Catatan

DASAR-DASAR BIOTEKNOLOGI

“ BIOTEKNOLOGI DAN PANDEMI COVID 19 MENGENAL STRUKTUR

VIRUS CORONA”

Nur Sarif
03101711034

Dosen Pengampuh:

Dr. Sundari S.Pd.,M.Pd

Dr dharmawati M. Tahaer S.Pd.M.Si

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS KHAIRUN
APRIL 2020
 BIOTEKNOLOGI DAN PANDEMI COVID 19 MENGENAL STRUKTUR
VIRUS CORONA

Bagaimana cara sederhana untuk mengembangkan penelitian terkait SARS-

CoV-2 melalaui pendekatan bioinformatika? Vektor virus ini beragam seperti
kelelawar atau beberapa yang diisukan yaitu ular, namun hingga saat ini penelitian
terkait asal usul virus masih terus dilakaukan. Banyak yang berpendapat bahwa
SARS-CoV-2 mirip dengan influenza ditinjau beberapa gejala yang dirunjukan
ketika seseorang telah terinfeksi. Namun ditinjau secara molekuler,memang kedua
virus ini sama-sama memiliki struktur envelop (amplop)yang berasal dari membran
plasma sel inang.

Gambar. Beberapa bagian dari virus corona

Bagian-bagian tersebut sangat kursial bagi virus untuk menjalankan proses replikasi
dalam sel inang. Reseptor dari virus ini yaitu ACE-2 yang terdapat pada organ
pernafasan dan memungkinkan dijangkau olehnya. Reseptor tersebut dalam kondisi
normal memang terlibat untuk memediasi endositosis oleh sel saat terjadinya transpor
aktif, namun oleh virus dimanfaatkan untuk masuk kedalam sel.

1
Gambar tersebut merupakan hasil simulasi yang mana saya beserta rekan peneliti
mencoba untuk memodelkan interaksi molekuler antara glikoprotein virus saat
berikan dengan reseptornya dengan harapan memperoleh calculasi energi pengikatan
terenda yang disimbolkan E.

Simulasi tersebut berperan untuk mengetahui beberapa energi pengikatan

yang terjadi antara glikoprotein virus dengan sel inang (ACE), yang mana energi
tersebut memicu konfirmasi (perubahan) reseptor sel inang yang memicu penarikan
virion menuju kedalam sel. Adanya beberapa bagian kursial pada virus yang berperan
dalam proses replikasi maupun infeksius, dapat berpotensi sebagai target desain
vaksin maupun obat.

Gambar diatas merupan replikasi virus

Beberapa strategi untuk penangan virus dapat dilakukan dengan cara misalnya
desain vaksin, kita dapat memodelkan desain vaksin yang bertujuan untuk memicu

2
proses netralisasi antibodi oleh sel B, yaitu dengan cara memprediksi epitop ( daerah
pada virus yang dapat dikenali sel imun) virus yang terdapat pada bagian tersebut
digunakan virus untuk penempelan pada reseptor sel inang.

Sedangkan jika kita menginginkan untuk melakukan desain obat dapat

menargetkan protein virus yang berperan sebagai faktor infeksius seperti non-
structural protein (ns) pada SARS-CoV-2. Protein tersebut berperan menghambat
kinerja sel untuk memberitahukan ke sistem kekebalan tubuh ketika dia telah
terinfeksi, uniknya SARS-CoV-2 dapat membuat sistem imun dalam tubuh kita
menjadi hiperaktif akibat produksi sinyal proinflamasi secara berlebihan (badai
sitokin). Akibatnya sel imun akan menghancurkan semua sel-sel yang ditemui, entah
itu terinfeksi virus atau tidak.

Gambar penelitian bioinformatika dan menyinggung terkait strategi desain obat

maupun vaksin.

Bioniformatika sebenarnya adalah cabang dari biologi yang

mengintergrasikan interdisiplin ilmu pengetahuan seperti biologi, matematika, fisika,

3
kimia, dan komputer, untuk melakukan analisis sebuah problematika dalam
kehidupan. Hasil

penelitian ini masih bersifat teoritis dan harus divalidasi ulang melalui wet leb (in
vitro & in vivo). Di sebut sebagai in silico karena kebanyakan penelitian
bioinformatika menggunakan bantuan server, database, dan software notabennya
terdapat dalam komputer yang tersusun atas komponen logam silikat.

Moleculer docking (penambatan molekuler bisa digunakan untuk

menginteraksikan molekul satu dengan lainnya dengan tujuan untuk memperoleh
nilai besar kecilnya energi peningkatan. Analisis ini sangat populer untuk melakukan
desain obat secara in silico.

Senyawa kandidat obat yang memiliki energi pengikatan terendah

memungkinkan untuk mempengaruhi aktivitas biologis dari protein target. Aktivitas
biologis yang dimaksud yaitu tergantung dari tujuan penelitian ( apakah ingin
menetukan akivator mqupun inhibitor). Jadi bukan untuk mengetahui potensi obat,
melainkan hanya prediksi mekanisme kandidat obat ketika berikatan dengan protein
target.

 Pertanyaan- Pertanyaan Dan Jawaban

4
1. Apa hubungannya ilmu pengetahuan matematika dan informatika dalam
mengintergrasikan interdisiplin untuk melakukan analisis sebuah
problematika kehidupan ? ( Bioinformatika merupakan ilmu integrasi
komputerisasi matematika dalm pembangunan modeling yang
dimanfaatkan untuk perdiksi dalam bidang farmasi dan medis).
Faksin adalah virus yang sudah dilemahkan biasa di imunisasikan pada
menusia agar tidak mudah terinfeksi virus jika ada wabah seperti saat ini
tapi vaksin covid19 sampai saat ini belum ada
Virus akan mudah membuat penyakit parah sampai mati jika pasean
disertai penyakit degeneratif bawaan sebelumnya karna memang imunitas
tubuh drop
2. Kenapa materi genetika SARS/CoV//berupa RNA sangat cepat bermutasi
(virus sar cov 2 ini secara evolusi sam dengan influenza mers atau SARS-
CoV-1 pada flu burung cepat bermutasi karena. Memang faktor
lingkungan yang sangat drastis ketidak seimbangannya pada intinya
mutasi adaptasi merupakan bagian dari evolusi menuju kekeseimbangan
initrace covid berdasrkan filogenetiknya.
3. SARS-Cov-2 dapat mebuat sistem imun kita menghancurkan semua sel
yang temui baik terinfeksi atau tidak ( salah satu laju mutasi dari SARS-
CoV-2 yang nenek moyangnya sama dengan influenza adalah kemampuan
daya infeksius yang tinggi atau penularan. Yang tinggi sehingga sangat
mengkhawatirkan saat ini. Untuk imunitas tubuh kita jika cukup dan tidak
ada sumber infeksi maka dengan alami akan menghancurkan virus yang
masuk ketubuh sebagai anti gen atau antibodi kita akan menghancurkan
selama masa inkubasi 7-14 hari itu penentuannya)
4. SARS-CoV-2 akan masuk ketubuh manusia dengan menjadikan ACE-2
ebagai reseptor, lalu apakah virus ini dapat mengikat enzim tersebut di
bagian lain dalam tubuh, selama ada enzim tersebut sehingga menginfeksi
daerah lain ? ( betul ACE-2 merupakn reseptor dari corona, jadi jika ada

5
 corona masuk ketubuh dan pas ketemu ACE-3 maka akan berikatan
seperti medan magnet alias coco dan akan ada inveksi tapi setelah 14 hari
dulu analisis oleh antibodi kita atau dihancurkan oleh antibode kita saat
masa inkubasi)
5. Pada virus covid 19 ada yang positif dan tubuh memperlihatkan tanda-
tanda gejala dari covid 19 ada juga yang positif tapi tubuh mereka tidak
memperlihatkan gejala terserang virus tersebut (OTG), kenapa sampai hal
itu bisa terjadi ( covid 19 ini memiliki laju mutasi infeksius tinggi dan
apabila antibodi seseorang bagus maka meskipun setelah 14 hari postif
tidak akan ada gejala sakit. Alias carier bisa menularkan ke orang, yang
orang antibodi lemah plus ada bawaan penyakit pernafasan dan jantung
paru-paru itu yang cepat gejala sampai mati. Kalau tenaga mdis yang
meninggal setelah terpapar dari pasien dia kerja keras pakai APD dan
lelah plus stres dan mungkin kurang sehat jadi tidak kuat. Makanya covid
19 ini mengerikannya pada infksius atau penularan yang ganas dan cepat
mutasi tinggi sudah dibuat vaksinnya karena genom RNA selalu berubah)
6. Ketika orang sudah terkena virus corona mereka masi bisa sembuh tapi
paru-paru sudah rusak dan ketika ada virus lain pun siorang yang dulunya
terkena virus corona tidak akan lagi terkena virus tersebut karena sudah
terhidap virus. Nah jadi yang menjadi pertanyaan saya apakah pernyataan
dari yang saya dengar-orang-orang katakan itu benar atau tidak? ( saya
jelaskan paru-paru orang positif dan saki memang rusak karena adanya
flek dari aktifitas metabolisme virus yang di sebut badai sitokin paru-paru
yang tertutup flek inilah yang menyebabkan pasien sesak nafas sampai
meninggal, orang yang sakit covid 19 masi bisa sakit lagi seperti penyakit
flu jika kita harus waspada dengan virus ini selalu kenapa kok masi bisa
sakitkan, virus ini satu nenek moyang dengan corona lain termasuk flu
tapi mutasi tinggi kecuali nanti ada vaksin baru aman selama ini flu juga

6
tidak bisa dibuat vaksin karena stabilitas genom yang rendah alias mudah
berybah)