Klasifikasi HPLC berdasarkan pada sifat-sifat fase diam dan proses pemisahannya dibagi
menjadi 3 model yaitu:
1. Kromatografi adsorpsi
Dalam jenis ini, adsorben adalah padatan seperti silika gel dan pemisahan berlangsung
melalui berulangnya langkah secara adsorpsi-desorpsi
2. Ion-exchange chromatography
Merupakan jenis HPLC dimana fase diam memiliki permukaan yang bersifat ionic
yang berlawanan muatan dengan muatan ion sampel. Teknik ini secara khusus
digunakan untuk sampel ionik atau dapat diionkan. Semakin besar muatannya akan
semakin kuat ikatan antara fase diam dengan sampel sehingga semakil lama terelusi.
Gaya tarik antar molekul yang mengemban bermuatan yang saling berlawanan
merupakan sifat yang digunakan dalam HPLC dalam 2 cara yang berbeda. Pertama
disebut ion pairing dan terutama berkaitan dengan molekul-molekul kecil. Yang
kedua ini yang disebut ion exchange chromatography, di mana partikel bermuatan
(matriks) terikat secara reversible pada sampel molekul seperti protein dan
sebagainya. Pelepasan kembali (Desorpsi) sampel dari matriksnya dilakukan dengan
peningkatan konsentrasi garam atau pengubahan pH fase gerak. Umumnya bahan
penukar ion banyak digunakan dari bahan yang mengandung senyawa dari gugus
diethyl aminoethyl (DEAE) atau carboxymethyl (CM) terutama dalam bidang
biokimia.
3. Size exclusion chromatography
Merupakan jenis HPLC di mana kolom diisi dengan material yang mempunyai ukuran
pori yang terkontrol secara cermat. Sampel kemudian akan tersaring atau terpilah
berdasarkan ukuran molekulnya. Molekul-molekul besar secara cepat akan terelusi
dari kolom sementara yang lebih kecil akan memasuki pori-pori fase diam sehingga
terelusi belakangan. Teknik ini disebut juga gel filtration atau gel permeation
chromatography (GPC) karena dulunya fase diam ini berbentuk gel tetapi sekrang
bentuk tersebut tidak terbatas hanya pada gel saja. Dalam jenis ini molekul-molekul
terpisah berdasarkan ukuran molekul oleh efek penyaringan, molekul yang besar (BM
tinggi) akan terelusi lebih dulu. Sistem kromatografinya dikalibrasi menggunakan
standar yang diketahui berat molekulnya dan kemudian distribusi ukuran molekul
ditentukan dengan kurva kalibrasi. Waktu retensi berbanding lurus dengan log MW
(logartim of molecular weight).
Sedangkan dari tinjauan kepolaran fase diam dan fase gerak. HPLC dapat
digolongkan dalam dua jenis yaitu
1. Fase normal (normal phase) di mana fase diam yang digunakan bersifat polar
(seperti silika gel) dan fase geraknya bersifa non polar/lipofil (seperti n-heksan,
tetrahidro furan)
2. Fase terbalik (reversed phase) di mana fase diam non polar dan fase geraknya
bersifat polar/hidrofil. Pemisahan bisa diperoleh dengan mengkontrol dan
memanipulasi interaksi-interaksi yang terjadi. Ada banyak variabel yang harus
dipertimbangkan untuk memilih model kromatografi yang sesuai.