1.

Munculnya dan epidemi pneumonia yang disebabkan oleh 2019-

nCoV
1.1. Identifikasi patogen dan penularan pneumonia
Pada 31 Desember 2019, kasus pneumonia pertama tidak diketahui
etiologi dilaporkan di Kota Wuhan, Provinsi Hubei, Cina. Di
untuk mengidentifikasi etiologi, sejumlah kemungkinan etiologi
agen dikesampingkan, termasuk sindrom pernapasan akut Parah
coronavirus (SARS-CoV), sindrom pernapasan Timur Tengah
coronavirus (MERS-CoV), virus avian influenza, dan lainnya
patogen pernapasan umum. Akhirnya, coronavirus baru,
bernama sementara 2019-nCoV, diidentifikasi sebagai patogen
bertanggung jawab atas penyakit, dan diumumkan oleh World Health
Organisasi (WHO) pada 12 Januari [3]. Pada 11 Januari 2020, 41
kasus pneumonia didiagnosis, termasuk tujuh kasus parah dan
satu kematian [2]. Saat itu, tidak ada bukti orang-toperson
transmisi menurut literatur ilmiah. Pertama
Acara "super-penyebaran" menjadi ciri khas epidemiologi
penyakit. Pada 20 Januari 2020, dalam investigasi epidemiologis,
dua infeksi lokal pada pasien yang terinfeksi oleh 2019-nCoV
tanpa kunjungan fisik ke Wuhan dilaporkan di Guangdong
Provinsi, yang mengkonfirmasi terjadinya manusia-ke-manusia
transmisi [4]. Kemudian, 14 staf medis terinfeksi oleh 2019-nCoV dari
pasien lebih lanjut mengkonfirmasi penularan dari manusia ke manusia [5]. Di
21 Januari 2020, WHO mengumumkan bahwa 2019-nCoV dimungkinkan
berkelanjutan melalui penularan dari manusia ke manusia, memperingatkan
publik untuk mengambil langkah-langkah perlindungan diri [3]. Yang pertama dari banyak
kasus,
penyakit ini dengan cepat terbukti menyebabkan epidemi [6]. Karena
transmisibilitas tinggi 2019-nCoV, yang dimiliki pemerintah Cina
mengambil tindakan cepat dan berbagai langkah untuk menangani epidemi,
mencoba untuk mencegah penyebaran wabah dan untuk merawat pasien. Peneliti
berusaha keras untuk memahami asal dan patofisiologi
coronavirus novel ini, dan telah diuji
beberapa obat untuk menyaring terapi yang efektif.
1.2. Situasi epidemi saat ini
Sampai 6 Februari 2020, dikonfirmasi kasus pneumonia 2019-nCoV
meningkat dengan kecepatan yang mengkhawatirkan di Cina. Pada 5 Februari,
ada 24.377 kasus yang dikonfirmasi di Cina daratan, termasuk
492 kematian, 3219 kasus parah, dan 901 kasus sembuh [6]. Kematian itu
tingkat sekitar 2%. Selain itu, 175 kasus infeksi 2019-nCoV
dikonfirmasi di 24 negara lain di seluruh dunia. Yang khas
Peristiwa selama wabah 2019-nCoV dirangkum dalam Tabel 1.
Periode dari akhir Desember 2019 hingga Januari 2020 adalah
Waktu liburan Festival Musim Semi di Tiongkok. Meskipun pemerintah
mengeluarkan perintah untuk mengendalikan aliran orang, penyakit

Gambar 1. Posisi evolusi 2019-nCoV. Pohon filogenetik dibangun berdasarkan urutan genom
lengkap 2019-nCoV dan CoV terkait dengan menggunakan
metode tetangga-bergabung (NJ) dengan 1000 bootstrap. Novel 2019-nCoV yang terdeteksi
strain diindikasikan dalam huruf tebal dengan kotak padat. Singkatan adalah sebagai berikut:
SARSr coronavirus,
Coronavirus terkait SARS. Nomor aksesi CoV ditunjukkan pada gambar. Nilai bootstrap di atas
50 ditampilkan.

menyebar dengan cepat ke kota-kota lain karena pembawa asimptomatik

[7e9].
1.3. Tindakan pencegahan
Untuk menghadapi epidemi 2019-nCoV, pusat dan daerah
pemerintah China mengambil serangkaian langkah drastis. Pertama-tama,
Otoritas kesehatan Tiongkok melakukan penyelidikan segera
untuk mengkarakterisasi dan mengendalikan penyakit, termasuk isolasi yang dicurigai
pasien, pemantauan status kontak klinis pasien,
dan mengembangkan prosedur diagnostik dan perawatan [5]. Tambahan,
pada 23 Januari 2020, pemerintah lokal Wuhan
mengumumkan penangguhan transportasi umum, menutup bandara,
stasiun kereta api, dan jalan raya di kota, untuk mencegah
penularan penyakit lebih lanjut [10]. Selanjutnya, sebagian besar provinsi di Indonesia
China mengklaim "Tanggap Darurat Tingkat I" dengan mengambil serangkaian
langkah-langkah seperti menangguhkan transportasi umum dan mengatur
karantina masyarakat. Khususnya, daftar tingkat pertama
rumah sakit yang ditunjuk diumumkan, dan pencegahan epidemi
pelatihan untuk staf medis primer telah dimulai. Karena demam adalah salah satunya
gejala klinis khas infeksi, deteksi suhu
personil yang masuk dan keluar diimplementasikan secara komprehensif
di stasiun kereta api, stasiun penumpang dan tempat umum lainnya,
untuk menyaring dugaan kasus sedini mungkin. Di
Selain itu, banyak tindakan wajib lainnya yang membatasi populasi
mobilitas, seperti pembatalan pertemuan massal, penutupan sekolah,
pengaturan kerja-dari-rumah, diambil untuk mengurangi populasi dalam
tarif kontak.
2. Gejala epidemiologis dan klinis 2019-nCoV
2.1. Virus korona manusia
Human coronaviruses (CoVs) dapat menyebabkan pernapasan, pencernaan,
penyakit sistem saraf hati dan pusat. Infeksi
hasil bervariasi dari yang ringan, penyakit yang sembuh sendiri, hingga yang lebih parah
manifestasi dan bahkan kematian [1,11]. Di antara tujuh manusia
CoVs, dua a-coronavirus (HCoV-229E dan HCoV-NL63) dan dua
b-coronavirus (HCoV-OC43 dan HCoV-HKU1) dianggap demikian
hanya menyebabkan penyakit pernapasan atas ringan yang sembuh sendiri, seperti
flu biasa pada host imunokompeten, kecuali untuk beberapa kasus
infeksi parah pada bayi, anak-anak dan manula [12,13]; yang lain
tiga CoV dapat menyebabkan penyakit pernapasan yang fatal. Pada tahun 2002, The Severe
coronavirus sindrom pernafasan akut (SARS-CoV) muncul di
Provinsi Guangdong, Cina, menyebar ke 37 negara, dan itu
epidemi global berikutnya dikaitkan dengan 8.096 kasus dan
774 kematian. Sepuluh tahun kemudian, coronavirus sindrom pernapasan Timur Tengah
(MERS-CoV) menyebar ke 27 negara, menyebabkan 2.494 terinfeksi
kasus dan 858 kematian di seluruh dunia [1]. Dan baru-baru ini diidentifikasi
novel coronavirus (2019-nCoV), adalah yang ketiga sangat patogen
CoV ditemukan, dengan mortalitas 2% yang jauh lebih rendah daripada
bahwa SARS-CoV (10%) dan MERS-CoV (37%) [6]. Namun demikian
transmisibilitas 2019-nCoV lebih tinggi, rata-rata R0 (R0 digunakan untuk
memperkirakan penularan virus) tahun 2019-nCoV berkisar dari
3,3 hingga 5,5, dan tampaknya (sedikit) lebih tinggi daripada SARS-CoV
(2e5) dan MERS-CoV (2.7e3.9) [14e16]. Tindakan pada entri ‘, keluar
dan skrining dan pembatasan perjalanan cenderung mengurangi
R0 efektif, yang seharusnya menguntungkan kontrol 2019-nCoV dan
pencegahan.
2.2. Gejala klinis infeksi 2019-nCoV
Gejala klinis infeksi 2019-nCoV mirip dengan
orang-orang dari SARS-CoV dan MERS-CoV. Kebanyakan pasien mengalami demam, kering
batuk, dispnea, dan kekeruhan ground-glass bilateral pada CT dada

pemindaian [4,17,18]. Namun, pasien dengan infeksi 2019-nCoV jarang

memiliki tanda dan gejala pernapasan atas yang jelas (seperti ingus,
bersin, atau sakit tenggorokan), menandakan bahwa virus tersebut terutama menginfeksi
saluran pernapasan bagian bawah [4,17]. Selain itu, sekitar 20e25% dari
Pasien 2019-nCoV mengalami gejala dan tanda-tanda usus
(seperti diare), mirip dengan MERS-CoV atau SARS-CoV [17]. Di parah
Kasus infeksi 2019-nCoV, gejalanya meliputi pernapasan akut
sindrom tekanan, syok septik, asidosis metabolik, dan
perdarahan dan disfungsi koagulasi. Perlu dicatat bahwa parah
dan pasien sakit kritis dapat mengalami demam sedang hingga rendah selama
perjalanan penyakit, bahkan tanpa demam yang jelas [3]. Selanjutnya,
seperti infeksi SARS-CoV dan MERS-CoV, 2019-nCoV mendorong produksi
tingkat sitokin yang tinggi [2,17].
Epidemi 2019-nCoV memiliki beberapa kesamaan dengan SARSCoV.
Wabah kedua virus terjadi hampir sama
waktu selama setahun, dan mereka cukup stabil di lingkungan,
terutama di ruang ber-AC, karena ambient yang lebih rendah
suhu dan kelembaban yang lebih rendah [19]. Namun, SARS-CoV punya
sifat menyimpang bahwa "viral load" dalam sekresi saluran pernapasan atas
rendah dalam 5 hari pertama sakit, kemudian meningkat secara progresif
dan memuncak di awal minggu kedua. Akibatnya,
tingkat penularan relatif rendah pada hari-hari pertama sakit,
memberikan kesempatan untuk deteksi kasus dan isolasi untuk menyela
transmisi. Sebaliknya, untuk 2019-nCoV, inkubasi
berlangsung selama rata-rata 10 hari (dalam rentang 2e14 hari yang dilaporkan)
dari infeksi hingga timbul gejala [2,4,17,20]. Evenworse, 2019-
nCoV dapat menyebar dari satu orang ke orang lain bahkan sebelum ada
manifestasi klinis aktual, yang mengarah ke "sangat menantang"
kondisi untuk mendeteksi dan mengisolasi pasien potensial, yang
membuatnya lebih sulit untuk mengendalikan epidemi.
2.3. Rute penularan penyakit
2019-nCoV diperkirakan ditransmisikan melalui tetesan, tutup
kontak, aerosol dan mungkin penularan tinja-oral, dan pasien di
periode inkubasi dapat menularkan virus ke orang lain [5].
Distribusi reseptor virus dapat menjelaskan patogen
mekanisme, manifestasi klinis dan rute transmisi
2019-nCoV [20,21]. ACE2, sebuah reseptor untuk 2019-nCoV, diperlukan untuk
masuknya virus 2019-nCoV. Ekspresi ACE2 yang ada di mana-mana di
berbagai sel, seperti sel AT2 paru, esofagus bagian atas, bertingkat
sel epitel, dan enterosit ileum dan kolon yang dapat menyerap
berkontribusi pada infeksi multi-jaringan 2019-nCoV [22]. Karena itu,
selain pernapasan dan kontak tubuh, penularan fecal-oral
adalah rute potensial untuk infeksi 2019-nCoV [23,24].
3. Fitur biologis dan
asal 2019-nCoV
3.1. Genomik tahun 2019-nCoV
Menurut analisis genom, 2019-nCoV milik Sarbecovirus
subgenus, genus Betacoronavirus dari Orthocoronavirinae subfamili
dalam keluarga Coronaviridae dari subordo
cornidovirineae dari ordo Nidovirales [20,26]. Begitu pula dengan yang lain
coronaviruses, 2019-nCoV adalah positif, berantai tunggal
merasakan RNA (þssRNA) dengan sekitar 29.900 nt, menunjukkan tipikal
Penampilan coronavirus di bawah mikroskop elektron [20]. Itu
organisasi genom adalah 50-pemimpin-UTR-replicase-S (Spike) -E (Envelope) -
M (Membrane) -N (Nucleocapsid) -30UTRpoly (A) berekor
gen aksesori diselingi dalam gen struktural dan 30
akhir genom [26].
2019-nCoV berbagi 79,5% identitas dengan SARS-CoV dan 96%
identitas dengan kelelawar-CoV-RaTG13 [20]. Karakteristik genetik
2019-nCoV berbeda secara signifikan dari SARSr-CoV dan SARSCoV,
yang terkait erat hanya dengan kelelawar spesifik seperti SARS
coronavirus, bat-CoV-RaTG13 dan bat-SL-CoVZC45, dengan 96%
dan 86,9% identitas urutan nukleotida, masing-masing [20].
Oleh karena itu 2019-nCoV dianggap sebagai coronavirus terkait SARS
(SARSr-CoV) dengan analisis urutan protein berpasangan (Gbr. 1) [20].
3.2. Penggunaan reseptor 2019-nCoV
Prasyarat virus corona yang menginvasi sel inang adalah untuk
mengikat reseptor. Setelah pengikatan reseptor, lonjakan virus
protein dibelah melalui proteolisis yang tergantung asam oleh cathepsin,
TMPRRS2 atau furin protease, diikuti oleh fusi amplop virus
ke membran sel. Spike adalah trimer besar, berbentuk cengkeh,
yang dapat dipecah oleh protease menjadi subunit S1 N-terminal
mengandung domain pengikat reseptor (RBD) dan terminal-C
Wilayah S2. Dibandingkan dengan protein coronavirus lainnya, lonjakan
protein memiliki urutan asam amino paling bervariasi yang dihasilkan
dari seleksi positif terkuat di antara semua gen coronavirus
untuk beradaptasi dengan inangnya [27]. RBD adalah penentu utama
kisaran inang dan transmisi lintas spesies. Hasil baru-baru ini
menunjukkan bahwa 2019-nCoV menggunakan reseptor entri sel yang sama, ACE2,
sebagai SARS-CoV [21,24,20,28]. Selain ACE2 manusia, 2019-nCoV bisa
gunakan kelelawar tapal kuda Cina, musang, atau babi ACE2 tetapi bukan ACE2 tikus
sebagai reseptor entri [24]. Satu penjelasan adalah bahwa ACE2 manusia memiliki
homologi tinggi dengan kelelawar tapal kuda Cina, musang, babi dan tikus,
masing-masing 80,75%, 83,48%, 81,37%, 82,11% (Tabel 2),
sedangkan residu 82 dan 353 ACE2 mouse berbeda dari
ACE2 manusia yang merupakan residu penting untuk mengikat lonjakan [29].
Tetapi homologi ACE2 manusia dan ACE2 trenggiling, adalah kucing ACE2
juga tinggi dengan 84,84% dan 85,22%. Homologi ACE2 manusia
dengan ACE2 lainnya bervariasi dari 59,73% hingga 83,23%. Singkatnya, 2019-
nCoV mungkin memiliki rentang host yang luas. Fig. 2.
3.3. Asal 2019-nCoV
Investigasi epidemiologis dari kasus awal 2019-nCoV
pneumonia menunjukkan bahwa banyak kasus telah terkena
Pasar Makanan Laut Huanan di Wuhan [2,24,20]. Selain itu, 33 dari
585 sampel lingkungan dari Pasar Makanan Laut Huanan adalah
positif untuk 2019-nCoV; Namun, pasar itu diperdagangkan beragam
hewan hidup, seperti landak, luak, ular, dan burung
(Turtledoves), mungkin trenggiling, tetapi bukan kelelawar [24,30]. Jadi, kelelawar
cenderung memiliki kontak langsung dengan manusia, dan langsung
penularan virus dari kelelawar ke manusia tidak mungkin [1].
Memang, SARS-CoV dan MERS-CoV berasal dari kelelawar, alami
reservoir, tetapi ditransmisikan ke manusia melalui inang perantara
musang dan unta, masing-masing. Karena itu, 2019-nCoV juga dapat
berasal dari kelelawar tetapi kemudian ditransmisikan ke manusia melalui
host perantara di pasar [31e35]. Saat ini, 2019-nCoV
telah diisolasi dari trenggiling dan ditemukan bahwa
seuqensi genomik dari strain terisolasi memiliki 99% identitas dengan itu
manusia yang terinfeksi 2019-nCoV saat ini. Telah diusulkan
bahwa jalur transmisi dan evolusi 2019-nCoV berasal dari
bat-CoV ke trenggiling (host perantara), dari tempat itu
manusia yang terinfeksi [36].
4. Diagnosis dan perawatan
Diagnosis coronavirus tidak diperlukan dalam kebanyakan kasus selflimited
infeksi, karena sebagian besar pasien memiliki ringan atau sedang
sindrom dengan prognosis yang baik. Namun, mungkin penting untuk
mengidentifikasi agen etiologi dalam studi epidemiologi, khususnya
selama wabah epidemi. Sejak 2019-nCoV belum
ditemukan sebelumnya pada manusia, tidak ada vaksin atau perawatan khusus
untuk sejauh ini. Jumlah kasus meningkat dengan cepat, bahkan di bawah
darurat kesehatan masyarakat saat ini. Jadi, mendiagnosis semuanya