MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

APLIKASI PCR

Dosen Pembimbing :
Anita Dwi A,S.ST,M.Si

Disusun oleh :
Kelompok 5
Adhistantia Krisandy P (P27834018004)
Hidayatur Romdhoniyah (P27834018023)
Thalia Widanti Dewi Rahmani (P27834018029)
Rahmala Hadi Esaputri (P27834018033)
Tasya Syafira S. W. (P27834018051)

PROGRAM STUDI DIPLOMA 3 ANALIS KESEHATAN

POLITEKNIK KESEHATAN KEMENTRIAN KESEHATAN SURABAYA
TAHUN PELAJARAN 2019/2020
 KATA PENGANTAR

Dengan menyebut nama Allah SWT yang Maha Pengasih lagi Maha Penyayang,
Kami panjatkan puja dan puji syukur atas kehadirat-Nya, yang telah melimpahkan rahmat,
hidayah, dan inayah-Nya kepada kami, sehingga kami dapat menyelesaikan makalah bioogi
molekuler ini mengenai aplikasi PCR.
Makalah ini telah kami susun dengan maksimal dan mendapatkan bantuan dari
berbagai pihak sehingga dapat memperlancar pembuatan makalah ini. Untuk itu kami
menyampaikan banyak terima kasih kepada semua pihak yang telah berkontribusi dalam
pembuatan makalah ini.
Terlepas dari semua itu, Kami menyadari sepenuhnya bahwa masih ada kekurangan
baik dari segi susunan kalimat maupun tata bahasanya. Oleh karena itu kami menerima segala
saran dan kritik dari pembaca agar kami dapat memperbaiki makalah ini.
Akhir kata kami berharap semoga makalah ini dapat memberikan manfaat maupun
inspirasi terhadap pembaca.

Surabaya, 18 Oktober 2019

Penyusun

ii
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR..............................................................................................................ii
DAFTAR ISI...........................................................................................................................iii
BAB I.........................................................................................................................................4
PENDAHULUAN.....................................................................................................................4
1.1 LATAR BELAKANG....................................................................................................4
1.2 RUMUSAN MASALAH................................................................................................4
1.3 TUJUAN PENULISAN..................................................................................................4
BAB II.......................................................................................................................................5
PEMBAHASAN.......................................................................................................................5
2.1 DEFINISI PCR...............................................................................................................5
2.2 KOMPONEN PCR.........................................................................................................6
2.3 MANFAAT PCR............................................................................................................9
2.4 PRINSIP KERJA PCR................................................................................................10
2.5 TAHAPAN PCR...........................................................................................................12
BAB III....................................................................................................................................15
PENUTUP...............................................................................................................................15
DAFTAR PUSTAKA.............................................................................................................16

iii
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 LATAR BELAKANG
Semakin maju perkembangan jaman membuat perkembangan ilmu
pengetahuan dan teknologi pun berkembang pesat. Salah satu perkembangan ilmu
pengetahuan dan teknologi adalah penerapan bioteknologi. Bioteknologi merupakan
pemanfaatan berbagai prinsip ilmiah dan rekayasa terhadap organisme, sistem, atau
proses biologis untuk menghasilkan atau meningkatkan potensi organisme maupun
menghasilkan produk dan jasa bagi kepentingan hidup manusia.
Bioteknologi ini dibagi menjadi dua yaitu bioteknologi tradisional yang
memanfaatkan mikroba, proses biokimia, dan proses genetic alami; dan bioteknologi
modern yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Salah satu penerapan
bioteknologi ini adalah dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction atau yang
lebih dikenal dengan sitilah PCR.
PCR adalah suatu metode in vitro untuk menghasilkan sejumlah fragmen
DNA spesifik dengan panjang dan jumlah skuens yang telah ditentukan dari jumlah
kecil template kompleks. PCR merupakan suatu teknik sangat kuat dan sangat sensitif
menyebabkan teknik ini semakin luas penggunaannya dan dapat diaplikasikan dalam
berbagai bidang seperti biologi molekuler, genetika populasi, dan analisis forensik. 

1.2 RUMUSAN MASALAH

1. Apa definisi dari Polymerase Chain Reaction (PCR) ?
2. Jelaskan komponen-komponen dalam Polymerase Chain Reaction (PCR) ?
3. Sebutkan manfaat dari penggunaan Polymerase Chain Reaction (PCR) ?
4. Bagaimana prinsip dasar Polymerase Chain Reaction (PCR) ?
5. Apa saja tahapan-tahapan pada Polymerase Chain Reaction (PCR) ?

1.3 TUJUAN PENULISAN

1. Agar mahasiswa bisa mengetahui tentang Polymerase Chain Reaction (PCR)
2. Menginformasikan tentang komponen, prinsip dasar, dan manfaat dari
penggunaan Polymerase Chain Reaction (PCR)
3. Mahasiswa dapat mengaplikasikan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan
mengetahui tahapannya

4
 BAB II
PEMBAHASAN
2.1 DEFINISI PCR

Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR

(Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan
(replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini,
DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga
memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. Teknik ini dirintis oleh
Kary Mullis pada tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun 1994
berkat temuannya tersebut. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan
biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang
kecil. Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik
untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro. Metode PCR dapat meningkatkan
jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula. Setiap urutan basa
nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Kunci utama
pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada
urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target.
Pada dasarnya reaksi PCR adalah tiruan dari proses replikasi DNA in vivo,
yaitu dengan adanya pembukaan rantai DNA (denaturasi) utas ganda, penempelan
primer (annealing) dan perpanjangan rantai DNA baru (extension) oleh DNA
polimerase dari arah terminal 5’ ke 3’. Hanya saja pada teknik PCR tidak
menggunakan enzim ligase dan primer RNA. Secara singkat, teknik PCR dilakukan
dengan cara mencampurkan sampel DNA dengan primer oligonukleotida,
deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), enzim termostabil Taq DNA polimerase dalam
larutan DNA yang sesuai, kemudian menaikkan dan menurunkan suhu campuran
secara berulang beberapa puluh siklus sampai diperoleh jumlah sekuens DNA yang
diinginkan.
Menurut Erlich (1989) PCR adalah suatu metode in vitro yang digunakan
untuk mensintesis sekuens tertentu DNA dengan menggunakan dua primer
oligonukleotida yang menghibridisasi pita yang berlawanan dan mengapit dua target
DNA. Kesederhanaan dan tingginya tingkat kesuksesan amplifikasi sekuens DNA
yang diperoleh menyebabkan teknik ini semakin luas penggunaannya.

5
 PCR didasarkan pada amplifikasi enzimatik fragmen DNA dengan
menggunakan dua oligonukleotida primer yaitu komplementer dengan ujung 5’dari
dua untaian skuen target. Oligonukleotida ini digunakan sebagai primer (primer PCR)
untuk memungkikan DNA template dikopi oleh DNA polimerase. Untuk mendukung
terjadinya annealing primer ini pada template pertama kali diperlukan untuk
memisahkan untaian DNA substrat melalui pemanasan.
Hampir semua aplikasi PCR mempekerjakan DNA polimerase yang stabil
terhadap panas, seperti polimerase Taq.  Awalnya enzim diisolasi dari bakteri
Aquaticus Thermus. DNA polimerase enzimatis ini merakit sebuah untai DNA baru
dari pembangunan blok DNA, nukleotida , dengan menggunakan DNA beruntai
tunggal sebagai template dan oligonukleotida DNA (juga disebut primer DNA ), yang
dibutuhkan untuk inisiasi sintesis DNA. Sebagian besar metode PCR menggunakan
siklus termal , yaitu, bergantian pemanasan dan pendinginan sampel PCR untuk
serangkaian langkah pasti suhu.
Langkah-langkah siklus termal yang diperlukan pertama yang secara fisik
memisahkan dua helai dalam heliks ganda DNA pada suhu tinggi dalam proses yang
disebut DNA leleh . Pada suhu yang lebih rendah, masing-masing untai kemudian
digunakan sebagai template dalam sintesis DNA oleh polimerase DNA untuk selektif
memperkuat DNA target. Selektivitas hasil PCR dari penggunaan primer yang
komplementer ke wilayah yang ditargetkan untuk amplifikasi DNA di bawah kondisi
spesifik siklus termal.

2.2 KOMPONEN PCR

Ada beberapa macam komponen utama dalam proses PCR, yaitu antara lain:
1. DNA cetakan
DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan.  Fungsi
DNA templat di dalam proses PCR adalah sebagai cetakan untuk
pembentukan molekul DNA baru yang sama. Templat DNA ini dapat berupa
DNA kromosom, DNA plasmid ataupun fragmen DNA apapun asal di dalam
DNA templat tersebut mengandung fragmen DNA target yang dituju.
Reaksi pelipatgandaan suatu fragmen DNA dimulai dengan melakukan
denaturasi DNA template (cetakan) sehingga rantai DNA yang berantai ganda
(double stranded) akan terpisah menjadi rantai tunggal (single stranded).
6
 Denatirasi DNA dilakukan dengan menggunakan panas  selama 1 – 2 menit,
kemudian suhu diturunkan menjadi sekitar   sehingga oligonukleotida  primer
akan “menempel” (annealing) pada cetakan yang telah terpisah menjadi rantai
tunggal. oligonukleotida Primer akan membentuk jembatan hydrogen dengan
cetakan pada daerah sekuen yang komplementer dengan dengan sekuen
primer. Suhu   yang digunakan untuk penempelan primer pada dasarnya
merupakan kompromi. Amplifikasi akan lebih efisien jika dilakukan pada
suhu yang lebih rendah.

2. Oligonukleotida primer
Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15
– 25 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA.
Primer yang digunakan dalam PCR ada dua yaitu oligonukleotida yang
mempunyai sekuen yang identik dengan salah satu rantai DNA cetakan pada
ujung 5’-fosfat, dan oligonukleotida yang kedua identik dengan sekuen pada
ujung 3’OH rantai DNA cetakan yang lain. Proses annealing biasanya
dilakukan selama 1 – 2 menit. Setelah dilakukan annealing oligonukleotida
primer dengan DNA cetakan, suhu inkubasi dinaikkan menjadi   selama 1,5
menit. Pada suhu ini DNA polymerase akan melakukan proses polimerasi
rantai DNA yang baru berdasarkan informasi yang ada pada DNA cetakan.
Setelah terjadi polimerasi, rantai DNA yang baru akan membentuk jembatan
hydrogen dengan DNA cetakan. DNA rantai ganda yang terbentuk dengan
adanya ikatan hydrogen antara rantai DNA cetakan dengan rantai DNA yang
baru hasil polimerasi selanjutnya akan didenaturasi lagi dengan menaikkan
suhu ingkubasi menjadi. Rantai DNA yang baru tersebut selanjutnya akan
berfungsi sebagai cetakan bagi reaksi polimerasi berikutnya.
Reaksi-reaksi seperti yang sudah dijelaskan tersebut diulangi lagi sapai
25 – 30 kali (siklus) sehingga pada akhir siklus akan didapatkan molekul-
molekul DNA rantai ganda yang baru hasil polimerasi dalam jumlah yang
lebih banyak dibandingkan dengan jumlah DNA cetakan yang digunakan.
Banyaknya siklus amplifikasi tergantung pada kosentrasi DNA target di dalam
campuran reaksi. Paling tidak, diperlukan 25 siklus untuk melipatgandakan
satu kopin sekuen DNA target di dalam genom mamalia agar hasilnya dapat
dilihat secara langsung, misalnya dengan elektroforosis gel agarose. Akan
7
 tetapi, pada umumnya kosentrasi DNA polimerasi Taq menjadi terbatas
setelah 25 – 30 siklus amplikasi.

3. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP)

Shanghai ShineGene Molecular Biotech,Inc. (2009) menyatakan
bahwa campuran dNTP adalah larutan air pada pH 7,0 yang mengandung
dATP, dCTP, dGTP dan dTTP, masing-masing pada konsentrasi akhir baik
10mm atau 25mm. dNTP yang siap digunakan merupakan solusi yang
dirancang untuk menghemat  waktu dan untuk menyediakan reproduktifitas
yang lebih tinggi  dalam aplikasi PCR dan lainnya.

4. DNA Polimerase
Pada awal perkembangannya, DNA polymerase yang digunakan dalam
PCR adalah fragmen Klenow DNA polymerase I yang berasal dari Escherichia
coli (Mullis dan Fallona, 1989). Fragmen Klenow adalah DNA polymerase
yang telah dihilangkan aktivitas eksonuklease (5’ → 3’)-nya. Beberapa
kelemahan fragmen Klenow antara lain adalah bahwa enzim ini tidak tahan
panas, laju polemerase untuk menggabungkan nukleotida dengan suatu primer
secara terus-menerus tanpa terdisosiasi dari komplek primer-DNA cetakan.
Hampir semua DNA polymerase mempunyai prosesivitas yang rendah
sehingga akan terdisosiasi dari komplek primer-DNA cetakan setelah
menggabungkan kurang dari 10 nukleotida. Salah satu perkecualian adalah T7
DNA polymerase yang mampu menggabungkan ribuan nukleotida tanpa
terdisosiasi dari komplek primer-DNA cetakan.
5. Larutan penyangga (Buffer)
Salah satu fungsi dari larutan buffer dalam proses PCR adalah menyediakan
lingkungan yang cocok untuk aktivitas optimum dan stabilitas DNA
polymerase. Buffer ini mengandung ion Mg+ yang sangat mempengaruhi
setiap tahapan reaksi PCR.

8
2.3 MANFAAT PENGGUNAAN PCR
Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam kebutuhan,
diantaranya:
a. Isolasi Gen. 
Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat
besar, DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa, dan di dalamnya
mengandung ribuan gen. Fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik,
yaitu sebagai panduan sel dalam memproduksi protein, DNA ditranskrip
menghasilkan RNA, RNA kemudian diterjemahkan untuk menghasilkan
rantai asam amino alias protein. Dari sekian panjang DNA genome, bagian
yang menyandikan protein inilah yang disebut gen, sisanya tidak
menyandikan protein atau disebut ‘junk DNA’, DNA ‘sampah’ yang
fungsinya belum diketahui dengan baik. 
Para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. Sebagai
contoh, dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pancreas sapi atau
babi, kemudian menjadikannya obat diabetes, proses yang rumit dan tentu
saja mahal serta memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi
tidak benar-benar sama dengan insulin manusia.
Berkat teknologi rekayasa genetik, kini mereka dapat mengisolasi gen
penghasil insulin dari DNA genome manusia, lalu menyisipkannya ke sel
bakteri (dalam hal ini E. coli) agar bakteri dapat memproduksi insulin.
Hasilnya insulin yang sama persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh
manusia, dan sekarang insulin tinggal diekstrak dari bakteri, lebih cepat,
mudah, dan tentunya lebih murah ketimbang cara konvensional yang harus
‘mengorbankan’ sapi atau babi.
Untuk mengisolasi gen, diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama
‘probe’ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita
inginkan. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang
sesuai dengan gen tersebut.

 DNA Sequencing. 
Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA
Sequencing, metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger
(chain termination method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-

9
 dideoxy terminator, dimana proses awalnya adalah reaksi PCR dengan
pereaksi yang agak berbeda, yaitu hanya menggunakan satu primer (PCR
biasa menggunakan 2 primer) dan adanya tambahan dideoxynucleotide yang
dilabel fluorescent. Karena warna fluorescent untuk setiap basa berbeda, maka
urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa ditentukan.

 Identifikasi Forensik. 
Seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban), atau
korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan. Jika identifikasi secara
fisik sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan, maka pengujian DNA adalah
pilihan yang tepat. DNA dapat diambil dari bagian tubuh manapun, kemudian
dilakukan analisa PCR untuk mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA
yang disebut fingerprints alias DNA sidik jari, yaitu bagian yang unik bagi
setiap orang. Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang
memiliki pertalian darah, misalnya ibu atau bapak kandung. Jika memiliki
kecocokan yang sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang
dimaksud.
Banyak orang yang juga yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri
orang tua ‘sesungguhnya’ dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu.

 Diagnosa Penyakit. 
Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang
mewabah saat ini, bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Penyakit berbahaya
seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. PCR merupakan
teknik yang sering digunakan. Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa
dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Disebut akurat karena PCR
mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus
Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya.

2.4 PRINSIP DASAR PCR

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode untuk amplifikasi
(perbanyakan) primer oligonukleotida diarahkan secara enzimatik urutan DNA
spesifik. Teknik ini mampu memperbanyak sebuah urutan 105-106-kali lipat dari

10
jumlah nanogram DNA template dalam latar belakang besar pada sequence yang tidak
relevan (misalnya dari total DNA genomik). Sebuah prasyarat untuk memperbanyak
urutan menggunakan PCR adalah memiliki pengetahuan, urutan segmen unik yang
mengapit DNA yang akan diamplifikasi, sehingga oligonucleotides tertentu dapat
diperoleh. Hal ini tidak perlu tahu apa-apa tentang urutan intervening antara primer.
Produk PCR diamplifikasi dari template DNA menggunakan DNA polimerase stabil-
panas dari Thermus aquaticus (Taq DNA polimerase) dan menggunakan pengatur
siklus termal otomatis (Perkin-Elmer/Cetus) untuk menempatkan reaksi sampai 30
atau lebih siklus denaturasi, anil primer, dan polimerisasi. Setelah amplifikasi dengan
PCR, produk ini dipisahkan dengan elektroforesis gel poliakrilamida dan secara
langsung divisualisasikan setelah pewarnaan dengan bromida etidium.
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan
(amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh
dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah
yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan
DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in
vivo yang bersifat semi konservatif.
PCR memungkinkan adanya perbanyakan DNA antara dua primer, hanya di
dalam tabung reaksi, tanpa perlu memasukkannya ke dalam sel (in vivo). Pada proses
PCR dibutuhkan DNA untai ganda yang berfungsi sebagai cetakan (templat) yang
mengandung DNA-target (yang akan diamplifikasi) untuk pembentukan molekul
DNA baru, enzim DNA polimerase, deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan sepasang
primer oligonukleotida. Pada kondisi tertentu, kedua primer akan mengenali dan
berikatan dengan untaian DNA komplemennya yang terletak pada awal dan akhir
fragmen DNA target, sehingga kedua primer tersebut akan menyediakan gugus
hidroksil bebas pada karbon 3’. Setelah kedua primer menempel pada DNA templat,
DNA polimerase mengkatalisis proses pemanjangan kedua primer dengan
menambahkan nukleotida yang komplemen dengan urutan nukleotida templat. DNA
polimerase mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara OH pada karbon 3’
dengan gugus 5’ fosfat dNTP yang ditambahkan. Sehingga proses penambahan dNTP
yang dikatalisis oleh enzim DNA polimerase ini berlangsung dengan arah 5’→3’ dan
disebut reaksi polimerisasi. Enzim DNA polimerase hanya akan menambahkan dNTP
yang komplemen dengan nukleotida yang terdapat pada rantai DNA templat.

11
2.5 TAHAPAN PCR
Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA templat,
penempelan (annealing) primer, dan polimerisasi (extension) rantai DNA. Denaturasi
merupakan proses pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas tunggal DNA yang
menjadi cetakan (templat) sebagai tempat penempelan primer dan tempat kerja DNA
polimerase, dengan pemanasan singkat pada suhu 90-95°C selama beberapa menit.
Penjelasan ringkas tentang setiap siklus reaksi PCR adalah sebagai berikut:
 Denaturasi. 
Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi
dua untai tunggal. Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi
menyebabkan putusnya ikatan hidrogen diantara basa-basa yang komplemen.
Pada tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya reaksi
polimerisasi pada siklus yang sebelumnya. Denaturasi biasanya dilakukan
antara suhu 90 C – 95̊ C.

 Penempelan Primer.
Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju
daerah yang spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Pada proses
annealing ini, ikatan hidrogen akan terbentuk antara primer dengan urutan
komplemen pada templat. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu 50oC –
60oC. Selanjutnya, DNA polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen
tersebut akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus kembali apabila
dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya, misalnya pada 72oC. 

 Reaksi Polimerisasi (extension).

Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi
pada suhu 72oC. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami
perpanjangan pada sisi 3’nya dengan penambahan dNTP yang komplemen
dengan templat oleh DNA polimerase. 
Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh
dua primer akan di amplifikasi secara eksponensial (disebut amplikon yang
berupa untai ganda), sehingga mencapai jumlah copy yang dapat dirumuskan
dengan (2n)x. Dimana n adalah jumlah siklus dan x adalah jumlah awal

12
 molekul DNA. Jadi, seandainya ada 1 copy DNA sebelum siklus berlangsung,
setelah satu siklus, akan menjadi 2 copy, sesudah 2 siklus akan menjadi 4,
sesudah 3 siklus akan menjadi 8 kopi dan seterusnya. Sehingga perubahan ini
akan berlangsung secara eksponensial. PCR dengan menggunakan enzim Taq
DNA polimerase pada akhir dari setiap siklus akan menyebabkan penambahan
satu nukleotida A pada ujung 3’ dari potongan DNA yang dihasilkan.
Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di kloning dengan menggunakan
vektor yang ditambahkan nukleotida T pada ujung-ujung 5’-nya. Proses PCR
dilakukan menggunakan suatu alat yang disebut thermocycler.

Gambar 01. Proses Amplikasi Secara Eksponensial.

Selain ketiga proses tersebut, secara umum PCR didahului dan diakhiri oleh tahapan
berikut:
 Pra-Denaturasi
Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan
kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start
alias baru aktif kalau dipanaskan terlebih dahulu).

 Final Elongasi
Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15
menit untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah
diperpanjang secara sempurna. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR
terakhir.

13
Gambar 02. Siklus Polymerase Chain Reactions (PCR)

14
 BAB III
PENUTUP

3.1. Kesimpulan
Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR
(Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik atau metode
perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan
organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar
dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain yang
menggunakan DNA. Ada beberapa macam komponen utama dalam proses
PCR, yaitu antara lain DNA cetakan, oligonukleotida primer,
Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), DNA polymerase, dan larutan buffer.
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan
(amplifikasi) potongan DNA secara in (templat) sebagai tempat penempelan
primer dan tempat kerja DNA polimerase, dengan pemanasan vitro pada
daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Proses
PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA templat, penempelan
(annealing) primer, dan polimerisasi (extension) rantai DNA. Denaturasi
merupakan singkat pada suhu 90-95°C selama beberapa menit.

15
 DAFTAR PUSTAKA

http://www.atlm.web.id/2016/12/makalah-polymerase-chain-reaction-pcr.html
http://avrianie.blogspot.com/2017/11/makalah-pcr.html
https://news.labsatu.com/polymerase-chain-reaction-pcr/

16