Daniel Mandiri / 15007100048

UTS Bioremidiasi Takehome

1. Minyak bumi tersusun dari berbagai macam molekul hidrokarbon alifatik, alisiklik, dan aromatik.
Sedangkan jenis hidrokarbon yang dapat didegradasi oleh mikroba yaitu :
a. Hidrokarbon Alifatik
Mikroorganisme pedegradasi hidrokarbon rantai lurus dalam minyak bumi ini jumlahnya relatif kecil
dibanding mikroba pendegradasi hidrokarbon aromatik. Di antaranya adalah Nocardia,
Pseudomonas, Mycobacterium, khamir tertentu, dan jamur. Mikroorganisme ini menggunakan
hidrokarbon tersebut untuk pertumbuhannya. Penggunaan hidrokarbon alifatik jenuh merupakan
proses aerobik (menggunakan oksigen). Tanpa adanya O2, hidrokarbon ini tidak didegradasi oleh
mikroba (sebagai pengecualian adalah bakteri pereduksi sulfat). Langkah pendegradasian
hidrokarbon alifatik jenuh oleh mikroorganisme meliputi oksidasi molekuler (O2) sebagai sumber
reaktan dan penggabungan satu atom oksigen ke dalam hidrokarbon teroksidasi.
b. Hidrokarbon Aromatik
Banyak senyawa ini digunakan sebagai donor elektron secara aerobik oleh mikroorganisme seperti
bakteri dari genus Pseudomonas. Metabolisme senyawa ini oleh bakteri diawali dengan
pembentukan Protocatechuate atau catechol atau senyawa yang secara struktur berhubungan
dengan senyawa ini. Kedua senyawa ini selanjutnya didegradasi menjadi senyawa yang dapat masuk
ke dalam siklus Krebs (siklus asam sitrat), yaitu suksinat, asetil KoA, dan piruvat (Hamid, 2010).

Gambar 1. Oksidasi Beta

Degradasi hidrokarbon alifatik (jenuh maupun tak jenuh) dan alisiklik terjadi melalui oksidasi
yang dilakukan oleh metabolisme mikroorganisme dan memiliki beberapa tahapan yaitu:
- Senyawa alisiklik diubah menjadi senyawa alifatik
- Senyawa alifatik dioksidasi secara terminal maupun subterminal
- Oksidasi secara terminal menghasilkan alkohol primer (1-alkohol)
 - Oksidasi secara subterminal menghasilkan alkohol sekunder (2-alkohol)
- Oksidasi selanjutnya mengubah alkohol primer menjadi asam alkanoat (asam lemak)
- Asam alkanoat didegradasi melalui oksidasi b seperti halnya asam lemak
Meskipun mikroba berperan penting dalam menguraikan minyak bumi ini. Namun ketahanan
minyak bumi terhadap peruraian oleh mikroba tergantung pada struktur dan berat molekulnya.
Dimana Fraksi alkana rantai C pendek, dengan atom C kurang dari 9 bersifat meracun terhadap
mikroba dan mudah menguap menjadi gas. Fraksi n-alkana rantai C sedang dengan atom C 10-24
paling cepat terurai. Adanya rantai C yang bercabang pada alkana akan mengurai kecepatan
peruraian, karena atom C tersier atau kuarter mengganggu mekanisme biodegradasi.
Apabila dibandingkan maka senyawa aromatik akan lebih lambat terurai daripada alkana
linier. Sedang senyawa alisiklik sering tidak dapat digunakan sebagai sumber C untuk mikroba, kecuali
mempunyai rantai samping alifatik yang cukup panjang. Senyawa ini dapat terurai karena
kometabolisme beberapa strain mikroba dengan metabolisme saling melengkapi. Jadi walaupun
senyawa hidrokarbon dapat diuraikan oleh mikroba, tetapi belum ditemukan mikroba yang
berkemampuan enzimatik lengkap untuk penguraian hidrokarbon secara sempurna.
Dalam proses metabolisme, mikroorganisme menggunakan minyak bumi sebagai substrat
untuk memperoleh sumber karbon dan energy bagi perkembangbiakannya, sedangkan dalam proses
kometabolisme, minyak bumi juga akan ditransformasikan sehingga dapat didegradasi. Biodegradasi
senyawa organic oleh mikroorganisme dapat terjadi bila terjadi transformasi struktur di dalam
senyawa sehingga terjadi perubahan integritas molekuler. Proses ini berupa rangkaian reaksi kimia
enzimatik atau biokimia. Kedua proses itu memerlukan kondisi lingkungan yang harus sesuai dengan
pertumbuhan dan perkembangbiakan mikroorganisme (Sheehan, 1995).
Bakteri dalam aktivitas hidupnya memerlukan molekul karbon sebagai salah satu sumber
nutrisi dan energi untuk melakukan metabolisme dan perkembangbiakannya. Senyawa hidrokarbon
dalam minyak bumi merupakan sumber karbon bagi pertumbuhan mikroorganisme tertentu,
sedangkan senyawa non-hidrokarbon merupakan nutrisi pelengkap yang dibutuhkan untuk
pertumbuhannya. Davis (1967) menyebutkan bahwa bakteri yang memiliki kemampuan
mendegradasi senyawa hirokarbon untuk keperluan metabolism dan perkembangbiakannya disebut
kelompok bakteri hidrokarbonoklastik.
Golongan Pseudomonas putida mampu mengkonsumsi hidrokarbon yang merupakan bagian
utama dari minyak bumi dan bensin. Gen yang mengandung plasmid rekombinan dikultur dalam
jerami dan dikeringkan. Selain penambahan mikroorganisme secara bioaugmentasi pada proses
bioremediasi ini, juga dilakukan penambahan chicken manure dan serbuk gergaji sebagai bulking
agents (Setyamukti, 2003). Serbuk gergaji yang telah berisi kultur bakteri kering dapat disimpan dan
digunakan jika diperlukan. Pada serat serbuk gergaji ditaburkan di atas tumpahan minyak, mula-mula
serbuk gergaji akan menyerap minyak dan bakteri akan menguraikan tumpahan minyak itu menjadi
senyawa yang tidak berbahaya dan tidak menimbulkan tumpahan minyak itu menjadi senyawa yang
tidak berbahaya dan tidak menimbulkan polusi (Dora, 2010). Serbuk gergaji ini dapat digunakan
karena memiliki karakteristik hidrofobik, oleofobik dan mudah disebarkan di permukaan minyak,
diambil kembali dan digunakan ulang. Selain itu, serbuk gergaji merupakan sorbent yang bisa
menyisihkan minyak melalui mekanisme adsorpsi yaitu penempelan minyak pada permukaan
sorbent serta absorpsi berupa penyerapan minyak ke dalam sorbent. Sorbent ini berfungsi
mengubah fasa minyak dari cair menjadi padat sehingga mudah dikumpulkan dan disisihkan.
Susunan senyawa minyak bumi yang kompleks, menyebabkan suatu spesies tunggal
mikroorganisme tidak dapat mendegradasi keseluruhan komponen penyusun minyak bumi tersebut,
karena setiap spesies bakteri membutuhkan substrat yang spesifik. Beberapa bakteri yang
berinteraksi saling menguntungkan dalam bentuk konsorsium sangat berperan selama
berlangsungnya proses degradasi miyak bumi. Sehingga dibutuhkan bioremedial yang terdiri dari 100
macam bakteri dan mikroorganisme yang berbentuk seperti serbuk gergaji yang disebar untuk
menyerap limbah minyak yang ada di permukaan laut. Proses dari ditaburkan hingga menyerap
minyak dengan sempurna memakan waktu kurang lebih 1 minggu (Budi, 2010 ).

Gambar 2. Skematis dari Metabolisme

Mikroba terhadap Hidrokarbon Poliaromatik
Mekanisme biodegradasi senyawa PAH diawali dengan masuknya atom oksigen (reaksi
oksidasi) ke dalam inti aromatik. Reaksi ini dikatalisis oleh multikomponen dioksigenase. Senyawa
PAH yang teroksidasi akan membentuk prekursor intermediet dari siklus asam sitrat. Sebagai produk
dari siklus tersebut pada akhirnya akan terbentuk air dan karbon dioksida. Senyawa phenanthrene
dapat didegradasi secara sempurna oleh bakteri menjadi air dan karbon dioksida melalui salah satu
dari dua jalur yang ada, yakni jalur o-phthalat dan salisilat (Iwabuchi & Harayama 1997). Kedua jalur
tersebut melalui senyawa intermediet yang sama, yaitu 1-hydroxy-2-napthoic acid. Pada bakteri
Aeromonas dan Nocardioides sp. strain KP7 mendegradasi senyawa phenanthrene melalui jalur o-
phthalat,sedangkan bakteri Burkholderia cepacia F297 melalui jalur salisilat (Iwabuchi & Harayama
1997; Mrozik et al.2002).
 Pemecahan bertahap hidrokarbon polisiklik aromatik dilakukan melalui oksidasi parsial oleh
jamur busuk putih (white rot fungi), hasilnya berupa perubahan hidrokarbon polisiklik aromatik
menjadi lebih larut air sehingga tersedia bagi bakteri yang kemudian melanjutkan proses
degradasinya. Hal ini disebabkan karena tidak adanya satupun mikroorganisme yang mampu
mengatasi degradasi sendiri. Oleh karena itu, setiap jenis bakteri secara bergantian akan
mendominasi konsorsium sesuai dengan fraksi hidrokarbon yang mampu dimanfaatkannya
(Nugroho, 2007).

2. Terkait dengan alternatif penggunaan jenis spesies serangga jenis khusus, mekanisme ilmiah yang
terjadi pada serangga sehingga dapat mengatasi pencemaran minyak di permukaan kemungkinan
serangga dapat melakukan mekanisme dalam mengatasi pencemaran minyak disebabkan oleh
karena kandungan hidrokarbon yang terdapat di dalam tumpahan minyak. Hidrokarbon sendiri
merupakan salah satu bagian dari komposisi insektisida. Namun serangga memiliki mekanisme gen
yang dapat menetralisir pengaruh hidrokarbon di dalam tubuhnya sehingga resisten terhadap
insektisida. Kemungkinan serangga yang digunakan dalam proses dari studi kasus Laut Timor
merupakan serangga air yang sudah resisten terhadap kandungan hidrokarbon tertentu. Mekanisme
masuknya hidrokarbon dimulai saat terjadi kontak sehingga kandungan hidrokarbon masuk ke dalam
tubuh serangga dan melalui proses metabolismenya yang sudah resisten terhadap hidrokarbon maka
komposisi berbahaya tersebut dapat dinetralkan.
Mekanisme resistensi umumnya merupakan  gabungan  faktor-faktor penyebab  (yaitu 
biokemis,  fisiologis  dan   perilaku).  Semakin spesifik suatu insektisida, semakin mudah terjadi
resistensi. Dari sini, maka serangga yang digunakan pun memiliki kesamaan pada proses mikroba
dimana resistensinya spesifik terhadap komposisi hidrokarbon tertentu. Mekanisme biokemis:
Perubahan "action site" (target)
- Enzim yang berubah sehingga Asetilkholinesterase serangga strain R mengalami resistensi
terhadap OP atau karbamat karena  menurunnya affinitas AChE terhadap inhibitor-inhibitornya
(konstanta  dissosiasinya meningkat).
- Reseptor  yang berubah. Perubahan pada situs  pengenal  konvulsan reseptor  GABA-
ionofor khlorida: siklodien  berkhlor,  resistensi silang dengan alpha siano piretroid.
- Metabolisme yang berubah
- DDT dehydrochlorinase, menghasilkan produk (DDE)  yang  tidak beracun. Dijumpai pada
berbagai  jaringan  serangga  resisten, sebagai pelindung terhadap akumulasi DDT. Banyak dikaji pada
lalat rumah. Enzim juga terinduksi oleh siklodien, fungsinya yang lain tidak diketahui.
-  MFO, dihambat oleh MDP. Diinduksi oleh karbamat,  beberapa  OP dan piretroid. Resistensi
silang terhadap JH dan JHM.
 -  Hidrolase: fosfatase, menimbulkan resistensi terhadap  fosfat; karboksilesterase,  resistensi
terhadap malathion;  karboksilamidase,  resistensi terhadap dimethoate. Kedua tipe resistensi  ini
dapat diatasi dengan EPN, fenil saligenin c-fosfat dan DEF.
- Glutathion S-transferase, peningkatan aktivitas enzym atau aras GSH.  Lebih banyak
mengubah 0,0-dimetilfosfat dibanding  derivat-derivat  alkil  lain yang lebih tinggi. Tidak  ada 
penghambatnya yang spesifik.
- Lintas situs pada suatu reseptor toksikan. Resistensi  terhadap HCN  dengan menggunakan
flavoprotein yang tak  sensitif  terhadap HCN untuk menghindari oksidase sitokhrom yang peka
terhadap HCN.
-  Resistensi karena gen kdr (knock-down resistance).  Resistensi terhadap DDT dan piretroid
nonsian. Terdapat bukti-bukti elektrofisiologis.  Mekanisme kdr bertindak pada tingkat  neuron 
dengan cara menurunkan sensitivitas syaraf terhadap toksikan.

DAFTAR PUSTAKA
Budi, Bambang. 2010. Teknologi Pembersih Laut Asli Indonesia. http://www.kompas.com,
diakses pada tanggal 23 November 2010 pukul 13.00 WIB.
Dora, Dayu R.T., 2010. Peran Mikroba dalam Pengolahan Limbah Lingkungan. Universitas
Negeri Malang Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Jurusan Biologi.
Hamid, Mustofa. 2010. Degradasi Minyak Bumi via “Tangan” Mikroorganisme. Excel Group.
BPH Masjid Al—Was’I Unila. Bandar Lampung.
Iwabuchi, T.& S. Harayama. 1997. Biochemical and Genetic Characterization of 2-
Carboxybenzaldehyde Dehydrogenase, an Enzyme Involved in Phenanthrene Degradation by
Nocardioides sp. Strain KP7. J. Bacteriology. 179: 6488-6494.
Nugroho, Astri. 2007. Dinamika populasi Konsorsium Bakteri Hidrokarbonoklastik : Studi kasus
Biodegradasi Hidrokarbon Minyak Bumi Skala Laboratorium. Program Studi Teknik Lingkungan
Fakultas Arsitektur Lansekap dan Teknologi Lingkungan. Universitas Trisakti.
Setyamukti, Glandys. 2003. Degradasi Berbagai Jenis minyak Bumi di Tanah dengan
Menggunakan Bakteri Petrofilik Lokal dan Chicken Manure. Perpustakaan Departemen Teknik
Lingkungan. ITB. Bandung.