Sistematika mikroba merupakan ilmu yang mempelajari keanekaragaman mikroba

dan hubungan antara sesamanya, baik hubungan yang bersifat kemiripan (fenetik) maupun
yang bersifat kekerabatan (filogenetis). Cakupan kajian dalam sistematika meliputi
klasifikasi, tata nama, dan identifikasi. Klasifikasi merupakan suatu alat atau cara untuk
mengelompokkan organisme ke dalam suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan
kemiripan maupun kekerabatan. Identifikasi adalah proses dan hasil penentuan benar
tidaknya suatu strain yang diteliti merupakan anggota takson yang sudah dikenal sebelumnya
atau merupakan proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal
merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan. Identifikasi
merupakan aplikasi dari klasifikasi dan tatanama terhadap strain sampel. Sedangkan tatanama
adalah cara pemberian nama ilmiah kepada makhluk hidup berdasarkan kode tatanama.
Untuk dapat mengidentifikasi dan mengkasifikasi suatu mikroorganisme, maka kita harus
mempelajari karakteristik mikroorganisme tersebut terlebih dahulu.
Prosedur dalam melakukan identifikasi, yaitu pertama kita harus menentukan apakah
suatu organisme yang belum dikenal termasuk dalam kelompok besar dari suatu
mikroorganisme atau tidak; kedua yang harus dilakukan adalah memurnikan kultur dari
mikroorganisme tersebut; ketiga yaitu menentukan tipe pertumbuhan dari organisme tersebut;
keempat adalah mempelajari kultur murni tersebut.
Terdapat tiga cara klasifikasi yaitu klasifikasi artifisial, klasifikasi fenetik, dan
klasifikasi filogenik. Salah satu penerapan klasifikasi fenetik adalah pada taksonomi numerik
(numerical taxonomy) (Boone and Castenholz, 2001). Taksonomi numerik digunakan untuk
memperoleh suatu klasifikasi yang bersifat lebih teliti, reproducible, dan padat informasi,
sehingga dapat dikatakan bahwa taksonomi numerik merupakan cara sistem klasifikasi
terbaik. Sebab dalam sistem taksonomi ini digunakan sebanyak-banyaknya sifat (minimal 50
sifat) dari setiap organisme yang akan dikelompokkan. Taksonomi numerik merupakan suatu
kajian kekerabatan taxa dengan mengaplikasikan nilai similaritas setiap karakter sehingga
dapat dibuat tingkat kataegori berdasarkan derajat atau indeks similaritas. Sebanyak-
banyaknya sifat (minimal 50 sifat) dari organisme yang akan dikelompokkan kemudian dicari
indeks similaritas (IS) dari satu organisme terhadap organisme lain dalam daftar organisme
yang akan dikelompokkan (disebut OTUs). Sifat karakteristik secara makroskopis dan
mikroskopis pada jamur dapat digunakan sebagai dasar identifikasi dan klasifikasi.
Pengamatan karakter makroskopis jamur meliputi warna permukaan dan sebalik koloni
(reverse side), bentuk koloni, bentuk permukaan koloni, elevasi koloni, pinggir koloni,
lingkaran konsentris, garis-garis radial dari pusat koloni kearah tepi koloni, dan ukuran
diameter koloni. Pengamatan karakter mikroskopis jamur meliputi pengamatan hifa (warna
dan bentuk-bentuk khusus), spora seksual, spora aseksual, sel, dasar badan buah serta
pendukung badan buah.
Taksonomi merupakan ilmu yang mempelajari tentang pengelompokkan dan
penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taxa. Hal ini dilakukan berdasarkan
kriteria-kriteria tertentu sebagai pembeda yang digunakan dalam penggolongan organisme.
Dalam taksonomi organisme terdiri dari tiga bagian, yaitu nomenklatur, klasifikasi, dan
identifikasi. Nemenklatur adalah kegiatan pemberian nama, sedangkan identifikasi berarti
penetapan organisme menggunakan kriteria-kriteria yang ditetapkan dalam klasifikasi.
Klasifikasi adalah tahap pengelompokkan suatu mikrobia berdasarkan sifat-sifat beda.
Sistematika mikroba memiliki cara khusus untuk memetakan keanekaragaman spesies
makhluk mikrobia dalam hal klasifikasi.
Taksonomi merupakan suatu langkah dalam pengelompokkan jasad hidup di dalam
suatu kelompok atau takson yang sesuai. Pada awalnya pengelompokkan ini hanya dilakukan
dalam lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan, namun ternyata bahwa untuk mikrobapun
dapat digunakan. Dari segi mikrobiologi sendiri, dunia mikroba terbagi menjadi dua
kelompok besar, dimana pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti, baik yang
sudah terdiferensiasi ataupun yang belum, yaitu penyusunan urutan DNA telah menjadi
prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen yang
mada dapat menggambarkan hubungan perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang
tersebar secara cepat, sehingga dapat digunakan untuk menentukan hubungan kekerabatan
masing-masing individu.
Prosedur dalam identifikasi, yaitu pertama-tama kita harus menentukan apakah suatu
organisme yang belum dikenal termasuk dalam kelompok besar dari mikroorganisme atau
tidak; kedua yang harus dilakukan adalah memurnikan kultur dari mikroorganisme tersebut;
ketiga adalah menentukan tipe pertumbuhan dari organisme tersebut; keempat adalah
mempelajari kultur murni tersebut (Frobisher, 1962). Dalam klasifikasi mikrobia terdapat tiga
macam cara yaitu klasifikasi artificial, klasifikasi fenetik, dan klasifikasi filogenik. Contoh
penerapan klasifikasi fenetik adalah pada taksonomi numeric (numerical taxonomy).
Taksonomi numeric merupakan suatu kajian kekerabatan taxa dengan mengaplikasikan nilai
similaritas setiap karakter sehingga terdapat tingkatan kategori berdasarkan indeks
similaritas. Sistem taksonomi ini digunakan sebanyak-banyaknya sifat (minimal 50 sifat)
kemudian dicari indeks similaritas (IS) dari mikroba yang akan dikelompokkan (disebut
OTUs). Ada dua macam Koefisien Asosisi yaitu Simple Matching Coefisient (SSM) dan
Jaccard Coeficient (SJ). Pada SSM semua sifat yang ada dilihat dan digunakan. Sedangakan
pada SJ tidak memperhatikan sifat yang sama-sama tidak dimiliki (negative). Kemudian dari
matriks IS tersebut, akan diperoleh dendogram. Metode yang umum dalam pembuatan
dendogram adalah sverage linkage clustering (UPGMA : unwieghted pair-group method
using arithmetic averages) yaitu suatu metode pengklasteran akan menggabung ke klaster
tertentu pada suatu nilai yang dihitung tersendiri, yaitu rerata nilai-nilai IS.
 Daftar Pustaka

Aslam._2012._Ciri_dan_Klasifikasi_Jamur._http://aslam02.wordpress.com/materi/bi
ologi-kelas-x/fungi/ciri-dan-klasifikasi-jamur/ (diakses tanggal 7 Juli 2013).

Pelzar, M. J. and E. C. S. Chan 1993. Dasar – Dasar Mikrobiologi 1. Pent. Ratna Siri
Hadioetomo, dkk. Jakarta: Penerbit Universitas Indonesia.