Peran Enzim Endonuklease Retriksi

Enzim endonuklease digunakan untuk memotong molekul DNA dalam rangka

pembuatan fragmen DNA. Molekul DNA tidak dapat dibentuk tanpa bantuan enzim
endonuklease retriksi karena enzim itu dapat memotong molekul DNA unting ganda pada urutan
pasangan nukleotida spesifik yaitu tapak restriksi. Penamaan enzim endonuklease berdasarkan
macam mahluk hidup tempat enzim diisolasi. Secara konvensional digunakan system 3 huruf
dalam posisi miring yang diikuti dengan angka romawi. Huruf tersebut kadang untuk menandai
suatu strain tertentu. Contohnya Bgl ii berasal dari Bacillus globigi atau Eco RI berasal dari
E.coli strain Ry 13.

Enzim endonuklease retriksi terbagi menjadi dua tipe yaitu :

a. Tipe I, tipe ini akan mengenali suatu urutan pasangan nukleotida yang spesifik pada DNA
dan selanjutnya memotong DNA pada suatu tapak tidak spesifik jauh dari urutan tadi.
b. Tipe II, tipe ini akan mengenali suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA,
tetapi juga memotong DNA didalam urutan tadi. Urutan pengenalan enzim endonuklease
restriksi tipe II memiliki sumbu simetri yang melewati titik tengah urutan pengenalan.
Dalam urutan basa 5’ 3’ pada unting DNA sama dengan urutan basa 5’ 3’ pada
komplementernya.

Enzim endonuklease restriksi sudah diisolasi dari sejumlah besar strain bakteri yang
berbeda. Oleh karena itu setiap enzim memotong DNA pada suatu pasangan nukleotida yang
spesifik untuk enzim yang bersangkutan, jumlah potongan yang dibuat enzim pada suatu
molekul DNA tertentu tergantung pada jumlah berapa kali urutan pengenalan ditemukan pada
DNA. Enzim endonuklease restriksi tipe II menghasilkan ujung-ujung lancip yang memiliki nilai
khusus pada pengklonal fragmen-fragmen DNA jika kedua ujung tajam hasil pemotongan
bertemu dalam larutan, maka akan berbentuk pasangan basa yang sempurna.

Seleksi Klon Rekombinan

Metode Southern Blotting dikembangkan oleh Sounthern untuk mendeteksi fragmen-

fragmen di dalam sel agarose yang komplementer dengan urutan RNA atau DNA tertentu yang
lalu dikembangkan untuk menganalisis RNA dan protein yang dikenal dengan Nothern dan
Western blotting. Teknik blotting mentransfer makro molekul dari gel yang berarti mereka telah
dipisahkan secara elektroforesis ke permukaan suatu membran lalu difiksasi secara permanen
pada membrane yang relative mudah ditangani dan dapat dipakai untuk berbagai macam teknik
analisis. Sehingga membran ini luas pemakaiannya dalam mendeteksi dan menganalisi asam dan
protein.

MANFAAT DAN RESIKO REKAYASA GENETIKA

Manfaat rekayasa genetika dapat dilihat melalui kaitannya dengan analisis genetik,
diagnosis molekuler atas penyakit manusia, terapi gen, sidik jari DNa, serta bioteknologi.

Analisis Genetik

Teknik-teknik DNA rekombinan untuk kepentingan analisis genetic mulai digunakan

oleh para ahli genetika yang memungkinkan pengadaan suatu kumpulan klon yang meliputi
keseluruhan klon, memungkinkan pemetaan genetik maupun fisik yang lengkap dan nukleotida
dari keseluruhan kromosom. Peta fisik yang dihasilkan memperlihatkan seluruh gen pada genom
yang ditandai oleh urutan nukleotida tanpa memperhatikan mutan atau dukungan pengetahuan
awal tentang fungsi atau fenotip dari gen-gen yang dipetakan.

Diagnosis molekuler atas penyakit manusia

Pemanfaatan urutan DNA yang diklon memungkinkan pengamatan langsungterhadap

genotip dari pada pengamatan atas suatu produk gen yang belum di kenal atau yang tidak
terekspresi. Contoh deteksi molekuler dapat dilakukan atas Thelessemia dan Sickle cell anemia.

Terapi Gen

Kemampuan mengisolasidan mengklon gen-gen spesifik manusia yang mulanya

dikembangkan sebagai suatu kegiatan penelitian digunakan dalam bidang kedokteran secara
operasional untuk menangani kelainan-kelainan yang menurun dan mengganti gen cacat dengan
salinan gen normal. Beberapa metode sudah dikembangkan untuk memasukan gen ke dalam sel
manusia termasuk pemanfaatan vector virus maupun fusi sel dengan vesikula buatan
mengandung urutan DNA yang diklon.
 Panduan terapi gen sudah disusun dan mencakup beberapa persyaratan (Klug dkk., 1994)
yang akan dikemukan lebih lanjut.

 Gen harus diisolasi dan ditransfer.

 Cara transfer gen yang efektif harus ada.

 Jaringan target harus dapat dicapai, sebagai contoh percobaan terapi gen yang pertama
menggunakan sel-sel darah putih ataupun prekursornya sebagai jaringan target.

 Terapi gen tidak boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara terapi lain yang efektif.

Sidik Jari DNA

RFLP sudah digunakan untuk membedakan salinan gen yang normal dari yang mutan dan
dapat digunakan sebagai penanda genetik karena polimorfisme diwariskan dalam pola
kodominan. Fenotip dari penanda-pennda ini berupa susunan atau deretan fragmen dna berbagai
ukuran yang ada pada southern blout, sesudah dna dipotong dengan suatu enzim endonuklease
restriksi. Suatu tipe rflp kedua muncul dari variasi jumlah urutan berulang tandem. Dna yang
ada diantara dua tapak enzim edonuklease restriksi. Urutan tersebut berasal dari dua hingga dua
puluh nukleotida.

Pola pita yang dihasilkan tak kala urutan VNTR dipotong dengan menggunakan enzim
endonuklease restriksi dan divisualisasikan dengan southern blotting yang dikenal sebagai sidik
jari DNA.

Bioteknologi

Menurut Micklos dan Freyer (1990) kesulitan analitis genetis tanaman disebabkan oleh
hal- hal berikut.

1) Pertumbuhan tanaman yang lambat dan umur pergantian generasi yang lama.

2) Besarnya genome tanaman, termasuk banyaknya kromosom poliploid.

3) Dimilikinya “kotak kayu” yaitu dinding sel berupa selulose yang mengelilingi tanaman.
 Dalam rekayasa genetika sifat yang dikendalikan oleh banyak gen sangat sulit untuk di
rekayasa dan dikendalikan. Misalnya, tumbuhan memerlukan nitrogen untuk membuat protein
tetapi tidak dapat langsung memanfaatkannya secara langsung dari udara bebas. Perakaran
kacang tanah, kedelai, dan semanggi mengandung bakteri bintil akar yang dapat mengubah
nitrogen diudara bebas menjadi bentuk yang dapat dimanfaakan, tatapi perakaran tanaman lain
seperti jagung dan padi harus memperoleh nitrogen dari pupuk atau dari produk samping
organisme lain yang meninggalkan nitrogen yang tersedia dari dalam tanah. Apabila dapat di
ciptakan jagung yang dapat membuat nitrogen tentulah dapat mengurangi biaya pemupukan,
termasu mengurangi pencemaran sistem perairan karena masukknya sisa-sisa pemupukan nitrat
dan fosfat dari tanah pertanian. Fiksasi nitrogen dikendalikan oleh lebih dari 15 gen yang
berbeda dalam sistem bakteri/tanaman. Serta menggunakan gen yang sekarang belum berhasil
diisolasi dan kebingungan dalam penataan ulangnya.

Pertanyaan :

1. Mengapa pada enzim endonuklease retriksi tipe I tidak terlalu bermanfaat bagi
pembentukan molekul DNA rekombinan ?
Jawab :
Karena tapak pemotongan tidak spesifik sehingga tidak terlalu bermanfaat bagi
pembentukan molekul DNA rekombinan dibandingkan tipe II.