Selain perbedaan paham ideology dan kepentingan golongan
Rasa ketidakpuasan rakyat kepada pemerintahan.
2. PRRI dan permesta
1. Persoalan negara Federal dan BFO
Indonesia menyatakan kemerdekaan pada tanggal 17 Agustus 1945. Setelah
merdeka, Belanda tidak lantas benar-benar “melepaskan” Indonesia. Belanda tetap berusaha membangun kekuasaan di Indonesia, melalui pembentukan negara-negara boneka (merupakan negara yang merdeka dan kedaulatannya diakui akan tetapi secara de-facto dikendalikan oleh negara lain.) Tujuan pembentukan negara-negara boneka ini tidak adalah untuk mengintimidasi Indonesia agar wilayah kekuasaan Indonesia semakin sempit.
Negara boneka yang dimaksud Badan Permusyawaratan Federal atau Bijeenkomst
Federal Overlag (BFO) pada tanggal 29 Mei 1948. Adapun negara-negara boneka tersebut terdiri: Negara Indonesia Timur (NIT), Negara Sumatera Utara, Negara Sumatera Selatan, Negara Jawa Timur, Negara Pasundan, Negara Madura, dan terdapat beberapa lagi di daerah-daerah. Persoalan tentang federal ini sudah ada sejak persetujuan dan penandatanganan perundingan linggarjati (wilayah Indonesia yg diakauin cmn jawa,Madura, Sumatra) kesepakatan membentuk (Republik Indonesia Serikat) RIS -> golongan unitaris dan golongan federalis. Diperparah setelah perundingan roem royen (roem Indo, royen Belanda) Dalam perjalanannya BFO mengalami pergolakan dengan puncaknya mengalami perpecahan dan terbentuklah dua kelompok. Adapun kelompok yang pertama tidak mau kerjasama dengan Belanda. Kelompok ini lebih memilih Republik Indonesia (RI) namun dengan tujuan mengajak RI bekerja sama untuk membentuk Negara Indonesia Serikat. Kelompok ini dikenal dengan kelompok unitaris. Kelompok yang kedua menginginkan BFO tetap pada tujuan awal yakni berkerja sama dengan Belanda dan dikenal kelompok federalis. ini menginginkan agar mempertahankan kerjasama garis kebijakan dengan Belanda. Kedua kubu BFO semakin sengit melakukan pertentangan saat Agresi Militer II yang dilancarkan oleh Belanda Setelah KMB, pergolakan antara dua kelompok ini semakin merujuk pada konflik terbuka dalam bidang militer. . Anggota APRIS dari TNI dijadikan sebagai inti anggota namun keberatan untuk melakukan kerjasama dengan KNIL (bekas musuhnya). Namun berbeda dengan anggota KNIL yang menentang anggota TNI masuk ke negara bagian . upaya pemerintah dalam persoalan negara federal dan BFO? Penumpasan BFO dilakukan dengan cara membubarkan negara boneka federal yang dibentuk oleh Belanda. Pada akhirnya penumpasan BFO mengakibatkan RIS (Republik Indonesia Serikat) menjadi bubar dan NKRI (Negara Kesatuan Republik Indonesia) kembali terbentuk. Dampak positifnya dari aspek ketidakpuasan terhadap pemerintahan RIS muncul dari beberapa negara yang tergabung dalam BFO. Bukan hanya merasa tidak puas, rakyat di negara-negara bagian tersebut pun menyatakan ingin bergabung dengan Republik Indonesia dan membentuk negara kesatuan. Hal ini dapat dilihat setelah KMB ingin mempertahankan keberadaan negara negara bagian. Namun harus menghadapi tuntutan rakyat agar RI bersatu dengan negara bagian atas tuntutan dari rakyat. Jadi sebenarnya wajar konflik seperti itu muncul, karena dalam perjuangan kemerdekaan, pasukan-pasukan yang ikut andil pun banyak dan dari berbagai daerah. Sehingga, banyak pula kelompok-kelompok yang ingin kepentingannya terlaksana.
sebagai negara yang sedang membangun sistem pemerintahannya, penting bagi
pemerintah Indonesia untuk menjaga keutuhan dan kedaulatan negara dari berbagai ancaman yang memicu perpecahan. Untuk itu, kebijakan yang dikeluarkan oleh pemerintah, haruslah adil, dan mampu memenuhi hak-hak warga negaranya.