2.

DASAR TEORI
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) merupakan asam nukleotida, biasanya
memiliki bentuk heliks ganda, berfungsi untuk menentukan perkembangan biologis dari
seluruh bentuk kehidupan sel, yang sangat berperan penting sebagai pembawa informasi
genetik yang menentukan stuktur protein dan proses metabolisme lain. DNA sering kali
di sebut sebagai molekul hereditas karena bertanggung jawab untuk penurunan sifat
genetik dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini misalnya dari
warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Selama pembelahan sel, DNA di
replikasi dan dapat diwariskan pada keturunan selanjutnya selama reproduksi
(Campbell, 2002) dan telah banyak dilakukan isolasi DNA yang bertujuan untuk
mengembangkan ilmu pengetahuan terutama dalam ilmu Genetika. DNA tersusun atas 3
komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung
membentuk nukleotida (Istanti, 1999).
Dewasa ini telah banyak dilakukan isolasi DNA yang bertujuan dalam
mengembangkan ilmu pengetahuan terutama dalam ilmu Genetika. Isolasi DNA ini
dapat dilakukan dengan cara dan bahan sederhana, hingga dengan teknologi modern.
Isolasi  DNA  merupakan  tahap  pertama  dari  berbagai  teknologi  analis DNA yang
diperoleh dari kromosom inti maupun dari organel, yaitu mitokondria dan kloroplas.
Langkah-langkah yang diperlukan terdiri dari pemecahan membran
sel dan  membran  inti  yang  dilanjutkan  dengan  pemisahan  DNA  dari  berbagi
komponen  sel  lain.  Isolat  DNA  harus  dijaga  agar  tidak  rusak  dan  didapatkan
dalam  bentuk  rantai  yang  panjang  (Fatchiyah  et  al. 2011). Mengenai hal ini, pada
dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dari berbagai sumber, antara lain organ manusia,
darah, daun, daging buah, kalus, akar batang, daging dan sisik ikan. Setelah dilakukan
isolasi, biasanya DNA akan dielektroforesis.
Hasil  isolasi  DNA dapat berupa DNA genom, yaitu keseluruhan DNA yang
terdapat dalam suatu sel atau DNA fragmen, keduanya dapat digunakan untuk analisis
molekuler lanjutan. Tujuan dari isolasi yaitu menghasilkan DNA yang berkualitas serta
dapat diukur konsentrasi  dan  tingkat  kemurniannya.  DNA yang  berkualitas  memiliki
kontaminan yang rendah dan dapat tervisualisasi pada saat elektroforesis (Doyle. 1990).
 Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan
perbedaan ukuran.  Elektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai saat
ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler (Magdeldin, 2012). Elektroforesis
berasal dari bahasa Yunani yang mempunyai arti transport atau perpindahan melalui
partikel-partikel listrik. Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang
didasarkan pada pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik
(titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul (Titrawani, 1996).
Pemisahan dilakukan berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan
muatan listrik yang dikandung oleh makro-molekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan
pada suatu medium penyangga yang telah berisi protein plasma maka
komponenkomponen protein tersebut akan mulai bermigrasi (Ricardson dkk. 1986).
Pola protein tertentu dari satu spesies hewan berbeda, secara elektroforesis
akan memperlihatkan pola protein yang berbeda pula pada hewan lainnya. Faktor
tersebutlah yang menyebabkan pola protein dapat digunakan untuk membedakan
spesies hewan. Perbedaan pola protein inilah yang seringkali digunakan sebab untuk
membedakan populasi secara tepat kadangkala tidak dapat dilakukan apabila hanya
menggunakan pengamatan melalui morfologis saja. Fenomena ini pula yang
menyebabkan metode elektroforesis banyak dilakukan untuk pengamatan taksonomi,
sistematik dan genetik serta untuk mengindentifikasi spesies hewan maupun tumbuhan
(bio-sistematik). Dapat pula digunakan untuk melihat phylogenetic reconstruction
(rekonstruksi secara Filogenetik) dari suatu jenis hewan atau tumbuhan (Rianti, 2001).
Teknik elektroforesis dapat dibedakan menjadi dua cara, yaitu : elektroforesis
larutan dan elektroforesis daerah. Pada teknik elektroforesis larutan, larutan penyangga
yang mengandung makro-molekul ditempatkan dalam suatu kamar tertutup dan dialiri
arus listrik. Kecepatan migrasi dari makro-molekul diukur dengan jalan melihat
terjadinya pemisahan dari molekul (terlihat seperti pita) di dalam pelarut. Sedangkan
teknik elektroforesis daerah adalah menggunakan suatu bahan padat yang berfungsi
sebagai media penunjang yang berisi (diberi) larutan penyangga. Media penunjang yang
biasa dipakai adalah gel agarose, gel pati, dan kertas sellulose poliasetat (David, 2009).
Campbell, N.A., J. B. Reece & L. G. Mitchell. 2002. BIOLOGI. Ed ke-5. Erlangga :
Jakarta.
David G. Watson. 2009. Analisis Farmasi. Jakarta : EGC
Doyle. 1990. E. Laras, Sri Widyarti, Sri Rahayu. 2011. Biologi Molekuler Prinsip
Dasar Analisis.Penerbit Erlangga. Jakarta.
Fatchiyah, Arumingtyas Laras. E, Widyarti Sri, dan Rahayu Sri. 2011. Biologi
Molekular Prinsip Dasar Analis. Erlangga. Jakarta

Istanti, Annie; Prasetyo, Triastono I. dan Dwi Listyorini. 1999. Biologi Sel. Malang:
FMIPA UM.
Magdeldin, S., 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. Rijeka, Croatia:
InTech Publisher.

Pratiwi, Rianta. 2001. MENGENAL METODE ELEKTROFORESIS. Volume XXVI,

Nomor 1, 2001 : 25 - 31. ISSN 0216 - 1877. Oseana.

Richardson, B. J, P. R. Baverstock and M. Adams 1986. Allozyme Electrophoresis. A

Handbook for Animal Systematics and Population Studies. Academic Press, Inc.
San Diego : 410 pp

Titrawani, 1996. Biodiversiti Kodok Genus Rana Ditijau dari Morfologi, Kariotip dan
Pola Protein di Kodya Sawahlunto. Bogor: Program Pasca Sarjana Institut
Pertanian Bogor.