Penelitian Mikrobiologi Tanah dalam Dasawarsa yang Akan Datang: Peluang Penelitian

Translasional

Mikrobiologi tanah berurusan dengan kelompok beragam organisme hidup yang berada di tanah.
Fungsi mikro dan fauna untuk mempertahankan proses tanah dan jasa ekosistem lainnya untuk
menjaga tanah tetap sehat dan fungsional, dan dengan demikian mendukung pertumbuhan
tanaman. Perubahan pertanian dan penggunaan lahan termasuk urbanisasi yang cepat mengubah
mikroba tanah - baik secara struktural maupun fungsional. Sementara tanaman mendukung
mikroba di daerah akar mereka dengan mentransfer bagian dari fotosintat, mikroba yang tinggal
di rhizosfer membentuk genom kedua untuk tanaman dan memberikan kecukupan fisiologis dan
ekologis untuk tanaman. Untuk memenuhi permintaan populasi bumi yang berkembang,
mikroorganisme menyediakan alternatif hijau untuk menanam tanaman, terutama tanaman,
secara berkelanjutan.

Glosarium Istilah Ilmu Tanah (SSSA 2008) mendefinisikan mikrobiologi tanah sebagai cabang
ilmu tanah yang berfokus pada beragam kelompok mikroba penghuni tanah dengan fungsi dan
aktivitas interaksi mereka, yang memengaruhi organisme hidup lainnya dengan berbagai cara.
Tanah, epidermis yang hidup di planet ini dengan sumber dayanya yang beragam, akan terus
menentukan keamanan manusia. Interaksi intim antara tumbuhan, hewan dan kehidupan
mikroba, yang menghuni matriks tanah, mendorong reaksi redoks

yang mengatur siklus biogeokimia dari banyak elemen dan menciptakan kumpulan C organik
yang jauh melebihi C di atmosfer global dan biosfer. Komunitas mikroba yang menengahi reaksi
redoks ini diperlukan untuk mewakili banyak keanekaragaman hayati total Bumi. Namun,
struktur, fungsi dan potensi ekonomi dari komponen biosfer tanah ini baru mulai dieksplorasi.
Tanah, terutama di sepanjang dataran tinggi sungai yang menjadi titik awal peradaban manusia,
telah dieksploitasi sejak komunitas manusia berubah dari pemburu-pengumpul menjadi populasi
terorganisir yang bergantung pada pertanian sebagai pekerjaan. India menjadi salah satu negara
dengan catatan peradaban yang berasal dari lembah Indus, tanah seperti itu telah dieksploitasi
secara luas. Meskipun, bahkan setelah 5.000 tahun, tanah-tanah ini masih dianggap sebagai
mangkuk biji-bijian di anak benua India, eksploitasi berlebihan telah menghasilkan penurunan
kualitas dan kualitas tanah secara kualitatif dan mengakibatkan penurunan yang dirasakan dalam
produksi pangan. Ada pemahaman yang muncul tentang pentingnya komunitas mikroba bagi
kesehatan tanah dengan kemungkinan yang jelas untuk membalikkan penurunan kualitas tanah
yang dirasakan melalui intervensi mikrobiologis.

Komunitas mikroba atau mikrobioma dari berbagai lingkungan telah dieksplorasi untuk
memahami peran ekologisnya. Mikrobioma tanaman merupakan penentu utama kesehatan dan
produktivitas tanaman dan baru-baru ini mendapat perhatian besar (Bulgarelli et al. 2013). Akar-
akar tanaman penghuni tanah berhubungan langsung dengan mikrobioma bioma paling beragam
di planet ini, dengan perkiraan keanekaragaman bakteri yang sangat tinggi (1014-1016). siap
menjajah bagian tanaman lainnya. Semua lingkungan mikro ini menyediakan pengaturan biotik
dan abiotik spesifik untuk mikroorganisme yang memiliki fungsi spesifik yang sesuai untuk
inang. Manipulasi mikrobioma tanaman memiliki potensi untuk mengurangi penyakit tanaman
terutama yang ditularkan melalui tanah, meningkatkan produksi pertanian, mengurangi input
bahan kimia seperti pupuk dan pestisida dan mengurangi emisi gas rumah kaca, menghasilkan
praktik pertanian yang lebih berkelanjutan. Banyak mikroba yang terkait dengan tanaman juga
merupakan pemain penting dalam sepeda biogeokimia global. Komunitas mikroba ini
dipengaruhi oleh lokasi geografis, sumber daya tanah, genotipe inang, dan praktik budidaya.
Dinamika pola kolonisasi untuk microbiome terkait akar di tiga relung, yaitu. endorhizosphere,
ectorhizosphere (permukaan akar) dan microbiome, di dekat akar memberikan bukti untuk
pendaftaran cepat mikrobioma terkait-akar dari tanah dan mendukung model multistep dimana
setiap komponen akar memainkan peran selektif dalam jemaat microbiome (Edwards et al .
2015).

Produksi tanaman berkelanjutan membutuhkan kemajuan teknis dan organisasi. Sementara

patogen, hama dan gulma menyebabkan sejumlah besar kerugian sebelum dan sesudah panen,
sejumlah besar simbion menguntungkan memberikan peluang untuk meningkatkan stabilitas,
kuantitas, dan kualitas hasil. Oleh karena itu, penelitian dan pengembangan untuk penelitian
pertanian ini dijamin dan mendesak. Lebih lanjut, investasi jangka panjang utama dalam
penelitian pertanian dasar dan translasi diperlukan. Mikroorganisme tanah adalah pemain kunci
dalam fungsi agroekosistem karena mereka menggerakkan siklus produksi dan nutrisi primer dan
sekunder (Nannipieri et al. 2002; Bardgett et al. 2005). N adalah nutrisi terpenting yang
membatasi pertumbuhan tanaman dan juga elemen utama yang dipasok oleh pemupukan (Smil
1997). Diperkirakan bahwa dalam beberapa sistem pemangkasan intensif di seluruh dunia, input
N melebihi output N oleh cropuptakeby 10-240 kg Nha 1 per tahun (Sutton et al. 2011). Saya
telah menghitung bahwa rata-rata efisiensi pemupukan N dari produksi tanaman jarang melebihi
30% menyiratkan ekonomi tinggi, biaya lingkungan dan sosial (Tilman et al. 2002; Abrol dan
Adhya 2017). Kelebihan input N mengubah tingkat transformasi N, meningkatkan jalur untuk
kehilangan N; sekitar 50-60% dari surplus N hilang sebagai emisi molekul N (N2) oleh
denitifikasi nitri fi kasi, diikuti oleh volatilisasi amonia (NH3), pencucian dan pelarian nitrat
(NO3) dan nitro oksida (N2O) dan mononitrogen oksida (NOx) emisi (De Vries et al. 2011;
Velthof et al. 2011). Terlepas dari kebocoran ke lingkungan yang mengarah ke eutrofikasi,
surplus pupuk N meningkatkan tingkat dekomposisi residu tanaman dan bahan organik tanah
(SOM), dengan penurunan bersih dalam kandungan karbon (C) tanah dan kesuburan tanah yang
mempengaruhi tidak hanya dua siklus nutrisi utama tetapi juga jasa ekosistem untuk
keberlanjutan ekologis. Mikrobioma tanah adalah ekosistem yang rumit dan sangat beragam
yang mengandung populasi besar mikroorganisme yang berinteraksi. Bacaan berkualitas tinggi
berkerumun, menggunakan> 97% identitas urutan komunitas mikroba terkait akar tanaman padi
sampel pada 42 hari, dikelompokkan menjadi 101.112 mikroba OTU dengan metaogenik archaea
kelimpahan tinggi (Edwards et al. 2015). Demikian pula, analisis mikrobioma tanah penekan
penyakit mengkategorikan lebih dari 33.000 OTU bakteri dan archaeal dalam rizosfer bit gula
(Mendes et al. 2011). Baru-baru ini, pengembangan beberapa teknik analisis metagenomik dan
bioinformatik yang kuat telah memungkinkan para ahli mikrobiologi untuk secara cepat
mengurutkan dan mengidentifikasi DNA yang diekstraksi dari sampel tanah (Biswas dan Sarkar
2017; Lagos et al. 2015; Knief 2014). Hal ini memungkinkan pemeriksaan genetika seluruh
komunitas mikroba untuk menyelidiki karakteristik fisiologis dan potensi mikroorganisme terkait
tanaman (Sessitsch et al. 2012). Analisis sekuens amplon dari gen penanda, biasanya 16S rRNA
dalam kasus bakteri, memungkinkan kita untuk mengkarakterisasi kelimpahan relatif spesies
yang berbeda dalam kompartemen tanaman yang beragam termasuk phyllosphere dan
rhizosphere (Lundberg et al. 2012). Pendekatan metatranscriptomik, di sisi lain, dapat digunakan
untuk memeriksa aktivitas metabolik dan mekanisme pengaturan yang berfungsi dalam
lingkungan diskrit (Chaparro et al. 2014; Newman et al. 2016).

Mikroba mikro telah digunakan di pertanian. Pertanian petani telah menambahkan bakteri
pengikat nitrogen untuk menanam tanaman legum dan jamur mikoriza yang membantu tanaman
memperoleh nutrisi selama beberapa dekade. Kelompok-kelompok mikroorganisme ini, yang
secara luas disebut sebagai pupuk hayati, menjaga lingkungan tanah kaya akan beragam mikro
dan makronutrien melalui fiksasi nitrogen, pelarutan atau mineralisasi fosfat dan kalium dan
akuisisi, produksi dan pelepasan zat pengatur pertumbuhan tanaman, produksi antibiotik dan
biodegradasi bahan organik di tanah. Ketika pupuk hayati diterapkan sebagai inokulan benih atau
tanah, mereka berkembang biak dan berpartisipasi dalam siklus hara dan mendapatkan manfaat
tanaman (Singh et al. 2011). Inokulan mikroba telah mengesampingkan signifikansi dalam
sistem manajemen nutrisi terintegrasi untuk produktivitas pertanian berkelanjutan dan
lingkungan kesehatan yang sehat (Adesemoyeetal.2009) . Efisien strain Azotobacter,
Azospirillum, Phosphobacter dan Rhizobacter dapat memberikan jumlah yang signifikan dari
nitrogen yang tersedia melalui siklus nitrogen dan bahkan meningkatkan efisiensi penggunaan
pupuk dengan mengurangi aplikasi pupuk. Pupuk hayati menghasilkan beberapa hormon
tanaman termasuk asam asetat indol (IAA), giberelin (GA) dan sitokinin (CK). Pupuk hayati
juga dikenal untuk meningkatkan fotosintesis untuk memberikan toleransi tanaman terhadap
stres dan meningkatkan resistensi terhadap patogen, sehingga menghasilkan peningkatan
produktivitas tanaman dan alat penting untuk pertanian tahan iklim (Sahoo et al. 2013; Kashyap
et al. 2017).

Seperti disebutkan di awal, tanaman berdasarkan pertumbuhannya di tanah memiliki akses ke

mikrobioma paling beragam di dunia. Ketika benih berkecambah di tanah, ia mengirim akarnya
ke tanah untuk mendapatkan nutrisi air dan mineral. Dalam proses ini, para root merancang
struktur fisik tanah dan, dengan melepaskan eksudat akar di dalam dan sekitar zona akar,
merekrut mikroorganisme tanah sebagai tetangga terdekat mereka. Pada saat yang sama,
mengupas jaringan akar yang mati dan membusuk, diproses oleh mikroorganisme heterotrofik,
menyebabkan produksi bahan organik tanah. Dengan demikian, ada bukti kuat bahwa tanaman
merekayasa mikrobioma rizosfer (Chaparro et al. 2014). Ini semakin diperkuat oleh fakta bahwa
bahkan garis keturunan tanaman paling kuno menunjukkan kemampuan yang kuat untuk
mengubah kelimpahan relatif kelompok mikroba di tanah yang mengelilingi rhizosfer (Valverde
et al. 2016). Karena hubungan yang rumit di mana spesies tanaman mendukung mikrobioma
yang unik, kemungkinan muncul apakah kita dapat memanipulasi hubungan seperti itu yang
sekarang disebut sebagai 'rhizosphere engineering' yang mengarah pada peningkatan
produktivitas (Akhami et al. 2017). Saat ini, kemampuan kami untuk mengelola dan
memanipulasi mikrobioma rizosfer terbatas untuk mengubah mikrobioma melalui inokulasi dan
penambahan bahan organik untuk meningkatkan keanekaragaman. Pada beberapa kesempatan,
mikroorganisme yang diperkenalkan atau 'inokulan', seperti yang mereka sebut populer, gagal
karena alasan asing seperti predasi atau kalah bersaing dengan mikroorganisme yang telah dipilih
dalam periode waktu yang lama. Kemungkinan, pengeditan gen baru dan alat biologi sintetis
menawarkan jalur alternatif untuk merekayasa mikroba dengan fungsi yang ditargetkan
(Wallenstein 2017; Hutchison et al. 2016) atau ciri-ciri pabrik rekayasa (Nogales et al. 2015).
Bukti terakumulasi bahwa keragaman besar mikroorganisme dan hewan yang berada di bawah
tanah memberikan kontribusi yang signifikan dalam membentuk keanekaragaman hayati di atas
permukaan tanah dan berfungsinya ekosistem terestrial (Bardgett dan van der Putten 2014).
Secara global, pemahaman tentang bagaimana keanekaragaman hayati bawah tanah ini
didistribusikan dan bagaimana mengatur struktur dan fungsi ekosistem darat berkembang pesat
(Carey 2016, meskipun pada skala yang sangat terbatas untuk ekosistem tropis. Bukti juga
menunjukkan bahwa keanekaragaman hayati tanah memainkan peran penting dalam menentukan
respons ekologis dan evolusioner dari ekosistem terestrial terhadap perubahan lingkungan saat
ini dan di masa depan.Oleh karena itu, tiga bidang utama yang akan membutuhkan perhatian
para ilmuwan selama dekade berikutnya adalah:

1. Intensifikasi investasi pada penerapan pengotorestasian tanah terhadap keanekaragaman

mikroba total dan penggunaan rekayasa balik untuk meningkatkan kesehatan dan
kesuburan tanah. Saat ini, kebijakan pengelolaan pertanian dan pengelolaan pertanian
yang baik dalam pertanian mempengaruhi keanekaragaman struktural dan fungsional
tanah.
2. 2. Penelitian menyeluruh tentang mikrobioma tanaman sebagai mikroorganisme tanah
yang ditemukan di zona akar berdampak pada pertumbuhan dan perkembangan tanaman.
Namun, karena potensi untuk memanfaatkan manfaat ini terhambat oleh kelimpahan dan
keragaman pemain yang memengaruhi sifat-sifat tanaman yang diinginkan, memusatkan
perhatian pada studi biologi rhizosfer, faktor-faktor yang memengaruhi dan interaksi
kompleks pada kesejahteraan tanaman dan pemeliharaan tanah. kesehatan sangat penting.
3. Organik C, pendorong utama keberlanjutan tanah, yang disimpan dalam tanah adalah
keseimbangan antara input tanaman dan kerugian metabolisme CO2 yang dimediasi
secara mikroba. Pertanian modern dianggap sebagai gangguan utama pada keseimbangan
 C alami dalam tanah, yang secara efektif menyalurkan proses yang dimediasi oleh
mikroba untuk melepaskan simpanan C yang labil yang telah menumpuk selama ribuan
tahun. 4. Pemahaman terkini tentang dampak menyeluruh perubahan iklim pada proses
kehidupan di bumi termasuk dampak negatif yang diproyeksikan pada pertanian dan
tanaman tanaman ladang juga dianggap dipengaruhi oleh mikroorganisme tanah.
Perubahan penggunaan lahan melalui penanaman dan pembukaan lahan telah
menyebabkan sebagian besar dari total emisi gas rumah kaca antropogenik sejak abad ke-
19. Untungnya, mitigasi proses iklim seperti itu juga tampaknya dimediasi oleh mikroba
tanah dan perlu diselidiki dan diimplementasikan secara intensif.
3. Pemahaman ekologi zaman baru bahwa tanaman bukan individu yang terisolasi pada
tingkat genomiknya tetapi genomik yang lebih besar termasuk genom mikroba yang
terkait, 'mikrobioma', telah memunculkan konsep 'holobiont' (Guerrero et al. 2013) .
Mirip dengan sistem ekologi organisme yang lebih tinggi, holobiont menunjukkan
dinamika yang saling tergantung dan kompleks (Vandenkoornhuyse et al. 2015).
Sementara tanaman berkembang dari biji, microbiome memiliki banyak sumber
mayoritas direkrut dari tanah (Pieterse et al. 2016). Kumpulan komunitas-komunitas ini
tergantung pada interaksi antara bibit yang muncul dan lingkungan sekitarnya.
Komunitas mikroba ini dikendalikan oleh tanaman melalui berbagai strategi, seperti
profil spesifik eksudat akar dan sistem kekebalannya yang dipimpin oleh asam jasmonat
atau lainnya. Meskipun kontrol ini, microbiome masih mampu beradaptasi dan
berkembang. Pengetahuan molekuler di balik interaksi ini dan teknologi mikroba '-omik'
maju ke titik memungkinkan rekayasa holobiont. Genom kolektif mikrobioma rizosfer
jauh lebih besar daripada tanaman dan disebut sebagai genom atau pan-genom kedua
tanaman. Ini adalah holobiont yang merespon berbagai tekanan biotik andabiotik
daripada tanaman saja, seperti yang dirasakan sebelumnya. Oleh karena itu, keutuhan
keseluruhan tanaman diatur oleh tanaman itu sendiri dan 'microbiome' nya. Ini termasuk
kontribusi genomik yang dibuat oleh komunitas mikroba yang beragam yang mendiami
permukaan dan jaringan internal bagian tanaman. Metode molekuler baru telah
mengungkapkan mikrobioma menjadi komponen utama kesehatan tanaman (Pineda et al.
2017). Bukti yang memadai sekarang bertambah untuk menunjukkan bahwa microbiome
memediasi beberapa sifat fungsional tanaman kritis, memiliki signifikansi yang besar
 pada plastisitas fenom tanaman dan dapat menjadi lintasan baru untuk neo-domestikasi
tanaman. Ini penting dalam konteks strategi pemuliaan tanaman seperti yang ditawarkan
microbiome
4. variabilitas genetik terhadap tanaman (Edwards et al. 2015). Dengan demikian, penelitian
perlu fokus untuk memperbanyak co-evolusi, yaitu genom tanaman dan mikrobiomanya.

1. Satu pendekatan dapat berupa transfer mikrobioma dari satu spesies tanaman ke yang lain.
Mikrobioma inti yang tumpang tindih antar tanaman memberi harapan untuk kompatibilitas
lintas transfer mikrobiom dengan spesies tanaman yang tidak berhubungan secara filogenetik. 2.
Pengembangan komunitas sintetis / microbiome yang terdiri dari pemain kunci. 3. Transfer
mikro-RNA dari rhizospheres tanah donor ke tanah penerima.

Meskipun mikrobiom tanaman diakui sebagai sumber daya penting keanekaragaman hayati,
banyak spesies tanaman penting dan kerabat alami mereka belum diteliti untuk komunitas
mikroba terkait. Dengan perkiraan jumlah spesies tanaman sekitar 106, ada sejumlah besar
pekerjaan yang dilakukan di depan penelitian mikrobiom tanaman untuk mengeksplorasi aspek-
aspek baru dari keanekaragaman filogenetik dari mikroorganisme yang terkait dengan
penanaman di masa depan. Cahaya ini sangat menarik dengan tanaman dari lingkungan ekstrem
termasuk aspek perubahan penggunaan lahan. Tumbuhan darat terus menerus menghubungi
mikroba yang menguntungkan, komensal, dan patogen di tanah melalui akarnya. Ada
pengetahuan yang terbatas tentang bagaimana totalitas mikroba yang terkait dengan akar (yaitu
mikrobioma) dibentuk oleh berbagai faktor atau pola perolehannya dalam akar. Studi tentang
asosiasi mikroba tanaman dengan teknik baru telah secara signifikan meningkatkan pemahaman
kita tentang struktur dan spesifisitas mikrobioma tanaman. Namun, fungsi microbiome dan
pentingnya microbiome tanaman dalam konteks kesehatan manusia dan tanaman sebagian besar
masih belum dieksplorasi (Mendes et al. 2013).