Salat istikharah boleh dikerjakan paling sedikit dua rakaat atau hingga dua belas rakaat

(enam salam). Selepas membaca Al-Fatihah pada rakaat yang pertama, diutamakan
membaca Surah Al-Kafiruun (1 kali). Selepas membaca Al-Fatihah pada rakaat yang kedua,
diutamakan membaca 1 Surah Al-Ikhlas (1 kali). namun untuk surah yang lain tetap
diperbolehkan dibaca selepas membaca surah Al-Fatihah, baik pada rokaat pertama dan
kedua.

Setelah salam dilanjutkan do'a salat istikharah kemudian memohon petunjuk dan
mengutarakan masalah yang dihadapi. Sebuah hadits tentang do'a setelah salat istikharah
dari Jabir r.a mengemukakan bahwa do'a tersebut dapat berbunyi:

"Ya Allah, aku memohon petunjuk kebaikan kepada-Mu dengan ilmu-Mu. Aku memohon
kekuatan dengan kekuatan-Mu. Ya Allah, seandainya Engkau tahu bahwa masalah ini baik
untukku dalam agamaku, kehidupanku dan jalan hidupku, jadikanlah untukku dan
mudahkanlah bagiku dan berkahilah aku di dalam masalah ini. Namun jika Engkau tahu
bahwa masalah ini buruk untukku, agamaku dan jalan hidupku, jauhkan aku darinya dan
jauhkan masalah itu dariku. Tetapkanlah bagiku kebaikan di mana pun kebaikan itu berada
dan ridhailah aku dengan kebaikan itu". (Hadits riwayat Al Bukhari)