Biologi Sel (Ringkasan Diskusi Kelas A)

Ini merupakan ringkasan diskusi pada kelas A. saya bagi dikelas ini agar baik kelas A dan B
memperoleh informasi yang sama.
Pada tugas awal ttg nucleus, saya menambahkan tugas ttg perbedaan sel prokaryot, eukaryot
dan virus. Beberapa mahasiswa ada yg sudah cukup kreatif menambahkan pangayaan apa
perbedaan pro, eukaryote dan virus, seperti : virus itu ada yang menganggap sebagai makhluk
tak hidup, sementara pro dan eukaryote sudah pasti mkhluk hidup, virus tidak memiliki
organel, tdak melakukan metabolisme, tidak mampu membuat ATP, tdak bisa memperbanyak
diri sendiri secara mandiri tapi butuh sel hidup krn mmbutuhkan ribosom untuk replikasi diri.
Pro, eukaryote dan virus juga tentunya berbeda dalam hal membranenya, selubung/kapsid,
perbedaan pada ukurannya, perbedaan bentuk dan ukuran materi genetic yang dimilikinya,
proses perbanyakan dirinya.

Lalu kita lanjut pada meteri organel berikutnya RE, Badan golgi, lysosome, peroksisom.
Organel2 ini dengan nucleus bekerjasama untuk mensintesis protein.
Pertanyaa saya, apakah virus melakukan sintesis protein?
Jawabannya…., ya, tetapi tidak secara mandiri. Virus tidak mampu melakukan sintesis
protein secara mandiri, tidak ada terjadi peristiwa sintesis protein di dalam tubuhnya/di
internal virus. Virus melakukan proses translasi di dalam sel hidup yang diinveksinya, karena
virus tidak memiliki organel ribosom yang bertanggung jawab dalam proses translasi/sintesis
protein. Setelah asam nukleat virus masuk ke sitosol sel hidup yang diinfeksinya, DNA virus
akan memanfaatkan atau mengambil alih peran ribosom untuk materi genetiknya dan protein
pembentuk kapsid virus. Dalam kondisi yang serius, penguasaan ribosom ini dapat
mengakibatkan terganggunya atau terhentinya sintesis protein penting yang mesti dilakukan
oleh sel hidup yang diinfeksinya.

Hal penting yg dibutuhkan dalam sintesis protein adalah materi genetiknya dan ribosom.
Virus memiliki materi genetik bisa berupa RNA atau DNA (ganda atau tunggal). Tetapi tdk
punya mesin cetak proteinnya yaitu ribosom. Sehingga tidak bisa melakukan sintesis protein
sendiri. Virus juga tdk melakukab metabolisme, tdk punya mitokondria yg bisa mensuplai
ATP sebagai energi yg dibutuhkan dlm sintesis protein tsb, shingga dia tdk mampu
melaksanakan sintesis protein mandiri. Butuh sel hidup yg dimanfaatkannya utk
melaksanakan sintesis tsb. Butuh sel hidup Untuk berkembang biak. Sel hidup bisa seperti sel
manusia, hewan, tumbuhan atau mikroorganisme. Materi untuk sintesis proteinnya dari virus
berupa DNA atau RNA, mesin cetak proteinnya dari sel inang berupa ribosom.
Beda halnya dengan sel prokariot, seperti bakteri. Bakteri memiliki ribosom sehingga tetap
mampu melakukan sintesis protein/ekspresi gen yang dibutuhkan dlam hidupnya. Tanpa
ribosom, dia pada akhirnya dia akan mati. Hal yg sama juga dimiliki oleh organel sel seperti
mitokondria dan kloroplas, kedua organel ini juga memiliki ribosom dan materi genetic
sendiri. Sehingga organel dapat melakukan sintesis protein secara mandiri, protein yang
dibutuhkan oleh organel tersebut.
Walau sebagian besar protein lainnya yg dibutuhkan oleh mitokondria dan kloroplas tetap
berasal dari sintesis yang melibatkan DNA nucleus/inti yang berlangsung diluar organel
mitkondria dankloroplas.

Nucleus, RE, badan golgi, ribosom, lisosom adalah organel yg terdapat dlm sel eukaryot.
Kesemuanya bekerjasama dalam sintesis protein. Nucleus dalam hal ini tentunya sebagai
penyuplai bahan/materi genetic yg akan translate atau disintesis menjadi protein dalam
berbagai bentuk, ukuran dan fungsi, baik protein struktural seperti pembangun sel dan
organel sel atau non struktural seperti enzym, antibody, hormon dan byk protein lainnya.
Pada sel eukaryot, sintesis protein diawali dari peristiwa transkripsi sepotong gen (DNA),
hasil transkripsi berupa RNA yg akan dikeluarkan dari nucleus utk ditranslasi di ribosom,
baik ribosom yang menempel pada RE ataupun ribosom yang berada bebas di sitoplasma.
Pada sel eukariot, transkripsi berlangsung di dalam nucleus, hasilnya adalah sepotong materi
genetic berupa RNA primer yang terdiri dari bagian intron dan ekson. Sebelum RNA ini
dikeluarkan dari nucleus, bagian2 intron akan dipotong dan dibuang, bagian ekson
disambungkan kembali, sehingga terbentuk sebuah sistron yang kita sebut sebagai mRNA
yang siap dikirim ke luar inti sel. Berbeda halnya dengan sel prokariot yang tidak memiliki
membrane inti, karena tidak memiliki membrane inti, maka proses transkripsi pada sel
prokariot berlangsung di dalam sitoplasma, hasil transkripsi berupa sepotong mRNA yang
seluruhnya terdiri dari ekson, tidak ada bagian intron. Pada sel prokariot, mRNA/sistron nya
bisa berupa polisistronik, yaitu sepotong mRNA yang terdiri dari satu promoter dengan
beberapa gen sekaligus yang akan ditranslate secara bersamaan. Proses transkripsi dan
translasi pada sel prokariot juga dapat berlangsung secara simultan. Maka, tidak adanya
intron, polisistronik, transkripsi dan translasi terjadi secara simultan akan menghemat byk
waktu dalam proses ekspresi gen/sintesis protein. Sangat menguntungkan bagi sel prokariot
yang mengkoordinis segala sesuatunya hanya dari satu sel itu sendiri. Sementara pada sel
eukariot, telah terjadi byk spesialisasi jaringan, organ dan system organ yang mengerjakan
atau merespon lingkungan, idak hanya dilakukan/ditanggungjawabi oleh satu sel saja seperti
pada sel prokariot.

Sebagian besar dari sintesis protein yg ditranslate melalui ribosom yg menempel pad a RE
akan dikirim keluar oleh sel (tidak dibutuhkan oleh sel itu sendiri). Sebagian besar sintesis
protein yg berlangsung di ribosom yg berada bebas disitoplasma, merupakan protein yang
dibutuhkan oleh sel itu sendiri.
Jadi dalam sel eukaryot, nucleus menyuplai materi genetik berupa RNA (mRNA) utk
diterjemahkan menjadi protein di ribosom. Jika proses sintesis protein itu melewati RE (RE
Kasar, yaitu RE yang ditempeli ribosom), maka RE berperan dalam menampung,
meneruskan, sebagai sarana transportasi, memodifikasi dan membungkus protein hasil
translasi yg nanti dikeluarkan dlm bentuk vesikula menuju badan golgi.
Badan golgi menerima vesikula berisi protein hasil translasi tadi utk dikemas lebih lanjut
hingga menjadi protein yg sesuai peruntukannya. Beda protein maka akan berbeda pula
pengemasan/penambahan materi2/molekulnya. Dari badan golgi, protein yg sudah
mengalami pengemasan secara sempurna akan dikeluarkan kembali dlm bntuk vesikula pada
sisi trans dari badan golgi. Diantara vesikula ini ada yg akan menjadi lisosom jika protein dlm
vesikulanya berupa enzim2 hidrolitik yg merupakan ciri khas lisosom. Ada pula yg dikirim
ke organel lainnya yang membutuhkan seperti mitokondria, sehingga mitokondria juga
mengalami pertumbuhan atau perbesaran volume, ini terjadi terutama pada masa2 awal
mitokondria membelah diri secara binner. Sebagian besar vesikula lainnya dari badan golgi
dikirim keluar tubuh.
Pada lisosom itu banyak sekali terdapat enzim hidrolitik. Terdapat puluhan enzim. Lisosom
primer/lisosom yang baru terbentuk belum akan memiliki semua enzim itu secara
keseluruhan. Beberapa enzim hasil sintesis dapat pula ditambahan atau digabungkan dengan
lisosom yang sudah.

Protein yang disintesis pada sebuah sel ada yang dikirim ke luar sel? Mengapa? Untuk apa?
Hal ini tentu terkait dengan fungsinya. Misalnya saja hormon insulin dihasilkan oleh
pankreas, dikirim keluar selnya, karena tdk dibutuhkan oleh pankreas, tapi dibutuhkan oleh
jaringan lain agar glukosa dari system peredaran darah bisa masuk ke berbagai jaringan.
Hormon FSH dan LH dikirim keluar dari jaringan otak, dibutuhkan oleh jaringan lain dalam
siklus reproduksi. Sel-sel tulang muda misalnya, mensintesis protein2 globular penyusun
sitoskeleton dikirim keluar sel untuk dibutuhkan oleh sel2 lainnya dalam membangun
sitoskeleton. Dan tentu ada byk contoh lainnya. Lalu, mengapa pula hasil sintesis protein dari
suatu jaringan yg dikirim keluar dari suatu sel atau jaringan hanya direspon oleh jaringan
tertentu, dan ada pula yg direspon oleh byk jaringan? Ini kita bahas pada materi komunikasi
antar sel.
Protein adalah molekul yg sangat penting bagi sel, diantaranya untuk membangun sel.
Komponen terbesar dari sel adalah protein itu sendiri. Itu sudah dipelajari pada materi yg
disampaikan pak hery. Ada jaringan2 tertentu yang memproduksi protein tertentu tetapi tidak
dibutuhkan oleh jaringan itu sendiri, dia dibutuhkan oleh jaringan lain. Maka tugasnya hanya
memproduksi saja, laku dikirim ke luar sel. Lalu Mengapa pula dia memproduksi protein
tersebut? Karena dia diinduksi atau menerima perintah untuk mengekspresikan gen
tertentu/sintesis protein tertentu. Kapan itu terjadi? Ketika sel/jaringan tersebut menerima
ligan/sinyal kimia pembawa pesan. Sinyal/senyawa kimia itu dapat berinteraksi dengan
protein pada jaringan tersebut, protein yang cocok sehingga komunikasi atau perintah dapat
dilaksanakan. Jika jaringan tidak memiliki protein trasnmbran yang cocok, maka tidak terjadi
komunikasi.
Laju produksi/sintesis protein pada suatu jaringan nntinya akan dipengaruhi oleh komunikasi
sel, apakah ditingkatkan, diturunkan atau dihentikan. Beberapa ada juga yang saling berbagi
hasil sintesis dengan sel2 tetangga yang berdekatan melalui pelekatan antar sel, misalnya
melalui gap junction. Ini kita pelajari pada materi berikutnya ttg pelekatan dan komunikasi
sel.

Bagaimana dengan sintesis protein yg melewati ribosom yg bebas pada sitoplasma? Perlu
diingat lagi, ribosom sendiri posisinya tdk selalu tetap, yang bebas diaitoplasma sewaktu2
bisa juga menempel pada RE. Hasil Sintesis protein yg melewati ribosom pada sitoplasma
sebagian besar dibutuhkan oleh sel itu sendiri (diantaranya berbagai enzim yang dibutuhkan
untuk replikasi, transkripsi, translasi, respirasi, fotosintsis), dan tentu ada juga yg tdk
dibutuhkan oleh sel itu. Protein hasil translasi yang melewati ribosom yang ada bebas
disitoplasma bentuknya pun beda, tdk berupa vesikula (tidak bermembran seperti protein
hasil sintesis yg melibatkan RE dan badan golgi).
jika sintesisnya melibatkan RE dan Badan golgi, maka dalam organel2 tersebut terjadi
penambahan berbagai molekul / pengemasan sehingga proteinnya memiliki ciri spesifik.beda
dengan sintesis yg melewati ribosom bebas dlm sitoplasma. Tdk mengalami hal tsv. Protein
yg dihasilkan adalah protein telanjang (tdk berupa vesikula yang dilingkupi membran)
Bagaimana/ seperti apa protein hasil sintesis lewat RE itu ketika dikirim keluar? Ingat bahwa
peristiwa tsb adalah peristiwa eksositosis, isi vesikula berupa protein tersebut dikeluarkan
dari sel, membran vesikula tertinggal dan menyatu dengan membran sel. Kalian bisa cek lagi
materi atau browsing video animasi tkait ekso dan endositosis ya.
Sebuah sel itu diibaratkan sebagai sebuah pabrik yg saaaaangat sibuk, crowded, walau
crowded...tetapi subhanallah, semuanya tetap terkontrol dengan sedemikian baik dan
teraturnya. Apa yg tampil pada diri kita saat ini adalah hasil sintesis protein (ekspresi gen)
dari ratusan ribu gen. Dlm waktu yg bersamaan dalam tubuh kita terjadi baaanyak sekali
sintesis dari berbagai gen/ segmen DNA. Walau setiap sel pada berbagai jaringan/organ
memiliki informasi genetic yang sama persis pada suatu organisme, namun sintesis/ekspresi
gen gen tersebut ada yang memang kita temukan pada setiap jaringan, tetapi ada pula yang
hanya diekspresikan oleh jaringan tertentu saja. Seperti contoh yang disebutkan di atas,
insulin hanya diekspresikan oleh pancreas, estrogen dari ovarium, prolactin dari kelenjar
susu, hormone FSH dan LH oleh kelenjar pituitary.
 2.1 Pengertian Sintesis protein
Sintesis protein merupakan reaksi yang menghubungkan fungsi DNA dengan
penyusunan molekul tubuh, yaitu protein. Protein yang dibentuk melalui sintesis protein akan
mengalami banyak modifikasi, ada yang menjadi protein struktur, proteksi, dan enzim
(biokatalisator).
Kita tahu bahwa semua proses atau reaksi dalam tubuh kita hampir tidak terjadi tanpa
adanya enzim. Hal itu menunjukkan betapa pentingnya enzim dalam tubuh kita, dan proses
dasar atau awal pembuatan enzim yang berasal dari proses sintesis protein.
Sintesis protein terjadi di ribosom, yang mana bisa berada melekat pada retikulum
endoplasma kasar ataupun berada bebas pada sitoplasma. Setelah selesai disintesis, protein
pertama kali mengalami modifikasi pada organel badan golgi. Proses pemindahan protein
dari RE ke badan golgi melalui suatu struktur gelembung atau sering dinamakan sebagai
vesikula.
Vesikula yang membawa protein dari RE merupakan hasil pelepasan membran pada RE
dan bisa melalukan fusi atau penggabungan membran dengan badan golgi. Oleh karena itu,
struktur membran pada RE dan badan golgi memiliki persamaan. Selain itu, secara garis
besar, badan golgi dan RE memiliki persamaan model, yaitu membran yang berlipat-lipat.
Sintesis protein secara singkat dapat didefinisikan sebagai proses penerjemahan
informasi yang ada pada DNA (sumber materi genetik) yang mengkode asam-asam amino
sehingga menjadi rantai peptida (rantai protein). Akan tetapi, pengertian yang semacam bisa
didapati berbeda, tergantung dari sumber yang digunakan sebagai acuan meskipun isinya
sebenarnya sama saja.
Dalam Sintesis Protein terdapat beberapa komponenKomponen yang berperan dalam
sintesis protein adalah inti sel, RE kasar, Ribosom (rRNA), mRNA, tRNA, RNA polimerase.

a.      Inti sel
Inti sel merupakan lokasi dimana sumber informasi genetik berada, yaitu DNA. Jadi,
informasi yang akan diterjemahkan pada sintesis protein berasal dari inti sel.
b.     RE Kasar & Ribosom (rRNA)
RE kasar merupakan lokasi dimana ribosom melekat. Selain itu, rRNA atau Ribosomal RNA
merupakan tempat terjadinya sintesis protein.
c.      tRNA (RNA transfer)
tRNA merupakan salah satu jenis RNA yang bertugas untuk mengikat asam amino dari
sitoplasma dan menggabungkannya dengan asam amino lain pada tahapan sintesis protein.
d.     RNA polymerase
e.      RNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses perangkaian molekul RNA
dari molekul DNA.

Sintesis proteinmerupakan penyusunan amino pada rantai polipeptida. Dalam proses

tersebut melibatkan DNA (Timin”T”,Adenine”A”,Sitosin”C”,Guanin”G”) dan RNA
(Urasil”U”,Adenin”A”,Sitosin”C”,Guanin”G”) . DNA berfungsi sebagai bahan genetic
untuk sel baik prokariot maupun eukariot, karena prokariot tidak memiliki system internal,
DNA tidak terpisahkan dari inti sel lainnya. Pada Eukariot DNA terletak di inti dipisahkan
dari sitoplasma oleh selubung inti. Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan
 translasi. Seperti kita ketahui DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada
di kromosom dan terikat oleh protein histon. Saat menjelang proses transkripsi berjalan,
biasanya  didahului signal  dari luar akan kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang
dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di
tingkat  sel maupun jaringan.
Kemudian RNA polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari gen yang
akan ditranskripsi.  Kemudian RNA  polymerase  ini akan menempel  (binding) di daerah
promoter spesifik dari gene  yang akan disintesis  proteinnya, daerah promoter ini merupakan
daerah consesus sequences, pada urutan -10 dan -35 dari titik inisiasi (+1) yang mengandung
urutan TATA-Box  sebagai basal promoter. Setelah itu, polimerase ini akan membuka titik
inisiasi (kodon ATG) dari gene  tersebut  dan  mengkopi semua  informasi secara  utuh baik
daerah exon maupun intron, dalam bentuk molekul immature mRNA (messenger RNA).
Kemudian  immature  mRNA  ini diolah  pada  proses  splicing  dengan
menggunakan  smallnuclearRNA  (snRNA)  complex  yang akan memotong  hanya daerah
intron, dan semua  exon  akan disambungkan menjadi satu urutan gen utuh tanpa non-coding
area dan disebut sebagai mature mRNA. Pada  tahap berikutnya, mRNA  ini diproses  lebih
lanjut  pada  proses translasi di dalam ribosom, dalam tiga  tahapan pokok yaitu inisiasi
sebagai mengawali sintesis polipeptida dari kodon AUG yang ditranslasi sebagai asam
amino  metionin. 
Pertumbuhan karakter menempuh reaksi-reaksi kimia yang kompleks. Reaksi
kimia  selalu  dilancarkan  oleh  enzim dimana  enzim adalah  protein.  Oleh  karena itu
sintesa protein menentukan karakter. RNA diperlukan dalam proses sintesa protein
untuk  membawa  informasi  yang  dibawa  oleh  gen  ke  tempat  sintesis  protein dalam
sitoplasma.
Replikasi DNA terjadi di dalam sel saat persiapan untuk proses pembelahan sel, baik
mitosis maupun miosis. Tanpa replikasi, sel-sel anak tidak akan menerima kumpulan
informasi yang dibutuhkan untuk mempertahankan kehidupan. Proses transkripsi membentuk
rantai RNA, yaitu salinan dari segmen DNA yang terbentuk.
Sebagian molekul RNA yang terbentuk terlibat dalam beragam proses biokimia,
sisanya digunakan dalam translasi informasi RNA menjadi protein.
Tahapan  sintesis protein adalah :
1.     Pencetakan RNA-m melalui proses transkripsi.
2.     Penterjemahan  informasi  genetis  berupa  urutan   asam   amino  melalui proses
translasi. prosesnya :
       replikasi : yang terjadi seperti pada sel membelah waktu mitosis
       transkripsi :informasi genetic pada DNA, di salin oleh mRNA
       translasi : mRNA ke sitoplasma ke reticulum

2.2  Tahapan Sintesis Protein

Sebelum sel membelah, DNA harus direplikasi dalam fase S dari siklus sel.  Proses
replikasi melibatkan enzim polymerase.  Proses ini melibatkan pembukaan utas ganda DNA,
sehingga memungkinkan terjadinya perpasangan basa untuk membentuk utas
 baru.  Pembentukan utas komplementer terjadi melalui perpasangan basa antara A dengan T
dan G dengan C. Dalam replikasi DNA, setiap utas DNA lama berperan sebagai cetakan
untuk membentuk DNA baru.
Proses penyalinan urutan basa-basa nukleotida purin dan pirimidin dalam untai ganda
DNA inang ke sel turunan (replikasi semikonservatif : setengah untai asli setengah sintesis
baru). Diawali dari pelepasan untai ganda oleh enzim DNA gyrase Terbentuk garpu
repliakasi (replication fork) Garpu bergerak dalam 2 arah berlawanan sampai kedua ujung
bertemu menghasilkan DNA baru Masing untai DNA induk berperan sebagai cetakan Untai
baru dijamin komplementer dengan untai lama oleh DNA polymerase  Untai baru memiliki
polaritas berlawanan dengan untai induk
Model DNA Watson dan Crick menyatakan bahwa saat double heliks bereplikasi,
masing-masing dari kedua molekul anak akan mempunyai satu untai lama yang erasal dari
satu molekul induk dan satu untai yang baru.  Model replikasi ini disebut model
semikonservatif.  Model lainnya adalah model konservatif dimana molekul induk tetap dan
molekul baru disintesis sejak awal.  Model ketiga disebut model dispersif yaitu bahwa
keempat untai DNA, setelah replikasi double heliks, mempunyai campuran anatara DNA
baru dan DNA lama. Pengujian yang dilakukan oleh Meselson dan Stahl menunjukkan bahwa
replikasi DNA terjadi secara semikonservatif.  Daerah penggandaan bergerak sepanjang
DNA induk membentuk replication fork.  Pada daerah ini, kedua utas DNA yang baru,
disintesis dengan bantuan sekelompok enzim, salah satunya adalah DNA polimerase.
Sintesis DNA tidaklah berjalan secara kontinu pada kedua utas cetakan.  Hal ini karena
kedua utas DNA tersusun sejajar berlawanan arah atau antiparalel.  Maka utas DNA baru
akan tumbuh dari 5′ - 3′ sedang yang lainnya dari 3′ - 5′ pada cetakan.  Sintesis dari 3′ - 5′
tidak mungkin dilakukan karena tidak ada DNA polymerase untuk arah 3′ - 5′. Replikasi
DNA pada cetakan 3′ - 5′ terjadi seutas demi seutas dengan arah 5′ - 3′ yang berarti replikasi
berjalan meninggalkan replication fork. Utas-utas pendek tersebut kemudian dihubungkan
oleh enzim ligase DNA. 
Dalam replikasi DNA terdapat utas DNA yang disintesis secara kontinu yang terjadi
pada cetakan 5′ - 3′.  Utas DNA yang disintesis secara kontinu ini disebut utas utama atau
leading strand.  Sedangkan utas DNA baru yang disintesis pendek-pendek seutas-demi seutas
disebut utas lambat atau lagging strand.  Utas-utas pendek atau fragmen-fragmen pendek
yang terbentuk disebut fragmen Okazaki. Sintesis pada leading strand memerlukan molekul
primer pada permulaan replikasi  Setelah replication fork terbentuk, polymerase akan bekerja
secara kontinu sampai utas DNA baru selesai direplikasi. 
Pada sintesis lagging strand, diperlukan enzim lain primase DNA.  Setelah utas DNA
terbuka untuk melakukan replikasi, dan setelah terbuka pada lagging strand, utas harus dijaga
agar tetap terbuka.  Jadi dalam proses replikasi DNA melibatkan beberapa protein baik
berupa enzim maupun non-enzim yaitu :
a.      Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotida-nukleotida
b.     Ligase DNA: enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging
c.      Primase DNA: enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand.
d.     Helikase DNA: enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double helix
e.      Single strand DNA-binding protein : mestabilkan DNA induk yang terbuka
 Replication fork berasal dari struktur yang disebut replication bubble yaitu daerah
menggelembung tempat pilinan DNA induk terpisah untuk berfungsi sebagi cetakan pada
sintesis DNA. Hubungan antara  DNA (Gen) dengan Protein (Enzim) adalah :
•        DNA berada di inti sel (nukleus) dan tidak dijumpai di sitoplasma
•        Protein yang berperan dalam metabolisme ada di sitoplasma dan tidak ada di inti.
Perlu adanya penghubung antara DNA dengan Protein, yaitu molekul yang dijumpai di
inti maupun di sitoplasma

a.      Tahap Transkripsi
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetic yang ada pada urutan DNA
menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifat-sifat genetic
yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah satu untaian
molekul DNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA yang
komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis besarnya
dapat dibedakan menjadi tiga kelompok molekul RNA,yaitu :
1.     mRNA (messenger RNA)
2.     tRNA (transfer RNA)
3.     rRNA (ribosomal RNA)
 Molekul mrna adalah RNA yang merupakan salinan kode-kode genetic pada DNA
yang dalam proses selanjutnya (yaitu proses translasi) akan diterjemahkan menjadi urutan
asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu. Molekul trna
adalah RNA yang berperan membawa asam-asam amino spesifik yang akan digabungkan
dalam proses sintesa protein (translasi).
Molekul rRNA dan RNA yang digunakan untuk menyusun ribosom, yaitu suatu
partikel di dalam sel yang digunakan sebagai tempat sintesis protein. Molekul tRNA dan
rRNA tidak pernah ditranslasi karena molekul yang digunakan adalah RNA-nya itu sendiri.
Salah satu pita DNA tunggal mencetak mRNA. Pita tersebut dinamakan pita sense,
sedangkan pita yang tidak mencetak mRNA disebut pita antisense. mRNA yang telah dicetak
kemudian keluar dari inti sel melalui pori-pori nukleus masuk ke dalam sitoplasma ,Susunan
tiga basa mRNA komplementer dengan susunan tiga buah pita sense DNA.
Sintesis RNA ini selalu terjadi menurut arah 5’ ke 3’. Transkripsi akan berakhir jika
RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA terminator yang berfungsi sebagai sinyal
terminasi. Dalam proses transkripsi, beberapa komponen utama yang terlibat adalah :
1.     urutan DNA yang akan ditranskripsi (cetakan/template)
2.     enzim RNA polymerase
3.     factor-faktor transkripsi
4.     precursor untuk sintesis RNA
Urutan DNA yang ditranskripsi adalah gen yang diekspresikan. Secara garis besar gen
dapat diberi batasan sebagai suatu urutan DNA yang mengkode urutan lengkap asam amino
suatu polipeptida  atau molekul RNA tertentu. Gen yang lengkap terdiri atas tiga bagian
utama, yaitu
(1)      daerah pengendali (regulatory region) yang secara umum disebut promoter,
(2)      bagian structural, dan
(3)      terminator. promoter adalah bagian gen yang berperanan dalam mengendalikan proses
transkripsi dan terletak pada ujung.
b.   Tahap Translasi
Translasi merupakan pemindahan informasi genetik dari RNA dan membentuk protein
yang sesuai. Pada proses ini terjadi penerjemahan informasi genetik yang berupa serangkaian
kodon di sepanjang molekul mRNA oleh tRNA menjadi asam amino. Setiap molekul tRNA
menghubungkan kodon tRNA tertentu dengan asam amino tertentu. tRNA akan terus datang
membawa asam amino ke ribosom dan menyatukan asam aminonya sehingga terbentuk
polipeptida yang makin panjang. Setiap molekul tRNA akan dilepaskan dari ribosom setelah
memberikan asam aminonya.
Peristiwa ini berlanjut hingga kodon “stop” mencapai ribosom.
Kodon “stop” berfungsi sebagai sinyal untuk menghentikan translasi. Selanjutnya protein
dan ribosom akan pisah dari mRNA. Perlu dipahami bahwa hanya molekul mRNA yang
ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak di translasi. Molekul mRNA merupakan
transkripsi (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading
frame=kerangka baca terbuka). Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom,
yakni organel tempat berlangsungnya sintesis protein, sedangkan tRNA adalah pembawa
asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida. Suatu ORF dicirikan
oleh :
1.     Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA)
2.     Serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon
3.     Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada mRNA), atau
TGA (UGA pada mRNA).
Translasi berlangsung di dalam ribosom. Ribosom disusun oleh molekul-molekul
rRNA dan beberapa macam protein. Ribosom tersusun atas dua subunit, yaitu subunit kecil
dan subunit besar. Pada jasad prokaryot, subunit kecil mempunyai koofisien sedimentasi
sebesar 30S (unit Svedberg) sedangkan subunit besar berukuran 50S, tetapi pada saat kedua
unit tersebut bergabung, koofisien sedimentasinya adalah 70S.pada jasad eukaryote, subunit
kecil berukuran 40S, sedangkan subunit besar berukuran 60S, tetapi sebagai suatu kesatuan,
ribosom eukaryote mempinyai koofisien sedimentasi sebesar 80S.
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Sintesis protein merupakan reaksi yang menghubungkan fungsi DNA dengan
penyusunan molekul tubuh, yaitu protein. Protein yang dibentuk melalui sintesis protein akan
mengalami banyak modifikasi, ada yang menjadi protein struktur, proteksi, dan enzim
(biokatalisator).Secara garis besar dikenal empat tipe habitat utama yakni:
daratan,perairantawar,perairan payau,dan estuaria serta perairan bahari/laut.Berdasarkan
variasi habitat menurut waktu, Berdasarkan variasi kondisi habitat menurut ruang.
Sintesis protein terjadi di ribosom, yang mana bisa berada melekat pada retikulum
endoplasma kasar ataupun berada bebas pada sitoplasma. Setelah selesai disintesis, protein
pertama kali mengalami modifikasi pada organel badan golgi. Proses pemindahan protein
dari RE ke badan golgi melalui suatu struktur gelembung atau sering dinamakan sebagai
vesikula.
Tahapan Sintesis Protein adalah Replikasi, Transkripsi, Dan Translasi.Replikasiadalah
Proses Penggandaan DNA yang terjadi sebelum sel membelah waktu mitosis. Transkripsi
adalah pencetakan mRNA (kode) oleh DNA (DNA template/ DNA sense) dengan
menggunakan enzim RNA polimerase. Kode pada mRNA akan terbaca oleh ribosom dengan
dibantu oleh tRNA yang terdapat di dalam sitoplasma.
Hasil dari proses sintesis protein adalah rantai primer protein (rantai polipeptida) yang
masih belum fungsional. Untuk menjadi fungsional, protein harus dimodifikasi di badan golgi
sesuai kebutuhan sel. 

Mitokondria

Sintesa protein yang tersusun dari asam amino berlangsung di ribosom melalui proses translasi dari
informasi yang dibawa oleh mRNA.  Asam amino ditentukan oleh kodon yang terdapat pada mRNA
yang terdiri dari 3 (triplets) nukleotida.  Proses translasi membutuhkan molekul adaptor, tRNA, yang
mengenali kodon dan menyisipkan asam amino yang dibawa kedalam polipeptida pada posisi yang
sesuai.  Sequen basa pada kodon dideduksi dari eksperimen menggunakan mRNA sintetik yang telah
diketahui komposisi dan deretannya.  Kodon AUG memberikan signal awal (inisiasi) dari proses
translasi, sedang triplet UAA, UAG, dan UGA memberikan signal terminasi.  Kode genetic adalah
universal untuk seluruh spesies dengan beberapa derivate minor pada mitokondria dan beberapa
organism sel tunggal.  Posisi ketiga dari masing-masing kodon kurang spesifik dibandingkan dengan
posisi pertama dan ketiga dan disebut sebagai ‘to wobble’. 

Sintesa protein berlangsung di ribosom yang terdiri dari protein dan rRNA. Bakteri memiliki 70S
ribosom dengan subunit besar (50S) dan kecil (30S).  Sedang ribosom eukariot adalah lebih besar,
yaitu 80S dan terdiri dari beberapa protein.  Transfer RNA memiliki 73-93 residu nukleotida, beberapa
basanya termodifikasi.  Masing-masing tRNA memiliki lengan asam amino dengan seuqen terminal
CCA (3’) yaitu tempat asam amino teresterifikasi, lengan antikodon, lengan TψC, dan lengan D. 
Beberapa tRNA memiliki lengan kelima. Antikodon bertanggung jawab terhadap interaksi spesifik
antara aminoacyl-tRNA dan kodon mRNA sebagai komplementernya.   Perpanjangan polipeptida
pada ribosom berawal dari terminal amino pada asam amino dan memanjang dengan adanya
penambahan residu baru ke ujung terminal karbonil.

Sintesa protein berlangsung melalui 5 tahap: (1) Aktivasi asam amino oleh aminoasil-tRNA sintetase
yang spesifik pada sitosol.  Enzim ini mengkatalisa terbentuknya aminoasil-tRNA, dengan memotong
secara simultan ATP menjadi AMP dan PPi.  Fidelity dari sintesa protein tergantung dari ketepatan
reaksi ini, dan beberapa enzim mampu melakukan tahap proofreading pada sisi aktif yang terpisah. 
Pada bakteri, seluruh protein memiliki aminoasil-tRNA awal adalah N-formilmetionil-tRNA fMet.  (2)
Inisiasi pada sintesa protein melibatkan terbentuknya kompleks ribosom subunit 30S, mRNA,
GTP,fMet-tRNAfMet, tiga factor inisiasi, dan subunit 50S; GTP dihidrolisa menjadi GDP dan Pi. (3)
Pada tahap elongasi, GTP dan factor elongasi dibutuhkan untuk mengikat aminoacil-tRNA yang
datang pada sisi A ribosom.  Pada reaksi transfer peptidil yang pertama, residu fMet ditransfer ke
gugus amino dari aminoasil-tRNA yang datang.  Perpindahan ribosom sepanjang mRNA selanjutnya
mentranslokasi dipeptidil-tRNA dari sisi A ke sisi P, proses yang membutuhkan hidrolisis GTP.
Deasilasi tRNA selanjutnya lepas dari sisi E ribosom. (4) Setelah berlangsung proses elongasi,
sintesa polipeptida diakhiri dengan bantuan factor release (pembebas).  Paling tidak ekuaivalen 4
fosfat berenergi tinggi (dari ATP dan GTP) diperlukan untuk menghasilkan masing-masing ikatan
peptide, investasi energy dibutuhkan untuk garansi fidelity dari proses translasi. (5) Polipeptida
mengalami pelipatan ke bentuk aktif, bentuk 3-dimensi.  Beberapa protein diproses lebih lanjut oleh
reaksi modifikasi pasca-translasi. Beberapa antibiotik dan toksin dapat menghambat sintesa protein.