Pada masa pemerintahannya, Kesoeltanan Mataram dihadapkan dengan tangtangan imperialis Barat

yang menjadikan Indonesia sebagai arena Perang Salib antara khatolik Portugis di Malaka kontra
Protestan Belanda atau VOC diBatavia. Perang antara salib ini sebagai lanjutan perang antara salib
pada masa ke soeltanan Demak, Aceh, Ternate dan Tidore serta Ambon, yakni antara kerajaan salib
katolik portugis kontra kerajaan salib katolik spanyol dalam memerebutkan rempah – rempah dan
daerah jajahan. Periode sejarah berjumpa dengan imperialis Barat karolik sejak abad ke-16 M di
aebut Sejarah Indonesia Moderen.

Dalam upaya pembebasan Batavia dari VOC, Soeltan agung bekerjasama dengan Dipati Oekur.
Namun, upaya ini tidak berlanjut karena putranya Amengkurat 1 (1646 – 1677 M), berbalik
bekerjasama dengen VOC . Amengkurat 1 harus menghadapi perlawanan Troenodjojo, 1649-1680 M
yang dibantu oleh para ulama, kiai kadjoran dan wli soenana giri. Peperangan yang terjadi pada saat
itu oleh J.V van Leur dalam Indonesia Trade and Society disebut sebagai Perang Segitiga antara islam
kontra imperialis Barat katolik dan Protestan serta di antara dua imperialis Barat sendiri katolik
kontra protestan.

Amangkurat 1 menggunakangelar susuhunan, dengan dobel Su artinya lebih tinggi kedudukannya

dari sunsn dengan satu Su. Ia ingin melepasdiri dari pengaruh islam atau Ulama dan Wali yang
bergelar Susuhunanatau sunan. Untuk membuktikanny, iamelakukan pembunuhan sekitar 6000
Ulama. Akibatny, iatidak mampu menghdapi perlawanan para Ulama. Ia pun meminta perlindungan
VOC, ditengah pelariannya menuju Batavia, ia mati di Tegal. Diatas makamnya tertulis Susuhunan
Tegal Wangi.

Posisi seterategis ini Jayakarta secara geografis terletak agak jauh dari sentra kekuasaan:
Kesoeltanan Demak, Kesoeltanan Cirebon, dan Kesoeltanan Banten. Dengan penguasaan Jayakarta
akan berfungsi sebagai mata bagi pemisah ketiganya.

Barangkali posisi yang agak jauh dari ketiga sentral kekuasaan ini, memungkinkan VOC pada
1619 M berhasil mendudukinya. Nama Jayakarta diganti dengan Batavia. J.P. Cone diangkat sebagai
Gubernur jendral pada 1619-1623 dan 1627-1629 M. Konsepnya untuk menguatkan perniagaan VOC
hanya dengan jalan ‘’ menghancurkan semua yang merintanginya’’.

Demikian penururan M.C. Ricklefs tentang rencana kejahatan imperialise Protestan Belanda
dengan VOC-nya. Pertama, dengan proses mempercepat perebutan kekuasaan Ekonomi islam.
Kedua, dalam berlomba memperoleh hegomaniantar imperialis Barat di Nusantara Indonesia dan
kerjaan Katolik portugis jug Spanyol serta kerajaan protestan anglikan inggris. Konsep ini kini sulit
dipahami, mengapa niaga diaplikasikan dengan perang ?