1.

Pendahulan

1.1 Latar Belakang (2 literatur dan 1 parafrase)

1.2 Maksud

1.3 Tujuan

1.4 Tempat dan Waktu Pelaksanaan

2. Tinjauan Pustaka

2.1 Pengertian Alat dan Sterilisasi (2 literatur)

2.2 Pembuatan Media (Media TSA, PDA,dan TSB) (2 literatur)

2.3 Pengenceran Bakteri dan Jamur (2 literatur: 1 literatur bakteri, 1

literatur jamur)

2.4 Penanaman Bakteri dan Jamur (2 literatur:1 literatur bakteri, 1 literatur

jamur)

2.5 Perhitungan Bakteri (2 literatur)

2.6 Isolasi Bakteri (2 literatur)

2.7 Macam-macam Isolasi (2 literatur)

2.8 Pengertian Alga (2 literatur)

2.9 Macam-macam Alga di Perairan (2 literatur)

2.10 Pewarnaan Gram (2 literatur: 1 Gram Positif dan 1 Gram Negatif)

2.11 Pengertian Jamur (2 literatur)

2.12 Macam-macam Jamur di Perairan (2 literatur)

2.13 Manfaat Jamur dalam Bidang Perikanan (2 literatur)

1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Menurut Hartati (2015), mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari

dunia kehidupan yaitu morfologi, fisiologi, reproduksi, penyebaran dan

lain-lain dari mikroorganisme atau jasad renik. Jasad renik

(mikroorganisme) merupakan organisme berukuran kecil atau

mikroskopis sebagai uniseluler dan multiseluler. Penggolongan

mikroorganisme berdasarkan keadaan intinya adalah mikroorganisme

prokariotik, yaitu bakteri, ganggang biru, dan mikroorganisme eukariotik

yaitu jamur, protozoa, dan algae. Sedangkan virus termasuk jasad renik

terkecil berdasarkan ukurannya, namun mempunyai satu jenis asam

nukleat (DNA atau RNA) sehingga dikenal debagai partikel dan bersifat

parasit obligat.

Menurut Tapotubun, et al. (2016), selain mempunyai peran yang

menguntungkan bagi lingkungan, beberapa mikroorganisme dapat

bersifat merugikan. Bakteri patogen dapat dengan mudah

mengkontaminasi ikan selama penyimpanan dan distribusi serta dapat

menyebabkan penyakit bagi yang mengkonsumsinya. Escherichia coli,

Salmonella sp. dan Vibrio cholerae merupakan bakteri patogen yang

ditetapkan sebagai syarat keamanan pangan ikan segar dalam Standar

Nasional Indonesia. Salmonella sp. merupakan bakteri penyebab infeksi

yang disebut salmonelosis, sedangkan bakteri Vibrio cholera

menyebabkan penyakit kolera (cholera) yaitu penyakit infeksi saluran

usus bersifat akut.

Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari dunia kehidupan yaitu

morfologi, fisiologi, reproduksi, penyebaran dan lain-lain dari

mikroorganisme atau jasad renik. Jasad renik (mikroorganisme)

Mikroorganisme sendiri merupakan organisme berukuran kecil yang

hanya bisa dilihat dengan bantuan alat yaitu mikroskop. Jasad renik

disebut sebagai mikroba bukan hanya karena ukurannya yang kecil,

sehingga sukar dilihat dengan mata biasa, tetapi juga pengaturan

kehidupannya yang lebih sederhana dibandingkan dengan jasad tingkat

tinggi. Mikroorganisme memiliki peran menguntungkan maupun

merugikan bagi lingkungan sekitar. Salah satu peran menguntungkan

mikroorganisme adalah sebagai produsen primer dalam ekosistem

perairan. Disamping memiliki peran menguntungkan bagi lingkungan,

mikroorganisme juga memiliki peran merugikannya, seperti pada bakteri

Vibrio cholera yang mana merupakan bakteri patogen yang

menyebabkan penyakit kolera pada manusia.

1.2 Maksud

Maksud dari praktikum Dasar-Dasar Mikrobiologi Akuatik adalah

untuk menambah pengetahuan dan pemahaman tentang sterilisasi,

pembuatan media, pengenceran, penanaman, teknik isolasi pada

cawan petri, analisis pewarnaan gram, pengamatan hifa pada jamur dan

perhitungan koloni bakteri dengan metode TPC serta kepadatan sel

bakteri dengan Haemocytometer.

1.3 Tujuan

Tujuan dari praktikum Dasar-Dasar Mikrobiologi Akuatik yaitu:

1. Mengetahui dan mampu mengenali alat-alat yang digunakan pada

saat praktikum dan cara sterilisasi alat dan bahan.

2. Mengetahui dan mampu membuat media, melakukan pengenceran

serta penanaman bakteri dan jamur.

3. Mengetahui dan mampu melakukan teknik isolasi pada cawan petri.

4. Mengetahui dan mampu melakukan analisis pewarnaan gram.

5. Mengetahui dan mampu mengamati hifa jamur di bawah mikroskop.

6. Mengetahui dan mampu menghitung koloni bakteri dengan metode

TPC.

7. Mengetahui dan mampu menghitung kepadatan sel bakteri dengan

Haemocytometer.

1.4 Waktu dan Tempat

Praktikum Dasar-Dasar Mikrobiologi Akuatik dilaksanakan pada

tanggal 20-25 Septembr untuk shift 1 dan 28-3 Oktober untuk shift 2.

Praktikum dilaksanakan di Laboratorium Budidaya Perairan Divisi

Penyakit dan Kesehatan Ikan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,

Universitas Brawijaya, Malang.

2. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Pengertian Alat dan Sterilisasi

Menurut Lestari, et al. (2017), sterilisasi dalam mikrobiologi ialah

suatu usaha untuk mematikan semua organisme yang terdapat pada

suatu benda. Beberapa cara yang dipakai dalam sterilisasi yaitu dengan

penggunaan panas, bahan kimia dan penyaringan (filtrasi). Apabila

panas bersama-sama digunakan dalam uap air maka disebut sterilisasi

panas lembab atau sterilisasi basah, dan apabila sterilisasi dilakukan

tanpa kelembaban maka disebut sterilisasi panas kering. Sterilisasi

kimiawi adalah sterilisasi yang menggunakan gas atau radiasi dan

melalui penyaringan. Metode sterilisasi yang umum digunakan di

laboratorium mikrobiologi ialah yang menggunakan panas dan

merupakan sterilisasi basah.

Menurut Yuliarti (2010), sterilisasi dengan pemanas kering

biasanya dilakukan dengan menggunakan oven pengering. Baking oven

juga dapat dipergunakan. Temperaturnya kira-kira 160oC delama 4 jam.

Alat-alat yang akan disterilisasi dibungkus dengan cermat memakai

alumunium foil atau kertas paying sebelum dimasukkan ke dalam oven.

Sterilisasi dengan pemanasan basah biasanya menggunakan alat

bernama autoklaf, yang bekerja dengan tekanan uap tinggi. Jika tidak

mempunyai autoklaf, panic presto atau pressure cooker dapat

dipergunakan. Standar teknis untuk sterilisasi ini adalah dengan tekan

uap 15 lb/in2 dan temperature 121 oC selama 15-20 menit.

2.2 Pembuatan Media (Media TSA dan Media PDA)

 Menurut Iriyanti, et al. (2009), isolasi dilakukan dengan cara

mengambil sampel 1 ml lalu dimasukkan ke dalam 9 ml garam fisiologis

(0,85% larutan NaCl). Seri pengenceran dengan garam fisiologis

dilakukan sampai pengenceran 10-6. Suspensi dari 3 pengenceran

terakhir kemudian diambil sebanyak 1 ml dengan mikropipet lalu dituang

ke cawan petri, setelah itu dituang media TSA diatasnya. Inkubasi

dilakukan pada pada suhu 370C selama 2-3 x 24 jam. Mikroba yang

tumbuh dihitung lalu hasilnya ditampilkan sebagai colony forming unit/g

(CFU/g).

Menurut Adnyana, et al. (2014), media nutrien agar dibuat dengan

cara mencampurkan 23 gram Nutrient Agar dengan 1000 ml akuades.

Setelah Nutrient Agar dan akuades tercampur, langkah selanjutnya

yaitu dididihkan sampai melarut sempurna dan dimasukkan ke dalam

erlenmeyer untuk disterilisasi dengan autoklaf. Nutrient Broth sebanyak

8 gram dicampurkan ke dalam 1000 ml akuades dan dididihkan pada

hot plate sebelum digunakan dan distrerilisasi dengan autoklaf.

2.3 Pengenceran Bakteri dan Jamur

Menurut Yunita, et al. (2015), sampel sebanyak 1 ml yang akan

diuji dipindahkan dengan pipet steril kedalam larutan 9 ml Na-fis untuk

dilakukan pengenceran 10-1. Hasil pengenceran sampel dengan Na-fis

kemudian dihomogenkan menggunakan vortex mixer. Setelah

diencerkan, hasil sampel pengenceran sebanyak 1 ml diambil dengan

pipet volume dan dituang ke tabung reaksi yang berisi 9 ml Na-fis untuk

pengenceran 10-2), dan dilakukan perlakuan yang sama sampai ke

pengenceran 10-7.

Menurut Purwantisari dan Rini (2009), sampel jamur sebanyak 0,1

ml dipindahkan ke dalam 9 ml Na-fis pada tabung reaksi, lalu

dihomogenkan (pengenceran tahap 1 atau 10-1). Pengenceran yang

sama dilakukan sampai pengenceran 10–4 dan 10-5. Hasil pengenceran

terakhir adalah pengenceran yang akan digunakan untuk penanaman

jamur pada media PDA. Kemudian medium PDA yang masih encer

(suhu 45o C) yang telah ditambah kloramfenikol dituangkan kedalam

cawan petri, kemudian dihomogenkan dengan cara menggoyangkan

cawan petri sampai suspense tersebar merata dalam media. Setelah itu

diinkubasikan pada suhu kamar (22o C – 25o C) selama 5-7 hari. Untuk

mendapatkan biakan murni maka dilakukan pemurnian jamur yang

diperoleh

2.4 Penanaman Bakteri dan Jamur

Menurut Ambarwati, et al. (2015), langkah pertama untuk

penanaman bakteri dan jamur adalah mengambil media PDA yang ada

pada cawan steril. Media PDA lalu dilakukan penanaman isolat jamur

dengan metode spread plate, dengan cara 0,1 ml suspensi jamur hasil

pengenceran diambil, kemudian dimasukkan ke dalam cawan petri dan

diratakan dengan batang L. Semua biakan lalu diinkubasi dalam

inkubator selama 2 x 24 jam. Setelah 2 x 24 jam lalu dilakukan

pengamatan terhadap daerah hambatan (daerah jernih yang tidak

ditumbuhi fungi uji) yang terbentuk serta dilakukan pengukuran diameter

daerahhambatan yang terbentuk.

Menurut Yusminar, et al. (2017), pada penanaman bakteri/mikroba

perlu diperhatikan kebutuhan nutrisi untuk mikroba tersebut sehingga

mikroba dapat tumbuh dengan baik. Teknik-teknik untuk penanaman

bakteri adalah Spread plate method (cara tebar/sebar), Streakplate

method (cara gores) dan Pour plate 7

method (cara tabur). Spread plate method (cara tebar/sebar)

merupakan teknik inokulasi mikroba dengan cara menginokulasi kultur

mikroba dengan cara dipulas atau disebar dilakukan padapermukaan

media agar padat. Metode ini dilakukan dengan mengencerkan biakan

kultur mikroba. Streakplate method (cara gores) merupakan teknik

inokulasi koloni bakteri dengan cara ini dilakukan dengan cara

menggoreskan suspense bahan yang mengandung mikroba pada

permukaan media agar padat. Pour plate method (cara tabur)

merupakan teknik inokulasi koloni bakteri dengan cara menggoreskan

suspense bahan yang mengandung mikroba pada permukaan media

agar padat.

2.5 Perhitungan Bakteri

Menurut Yunita, et al. (2015), Prinsip dari metode hitungan cawan

adalah menumbuhkan sel-sel mikroba yang masih hidup pada suatu

atau beberapa media sehingga sel tersebut berkembang biak dan

membentuk koloni-koloni yang dapat dilihat langsung dengan mata

telanjang tanpa menggunakan mikroskop, dan koloni dapat dihitung

menggunakan colony counter.Pengujian Total Plate Count (TPC)

dimaksudkan untuk menunjukkan jumlah mikroba yang terdapat dalam

suatu produk dengan cara menghitung koloni bakteri yang ditumbuhkan

pada media agar.Cara pemupukan kultur dalam hitungan cawan yaitu

dengan metode tuang (pour plate) Jika sudah didapatkan hasil jumlah

koloninya, kemudian disesuaikan berdasarkan SPC (Standard Plate

Count).
 Menurut Hefni, et al. (2013), penghitungan jumlah sel dilakukan

untuk mengetahui jumlah absolut sel bakteri. Penghitungan jumlah sel

dilakukan dengan menggunakan Haemocytometer. Penghitungan sel

dilakukan terhadap sel hidup yang terdapat pada 5 kotak sedang pada

Haemocytometer dengan menggunakan rumus:

𝑛.𝐹𝑃
Σ
= 0,02
= ⋯𝑥 103 𝑠𝑒𝑙/𝑚𝑙

Keterangan:

Σ = Jumlah sel keseluruhan

N = jumlah sel dari 5 bilik hitung

FP = Faktor Pengenceran

2.6 Isolasi Bakteri

Menurut Meryandini (2009), isolasi bakteri dapat dilakukan dengan

banyak cara, salah satu caranya adalah dengan media CMC. Isolasi

bakteri dilakukan dengan metode cawan sebar. Koloni-koloni yang

tumbuh dimurnikan dan diuji pertumbuhannya pada suhu 50 o C.

Aktivitas selulolitik dengan penentuan indeks yang merupakan nisbah

antara diameter zona bening dengan diameter koloni. Karakterisasi

enzim selulase meliputi penentuan pH dan suhu optimum serta substrat

yang sesuai agar didapatkan biakan yang sesuai dengan yang

diinginkan.

Menurut Priadie (2012), isolasi bakteri yang baik dan benar dapat

menentukan bakteri yang diinginkan. Secara alami jumlah bakteri yang

diinginkan terdapat dalam jumlah sedikit, malah lebih banyak bakteri

yang tidak diinginkan, maka diperlukan proses isolasi untuk

memperbanyak bakteri yang dimaksud. Tujuan mengisolasi bakteri

adalah untuk mendapatkan bakteri yang diinginkan dengan cara

mengambil sampel mikroba dari lingkungan yang ingin diteliti. Dari

sampel tersebut kemudian dikultur/dibiakkan dengan menggunakan

media universal atau media selektif, tergantung tujuan yang ingin

dicapai.

2.7 Macam-macam Isolasi

Menurut Lambui dan Jannah (2017), koloni bakteri yang tumbuh

terpisah selanjutnya dimurnikan menggunakan metode streak plate

pada medium agar. Isolat murni kemudian diidentifikasi berdasarkan

karakteristik secara fenotipik melalui dua uji, yaitu uji mikrobiologis dan

uji biokimiawi. Uji mikrobiologis meliputi pengamatan morfologi secara

makroskopis dan mikroskopis. Pengamatan makroskopis dilakukan

dengan mengamati secara langsung ciri-ciri koloni bakteri

isolatmenggunakan colony counter, meliputi: ukuran, warna, bentuk,

margin, dan elevasi koloni. Pengamatan mikroskopis dilakukan dengan

mengamati bentuk sel bakteri yang telah diwarnai melalui pengecatan

Gram dan uji motilitas.

Menurut Ibrahim, et al. (2015), proses isolasi bakteri dilakukan

dengan cara mengambil sebanyak 1 ose hasil pengenceran 10-9

menggunakan ose bulat. Bakteri yang telah diambil lalu dilakukan

inokulasi ke dalam medium agar dengan membagi cawan petri ke dalam

empat kuadran yaitu kuadran 1, kuadran 2, kuadran 3, dan kuadran 4.

Inokulasi dilakukan dengan metode gores membentuk zig zag

bersambung di tiap kuadran. Setelah inokulasi, cawan petri diinkubasi

selama 7 hari pada suhu 37ºC. Proses inkubasi lalu dilanjutkan dengan

mengisolasi koloni yang tumbuh berdasarkan perbedaan morfologi

koloni bakteri. Isolasi dilakukan sampai diperoleh isolat atau koloni

tunggal dari tiap cawan petri.

 B01 ganjil

2.8 Pengertian Alga

Menurut Kuncoro (2004), alga adalah golongan tumbuhan yang

hidup baik di air laut maupun air tawar,, nmaun sebagian besar

makroalga hidup di air laut. Alga laut hidup menempel pada substrat

baik pasir, karang, ataupun kombinasi keduanya. Alga biasanya disebut

dengan berbagai nama, misalnya agar-agar, ganggang, dan rumout

laut. Makro alga adalah golongan alga/ganggang yang berukuran besar,

dan mikroalga adalah alga berukuran kecil.

Menurut Singkoh (2011), alga atau ganggang laut (seaweed)

adalah bagian terbesar dari tumbuhan laut. Secara morfologi alga dapat

dikelompokkan kedalam golongan tumbuhan tidak berpembuluh

(Thallophyta). Thallophyta adalah tumbuhan yang memiliki perbedaan

susunan kerangka seperti akar, batang, dan daun.

2.9 Macam-macam Alga di Perairan

Menurut Kalalo, et al. (2014), umumnya alga hidup di daerah

intertidal. Alga yang hidup di daerah ini dapat dibagi dalam tiga

kelompok yakni alga hijau (Chlorophyta), alga merah (Rhodophyta), dan

alga coklat (Phaeophyta). Ketiga kelompok alga tersebut merupakan

alga ekonomis penting. Menurut sejarah, pada mulanya orang

menggunakan alga hanyalah sebagai sayuran karena tidak berbahaya

saat dimakan, tetapi saat ini alga telah dikembangkan melalui banyak

penelitian dan dapat dimanfaatkan dalam berbagai bidang industri.

Menurut Soeprapto (2009), chlorophyta merupakan algae yang

mampu mensintesa makanan sendiri dengan bantuan sinar matahari

karena mempunyai klorofil. Biasanya berwama hijau sehingga seringkali

disebut sebagai alga hijau (Green Algae), contohnya pada spesies

Ulothrix sp, Chlomydomonas sp, Scenedesmus sp, Pediastrum sp,

Eudorina Sp, Ankistrodesmus sp.. Kebanyakan chlorophyta bersifat

autotrof artinya dapat mensintesis makanan langsung dari senyawa

anorganik. Alga hijau (chlorophyta) tidak memiliki struktur tubuh

sekompleks tumbuhan darat, tetapi fotosintesis terjadi dengan cara

yang sama dengan tumbuhan darat.

2.10 Pewarnaan Gram

Menurut Sardiani, et al. (2015), pewarnaan gram adalah teknik

pewarnaan bakteri yang ditujukan guna melihat bentuk, tepi, elevasi dan

warna bakteri. Teknik pewarnaan gram dilakukan untuk pengamatan

morfologi sel yang bertujuan untuk mengetahui warna dan jenis gram

sel bakteri tersebut. Pewarnaan gram menggunakan 4 jenis reagen,

yaitu kristal violet, iodin, alkohol aseton dan safranin.

Menurut Wulandari, et al. (2018), bakteri gram negatif memiliki

struktur dinding sel lebih tebal, kadar lipid yang tinggi, dan memiliki

peptidoglikan tunggal. Bakteri gram positif memiliki struktur dinding sel

yang tipis dan peptidoglikan yang tebal. Dinding sel bakteri gram negatif

lebih kompleks dan terdiri dari subtansi seperti lipid yang bersifat non

polar yakni fosfolipid, polipeptida, dan lipopolisakarida sehingga

mempersulit senyawa polar seperti 4-terpineol untuk menembus dinding

selnya.

2.11 Pengertian Jamur

Menurut Smith dan Hursepuny (2015), jamur merupakan

tumbuhan tingkat rendah yang tidak mempunyai klorofil. Jamur

berperan sebagai parasit saprofit untuk bertahan hidup. Jamur tingkat

tinggi maupun rendah mempunyai ciri yang khas, yakni berupa benang

tunggal atau bercabang-cabang yang disebut hifa. Kumpulan dari hifa

akan membentuk miselium. Jamur memiliki dan memproduksi spora,

dapat berkembangbiak secara seksual dan aseksual, tubuh berfilamen

dan memiliki dinding sel yang mengandung kitin, glukan, selulosa dan

manan.

Menurut Fitria, et al. (2008), khamir adalah fungi (jamur) bersel

satu, berbentuk bulat, oval, atau silindris, berdiameter 3-5 m, sebagian

berkembang biak dengan membelah diri dan sebagian lain berkembang

biak dengan membentuk tunas. Habitat khamir umumnya ada pada

makanan. Kapang adalah fungi (jamur) berfilamen. Satu filament

disebut hifa, kelompok hifa yang tumbuh pada suatu media disebut

miselium. Hifa terbentuk dari spora jamur. Spora kapang berdiameter 3-

30 m. Habitat kapang umumnya pada kayu dan kertas.

2.12 Macam-macam Jamur di Perairan

Menurut Mutiara, et al. (2006), jamur dikelompokkan menjadi

empat filum, yaitu Chytridiomycota, Zygomycota, Ascomycota, dan

Basidiomycota. Chytridiomycota merupakan kelompok jamur paling

primitif yang memiliki alat reproduksi seksual berupa gamet berflagel,

contoh: Cytridium sp. Zygomycota memiliki spora seksual berupa

zigospora, contoh: Rhizopus sp. Ascomycota memiliki spora seksual

berupa askospora, yaitu Saccharomyces cerevisiae.

Menurut Gandjar dan Sjamsuridza (2006), kelompok

Deuteromycota juga disebut fungi anamorf, fungi imperfekti, fungi

konidial, fungi mitosporik dan atau fungi seksual. Banyak spesies

Deuteromycota telah ditemukan fase seksualnya (teleomorf), yang

dimasukkan ke dalam Ascomycota atau ke dalam Basidiomycota.

Deuteromycota bukan merupakan filum pada kategori taksonomi formal.

Selain kelompok Deuteromycota, tedapat jamur kelompok

Basidiomycota yang meliputi 1400 genus dan 22.250 spesies sehingga

termasuk golongan jamur dengan jumlah terbanyak di dunia. Sebagian

besar makrofungi yang kita kenal adalah Basidiomycota dan hanya

sedikit dari makrofungi yang termasuk Ascomycota. Sebagian besar

Basidiomycota memiliki bersifat mikroskopik.

2.13 Manfaat Jamur dalam Bidang Perikanan

Menurut Ahmad (2005), jamur S. cerevisiae digunakan untuk

meningkatkan kesehatan ikan, yaitu sebagai probiotik dan

imunostimulan dalam bentuk feed additive. Keuntungan penggunaan S.

cerevisiae sebagai probiotik adalah tidak membunuh mikroba namun

menambah jumlah mikroba yang menguntungkan. Hal ini berbeda

dengan antibiotik yang dapat membunuh mikroba yang merugikan

maupun menguntungkan bagi tubuh, serta mempunyai efek resistensi.

S. cerevisiae juga dapat digunakan untuk bahan imunostimulan.

Imunostimulan berfungsi untuk meningkatkan kesehatan tubuh dengan

cara meningkatkan sistem pertahanan terhadap penyakit-penyakit yang

disebabkan bakteri, cendawan, virus, dan lainnya.

Menurut Sukoco, et al. (2016), usaha untuk mempertahankan

kualitas air telah banyak dilakukan, dan salah satu cara yang efektif

yaitu menggunakan probiotik. Probiotik mengandung bakteri yang dapat

membantu proses penguraian amonia sehingga dapat dimanfaatkan

untuk pertumbuhan dan tidak meracuni ikan yang dipelihara. Manfaat

probiotik bagi ikan dapat melalui mekanisme fungsi protektif, yaitu

kemampuan bakteri untuk menghambat bakteri patogen dalam saluran

pencernaan dan terbentuknya kolonisasi probiotik dalam saluran

pencernaan sehingga akan mengakibatkan kompetisi nutrisi antara

probiotik dan bakteri lain, khususnya bakteri patogen.