Nama : Indri Nadya Monalisa

NIM : 1702101010140
Kelas : 5
Mata Kuliah : Konservasi dan Satwa Liar

KISAH-KISAH DARI RUANG BAWAH TANAH DAN TERUMBU

KARANG: KEBERHASILAN DAN TANTANGAN MENGIDENTIFIKASI
VIRUS HERPES BARU MENGGUNAKAN METAGENOMIK
Charlotte J. Houldcroft and Judith Breuer

Herpervirus merupakan untai ganda virus DNA yang menginfeksi banyak hewan,
dengan kemampuan yang menyebabkan penyakit pada sistem imunokompeten
dan sistem imunokompromais pada host. Virus herpes yang berbeda memiliki
tropisme sel yang berbeda, terdeteksi dalam beragam jaringan dan jenis sampel.
Metagenomik - mencakup viromics - menganalisis asam nukleat dari suatu
jaringan atau sampel lain dengan cara yang tidak bias, membuat sedikit atau
tidak ada asumsi sebelumnya tentang virus mana yang mungkin ada dalam
sampel. Pendekatan ini telah berhasil menemukan sejumlah herpesvirus baru.
Lebih lanjut, analisis metagenomik dapat mengidentifikasi virus herpes dengan
derajat divergensi urutan tinggi dari virus herpes yang dikenal dan tidak
bergantung pada pembiakan bahan virus dalam jumlah besar. Metagenomics
telah berhasil dalam dua bidang pengurutan herpesvirus: pertama, penemuan
herpesviruses eksogen dan endogen pada primata, kelelawar dan cnidaria; dan
kedua, pengelompokan besar genom virus herpes yang sebelumnya hanya
diketahui dari fragmen kecil, mengungkapkan keragaman yang tak terduga.
Ulasan ini akan membahas keberhasilan dan tantangan menggunakan
metagenomics untuk mengidentifikasi virus herpes baru, dan masa depan pada
bidang ini.
Kata kunci: metagenomik, penemuan virus, sekuensing generasi berikutnya,
herpesvirus, perakitan de novo

Pengantar
Virus herpes adalah virus DNA beruntai ganda yang menginfeksi kingdom
hewan, termasuk mamalia, burung, dan reptil (McGeoch dan Gatherer, 2005),
ikan (Lepa dan Siwicki, 2012), amfibi (Davison et al., 2006), moluska (Nicolas et
al., 1992; Savin et al., 2010), dan cnidaria (Vega Thurber et al., 2008; Grasis et al.,
2014). Mereka biasanya menginfeksi sebagian besar populasi target mereka,
menyebar melalui berbagai rute horizontal dan vertikal. Mereka dapat
menyebabkan penyakit di banyak rangkaian, misalnya, penyakit pendarahan
pada gajah yang disebabkan oleh herpesvirus endotel gajah (Wilkie et al., 2014);
kanker yang disebabkan oleh human gamma herpesvirus Epstein-Barr virus (EBV)
dan herpesvirus yang berhubungan dengan sarkoma Kaposi (KSHV) (Taylor dan
Blackbourn, 2011); infeksi paru-paru pada kucing yang disebabkan oleh
herpesvirus kucing 1 (Thiry et al., 2009) dan terrapene herpesvirus 1 yang terjadi
pada kura-kura kotak Timur (Sim et al., 2014); kematian massal musiman pada
tiram (Nicolas et al., 1992); dan ensefalitis virus herpes simpleks (HSV) pada
manusia (Whitley, 2006). Penyakit dapat berkaitan dengan infeksi primer,
reaktivasi infeksi laten, penekanan kekebalan tubuh, imunosenensens.
Pendekatan sebelumnya untuk penemuan virus herpes telah menggunakan
berbagai metode, dibahas secara lebih mendalam di tempat lain
(BexfieldandKellam, 2011). Secara singkat, ini termasuk: mikroskop elektron [EBV
dan cytomegalovirus (CMV); Ho, 2008], PCR berbasis analisis perbedaan
representasional (KSHV; Changetal., 1994), hibridisasi insitu DNA (virus herpes
chelonid Teifkeetal., 2000), imunohistokimia (alcelaphine herpesviruses
Klieforthetal, 2002), dan reaksi berantai polimerase (PCR) dan Sanger sequencing
(primate rhadi-noviruses Lacosteetal., 2001, and lizard herpesviruses Wellehan
et al., 2004; Literaketal., 2010). Metagenomics adalah pendekatan terbaru untuk
ditambahkan ke daftar ini: analisis berbasis urutan mendalam dari asam nukleat
seluler atau sampel seluler, tidak ada hubungannya dengan kultur jaringan dan
tanpa referensi pengetahuan sebelumnya tentang virus yang ada dalam sampel.
Karena virus herpes tersebar luas di antara hewan, urutan mirip virus
herpes cenderung hadir dalam banyak studi metagenomik. Ada juga fitur-fitur
biologi molekuler virus herpes yang meningkatkan kemungkinan bahwa
penelitian urutan dalam yang tidak secara eksplisit bersifat metagenomik akan
mendeteksi virus herpes, yang tidak terkait penyakit. Sebagai virus DNA yang
tersebar luas, setiap sekuens genom hewan yang menggunakan DNA dari
jaringan primer atau sampel (mis., Air liur atau darah) kemungkinan termasuk
urutan dari virus herpes yang ada dalam organisme itu. Walaupun deteksi virus
bukan merupakan target utama dari studi urutan genom host, virus yang ada
dalam sampel akan membentuk proporsi urutan yang dibaca, dan virus herpes
telah ditemukan dalam data yang persis seperti itu (Aswad and Katzourakis,
2014). Dalam artikel ulasan ini, kami merangkum beberapa kisah sukses dalam
mengidentifikasi virus herpes baru melalui metagenomics, dan menawarkan
peringatan tentang topik penemuan virus.

Menemukan Jarum di tumpukan jerami

Banyak sekuens genom herpesvirus di masa lalu bergantung pada volume
besar DNA, diperoleh melalui kultur virus dalam garis sel permisif (Baeretal.,
1984; Leietal., 2013; Linetal., 2013). Dalam sampel yang tidak dikultur atau tidak
diperkaya, DNA virus herpes hadir dalam proporsi yang jauh lebih kecil daripada
DNA host (Depledge et al., 2011). Genom virus herpes biasanya panjangnya
ratusan kilo-pangkalan, mempersulit tugas Sanger atau sekuens genom
herpesvirus yang sangat dalam. Masalah virus yang buruk untuk menjadi tuan
rumah rasio DNA berlaku sama untuk penemuan virus herpes. Mungkin tidak
mengejutkan bahwa banyak virus herpes diidentifikasi menggunakan konsensus
atau degenerasi set primer PCR, tetapi genomnya tetap tidak terpantau (mis.,
Bodewesetal., 2014; Simetal., 2014).Keberhasilan mengidentifikasi virus herpes
baru atau mengkarakterisasi genom mereka lebih lanjut dipengaruhi oleh
kesamaan virus herpes novel dengan virus terkait. Beberapa virus herpes yang
tidak ditandai dapat memetakan dengan baik untuk virus herpes tersebut, dan
relatif mudah dikumpulkan dari data susnan dalam, atau merancang primer
sekuens untuk diperkuat. Virus herpes berbeda lebih sulit dideteksi dan
dikumpulkan menggunakan metode tradisional, pemetaan yang buruk untuk
keberadaan sekuens (Pop, 2009). Virus herpes yang sangat mirip dan berbeda
mungkin memerlukan perakitan de novo untuk menghasilkan urutan sekuens
yang akurat, dan berpotensi PCR lebih lanjut dan sekuens untuk mengisi
kesenjangan dalam perakitan atau mengkonfirmasi urutan novel (mis.,
Babraetal., 2012). Metagenomik memiliki peran penting dalam mengidentifikasi
dan mengkarakterisasi virus herpes berbeda, dan memungkinkan ditemukannya
virus herpes pada inang atau tipe jaringan yang mungkin tidak ditemukan.

Deep-Sekuensing dari virus herpes Delta

Virus herpes endotheliotropic Elephant 1A (EEHV1A) dan 1B (EEHV1B), penyebab
penyakit pendarahan pada gajah Afrika dan Asia, membutuhkan pengurutan
dalam dan perakitan de novo untuk mengkarakterisasi sekuens genom lengkap
mereka (Wilkieetal, 2013). EEHV belum dapat diperbanyak dalam kultur jaringan
dan harus diurutkan dari jaringan primer — dalam hal ini, jaringan nekropsi dari
gajah Asia remaja. Sementara EEHV diketahui dari PCR tradisional dan metode
berbasis Sanger, urutan genom lengkap terbukti berbeda dari virus herpes yang
dikenal, dengan 60 gen virus herpes baru yang diidentifikasi dalam genom
EEHV1A (Ling et al., 2013). Pengurutan seluruh genom EEHV5 mengungkapkan
keragaman genetik lebih lanjut antara strain, dengan hanya 60% kesamaan
antara EEHV1A dan EEHV5 (Wilkieetal., 2014), dan 25% perbedaan nukleotida
antara daerah pengkodean EEHV1A dan EEHV2 (Richman et al., 2014).
Penggunaan pengurutan dalam untuk menyelesaikan urutan genom EEHV
memperluas pengetahuan kita tentang keanekaragaman virus herpes, dan dapat
mengarah pada identifikasi deltaherpesvirus yang diduga pada spesies lain.

Virus herpes Bersembunyi di depan mata

Repositori urutan publik yang berisi peta yang dipetakan dan belum dipetakan
dari proyek sekuensing genom besar adalah wilayah subur untuk
mengidentifikasi virus herpes baru. Pengurutan genom mamalia yang dalam dan
sangat dalam dari sampel primer dapat berfungsi sebagai set data metagenomik
bagi para peneliti yang dapat menganalisis kembali data dengan cara yang
mungkin tidak diantisipasi dalam proyek asli. Aswad dan Katzourakis (2014)
menskrining 14 genom seluruh dari sembilan sekuens primata yang tersedia di
GenBank untuk kluster sekuens protein virus herpes yang dikenal, berharap
untuk mengidentifikasi virus herpes baru. Mengkarakterisasi keragaman virus
herpes primata menarik bagi para peneliti karena sejumlah alasan: virus herpes
memiliki zoonosis (Hummeleretal., 1959) dan antroponotik (Huemeretal., 2002)
yang berpotensi pada primata, dengan tingkat fatalitas yang tinggi untuk
manusia dan primata non-manusia (Estep et al., 2010); meningkatkan
pengetahuan kita tentang virus herpes pada spesies lain dapat menyediakan
sistem model baru untuk memahami bagaimana virus herpes menyebabkan
inhumans penyakit (Stahelietal., 2014); dan identifikasi elemen herpesviral
endogen putatif dalam genom primata berfungsi sebagai catatan fosil untuk
herpesviridae (Aswad dan Katzourakis, 2014).
Aswad dan Katzourak berhasil mengidentifikasi sekuens mirip virus
herpes baru, dan membangun genom herpes parsial, dari seluruh sekuens
genom dari dua primata yang sebelumnya tidak diketahui membawa virus
herpes: aye-aye (Daubentonia madagascariensis) dan tarsius Filipina (Tarsius
syrichta). Aswad dan Katzourakis menganalisis bacaan yang dipetakan dan tidak
dipetakan dari genom primata, memungkinkan mereka untuk mengidentifikasi
kedua eksogen, dan terintegrasi secara kromosom, virus herpes yang berpotensi
endogenisasi. Urutan herpesvirus tarsius sangat menarik karena merupakan
laporan pertama dari virus herpes yang berpotensi endogen, terkait dengan
human herpesvirus 6B yang terintegrasi secara kromosom dalam sebagian kecil
manusia (Luppi et al., 1993; Tanaka-Taya et al., 2004). Urutan herpesvirus tarsius
yang mereka laporkan sangat bermutasi, bukan replikasi yang kompeten dan
berdekatan dengan DNA inang, mendukung pandangan bahwa virus ini telah
menjadi endogenis sepenuhnya dalam sejarah evolusi tarsius. Mereka juga
mampu mengumpulkan daerah yang jauh lebih besar dari virus herpes bonobo
(Pan paniscus) Pan paniscus lymphocryptovirus 1 (PpanLCV1), yang meliputi
sekitar 45% genomnya (78.000 bp), yang sebelumnya hanya diketahui dari
fragmen kecil (3000 bp; Ehlers et al., 2003).
Sementara strategi yang berhasil untuk menemukan herpesvirus baru,
pendekatan ini berbeda dari yang digunakan oleh studi metagenomics. Para
penulis bertindak dengan asumsi yang masuk akal bahwa virus herpes mungkin
ada dalam data yang mereka skrining, hanya mencari urutan dengan kemiripan
dengan urutan seperti herpesvirus yang dilaporkan sebelumnya.
Identifikasi yang berhasil dari herpesvirus baru dalam set data urutan
genom inang juga bergantung pada genom yang diurutkan dari jaringan primer
(biopsi darah dan hati, dalam dua kasus) daripada garis sel, yang tidak
mengandung keragaman virus yang ditemukan dalam sampel jaringan primer.
Sebagai contoh, genom bonobo disekuensi dari garis sel bonobo limfoblastoid
yang diabadikan di laboratorium menggunakan human herpesvirus EBV (Prufer
et al., 2012); Oleh karena itu, dataset ini jauh lebih mungkin mengandung
sekuens EBV manusia, yang ada di setiap sel, daripada virus gammaherpes
primata. Memanfaatkan sampel primer yang tidak dikultur adalah jantung dari
metagenomik.

Menjadi gila untuk Metagenomics

Metagenomics dapat dilihat sebagai sisi berlawanan dari koin untuk
menjadi tuan rumah proyek sekuensing genom: sementara perakitan sekuens
genom host membuang semua sekuens yang tidak sesuai target ke genom inang,
studi metagenomik fokus pada sekuens non-tuan rumah (ditinjau dalam Mokili et
al. , 2012). Menghilangkan atau mengurangi jumlah asam nukleat inang yang ada
dalam sekuensing set data telah dibahas dalam beberapa studi metagenomics
tentang kelainan virus kelelawar, dengan keberhasilan - tiga penelitian terbaru
tentang chiropteran (kelelawar) metagenom telah mengidentifikasi sekuens
herpesvirus baru, temuan yang dikonfirmasi oleh sebuah studi keempat.
Kelelawar mewakili seperlima dari spesies mamalia rahasia di bumi, dan
dianggap sebagai reservoir yang signifikan dari penyakit menular yang muncul,
terutama kelelawar yang ditemukan di daerah perkotaan atau digunakan oleh
manusia sebagai sumber makanan (Luis et al., 2013).
Kelelawar buah berwarna jerami (Eidolon helvum) didistribusikan secara
luas di seluruh Afrika dan dimakan sebagai daging hewan liar - dan karena itu
merupakan reservoir zoonosis yang potensial (Baker et al., 2013). Mempelajari
keragaman virus kelelawar ini karena itu sangat menarik bagi para peneliti.
Pendekatan pengambilan sampel yang diambil oleh Baker et al. (2013) adalah
untuk mengumpulkan asam nukleat yang diambil dari tiga jenis sampel: urin,
dikumpulkan non-invasif, dan tenggorokan dan paru-paru yang diperoleh dari
kelelawar liar, dibius dari lokasi pedesaan dan perkotaan di Ghana, dengan
urutan berkumpul de novo. Mereka mengidentifikasi urutan dari sebelumnya
herpes virus kelelawar tidak dikenal, dengan sebagian besar dibaca milik beta
dan gammaherpesvirus. Proporsi terbesar dari pembacaan herpesviral diperoleh
dari usap tenggorokan, menggarisbawahi pentingnya memilih sampel primer
yang tepat dalam penemuan her-pesvirus. Kehadiran herpesvirus baru kemudian
dikonfirmasi oleh amplifikasi fragmen PCR dari sampel asli.
Beberapa herpesvirus baru juga ditemukan dalam sampel kelelawar dari
Tiongkok, yang mencakup strategi pengambilan sampel yang lebih luas daripada
di Baker et al. (2013) studi. Swap anal dan faring dikumpulkan dari 11 spesies
kelelawar (Wu et al., 2012). Untuk memaksimalkan rasio virus dengan host /
asam nukleat eukariotik, sampel dilewatkan melalui filter untuk menghilangkan
sel bakteri dan eukariotik. Amplifikasi asam nukleat independen sekuens
digunakan untuk meningkatkan bahan genetik yang tersedia untuk sekuensing,
dan pembacaan sekuens dalam selaras dengan basis data NCBI, mengidentifikasi
virus herpes kelelawar baru. Bahkan setelah penyaringan fisik, hanya 1,2% dari
pembacaan sekuensing adalah virus, tetapi di antara pembacaan ini, mereka
mampu mengidentifikasi sekuens dari dua betaherpesvirus yang sebelumnya
tidak diketahui dan dua gammaherpesvirus. Wu et al. (2012) kemudian
menggunakan amplifikasi PCR dan genom berjalan untuk mengkonfirmasi
keberadaan virus herpes baru dan memperoleh urutan yang lebih lama untuk
analisis filogenetik dari sampel asli. Kelimpahan herpesvirus yang jelas rendah
dalam sampel awal adalah faktor dalam mencegah perakitan seluruh genom dari
bahan primer; tetapi metagenomik merupakan bagian integral untuk
mengidentifikasi virus.
Sebuah penelitian serupa terhadap tujuh spesies kelelawar dari Amerika
Utara bagian timur mendeteksi betaherpesvirus kelelawar baru yang lebih baru
(Donaldson et al., 2010), dari air liur dan kotoran segar. Sampel dilewatkan
melalui filter untuk mengurangi waktu asam nukleat non-virus, dan dikumpulkan
berdasarkan spesies, jenis kelamin, dan usia untuk pengurutan untuk
meningkatkan jumlah total asam nukleat yang tersedia. Amplifikasi sam-ple
berurutan-independen dengan hexamers acak digunakan, diikuti oleh deep-
sequencing dan de novo assembly.
Sebuah studi metagenomik kelelawar Perancis (Dacheux et al., 2014)
yang meneliti jaringan paru-paru, hati, dan otak dari bangkai lima spesies juga
dapat menemukan bukti virus herpes yang dilaporkan oleh penelitian
sebelumnya, memperkuat keberadaan berbagai virus herpes di antara
chiropterans. Lebih lanjut terbukti dari penelitian ini bahwa saliva, usap
tenggorokan dan sampel jaringan primer merupakan bagian integral dari
penemuan herpesvirus.

Samudera Herpesvirus
 Metagenomik sedang mengubah ide kami tentang di mana virus herpes
di masa depan dapat ditemukan, memberikan bukti DNA seperti herpes pada
cnidaria. Sebuah studi metagenomik dari virom karang air asin mengungkapkan
sekuens mirip herpesvirus dalam Porites compressa. Para peneliti melakukan
pengurutan dalam-dalam karang dalam kondisi opti-mal dan "stres", termasuk
peningkatan suhu, peningkatan keasaman, dan stres nutrisi. Mereka menemukan
sejumlah kecil bacaan mirip herpesvirus di karang yang dipanen dalam kondisi
optimal, tetapi jumlah yang lebih besar bacaan seperti herpesvirus diidentifikasi
dalam sampel karang yang ditekankan. Para peneliti berpendapat bahwa ini
disebabkan oleh reaktivasi virus herpes dalam karang di bawah kondisi stres,
mencerminkan apa yang diketahui tentang reaktivasi virus herpes pada mamalia.
Mereka mampu menguatkan PCR dan mengurutkan gen dengan identitas sedang
ke gen timidilat sintase dari Herpesvirus saimiri 2 (Vega Thurber et al., 2008).
Kelompok penelitian yang sama menindaklanjuti ini dengan analisis
metagenomik dari empat spesies karang (Acropora, Diploria, Montastraea, dan
Porites) untuk menguji hubungan antara kelimpahan sekuens mirip herpesvirus
dan penyakit pada cnidaria (Soffer et al., 2014), dan menggunakan mikroskop
elektron transmisi untuk mengidentifikasi virus seperti partikel di dalam sel-sel
karang sehat. Menggunakan perakitan de novo, mereka menemukan bahwa
urutan seperti herpes lebih umum pada karang sehat daripada karang yang sakit.
Hasil ini bertentangan dengan penelitian sebelumnya, dan menyoroti kesulitan
dalam membuat perbandingan kuantitatif antara set data metagenomik, ketika
urutan dari virus baru tidak dapat dinormalisasi ke panjang gen atau genom
untuk kuantifikasi dalam cara data RNA-seq (Mortazavi et al., 2008) . Sementara
sekuens mirip herpes sebelumnya terdeteksi pada moluska (mis., Davison et al.,
2005), metagenomik berperan penting dalam menemukan sekuens mirip
herpesvirus pada cnidaria. Studi metagenomik selanjutnya tentang cnidaria air
tawar juga telah menemukan sekuens mirip-virus di sejumlah spesies hydra
(Grasis et al., 2014).

Virus Baru atau Kontaminan Baru?

Ada peringatan yang melekat pada sequencing mendalam yang sangat
sensitif dan penemuan metagenomik dari virus apa pun: terutama, risiko
kontaminasi. Rangkaian asam nukleat virus yang berurutan dalam dan de novo
memberikan peluang yang belum pernah terjadi sebelumnya untuk
mengidentifikasi virus baru, beberapa di antaranya mungkin bersifat patogen,
tetapi teknologi ini juga dapat mendeteksi asam nukleat yang terkontaminasi
yang dapat diintroduksi ke ekstraksi sampel dan pipa pengurutan pada banyak
poin yang berbeda.
Ada sejumlah laporan profil tinggi selama 5 tahun terakhir dari virus
“novel” (Xu et al., 2013), yang kemudian diidentifikasi sebagai kontaminan asam
nukleat dari produk sekuensing komersial (misalnya, Naccache et al., 2013 ,
2014; Rosseel et al., 2014). Asal usul asam nukleat ini beragam seperti tikus
(Erlwein et al., 2011) dan ganggang (Naccache et al., 2013, 2014). Kontaminasi
virus pada garis sel (Hue et al., 2010), terutama yang telah ditebang ulang selama
hidup mereka dalam kultur jaringan (Griffiths et al., 1997, 2002; Paprotka et al.,
2011), juga telah terbukti menjadi masalah signifikan. Kisah "virus rumor" ini
(Weiss, 2010) harus berfungsi sebagai pengingat untuk penemuan virus dan
komunitas metagenomics. Selain itu, masalahnya tidak terbatas pada virus,
meliputi kontaminasi bakteri dari kolom spin ekstraksi asam nukleat (Salter et al.,
2014) dan reagen laboratorium lainnya. Penapisan sampel kontrol dan
kemungkinan reagen laboratorium umum yang digunakan karena setiap titik dari
proses persiapan sampel mungkin diperlukan bagi para peneliti untuk yakin
bahwa mereka telah mengidentifikasi virus herpes baru.
Perlunya karakterisasi biologis lebih lanjut untuk memperjelas hubungan
antara patogen baru dan penyakit adalah masalah yang sudah diketahui dengan
baik dalam virus yang dipelajari terutama dari data molekuler (diulas dalam
Lipkin, 2010). Misalnya, Bodewes et al. (2014) secara eksplisit mengomentari
masalah membangun etiolologi dalam laporan mereka tentang virus herpes baru
di pelabuhan dan anjing laut abu-abu, awalnya ditemukan pada anjing laut muda
dengan gingivitis ulseratif tetapi juga ditemukan ada dalam sebagian besar
kontrol yang sehat.

Metodologi Mempengaruhi Keberhasilan

Metagenomik dan analisis sekuens dalam dari berbagai organisme
eukariotik selama dekade terakhir telah menunjukkan bahwa herpesvirus lebih
beragam dan ada di mana-mana daripada yang dibayangkan sebelumnya.
Identifikasi virus herpes novel atau virus terkait yang berhasil akan bergantung
pada ketersediaan DNA dan RNA berkualitas tinggi dari sampel primer yang
sesuai.
Sementara sampel yang dikumpulkan secara non-invasif, seperti feses
atau urin, segera menarik untuk penemuan virus karena mereka mudah
dikumpulkan, mereka mungkin bukan bahan sumber yang ideal untuk
herpesvirus baru yang mengidentifikasikan novel. Analisis metagenomik
kelelawar menemukan sebagian besar urutan terkait herpesvirus berbunyi pada
sampel usap tenggorokan atau saliva. Data urutan primata di mana herpesvirus
baru diidentifikasi dalam repositori urutan publik pada awalnya diambil dari
darah dan hati. Ada korelasi yang jelas dengan tropisme seluler dari spesies
herpesvirus individu, tarian mereka di jaringan tertentu, dan kemungkinan
menemukan virus herpes. Virus herpes dengan tropisme untuk limfosit mungkin
paling mudah terdeteksi dalam sampel darah atau biopsi kelenjar getah bening,
misalnya. Tekanan fisiologis dan lingkungan yang memengaruhi inang mungkin
juga merupakan variabel penting dalam deteksi herpesvirus baru.
Metagenomics adalah alat penting dalam mengkarakterisasi pes-virus
yang sebelumnya hanya diketahui dari sekuensing amplikon PCR pendek.
Keberhasilan metode metagenomik meningkat ketika proporsi virus membaca
dalam sampel meningkat. Memperkaya bahan viral total dalam sampel dapat
dicapai dengan metode fisik di awal proses persiapan sampel, secara fisik
mengurangi jumlah asam nukleat non-viral yang terkontaminasi menggunakan
kombinasi sentrifugasi, filtrasi, dan perawatan nuklease (diulas di Hall et al. al.,
2014). Pengayaan lebih lanjut kemudian dimungkinkan, baik pengayaan
independen-urutan menggunakan hexamers acak atau pengayaan yang
ditargetkan (seperti Sure Select) dari virus tertentu. Semua pendekatan ini
mungkin diperlukan untuk mengumpulkan seluruh genom virus herpes dari
sampel primer yang tidak dikultur (Depledge et al., 2011). Pengayaan yang
ditargetkan dari virus herpes bergantung pada seluruh urutan genom yang
tersedia untuk virus yang diinginkan. Data pengurutan dalam dari studi
metagenomik dapat memberikan urutan yang diperlukan untuk merancang set
awal PCR primer, seperti dengan phocine herpesvirus 7 (Bodewes et al., 2014),
atau umpan pengayaan target sehingga informasi urutan lebih lanjut dapat
dikumpulkan. Metagenomics juga telah mengidentifikasi virus baru dari banyak
keluarga lain, termasuk coronavirus (Schurch et al., 2014), papillomavirus (Canuti
et al., 2014), dan tornovirus (Ng et al., 2009), untuk memberikan beberapa
contoh saja.
Kerabat terdekat kita yang masih hidup, simpanse, bonobo dan gorila,
adalah sumber yang kaya akan agen mirip herpesvirus manusia; urutan genom
seluruh virus ini akan memberi tahu kita tentang evolusi kita bersama dengan
patogen kuno dan sukses ini. Penemuan dua herpesvirus primata yang
sebelumnya tidak diketahui dalam repositori urutan publik (Aswad dan
Katzourakis, 2014) memperjelas kemungkinan untuk mengidentifikasi lebih lanjut
herpesvirus primata novel melalui metagenomics dalam waktu dekat.
Ada juga kemungkinan menemukan virus herpes manusia lebih lanjut.
Manusia tidak biasa di antara kera besar karena mereka hanya memiliki satu
spesies rhadinovirus (KSHV), bukan dua. Kehadiran tiga bentuk yang sangat
berbeda dari gen KSHV K15, termasuk bentuk yang hanya ditemukan di Afrika
selatan, telah disarankan oleh beberapa penulis (Hayward dan Zong, 2007) untuk
menunjukkan bahwa mungkin ada (atau mungkin) KSHV kedua yang tidak
diketahui. -seperti rhadi-novirus pada manusia. Sequencing mendalam dan
analisis metagenomik dari sampel jaringan primer telah berhasil dalam
mengidentifikasi herpesvirus primata lainnya, dan seiring dengan meningkatnya
pengetahuan kami tentang keragaman sekuens herpesvirus, tambahan
herpesvirus manusia dapat diidentifikasi.

Metagenomics adalah teknik yang menjanjikan yang menyediakan alat

lebih lanjut untuk mengidentifikasi virus herpes baru, mengurangi
ketergantungan kita pada PCR untuk penemuan herpesvirus sementara juga
meningkatkan kemampuan kita untuk merancang primer atau umpan PCR untuk
studi sekuensing. Lebih jauh, metagenomik meningkatkan pengetahuan kita
tentang keragaman dan sejarah evolusi herpesvirus; dan menekankan
pentingnya mempelajari sampel primer daripada garis sel atau isolat virus yang
dikultur jika kita ingin menemukan virus herpes baru.