Selama ini memang belum diketahui secara pasti, apakah meningkatnya jumlah cacat
bawaan tersebut memang murni dampak bayi tabung ataukah faktor lainnya. Tetapi yang pasti,
kasus cacat bawaan memang banyak ditemukan pada pembuahan buatan dibandingkan dengan
pembuahan alami. Artinya, dampak bayi tabung memang berisiko menimbulkan cacat bawaan pada
bayi. Cacat bawaan ini mencakup cacat yang terlihat maupun yang tidak, semisal kelainan pada
ginjal, jantung, maupun organ tubuh lainnya.
Dampak bayi tabung yang lain adalah risiko bayi terlahir kembar. Pada proses bayi tabung,
pembuahan dilakukan terhadap beberapa sel telur sekaligus. Dari beberapa sel telur tersebut
kadang-kadang berkembang secara bersamaan di dalam rahim. Akibatnya, terjadi kehamilan
kembar yang bisa lebih dari dua. Jika ini terjadi, peluang janin untuk bisa terus berkembang di
dalam rahim akan semakin sedikit.