau yaitu 155.844 bp dan pada padi adalah 134.525 bp.
Sebagian besar genom cpDNA mengandung sangat banyak sekuen DNA yang tidak
dikodekan (non coding sequence).

Gambar : DNA Kloroplas

Tipe-tipe Pewarisan Ekstrakromosomal:
 Segregasi Vegetatif : dihasilkan dari replikasi acak dan pembagian organel-
organel sitoplasmik. Hal ini terjdi saat kloroplas dan mitokondria selama
pembelahan sel mitotik dan dihasilkan pada sel betina yang mengandung
sampel acak dari organel sel induk.
 Pewarisan Uniparental : hanya mengambil sifat dari salah satu tetua
(parental). Contoh klasik dari penyaluran gen uniparental adalah pewarisan
maternal dari mitokondria manusia.
 Pewarisan Biparental : terjadi pada gen ekstraselular ketika kedua induk
mewariskan DNA organel pada sel anak.
Kriteria Pewarisan Ekstrakromosomal
Perbedaan hasil perkawinan resiprok merupakan penyimpangan dari pola
Mendel. Rasio penurunan dari hasil segregasi Mendel (hukum segregasi bebas)
tidak ditemukan pada penurunan sifat dari genom ekstrakromosomal.
Persilangan resiprok (persilangan dengan sifat berbeda) dari genom
ekstrakromosomal tidak sama rasio hasilnya dengan persilangan genom inti
Mempunyai kecendrungan yang sangat tinggi terhadap penurunan fenotip secara
Uniparental, yaitu hanya mengambil sifat dari salah satu tetua (parental).
contohnya pada penurunan sifat fenotip yang menyerupai induk, yang lebih dikenal
sebagai Maternal inheritance. Pewarisan sifat ini muncul karena jumlah sitoplasma
dari genom atau gamet betina selalu jauh lebih besar dibandingkan pada gamet
jantan. Sehingga zigot akan lebih banyak mengandung genom ekstrakromosomal
dari induk betina dan terekspresikan sebagai fenotip induk betina. Gen-gen
ekstrakromosomal (ekstranuklear) tidak dapat dipetakan sebagaimana gen-gen
pada genom inti. Penurunan sifat ekstranuklear ini tidak dipengaruhi oleh
pergantian inti dengan genotip lain yang berbeda.
Efek Maternal
Efek maternal merupakan pengaruh gen ibu terhadap sifat dari keturunan
yang dihasilkan. Embrio dan telur dalam perkembangannya sangat dipengaruhi
oleh lingkungan maternal. Sebelum keluar dari tubuh induk maka embrio dan telur
akan mendaptkan suplai sitoplasma dan nutrisi dari tubuh induk. Dalam hal ini
maka akan mengakibatkan berpengaruhnya gen ibu terhadap keturunannya. Namun
efek maternal ini masih belum sepenuhnya dibenarkan. Jika efek maternal itu
terjadi, maka hasil dari persilangan resiprokal akan selalu berbeda satu sama lain
dengan sifat yang diekspresikan oleh ibu.
Contoh klasik dari pewarisan maternal adalah terjadi pada siput atau
bekicot Limnea peregra yang merupakan pewarisan sifat dalam bentuk putaran
cangkang yaitu sinistrall atau putaran kanan dan dekstral atau putaran kiri. Arah ulir
cangkang akan berganrtung pada orientasi pembelahan sel pertama dari
perkembangan embrio sitoplasma. Efek maternal berpengaruh pada individu
turunannya dan berlaku hanya satu generasi saja.
Questioning and Answering
Ade wahyu pratama (180342618041)
1. Mengapa plasmid dan episome sebagai DNA bakteri ekstrakromosomal
tidak dapat disebut sama ? bagaimana membedakan antara episome dan
plasmid?
Jawab:
Episom dan plasmid berfungsi sebagai DNA bakteri extrakromosoml.
Plasmid adalah molekul DNA melingkar replikasi sendiri yang memiliki
sifat khusus seperti resistensi antibiotik, dan lain-lain. Plasmid digunakan
sebagai vektor dalam teknologi DNA rekombinan. Plasmid tidak bisa
berintegrasi ke dalam kromosom bakteri. Episom adalah jenis DNA
extrakromosom bakteri lainnya. Mereka mampu berintegrasi ke dalam
kromosom bakteri dan masuk ke sel anak selama replikasi. Mereka lebih
besar dari plasmid yang mengandung lebih banyak pasangan basa. Inilah
perbedaan antara plasmid dan episom.
Plasmid Episome
Definisi Plasmid adalah Episom adalah tipe
molekul DNA DNA ekstrakromosom
ekstrakromosom yang lebih besar
bakteri yang kecil, daripada plasmid
melingkar, dan
berikatan ganda
Kemampuan Mengandung informasi Tidak mengandung
Mereplikasi Diri penting untuk informasi untuk
pereplikasian diri pereplikasian diri
Ikatan dengan DNA Tidak bisa berikantan Mereka bisa
Kromosom dengan DNA terintegrasi dengan
kromosom bakteri DNA kromosom
Pengkodean Gen Beberapa gen yang Episom tidak
Khusus berada di plasmid mengandung gen
memberikan ciri khas spesial. Plasmid F
pada bakteri seperti mengandung hanya
resistensi antibiotik, DNA faktor F.
toleransi logam berat,
dll.
Penggunaan sebagai Plasmid digunakan Episoms tidak
Vektor sebagai vektor digunakan sebagai
vektor
 2. Mengapa elemen Tn3 cenderung tidak bergerak? Bagaiana kaitannya
dengan strukturnya?
Jawab:
Proses transposisi pada Tn3 berlangsung dua tahap. Tahap pertama adalah
penggabungan dua molekul. Dari penggabungan ini dibentuk struktur yang
disebut dengan cointegrate. Saat itu terjadi proses replikasi pada trasnposon
dan membentuk sambungan pada cointegrate. Setelah itu memasuki tahap
kedua yaitu pemutusan mediasi rekombinasi pada lokasi Tn3 oleh pengkode
tnpR. Dari proses ini menyebabkan terbentuknya dua molekul yang
merupakan hasil kopian dari trasnposons. Pada tahapan ini muncul urutan
Tn3 yang disebut dengan res. Adanya pengikatan represor pada daerah res
menyebabkan transkripsi gen tnpA dan tnpR ditekan sehingga elemen Tn3
cenderung bersifat tidak mobil.
3. .Mengapa transmisi yang terjadi umumnya melalui induk betina?
Jawab :
Transmisi yang terjadi umumnya melalui induk betina, karena
gametnya mengandung produk gen maternal sehingga mempengaruhi
perkembangan atau sumber tunggal kloroplas dan mitokondria yang
mempengaruhi fenotip anakannya. Sel reproduksi betina biasanya
membawa banyak sitoplasma dan organel sitoplasmik daripada sel jantan,
hal ini akan mempengaruhi sifat organel dan simbion di dalam sitoplasma.
4. Bagaimana cara membedakan antara sifat bawaan yang dikontrol oleh
gen nuklear dan yang dikontrol oleh gen ekstranuklear?
Jawab:
Untuk membedakannya dapat dilihat dari lima kriteria diantaranya
adalah perbedaan hasil pada persilangan resiprok menunjukkan
penyimpangan pola transmisi gen Mendel, Jika DNA ekstranuklear dapat
dihubungkan dengan transmisi sifat turunan tertentu, kegagalan dalam
mencari kaitan untuk mengetahui jenis gen inti akan mengesampingkan
kemungkinan adanya pewarisan kromosom, dan pewarisan ekstranuklear
dapat berlangsung jika data cukup, kurangnya segregasi Mendel dan rasio
karakteristiknya (yang bergantung pada transmisi kromosom dalam proses
meosisnya) mengarah pada transmisi ekstrakromosom, transmisi sifat
turunan tanpa perpindahan gen-gen inti akan mengarah pada pewarisan
ekstranuklear, Gen dan virus banyak yang serupa sehingga dbutuhkan garis
pemisah untuk memilah infeksi persisten dan sitoplasmik DNA dan fenotip
dari salah satunya bisa memenuhi syarat terjadinya pewarisan
ekstranuklear.