Makalah

ASIMILASI NITROGEN
(disusun dan didiskusikan pada mata kuliah Fisiologi Tumbuhan yang diampu
oleh Prof. Dr. Novri Youla Kandowangko, M.P)

Oleh :
Kelompok 3
Kelas B
Defriyanto Sadu (431418067) Septia Yusuf (431418057)
Fadilah Ilham (431418054) Sri Wahyuni (431418040)
Nurain Saleh (431418074) Windy Oktaviani (431418081)

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI GORONTALO
2020

KATA PENGANTAR
 Puji syukur ke hadirat Tuhan yang Maha Esa, karena ia senantiasa
memberikan nikmatnya sehingga penyusunan makalah yang berjudul “Asimilasi
Nitrogen” dapat diselesaikan dengan baik. Walaupun mungkin dalam penulisan
masih ada kesalahan dan kekeliruan namun penulis yakin bahwa manusia itu tidak
ada yang sempurna, mudah-mudahan melalui kelemahan itulah yang akan
membawa kesadaran kita akan kebesaran tuhan yang maha esa. Pada kesempatan
ini, penulis mengucapkan terima kasih atas bantuan dan usaha yang telah
membantu saya dalam membuat makalah ini niscaya tanpa adanya bantuan dari
berbagai pihak penyusunan makalah ini tidak akan terwujud.
Penyelesaian makalah ini hanya dapat terlaksana karena bantuan pikiran,
tenaga dan moril dari berbagai pihak. Oleh karena itu kami menyampaikan
terima kasih. Akhir kata, penulis menyadari bahwa karya makalah ini masih jauh
dari kesempurnaan. Sehingga segala kritik dan saran yang bersifat membangun
diharapkan demi penyempurnaan makalah ini.

Gorontalo, Maret 2020

Penyusun

DAFTAR ISI

ii
KATA PENGANTAR..........................................................................................ii
DAFTAR ISI........................................................................................................iii
BAB I PENDAHULUAN....................................................................................1
1.1 Latar Belakang.......................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah..................................................................................2
1.3 Tujuan.....................................................................................................2
BAB II PEMBAHASAN.....................................................................................3
2.1
BAB III PENUTUP.............................................................................................31
3.1 Kesimpulan............................................................................................31
DAFTAR PUSTAKA

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana energy yang digunakan dalam asimilasi nutrisi ?

1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui energy yang digunakan dalam asimilasi nutrisi

BAB II
PEMBAHASAN
Asimilasi Nutrisi Mineral
TANAMAN YANG LEBIH TINGGI ADALAH ORGANISME
OTOTROPHIK yang dapat mensintesis komponen molekuler organik mereka dari
nutrisi anorganik yang diperoleh dari lingkungan mereka. Untuk banyak nutrisi
mineral, proses ini melibatkan penyerapan dari tanah oleh akar (lihat Bab 5) dan
dimasukkan ke dalam senyawa organik yang penting untuk pertumbuhan dan
perkembangan. Penggabungan nutrisi mineral ini ke dalam zat organik seperti
pigmen, enzim kofaktor, lipid, asam nukleat, dan asam amino disebut asimilasi
nutrisi.
Asimilasi beberapa nutrisi - terutama nitrogen dan belerang - memerlukan
serangkaian reaksi biokimia yang kompleks yang merupakan salah satu reaksi
yang paling membutuhkan energi dalam organisme hidup:
 Dalam asimilasi nitrat (NO 3 -), nitrogen dalam NO3– dikonversi menjadi
lebih tinggi - Bentuk energi dalam nitrit (NO2-), kemudian ke bentuk
energi yang lebih tinggi dalam amonium (NH4 +), dan akhirnya menjadi
amida nitrogen glutamin. Proses ini mengkonsumsi setara dengan 12 ATP
per nitrogen (Bloom et al. 1992).
 Tanaman seperti legum membentuk hubungan simbiotik dengan bakteri
pengikat nitrogen untuk mengubah nitrogen molekuler (N2) menjadi
amonia (NH3). Ammonia (NH3) adalah produk stabil pertama dari fiksasi
alami; pada pH fisiologis, bagaimanapun, amonia terprotonasi untuk
membentuk ion amonium (NH4 +). Proses fiksasi nitrogen biologis,
bersama dengan asimilasi NH3 berikutnya menjadi asam amino,
mengkonsumsi sekitar 16 ATP per nitrogen (Pate dan Layzell 1990; Vande
Broek dan Vanderleyden 1995).
 Asimilasi sulfat (SO4 2–) ke dalam asam amino sistein melalui dua jalur
yang ditemukan pada tanaman mengkonsumsi sekitar 14 ATP (Hell 1997).
Untuk beberapa perspektif tentang energi besar yang terlibat, pertimbangkan
bahwa jika reaksi-reaksi ini berjalan dengan cepat secara terbalik - misalnya, dari
NH4NO3 (amonium nitrat) ke N2 - mereka menjadi eksplosif, membebaskan
sejumlah besar energi sebagai gerakan, panas, dan cahaya. Hampir semua bahan
peledak didasarkan pada oksidasi cepat senyawa nitrogen atau sulfur.
 Asimilasi nutrisi lain, terutama kation makronutrien dan mikronutrien
(lihat Bab 5), melibatkan pembentukan kompleks dengan senyawa organik.
Misalnya, Mg2 + berasosiasi dengan pigmen klorofil, Ca2 + berasosiasi dengan
pektat dalam dinding sel, dan Mo6 + berasosiasi dengan enzim seperti nitrat
reduktase dan nitrogenase. Kompleks ini sangat stabil, dan pemindahan nutrisi
dari kompleks dapat menyebabkan hilangnya fungsi total.
Bab ini menguraikan reaksi utama di mana nutrisi utama (nitrogen, sulfur,
fosfat, kation, dan oksigen) berasimilasi. Kami menekankan implikasi fisiologis
dari pengeluaran energi yang dibutuhkan dan memperkenalkan topik fiksasi
nitrogen simbiotik.
2.1 NITROGEN DALAM LINGKUNGAN
Banyak senyawa biokimia yang ada dalam sel tanaman mengandung
nitrogen (lihat Bab 5). Sebagai contoh, nitrogen ditemukan dalam nukleosida
fosfat dan asam amino yang membentuk blok bangunan asam nukleat dan protein.
Hanya unsur-unsur oksigen, karbon, dan hidrogen yang lebih berlimpah di
tanaman daripada nitrogen. Sebagian besar ekosistem alami dan pertanian
menunjukkan peningkatan dramatis dalam produktivitas setelah pemupukan
dengan nitrogen anorganik, membuktikan pentingnya elemen ini.
Pada bagian ini kita akan membahas siklus biogeokimia nitrogen, peran
penting fiksasi nitrogen dalam konversi nitrogen molekul menjadi amonium dan
nitrat, dan nasib nitrat dan amonium dalam jaringan tanaman.
TABEL12.1 Proses utama dari siklus nitrogen biogeokimia
Catatan: Organisme darat, tanah, dan lautan masing-masing mengandung sekitar
5,2 × 1015 g, 95 × 1015 g, dan 6,5 x 1015 g, nitrogen organik yang aktif dalam
siklus. Asumsikan bahwa jumlah N2 atmosfer tetap konstan (input = keluaran),
waktu tinggal rata-rata (waktu rata-rata molekul nitrogen tetap dalam bentuk
organik) adalah sekitar 370 tahun [(ukuran kolam) / (input fiksasi) = (5,2 × 1015 g
+ 95 × 1015 g) / (80 × 1012 g tahun - 1 + 19 × 1012 g tahun - 1 + 170 × 1012 g
tahun - 1)] (Schlesinger 1997). aN / C, tidak dihitung.

2.1.1 Nitrogen Melewati Berbagai Bentuk dalam Siklus Biogeokimia

Nitrogen hadir dalam berbagai bentuk di biosfer. Atmosfer mengandung
sejumlah besar (sekitar 78% volume) nitrogen molekul (N2) (lihat Bab 9).
Sebagian besar, reservoir nitrogen yang besar ini tidak tersedia secara langsung
untuk organisme hidup. Akuisisi nitrogen dari atmosfer membutuhkan pemutusan
ikatan kovalen rangkap tiga yang sangat stabil antara dua atom nitrogen (N - - -
N) untuk menghasilkan amonia (NH3) atau nitrat (NO3-). Reaksi-reaksi ini, yang
dikenal sebagai fiksasi nitrogen, dapat dicapai melalui proses industri dan alami.
Di bawah suhu tinggi (sekitar 200 ° C) dan tekanan tinggi (sekitar 200
atmosfer), N2 bergabung dengan hidrogen untuk membentuk amonia. Kondisi
ekstrem diperlukan untuk mengatasi energi aktivasi yang tinggi dari reaksi. Reaksi
fiksasi nitrogen ini, disebut proses Haber-Bosch, adalah titik awal untuk
pembuatan banyak produk industri dan pertanian. Produksi pupuk nitrogen di
seluruh dunia mencapai lebih dari 80 × 1012 g tahun - 1 (FAOSTAT 2001).
Proses alami memperbaiki sekitar 190 × 1012 g tahun-1 nitrogen (Tabel
12.1) melalui proses berikut (Schlesinger 1997):
 Petir. Petir bertanggung jawab atas sekitar 8% nitrogen yang diperbaiki.
Petir mengubah uap air dan oksigen menjadi radikal bebas hidroksil yang
sangat reaktif, atom hidrogen bebas, dan atom oksigen bebas yang
menyerang nitrogen molekul (N2) untuk membentuk asam nitrat (HNO3).
Asam nitrat ini kemudian jatuh ke bumi dengan hujan.
 Reaksi fotokimia. Sekitar 2% dari nitrogen tetap berasal dari reaksi
fotokimia antara gas oksida nitrat (NO) dan ozon (O3) yang menghasilkan
asam nitrat (HNO3)
 Fiksasi nitrogen biologis. Sisa 90% hasil dari fiksasi nitrogen biologis, di
mana bakteri atau ganggang biru-hijau (cyanobacteria) memperbaiki N2
menjadi amonium (NH4 +).
Dari sudut pandang pertanian, fiksasi nitrogen biologis sangat penting
karena produksi industri pupuk nitrogen jarang memenuhi permintaan pertanian
(FAOSTAT 2001).
Setelah difiksasi dalam amonium atau nitrat, nitrogen memasuki siklus
biogeokimia dan melewati beberapa bentuk organik atau anorganik sebelum
akhirnya kembali ke nitrogen molekuler (Gambar 12.1; lihat juga Tabel 12.1). Ion
amonium (NH4 +) dan nitrat (NO3-) yang dihasilkan melalui fiksasi atau
dilepaskan melalui dekomposisi bahan organik tanah menjadi objek persaingan
yang ketatdi antara tanaman dan mikroorganisme. Agar tetap kompetitif, pabrik
telah mengembangkan mekanisme untuk membersihkan ion-ion ini dari larutan
tanah secepat mungkin (lihat Bab 5). Di bawah konsentrasi tanah yang meningkat
yang terjadi setelah pembuahan, penyerapan amonium dan nitrat oleh akar dapat
melebihi kapasitas tanaman untuk mengasimilasi ion-ion ini, yang mengarah ke
akumulasi mereka di dalam jaringan tanaman.
2.1.2 Ammonium Tersimpan atau Nitrat Bisa Beracun
Tanaman dapat menyimpan nitrat dalam kadar tinggi, atau mereka dapat
memindahkannya dari jaringan ke jaringan tanpa efek yang merusak. Namun, jika
ternak dan manusia mengonsumsi bahan tanaman yang tinggi nitrat, mereka
mungkin menderita methemoglobinemia, penyakit di mana hati mengurangi nitrat
menjadi nitrit, yang bergabung dengan hemoglobin dan membuat hemoglobin
tidak mampu mengikat oksigen. Manusia dan hewan lain juga dapat mengubah
nitrat menjadi nitrosamin, yang merupakan karsinogen kuat. Beberapa negara
membatasi kandungan nitrat dalam bahan tanaman yang dijual untuk konsumsi
manusia.
Berbeda dengan nitrat, kadar amonium yang tinggi beracun bagi tanaman
dan hewan. Amonium menghilangkan gradien protembran transmembran
(Gambar 12.2) yang diperlukan untuk transpor elektron fotosintesis dan respirasi
(lihat Bab 7 dan 11) dan untuk penyerapan metabolit dalam vakuola (lihat Bab 6).
Karena kadar amonium yang tinggi berbahaya, hewan telah mengembangkan
keengganan yang kuat terhadap baunya. Bahan aktif dalam garam berbau, uap
obat yang dilepaskan di bawah hidung untuk menghidupkan kembali orang yang
pingsan, adalah amonium karbonat. Tanaman mengasimilasi amonium di dekat
lokasi penyerapan atau pembentukan dan dengan cepat menyimpan kelebihannya
dalam vakuola mereka, sehingga menghindari efek toksik pada membran dan
sitosol.
GAMBAR 12.1. Siklus nitrogen melalui atmosfer ketika ia berubah dari bentuk
gas menjadi ion tereduksi sebelum dimasukkan ke dalam senyawa organik dalam
organisme hidup. Beberapa langkah yang terlibat dalam siklus nitrogen
ditunjukkan.

GAMBAR 12.2 Toksisitas NH4 + dapat menghilangkan gradien pH. Sisi kiri
mewakili stroma, matriks, atau sitoplasma, di mana pH-nya tinggi; sisi kanan
mewakili lumen, ruang intermembran, atau vakuola, di mana pH rendah; dan
membran mewakili membran tilakoid, mitokondria bagian dalam, atau tonoplast
untuk masing-masing kloroplas, mitokondria, atau sel akar. Hasil bersih dari
reaksi yang ditunjukkan adalah bahwa konsentrasi OH- di sisi kiri dan konsentrasi
H + di sisi kanan telah berkurang; yaitu, gradien pH telah hilang. (Setelah Bloom
1997.)
Pada bagian selanjutnya kita akan membahas proses di mana nitrat diserap
oleh akar melalui simporer H + -NO3- (lihat Bab 6 untuk diskusi tentang symport)
diasimilasi menjadi senyawa organik, dan proses enzimatik memediasi reduksi
nitrat terlebih dahulu. menjadi nitrit dan kemudian menjadi amonium.
2.2 ASSIMILASI NITRASI
Tanaman mengasimilasi sebagian besar nitrat yang diserap oleh akarnya
menjadi senyawa nitrogen organik. Langkah pertama dari proses ini adalah
reduksi nitrat menjadi nitrit dalam sitosol (Oaks 1994). Enzim nitrat mereduksi
ulang reaksi ini:
NO3– + NAD(P)H + H+ + 2 e– → NO2– + NAD(P)+ + H2O (12.1)
di mana NAD (P) H menunjukkan NADH atau NADPH. Bentuk nitrat reduktase
yang paling umum hanya menggunakan NADH sebagai donor elektron; bentuk
lain dari enzim yang ditemukan dominan pada jaringan nongreen seperti akar
dapat menggunakan NADH atau NADPH (Warner dan Kleinhofs 1992).
Nitrat reduktase dari tanaman tingkat tinggi terdiri dari dua subunit yang
identik, masing-masing mengandung tiga kelompok prostetik: FAD (flavin
adenine dinucleotide), heme, dan molibdenum yang dikomplekskan menjadi
molekul organik yang disebut pterin (Mendel dan Stallmeyer 1995; Campbell
1999).

Nitrat reduktase adalah protein utama yang mengandung molibdenum

dalam jaringan vegetatif, dan satu gejala defisiensi molibdenum adalah akumulasi
nitrat yang dihasilkan dari berkurangnya aktivitas nitrat reduktase.
Perbandingan sekuens asam amino untuk nitrat reduktase dari beberapa
spesies dengan yang dari protein yang dikarakterisasi dengan baik lainnya yang
mengikat FAD, heme, atau molibdenum telah menyebabkan model tiga domain
untuk nitrat reduktase yang ditunjukkan pada Gambar 12.3. Domain yang
mengikat FAD menerima dua elektron dari NADH atau NADPH. Elektron
kemudian melewati domain heme ke kompleks molibdenum, di mana mereka
ditransfer ke nitrat.
2.2.1 Nitrat, Cahaya, dan Karbohidrat Mengatur Nitrat Reduktase
Nitrat, cahaya, dan karbohidrat mempengaruhi nitrat reduktase pada
tingkat transkripsi dan terjemahan (Sivasankar dan Oaks 1996). Pada bibit jelai,
nitrat reduktase mRNA terdeteksi sekitar 40 menit setelah penambahan nitrat, dan
tingkat maksimum dicapai dalam 3 jam (Gambar 12.4). Berbeda dengan
akumulasi mRNA yang cepat, ada peningkatan linear bertahap dalam aktivitas
nitrat reduktase, yang mencerminkan sintesis protein yang lebih lambat.

GAMBAR 12.3 Amodel dimer nitrat reduktase, menggambarkan tiga domain

pengikat yang urutan polipeptidanya serupa dalam eukariota: molibdenum
kompleks (MoCo), heme, dan FAD. NADH mengikat pada daerah pengikatan
FAD dari setiap subunit dan memulai transfer dua elektron dari terminal karboksil
(C), melalui masing-masing komponen transfer elektron, ke terminal amino (N).
Nitrat berkurang di kompleks molibdenum dekat terminal amino. Urutan
polipeptida dari daerah engsel sangat bervariasi di antara spesies.
GAMBAR 12.4 Stimulasi aktivitas nitrat reduktase mengikuti induksi tunas
mRNAin nitrat reduktase dan akar jelai; gfw, gram berat segar. (Dari Kleinhofs et
al. 1989.)
Selain itu, protein tunduk pada modulasi posttranslasional (melibatkan
fosforilasi reversibel) yang analog dengan regulasi sukrosa fosfat sintase (lihat
Bab 8 dan 10). Cahaya, kadar karbohidrat, dan faktor lingkungan lainnya
menstimulasi protein fosfatase yang mendeposforilasi beberapa residu serin pada
protein nitrat reduktase dan dengan demikian mengaktifkan enzim.
Beroperasi di arah sebaliknya, kegelapan dan Mg2 + merangsang protein
kinase yang memfosforilasi residu serin yang sama, yang kemudian berinteraksi
dengan protein penghambat 14-3-3, dan dengan demikian menonaktifkan nitrat
reduktase (Kaiser et al. 1999). Regulasi aktivitas nitrat reduktase melalui
fosforilasi dan defosforilasi memberikan kontrol yang lebih cepat daripada yang
dapat dicapai melalui sintesis atau degradasi enzim (menit versus jam).
2.2.2 Nitrit Reductase Mengubah Nitrit menjadi Amonium
Nitrit (NO2–) adalah ion yang sangat reaktif dan berpotensi toksik. Sel-sel
tumbuhan segera mengangkut nitrit yang dihasilkan oleh reduksi nitrat (lihat
Persamaan 12.1) dari sitosol ke kloroplas pada daun dan plastida di akar. Dalam
organel ini, enzim nitrit reduktase mengurangi nitrit menjadi amonium sesuai
dengan reaksi keseluruhan berikut:
NO2– + 6 Fdred + 8 H+ + 6 e– → NH4+ + 6 Fdox + 2 H2O (12.2)
di mana Fd adalah ferredoxin, dan subskrip merah dan sapi masing-masing
mewakili reduksi dan teroksidasi. Ferredoksin yang diturunkan berasal dari
transpor elektron fotosintesis dalam kloroplas (lihat Bab 7) dan dari NADPH yang
dihasilkan oleh jalur oksidatif pentosa fosfat dalam jaringan nongreen (lihat Bab
11).
Kloroplas dan plastida akar mengandung berbagai bentuk enzim, tetapi
kedua bentuk tersebut terdiri dari polipeptida tunggal yang mengandung dua
kelompok prostetik: kluster besi-sulfur (Fe4S4) dan heme khusus (Siegel dan
Wilkerson 1989). Kelompok-kelompok ini bekerja bersama mengikat nitrit dan
menguranginya langsung menjadi amonium, tanpa akumulasi senyawa nitrogen
dari keadaan redoks menengah. Aliran elektron melalui ferredoxin (Fe4S4) dan
heme dapat direpresentasikan seperti pada Gambar 12.5.
Nitrit reduktase dikodekan dalam nukleus dan disintesis dalam sitoplasma
dengan peptida transit terminal-N yang menargetkannya ke plastid (Wray 1993).
Sedangkan NO3– dan cahaya menginduksi transkripsi nitrit reduktase mRNA,
produk akhir dari proses — asparagin dan glutamin — menekan induksi ini.
2.2.3 Tumbuhan Dapat Mengasimilasi Nitrat pada Akar dan Tunas
Pada banyak tanaman, ketika akar menerima nitrat dalam jumlah kecil,
nitrat berkurang terutama di akar. Dengan meningkatnya pasokan nitrat, proporsi
yang lebih besar dari nitrat yang diserap ditranslokasi ke tunas dan berasimilasi di
sana (Marschner 1995). Bahkan dalam kondisi pasokan nitrat yang serupa,
keseimbangan antara metabolisme akar dan tunas nitrat — seperti yang
ditunjukkan oleh proporsi aktivitas nitrat reduktase di masing-masing dua organ
atau dengan konsentrasi nitrat relatif dan pengurangan nitrogen dalam getah xilem
— bervariasi dari spesies untuk spesies.
GAMBAR 12.5 Model untuk kopling aliran elektron fotosintetik, melalui
ferredoksin, ke reduksi nitrit oleh nitrit reduktase. Enzim ini mengandung dua
kelompok prostetik, Fe4S4 dan heme, yang berpartisipasi dalam reduksi nitrit
menjadi amonium. Media Stellockur cengkeh Putih Perilla fruticosa Oat Jagung
Oat Jagung Impatiens Sunflower Barley Bean Broad bean Pea Radish White lupin

GAMBAR 12.6 Jumlah relatif nitrat dan senyawa nitrogen lainnya dalam eksudat
xilem dari berbagai spesies tanaman. Tanaman ditanam dengan akar yang terpapar
larutan nitrat, dan getah xilem dikumpulkan dengan cara memotong batang.
Perhatikan keberadaan ureida, senyawa nitrogen khusus, dalam kacang dan
kacang (yang akan dibahas nanti dalam teks). (Setelah Pate 1983.)
Pada tanaman seperti cocklebur (Xanthium strumarium), metabolisme nitrat
terbatas pada tunas; pada tanaman lain, seperti lupin putih (Lupinus albus),
sebagian besar nitrat dimetabolisme di akar (Gambar 12.6). Secara umum, spesies
asli daerah beriklim lebih banyak bergantung pada asimilasi nitrat oleh akar
daripada spesies asal tropis atau subtropis.
2.3 ASSIMILASI AMONIUM

Sel-sel tumbuhan menghindari keracunan amonium dengan secara cepat

mengubah amonium yang dihasilkan dari asimilasi nitrat atau fotorespirasi (lihat
Bab 8) menjadi asam amino. Jalur utama untuk konversi ini melibatkan aksi
sekuensial dari glutamin sintetase dan glutamat sintase (Lea et al. 1992). Pada
bagian ini kita akan membahas proses enzimatik yang memediasi asimilasi
amonium menjadi asam amino esensial, dan peran amida dalam pengaturan
metabolisme nitrogen dan karbon.
2.3.1 Konversi Ammonium ke Asam Amino Membutuhkan Dua Enzim
Glutamin sintetase (GS) menggabungkan amonium dengan glutamat untuk
membentuk glutamin (Gambar 12.7A):
Glutamate + NH4+ + ATP → glutamine + ADP + Pi (12.3)
Reaksi ini membutuhkan hidrolisis satu ATP dan melibatkan kation
divalen seperti Mg2 +, Mn2 +, atau Co2 + sebagai kofaktor. Tanaman
mengandung dua kelas GS, satu di sitosol dan yang lainnya di plastid akar atau
menembak kloroplas. Bentuk sitosol diekspresikan dalam biji yang berkecambah
atau dalam kumpulan akar dan pucuk vaskular dan menghasilkan glutamin untuk
transportasi nitrogen intraseluler. GS dalam plastid root menghasilkan nitrogen
amida untuk konsumsi lokal; GS dalam shoot kloroplas menumbuhkan kembali
fotorespirasi NH4 + (Lam et al. 1996). Kadar cahaya dan karbohidrat mengubah
ekspresi bentuk-bentuk enzim plastid, tetapi mereka memiliki sedikit efek pada
bentuk-bentuk sitosol.
 Peningkatan kadar glutamin plastid merangsang aktivitas glutamat sintase
(juga dikenal sebagai glutamin: 2-oxoglutarat aminotransferase, atau GOGAT).
Enzim ini mentransfer gugus amida glutamin ke 2-oksoglutarat, menghasilkan dua
molekul glutamat (lihat Gambar 12.7A). Tumbuhan mengandung dua jenis
GOGAT: Seseorang menerima elektron dari NADH; yang lain menerima elektron
dari ferredoxin (Fd):
Glutamine + 2-oxoglutarate + NADH + H+ → 2 glutamate + NAD+ (12.4)
Glutamine + 2-oxoglutarate + Fdred → 2 glutamate + Fdox (12.5)
Jenis enzim NADH (NADH-GOGAT) terletak di plastid dari jaringan
nonfotosintetik seperti akar atau bundel pembuluh daun yang sedang berkembang.
Pada akar, NADH-GOGAT terlibat dalam asimilasi NH4 + yang diserap dari
rizosfer (tanah di dekat permukaan akar); dalam bundel pembuluh daun yang
sedang berkembang, NADH-GOGAT mengasimilasi glutamin yang ditranslokasi
dari akar atau daun tua.
Jenis glutamat sintase (FdGOGAT) yang tergantung pada ferredoxin
ditemukan dalam kloroplas dan berfungsi dalam metabolisme nitrogen
fotorespirasi. Baik jumlah protein dan aktivitasnya meningkat dengan tingkat
cahaya. Akar, terutama yang bernutrisi nitrat, mengandung Fd-GOGAT dalam
plastid. FdGOGAT di akar mungkin berfungsi untuk menggabungkan glutamin
yang dihasilkan selama asimilasi nitrat.
3.3.2 Amonium Dapat Diasimilasi melalui Jalur Alternatif
Glutamat dehidrogenase (GDH) mengkatalisasi suatu reaksi yang dapat
dibalik yang mensintesis atau mendeaminasi glutamat (Gambar 12.7B):
2-Oxoglutarate + NH4+ + NAD(P)H ↔ glutamate + H2O + NAD(P)+
(12.6)
GAMBAR 12.7 Struktur dan jalur senyawa yang terlibat dalam metabolisme
amonium. Amonium dapat berasimilasi dengan salah satu dari beberapa proses.
(A) Jalur GS-GOGAT yang membentuk glutamin dan glutamat. Kofaktor
areduced diperlukan untuk reaksi: ferredoxin dalam daun hijau dan NADH dalam
jaringan nonfotosintetik. (B) Jalur GDH yang membentuk glutamat menggunakan
NADH atau NADPH sebagai reduktor. (C) Transfer gugus amino dari glutamat ke
oksaloasetat untuk membentuk aspartat (dikatalisis oleh aspartat
aminotransferase). (D) Sintesis asparagin dengan transfer gugus asam amino dari
glutamin ke aspartat (dikatalisis oleh sintesis asparagin).
Bentuk GDH yang tergantung NADH ditemukan dalam mitokondria, dan
bentuk yang tergantung pada NADPH terlokalisasi dalam kloroplas organ
fotosintesis. Meskipun kedua bentuk relatif berlimpah, mereka tidak dapat
menggantikan jalur GS-GOGAT untuk asimilasi amonium, dan fungsi utamanya
adalah untuk mendeaminasi glutamat (lihat Gambar 12.7B).
3.3.3 Reaksi Transaminasi Transfer Nitrogen
Setelah berasimilasi menjadi glutamin dan glutamat, nitrogen dimasukkan
ke dalam asam amino lain melalui reaksi transaminasi. Enzim yang
mengkatalisasi reaksi ini dikenal sebagai aminotransferase. Contohnya adalah
aspartate aminotransferase (Asp-AT), yang mengkatalisasi reaksi berikut (Gambar
12.7C):
Glutamate + oxaloacetate → aspartate + 2-oxoglutarate (12.7)
di mana gugus amino glutamat ditransfer ke atom karboksil aspartat.
Aspartat adalah asam amino yang berpartisipasi dalam pesawat ulang malat-
aspartat untuk mentransfer ekivalen pereduksi dari mitokondria dan kloroplas ke
dalam sitosol (lihat Bab 11) dan dalam pengangkutan karbon dari mesofil ke
bundel selubung untuk fiksasi karbon C4 (lihat Bab 8) . Semua reaksi
transaminasi memerlukan fosfat piridoksal (vitamin B6) sebagai kofaktor.
Aminotransferase ditemukan di sitoplasma, kloroplas, mitokondria,
glioksisom, dan peroksisom. Aminotransferase terlokalisasi dalam kloroplas
mungkin memiliki peran penting dalam biosintesis asam amino karena daun
tanaman atau kloroplas terisolasi yang terpapar karbon dioksida berlabel
radioaktif secara cepat memasukkan label ke dalam glutamat, aspartat, alanin,
serin, dan glisin.
3.3.4 Asparagine dan Glutamine Link Carbon dan Nitrogen Metabolism
Asparagine, yang diisolasi dari asparagus pada awal 1806, adalah amida
pertama yang diidentifikasi (Lam et al. 1996). Ini berfungsi tidak hanya sebagai
prekursor protein, tetapi sebagai senyawa kunci untuk transportasi dan
penyimpanan nitrogen karena stabilitas dan rasio nitrogen terhadap karbon yang
tinggi (2 N hingga 4 C untuk asparagine, dibandingkan 2 N hingga 5 C untuk
glutamin atau 1). N hingga 5 C untuk glutamat).
Jalur utama untuk sintesis asparagin melibatkan transfer nitrogen amida
dari glutamin ke asparagin (Gambar 12.7D):
Glutamine + aspartate + ATP → asparagine + glutamate + AMP + PPi
(12.8)
Asparagine sintetase (AS), enzim yang mengkatalisasi reaksi ini,
ditemukan dalam sitosol daun dan akar dan dalam nodul pengikat nitrogen (lihat
bagian selanjutnya). Pada akar jagung, khususnya yang berada di bawah level
amonia yang berpotensi toksik, amonium dapat menggantikan glutamin sebagai
sumber kelompok amida (Sivasankar dan Oaks 1996).
Tingkat cahaya dan karbohidrat yang tinggi — kondisi yang merangsang
plastid GS dan Fd-GOGAT — menghambat ekspresi gen yang mengkode AS dan
aktivitas enzim. Regulasi yang berlawanan dari jalur yang bersaing ini membantu
menyeimbangkan metabolisme karbon dan nitrogen pada tanaman (Lam et al.
1996). Kondisi energi yang cukup (mis., Tingkat cahaya dan karbohidrat yang
tinggi) merangsang GS dan GOGAT, menghambat AS, dan dengan demikian
mendukung asimilasi nitrogen menjadi glutamin dan glutamat, senyawa yang
kaya karbon dan berpartisipasi dalam sintesis bahan tanaman baru.
Sebaliknya, kondisi terbatas energi menghambat GS dan GOGAT,
merangsang AS, dan dengan demikian mendukung asimilasi nitrogen menjadi
asparagin, senyawa yang kaya akan nitrogen dan cukup stabil untuk transportasi
jarak jauh atau penyimpanan jangka panjang.
2.4 FIXASI NITROGEN BIOLOGIS
Fiksasi nitrogen biologis bertanggung jawab atas sebagian besar fiksasi N2
atmosfer menjadi amonium, sehingga mewakili titik masuk utama nitrogen
molekul ke dalam siklus biogeokimia nitrogen (lihat Gambar 12.1). Pada bagian
ini kita akan menjelaskan sifat-sifat enzim nitrogenase yang mengikat nitrogen,
hubungan simbiosis antara organisme pengikat nitrogen dan tanaman tingkat
tinggi, struktur khusus yang terbentuk pada akar ketika terinfeksi oleh bakteri
pengikat nitrogen, dan interaksi genetik dan pensinyalan yang mengatur fiksasi
nitrogen oleh prokariota simbiotik dan inangnya.
2. 4.1 Bakteri Bebas-Hidup dan Simbiotik Memperbaiki Nitrogen
Beberapa bakteri, seperti yang dinyatakan sebelumnya, dapat mengubah
nitrogen atmosfer menjadi amonium (Tabel 12.2). Sebagian besar prokariota
pengikat nitrogen ini hidup bebas di tanah. Beberapa bentuk asosiasi simbiotik
dengan tanaman yang lebih tinggi di mana prokariota secara langsung
menyediakan tanaman inang dengan nitrogen tetap sebagai pengganti nutrisi dan
karbohidrat lainnya (bagian atas Tabel 12.2). Simbiosis semacam itu terjadi pada
nodul yang terbentuk pada akar tanaman dan mengandung bakteri pengikat
nitrogen.
Jenis simbiosis yang paling umum terjadi antara anggota keluarga tanaman
Leguminosae dan bakteri tanah dari genera Azorhizobium, Bradyrhizobium,
Photorhizobium, Rhizobium, dan Sinorhizobium (secara kolektif disebut rhizobia;
Tabel 12.3 dan Gambar 12.8). Jenis simbiosis lain yang umum terjadi antara
beberapa spesies tanaman berkayu, seperti pohon alder, dan bakteri tanah dari
genus Frankia. Jenis lain masih melibatkan ramuan Amerika Selatan Gunnera dan
pakis air kecil Azolla, yang membentuk asosiasi dengan cyanobacteria Nostocand
Anabaena, masing-masing (lihat Tabel 12.2 dan Gambar 12.9).
2.4.2 Fiksasi Nitrogen Membutuhkan Kondisi Anaerob
Karena oksigen secara ireversibel menonaktifkan enzim nitrogenase yang
terlibat dalam fiksasi nitrogen, nitrogen harus diperbaiki dalam kondisi anaerob.
Demikianlah masing-masing nitro266 organisme pengikat gen yang tercantum
dalam Tabel 12.2 dapat berfungsi dalam kondisi anaerob alami atau dapat
menciptakan lingkungan anaerob internal dengan adanya oksigen.
TABEL12.2 Contoh organisme yang dapat melakukan fiksasi nitrogen
Pada cyanobacteria, kondisi anaerob dibuat dalam sel khusus yang disebut
heterocysts (lihat Gambar 12.9). Heterokista adalah sel berdinding tebal yang
berdiferensiasi saat cyanobacteria berfilamen kehilangan NH4 +. Sel-sel ini
kekurangan fotosistem II, fotosistem penghasil oksigen kloroplas (lihat Bab 7),
sehingga tidak menghasilkan oksigen (Burris 1976). Heterokista tampaknya
mewakili adaptasi untuk fiksasi nitrogen, dalam arti mereka tersebar luas di antara
cyanobacteria aerobik yang mengikat nitrogen.
TABEL12.3 Hubungan antara tanaman inang dan rhizobia

Cyanobacteria yang kekurangan heterocyst dapat memperbaiki nitrogen

hanya di bawah kondisi anaerob seperti yang terjadi di lahan banjir. Di negara-
negara Asia, cyanobacteria pengikat nitrogen dari tipe heterocyst dan
nonheterocyst adalah cara utama untuk mempertahankan pasokan nitrogen yang
memadai di tanah sawah. Mikroorganisme ini memperbaiki nitrogen ketika ladang
dibanjiri dan mati saat ladang mengering, melepaskan nitrogen tetap ke tanah.
Sumber penting nitrogen lain yang tersedia di sawah yang tergenang adalah pakis
air Azolla, yang berasosiasi dengan cyanobacterium Anabaena. Asosiasi Azolla-
Anabaena dapat memperbaiki nitrogen atmosferik sebanyak 0,5 kg per hektar per
hari, tingkat pemupukan yang cukup untuk mencapai hasil padi sedang.
GAMBAR 12.8 Nodul akar pada kedelai. Nodul adalah hasil infeksi oleh
Rhizobium japonicum. (© Wally Eberhart / Visuals Unlimited.)
Bakteri yang hidup bebas yang mampu memperbaiki nitrogen adalah
aerobik, fakultatif, atau anaerob (lihat Tabel 12.2, bawah):
 Bakteri pengikat nitrogen aerob seperti Azotobacter diperkirakan
mempertahankan kondisi oksigen yang berkurang (kondisi mikroaerob)
melalui tingkat tingginya respirasi (Burris 1976). Yang lain, seperti
Gloeothece, mengembangkan O2 secara fotosintesis pada siang hari dan
memperbaiki nitrogen pada malam hari.
 Organisme fakultatif, yang mampu tumbuh di bawah kondisi aerob dan
anaerob, umumnya memperbaiki nitrogen hanya di bawah kondisi
anaerob.
 Untuk bakteri pengikat nitrogen anaerob, oksigen tidak menimbulkan
masalah, karena tidak ada di habitatnya. Organisme anaerob ini dapat
berupa fotosintesis (mis., Rhodospirillum), atau nonfotosintesis (mis.,
 Clostridium).
2.4.3 Fiksasi Nitrogen Simbiotik Terjadi pada Struktur Khusus
Prokariota pengikat nitrogen simbiotik tinggal di dalam nodul, organ
khusus inang tanaman yang membungkus bakteri pengikat nitrogen (lihat Gambar
12.8). Dalam kasus Gunnera, organ-organ ini adalah kelenjar batang yang ada
yang berkembang secara independen dari simbion. Dalam kasus legum dan
tanaman aktinorhizal, bakteri pengikat nitrogen menginduksi tanaman untuk
membentuk nodul akar.
Rumput juga dapat mengembangkan hubungan simbiotik dengan
organisme pengikat nitrogen, tetapi dalam asosiasi ini nodul akar tidak diproduksi.
Sebaliknya, bakteri pengikat nitrogen tampaknya menjajah jaringan tanaman atau
jangkar ke permukaan akar, terutama di sekitar zona perpanjangan dan rambut
akar (Reis et al. 2000). Sebagai contoh, bakteri pengikat nitrogen Acetobacter
diazotrophicuslives dalam apoplast jaringan batang di tebu dan dapat
menyediakan inangnya dengan nitrogen yang cukup untuk memberikan kebebasan
dari pemupukan nitrogen (Dong et al. 1994). Potensi untuk menerapkan
Azospirillum pada jagung dan biji-bijian lainnya telah dieksplorasi, tetapi
Azospirillum tampaknya memperbaiki sedikit nitrogen ketika dikaitkan dengan
tanaman (Vande Broek dan Vanderleyden 1995).

GAMBAR 12.9 Aheterocyst dalam filamen dari cyanobacterium Anabaena

pengikat nitrogen. Heterocyst berdinding tebal, bersinggungan di antara sel-sel
vegetatif, memiliki lingkungan dalam anaerob yang memungkinkan cyanobacteria
untuk mengikat nitrogen dalam kondisi aerob. (© Paul W. Johnson / Layanan Foto
Biologis.)
Legum dan tanaman aktinorhizal mengatur permeabilitas gas dalam
nodulnya, mempertahankan tingkat oksigen dalam nodul yang dapat mendukung
respirasi tetapi cukup rendah untuk menghindari inaktivasi nitrogenase (Kuzma et
al. 1993). Permeabilitas gas meningkat dalam cahaya dan berkurang di bawah
kekeringan atau saat terpapar nitrat. Mekanisme untuk mengatur permeabilitas gas
belum diketahui. Nodul mengandung protein heme pengikat oksigen yang disebut
leghemoglobin. Leghemoglobin hadir dalam sitoplasma sel nodul yang terinfeksi
pada konsentrasi tinggi (700 μM benjolan kedelai kedelai) dan memberikan warna
merah muda pada nodul. Tanaman inang menghasilkan bagian globin dari
leghemoglobin sebagai respons terhadap infeksi oleh bakteri (Marschner 1995);
simbion bakteri menghasilkan bagian heme. Leghemoglobin memiliki afinitas
yang tinggi terhadap oksigen (satu Km sekitar 0,01 μM), sekitar sepuluh kali lebih
tinggi dari rantai β hemoglobin manusia. Walaupun leghemoglobin pernah
dianggap sebagai penyangga oksigen nodul, penelitian terbaru menunjukkan
bahwa ia hanya menyimpan oksigen yang cukup untuk mendukung respirasi
nodul selama beberapa detik (Denison dan Harter 1995). Fungsinya untuk
membantu mengangkut oksigen ke sel-sel bakteri simbiotik yang bernafas dengan
cara yang analog dengan hemoglobin yang mengangkut oksigen ke jaringan
pernapasan pada hewan (Ludwig dan de Vries 1986).
2.4.4 Membangun Simbiosis Membutuhkan Pertukaran Sinyal
Simbiosis antara kacang-kacangan dan rhizobia tidak wajib. Bibit legum
berkecambah tanpa ada hubungan dengan rhizobia, dan mereka mungkin tetap
tidak berhubungan sepanjang siklus hidup mereka. Rhizobia juga muncul sebagai
organisme yang hidup bebas di tanah. Namun, dalam kondisi terbatas nitrogen,
simbion saling mencari melalui pertukaran sinyal yang rumit. Pensinyalan ini,
proses infeksi selanjutnya, dan pengembangan nodul yang memperbaiki nitrogen
melibatkan gen spesifik baik pada inang maupun simbion.
Gen tanaman yang spesifik untuk nodul disebut gen nodulin (Nod); gen
rhizobial yang berpartisipasi dalam pembentukan nodul disebut gen nodulasi
(nod) (Heidstra dan Bisseling 1996). Gen nod diklasifikasikan sebagai gen nod
umum atau nodgen khusus inang. Noden umum — nodA, nodB, dan nodC —
ditemukan pada semua strain rhizobial; nodgen khusus host — seperti nodP,
nodQ, dan nodH; atau anggukan, angguk, dan angguk — berbeda di antara spesies
rhizobial dan tentukan kisaran inangnya. Hanya satu dari gen nod, nodD pengatur,
yang diekspresikan secara konstitutif, dan seperti yang akan kami jelaskan secara
terperinci, produk proteinnya (NodD) mengatur transkripsi gen nod lainnya.
Tahap pertama dalam pembentukan hubungan simbiotik antara bakteri
pengikat nitrogen dan inangnya adalah migrasi bakteri ke akar tanaman inang.
Migrasi ini merupakan respons kemotaksis yang dimediasi oleh zat kimia,
terutama (iso) flavonoid dan betain, yang disekresikan oleh akarnya. Penarik ini
mengaktifkan protein NodD rhizobial, yang kemudian menginduksi transkripsi
gen nod lainnya (Phillips dan Kapulnik 1995). Wilayah promotor dari semua
operon nod, kecuali nodd, berisi urutan yang sangat dikonservasi yang disebut
kotak nod. Mengikat NodD yang diaktifkan ke nodbox menginduksi transkripsi
dari nodgen lain.
2.4.5 Nod Factors Diproduksi oleh Bacteria Bertindak sebagai Sinyal untuk
Simbiosis
Noden diaktifkan oleh kode NodD untuk protein nodulasi, yang sebagian
besar terlibat dalam biosintesis faktor Nod. Nod Factor adalah molekul sinyal
lipochitin oligosaccharide, yang semuanya memiliki chitin β-1 → 4-backbone
Nacetyl-D-glucosamine (bervariasi panjangnya dari tiga hingga enam unit gula)
dan rantai asil lemak pada posisi C-2 dari gula tidak berkurang (Gambar 12.10).
Tiga enzim enkode (nodA, nodB, dan nodC) (NodA, NodB, dan NodC,
masing-masing) yang diperlukan untuk mensintesis struktur dasar ini
(Stokkermans et al. 1995):
1. NodA adalah N-asiltransferase yang mengkatalisis penambahan rantai asil
lemak.
2. NodB adalah deasetilase kitin-oligosakarida yang menghilangkan gugus asetil
dari gula yang tidak tereduksi terminal.

GAMBAR 12.10 Faktor nod adalah oligosakarida lipochitin. Rantai asam lemak
biasanya memiliki 16 hingga 18 karbon. Jumlah bagian tengah yang berulang (n)
biasanya 2 sampai 3. (Setelah Stokkermans et al. 1995.)

3. NodC adalah sintase kitin-oligosakarida yang terhubung Monomer N-asetil-D-

glukosamin Gen nod spesifik inang yang bervariasi di antara spesies rhizobial
terlibat dalam modifikasi rantai asil lemak atau penambahan kelompok penting
dalam menentukan host spesifisitas (Carlson et al. 1995):
 NodE dan NodF menentukan panjang dan derajat saturasi rantai asil
lemak; orang-orang dari Rhizobium leguminosarum bv. viciae dan R.
meliloti menghasilkan sintesis 18: 4 dan kelompok asil lemak 16: 2,
masing-masing.
  Enzim lain, seperti NodL, memengaruhi inang kekhususan faktor
Mengangguk melalui penambahan substitusi khusus pada pengurangan
atau non-pengurangan bagian gula dari tulang punggung kitin Inang legum
tertentu merespons terhadap unsur Nod tertentu untuk. Reseptor kacang-
kacangan untuk faktor Nod tampaknya khusus lektinial (protein pengikat
gula) yang diproduksi di akar rambut (van Rhijn et al. 1998; Etzler et al.
1999).

Faktor penganggur mengaktifkan lektin ini, meningkatkan hidrolisis fosfanya

ikatan phoanhydride dari nukleosida di- dan trifosfat. Aktivasi lektin ini
mengarahkan rhizobia tertentu untuk menyetujui tuan rumah priate dan
memfasilitasi lampiran rhizobia ke dinding sel rambut akar.

2.4.6 Formasi Nodule Melibatkan Beberapa Fitohormon

Dua proses — infeksi dan nodul organogenesis—terjadi secara bersamaan
selama pembentukan nodul akar. Dalam proses infeksi, rhizobia yang melekat
pada rambut akar melepaskan faktor Nod yang menyebabkan diucapkan
pengeritingan sel-sel rambut akar (Gambar 12.11A dan B). Rhizobia menjadi
tertutup di kompartemen kecil yang terbentuk oleh curling. Dinding sel rambut
akar rusak wilayah ini, juga sebagai respons terhadap faktor Nod, memungkinkan
sel bakteri akses langsung ke permukaan luar tanaman membran plasma
(Lazarowitz dan Bisseling 1997).
Langkah selanjutnya adalah pembentukan benang infeksi (Gbr 12.11C),
ekstensi tubular internal plasma membran yang diproduksi oleh fusi yang
diturunkan dari Golgi membran vesikel di tempat infeksi. Utas tumbuh pada
ujungnya oleh perpaduan vesikel sekretori ke ujung tabung. Lebih dalam ke dalam
korteks akar, dekat xilem, kortikal sel mendiferensiasi dan mulai membelah,
membentuk yang berbeda daerah dalam korteks, yang disebut primordium nodul,
dari dimana nodul akan berkembang. Bentuk nodul primordial berlawanan
dengan kutub protoxylem dari bundel vaskular akar (Timmers et al. 1999)
Senyawa pensinyalan berbeda, bekerja baik secara positif atau secara negatif,
kendalikan posisi nodul primordia. Itu nukleosida uridin berdifusi dari prasasti ke
dalam korteks zona protoxylem dari akar dan merangsang pembelahan sel
(Lazarowitz dan Bisseling 1997). Etilena disintesis dalam wilayah pericycle,
berdifusi ke dalam korteks, dan blok pembelahan sel di seberang kutub floem dari
root.
Benang infeksi diisi dengan rhizobia yang berkembang biak memanjang
melalui rambut akar dan lapisan sel kortikal, di arah primordium nodul. Ketika
infeksi benang mencapai sel-sel khusus dalam nodul, ujungnya sekering dengan
membran plasma sel inang, melepaskan sel-sel bakteri yang dikemas dalam
membran berasal dari membran plasma sel inang (lihat Gambar 12.11D).
Bercabangnya benang infeksi di dalam nodul memungkinkan bakteri menginfeksi
banyak sel (lihat Gambar 12.11E dan F) (Mylona et al. 1995).
Pada awalnya bakteri terus membelah, dan pembulatan membran
meningkat di area permukaan untuk menemani modifikasikan pertumbuhan ini
dengan bergabung dengan vesikel yang lebih kecil. Segera setelah itu, pada sinyal
yang tidak ditentukan dari pabrik, yang bakteri berhenti membelah dan mulai
membesar dan berbeda disebut sebagai organel endosimbiotik pengikat nitrogen
yang disebut bakterioid. Selaput yang mengelilingi bakterioid adalah disebut
membran peribacteroid.
Nodul secara keseluruhan mengembangkan fitur seperti sistem vascular
(yang memfasilitasi pertukaran nitrogen tetap yang dihasilkan oleh bakterioid
memberikan kontribusi nutrisi oleh tanaman) dan lapisan sel untuk mengecualikan
O2 dari root interior bintil. Di beberapa legum sedang (mis., Kacang polong),
nodul memanjang dan silindris karena adanya dari meristem nodul. Nodul dari
legum tropis,seperti kedelai dan kacang tanah, tidak memiliki meristem yang
persisten dan berbentuk bulat (Rolfe dan Gresshoff 1988).

2.4.7 Kompleks Enzim Nitrogenase Memperbaiki N2

Fiksasi nitrogen biologis, seperti fiksasi nitrogen industri, menghasilkan
amonia dari nitrogen molekul. Itu reaksi keseluruhan adalah
N2 + 8 e– + 8 H + + 16 ATP → 2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi (12.9)

GAMBAR 12.11 Proses infeksi selama organ nodul asal. (A) Rhizobia mengikat rambut akar
yang muncul di Menanggapi zat kimia yang dikirim oleh pabrik. Menanggapi faktor-faktor yang
dihasilkan oleh bakteri, rambut akar menunjukkan pertumbuhan keriting yang abnormal, dan sel-
sel rhizobia berkembang biak bangun dalam gulungan. (C) Degradasi lokal dari akar dinding
rambut menyebabkan infeksi dan pembentukan infeksi benang dari vesikula sekresi Golgi sel akar.
(D) benang infeksi mencapai ujung sel, dan anggota selaput sekering dengan membran plasma sel
rambut akar. (E) Rhizobia dilepaskan ke apoplast dan menembus senyawa lamella tengah ke sel
subepidermal membran plasma, yang mengarah ke inisiasi infeksi baru, yang membentuk saluran
terbuka dengan yang pertama. (F) Thread infeksi memanjang dan bercabang sampai mencapai sel
target, di mana vesikel terdiri dari membran tanaman yang melampirkan sel-sel bakteri dilepaskan
ke dalam sitosol.
Perhatikan bahwa reduksi N2 menjadi 2 NH3, menjadi enam electron transfer,
digabungkan dengan pengurangan dua proton ke berevolusi H2. Kompleks enzim
nitrogenase mengkatalisasi reaksi ini.
Kompleks enzim nitrogenase dapat dipisahkan menjadi dua komponen —
protein Fe dan protein Kemenkeu—tidak ada yang memiliki aktivitas katalitik
dengan sendirinya (Gambar 12.12):
 Protein Fe adalah yang lebih kecil dari dua komponen dan memiliki dua
sub unit yang identik masing-masing 30 hingga 72 kDa, tergantung
pada organisme. Setiap subunit berisi klaster besi-sulfur (4 Fe dan 4
S2–) yang berpartisipasi dalam reaksi redoks yang terlibat dalam
konversi N2 ke NH3. Protein Fe dinonaktifkan oleh ireversibel O2
dengan waktu separuh peluruhan khas 30 hingga 45 detik (Dixon dan
Wheeler 1986).
 Protein Kemenkeu memiliki empat subunit, dengan total mol massa
ekuler 180 hingga 235 kDa, tergantung pada jenis. Setiap subunit
memiliki dua kluster Mo-Fe-S. Itu Protein Kemenkeu juga
dinonaktifkan oleh oksigen, dengan waktu setengah peluruhan di udara
10 menit.

Secara keseluruhan reaksi reduksi nitrogen (lihat Gambar 12.12),

ferredoxin berfungsi sebagai donor elektron untuk profil Fe, yang pada gilirannya
menghidrolisis ATP dan mengurangi MoFe protein. Protein Kemenkeu kemudian
dapat mengurangi banyak strates (Tabel 12.4), meskipun dalam kondisi alami
hanya bereaksi dengan N2 dan H +. Salah satu reaksi dikatalisasi oleh
nitrogenase, reduksi asetilena menjadi etilena, adalah digunakan dalam
memperkirakan aktivitas nitrogenase (lihat Topik Web 12.2).
Energetik dari fiksasi nitrogen kompleks. Pengurangan NH3 dari N2 dan
H2 adalah reaksi eksergonik,
GAMBAR 12.12 Katak reaksi dianalisa oleh nitrogenase. Ferredoxin mengurangi protein Fe.

Mengikat dan hidrolisis ATP ke protein diduga menyebabkan perubahan formasi profil Fe yang

memfasilitasi reaksi redoks, Protein Fe mengurangiProtein Kemenkeu, dan program mengurangi

N2. (Setelah Dixon dan Wheeler 1986, dan Buchanan et al. 2000.)

dengan ∆G0 ′ (perubahan energi bebas) -27 kJ mol – 1. Namun, produksi industri
NH3 dari N2 dan H2 bersifat endergonik, membutuhkan input energi yang sangat
besar karena energi aktivasi diperlukan untuk memecahkan triple ikatan dalam
N2. Untuk alasan yang sama, reduksi enzimatik N2 oleh nitrogenase juga
membutuhkan investasi besar energi (lihat Persamaan 12.9), meskipun perubahan
tepat dalam energi bebas belum diketahui.
Perhitungan berdasarkan metabolisme karbohidrat polong-polongan
menunjukkan bahwa tanaman mengkonsumsi 12 g mobil organic karbon per gram
difiksasi N2 (Heytler et al. 1984). Atas dasar Persamaan 12.9, ∆G0 ′ untuk
keseluruhan reaksi biofiksasi nitrogen logis sekitar –200 kJ mol – 1. Karena
keseluruhan reaksi sangat eksergonik, produksi ammonium dibatasi oleh operasi
yang lambat (jumlah N2 mol berkurang per satuan waktu) dari kompleks
nitrogenase (Ludwig dan de Vries 1986).
Dalam kondisi alami, sejumlah besar H + berada direduksi menjadi gas
H2, dan proses ini dapat bersaing dengan N2 reduksi untuk elektron dari
nitrogenase. Di rhizobia, 30 hingga 60% dari energi yang dipasok ke nitrogenase
dapat hilang sebagai H2, mengurangi efisiensi fiksasi nitrogen. Beberapa
rhizobia, bagaimanapun, mengandung hidrogenase, enzim yang dapat membagi
H2 yang terbentuk dan menghasilkan elektron untuk N2 pengurangan, sehingga
meningkatkan efisiensi nitrogen fixation (Marschner 1995).

2.4.8 Amida dan Ureida Adalah Yang Diangkut Bentuk Nitrogen

Prokariota pengikat nitrogen simbiotik melepaskan amunisi itu, untuk
menghindari toksisitas, harus cepat diubah menjadi bentuk organik di nodul akar
sebelum diangkut untuk menembak melalui xylem. Bisa menggunakan legum
pengikat nitrogen dibagi menjadi eksportir amida atau eksportir ureida pada dasar
komposisi getah xilem. Amides (prinsip sebagian asam amino asparagin atau
glutamin) diekspor oleh legum daerah beriklim sedang, seperti kacang polong
(Pisum), semanggi (Trifolium), kacang lebar (Vicia), dan lentil (Lens).
Ureides diekspor oleh legum asal tropis, seperti seperti kedelai (Glycine),
kacang merah (Phaseolus), kacang tanah (Arachis), dan kacang selatan (Vigna).
Tiga urei utama adalah allantoin, asam allantoic, dan citrulline (Gambar 12.13).
Allantoin disintesis dalam peroksisom dari urat asam, dan asam allantoic
disintesis dari allantoin dalam retikulum endoplasma. Situs sintesis citrulline dari
asam amino ornithine belum ditentukan. Semua tiga senyawa akhirnya
dilepaskan ke dalam xylem dan diangkut ke pemotretan, di mana mereka cepat
katab diolah menjadi amonium. Amonium ini memasuki jalur lasi yang dijelaskan
sebelumnya.
2.5 ENERGI ASIMILASI NUTRISI
Asimilasi nutrisi umumnya membutuhkan sejumlah besa energi untuk
mengubah senyawa anorganik yang stabil dan berenergi rendah menjadi senyawa
organik berenergi tinggi. Misalnya, reduksi nitrat menjadi nitrit dan kemudian
menjadi ammonium membutuhkan transfer sekitar sepuluh elektron dan akun
untuk sekitar 25% dari total pengeluaran energi di kedua akar dan tunas (Bloom
1997). Akibatnya, pabrik dapat menggunakan satu-keempat energinya untuk
mengasimilasi nitrogen, sebuah konstituen itu menyumbang kurang dari 2% dari
total berat kering tanaman.
Banyak dari reaksi asimilasi ini terjadi di stroma kloroplas, di mana
mereka memiliki akses siap untuk kekuasaan- agen pereduksi ful seperti NADPH,
thioredoxin, dan ferredoxin dihasilkan selama trans-elektron fotosintesis. Proses
ini — menggabungkan asimilasi nutrisi dengan fosfat. transpor elektron tosintetik
— disebut fotoassimilasi (Gambar 12.19).

GAMBAR 12.19 Ringkasan proses yang terlibat dalam asimilasi nitrogen mineral dalam daun.

Nitrat dari akar melalui xilem diserap oleh sel mesofil melalui salah satu simpporter nitrat-proton

(NRT) ke dalam sitoplasma. Itu direduksi menjadi nitrit nitrate reductase (NR). Nitrit

dipindahkan ke dalam stroma kloroplas bersama dengan proton. Dalam stroma, nitrit direduksi

menjadi amonium melalui reduksi nitrit (NiR) dan amonium ini diubah menjadi glutamate melalui

tindakan sekuensial glutamin sintetase (GS) dan glutamate synthase (GOGAT). Sekali lagi di

sitoplasma, glutamat ditransaminasi ke aspartat melalui aspartate aminotransferase (AspAT).

Akhirnya, asparagine synthetase (AS) mengubah aspartat menjadi asparagin. Perkiraan jumlah

setara ATP diberikan di atas setiap reaksi.

Photoassimilation dan siklus Calvin terjadi di kompartemen yang sama

tetapi hanya ketika elektron fotosintesis transportasi menghasilkan reduktor
melebihi kebutuhan Siklus Calvin (mis., Dalam kondisi cahaya tinggi dan rendah
CO2), apakah photoassimilation melanjutkan (Robinson 1988). Kadar CO2 yang
tinggi menghambat fotoassimilasi (Gambar 12.20). Hasilnya, tanaman C4
(melakukan sebagian besar fotoassimilasi mereka di sel-sel filum, di mana
konsentrasi CO2 lebih rendah (Becker et al. 1993).
Mekanisme yang mengatur partisi reduksi antara siklus Calvin dan perang
photoassimilation investigasi kasar karena tingkat atmosfer CO2 diperkirakan
akan berlipat ganda selama abad berikutnya, jadi fenomena ini dapat
mempengaruhi hubungan tanaman-nutrisi.

BAB III
 PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Asimilasi nutrisi adalah proses dimana nutrisi diperoleh oleh tanaman
dimasukkan ke dalam karbon konstituen yang diperlukan untuk pertumbuhan dan
perkembangan. Untuk nitrogen, asimilasi hanyalah satu dari serangkaian langkah
yang merupakan siklus nitrogen. Siklus nitrogen mendukung melewati berbagai
keadaan nitrogen di biosfer dan pertentangan mereka. Sumber utama nitrogen
tersedia untuk tanaman adalah nitrat (NO3) dan amonium (NH+). Nitrat yang
diserap oleh akar berasimilasi di keduanya akar atau pucuk, tergantung pada
ketersediaan nitrat dan tanaman jenis. Dalam asimilasi nitrat, nitrat direduksi
menjadi nitrit (NO2-) dalam sitosol melalui enzim nitrat reduktase; kemudian
nitrit direduksi menjadi amonium dalam plastid atau kloroplast melalui enzim
nitrit reduktase. Amonium, berasal dari penyerapan akar atau dihasilkan melalui
asimilasi nitrat atau fotorespirasi, dikonversi menjadi glutamin dan glutamat
melalui tindakan berurutan dari glutamin sintetase dan glutamate synthase, yang
terletak di sitosol dan plastid root atau kloroplas. Setelah berasimilasi menjadi
glutamin atau glutamat, nitrogen dapat ditransfer ke banyak senyawa organik
lainnyamelalui berbagai reaksi, termasuk transaminasi reaksi. Asimilasi nutrisi
membutuhkan sejumlah besar energy untuk mengubah senyawa anorganik yang
stabil, berenergi rendah menjadi senyawa organik berenergi tinggi. Penggunaan
tanaman energi dari fotosintesis untuk mengasimilasi senyawa anorganik dalam
proses yang disebut photoassimilation.
 DAFTAR PUSTAKA

Becker, T. W., Perrot-Rechenmann, C., Suzuki, A., and Hirel, B. (1993)

Subcellular and immunocytochemical localization of the enzymes
involved in ammonia assimilation in mesophyll and bundle-sheath cells of
maize leaves. Planta 191: 129–136.
Bergmann, L., and Rennenberg, H. (1993) Glutathione metabolism in plants. In
Sulfur Nutrition and Assimilation in Higher Plants. Regulatory,
Agricultural and Environmental Aspects, L. J. De Kok, I. Stulen, H.
Rennenberg, C. Brunold, and W. E. Rauser, eds., SPB Acad. Pub., The
Hague, Netherlands, pp. 109–123.
Bienfait, H. F., and Van der Mark, F. (1983) Phytoferritin and its role in iron
metabolism. In Metals and Micronutrients: Uptake and Utilization by
Plants, D. A. Robb and W. S. Pierpoint, eds., Academic Press, New York,
pp. 111–123.
Bloom, A. J. (1997) Nitrogen as a limiting factor: Crop acquisition of ammonium
and nitrate. In Ecology in Agriculture, L. E. Jackson, ed., Academic Press,
San Diego, CA, pp. 145–172.
Bloom, A. J., Smart, D. R., Nguyen, D. T., and Searles, P. S. (2002) Nitrogen
assimilation and growth of wheat under elevated carbon dioxide. Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 99: 1730–1735.
Bloom, A. J., Sukrapanna, S. S., and Warner, R. L. (1992) Root respiration
associated with ammonium and nitrate absorption and assimilation by
barley. Plant Physiol. 99: 1294–1301.
Buchanan, B., Gruissem, W., and Jones, R., eds. (2000) Biochemistry and
Molecular Biology of Plants. American Society of Plant Physiologists.
Rockville, MD.
Burris, R. H. (1976) Nitrogen fixation. In Plant Biochemistry, 3rd ed.,J. Bonner
and J. Varner, eds., Academic Press, New York, pp. 887–908.
Campbell, W. H. (1999) Nitrate reductase structure, function and regulation:
Bridging the gap between biochemistry and physiology. Annu. Rev. Plant
Physiol. Plant Mol. Biol. 50: 277–303.
Carlson, R. W., Forsberg, L. S., Price, N. P. J., Bhat, U. R., Kelly, T. M., and
Raetz, C. R. H. (1995) The structure and biosynthesis of Rhizobium
leguminosarum lipid A. In Progress in Clinical and Biological Research,
Vol. 392: Bacterial Endotoxins: Lipopolysaccharides from Genes to
 Therapy: Proceedings of the Third Conference of the International
Endotoxin Society, held in Helsinki, Finland, on August 15-18,1994, J.
Levin et al., eds., John Wiley and Sons, New York, pp.25–31.
Denison, R. F., and Harter, B. L. (1995) Nitrate effects on nodule oxygen
permeability and leghemoglobin. Plant Physiol. 107:1355–1364.
Dixon, R. O. D., and Wheeler, C. T. (1986) Nitrogen Fixation in Plants. Chapman
and Hall, New York.
Dong, Z., Canny, M. J., McCully, M. E., Roboredo, M. R., Cabadilla, C. F.,
Ortega, E., and Rodes, R. (1994) A nitrogen-fixing endophyte of sugarcane
stems: A new role for the apoplast. Plant Physiol. 105: 1139–1147.
Etzler, M. E., Kalsi, G., Ewing, N. N., Roberts, N. J., Day, R. B., and Murphy, J.
B. (1999) A nod factor binding lectin with apyrase activity from legume
roots. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96: 5856–5861.
FAOSTAT. (2001) Agricultural Data. Food and Agricultural Organization of the
United Nations, Rome.
Heidstra, R., and Bisseling, T. (1996) Nod factor-induced host responses and
mechanisms of Nod factor perception. New Phytol. 133: 25–43.
Hell, R. (1997) Molecular physiology of plant sulfur metabolism. Planta 202:
138–148.
Heytler, P. G., Reddy, G. S., and Hardy, R. W. F. (1984) In vivo energetics of
symbiotic nitrogen fixation in soybeans. In Nitrogen Fixation and CO2
Metabolism, P. W. Ludden and I. E. Burris, eds., Elsevier, New York, pp.
283–292.
Jones, O. T. G. (1983) Ferrochelatase. In Metals and Micronutrients: Uptake and
Utilization by Plants, D. A. Robb and W. S. Pierpoint, eds., Academic
Press, New York, pp. 125–144.
Kaiser, W. M., Weiner, H., and Huber, S. C. (1999) Nitrate reductase in higher
plants: A case study for transduction of environmental stimuli into control
of catalytic activity. Physiol. Plant. 105: 385–390.
Kleinhofs, A., Warner, R. L., Lawrence, J. M., Melzer, J. M., Jeter, J. M.,and
Kudrna, D. A. (1989) Molecular genetics of nitrate reductase in barley. In
Molecular and Genetic Aspects of Nitrate Assimilation, J. L. Wray and J.
R. Kinghorn, eds., Oxford Science, New York pp. 197–211.
Kuzma, M. M., Hunt, S., and Layzell, D. B. (1993) Role of oxygen in the
limitation and inhibition of nitrogenase activity and respiration rate in
individual soybean nodules. Plant Physiol. 101:161–169.
Lam, H.-M., Coschigano, K. T., Oliveira, I. C., Melo-Oliveira, R., and Coruzzi, G.
M. (1996) The molecular-genetics of nitrogen assimilation into amino
acids in higher plants. Annu. Rev. Plant Physiology Plant Mol. Biol. 47:
569–593.
Lazarowitz, S. G., and Bisseling, T. (1997) Plant development from the cellular
perspective: Integrating the signals (Cellular Integraion of Signaling
Pathways in Plant Development, Acquafreddae Maratea, Italy, May 20–30,
1997). Plant Cell 9: 1884–1900.
Lea, P. J., Blackwell, R. D., and Joy, K. W. (1992) Ammonia assimilation in
higher plants. In Nitrogen Metabolism of Plants (Proceed-ings of the
Phytochemical Society of Europe 33), K. Mengel and D. J. Pilbeam, eds.,
Clarendon, Oxford, pp. 153–186.
Leustek, T., and Saito, K. (1999) Sulfate transport and assimilation inplants. Plant
Physiol. 120: 637–643.
Leustek, T., Martin, M. N., Bick, J.-A., and Davies, J. P. (2000) Pathways and
regulation of sulfur metabolism revealed through mol-ecular and genetic
studies. Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol.Biol. 51: 141–165.
Lobreaux, S., Massenet, O., and Briat, J. -F. (1992) Iron induces fer-ritin synthesis
in maize plantlets. Plant Mol. Biol. 19: 563–575.
Ludwig, R. A., and de Vries, G. E. (1986) Biochemical physiology of Rhizobium
dinitrogen fixation. In Nitrogen Fixation, Vol. 4: Mole-cular Biology, W. I.
Broughton and S. Puhler, eds., Clarendon,Oxford, pp. 50–69.
Marschner, H. (1995) Mineral Nutrition of Higher Plants, 2nd ed. Aca-demic
Press, London.
Mendel, R. R., and Stallmeyer, B. (1995) Molybdenum cofactor(nitrate reductase)
biosynthesis in plants: First molecular analy-sis. In Current Plant Science
and Biotechnology in Agriculture, Vol.22: Current Issues in Plant
Molecular and Cellular Biology: Proceedings of the VIIIth International
Congress on Plant Tissue and Cell Cul-ture, Florence, Italy, 12–17 June,
1994, M. Terzi, R. Cella and A. Falavigna, eds., Kluwer, Dordrecht,
Netherlands, pp. 577–582.
Mylona, P., Pawlowski, K., and Bisseling, T. (1995) Symbiotic nitrogen fixation.
Plant Cell 7: 869–885.
Oaks, A. (1994) Primary nitrogen assimilation in higher plants and its regulation.
Can. J. Bot. 72: 739–750.
Ogren, W. L. (1984) Photorespiration: Pathways, regulation, and modification.
 Annu. Rev. Plant Physiol. 35: 415–442.
Pate, J. S. (1983) Patterns of nitrogen metabolism in higher plants and their
ecological significance. In Nitrogen as an Ecological Factor: The 22nd
Symposium of the British Ecological Society, Oxford 1981, J. A. Lee, S.
McNeill, and I. H. Rorison, eds., Blackwell, Boston, pp.225–255.
Pate, J. S., and Layzell, D. B. (1990) Energetics and biological costs of nitrogen
assimilation. In The Biochemistry of Plants, Vol. 16: Inter-mediary
Nitrogen Metabolism, B. J. Miflin and P. J. Lea, eds., Acad-emic Press,
San Diego, CA, pp. 1–42. Phillips, D. A., and Kapulnik, Y. (1995) Plant
isoflavonoids, patho- gens and symbionts. Trends Microbiol. 3: 58–64.
Rees, D. A. (1977) Polysaccharide Shapes. Chapman and Hall, London.
Reis, V. M., Baldani, J. I., Baldani, V. L. D., and Dobereiner, J. (2000) Biological
dinitrogen fixation in Gramineae and palm trees. Crit.Rev. Plant Sci. 19:
227–247.
Robinson, J. M. (1988) Spinach leaf chloroplast carbon dioxide and nitrite
photoassimilations do not compete for photogenerated reductant:
Manipulation of reductant levels by quantum flux density titrations. Plant
Physiol. 88: 1373–1380.
Rolfe, B. G., and Gresshoff, P. M. (1988) Genetic analysis of legume nodule
initiation. Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 39: 297–320.
Schlesinger, W. H. (1997) Biogeochemistry: An Analysis of Global Change, 2nd
ed. Academic Press, San Diego, CA. Siegel, L. M., and Wilkerson, J. Q.
(1989) Structure and function of spinach ferredoxin-nitrite reductase. In
Molecular and Genetic Aspects of Nitrate Assimilation, J. L. Wray and J.
R. Kinghorn, eds., Oxford Science, Oxford, pp. 263–283.
Sivasankar, S., and Oaks, A. (1996) Nitrate assimilation in higher plants—The
effect of metabolites and light. Plant Physiol. Biochem. 34: 609–620.
Stokkermans, T. J. W., Ikeshita, S., Cohn, J., Carlson, R. W., Stacey, G.Ogawa, T.,
and Peters, N. K. (1995) Structural requirements of synthetic and natural
product lipo-chitin oligosaccharides for induction of nodule primordia on
Glycine soja. Plant Physiol. 108: 1587–1595.
Taiz, Lincoln, Eduardo Zeiger. 1998. Plant Physiology 2nd Edition. Unite States:
Sinauer Associates
Timmers, A. C. J., Auriac, M. –C., and Truchet, G. (1999) Refined analysis of
early symbiotic steps of the Rhizobium-Medicago: Interaction in relation
with microtubular cytoskeleton rearrangements. Development 126: 3617-
 3628
Vande Broek, A., and Vanderleyden, J. (1995) Review: Genetics of
theAzospirillum-plant root association. Crit. Rev. Plant Sci. 14:445–466.
van Rhijn, P., Goldberg, R. B., and Hirsch, A. M. (1998) Lotus cornic-ulatus
nodulation specificity is changed by the presence of a soy-bean lectin
gene. Plant Cell 10: 1233–1249.
Warner, R. L., and Kleinhofs, A. (1992) Genetics and molecular biology of nitrate
metabolism in higher plants. Physiol. Plant. 85: 245–252.
Wray, J. L. (1993) Molecular biology, genetics and regulation of nitrite reduction
in higher plants. Physiol. Plant. 89: 607–612.