Struktur pompa kelas-V dan kelas-F mirip dengan satu sama lain tetapi tidak

terkait dengan, dan lebih rumit daripada, pompa kelas-P. Pompa kelas V dan F
mengandung beberapa sub unit transmembran dan sitosol yang berbeda. Hampir
semua pompa V dan F yang diketahui hanya mengangkut proton dan melakukannya
dalam proses yang tidak melibatkan zat antara fosfoprotein. Pompa kelas-V umumnya
berfungsi untuk menghasilkan pH rendah vakuola tanaman dan lisosom dan vesikula
asam lainnya dalam sel-sel hewan dengan memompa proton dari sitosol ke
permukaan exoplasmik membran terhadap gradien elektrokimia proton. Sebaliknya,
pompa proton yang menghasilkan dan mempertahankan potensi listrik plasma-
membran pada tanaman, jamur, dan banyak sel bakteri milik pompa kelas P.
Pompa kelas F ditemukan di membran plasma bakteri dan di mitokondria dan
kloroplas. Berbeda dengan pompa kelas-V, mereka umumnya berfungsi sebagai
pompa proton terbalik, di mana energi yang dilepaskan oleh gerakan proton yang
disukai secara energik dari exoplasmik ke permukaan sitosolik membran ke bawah
gradien elektrokimia proton digunakan untuk memberi daya pada energi yang tidak
menguntungkan secara energetik. sintesis ATP dari ADP dan Pi. Karena
kepentingannya dalam sintesis ATP dalam kloroplas dan mitokondria, pompa proton
kelas-F, yang biasa disebut ATP synthases, diperlakukan secara terpisah pada Bab 12
(Energetik Seluler).
Kelas terakhir dari pompa bertenaga ATP adalah keluarga besar dengan banyak
anggota yang fungsinya lebih beragam daripada kelas lainnya. Disebut sebagai
superfamili ABC (kaset pengikat ATP), kelas ini mencakup beberapa ratus protein
transpor yang ditemukan dalam organisme mulai dari bakteri hingga manusia.
Sebagaimana dirinci di bawah ini, beberapa protein transpor ini pertama kali
diidentifikasi sebagai protein multidrugresistensi yang, ketika diekspresikan
berlebihan dalam sel kanker, mengekspor obat antikanker dan membuat tumor yang
resisten terhadap aksi mereka. Setiap protein ABC spesifik untuk satu substrat atau
sekelompok substrat terkait, yang dapat berupa ion, gula, asam amino, fosfolipid,
kolesterol, peptida, polisakarida, atau bahkan protein. Semua protein transpor
membran ABC berbagi organisasi struktural yang terdiri dari empat domain “inti”:
dua domain transmembran (T), yang membentuk lorong di mana molekul yang
diangkut melintasi membran, dan dua sitokolik ATP-binding (A)
domain. Dalam beberapa protein ABC, sebagian besar di bakteri, domain inti
hadir sebagai empat polipeptida yang terpisah; pada yang lain, domain inti
digabungkan menjadi satu atau dua polipeptida multidomain. Ikatan dan hidrolisis
ATP mendorong proses transportasi di sebagian besar transporter membran ABC.
Namun, energi dari ikatan ATP dan hidrolisis juga dapat digunakan untuk mengatur
pembukaan dan penutupan saluran kontinu, seperti yang dijelaskan di bawah ini untuk
cystic fibrosis transmembrane conductance regulator protein (CFTR).

Pompa Ion Bertenaga ATP Menghasilkan dan Memelihara Gradien Ion di

Membran Seluler
Komposisi ionik spesifik dari sitosol biasanya sangat berbeda dari cairan
ekstraseluler di sekitarnya. Di hampir semua sel — termasuk mikroba, sel tumbuhan,
dan sel hewan — pH sitosol dijaga di dekat 7.2 terlepas dari pH ekstraseluler.

Dalam kasus yang paling ekstrem, ada perbedaan 1 juta kali lipat dalam
konsentrasi H + antara sitosol sel epitel yang melapisi lambung dan isi lambung
setelah makan. Lebih lanjut, konsentrasi sitosolik K + jauh lebih tinggi daripada Na +.
Baik invertebrata maupun vertebrata, konsentrasi K + adalah 20-40 kali lebih tinggi
dalam sitosol daripada di dalam darah, sedangkan konsentrasi Na + adalah 8-12 kali
lebih rendah di sitosol daripada di dalam darah (Tabel 11-2).
Beberapa Ca2 + dalam sitosol terikat pada kelompok bermuatan negatif dalam
ATP dan dalam protein dan molekul lain, tetapi itu adalah konsentrasi Ca2 + yang
tidak terikat (atau "bebas") yang sangat penting untuk fungsinya dalam memberi
sinyal jalur dan kontraksi otot. Konsentrasi Ca2 + bebas dalam sitosol umumnya
kurang dari 0,2 mikromolar (2 × 10-7 M), seribu kali atau lebih rendah dari pada
darah. Sel-sel tumbuhan dan banyak mikroorganisme mempertahankan konsentrasi
sitosol K + yang sama tingginya dan konsentrasi Ca2 + dan Na + yang rendah, bahkan
jika sel dikultur dalam larutan garam yang sangat encer.
Pompa ion yang dibahas dalam bagian ini sebagian besar bertanggung jawab
untuk membentuk dan mempertahankan gradien ionik yang biasa melintasi plasma
dan membran intraseluler. Dalam melakukan tugas ini, sel menghabiskan energi yang
cukup besar. Sebagai contoh, hingga 25 persen ATP yang diproduksi oleh sel-sel saraf
dan ginjal digunakan untuk transportasi ion, dan eritrosit manusia mengkonsumsi
hingga 50 persen ATP yang tersedia untuk tujuan ini; dalam kedua kasus, sebagian
besar ATP ini digunakan untuk memberi daya pada pompa Na + / K + (lihat Gambar
11-3). Gradien Na + dan K + yang dihasilkan dalam neuron sangat penting karena
kemampuannya untuk melakukan sinyal listrik dengan cepat dan efisien, seperti yang
kami jelaskan dalam Bab 22. Enzim tertentu yang diperlukan untuk sintesis protein di
semua sel memerlukan konsentrasi K + yang tinggi dan dihambat oleh konsentrasi Na
+ yang tinggi. ; enzim-enzim ini akan berhenti berfungsi tanpa operasi pompa Na + /
K +. Dalam sel yang diobati dengan racun yang menghambat produksi ATP
(misalnya, 2,4-dinitrofenol dalam sel aerob), pompa berhenti, dan konsentrasi ion di
dalam sel secara bertahap mendekati orang-orang dari lingkungan luar ketika ion
secara spontan bergerak melalui saluran di membran plasma turun gradien
elektrokimia mereka. Akhirnya sel-sel yang dirawat mati, sebagian karena sintesis
protein membutuhkan konsentrasi tinggi ion K + dan sebagian lagi karena, tanpa
adanya gradien Na + melintasi membran plasma, sel tidak dapat mengimpor nutrisi
tertentu seperti asam amino (lihat Gambar 11-3) . Studi tentang efek racun tersebut
memberikan bukti awal untuk keberadaan dan pentingnya pompa ion.

Relaksasi Otot Bergantung pada Ca2 + ATPase Yang Memompa Ca2 + dari
Sitosol ke dalam Retikulum Sarcoplasmic
Dalam sel otot rangka, ion Ca2 + terkonsentrasi dan disimpan dalam retikulum
sarkoplasma (SR), jenis khusus retikulum endoplasma (ER). Pelepasan (melalui
saluran ion) ion Ca2 + yang disimpan dari lumen SR ke dalam sitosol menyebabkan
kontraksi otot, seperti yang dibahas pada Bab 17. Pclass Ca2 + ATPase yang terletak
di membran SR memompa Ca2 + dari sitosol kembali ke lumen SR, dengan demikian
menginduksi relaksasi otot.
Dalam sitosol sel otot, konsentrasi Ca2 + bebas berkisar antara 10−7 M (sel
istirahat) hingga lebih dari 10−6 M (sel yang berkontraksi), sedangkan konsentrasi
Ca2 + total dalam lumen SR dapat setinggi 10−2 M. Lumen SR mengandung dua
protein berlimpah, calsequestrin dan protein pengikat Ca2 + dengan afinitas tinggi
yang disebut, masing-masing mengikat beberapa ion Ca2 + pada afinitas tinggi.
Dengan mengikat banyak Ca2 + dalam lumen SR, protein ini mengurangi konsentrasi
ion Ca2 + "bebas" dalam vesikel SR. Pengurangan ini, pada gilirannya, mengurangi
gradien konsentrasi Ca2 + antara sitosol dan lumen SR dan akibatnya mengurangi
energi yang dibutuhkan untuk memompa ion Ca2 + ke SR dari sitosol. Aktivitas otot
Ca2 + ATPase meningkat ketika konsentrasi Ca2 + bebas dalam sitosol meningkat.
Dalam sel otot rangka, pompa kalsium dalam membran SR bekerja bersamaan dengan
pompa Ca2 + yang serupa yang terletak di membran plasma untuk memastikan bahwa
konsentrasi sitosol bebas Ca2 + dalam otot istirahat tetap di bawah 0,1 μM.

Mekanisme Aksi Pompa Ca2 + Dikenal Secara Detail

Karena pompa kalsium merupakan lebih dari 80 persen protein membran integral
dalam membran SR otot, pompa kalsium mudah dimurnikan dan telah dipelajari
secara luas. Penentuan struktur tiga dimensi protein ini di beberapa keadaan
konformasi, mewakili langkah-langkah berbeda dalam proses pemompaan, telah
mengungkapkan banyak tentang mekanisme kerjanya, yang berfungsi sebagai
paradigma untuk memahami banyak ATPase kelas-P.
Model saat ini untuk mekanisme aksi Ca2 + ATPase dalam membran SR
melibatkan beberapa kondisi konformasi. Untuk kesederhanaan, kami
mengelompokkan ini ke dalam status E1, di mana dua situs pengikatan untuk Ca2 +,
yang terletak di tengah domain rentang-membran, menghadap ke sitosol, dan status
E2, di mana situs pengikatan ini menghadapi wajah exoplasmic dari membran ,
menunjuk ke lumen SR. Kopling hidrolisis ATP dengan pemompaan ion melibatkan
beberapa perubahan konformasi pada protein yang harus terjadi dalam urutan yang
ditentukan, seperti yang ditunjukkan pada Gambar 11-10. Ketika protein dalam
konformasi E1, dua ion Ca2 + berikatan dengan dua situs pengikatan afinitas tinggi
yang dapat diakses dari sisi sitosol; meskipun konsentrasi Ca2 + sitosolik rendah
(lihat Tabel 11-2), ion kalsium masih memenuhi situs-situs ini.
Selanjutnya ATP mengikat ke situs di permukaan sitosolik (langkah 1). ATP yang
terikat dihidrolisis menjadi ADP dalam reaksi yang membutuhkan Mg2 +, dan fosfat
yang dibebaskan ditransfer ke residu aspartat tertentu dalam protein, membentuk
ikatan asil fosfat berenergi tinggi yang dilambangkan oleh E1 ~ P (langkah 2). Protein
kemudian mengalami perubahan konformasi yang menghasilkan E2, di mana afinitas
dari dua situs pengikatan Ca2 + dikurangi (diperlihatkan secara rinci dalam gambar
berikut) dan di mana situs-situs ini sekarang dapat diakses oleh lumen SR (langkah 3).
Energi bebas hidrolisis ikatan aspartil-fosfat dalam E1 ~ P lebih besar dari pada E2-P,
dan pengurangan energi bebas dari ikatan aspartilfosfat ini dapat dikatakan
mendorong perubahan konformasi E1 → E2.
Ion Ca2 + secara spontan terdisosiasi dari situs pengikatan untuk memasuki
lumen SR karena meskipun konsentrasi Ca2 + ada lebih tinggi daripada dalam sitosol,
ia lebih rendah daripada Kd untuk Ca2 + yang mengikat dalam keadaan afinitas
rendah (langkah 4). Akhirnya, ikatan aspartil-fosfat dihidrolisis (langkah 5).
Defosforilasi ini, ditambah dengan pengikatan Ca2 + sitosolik selanjutnya ke situs
pengikatan E1 Ca2 + dengan afinitas tinggi, menstabilkan keadaan konformasi E1
relatif terhadap E2; lebih lanjut, ini dapat dikatakan mendukung perubahan
konformasi E2 → E1 (langkah 6). Sekarang E1 siap mengangkut dua ion Ca2 + lagi.
Dengan demikian siklus selesai, dan hidrolisis dari satu ikatan fosfoanhidrida dalam
ATP telah mendukung pemompaan dua ion Ca2 + terhadap gradien konsentrasi ke
dalam lumen SR.
Banyak bukti struktural dan biofisik mendukung model yang digambarkan pada
Gambar 11-10. Sebagai contoh, pompa kalsium otot telah diisolasi dengan fosfat
terkait dengan residu aspartat kunci, dan studi spektroskopi telah mendeteksi sedikit
perubahan dalam konformasi protein selama