PENAMBATAN MOLEKUL FLAVONOID PADA PROPOLIS

DENGAN ENZIM HISTON ASETILTRANSFERASE SEBAGAI

ANTIKANKER

DHANI LUTHFI RAMADHANI

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Penambatan Molekul

Flavonoid pada Propolis dengan Enzim Histon Asetiltransferase sebagai
Antikanker adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan
belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.

Bogor, Oktober 2016

Dhani Luthfi Ramadhani

NIM G84120078
 ABSTRAK
DHANI LUTHFI RAMADHANI. Penambatan Molekul Flavonoid pada Propolis
dengan Enzim Histon Asetiltransferase sebagai Antikanker. Dibimbing oleh
AKHMAD ENDANG ZAINAL HASAN dan I MADE ARTIKA.

Histon asetiltransferase p300/CBP-associated factor (HAT PCAF)

merupakan enzim yang berperan mengkatalisis pemindahan gugus asetil dari
asetil-KoA ke asam amino ɛ-lisin pada histon inti. Salah satu target HAT PCAF
ialah p53 yang berfungsi dalam memperbaiki DNA dan menginisiasi apoptosis
sel, namun kondisi stress in vitro mengakibatkan asetilasi p53 berlebih oleh HAT
PCAF yang dapat memicu terjadinya kanker. Penelitian ini bertujuan menguji
potensi dan mekanisme penghambatan HAT PCAF oleh flavonoid propolis, yaitu
apigenin, galangin, krisin, kuersetin, pinobanksin, pinokembrin, dan tektokrisin.
Penelitian dilakukan dengan menggunakan metode penambatan molekul. Hasil
penelitian menunjukkan asetilasi histon oleh HAT PCAF dapat dihambat oleh
flavonoid propolis. Flavonoid tersebut mampu menghambat pengikatan asetil-
KoA, histon, ataupun asetil-KoA dan histon oleh HAT PCAF. Penghambatan
yang dilakukan memiliki afinitas yang baik ditunjukkan dengan energi afinitas
yang rendah.

Kata kunci: HAT PCAF, flavonoid, propolis

ABSTRACT

DHANI LUTHFI RAMADHANI. Molecular Docking of Propolis Flavonoids

with Histone Acetyltransferase Enzyme as Anticancer. Supervised by AKHMAD
ENDANG ZAINAL HASAN and I MADE ARTIKA.

Histone acetyltransferase p300/CBP-associated factor (HAT PCAF) is an

enzyme that catalyzes transfer of acetyl group from acetyl-CoA to ɛ-lysine on
histone. Target of HAT PCAF is p53 that functions to repair DNA and initiate
cell apoptosis, but in vitro stress causes hyperacetylation of p53 by HAT PCAF
that could be cancer manifestation. Purpose of this research was to examine
potency and inhibition mechanism of HAT PCAF by propolis flavonoids, such as
apigenin, galangin, chrysin, quercetin, pinobanksin, pinocembrin, and
tektochrysin. This research use molecular docking method. Results of this researh
showed that propolis flavonoid can inhibit acetylation of histone by HAT PCAF.
Flavonoids were able to inhibit the binding of acetyl-CoA, histones, or acetyl-
CoA and histone by HAT PCAF. The inhibition has good affinity showed by low
affinity energy.

Keywords: HAT PCAF, flavonoid, propolis

 3

PENAMBATAN MOLEKUL FLAVONOID PADA PROPOLIS

DENGAN ENZIM HISTON ASETILTRANSFERASE SEBAGAI
ANTIKANKER

DHANI LUTHFI RAMADHANI

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada
Departemen Biokimia

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
Judul Skripsi : Penambatan hrlolekul Flavonaid pada Fropolis dengan En zim
Histon Asetitrtransferase sebagai Antikanksr
Itlama : Dhani Luthfi Rarnadhani
h{Tfu{ : GE4120078

Disetqiui oieh

DrJr Akbsled Esdans-Zaisal rIaqry].$$i Pr klltade Ss*a. h4Appotp

Fernbirnbing I Pcmbirnbing II

Diketahui oleh

qilo:rffi:L$*ffi\ @

r;iffift#--q&l
t! (ti i t BF
E*&'Wffii=ffi/SS
iiP.l\.'*.S,r i ;s$,'_'f..$ Lr,

3tr;ffi eparteffien

ranggal Lulus: 1 0 00T 2010

 5

Judul Skripsi : Penambatan Molekul Flavonoid pada Propolis dengan Enzim

Histon Asetiltransferase sebagai Antikanker
Nama : Dhani Luthfi Ramadhani
NIM : G84120078

Disetujui oleh

Dr Ir Akhmad Endang Zainal Hasan, MSi Dr Ir I Made Artika, MAppSc

Pembimbing I Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir I Made Artika, MAppSc

Ketua Departemen

Tanggal Lulus:
 PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat berupa
berbagai macam nikmat sehingga penulis dapat melaksanakan dan menyelesaikan
penyusunan skripsi. Skripsi berjudul “Penambatan Molekul Flavonoid Propolis
dengan Enzim Histon Asetiltransferase sebagai Antikanker” ini merupakan salah
satu syarat untuk memperoleh gelar sarjana di Departemen Biokimia.
Penulis menyampaikan terima kasih kepada Dr Ir Akhmad Endang Zainal
Hasan, MSi selaku dosen pembimbing I dan Dr Ir I Made Artika, MAppSc selaku
pembimbing II atas bimbingan dan arahannya dalam penyusunan usulan
penelitian ini. Penulis juga menyampaikan terima kasih kepada kedua orang tua
dan kakak penulis atas doa dan dorongan semangat untuk kelancaran penyusunan
usulan penelitian ini. Ucapan terima kasih juga disampaikan kepada Hijriana
Fikrika, SSi yang telah memberikan masukkan mengenai penggunaan metode
penambatan molekul.

Bogor, Oktober 2016

Dhani Luthfi Ramadhani

 7

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL vi
DAFTAR GAMBAR vi
DAFTAR LAMPIRAN vi
PENDAHULUAN 1
METODE 2
Alat dan Bahan 2
Prosedur 3
HASIL 4
Karakteristik Ligan Berdasarkan Aturan Lipinski 4
Energi Bebas Gibbs Ligan dengan HAT PCAF 4
Interaksi Ligan Flavonoid Propolis dengan HAT PCAF 5
PEMBAHASAN 10
Karakteristik Ligan Berdasarkan Aturan Lipinski 10
Energi Bebas Gibbs Hasil Penambatan Molekul 11
Interaksi Ligan Flavonoid Propolis dengan HAT PCAF 12
SIMPULAN DAN SARAN 15
Simpulan 15
Saran 16
DAFTAR PUSTAKA 16
RIWAYAT HIDUP 27
 DAFTAR TABEL
1 Karakteristik ligan berdasarkan aturan Lipinski 4
2 Interaksi ligan dengan HAT PCAF pada radius <5Å 5

DAFTAR GAMBAR
1 Struktur HAT PCAF 3
2 Energi bebas Gibbs ligan flavonoid propolis 5
3 Hasil penambatan galangin dengan HAT PCAF 7
4 Hasil penambatan apigenin dengan HAT PCAF 7
5 Hasil penambatan krisin dengan HAT PCAF 8
6 Hasil penambatan kuersetin dengan HAT PCAF 8
7 Hasil penambatan pinobanksin dengan HAT PCAF 9
8 Hasil penambatan pinokembrin dengan HAT PCAF 9
9 Hasil penambatan tektokrisin dengan HAT PCAF 10

DAFTAR LAMPIRAN

1 Alur penelitian 20
2 Afinitas dan RMSD penambatan apigenin dengan HAT PCAF 21
3 Afinitas dan RMSD penambatan galangin dengan HAT PCAF 21
4 Afinitas dan RMSD penambatan krisin dengan HAT PCAF 22
5 Afinitas dan RMSD penambatan kuersetin dengan HAT PCAF 22
6 Afinitas dan RMSD penambatan pinobanksin dengan HAT PCAF 23
7 Afinitas dan RMSD penambatan pinokembrin dengan HAT PCAF 23
8 Afinitas dan RMSD penambatan tektokrisin dengan HAT PCAF 24
9 Spesifikasi HAT PCAF 25
10 Struktur dan sifat ligan 26
 1

PENDAHULUAN

Protein histon akan mengalami salah satu modifikasi pasca translasi berupa
asetilasi yang melibatkan enzim histon asetiltransferase (HAT) dalam prosesnya.
HAT berperan dalam proses fisiologis, siklus sel, pengecekan terhadap DNA, dan
stabilitas kromosom (Eliseeva et al. 2007). HAT bekerja dengan cara
mengkatalisis proses pemindahan gugus asetil dari asetil-KoA ke gugus ɛ-lisin
membentuk ɛ-N-lisin asetil yang merupakan bentuk pengenalan pada saat faktor
transkripsi menempel pada DNA. Proses asetilasi lisin akan menurunkan interaksi
elektrostatik histon inti dengan DNA sehingga struktur kromatin mengalami
relaksasi. Hal tersebut memungkinkan proses transkripsi, translasi, dan
pembentukkan protein berjalan dengan baik (Sterner dan Berger 2000).
Salah satu enzim histon asetiltransferase yang terdapat pada manusia adalah
histon asetiltransferase p300/CBP-associated factor (HAT PCAF). Histon
asetiltransferase PCAF memiliki peran dalam meregulasi jalur p53 dengan
asetilasi Lys320 pada p53 (Stimson et al. 2005; Brooks dan Gu 2011; Laptenko
dan Prives 2012). Protein p53 berfungsi dalam menekan tumor dan memicu
terjadinya apoptosis sel (Ott dan Verdin 2010). Protein p53 bertindak sebagai
faktor transkripsi dengan mengikat DNA spesifik-p53 sehingga meningkatkan
sintesis serta ekspresi gen apoptosis p21. Gen p21 berfungsi mengikat dan
menginaktifkan kompleks CDK4 sehingga fosforilasi Rb dan pelepasan faktor
transkripsi E2F terhambat (Kim et al. 2010). Hal tersebut membuat siklus sel
berhenti pada tahap G1-S dan memungkinkan DNA diperbaiki sebelum memasuki
tahap pembelahan selanjutnya, yaitu pada tahap G2-M (Sa dan Das 2008).
Kondisi stress in vitro mengakibatkan p53 mengalami asetilasi berlebih sehingga
ekspresi p53 menjadi tertekan (Fan-qi et al. 2013). Kondisi tersebut berdampak
pada proliferasi sel tanpa disertai fungsi penghambatan sehingga menjadi
manifestasi terjadinya kanker.
Kanker merupakan sel yang dapat membelah diri secara tidak terkontrol dan
mampu menyerang jaringan lain di sekitarnya (Owen et al. 2013). Kemampuan
menyerang jaringan lain di sekitarnya ini menjadikan kanker berbahaya. Kanker
merupakan salah satu penyebab kematian terbesar kedua di dunia. Menurut
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia (2015), kanker menyebabkan sekitar
8.2 juta kematian pada tahun 2012 di Indonesia. Angka tersebut terus meningkat
tiap tahunnya bahkan prevalensi penyakit kanker pada penduduk semua umur di
Indonesia tahun 2013 mengalami peningkatan sebesar 1.4% atau sekitar 347.792
orang.
Kondisi tersebut mengakibatkan perlunya penghambatan HAT PCAF
sebagai pendekatan antikanker. Penelitian antikanker dengan pendekatan
penghambatan HAT PCAF telah banyak dilakukan dengan menggunakan
inhibitor alami maupun sintetik. Inhibitor alami yang dapat digunakan untuk
menghambat HAT PCAF diantaranya kurkumin, garsinol, asam anakardat, dan
isotiazalon, sedangkan inhibitor sintetik diantaranya C646, Lys-20, dan H3-CoA-
20, tetapi inhibitor tersebut masih memiliki kekurangan. Kekurangan yang
dimiliki inhibitor-inhibitor tersebut diantaranya permeabilitas sel dan spesifitas
yang rendah sehingga perlu dikembangkan inhibitor HAT PCAF lainnya (Dekker
dan Haisma 2009).
2

Produk alami yang juga memiliki potensi sebagai antikanker adalah

propolis. Propolis merupakan produk yang dihasilkan lebah yang berfungsi
melindungi sarang lebah dari berbagai ancaman. Propolis memiliki kandungan
flavonoid dengan khasiat sebagai antikanker (Watanabe et al. 2011). Flavonoid
merupakan senyawa yang mengandung 15 atom karbon dalam inti dasar yang
memiliki sekitar 1 x 10 susunan C6-C3-C6 (Sirait 2007). Flavonoid pada propolis
Indonesia yang berfungsi sebagai antikanker diantaranya apigenin, galangin,
krisin, kuersetin, pinobanksin, pinokembrin, dan tektokrisin (Hasan 2013), namun
flavonoid-flavonoid tersebut masih belum diketahui interaksi molekulnya
terhadap enzim histon asetiltransferase p300/CBP-associated factor.
Interaksi molekul flavonoid propolis dengan histon asetiltransferase
p300/CBP-associated factor dapat dipelajari dengan menggunakan metode
penambatan molekul. Penambatan molekul merupakan sebuah metode dalam
bidang struktur molekul dan desain obat dengan komputer. Metode ini bertujuan
untuk memprediksi model ikatan dari ligan dengan protein pada struktur tiga
dimensi. Pengetahuan terkait ikatan flavonoid propolis dan histon asetiltransferase
berguna untuk memprediksi afinitas dan aktivitas penghambatan HAT PCAF
secara molekular sehingga molekul terbaik dengan energi pengikatan yang rendah
dapat ditemukan (Yanuar 2012; Kukol 2015). Penggunaan metode panambatan
molekular memberikan manfaat mempersempit fokus riset, menghemat biaya
penelitian, dan mengefektifkan waktu penelitian (Sharma et al. 2010).

METODE

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari hingga Mei 2016. Penelitian
dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Fakutas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.

Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam penelitian adalah komputer yang digunakan

untuk menambatkan molekul dengan spesifikasi prosesor Intel® Core™ i5
24250M, RAM (Random Access Memory) 4 GB, dan sistem operasi Microsoft®
Windows™ 10. Perangkat lunak yang digunakan dalam tahap persiapan
penambatan molekul adalah Auto Dock Tools 1.5.6 (The Scripps Research
Institute, Amerika), AutoDock Vina 1.1.2, dan Discovery Studio Visualizer 2016.
Perangkat lunak yang digunakan untuk memvisualisasi hasil penambatan secara
dua dimensi adalah LigPlot+ 1.4.5.
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini berupa berkas struktur tiga
dimensi protein histon asetiltransferase p300/CBP-associated factor (kode:
1CM0) yang didapat dari situs Protein Data Bank (PDB), berkas struktur dua
dimensi senyawa flavonoid antikanker pada propolis meliputi apigenin, galangin,
krisin, kuersetin, pinobanksin, pinokembrin, dan tektokrisin yang didapat dari
situs PubChem Compound.
 3

Prosedur

Penyiapan Ligan
Ligan yang digunakan adalah flavonoid pada propolis diantaranya apigenin,
galangin, krisin, kuersetin, pinobanksin, pinokembrin, dan tektokrisin. Berkas dua
dimensi ligan-ligan tersebut diunduh melalui situs PubChem Compound dengan
format .sdf. Struktur ligan yang telah diunduh dilakukan penyiapan berupa
penambahan hidrogen polar dengan perangkat lunak Discovery Studio Visualizer
2016. Hasil penyiapan didapatkan berkas tiga dimensi ligan dengan format .pdb.

Penyiapan Molekul Reseptor

Reseptor yang digunakan dalam penelitian ini adalah histon asetiltransferase
p300/CBP-associated factor (PCAF) yang diperoleh dari situs Protein Data Bank
(PDB) dengan kode 1CM0. Struktur protein 1CM0 terdiri atas dua rantai (A dan
B) dan berikatan dengan ligan koenzim A (KoA) (Gambar 1). Reseptor tersebut
dilakukan penyiapan dengan perangkat lunak Discovery Studio Visualizer 2016
untuk menghilangkan ligan yang masih menempel dan air yang tidak diperlukan
serta menambahkan hidrogen polar. Reseptor yang telah disiapkan sebelumnya
dilakukan pemisahan antara rantai A dengan rantai B sehingga menghasilkan dua
berkas berbeda, yaitu berkas rantai A dan berkas rantai B, dengan format .pdb.

A B
Gambar 1 Struktur HAT PCAF

Penambatan Molekul
Berkas ligan dan reseptor yang telah disiapkan sebelumnya dibuka
menggunakan perangkat lunak Auto Dock Tool 1.5.6. Berkas ligan dan reseptor
tersebut dikonversi dari semula berformat .pdb menjadi .pdbqt. Ligan dan reseptor
tersebut kemudian dicari koordinat penambatannya. Penelitian dilakukan secara
blind docking sehingga koordinat penambatan dipilih grid box yang mampu
menutupi seluruh bagian reseptor. Ligan dan reseptor kemudian ditambatkan
menggunakan perangkat lunak AutoDock Vina 1.1.2 dengan pengaturan koordinat
yang telah didapatkan sebelumnya dan digunakan parameter num_modes bernilai
20.

Analisis Hasil Penambatan

Berkas ligan hasil penambatan dibuka dengan perangkat lunak Discovery
Studio Visualizer 2016. Mode pertama dengan nilai energi bebas Gibbs terbaik
dipilih selanjutnya disalin pada berkas reseptor. Berkas reseptor yang telah
4

mengandung struktur ligan disimpan dengan format .pdb. Berkas tersebut

kemudian dianalisis dan divisualisasi menggunakan perangkat lunak Ligplot+
1.4.5. Hasil analisis berupa gambar dua dimensi interaksi antara ligan dan protein
meliputi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik beserta jarak ikatannya.

HASIL

Karakteristik Ligan Berdasarkan Aturan Lipinski

Struktur senyawa flavonoid pada propolis yang digunakan sebagai ligan

terlebih dahulu dianalisis karakteristiknya menggunakan aturan Lipinski (Tabel 1).
Aturan ini berfungsi untuk mengetahui permeabilitas ligan terhadap membran dan
kemudahan ligan untuk diserap oleh tubuh. Aturan Lipinski terdiri atas beberapa
kriteria diantaranya (1) berat molekul kurang dari 500 g/mol, (2) lipofilisitas
senyawa, dinyatakan dalam logaritma koefisien partisi (log P), kurang dari 5, (3)
jumlah donor atom hidrogen pada ikatan hidrogen kurang dari 5, dan (4) jumlah
akseptor atom hidrogen untuk membentuk ikatan hidrogen kurang dari 10.
Keempat parameter tersebut diperoleh dari basis data PubChem
(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov).

Tabel 1 Karakteristik ligan berdasarkan aturan Lipinski

Σ Akseptor
Berat Molekul Σ Donor Ikatan
Nama Struktur Rumus Struktur Log P Ikatan
(g/mol) Hidrogen
Hidrogen
Apigenin C15H10O6 270,2370 1,7 3 5
Galangin C15H10O5 270,2369 2,3 3 5
Krisin C15H10O4 254,2380 2,1 2 4
Kuersetin C15H10O7 302,2360 1,5 5 7
Pinobanksin C15H12O5 272,2527 2,2 3 5
Pinokembrin C15H12O4 256,2533 2,7 2 4
Tektokrisin C16H12O4 268,2640 2,4 1 4

Energi Bebas Gibbs Ligan dengan HAT PCAF

Penambatan molekul ligan dengan HAT PCAF menggunakan perangkat lunak

Autodock Vina akan menghasilkan beberapa mode pengikatan dengan energi
bebas Gibbs yang berbeda-beda. Mode pengikatan dipilih yang memiliki nilai
energi bebas Gibbs yang paling baik, yaitu energi yang nilainya paling negatif.
Energi bebas Gibbs yang paling negatif menunjukkan ikatan antara ligan dengan
reseptor kuat dan stabil. Hasil pengujian menununjukkan hasil paling negatif yaitu
pada ligan apigenin dan tektokrisin yang mengikat rantai B HAT PCAF. Kedua
ikatan tersebut memiliki nilai energi bebas Gibbs sebesar -8.3. Nilai energi bebas
Gibbs pada ligan lain dapat dilihat pada Gambar 2.
 5

Gambar 2 Energi bebas Gibbs ligan flavonoid propolis. Huruf A menunjukkan

HAT PCAF A, sedangkan B menunjukkan HAT PCAF B.

Interaksi Ligan Flavonoid Propolis dengan HAT PCAF

Hasil penambatan molekul ligan dengan HAT PCAF mendapatkan mode

pengikatan yang divisualisasi menggunakan perangkat lunak Ligplot+. Hasil
visualisasi menunjukkan interaksi kimia pada hasil penambatan meliputi ikatan
hidrogen (beserta jarak ikatan) dan ikatan hidrofobik yang terletak kurang dari 5
Å. Ikatan hidrogen yang terbentuk akan menurunkan nilai energi bebas Gibbs
sehingga energi bebas Gibbs menjadi lebih baik. Hasil analisis menunjukkan
ikatan pinobanksin dengan rantai B HAT PCAF memiliki ikatan hidrogen
terbanyak sebanyak lima ikatan, sedangkan ikatan hidrogen paling sedikit yaitu
ikatan antara krisin dan tektokrisin dengan rantai A HAT PCAF sebanyak 0
ikatan. Ikatan hidrofobik yang terbentuk pada interaksi antara flavonoid propolis
dengan HAT PCAF ditunjukkan dengan residu asam amino yang terlibat. Hasil
analisis menunjukkan bahwa residu asam amino terbanyak terdapat pada ikatan
antara krisin dan tektokrisin dengan rantai A HAT PCAF sebanyak 12 ikatan
hidrofobik. Interaksi ikatan antara flavonoid pada propolis dengan HAT PCAF
dapat dilihat pada Tabel 3.
Perangkat lunak Ligplot+ menunjukkan visualisasi hasil penambatan secara
dua dimensi. Garis putus-putus berwarna hijau menunjukkan ikatan hidrogen
antara ligan dengan protein reseptor, sedangkan busur dengan garis putus-putus
berwarna merah menunjukan ikatan hidrofobik yang terbentuk pada jarak kurang
dari 5 Å. Visualisasi dilakukan pada flavonoid apigenin (Gambar 3), galangin
(Gambar 4), krisin (Gambar 5), kuersetin (Gambar 6), pinobanksin (Gambar 7),
pinokembrin (Gambar 8), dan tektokrisin (Gambar 9).

Tabel 2 Interaksi ligan dengan HAT PCAF pada radius <5Å

Jarak
Rantai Gugus
Σ Ikatan ΔG Ikatan Residu yang Terlibat
Ligan HAT Residu Fungsi
Hidrogen (kkal/mol) Hidrogen pada <5 Å
PCAF Ligan
(Å)
Apigenin A 3 -7,8 2,95 Lys583 OH5 Gly586, Ala613, Cys574,
Phe617, Gln581, Tyr616,
2,82 Gly584 OH6
Val576, Val582
2,87 Tyr585 OH7
B 3 -8,3 2,75 Ile571 OH2 Phe617, Cys574,
Leu526, Asp610,
3 Thr607 OH2
Ala643, Arg528, Tyr608,
2,84 Glu641 OH5 Met529, Val572
6

...lanjutan Tabel 2
Galangin A 1 -7,2 2,71 Tyr612 OH5 Gln581, Lys583, Val576,
Tyr585, Gly584, Glu586,
Val582, Tyr616, Cys574,
Ala613
B 3 -8,1 3,13 Ile571 OH3 Arg528, Glu641,
Met529, Tyr640, Val572,
3,15 Thr607 OH3
Phe617, Leu526, Tyr608,
3,03 Cys574 OH5 Asp610, Ala643
Krisin A 0 -7,7 Tyr612, Ala613, Cys574,
Tyr616, Ala575, Val576,
Gly586, Tyr585, Glu581,
Lys583, Val582, Gly584
B 3 -8,2 3,18 Thr607 OH3 Tyr608, Asp610,
Met529, Leu526,
3,2 Thr607 OH2
Ala613, Tyr616, Cys574,
2,92 Ile571 OH2 Phe617, Val572
Kuersetin A 4 -7,5 2,76 Tyr612 OH5 Val582, Gln581, Ala613,
Cys574, Val576, Tyr616,
3,12 Tyr585 OH7
Gly586
2,77 Gly584 OH7
2,86 Lys583 OH7
B 3 -7,7 2,95 Tyr612 OH6 Val576, Gln581, Ala613,
Tyr616, Val582, Gly586,
2,92 Gly584 OH3
Thr587
3 Lys583 OH3
Pinobanksin A 4 -7,2 2,94 Gly586 OH2 Val582, Tyr616, Ala575,
Val576, Gln581
3 Lys583 OH3
2,8 Gly584 OH3
2,87 Gly584 OH4
B 5 -8,1 2,74 Tyr608 OH2 Leu526, Ala643, Phe617,
Asp610, Glu641,
3,13 Tyr607 OH3
Arg528, Met529,
3,11 Tyr607 OH4 Val572, Tyr640
3,11 Ile571 OH4
3,02 Cys574 OH5
Pinokembrin A 1 -7,7 3,04 Tyr612 OH4 Tyr616, Gly586, Val582,
Val576, Lys583, Gly584,
Tyr585, Gln581, Cys574,
Ala575, Ala613
B 4 -8,1 3,02 Cys574 OH5 Glu641, Ala643, Arg528,
Asp610, Phe617,
3,11 Ile571 OH4
Leu526, Tyr640,Val572,
3,1 Thr607 OH4 Met529
3,13 Thr607 OH3
Tektokrisin A 0 -7,5 Ala576, Cys574, Val576,
Gln581, Gly586, Val582,
Lys583, Tyr585, Gly584,
Tyr616, Ala613, Tyr612
B 3 -8,3 3,12 Thr607 OH4 Cys574, Phe617, Tyr616,
Ala613, Leu526, Arg528,
3,19 Thr607 OH3
Asp610, Met529,
3,01 Ile571 OH3 Val572, Tyr608
 7

HAT PCAF A

HAT PCAF B

Gambar 3 Hasil penambatan apigenin dengan HAT PCAF. Warna hitam

menunjukkan atom karbon, merah menunjukkan atom oksigen,
sedangkan biru menunjukkan atom nitrogen.

Gambar 4 Hasil penambatan galangin dengan HAT PCAF. Warna hitam

menunjukkan atom karbon, merah menunjukkan atom oksigen, warna
kuning menunjukkan atom sulfur sedangkan biru menunjukkan atom
nitrogen.
8

HAT PCAF B

HAT PCAF A

Gambar
Gambar 6 Hasil 4 Hasil penambatan
penambatan krisin
krisin dengan HAT dengan
PCAF.HAT PCAF
Warna hitam
menunjukkan atom karbon, merah menunjukkan atom oksigen,
sedangkan biru menunjukkan atom nitrogen.

HAT PCAF B

HAT PCAF A

Gambar 5 Hasil penambatan kuersetin dengan HAT PCAF. Warna hitam

menunjukkan atom karbon, merah menunjukkan atom oksigen,
sedangkan biru menunjukkan
Gambar 5 Hasil atom nitrogen.
penambatan kuersetin dengan HAT PCAF
 9

Gambar 7 Gambar
Hasil penambatan pinobanksin
6 Hasil penambatan dengan HAT
pinobanskin PCAF.
dengan Warna
HAT PCAFhitam
menunjukkan atom karbon, merah menunjukkan atom oksigen, warna
kuning menunjukkan atom sulfur sedangkan biru menunjukkan atom
nitrogen.

Gambar 8 Hasil penambatan pinokembrin dengan HAT PCAF. Warna hitam

menunjukkan atom karbon, merah menunjukkan atom oksigen, warna
kuning menunjukkan atom sulfur sedangkan biru menunjukkan atom
nitrogen.
10

Gambar 9 Gambar
Hasil penambatan tektokrisintektokrisin
8 Hasil penambatan dengan HAT PCAF.
dengan Warna
HAT hitam
PCAF
menunjukkan atom karbon, merah menunjukkan atom oksigen,
sedangkan biru menunjukkan atom nitrogen.

PEMBAHASAN

Karakteristik Ligan Berdasarkan Aturan Lipinski

Kandidat obat yang menggunakan substansi kimia perlu memperhatikan

sifat-sifat farmakokinetik meliputi absorpsi, distribusi, metabolisme, dan ekskresi.
Absorpsi terhadap kandidat obat merupakan tahap awal dalam penampisan obat.
Penampisan awal terkait dengan permeabilitas dan solubilitas tersebut dapat
terdeskripsikan melalui aturan Lipinski atau Rule of five (RO5). Aturan Lipinski
merupakan aturan yang menjabarkan mengenai kemiripan sebuah senyawa kimia
dengan obat sehingga dapat digunakan sebagai obat oral. Aturan Lipinski
mengungkapkan bahwa penyerapan dan permeasi dari sebuah obat dikatakan
buruk apabila memiliki bobot molekul lebih dari 500, lipofilitas komponen kimia
yang diekspresikan dengan LogP (logaritma koefisien partisi antara air dan 1-
oktanol) lebih dari 5, memiliki lebih dari 5 donor hidrogen, dan memiliki lebih
dari 10 akseptor hidrogen (Lipinski et al. 2001).
Bobot molekul merupakan salah satu aspek yang memengaruhi penyerapan
suatu obat di dalam tubuh sehingga obat dapat mencapai target. Semakin tinggi
bobot suatu molekul maka semakin rendah kemampuan molekul melewati usus.
Data pada Tabel 1 menujukkan bahwa flavonoid-flavonoid yang terdapat pada
propolis memiliki bobot molekul kurang dari 500 gram/mol. Hal tersebut
menunjukkan bahwa ligan-ligan yang digunakan memiliki permeabilitas yang
baik sehingga mampu diserap oleh tubuh.
 11

Lipofilisitas merupakan salah satu faktor fisikokimia penting yang harus

diperhatikan dalam absorpsi suatu obat berkaitan dengan farmakokinetik obat oral
(Edwards dan Price 2010). Membran sel epitel saluran pencernaan tersusun atas
fosfolipid rapat yang diselingi oleh protein sehingga pergerakkan transelular obat
bergantung pada karakteristik permeabilitas untuk menembus lapisan lipid ganda
dari membran sel epitel (Alavijeh et al. 2005). Lipofilisitas pada rentang optimum
mempengaruhi tingkat absorpsi substansi kimia pada usus melalui difusi aktif
(Mannhold et al. 2009). Lipofilitas dinyatakan dalam bentuk logaritma koefisien
partisi (logP) antara 1-oktanol dan air. Koefisien partisi merupakan rasio
konsentrasi suatu komponen dalam dua fase berbeda yang tidak saling bercampur
(fase organik dan air) di bawah kondisi setimbang. Hasil yang tertera pada Tabel 1
menunjukkan flavonoid pada propolis yang dijadikan sebagai ligan memiliki
koefisien partisi pada rentang optimum. Hal ini menunjukkan bahwa ligan-ligan
tersebut mudah diserap oleh tubuh.
Lipinski mengungkapkan bahwa faktor-faktor lain yang dapat
mempengaruhi absorpsi suatu obat ialah jumlah akseptor maupun donor ikatan
hidrogen. Jumlah donor ikatan hidrogen yang baik adalah < 5, sedangkan jumlah
akseptor ikatan hidrogen yang baik adalah < 10. Jumlah donor maupun akseptor
hidrogen di luar rentang tersebut akan mengganggu permeabilitas obat dalam
melewati membran bilayer. Hasil percobaan menunjukkan bahwa seluruh ligan
yang diuji memiliki akseptor maupun donor ikatan hidrogen pada rentang
optimum sehingga ligan tersebut memiliki tingkat absorpsi yang baik.

Energi Bebas Gibbs Hasil Penambatan Molekul

Penambatan molekul merupakan prosedur menggunakan komputer untuk

memprediksi ikatan nonkovalen antara molekul besar (reseptor) dengan molekul
kecil (ligan). Terdapat dua jenis pengerjaan penambatan molekul yaitu blind
docking dan targeted docking. Blind docking merupakan prosedur penambatan
molekul dengan melibatkan seluruh bagian ligan dan reseptor karena letak sisi
aktif reseptor tidak diketahui dengan tepat, sedangkan targeted docking
merupakan penambatan molekul yang dilakukan pada bagian reseptor tertentu
sebab sisi aktif reseptor telah diketahui dengan tepat. Penelitian ini melakukan
penambatan molekul dengan jenis blind docking. Hal ini disebabkan masih belum
diketahuinya parameter grid yang tepat terhadap sisi aktif enzim HAT PCAF
(Yanuar 2012).
Penambatan molekul yang dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak
Autodock Vina menghasilkan nilai energi bebas Gibbs suatu ikatan. Energi bebas
Gibbs yang baik ditandai dengan nilai ΔG yang negatif. Semakin negatif energi
bebas ikatan Gibbs, maka pembentukan kompleks HAT dengan flavonoid
propolis terbentuk secara spontan dan berikatan dengan kuat.
Hasil penambatan molekul antara ligan flavonoid pada propolis dengan
enzim HAT PCAF pada Gambar 2 menunjukkan nilai energi bebas Gibbs negatif.
Hal ini menunjukkan bahwa masing-masing flavonoid mampu berikatan dengan
HAT PCAF secara spontan dan kuat. Nilai energi bebas Gibbs tertinggi pada
penelitian ini ialah apigenin dan tektokrisin yang berikatan dengan HAT PCAF
pada cincin B dengan nilai ΔG sebesar -8.3 kkal/mol, sedangkan nilai energi bebas
Gibbs terendah ialah galangin dan pinobanksin yang berikatan dengan HAT
12

PCAF pada cincin A dengan nilai ΔG sebesar -7.2 kkal/mol. Hal ini menunjukkan
bahwa interaksi apigenin dan tektokrisin lebih spontan dan kuat dibandingkan
dengan ikatan antara ligan dengan flavonoid propolis lainnya.
Hasil percobaan juga menunjukkan bahwa ikatan masing-masing flavonoid
propolis dengan HAT PCAF rantai A cenderung lebih rendah dibandingkan
dengan ikatan dengan HAT PCAF pada rantai B. Hasil ini serupa dengan
penelitian in silico yang dilakukan oleh Adawiyah et al. (2015) terhadap kuersetin
dan Vinsentricia (2015) terhadap kurkumin. Hasil ini mengindikasikan bahwa
rantai B pada HAT PCAF memiliki kestabilan yang lebih baik dibandingkan HAT
PCAF rantai A dalam berinteraksi dengan ligan dan protein. Kestabilan rantai B
HAT PCAF tersebut mendasari penelitian Ghizzoni et al. (2010) dan Dekker et al.
(2009) hanya menggunakan rantai B, namun penelitian ini tetap menggunakan
rantai A sebagai tahap penampisan awal dalam pertimbangan lebih lanjut.
Struktur tiga dimensi HAT PCAF 1CM0 didapat dari kristalografi sinar-X.
Kristalografi sinar-X yang dilakukan oleh Clements et al. (1999) menghasilkan
dua rantai dengan perbedaan kontak kisi kristal pada kedua rantai. Perbedaan
kontak kisi kristal memungkinkan adanya perbedaan konformasi suatu protein
(Martz 2003). Konformasi suatu protein memiliki peranan penting dalam
mempengaruhi spesifisitas dan afinitas ikatan. Hal tersebut menjadikan adanya
perbedaan konformasi, energi bebas Gibbs, dan ikatan yang terjadi antara rantai A
dan B.

Interaksi Ligan Flavonoid Propolis dengan HAT PCAF

Enzim histon asetiltransferase melakukan fungsinya dengan menggunakan

mekanisme kompleks ternary antara asetil-KoA, enzim, dan histon (Hodawadekar
dan Marmorstein 2007). Pembentukan kompleks dilakukan pertama kali oleh
ikatan asetil-KoA dengan enzim HAT PCAF (Roth et al. 2001). Ikatan antara
asetil-KoA dengan enzim HAT PCAF ini akan membentuk celah pada HAT
PCAF sehingga memungkinkan histon dan faktor transkripsi lain berikatan
dengan HAT PCAF. Histon berikatan dengan HAT PCAF pada sisi aktif dan
membentuk kompleks ternary. Terbentuknya kompleks ternary disusul dengan
penyerangan gugus karbonil dari asetil-KoA oleh asam amino Lys14 pada histon
(Roth et al. 2001). Reaksi tersebut menyebabkan gugus asetil ditransfer ke peptida
akseptor. Kompleks tersebut menghasilkan produk akhir dengan urutan Ac-Lys14
terlebih dahulu dilanjutkan dengan pembentukkan HS-KoA sebagai produk akhir
(Roth et al. 2001; Marmorstein 2001).
Penelitian yang dilakukan tidak menggunakan ligan pembanding komersil.
Hal ini disebabkan masih belum tersedianya ligan komersil yang mampu
menghambat HAT PCAF menurut situs Drug Bank (http://www.drugbank.ca).
Penelitian ini menggunakan pembanding yang didapat dari data penelitian
Clements et al. (1999) yang menunjukkan bahwa ikatan yang terlibat dalam
pengikatan asetil-KoA adalah ikatan hidrogen dan ikatan van der Waals. Residu
asam amino yang terlibat pada ikatan hidrogen diantaranya Cys574, Val576,
Glu580, Val582, Lys583, Gly584, Tyr585, Gly586, Thr587, sedangkan asam
amino yang terlibat dalam reaksi van der Waals meliputi Gln525, Leu526,
Ala613, Tyr616, Phe617, Cys574, Ala575, Val576, dan Gln581. HAT PCAF
berikatan dengan protein histon pada residu Glu570 yang memiliki peran dalam
 13

deprotonisasi histon seperti peran residu Asp610. Residu Glu570 dikelilingi oleh
beberapa residu hidrofobik seperti Phe563, Phe568, Ile571, Val572, Leu606,
Ile637, dan Tyr640. Proses katalisis tersebut perlu distabilkan oleh ikatan
hidrogen yang dilakukan oleh residu Cys574.
Apigenin secara kimia dikenal dengan 4',5,7,-trihidroksiflavon yang
terdapat pada buah, seperti anggur dan jeruk, serta sayuran, seperti peterseli,
bawang, teh, kamomil, dan kecambah gandum (Shukla dan Gupta 2010).
Penambatan yang dilakukan pada apigenin dengan rantai A HAT PCAF
menghasilkan ikatan hidrogen pada residu Lys583, Gly584, dan Tyr584 yang
terlibat dalam pengikatan asetil-KoA oleh histon asetiltransferase PCAF. Residu-
residu yang terlibat dalam ikatan hidrofobik merupakan residu yang memiliki
fungsi dalam pengikatan asetil-KoA diantaranya Gly586, Ala613, Cys574,
Phe617, Gln581, Tyr616, Val576, dan Val582. Penambatan apigenin dengan HAT
PCAF rantai B menunjukkan adanya ikatan hidrogen pada residu Ile571 yang
terlibat dalam pengikatan histon oleh HAT PCAF. Residu-residu lain yang
terlibat, yaitu Phe617, Cys574, dan Leu526, merupakan residu yang terlibat dalam
pengikatan asetil-KoA oleh HAT PCAF (Clements et al. 1999). Hasil tersebut
menunjukkan bahwa apigenin memiliki kemampuan untuk menghambat ikatan
HAT PCAF dengan asetil-KoA baik pada rantai A maupun rantai B, akan tetapi
apigenin hanya mampu menghambat pengikatan histon pada rantai B saja. Ikatan
hidrogen yang terjadi pada pengikatan rantai B memiliki kecenderungan untuk
mengikat histon lebih kuat. Hal ini ditandai dengan panjang ikatan hidrogen
residu Ile571 lebih dekat, yaitu 2,75 Å, sehingga menunjukkan ikatan yang lebih
kuat. Pengikatan tersebut lebih kuat dibandingkan pengikatan asetil-koA oleh
apigenin pada rantai A HAT PCAF.
Galangin merupakan senyawa kimia golongan flavonol yang dapat
ditemukan pada lengkuas (Alpinia galanga) dan propolis (Zhang et al. 2016).
Penambatan molekul galangin pada rantai A HAT PCAF menunjukkan bahwa
galangin mengikat HAT PCAF pada residu Tyr612. Clements et al. (1999)
mengungkapkan bahwa residu tersebut tidak terlibat langsung dalam pengikatan
asetil-KoA, namun memiliki peran penting dalam pengikatan substrat atau pun
proses katalisis. Residu-residu pada ikatan hidrofobik, yaitu Lys583, Val576,
Tyr585, Gly584, Glu586, dan Val582, merupakan residu yang terlibat dalam
pengikatan asetil-KoA. Galangin juga mengikat HAT PCAF pada residu Cys574
yang merupakan residu penstabil ikatan histon oleh HAT PCAF. Penambatan
galangin pada rantai B HAT PCAF menunjukkan bahwa galangin mengikat HAT
PCAF pada residu Cys574 dengan ikatan hidrogen. Hal ini menunjukkan galangin
berperan sebagai penstabil ikatan histon dengan HAT PCAF. Residu-residu yang
terlibat dalam ikatan hidrofobik menunjukkan bahwa galangin turut berperan
dalam pengikatan histon (Asp610, Tyr640, dan Val572) dan pengikatan asetil-
KoA (Leu526 dan Phe617). Residu Asp610 merupakan residu yang turut berperan
dalam proses deprotonisasi histon layaknya sisi aktif Glu570. Hasil ini
menunjukkan bahwa galangin memiliki kemampuan dalam menghambat
pengikatan asetil-KoA maupun histon pada rantai A atau B, namun pengikatan
histon oleh galangin lebih kuat pada rantai B akibat adanya ikatan hidrogen dan
pengikatan pada sisi aktif.
Krisin merupakan flavon alami yang terdapat pada bunga kamomil, jamur
Pleurotus ostreatus, dan madu (Zangeneh et al. 2010; Anadhi et al. 2012). Hasil
14

penambatan krisin pada rantai A HAT PCAF menunjukkan bahwa krisin memiliki
kemampuan dalam menghambat pengikatan asetil-KoA. Hal ini disebabkan krisin
mengikat residu-residu Val582, Gly583, Tyr585, Gly586, Cys574, Ala575,
Val576, Ala613, dan Tyr616 yang berperan dalam pengikatan asetil-KoA.
Penambatan krisin pada rantai B HAT PCAF juga menunjukkan kemampuan
penghambatan ikatan asetil-KoA akibat pengikatan residu Leu526, Cys574,
Ala613, Tyr616, dan Phe617. Krisin juga mampu menghambat pengikatan histon
oleh rantai B HAT PCAF pada residu sisi aktif, Asp610, yang diperkuat dengan
ikatan hidrogen pada residu Ile571 dan Cys574, serta ikatan hidrofobik pada
residu Val572.
Kuersetin pada alam terdapat pada buah, seperti apel, dan sayuran, seperti
tomat, brokoli, bayam, bawang, dan daun teh hitam (Manach et al. 2004).
Penambatan yang dilakukan pada kuersetin dengan rantai A HAT PCAF
menunjukkan bahwa kuersetin memiliki kemampuan dalam menghambat
pengikatan asetil-KoA oleh HAT PCAF. Hal ini terlihat pada residu yang terlibat
baik pada ikatan hidrogen (Tyr585, Gly584, dan Lys583) maupun pada ikatan
hidrofobik (Val583, Gly586, Glu581, Ala613, Cys574, Val576, dan Tyr616).
Hasil penambatan pada rantai B HAT PCAF oleh kuersetin juga menunjukkan
kemampuan penghambatan asetil-KoA dengan ikatan hidrogen pada residu
Gly584 dan Tyr616, serta ikatan hidrofobik pada residu Tyr616, Val576, Gln581,
Val582, Gly586, dan Thr587. Hasil ini berbeda dengan penambatan yang
dilakukan oleh Adawiyah (2015) yang menunjukkan bahwa kuersetin memiliki
kemampuan yang dalam menghambat HAT PCAF pada situs pengikatan asetil-
KoA dan histon. Perbedaan ini dapat disebabkan oleh penggunaan berkas
kuersetin dengan karakteristik aturan Lipinski yang berbeda. Penggunaan berkas
ligan yang berbeda juga memiliki perbedaan baik muatan Gasteiger maupun
torsion tree sehingga memungkinkan adanya perbedaan energi ikatan atau pun
jenis ikatan yang terjadi (Elokely dan Doerksen 2013).
Flavonoid pinobanksin terdapat pada tanaman ceri dan daun eukaliptus
(Rowe 2012; Ferreira et al. 2016). Penambatan yang dilakukan pada pinobanksin
dengan rantai A HAT PCAF menunjukkan bahwa pinobanksin memiliki peran
dalam menghambat ikatan HAT PCAF dengan asetil-KoA. Hal ini terlihat pada
residu yang terlibat dalam ikatan hidrogen, yaitu Lys583, Gly584, dan Gly586,
dan ikatan hidrofobik, yaitu Ala575, Val576, Gln581, dan Tyr616. Pinobanksin
juga mampu menghambat pengikatan asetil-KoA pada rantai B HAT PCAF yang
ditandai dengan residu yang terlibat pada ikatan hidrofobik (Leu526 dan Phe617).
Pinobanksin juga memiliki kemampuan dalam menghambat pengikatan protein
histon oleh rantai B HAT PCAF. Residu yang terlibat dalam pengikatan histon
adalah residu Cys574 yang merupakan residu yang terlibat dalam penstabilan
ikatan histon pada sisi aktif HAT PCAF. Pinobanksin juga terikat pada residu sisi
aktif rantai B HAT PCAF, yaitu residu Asp610, dan distabilkan oleh ikatan
hidrofobik yang terjadi pada residu Val572 dan Tyr640.
Pinokembrin dapat didapat dari mengisolasi Pinus heartwood, eukaliptus,
populus, euporbia, dan Sparattosperma leucanthum (Rasul et al. 2013).
Penambatan yang dilakukan pada pinokembrin dengan rantai A HAT PCAF
menghasilkan satu ikatan hidrogen pada residu Tyr612. Residu tersebut
merupakan residu yang berperan dalam pengikatan substrat atau pun proses
katalisis, namun tidak terlibat secara langsung dalam proses tersebut. Penambatan
 15

juga menghasilkan ikatan hidrofobik pada residu yang berperan dalam pengikatan
asetil-KoA oleh HAT PCAF, diantaranya Cys574, Ala575, Val576, Gln581,
Val582, Lys583, Gly584, Tyr585, Gly586, Ala613, dan Tyr616. Penambatan
pinokembrin pada rantai B HAT PCAF menghasilkan ikatan hidrogen pada residu
Cys574, residu yang terlibat dalam kestabilan ikatan histon dengan HAT PCAF.
Penambatan pinokembrin pada rantai B HAT PCAF juga menghasilkan ikatan
hidrogen pada residu Ile571. Residu tersebut merupakan residu yang terlibat
dalam pengikatan protein histon. Ikatan hidrofobik pada pengikatan pinokembrin
oleh rantai B HAT PCAF terjadi pada residu Asp610 yang merupakan residu yang
berperan sebagai sisi aktif. Ikatan hidrofobik juga terjadi pada residu Val572 dan
Tyr640 yang terlibat dalam pengikatan histon oleh HAT PCAF.
Tektokrisin terdapat pada bunga Tetracera indica (Dogarai 2011).
Penambatan yang dilakukan pada tektokrisin dengan rantai A HAT PCAF
menunjukkan bahwa tektokrisin memiliki kemampuan dalam menghambat
pengikatan asetil-KoA oleh HAT PCAF. Hal ini terlihat pada residu yang terlibat
dalam ikatan hidrofobik (Cys574, Ala575, Val576, Gln581, Val582, Lys583,
Gly584, Tyr616, dan Ala614). Penambatan tektokrisin pada rantai B HAT PCAF
juga menunjukkan kemampuan tektokrisin dalam menghambat pengikatan asetil-
KoA oleh HAT PCAF. Hal ini ditunjukkan oleh adanya ikatan hidrogen yang
melibatkan residu Ile571, residu yang berperan dalam pengikatan histon oleh
HAT PCAF. Hasil penambatan juga menunjukkan adanya ikatan hidrofobik yang
melibatkan residu yang terlibat dalam pengikatan asetil-KoA (Leu526, Cys574,
Ala613, Tyr616, dan Phe617) dan pengikatan protein histon (Val572).
Penambatan tektokrisin dengan rantai B HAT PCAF juga menunjukkan
kemampuan tektokrisin dalam mengikat sisi aktif HAT PCAF.
Hasil penambatan yang dilakukan pada ketujuh ligan flavonoid propolis
menunjukkan bahwa flavonoid propolis mampu menghambat pengikatan asetil-
KoA dan histon. Hasil tersebut dapat digunakan untuk memprediksi mekanisme
penghambatan yang dilakukan oleh flavonoid propolis. Pengikatan residu yang
terlibat dalam pengikatan asetil-KoA menunjukkan kemampuan flavonoid dalam
menghambat HAT PCAF secara nonkompetitif. Hal ini disebabkan penghambatan
pengikatan asetil-KoA dengan HAT PCAF masih memungkinkan substrat (histon)
untuk berikatan dengan enzim sehingga menghasilkan komplek enzim-substrat-
inhibitor seperti sifat inhibitor nonkompetitif. Pengikatan residu yang terlibat
dalam pengikatan histon menunjukkan kemampuan flavonoid dalam menghambat
HAT PCAF secara kompetitif. Hal ini disebabkan flavonoid propolis diduga
menyerupai substrat (histon) sehingga substrat tidak memungkinkan untuk
berikatan dengan enzim membetuk produk.

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Flavonoid propolis memiliki potensi sebagai antikanker dengan pendekatan

penghambatan enzim HAT PCAF. Mekanisme penghambatan oleh flavonoid
propolis dilakukan dengan mengikat residu pengikatan asetil-KoA, histon, atau
16

asetil-KoA dan histon oleh HAT PCAF. Flavonoid propolis bertindak sebagai
inhibitor kompetitif atau nonkompetitif terhadap HAT PCAF. Ikatan dengan
energi ikatan terbesar adalah ikatan galangin dan tektokrisin dengan rantai B HAT
PCAF, sedangkan yang terkecil adalah galangin dan pinobanksin dengan rantai A
HAT PCAF.

Saran

Penelitian secara in silico ini masih bersifat prediksi sehingga memerlukan

penelitian lanjutan secara in vitro dan in vivo, selain itu, perlu dilakukan penelitian
lebih lanjut untuk menganalisis kinetika inhibisi HAT PCAF oleh flavonoid
propolis.

DAFTAR PUSTAKA

Adawiyah R, Suryani Artika IM. 2015. Histone acetyltransferase p300/CBP-

associated factor inhibition by quercetin as anticancer drug candidate with in
silico and in vitro approach. Int J Pharm Pharm Sci. 8(5): 211-215.
Alavijeh MS, Chisthy, Qaiser MZ, Palmer AM. 2005. Drug metabolism and
pharmacokinetics, the blood-brain barrier, and central nervous system drug
discovery. NeuroRx. 2(4):554-571.
Anandhi R, Annadurai T, Anitha TS, Muralidharan AR, Najmunnisha K,
Nachiappan V, Thomas PA, Geraldine P. 2012. Antihypercholesterolemic and
antioxidative effects of an extract of the oyster mushroom, Pleurotus ostreatus,
and its major constituent, chrysin, in Triton WR-1339-induced
hypercholesterolemic rats. J Physiol Biochem. 69(2): 313–323.
Brooks CL, Gu W. 2011. The impact of acetylation and deacetylation on the p53
pathway. Protein Cell. 2(6): 456-462.
Clements A, Rojas JR, Trievel RC, Wang L, Berger SL, Marmorstein R. 1999.
Crystal structure of the histone acetyltransferase domain of the human PCAF
transcriptional regulator bound to coenzyme A. EMBO. 18(13):3521-3532.
Dekker FJ, Ghizzoni M, Meer NVD, Wisastra R, Haisma HJ. 2009. Inhibition of
the PCAF histone acetyl transferase and cell proliferation by isothiazolones.
Bioorg Med Chem. doi: 10.1016/j.bmc.2008.12.008.
Dekker FJ, Haisma HJ. 2009. Histone acetyltransferase as emerging drug target.
Drug Discov Today. 14(20):942-948.
Dogarai BBS. 2011. Phytochemical and antidiabetic activity investigation of
Tetracera indica merr. [Tesis]. Selangor (MY): International Islamic
University.
Edwards MP, Price DA. 2010. Role of physicochemical properties and ligand
lipophilicity efficiency in addressing drug safety risks. Annu Report Med
Chem. 45: 381-391.
Eliseeva ED, Valkov V, Jung M, Jung MO. 2007. Characterization of novel
inhibitors of histone acetyltransferases. Mol Cancer Ther. 6: 2391-2398.
Elokely KM, Doerksen RJ. 2013. Docking challange: protein sampling and
molecular docking performance. J Chem Inf Model. 53(8): 1934-1945.
 17

Fan-qi Z, Shi-ming P, Li LLM, Zhen-hua Z, Zhi-yuan Z, Niu H. 2013. Structure

based identification of drug-like inhibitors of p300 histone acetyltransferase.
Acta Pharm Sinica. 48(5): 700-708.
Ferreira S, Pereyra A, Patriarca A, Mazzobre MF, Polak T, Abram V, Buera MP,
Ulrih NP. 2016. Phenolic compounds in extracts from Eucalyptus globulus
leaves and Calendula officinalis flowers. J Nat Prod Res. 2(1): 53-57.
Ghizzoni M, Boltjes A, Graaf CD, Haisma HJ, Dekker FJ. 2010. Improved
inhibition of the histone acetyltransferase PCAF by an anacardicacid
derivative. Bioorg Med Chem. 18: 5826-5834.
Hasan AEZ. 2013. Pembuatan Nanopropolis Asal Indonesia sebagai Bahan
Antikanker Payudara. [Disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Hodawadekar SC, Marmorstein R. 2007. Chemistry of acetyl transfer by histone
modifying enzymes: structure, mechanism, and implications for effector
design. Oncogene. 26: 5528-5540.
[KEMKES RI]. Kementrian Kesehatan Republik Indonesia. 2015. Situasi
Penyakit Kanker. Jakarta (ID): Kemkes RI.
Kim S, Kang H, Na H, Lee M. 2010. Trischosantin a enhances acetylation as well
as protein stability of Erα through induction of p300 protein. Breast Cancer
Res. 12:1-8.
Kukol A. 2015. Molecular Modeling of Protein. New York (US): Springer.
Laptenko O, Prives C. 2012. The p53-HAT connection: PCAF rules. Cell Cycle.
11(16): 2975.
Lipinski CA, Lombardo F, Segawa T, Ko D. 2001. Experimental and
computational approaches to estimate solubility and permeability in drug
discovery and development setting. Adv Drug Deliv Rev. 46: 3-26.
Manach C, Scalbert A, Morand C, Remesy C, Jimenez L. 2004. Polyphenols: food
sources and bioavailability. Am J Clin Nutr. 79(5): 727-747.
Mannhold R, Poda GI, Ostermann C, Tetko IV. 2007. Calculation of molecular
lipophilicity: state of the art and comparison of log P methods on more than
96000 compounds. J Pharm Sci. 98: 861-893
Marmorstein R. 2001. Protein modules that manipulate histone tails for chromatin
regulation. Nat Rev Mol Cell Biol. 2: 422-432.
Martz E. 2003. Introduction to Bioinformatics. New Jersey (US): Humana Pr.
Ott M, Verdin E. 2010. HAT trick: p300, small molecule, inhibitor. Chem Biol.
17(5): 417-418.
Owen J, Punt J, Stranford S. 2013. Kuby Immunologiy 7 ed. London (UK): WH
Freeman.
Rasul A, Millimuono FM, Eltayb WA, Ali M, Li J, Li X. 2013. Pinocembrin: a
novel natural compound with versatile pharmacological and biological
activities. BMRI. doi: 10.1155/2013/379850
Roth SY, Denu JM, Allis CD. 2001. Histone acetyltransferase. Annu Rev
Biochem. 70: 81-120.
Rowe JW. 2012. Natural Products Of Woody Plants: Chemicals Extraneous To
the Lignocellulosic Cell Wall. Berlin (DE): Springer.
Sa G, Das T. 2008. Review: Anti cancer effects of curcumin: cycle of life and
death. Cell Division. 3:14.
Sharma NK, Jha KK, Priyanka. 2010. Molecular docking: an overview. J Adv Sci
Res. 1:67-72.
18

Shukla S, Gupta S. 2010. Apigenin: a promising molecule for cancer prevention.

Pharm Res. 27(6): 962-978.
Sirait M. 2007. Penuntun Fitokimia dalam Farmasi. Bandung (ID): ITB Pr.
Sterner DE, Berger SL. 2000. Acetylation of histones and transcription-related
factors. Micobiol Mol Biol Rev. 64(2): 435-459.
Stimson L, Rowlands MG, Newbatt YM, Smith NF, Raynaud FI, Rogers P,
Bavetsias V, Gorsuch S, Jarman M, Bannister A, et al. 2005. Isothiazolones as
inhibitors of PCAR and p300 histone acetyltransferase activity. Mol Cancer
Ther. 4(10): 1521-1532.
Vinsentricia A. 2015. Kinetika Inhibisi dan Analisis In Silico Molekuler
Kurkumin Kunyit (Curcuma longa) terhadap Histon Asetiltransferase. [Tesis].
Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Watanabe WAE, Amarante MK, Conti BJ, Sforcin JM. 2011. Cytotoxic
constituents of propolis inducing anticancer effect: a review. JPP. 63(11):
1378-1386.
Yanuar A. 2012. Penambatan Molekular: Praktek dan Aplikasi pada Virtual
Screening. Depok (ID): UI Pr.
Zangeneh FZ, Minaie B, Amirzargar A, Ahangarpour A, Mousavizadeh. 2010.
Effects of chamomile extract on biochemical and clinical parameters in a rat
model of polycystic ovary syndrome. JRI. 11(3): 169-174.
Zhang X, Cheng S, Li H, Zhang X, Chen F, Li Y, Zhang J, Tan Y. 2016. Isolation
and identification of two galangin metabolites from rat urine and determination
of their in vitro hypolipidemic activity. TJPR. 15(6): 1235-1241.
 19

LAMPIRAN
20

Lampiran 1 Alur penelitian

Penyiapan Penyiapan protein

ligan reseptor

Penambatan
molekul

Visualisasi hasil
penambatan
 21

Lampiran 2 Afinitas dan RMSD penambatan apigenin dengan HAT PCAF (a)
rantai A (b) rantai B
(a) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.8 0.000 0.000
2 -7.8 1.054 2.652
3 -7.6 3.469 8.530
4 -7.5 1.994 2.700
5 -7.3 4.758 8.873

(b) mode | affinity | dist from best mode

| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -8.3 0.000 0.000
2 -8.2 2.332 6.938
3 -7.9 8.158 12.819
4 -7.9 4.055 7.146
5 -7.8 4.117 7.158

Lampiran 3 Afinitas dan RMSD penambatan galangin dengan HAT PCAF (a)
rantai A (b) rantai B
(a) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.2 0.000 0.000
2 -7.1 3.397 6.508
3 -7.0 3.618 8.039
4 -6.9 2.581 6.539
5 -6.9 1.153 2.956

(b) mode | affinity | dist from best mode

| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -8.1 0.000 0.000
2 -7.6 3.292 7.942
3 -7.6 9.570 13.134
4 -7.2 4.328 9.340
5 -7.1 9.834 12.552
22

Lampiran 4 Afinitas dan RMSD penambatan krisin dengan HAT PCAF (a)
rantai A (b) rantai B
(a) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.7 0.000 0.000
2 -7.3 1.846 2.474
3 -7.3 5.764 8.440
4 -7.2 3.484 8.114
5 -7.0 1.076 2.744
(b) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -8.2 0.000 0.000
2 -8.1 2.143 6.386
3 -8.0 1.515 3.608
4 -7.8 7.946 12.175
5 -7.5 2.541 5.055

Lampiran 5 Afinitas dan RMSD penambatan kuersetin dengan HAT PCAF (a)
rantai A (b) rantai B
(a) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.5 0.000 0.000
2 -7.5 1.210 2.817
3 -6.9 2.193 7.046
4 -6.6 16.817 18.516
5 -6.3 15.285 18.735

(b) mode | affinity | dist from best mode

| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.7 0.000 0.000
2 -7.6 1.142 2.805
3 -7.6 1.634 7.228
4 -7.4 2.564 7.299
5 -6.8 1.966 3.809
 23

Lampiran 6 Afinitas dan RMSD penambatan pinobanksin dengan HAT PCAF (a)
rantai A (b) rantai B
(a) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.2 0.000 0.000
2 -7.1 3.360 6.290
3 -6.8 2.096 2.679
4 -6.8 5.801 8.633
5 -6.6 3.088 6.644

(b) mode | affinity | dist from best mode

| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -8.1 0.000 0.000
2 -7.8 3.339 8.037
3 -7.6 9.704 13.142
4 -7.5 4.341 9.300
5 -7.4 11.249 14.456

Lampiran 7 Afinitas dan RMSD penambatan pinokembrin dengan HAT PCAF (a)
rantai A (b) rantai B
(a) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.7 0.000 0.000
2 -7.1 3.104 5.478
3 -7.1 2.546 6.382
4 -6.8 2.743 5.067
5 -6.8 5.855 8.534

(b) mode | affinity | dist from best mode

| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -8.1 0.000 0.000
2 -7.7 3.354 8.054
3 -7.6 9.705 13.143
4 -7.4 11.224 14.437
5 -7.3 6.629 7.862
24

Lampiran 8 Afinitas dan RMSD penambatan tektokrisin dengan HAT PCAF (a)
rantai A (b) rantai B
(a) mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -7.5 0.000 0.000
2 -7.4 1.931 2.717
3 -7.4 3.177 7.836
4 -7.4 5.174 8.555
5 -7.2 1.965 2.605

(b) mode | affinity | dist from best mode

| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -8.3 0.000 0.000
2 -8.1 1.465 6.444
3 -7.9 2.445 5.161
4 -7.8 8.055 12.665
5 -7.5 3.108 7.960
 25

Lampiran 9 Spesifikasi HAT PCAF

Nama protein : Histon Asetiltransferase PCAF
Organisme : Homo sapiens (manusia)
Taksonomi : EC 2.3.1.48
Mekanisme reaksi :

Acetyl-CoA + [histone] = acetyl-[histone] + CoA-SH

Sekuens Rantai A : KVIEFHVVGNSLNQKPNKKILMWLVGLQNVFSHQLPR

MPKEYITRLVFDPKHKTLALIKDGRVIGGICFRMFPSQ
GFTEIVFCAVTSNEQVKGYGTHLMNHLKEYHIKHDIL
NFLTYADEYAIGYFKKQGFSKEIKIPKTKYVGYIKDYE
GATLMGCELNP
Sekuens Rantai B : KVIEFHVVGNSLNQKPNKKILMWLVGLQNVFSHQLPR
MPKEYITRLVFDPKHKTLALIKDGRVIGGICFRMFPSQ
GFTEIVFCAVTSNEQVKGYGTHLMNHLKEYHIKHDIL
NFLTYADEYAIGYFKKQGFSKEIKIPKTKYVGYIKDYE
GATLMGCELNPR
26

Lampiran 10 Struktur dan sifat ligan

Nama Sifat Fisik Struktur

Densitas : 1.548 g/cm3
Titik leleh : 345-350 °C
Apigenin
Titik didih : 555.5 °C
Titik nyala : 217 °C

Densitas : 1.579 g/cm3

Titik leleh : 214-215 °C
Galangin
Titik didih : 518.6 °C
Titik nyala : 202 °C

Titik leleh : 284-286 °C

Krisin Titik didih : 642 °C
Titik nyala : 479 °C

Densitas : 1.799 g/cm3

Titik leleh : 314-317 °C
Kuersetin
Titik didih : 642.4 °C
Titik nyala : 248.1 °C

Densitas : 1.497 g/cm3

Titik leleh : 176-177 °C
Pinobanksin
Titik didih : 570.6 °C
Titik nyala : 222 °C

Densitas : 1.386g/cm3
Pinokembrin Titik didih : 511.1 °C
Titik nyala : 199.3 °C

Densitas : 1.329 g/cm3

Titik leleh : 166-168 °C
Tektokrisin
Titik didih : 487.4 °C
Titik nyala : 186.8 °C
 27

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Bandar Lampung, 5 Maret 1994. Penulis merupakan

putra kedua dari dua bersaudara dari ayah Anjar Rahman dan ibu Nurmalena.
Penulis lulus dari SMA Negeri 8 Tangerang, Banten tahun 2012 dan diterima
sebagai mahasiswa Program Sarjana Biokimia Institut Pertanian Bogor melalui
jalur SNMPTN Tulis 2012.
Selama masa perkuliahan, penulis aktif sebagai asisten praktikum
Mikrobiologi Dasar selama dua semester (semester ganjil 2015/2015 dan semester
genap 2015/2016). Penulis mengikuti praktikum lapang di PT MBRIO Biotekindo
Kota Bogor divisi MBRIO Food Laboratory dengan judul penelitian Pengujian
Cemaran dan Uji Biokimia Mikrob (Salmonella spp., Listeria monocytogenes,
Bacillus cereus, dan Clostridium perfringens) pada Sampel Keju Cedar. Penulis
aktif berorganisasi sebagai anggota departemen Kominfo BEM FMIPA IPB
kabinet Nitrogen tahun 2014 dan ketua departemen Kominfo BEM FMIPA IPB
kabinet Iridescent tahun 2015. Penulis juga terlibat dalam sebagai panitia Masa
Perkenalan Kampus Mahasiswa Baru (MPKMB) IPB 50, dan Olimpiade Asrama
2012, serta Pesta Sains Nasional 2013 dan 2014.