Asimilasi Nutrisi Mineral

TANAMAN YANG LEBIH TINGGI ADALAH ORGANISME

OTOTROPHIK yang dapat mensintesis komponen molekuler organik mereka dari
nutrisi anorganik yang diperoleh dari lingkungan mereka. Untuk banyak nutrisi
mineral, proses ini melibatkan penyerapan dari tanah oleh akar (lihat Bab 5) dan
dimasukkan ke dalam senyawa organik yang penting untuk pertumbuhan dan
perkembangan. Penggabungan nutrisi mineral ini ke dalam zat organik seperti
pigmen, enzim kofaktor, lipid, asam nukleat, dan asam amino disebut asimilasi
nutrisi.

Asimilasi beberapa nutrisi - terutama nitrogen dan belerang - memerlukan

serangkaian reaksi biokimia yang kompleks yang merupakan salah satu reaksi yang
paling membutuhkan energi dalam organisme hidup:

• Dalam asimilasi nitrat (NO 3 -), nitrogen dalam NO3– dikonversi menjadi lebih
tinggi - Bentuk energi dalam nitrit (NO2-), kemudian ke bentuk energi yang lebih
tinggi dalam amonium (NH4 +), dan akhirnya menjadi amida nitrogen glutamin.
Proses ini mengkonsumsi setara dengan 12 ATP per nitrogen (Bloom et al. 1992).

• Tanaman seperti legum membentuk hubungan simbiotik dengan bakteri pengikat

nitrogen untuk mengubah nitrogen molekuler (N2) menjadi amonia (NH3). Ammonia
(NH3) adalah produk stabil pertama dari fiksasi alami; pada pH fisiologis,
bagaimanapun, amonia terprotonasi untuk membentuk ion amonium (NH4 +). Proses
fiksasi nitrogen biologis, bersama dengan asimilasi NH3 berikutnya menjadi asam
amino, mengkonsumsi sekitar 16 ATP per nitrogen (Pate dan Layzell 1990; Vande
Broek dan Vanderleyden 1995).

• Asimilasi sulfat (SO4 2–) ke dalam asam amino sistein melalui dua jalur yang
ditemukan pada tanaman mengkonsumsi sekitar 14 ATP (Hell 1997).
Untuk beberapa perspektif tentang energi besar yang terlibat, pertimbangkan bahwa
jika reaksi-reaksi ini berjalan dengan cepat secara terbalik - misalnya, dari NH4NO3
(amonium nitrat) ke N2 - mereka menjadi eksplosif, membebaskan sejumlah besar
energi sebagai gerakan, panas, dan cahaya. Hampir semua bahan peledak didasarkan
pada oksidasi cepat senyawa nitrogen atau sulfur.

Asimilasi nutrisi lain, terutama kation makronutrien dan mikronutrien (lihat

Bab 5), melibatkan pembentukan kompleks dengan senyawa organik. Misalnya, Mg2
+ berasosiasi dengan pigmen klorofil, Ca2 + berasosiasi dengan pektat dalam dinding
sel, dan Mo6 + berasosiasi dengan enzim seperti nitrat reduktase dan nitrogenase.
Kompleks ini sangat stabil, dan pemindahan nutrisi dari kompleks dapat
menyebabkan hilangnya fungsi total.

Bab ini menguraikan reaksi utama di mana nutrisi utama (nitrogen, sulfur,
fosfat, kation, dan oksigen) berasimilasi. Kami menekankan implikasi fisiologis dari
pengeluaran energi yang dibutuhkan dan memperkenalkan topik fiksasi nitrogen
simbiotik.

NITROGEN DALAM LINGKUNGAN

Banyak senyawa biokimia yang ada dalam sel tanaman mengandung nitrogen
(lihat Bab 5). Sebagai contoh, nitrogen ditemukan dalam nukleosida fosfat dan asam
amino yang membentuk blok bangunan asam nukleat dan protein. Hanya unsur-unsur
oksigen, karbon, dan hidrogen yang lebih berlimpah di tanaman daripada nitrogen.
Sebagian besar ekosistem alami dan pertanian menunjukkan peningkatan dramatis
dalam produktivitas setelah pemupukan dengan nitrogen anorganik, membuktikan
pentingnya elemen ini.

Pada bagian ini kita akan membahas siklus biogeokimia nitrogen, peran
penting fiksasi nitrogen dalam konversi nitrogen molekul menjadi amonium dan
nitrat, dan nasib nitrat dan amonium dalam jaringan tanaman.
TABEL12.1 Proses utama dari siklus nitrogen biogeokimia

Catatan: Organisme darat, tanah, dan lautan masing-masing mengandung sekitar 5,2
× 1015 g, 95 × 1015 g, dan 6,5 x 1015 g, nitrogen organik yang aktif dalam siklus.
Asumsikan bahwa jumlah N2 atmosfer tetap konstan (input = keluaran), waktu
tinggal rata-rata (waktu rata-rata molekul nitrogen tetap dalam bentuk organik) adalah
sekitar 370 tahun [(ukuran kolam) / (input fiksasi) = (5,2 × 1015 g + 95 × 1015 g) /
(80 × 1012 g tahun - 1 + 19 × 1012 g tahun - 1 + 170 × 1012 g tahun - 1)]
(Schlesinger 1997). aN / C, tidak dihitung.

Nitrogen Melewati Berbagai Bentuk dalam Siklus Biogeokimia

Nitrogen hadir dalam berbagai bentuk di biosfer. Atmosfer mengandung

sejumlah besar (sekitar 78% volume) nitrogen molekul (N2) (lihat Bab 9). Sebagian
besar, reservoir nitrogen yang besar ini tidak tersedia secara langsung untuk
organisme hidup. Akuisisi nitrogen dari atmosfer membutuhkan pemutusan ikatan
kovalen rangkap tiga yang sangat stabil antara dua atom nitrogen (N - - - N) untuk
menghasilkan amonia (NH3) atau nitrat (NO3-). Reaksi-reaksi ini, yang dikenal
sebagai fiksasi nitrogen, dapat dicapai melalui proses industri dan alami.
 Di bawah suhu tinggi (sekitar 200 ° C) dan tekanan tinggi (sekitar 200
atmosfer), N2 bergabung dengan hidrogen untuk membentuk amonia. Kondisi
ekstrem diperlukan untuk mengatasi energi aktivasi yang tinggi dari reaksi. Reaksi
fiksasi nitrogen ini, disebut proses Haber-Bosch, adalah titik awal untuk pembuatan
banyak produk industri dan pertanian. Produksi pupuk nitrogen di seluruh dunia
mencapai lebih dari 80 × 1012 g tahun - 1 (FAOSTAT 2001).

Proses alami memperbaiki sekitar 190 × 1012 g tahun-1 nitrogen (Tabel 12.1)
melalui proses berikut (Schlesinger 1997):

• Petir. Petir bertanggung jawab atas sekitar 8% nitrogen yang diperbaiki. Petir
mengubah uap air dan oksigen menjadi radikal bebas hidroksil yang sangat reaktif,
atom hidrogen bebas, dan atom oksigen bebas yang menyerang nitrogen molekul
(N2) untuk membentuk asam nitrat (HNO3). Asam nitrat ini kemudian jatuh ke bumi
dengan hujan.

• Reaksi fotokimia. Sekitar 2% dari nitrogen tetap berasal dari reaksi fotokimia antara
gas oksida nitrat (NO) dan ozon (O3) yang menghasilkan asam nitrat (HNO3)

• Fiksasi nitrogen biologis. Sisa 90% hasil dari fiksasi nitrogen biologis, di mana
bakteri atau ganggang biru-hijau (cyanobacteria) memperbaiki N2 menjadi amonium
(NH4 +).

Dari sudut pandang pertanian, fiksasi nitrogen biologis sangat penting karena
produksi industri pupuk nitrogen jarang memenuhi permintaan pertanian (FAOSTAT
2001).

Setelah difiksasi dalam amonium atau nitrat, nitrogen memasuki siklus

biogeokimia dan melewati beberapa bentuk organik atau anorganik sebelum akhirnya
kembali ke nitrogen molekuler (Gambar 12.1; lihat juga Tabel 12.1). Ion amonium
(NH4 +) dan nitrat (NO3-) yang dihasilkan melalui fiksasi atau dilepaskan melalui
dekomposisi bahan organik tanah menjadi objek persaingan yang ketatdi antara
tanaman dan mikroorganisme. Agar tetap kompetitif, pabrik telah mengembangkan
mekanisme untuk membersihkan ion-ion ini dari larutan tanah secepat mungkin (lihat
Bab 5). Di bawah konsentrasi tanah yang meningkat yang terjadi setelah pembuahan,
penyerapan amonium dan nitrat oleh akar dapat melebihi kapasitas tanaman untuk
mengasimilasi ion-ion ini, yang mengarah ke akumulasi mereka di dalam jaringan
tanaman.

Ammonium Tersimpan atau Nitrat Bisa Beracun

Tanaman dapat menyimpan nitrat dalam kadar tinggi, atau mereka dapat
memindahkannya dari jaringan ke jaringan tanpa efek yang merusak. Namun, jika
ternak dan manusia mengonsumsi bahan tanaman yang tinggi nitrat, mereka mungkin
menderita methemoglobinemia, penyakit di mana hati mengurangi nitrat menjadi
nitrit, yang bergabung dengan hemoglobin dan membuat hemoglobin tidak mampu
mengikat oksigen. Manusia dan hewan lain juga dapat mengubah nitrat menjadi
nitrosamin, yang merupakan karsinogen kuat. Beberapa negara membatasi kandungan
nitrat dalam bahan tanaman yang dijual untuk konsumsi manusia.

Berbeda dengan nitrat, kadar amonium yang tinggi beracun bagi tanaman dan
hewan. Amonium menghilangkan gradien protembran transmembran (Gambar 12.2)
yang diperlukan untuk transpor elektron fotosintesis dan respirasi (lihat Bab 7 dan 11)
dan untuk penyerapan metabolit dalam vakuola (lihat Bab 6). Karena kadar amonium
yang tinggi berbahaya, hewan telah mengembangkan keengganan yang kuat terhadap
baunya. Bahan aktif dalam garam berbau, uap obat yang dilepaskan di bawah hidung
untuk menghidupkan kembali orang yang pingsan, adalah amonium karbonat.
Tanaman mengasimilasi amonium di dekat lokasi penyerapan atau pembentukan dan
dengan cepat menyimpan kelebihannya dalam vakuola mereka, sehingga menghindari
efek toksik pada membran dan sitosol.
GAMBAR 12.1. Siklus nitrogen melalui atmosfer ketika ia berubah dari bentuk gas
menjadi ion tereduksi sebelum dimasukkan ke dalam senyawa organik dalam
organisme hidup. Beberapa langkah yang terlibat dalam siklus nitrogen ditunjukkan.

GAMBAR 12.2 Toksisitas NH4 + dapat menghilangkan gradien pH. Sisi kiri
mewakili stroma, matriks, atau sitoplasma, di mana pH-nya tinggi; sisi kanan
mewakili lumen, ruang intermembran, atau vakuola, di mana pH rendah; dan
membran mewakili membran tilakoid, mitokondria bagian dalam, atau tonoplast
untuk masing-masing kloroplas, mitokondria, atau sel akar. Hasil bersih dari reaksi
yang ditunjukkan adalah bahwa konsentrasi OH- di sisi kiri dan konsentrasi H + di
sisi kanan telah berkurang; yaitu, gradien pH telah hilang. (Setelah Bloom 1997.)

Pada bagian selanjutnya kita akan membahas proses di mana nitrat diserap
oleh akar melalui simporer H + -NO3- (lihat Bab 6 untuk diskusi tentang symport)
diasimilasi menjadi senyawa organik, dan proses enzimatik memediasi reduksi nitrat
terlebih dahulu. menjadi nitrit dan kemudian menjadi amonium.

ASSIMILASI NITRASI

Tanaman mengasimilasi sebagian besar nitrat yang diserap oleh akarnya

menjadi senyawa nitrogen organik. Langkah pertama dari proses ini adalah reduksi
nitrat menjadi nitrit dalam sitosol (Oaks 1994). Enzim nitrat mereduksi ulang reaksi
ini:

NO3– + NAD(P)H + H+ + 2 e– → NO2– + NAD(P)+ + H2O

(12.1)

di mana NAD (P) H menunjukkan NADH atau NADPH. Bentuk nitrat reduktase
yang paling umum hanya menggunakan NADH sebagai donor elektron; bentuk lain
dari enzim yang ditemukan dominan pada jaringan nongreen seperti akar dapat
menggunakan NADH atau NADPH (Warner dan Kleinhofs 1992).

Nitrat reduktase dari tanaman tingkat tinggi terdiri dari dua subunit yang
identik, masing-masing mengandung tiga kelompok prostetik: FAD (flavin adenine
dinucleotide), heme, dan molibdenum yang dikomplekskan menjadi molekul organik
yang disebut pterin (Mendel dan Stallmeyer 1995; Campbell 1999).

Nitrat reduktase adalah protein utama yang mengandung molibdenum dalam

jaringan vegetatif, dan satu gejala defisiensi molibdenum adalah akumulasi nitrat
yang dihasilkan dari berkurangnya aktivitas nitrat reduktase.
 Perbandingan sekuens asam amino untuk nitrat reduktase dari beberapa
spesies dengan yang dari protein yang dikarakterisasi dengan baik lainnya yang
mengikat FAD, heme, atau molibdenum telah menyebabkan model tiga domain untuk
nitrat reduktase yang ditunjukkan pada Gambar 12.3. Domain yang mengikat FAD
menerima dua elektron dari NADH atau NADPH. Elektron kemudian melewati
domain heme ke kompleks molibdenum, di mana mereka ditransfer ke nitrat.

Nitrat, Cahaya, dan Karbohidrat Mengatur Nitrat Reduktase

Nitrat, cahaya, dan karbohidrat mempengaruhi nitrat reduktase pada tingkat

transkripsi dan terjemahan (Sivasankar dan Oaks 1996). Pada bibit jelai, nitrat
reduktase mRNA terdeteksi sekitar 40 menit setelah penambahan nitrat, dan tingkat
maksimum dicapai dalam 3 jam (Gambar 12.4). Berbeda dengan akumulasi mRNA
yang cepat, ada peningkatan linear bertahap dalam aktivitas nitrat reduktase, yang
mencerminkan sintesis protein yang lebih lambat.

GAMBAR 12.3 Amodel dimer nitrat reduktase, menggambarkan tiga domain

pengikat yang urutan polipeptidanya serupa dalam eukariota: molibdenum kompleks
(MoCo), heme, dan FAD. NADH mengikat pada daerah pengikatan FAD dari setiap
subunit dan memulai transfer dua elektron dari terminal karboksil (C), melalui
masing-masing komponen transfer elektron, ke terminal amino (N). Nitrat berkurang
di kompleks molibdenum dekat terminal amino. Urutan polipeptida dari daerah
engsel sangat bervariasi di antara spesies.
GAMBAR 12.4 Stimulasi aktivitas nitrat reduktase mengikuti induksi tunas mRNAin
nitrat reduktase dan akar jelai; gfw, gram berat segar. (Dari Kleinhofs et al. 1989.)

Selain itu, protein tunduk pada modulasi posttranslasional (melibatkan

fosforilasi reversibel) yang analog dengan regulasi sukrosa fosfat sintase (lihat Bab 8
dan 10). Cahaya, kadar karbohidrat, dan faktor lingkungan lainnya menstimulasi
protein fosfatase yang mendeposforilasi beberapa residu serin pada protein nitrat
reduktase dan dengan demikian mengaktifkan enzim.

Beroperasi di arah sebaliknya, kegelapan dan Mg2 + merangsang protein

kinase yang memfosforilasi residu serin yang sama, yang kemudian berinteraksi
dengan protein penghambat 14-3-3, dan dengan demikian menonaktifkan nitrat
reduktase (Kaiser et al. 1999). Regulasi aktivitas nitrat reduktase melalui fosforilasi
dan defosforilasi memberikan kontrol yang lebih cepat daripada yang dapat dicapai
melalui sintesis atau degradasi enzim (menit versus jam).

Nitrit Reductase Mengubah Nitrit menjadi Amonium

Nitrit (NO2–) adalah ion yang sangat reaktif dan berpotensi toksik. Sel-sel
tumbuhan segera mengangkut nitrit yang dihasilkan oleh reduksi nitrat (lihat
Persamaan 12.1) dari sitosol ke kloroplas pada daun dan plastida di akar. Dalam
organel ini, enzim nitrit reduktase mengurangi nitrit menjadi amonium sesuai dengan
reaksi keseluruhan berikut:
NO2– + 6 Fdred + 8 H+ + 6 e– → NH4+ + 6 Fdox + 2 H2O
(12.2)

di mana Fd adalah ferredoxin, dan subskrip merah dan sapi masing-masing mewakili
reduksi dan teroksidasi. Ferredoksin yang diturunkan berasal dari transpor elektron
fotosintesis dalam kloroplas (lihat Bab 7) dan dari NADPH yang dihasilkan oleh jalur
oksidatif pentosa fosfat dalam jaringan nongreen (lihat Bab 11).

Kloroplas dan plastida akar mengandung berbagai bentuk enzim, tetapi kedua
bentuk tersebut terdiri dari polipeptida tunggal yang mengandung dua kelompok
prostetik: kluster besi-sulfur (Fe4S4) dan heme khusus (Siegel dan Wilkerson 1989).
Kelompok-kelompok ini bekerja bersama mengikat nitrit dan menguranginya
langsung menjadi amonium, tanpa akumulasi senyawa nitrogen dari keadaan redoks
menengah. Aliran elektron melalui ferredoxin (Fe4S4) dan heme dapat
direpresentasikan seperti pada Gambar 12.5.

Nitrit reduktase dikodekan dalam nukleus dan disintesis dalam sitoplasma

dengan peptida transit terminal-N yang menargetkannya ke plastid (Wray 1993).
Sedangkan NO3– dan cahaya menginduksi transkripsi nitrit reduktase mRNA, produk
akhir dari proses — asparagin dan glutamin — menekan induksi ini.

Tumbuhan Dapat Mengasimilasi Nitrat pada Akar dan Tunas

Pada banyak tanaman, ketika akar menerima nitrat dalam jumlah kecil, nitrat
berkurang terutama di akar. Dengan meningkatnya pasokan nitrat, proporsi yang
lebih besar dari nitrat yang diserap ditranslokasi ke tunas dan berasimilasi di sana
(Marschner 1995). Bahkan dalam kondisi pasokan nitrat yang serupa, keseimbangan
antara metabolisme akar dan tunas nitrat — seperti yang ditunjukkan oleh proporsi
aktivitas nitrat reduktase di masing-masing dua organ atau dengan konsentrasi nitrat
relatif dan pengurangan nitrogen dalam getah xilem — bervariasi dari spesies untuk
spesies.
GAMBAR 12.5 Model untuk kopling aliran elektron fotosintetik, melalui
ferredoksin, ke reduksi nitrit oleh nitrit reduktase. Enzim ini mengandung dua
kelompok prostetik, Fe4S4 dan heme, yang berpartisipasi dalam reduksi nitrit
menjadi amonium. Media Stellockur cengkeh Putih Perilla fruticosa Oat Jagung Oat
Jagung Impatiens Sunflower Barley Bean Broad bean Pea Radish White lupin

GAMBAR 12.6 Jumlah relatif nitrat dan senyawa nitrogen lainnya dalam eksudat
xilem dari berbagai spesies tanaman. Tanaman ditanam dengan akar yang terpapar
larutan nitrat, dan getah xilem dikumpulkan dengan cara memotong batang.
Perhatikan keberadaan ureida, senyawa nitrogen khusus, dalam kacang dan kacang
(yang akan dibahas nanti dalam teks). (Setelah Pate 1983.)
Pada tanaman seperti cocklebur (Xanthium strumarium), metabolisme nitrat terbatas
pada tunas; pada tanaman lain, seperti lupin putih (Lupinus albus), sebagian besar
nitrat dimetabolisme di akar (Gambar 12.6). Secara umum, spesies asli daerah
beriklim lebih banyak bergantung pada asimilasi nitrat oleh akar daripada spesies asal
tropis atau subtropis.

ASSIMILASI AMONIUM

Sel-sel tumbuhan menghindari keracunan amonium dengan secara cepat

mengubah amonium yang dihasilkan dari asimilasi nitrat atau fotorespirasi (lihat Bab
8) menjadi asam amino. Jalur utama untuk konversi ini melibatkan aksi sekuensial
dari glutamin sintetase dan glutamat sintase (Lea et al. 1992). Pada bagian ini kita
akan membahas proses enzimatik yang memediasi asimilasi amonium menjadi asam
amino esensial, dan peran amida dalam pengaturan metabolisme nitrogen dan karbon.

Konversi Ammonium ke Asam Amino Membutuhkan Dua Enzim

Glutamin sintetase (GS) menggabungkan amonium dengan glutamat untuk

membentuk glutamin (Gambar 12.7A):

Glutamate + NH4+ + ATP → glutamine + ADP + Pi (12.3)

Reaksi ini membutuhkan hidrolisis satu ATP dan melibatkan kation divalen
seperti Mg2 +, Mn2 +, atau Co2 + sebagai kofaktor. Tanaman mengandung dua kelas
GS, satu di sitosol dan yang lainnya di plastid akar atau menembak kloroplas. Bentuk
sitosol diekspresikan dalam biji yang berkecambah atau dalam kumpulan akar dan
pucuk vaskular dan menghasilkan glutamin untuk transportasi nitrogen intraseluler.
GS dalam plastid root menghasilkan nitrogen amida untuk konsumsi lokal; GS dalam
shoot kloroplas menumbuhkan kembali fotorespirasi NH4 + (Lam et al. 1996). Kadar
cahaya dan karbohidrat mengubah ekspresi bentuk-bentuk enzim plastid, tetapi
mereka memiliki sedikit efek pada bentuk-bentuk sitosol.
 Peningkatan kadar glutamin plastid merangsang aktivitas glutamat sintase
(juga dikenal sebagai glutamin: 2-oxoglutarat aminotransferase, atau GOGAT).
Enzim ini mentransfer gugus amida glutamin ke 2-oksoglutarat, menghasilkan dua
molekul glutamat (lihat Gambar 12.7A). Tumbuhan mengandung dua jenis GOGAT:
Seseorang menerima elektron dari NADH; yang lain menerima elektron dari
ferredoxin (Fd):

Glutamine + 2-oxoglutarate + NADH + H+ → 2 glutamate + NAD+ (12.4)

Glutamine + 2-oxoglutarate + Fdred → 2 glutamate + Fdox (12.5)

Jenis enzim NADH (NADH-GOGAT) terletak di plastid dari jaringan

nonfotosintetik seperti akar atau bundel pembuluh daun yang sedang berkembang.
Pada akar, NADH-GOGAT terlibat dalam asimilasi NH4 + yang diserap dari rizosfer
(tanah di dekat permukaan akar); dalam bundel pembuluh daun yang sedang
berkembang, NADH-GOGAT mengasimilasi glutamin yang ditranslokasi dari akar
atau daun tua.

Jenis glutamat sintase (FdGOGAT) yang tergantung pada ferredoxin

ditemukan dalam kloroplas dan berfungsi dalam metabolisme nitrogen fotorespirasi.
Baik jumlah protein dan aktivitasnya meningkat dengan tingkat cahaya. Akar,
terutama yang bernutrisi nitrat, mengandung Fd-GOGAT dalam plastid. FdGOGAT
di akar mungkin berfungsi untuk menggabungkan glutamin yang dihasilkan selama
asimilasi nitrat.

Amonium Dapat Diasimilasi melalui Jalur Alternatif

Glutamat dehidrogenase (GDH) mengkatalisasi suatu reaksi yang dapat

dibalik yang mensintesis atau mendeaminasi glutamat (Gambar 12.7B):

2-Oxoglutarate + NH4+ + NAD(P)H ↔ glutamate + H2O + NAD(P)+

(12.6)
GAMBAR 12.7 Struktur dan jalur senyawa yang terlibat dalam metabolisme
amonium. Amonium dapat berasimilasi dengan salah satu dari beberapa proses. (A)
Jalur GS-GOGAT yang membentuk glutamin dan glutamat. Kofaktor areduced
diperlukan untuk reaksi: ferredoxin dalam daun hijau dan NADH dalam jaringan
nonfotosintetik. (B) Jalur GDH yang membentuk glutamat menggunakan NADH atau
NADPH sebagai reduktor. (C) Transfer gugus amino dari glutamat ke oksaloasetat
untuk membentuk aspartat (dikatalisis oleh aspartat aminotransferase). (D) Sintesis
asparagin dengan transfer gugus asam amino dari glutamin ke aspartat (dikatalisis
oleh sintesis asparagin).

Bentuk GDH yang tergantung NADH ditemukan dalam mitokondria, dan

bentuk yang tergantung pada NADPH terlokalisasi dalam kloroplas organ
fotosintesis. Meskipun kedua bentuk relatif berlimpah, mereka tidak dapat
menggantikan jalur GS-GOGAT untuk asimilasi amonium, dan fungsi utamanya
adalah untuk mendeaminasi glutamat (lihat Gambar 12.7B).

Reaksi Transaminasi Transfer Nitrogen

Setelah berasimilasi menjadi glutamin dan glutamat, nitrogen dimasukkan ke

dalam asam amino lain melalui reaksi transaminasi. Enzim yang mengkatalisasi
reaksi ini dikenal sebagai aminotransferase. Contohnya adalah aspartate
aminotransferase (Asp-AT), yang mengkatalisasi reaksi berikut (Gambar 12.7C):

Glutamate + oxaloacetate → aspartate + 2-oxoglutarate (12.7)

di mana gugus amino glutamat ditransfer ke atom karboksil aspartat. Aspartat

adalah asam amino yang berpartisipasi dalam pesawat ulang malat-aspartat untuk
mentransfer ekivalen pereduksi dari mitokondria dan kloroplas ke dalam sitosol (lihat
Bab 11) dan dalam pengangkutan karbon dari mesofil ke bundel selubung untuk
fiksasi karbon C4 (lihat Bab 8) . Semua reaksi transaminasi memerlukan fosfat
piridoksal (vitamin B6) sebagai kofaktor.

Aminotransferase ditemukan di sitoplasma, kloroplas, mitokondria,

glioksisom, dan peroksisom. Aminotransferase terlokalisasi dalam kloroplas mungkin
memiliki peran penting dalam biosintesis asam amino karena daun tanaman atau
kloroplas terisolasi yang terpapar karbon dioksida berlabel radioaktif secara cepat
memasukkan label ke dalam glutamat, aspartat, alanin, serin, dan glisin.

Asparagine dan Glutamine Link Carbon dan Nitrogen Metabolism

Asparagine, yang diisolasi dari asparagus pada awal 1806, adalah amida
pertama yang diidentifikasi (Lam et al. 1996). Ini berfungsi tidak hanya sebagai
prekursor protein, tetapi sebagai senyawa kunci untuk transportasi dan penyimpanan
nitrogen karena stabilitas dan rasio nitrogen terhadap karbon yang tinggi (2 N hingga
4 C untuk asparagine, dibandingkan 2 N hingga 5 C untuk glutamin atau 1). N hingga
5 C untuk glutamat).

Jalur utama untuk sintesis asparagin melibatkan transfer nitrogen amida dari
glutamin ke asparagin (Gambar 12.7D):

Glutamine + aspartate + ATP → asparagine + glutamate + AMP + PPi

(12.8)
 Asparagine sintetase (AS), enzim yang mengkatalisasi reaksi ini, ditemukan
dalam sitosol daun dan akar dan dalam nodul pengikat nitrogen (lihat bagian
selanjutnya). Pada akar jagung, khususnya yang berada di bawah level amonia yang
berpotensi toksik, amonium dapat menggantikan glutamin sebagai sumber kelompok
amida (Sivasankar dan Oaks 1996).

Tingkat cahaya dan karbohidrat yang tinggi — kondisi yang merangsang

plastid GS dan Fd-GOGAT — menghambat ekspresi gen yang mengkode AS dan
aktivitas enzim. Regulasi yang berlawanan dari jalur yang bersaing ini membantu
menyeimbangkan metabolisme karbon dan nitrogen pada tanaman (Lam et al. 1996).
Kondisi energi yang cukup (mis., Tingkat cahaya dan karbohidrat yang tinggi)
merangsang GS dan GOGAT, menghambat AS, dan dengan demikian mendukung
asimilasi nitrogen menjadi glutamin dan glutamat, senyawa yang kaya karbon dan
berpartisipasi dalam sintesis bahan tanaman baru.

Sebaliknya, kondisi terbatas energi menghambat GS dan GOGAT,

merangsang AS, dan dengan demikian mendukung asimilasi nitrogen menjadi
asparagin, senyawa yang kaya akan nitrogen dan cukup stabil untuk transportasi jarak
jauh atau penyimpanan jangka panjang.

FIXASI NITROGEN BIOLOGIS

Fiksasi nitrogen biologis bertanggung jawab atas sebagian besar fiksasi N2

atmosfer menjadi amonium, sehingga mewakili titik masuk utama nitrogen molekul
ke dalam siklus biogeokimia nitrogen (lihat Gambar 12.1). Pada bagian ini kita akan
menjelaskan sifat-sifat enzim nitrogenase yang mengikat nitrogen, hubungan
simbiosis antara organisme pengikat nitrogen dan tanaman tingkat tinggi, struktur
khusus yang terbentuk pada akar ketika terinfeksi oleh bakteri pengikat nitrogen, dan
interaksi genetik dan pensinyalan yang mengatur fiksasi nitrogen oleh prokariota
simbiotik dan inangnya.
Bakteri Bebas-Hidup dan Simbiotik Memperbaiki Nitrogen

Beberapa bakteri, seperti yang dinyatakan sebelumnya, dapat mengubah

nitrogen atmosfer menjadi amonium (Tabel 12.2). Sebagian besar prokariota pengikat
nitrogen ini hidup bebas di tanah. Beberapa bentuk asosiasi simbiotik dengan
tanaman yang lebih tinggi di mana prokariota secara langsung menyediakan tanaman
inang dengan nitrogen tetap sebagai pengganti nutrisi dan karbohidrat lainnya (bagian
atas Tabel 12.2). Simbiosis semacam itu terjadi pada nodul yang terbentuk pada akar
tanaman dan mengandung bakteri pengikat nitrogen.

Jenis simbiosis yang paling umum terjadi antara anggota keluarga tanaman
Leguminosae dan bakteri tanah dari genera Azorhizobium, Bradyrhizobium,
Photorhizobium, Rhizobium, dan Sinorhizobium (secara kolektif disebut rhizobia;
Tabel 12.3 dan Gambar 12.8). Jenis simbiosis lain yang umum terjadi antara beberapa
spesies tanaman berkayu, seperti pohon alder, dan bakteri tanah dari genus Frankia.
Jenis lain masih melibatkan ramuan Amerika Selatan Gunnera dan pakis air kecil
Azolla, yang membentuk asosiasi dengan cyanobacteria Nostocand Anabaena,
masing-masing (lihat Tabel 12.2 dan Gambar 12.9).

Fiksasi Nitrogen Membutuhkan Kondisi Anaerob

Karena oksigen secara ireversibel menonaktifkan enzim nitrogenase yang

terlibat dalam fiksasi nitrogen, nitrogen harus diperbaiki dalam kondisi anaerob.
Demikianlah masing-masing nitro266 organisme pengikat gen yang tercantum dalam
Tabel 12.2 dapat berfungsi dalam kondisi anaerob alami atau dapat menciptakan
lingkungan anaerob internal dengan adanya oksigen.

TABEL12.2 Contoh organisme yang dapat melakukan fiksasi nitrogen

Pada cyanobacteria, kondisi anaerob dibuat dalam sel khusus yang disebut
heterocysts (lihat Gambar 12.9). Heterokista adalah sel berdinding tebal yang
berdiferensiasi saat cyanobacteria berfilamen kehilangan NH4 +. Sel-sel ini
kekurangan fotosistem II, fotosistem penghasil oksigen kloroplas (lihat Bab 7),
sehingga tidak menghasilkan oksigen (Burris 1976). Heterokista tampaknya mewakili
adaptasi untuk fiksasi nitrogen, dalam arti mereka tersebar luas di antara
cyanobacteria aerobik yang mengikat nitrogen.

TABEL12.3 Hubungan antara tanaman inang dan rhizobia

Cyanobacteria yang kekurangan heterocyst dapat memperbaiki nitrogen hanya

di bawah kondisi anaerob seperti yang terjadi di lahan banjir. Di negara-negara Asia,
cyanobacteria pengikat nitrogen dari tipe heterocyst dan nonheterocyst adalah cara
utama untuk mempertahankan pasokan nitrogen yang memadai di tanah sawah.
Mikroorganisme ini memperbaiki nitrogen ketika ladang dibanjiri dan mati saat
ladang mengering, melepaskan nitrogen tetap ke tanah. Sumber penting nitrogen lain
yang tersedia di sawah yang tergenang adalah pakis air Azolla, yang berasosiasi
dengan cyanobacterium Anabaena. Asosiasi Azolla-Anabaena dapat memperbaiki
nitrogen atmosferik sebanyak 0,5 kg per hektar per hari, tingkat pemupukan yang
cukup untuk mencapai hasil padi sedang.

GAMBAR 12.8 Nodul akar pada kedelai. Nodul adalah hasil infeksi oleh Rhizobium
japonicum. (© Wally Eberhart / Visuals Unlimited.)

Bakteri yang hidup bebas yang mampu memperbaiki nitrogen adalah aerobik,
fakultatif, atau anaerob (lihat Tabel 12.2, bawah):

• Bakteri pengikat nitrogen aerob seperti Azotobacter diperkirakan mempertahankan

kondisi oksigen yang berkurang (kondisi mikroaerob) melalui tingkat tingginya
respirasi (Burris 1976). Yang lain, seperti Gloeothece, mengembangkan O2 secara
fotosintesis pada siang hari dan memperbaiki nitrogen pada malam hari.

• Organisme fakultatif, yang mampu tumbuh di bawah kondisi aerob dan anaerob,
umumnya memperbaiki nitrogen hanya di bawah kondisi anaerob.

• Untuk bakteri pengikat nitrogen anaerob, oksigen tidak menimbulkan masalah,

karena tidak ada di habitatnya. Organisme anaerob ini dapat berupa fotosintesis (mis.,
Rhodospirillum), atau nonfotosintesis (mis., Clostridium).

Fiksasi Nitrogen Simbiotik Terjadi pada Struktur Khusus

Prokariota pengikat nitrogen simbiotik tinggal di dalam nodul, organ khusus

inang tanaman yang membungkus bakteri pengikat nitrogen (lihat Gambar 12.8).
Dalam kasus Gunnera, organ-organ ini adalah kelenjar batang yang ada yang
berkembang secara independen dari simbion. Dalam kasus legum dan tanaman
aktinorhizal, bakteri pengikat nitrogen menginduksi tanaman untuk membentuk nodul
akar.

Rumput juga dapat mengembangkan hubungan simbiotik dengan organisme

pengikat nitrogen, tetapi dalam asosiasi ini nodul akar tidak diproduksi. Sebaliknya,
bakteri pengikat nitrogen tampaknya menjajah jaringan tanaman atau jangkar ke
permukaan akar, terutama di sekitar zona perpanjangan dan rambut akar (Reis et al.
2000). Sebagai contoh, bakteri pengikat nitrogen Acetobacter diazotrophicuslives
dalam apoplast jaringan batang di tebu dan dapat menyediakan inangnya dengan
nitrogen yang cukup untuk memberikan kebebasan dari pemupukan nitrogen (Dong
et al. 1994). Potensi untuk menerapkan Azospirillum pada jagung dan biji-bijian
lainnya telah dieksplorasi, tetapi Azospirillum tampaknya memperbaiki sedikit
nitrogen ketika dikaitkan dengan tanaman (Vande Broek dan Vanderleyden 1995).
GAMBAR 12.9 Aheterocyst dalam filamen dari cyanobacterium Anabaena pengikat
nitrogen. Heterocyst berdinding tebal, bersinggungan di antara sel-sel vegetatif,
memiliki lingkungan dalam anaerob yang memungkinkan cyanobacteria untuk
mengikat nitrogen dalam kondisi aerob. (© Paul W. Johnson / Layanan Foto
Biologis.)

Legum dan tanaman aktinorhizal mengatur permeabilitas gas dalam nodulnya,

mempertahankan tingkat oksigen dalam nodul yang dapat mendukung respirasi tetapi
cukup rendah untuk menghindari inaktivasi nitrogenase (Kuzma et al. 1993).
Permeabilitas gas meningkat dalam cahaya dan berkurang di bawah kekeringan atau
saat terpapar nitrat. Mekanisme untuk mengatur permeabilitas gas belum diketahui.
Nodul mengandung protein heme pengikat oksigen yang disebut leghemoglobin.
Leghemoglobin hadir dalam sitoplasma sel nodul yang terinfeksi pada konsentrasi
tinggi (700 μM benjolan kedelai kedelai) dan memberikan warna merah muda pada
nodul. Tanaman inang menghasilkan bagian globin dari leghemoglobin sebagai
respons terhadap infeksi oleh bakteri (Marschner 1995); simbion bakteri
menghasilkan bagian heme. Leghemoglobin memiliki afinitas yang tinggi terhadap
oksigen (satu Km sekitar 0,01 μM), sekitar sepuluh kali lebih tinggi dari rantai β
hemoglobin manusia. Walaupun leghemoglobin pernah dianggap sebagai penyangga
oksigen nodul, penelitian terbaru menunjukkan bahwa ia hanya menyimpan oksigen
yang cukup untuk mendukung respirasi nodul selama beberapa detik (Denison dan
Harter 1995). Fungsinya untuk membantu mengangkut oksigen ke sel-sel bakteri
simbiotik yang bernafas dengan cara yang analog dengan hemoglobin yang
mengangkut oksigen ke jaringan pernapasan pada hewan (Ludwig dan de Vries
1986).

Membangun Simbiosis Membutuhkan Pertukaran Sinyal

Simbiosis antara kacang-kacangan dan rhizobia tidak wajib. Bibit legum

berkecambah tanpa ada hubungan dengan rhizobia, dan mereka mungkin tetap tidak
berhubungan sepanjang siklus hidup mereka. Rhizobia juga muncul sebagai
organisme yang hidup bebas di tanah. Namun, dalam kondisi terbatas nitrogen,
simbion saling mencari melalui pertukaran sinyal yang rumit. Pensinyalan ini, proses
infeksi selanjutnya, dan pengembangan nodul yang memperbaiki nitrogen melibatkan
gen spesifik baik pada inang maupun simbion.

Gen tanaman yang spesifik untuk nodul disebut gen nodulin (Nod); gen
rhizobial yang berpartisipasi dalam pembentukan nodul disebut gen nodulasi (nod)
(Heidstra dan Bisseling 1996). Gen nod diklasifikasikan sebagai gen nod umum atau
nodgen khusus inang. Noden umum — nodA, nodB, dan nodC — ditemukan pada
semua strain rhizobial; nodgen khusus host — seperti nodP, nodQ, dan nodH; atau
anggukan, angguk, dan angguk — berbeda di antara spesies rhizobial dan tentukan
kisaran inangnya. Hanya satu dari gen nod, nodD pengatur, yang diekspresikan secara
konstitutif, dan seperti yang akan kami jelaskan secara terperinci, produk proteinnya
(NodD) mengatur transkripsi gen nod lainnya.

Tahap pertama dalam pembentukan hubungan simbiotik antara bakteri

pengikat nitrogen dan inangnya adalah migrasi bakteri ke akar tanaman inang.
Migrasi ini merupakan respons kemotaksis yang dimediasi oleh zat kimia, terutama
(iso) flavonoid dan betain, yang disekresikan oleh akarnya. Penarik ini mengaktifkan
protein NodD rhizobial, yang kemudian menginduksi transkripsi gen nod lainnya
(Phillips dan Kapulnik 1995). Wilayah promotor dari semua operon nod, kecuali
nodd, berisi urutan yang sangat dikonservasi yang disebut kotak nod. Mengikat NodD
yang diaktifkan ke nodbox menginduksi transkripsi dari nodgen lain.

Nod Factors Diproduksi oleh Bacteria Bertindak sebagai Sinyal untuk Simbiosis

Noden diaktifkan oleh kode NodD untuk protein nodulasi, yang sebagian
besar terlibat dalam biosintesis faktor Nod. Nod Factor adalah molekul sinyal
lipochitin oligosaccharide, yang semuanya memiliki chitin β-1 → 4-backbone
Nacetyl-D-glucosamine (bervariasi panjangnya dari tiga hingga enam unit gula) dan
rantai asil lemak pada posisi C-2 dari gula tidak berkurang (Gambar 12.10).

Tiga enzim enkode (nodA, nodB, dan nodC) (NodA, NodB, dan NodC,
masing-masing) yang diperlukan untuk mensintesis struktur dasar ini (Stokkermans et
al. 1995):

1. NodA adalah N-asiltransferase yang mengkatalisis penambahan rantai asil lemak.

2. NodB adalah deasetilase kitin-oligosakarida yang menghilangkan gugus asetil dari

gula yang tidak tereduksi terminal.

GAMBAR 12.10 Faktor nod adalah oligosakarida lipochitin. Rantai asam lemak
biasanya memiliki 16 hingga 18 karbon. Jumlah bagian tengah yang berulang (n)
biasanya 2 sampai 3. (Setelah Stokkermans et al. 1995.)