Nama : Nur Hanifah Alim Kiswara

NIM : 180210103057
Bioinformatika Protein A

Kesimpulan Review Jurnal Kelompok 1& 2

1. Kelompok 1
 Mengkaji tentang Evolutionary Relationship Between Protein judul jurnal
yaitu Detecting Remote Evolutionary Relationships among Proteins by Large-
Scale Semantic Embedding.
 Tujuan : Menggunakan kesamaan urutan antara protein untuk mendeteksi
hubungan evolusi antar protein dengan menggunnakan Large-Scale Sematic
Embedding.
 Permasalahan : Mencari database urutan protein atau DNA untuk
menemukan urutan yang secara evolusioner terkait dengan permintaan adalah
salah satu masalah mendasar dalam biologi komputasi. Dari sudut pandang
pembelajaran mesin, metode baru-baru ini melibatkan membangun model
lingkungan dari permintaan dan target dalam ruang urutan protein dan
menggunakan model lingkungan lokal untuk menghitung ukuran kesamaan
yang lebih baik.
 Metode/ Langkah Kerja :
1. Pengindeksan protein semantik
Untuk mempelajari penyisipan urutan protein ke dalam ruang semantik,
kita perlu mendefinisikan (i) representasi fitur untuk protein, (ii) sinyal
pelatihan yang menentukan apakah pasangan urutan pelatihan yang
diberikan sama dan harus didorong bersama oleh algoritma, atau berbeda
dan harus ditarik terpisah, dan (iii) algoritma yang mempelajari
penanaman yang tepat. Mari kita menyatakan himpunan protein dalam
database sebagai fptg ~ t ~ 1 dan protein permintaan sebagai q [P, di mana
P adalah himpunan semua sekuens asam amino yang mungkin.
2. Menambahkan informasi tentang struktur protein
Secara umum, mengenali hubungan homologi jarak jauh di antara struktur
protein lebih mudah daripada mengenali homologi jarak jauh hanya
berdasarkan urutan protein. kami ingin memastikan bahwa penyertaan
kami menangkap informasi struktural ini selain informasi berbasis urutan
yang disediakan oleh PSI-BLAST. informasi struktural: (1) label kategori
untuk protein tertentu dan (2) skor kesamaan antara pasangan protein.
Untuk label kategori, kami menggunakan Klasifikasi Struktural Protein
(SCOP).
3. Kumpulan data
Untuk data berlabel yaitu, protein dengan label kategori struktural dan
struktur 3D yang digunakan untuk menghitung skor kesamaan
berpasangan kami menggunakan protein dari basis data protein SCOP
v1.59 kami menggunakan ASTRAL. Sedangkan, Untuk data yang tidak
 berlabel, yaitu urutan domain protein tanpa label kategori atau informasi
struktural, kami menggunakan urutan dari basis data domain ADDA versi
4 (http: // ekhidna. Biocenter.helsinki.fi/downloads/adda).
 Result :
1. Penempelan dua dimensi protein
2. ProtEmbed memberikan peringkat yang akurat
3. Kalibrasi skor ProtEmbed
4. Memvisualisasikan hasil kueri
 Discussions : Kami telah menunjukkan bahwa PROTEMBED mempelajari
embedding urutan domain protein sedemikian rupa sehingga kedekatan di
ruang embedding mencerminkan hubungan homologi. Algoritme
PROTEMBED mempelajari penyematan pada sekuens domain daripada
sekuens protein full-length, karena embedding hanya masuk akal ketika
hubungan transitivitas berlaku. Analisis urutan protein adalah salah satu
subbidang tertua dari biologi komputasi, dengan alat yang matang dan khusus
dirancang untuk menggambarkan struktur lokal ruang urutan protein.
 Conclutions : Analisis urutan protein adalah salah satu subbidang tertua dari
biologi komputasi, dengan alat yang matang dan khusus dirancang untuk
menggambarkan struktur lokal ruang urutan protein. Dengan mengadaptasi
teknik baru dari domain data masif seperti pemrosesan bahasa alami dan
pencarian web, kami telah menunjukkan bahwa struktur global ruang urutan
protein dapat dieksploitasi untuk masalah klasik seperti deteksi homologi.

2. Kelompok 2
 Mengkaji tentang Detection similarities Protein to determine functional
assignmen judul jurnal yaitu Comparison of the protein-coding genomes of three
deep-sea, sulfur-oxidising bacteria: “Candidatus Ruthia magnifica”, “Candidatus
Vesicomyosocius okutanii”
and Thiomicrospira crunogena.
 Tujuan : Menguji kandungan protein dari Candidatus Ruthia magnifica,
Candidatus Vesicomyosocius okutanii, dan Thiomicrospira crunogena untuk
mengeksplorasi kesamaan dan mengetahui fungsi dari masing-masing
sequens ketiga spesies yang ada .
 Permasalahan : Ketiga spesies bakteri pengoksidasi belerang ini ditemukan
di lingkungan laut dalam. Dimana penelitian terbaru menunjukkan bahwa,
"Candidatus R. magnifica" dan "Candidatus V. okutanii", mempunyai nenek
moyang yang sama dengan spesies otonom Thiomicrospira crunogena.

a. Bagaimana kesamaan kandungan sequens protein dari Candidatus

Ruthia magnifica, Candidatus Vesicomyosocius okutanii, dan
Thiomicrospira crunogena ?
b. Bagaimana fungsi kesamaan kandungan sequens protein dari
salinan kelompok protein dari masing-masing spesies?
  Metode : ini menggunakan orthoMCL dan BLAST untuk membuat grup
protein berdasarkan sequence similarity, serta UniProt untuk menetapkan
masing-masing fungsi grup tersebut.
 Langkah kerja :
1. Varian 4273π dari sistem operasi Raspbian Linux digunakan pada
komputer Raspberry Pi (Versi 1, Model B, Revisi 2.0). Genome-wide
protein untuk Candidatus Ruthia magnifca, Candidatus Vesicomyosocius
okutanii, dan Tiomicrospira crunogena XCL-2 diunduh dalam format
FASTA, dari database genom Ensembl (http: //ensemblgenomes.org)
2. Perangkat lunak OrthoMCL (http: //orthomcl.org) dan MCL digunakan
untuk membatasi kelompok protein berdasarkanbsequence similarity.
3. Prosedur OrthoMCL diikuti sebagaimana dijabarkan di dalam panduan
dengan menggunakan pengecualian matriks substitusi BLOSUM45 untuk
‘all versus all‘ NCBI BLAST dan menghilangkan parameter -Z BLAST,
dan untuk analisis final , nilai infasi (I) ditetapkan 1.4 saat menjalankan
MCL.
4. Ketika nilai infasi menurun, urutan dimasukkan dalam lebih sedikit,
kelompok yang lebih besar, mengurangi keketatan dan granulitas
kelompok yang dibatasi. Untuk menentukan yang optimal nilai parameter
informasi, pertama kisaran nilai diuji (I = 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7,
1.8, 1.9, 2,4, 6, 10 dan 12).
5. Fungsi beranotasi dari tiga kelompok protein pertama (terbesar) diperiksa
menggunakan UniProt(http://uniprot.org)
6. Hanya nilai 1.2-1.9 yang memunculkan kelompok-kelompok yang secara
fungsional kompak dan inklusif. Dalam rentang ini, grup 1, misalnya,
mengandung diguanylate phosphodiesterases /cyclases (Tabel 1) tetapi
ketika meningkat menjadi 2 terdapat beberapa kelompok.
7. Selanjutnya, ketika 1,1 protein dengan fungsi yang berbeda (regulator
transkripsi-winged helix family) juga termasuk dalam grup ini.
8. Ketika menggunakan I = 1.2, 1.3 dan 1.4 memunculkan kelompok yang
tidak hadir, jika menggunakan nilai-nilai lain, dan memiliki beberapa
salinan protein “Candidatus R. magnifca” tetapi hanya satu salinan
“Candidatus V. okutanii” dan protein T. crunogena.
9. UniProt memprediksi bahwa protein ini memiliki fungsi yang sama
(histidinol-fosfat aminotransferens) dengan I> 1.4 adalah refused.
Sehingga I = 1.4 digunakan untuk analisis akhir yang disajikan(Tabel 1,
Grup 27).
10. Setelah grup dibatasi, Perl script dimodifikasi untuk menghitung berapa
kali masing-masing spesies diwakili dalam setiap kelompok protein.
11. Untuk memverifikasi reability script, langkah terakhir menggunakan
OrthoMCL sebagai input untuk script penghitungan protein.
 Result :
1. OrthoMCL memperkirakan 1070 kelompok protein berdasarkan kesamaan urutan
63,5% mengandung protein tunggal dari masing-masing tiga spesies.
2. Dua kelompok memiliki salinan protein duplikat di ketiga spesies
 3. T. crunogena memiliki 123 kelompok unik, dan banyak salinan dalam sepuluh
kelompok yang hanya memiliki satu salinan di yang lain dua spesies.
4. Candidatus R. magnifca punya satu unik grup, dan memiliki banyak salinan dalam
satu grup tempat spesies lain memiliki satu salinan.
5. Candidatus V. okutanii tidak memiliki unique groups dan tidak memiliki banyak
salinan
6. Setiap kelompok hanya memiliki salinan protein tunggal dari spesies lain. Tidak
ada kelompok yang berisi beberapa salinan protein dari dua spesies dan satu
salinan di ketiga spesies.
 Discussions :
Pada masing-masing spesies memiliki salinan protein tunggal, yang mana
protein tunggal memiliki perbandingan sebesar 679 dari 1070 kelompok protein
dibatasi oleh OrthoMCL. Kesamaan protein yang dimiliki oleh ketiga spesies ini
dikrenakan beberapa hal, bisa dikarenakan oleh konsekuensi nenek moyang yang
sama, transfer horizontal di habitat bersama, atau campuran dari keduanya. Kesamaan
protein pada ketiganya akan memberikan fungsi yang sama pula yaitu, kemampuan
untuk menghadapi lingkungan hidup yang fluktuatif dilaut dalam. Satu proses
bersama,misalnya kemampuan untuk mengoksidasi sulfur yang ada di laut dalam
menjadi karbon untuk memperbaiki fungsi selular. Ketiga spesies ini memliki dua
kelompok protein yang diperkirakan berisi salinan protein yang konsisten dengan
duplikasi dalam satu nenek moyang. Candidatus Ruthia magnifica, memiliki satu
kelompok unik yang terdiri atas transferase glikosil. Ini adaah sekelompok
aminotransderase histidinol-fosfat; Candidatus Vesicomyosocius okutanii, tidak
memiliki kelompok unik atau paralog; Crunogena Thiomicrospira, Sejumlah besar
kelompok protein (123). Memiliki beberapa salianan protein dimana spesies lain
hanya memilliki satu salinan protein. Karena termasuk spesies yang hidup bebas maka
perlu memiliki gendan protein dalam jumlah besar untuk bertahan hidup.
 Conclutions :
1. Jumlah kelompok protein yang unik ditemukan di T. cruno-gena karena hidup
secara bebas, ketiga spesies berbagi kelompok protein yang sama dapat digunkan
sebagai indikasi dari nenek moyang yang sama sesuai dengan hipotesis
2. Metodologi menggunakan dua cara utama yaitu, paraloggous dan ortologous tiga
spesies yang digunakan, sebagai lawan dua spesies dalam studi sebelumnya yang
hasilnya kontras dengan kriteria algoritmik
3. Keterbatasan hanya menggunakan metode orthology prediksi berbasis urutan
untuk kelompok protein yangdihasilkan, tanpa rekontruksi filogeni, sehingga tidak
cukup untuk menyelesaikan taxonomy
4. Juga tidak mengesampingkan kemungkinan bahwa kesamaan dalam kandungan
protein coding dari ketiga genom ini adalah transfer horizontal (karena peristiwa
ini kurang umum)