Nama: Florencia Irena K

NPM: 260110160122

Quiz TDR – Matakuliah Bioteknologi

1. Jelaskan apa yang dimaksud dengan TDR

Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik penggabungan DNA dari spesies yang
berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru dengan sifat-sifat yang diinginkan. Sejak
dunia penelitian memfokuskan genetik pada gen, tujuan dasar dari laboratrorium genetik
adalah mengisolasi, mengkarakterisasi dan rekayasa gen.

2. Apa yang dimaksud dengan vektor cloning dan vektor ekspresi

 Vektor Kloning
Agen pembawa fragmen DNA masuk ke dalam sel makhluk hidup yang berfungsi
untuk memperbanyak fragmen DNA. Beberapa vektor kloning yang umum
digunakan adalah plasmid, vektor lamda, virus, kromosom bakteri buatan,
kromosom khamir buatan, dan cosmid. Suatu vektor kloning harus dapat
disambungkan atau menyatu dengan fragmen DNA yang ingin ditransfer kemudian
dapat dimasukkan ke dalam sel. Di dalam sel tersebut, fragmen DNA akan
diperbanyak jumlahnya. Untuk memilih vektor kloning yang cocok dalam
penelitian, beberapa hal yang harus dipertimbangkan adalah ukuran fragmen DNA
yang akan ditransfer, jumlah salinan, inkompatibilitas (ketidaksesuaian), marka
pemilihan (selectable marker) untuk seleksi, situs kloning, dan fungsi khusus dari
suatu vektor.
 Vektor Ekspresi
Salah satu teknik yang digunakan untuk mempelajari fungsi protein. Pada teknik
ini, potongan DNA penyandi protein yang diinginkan ditransplantasikan ke suatu
plasmid (DNA sirkular yang biasanya ditemukan pada bakteri; dalam teknik ini,
plasmid disebut sebagai vektor ekspresi). Plasmid yang telah mengandung
potongan DNA yang diinginkan tersebut kemudian dapat disisipkan ke dalam sel
bakteri atau sel hewan. Penyisipan DNA ke dalam sel bakteri disebut transformasi,
 dan dapat dilakukan dengan berbagai metode, termasuk elektroporasi, mikroinjeksi
dan secara kimia. Penyisipan DNA ke dalam sel eukaryota, misalnya sel hewan,
disebut sebagai transfeksi, dan teknik transfeksi yang dapat dilakukan termasuk
transfeksi kalsium fosfat, transfeksi liposom, dan dengan reagen komersial. DNA
dapat pula dimasukkan ke dalam sel dengan menggunakan virus (disebut transduksi
viral). Setelah penyisipan ke dalam sel, protein yang disandi oleh potongan DNA
tadi dapat diekspresikan oleh sel bersangkutan.

3. Jelaskan fenomena koloni putih dan biru pada hasil transformasi DNA rekombinan yang
menggunakan pGEM-T!
Penyeleksian dengan hasil biru putih (blue-white screening) merupakan metode
yang digunakan untuk memisahkan sel mengandung plasmid rekombinan dengan sel
mengandung plasmid tanpa insert. Seleksi biru putih ini dilakukan untuk mencari tahu
keberhasilan proses ligasi atau keberadaan DNA sisipan. Metode ini menggunakan media
yang mengandung X-gal dan IPTG (Isopropyl Thiogalactoside atau isopropyl beta-D-
thiogalactopyranoside). Transforman yang kemudian dihasilkan ada yang berwarna biru
dan putih, adanya warna biru karena senyawa X-gal dalam medium.
Hasil transformasi dinyatakan berhasil apabila terlihat bahwa koloni berwarna
putih terbentuk pada cawan dengan penambahan X-gal dan IPTG X-gal adalah molekul
yang mirip galaktosa, sedangkan IPTG merupakan inducer enzim β-galaktosidase. Jika
proses ligasi atau penyambungan fragmen DNA tidak berhasil ditandai dengan warna
koloni berwarna biru. Jika koloni berwarna biru artinya proses transformasi yang dilakukan
tidak berhasil hal ini dapat terjadi karena ukuran insert terlalu kecil sehingga tidak mampu
membuat gen lac-Z terinaktifasi atau posisi sisipan yang tidak tepat, dan insert yang diklon
bersifat toksik bagi sel bakteri.

4. Jelaskan komponen transkripsi dan translasi

 Komponen transkripsi adalah promoter, terminator, dan RNA polymerase
 Komponen translasi adalah mRNA, tRNA, asam amino, ribosom sub unit besar dan
kecil, enzim peptidil transferase, dan enzim deasilase.
  Enzim yang berperan dalam transkripsi RNA polimerase
1. Pada Prokaryotik: hanya memiliki satu RNA polimerase,sintesis mRNA, r
RNA, dan tRNA transkripsi dan translasi berpasangan
2. Pada Eukaryotik: memiliki tiga RNA polimerase
a. RNA polimerase I: sintesis rRNA
b. RNA polimerase II: sintesis mRNA
c. RNA polimerase III: sintesis tRNA dan 5S rRNA
 mRNA ditranslasi di dalam ribosom dengan menggunakan tRNA sebagai molekul
adaptor
1. Sekuen nukleotida dibaca setiap 3 basa (Setiap triplet atau 3 basa tersebut disebut
kodon)
2. Setiap kodon mengkode asam amino
3. Setiap asam amino bisa dikode oleh satu atau lebih kodon
4. Sejumlah 64 kodon yang mungkin diekspresikan menjadi asam amino tertentu
disebut kode genetic
5. Kode genetik menghasilkan 20 asam amino yang berbeda

5. Jelaskan syarat komponen transkripsi dan translasi pada vektor ekspresi

 Promotor kuat: T7 Promotor
 Terminator kuat: T7 Terminator
 Rbs kuat
 Komponen transkripsi adalah promotor, situs inisiasi, transkripsi dan terminator
 Komponen translasi adalah mRNA, tRNA, asam amino, ribosom sub unit besar dan
kecil

6. Jelaskan strategi untuk mendapatkan protein rekombinan yang murni dengan Histaq pada
vektor ekspresi
Terdapat 3 strategi yang digunakan:
a. Ekspresi vektor dengan sebuah promotor yang kuat. Dengan lebih banyak mRNA
akan menghasilkan lebih banyak protein
b. 1. Vektor ekspresi dengan sebuah promoter yang diinduksi.
 2. Oleh protein luar ketika ekspresi berlebihan dapat menjadi racun
3. Menjaga ekspresi gen berhenti sampai waktunya untuk terjadi ekspresi.
 Obat – inducible
 Pemanasan – inducible
c. Vektor ekspresi dengan sebuah fusi penanda afinitas untuk pemurnian.
 6 penanda histidin
 Glutation penanda histidine
 Maltosa pengikat protein

7. Jelaskan mekanisme kerja Lac operon dan bagaimana sistem ini diadopsi pada pada vektor
ekspresi
Operon laktosa terdiri atas 3 gen structural utama yaitu gen lac Z mengkode enzim
β-galaktosidase yang menghasilkan dua monosakarida yaitu glukosa dan galaktosa, gen lac
Y mengkode permease galaktosida, yaitu enzim yang berperan dalam pengangkutan
laktosa dari luar ke dalam sel, dan gen lac A mengkode enzim transasetilase thiogalaktosida
yang perannya belum diketahui secara jelas. Ketiga gen struktural tersebut dikendalikan
ekspresinya oleh satu promoter yang sama dan menghasilkan satu mRNA yang bersifat
polisistronik. Selain ketiga gen structural tersebut, juga terdapat gen regulator lac I yang
mengkode suatu protein repressor dan merupakan bagian sistem pengendalian operon
laktosa.
Gen untuk ß-galaktosidase merupakan bagian dari sebuah operon,
operon lac (lac untuk metabolism laktosa), yang mencakup dua gen lain yang mengkode
protein yang berfungsi di dalam metabolisme laktosa. Keseluruhan unit transkripsi ini
berada di bawah perintah satu operator dan satu promoter. Gen pengatur, lacl, terletak di
luar operon, mengkode protein repressor alosterik yang dapat mengubah operon lac ke
keadaan off dengan cara mengikatkan diri pada operator. Dalam keadaan ini, suatu molekul
kecil yang spesifik, disebut induser, menginaktifkan represor. Untuk operon lac,
indusernya adalah alolaktosa, sebuah isomer dari laktosa yang terbentuk dalam jumlah
kecil dari laktosa yang masuk ke dalam sel.