Protein susu dapat diklasifikasikan menjadi 3 kelas utama: Milk Fat Globule Membrane
(MFGM), kasein, dan protein whey. Kasein merupakan jenis protein pada susu yang tidak
larut dalam air dan akan mengendap, sedangkan protein whey adalah jenis protein pada susu
yang larut dalam air. Gumpalan lemak susu dikelilingi oleh membran yang komponen
penyusun utamanya terdiri dari protein, fosfolipid, glikoprotein, trigliserida, kolesterol, dan
enzim. Membran ini dikenal sebagai milk fat globule membrane (MFGM) dan terdiri dari
beberapa lapisan asal yang berbeda. Protein MGFM memiliki manfaat fisiologis tertentu,
yang meliputi sebagai agen pengemulsi alami, mencegah flokulasi dan penyatuan gumpalan
lemak, dan melindungi lemak terhadap aktivitas enzim. Penyusun protein MFGM terbesar
adalah MUC1 yang memiliki berat molekul sekitar 162 kDa dan membentuk 0,78% dari total
protein. Mather (2000) menemukan berat molekul CD36 dalam susu sapi berada di kisaran 75
dan 88 kDa, sedangkan Zamora et al. (2009) menemukan bahwa berat molekul CD36 pada
kambing sekitar 83 kDa. Persentase protein BTN dalam sapi tergantung pada variasi dalam
protein MFGM.
Jumlah kasein pada hewan ternak seperti kambing cenderung rendah dan pada fraksi
kasein, jumlah α-casein lebih rendah dibandingkan jumlah β-casein. Kasein sendiri terdiri
atas misel dalam suspensi. Protein whey terdiri dari immunoglobin, α-lactalbumin,
lactoferrin, β-lactoglobin, serum albumin, dan lactoperoxidase. Jenis protein whey tertentu
dapat menunjang kesehatan dan menurunkan risiko penyakit. Ketika protein whey digunakan
dalam asupan makanan, zat tersebut meningkatkan aktivitas antimicrobial, modulator imun,
dan kekuatan otot. Zat-zat tersebut juga dapat menunda dan/atau membantu penyembuhan
penyakit seperti osteoporosis, penyakit jantung, obesitas, dan kanker.