RESUME BIOKIM

Disusun oleh :

Sudiman Nur Fajri (1913041015)

BIOLOGI DAN PERIKANAN KELAUTAN

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
SINGARAJA
2020
 Topik 1 : Enzim
Pengertian Enzim
Enzim merupakan protein atau molekul berbasis protein yang mempercepat
reaksi kimia dalam tubuh organisme. Perannya adalah sebagai katalis untuk reaksi
kimia. Dimana ini artinya enzim mendorong perubahan satu set reaktan atau substrat
menjadi produk tertentu. Sifat enzim juga beragam. Terkait perannya yang spesifik di
alam, misalnya, setiap jenis enzim hanya mampu menjadi katalis dari satu jenis reaksi
kimia. Salah satu contohnya adalah enzim protease yang memecah protein tidak
mampu memecah protein atau karbohidrat. Sifat enzim lainnya adalah sensitif
terhadap suhu. Disini enzim bekerja paling baik pada suhu optimum, yaitu 37 derajat
selsius. Ketiga, enzim juga sensitif terhadap perubahan pH. Beberapa enzim bekerja
optimal di pH rendah, tapi ada pula enzim yang otimal di pH tinggi.
Penggolongan Enzim
Enzim dapat digolongkan berdasarkan tempat bekerjanya dan cara bekerjanya.
1. Penggolongan enzim berdasarkan tempat bekerjanya
a. Endoenzim
Endoenzim disebut juga enzim intraseluler, yaitu enzim yang bekerjanya di
dalam sel. Umumnya merupakan enzim yang digunakan untuk proses sintesis di
dalamsel dan untuk pembentukan energi (ATP) yang berguna untuk proses
kehidupan sel,misal dalam proses respirasi.
b. Eksoenzim
Eksoenzim disebut juga enzim ekstraseluler, yaitu enzim yang bekerjanya di
luar sel. Umumnya berfungsi untuk “mencernakan” substrat secara hidrolisis,
untuk dijadikan molekul yang lebih sederhana dengan BM lebih rendah sehingga
dapat masuk melewati membran sel. Energi yang dibebaskan pada reaksi
pemecahan substrat di luar sel tidak digunakan dalam proses kehidupan sel.
2. Penggolongan enzim berdasarkan cara bekerjanya
a. Oksidoreduktase
Enzim ini mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi, yang merupakan pemindahan
elektron, hidrogen atau oksigen. Sebagai contoh adalah enzim elektron transfer
oksidase dan hidrogen peroksidase (katalase). Ada beberapa macam enzim
 electron transfer oksidase, yaitu enzim oksidase, oksigenase, hidroksilase dan
dehidrogenase.
1. Oksidase
2. Oksigenase (transferase oksigen)
3. Hidroksilase
4. Dehidrogenase
5. Hidrogen peroksidase
b. Transferase
Transferase mengkatalisis pemindahan gugusan molekul dari suatu molekul
ke molekul yang lain. Sebagai contoh adalah beberapa enzim sebagai berikut:
1. Transaminase adalah transferase yang memindahkan gugusan amina.
2. Transfosforilase adalah transferase yang memindahkan gugusan fosfat.
3. Transasilase adalah transferase yang memindahkan gugusan asil.
c. Hidrolase
Enzim ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis, dengan contoh enzim adalah:
1. Karboksilesterase adalah hidrolase yang menghidrolisis gugusan ester
karboksil.
2. Lipase adalah hidrolase yang menghidrolisis lemak (ester lipida).
3. Peptidase adalah hidrolase yang menghidrolisis protein dan polipeptida.

d. Liase
Enzim ini berfungsi untuk mengkatalisis pengambilan atau penambahan
gugusan dari suatu molekul tanpa melalui proses hidrolisis, sebagai contoh adalah:
1. L malat hidroliase (fumarase) yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi
pengambilan air dari malat sehingga dihasilkan fumarat.
2. Dekarboksiliase (dekarboksilase) yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi
pengambilan gugus karboksil.

e. Isomerase
Isomerase meliputi enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi isomerisasi, yaitu:
1. Rasemase
 mengubah l-alanin <–> D-alanin
2. Epimerase
merubah D-ribulosa-5-fosfat <–> D-xylulosa-5-fosfat
3. Cis-trans isomerase
merubah transmetinal <–> cisrentolal
4. Intramolekul ketol isomerase,
merubah D-gliseraldehid-3-fosfat <–> dihidroksi aseton fosfat

5. Intramolekul transferase atau mutase

6. merubah metilmalonil-CoA <–> suksinil-CoA

f. Ligase
Enzim ini mengkatalisis reaksi penggabungan 2 molekul dengan
dibebaskannya molekul pirofosfat dari nukleosida trifosfat, sebagai contoh adalah
enzim asetat=CoASH ligase yang mengkatalisis rekasi sebagai berikut:
Asetat + CoA-SH + ATP <–> Asetil CoA + AMP + P-P

g. Enzim lain dengan tatanama berbeda

Ada beberapa enzim yang penamaannya tidak menurut cara di atas, misalnya
enzim pepsin, triosin, dan sebagainya serta enzim yang termasuk enzim permease.
Permease adalah enzim yang berperan dalam menentukan sifat selektif permiabel
dari membran sel.
Mekanisme Kerja Enzim
Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk menghasilkan
senyawa intermediat melalui suatu reaksi kimia organik yang membutuhkan energi
aktivasi lebih rendah, sehingga percepatan reaksi kimia terjadi karena reaksi kimia
dengan energi aktivasi lebih tinggi membutuhkan waktu lebih lama. Sebagai contoh:
X + C → XC (1)
Y + XC → XYC (2)
XYC → CZ (3)
CZ → C + Z (4)
Meskipun senyawa katalis dapat berubah pada reaksi awal, pada reaksi akhir molekul
katalis akan kembali ke bentuk semula. Sebagian besar enzim bekerja secara khas,
yang artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja pada satu macam senyawa atau
reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan struktur kimia tiap enzim yang bersifat
tetap. Sebagai contoh, enzim α-amilase hanya dapat digunakan pada proses
perombakan pati menjadi glukosa.
Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat, suhu,
keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH (tingkat
keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat
mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau pH
yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya akan
mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim kehilangan fungsinya sama
sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor adalah molekul
yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang meningkatkan
aktivitas enzim. Banyak obat dan racun adalah inihibitor enzim.
Faktor yang Mempengaruhi Kerja Enzim
Ada empat faktor yang mempengaruhi kerja enzim, yakni :
1. Temperatur
Temperatur tinggi dapat menyebabkan denaturasi protein, sedangkan pada
temperatur rendah akan menghambat reaksi. Pada umumnya temperatur optimum
enzim adalah 30 derajat sampai 40 derajat.
2. Perubahan PH
Perubahan PH sangat berpengaruh pada perubahan asam amino kunci pada
sisi aktif enzim sehingga menghalangi sisi aktif bergabung dengan substratnya. pH
optimum yang diperlukanoleh enzim berbeda – beda tergantung pada jenis
enzimnya.
3. Konsentrasi enzim dan substrat
Semakin banyak enzim reaksi akan semakin cepat, sebaliknya apabila enzim
sedikit maka reaksi yang terjadi juga lambat.
4. Inhibitor enzim
Menghambat kerja enzim, sehingga kecepatan reaksi akan turun. Ada dua
macam inhibitor, yakni :Inhibitor kompetitif atau zat penghambat mirip dengan
substrat sehingga berkompetisi dengan substrat untuk bergabung ke sisi aktif
 enzim. Inhibitor nonkompetitif atau substrat sudah tidak dapat berikatan karena
sisi aktif enzim berubah.
Penghambat Kerja Enzim
Kerja suatu enzim selama metabolisme tidak selalu berjalan lancar tanpa ada yang
menghalanginya. Suatu zat tertentu yang sanggup menghalangi kerja enzim ini
disebut inhibitor. Zat-zat penghambat (inhibitor) berupa zat-zat kimia yang sanggup
menghambat kerja enzim. Contoh dan Penjelasan : garam-garam logam berat
menyerupai air raksa, iodium-asetat, fluorida, sianida, azida, dan karbon monoksida.

a. Inhibitor kompetitif
Zat penghambat ini mempunyai struktur yang menyerupai dengan substrat.
Oleh sebab itu, zat penghambat dan substrat bersaing untuk sanggup bergabung
dengan enzim membentuk kompleks enzim- substrat. Selain menghambat ikatan
antara enzim dengan substrat, inhibitor sanggup menghambat penguraian dan
pembentukan senyawa baru. Inhibitor berikatan lemah (ikatan ion) dengan enzim
pada sisi aktifnya sehingga inhibitor ini bersifat reversibel. melalui atau bersama
ini menambah kepekatan substrat, inhibitor tidak bisa lagi bergabung dengan
enzim. Contoh dan Penjelasan inhibitor kompetitif adalah asam malonat, yang
menghambat ikatan antara enzim dengan asam suksinat. Kerja suatu enzim selama
metabolisme tidak selalu berjalan lancar tanpa ada yang menghala Penghambat
Kerja Inhibitor Enzim
b. Inhibitor non-kompetitif
Pada umumnya, inhibitor ini tidak mempunyai struktur yang menyerupai
dengan substrat dan bergabung dengan enzim pada cuilan selain sisi aktif enzim.
Jika inhibitor ini bergabung dengan enzim maka akan mengubah bentuk sisi aktif
enzim. melalui atau bersama ini demikian, bentuk sisi aktif tidak sesuai lagi
dengan bentuk substrat (ingat model kerja enzim teori gembok– kunci). Contoh
dan Penjelasan inhibitor non-kompetitif, antara lain: pestisida (DDT) dan paration
yang menghambat kerja enzim dalam sistem syaraf, serta antibiotik dan penisilin
pada sel bakteri. Berbeda dengan dua macam inhibitor yang lain, inhibitor
irreversibel menempel pada sisi aktif enzim dengan sangat besar lengan berkuasa
(ikatan kovalen) sehingga tidak sanggup lepas dari enzim (irreversibel).
Akibatnya, enzim menjadi tidak aktif.
 Topik 2 : Pengantar Metabolisme
Interelasi Metabolisme Adalah proses metabolisme Karbohidrat, lemak, Protein
yang pada mulanya berproses sendiri-sendiri, ——— karbohidrat menghasilkan
glukosa, Lemak menghasilkan gliserol dan asam lemak serta protein menghasilkan
asam amino—— tetapi pada akhirnya akan terjadi interelasi (saling berinteraksi pada
suatu siklus yang dinamakan siklus kreb) antar metabolisme zat gizi, dengan hasil
akhir pembentukan CO2, H2O dan NH3 dengan sejumlah energi potensial dalam
bentuk Fosfat Berenergi Tinggi (ATP) termasuk energi yang dihasilkannya.
Proses dan hasil dari interelasi metabolisme terutama Energi Potensial adalah
proses terjadinya metabolisme energi yang bersumber dari melekul Karbohidrat,
Lemak dan Protein, terjadi didalam mitokondria (komponen dalam sel) dan akan
menghasilkan sejumlah energi :
a. Pada penguraian 1gram glukosa (Karbohidrat) menjadi CO2, H2O (air) akan
menghasilkan energi sebesar 4 Kkal
b. Pada penguraian 1gram asam lemak (lemak) menjadi CO2, H2O(air) akan
menghasilkan energi sebesar 9 Kkal
c. Pada penguraian 1gram asam amino (protein) menjadi CO2, H2O(air) dan
NH3 akan menghasilkan energi sebesar 4 Kkal
Metabolisme itu sendiri adalah seluruh rangkaian reaksi biokimia yang terjadi di
dalam sel tubuh membentuk melekul besar (anabolisme) maupun kecil (katabolisme).
Dimana katabolisme merupakan rangkaian reaksi-reaksi (Karbohidrat, Lemak dan
Protein) dimana terjadi oksidasi alamia didalam sel yang menguraikan melekul besar
menjadi melekul kecil dan menghasilkan energi. Sedangkan anabolisme merupakan
rangkaian reaksi reduksi alamia didalam sel dari melekul kecil yang membutuhkan
energi untuk membentuk melekul besar.
Reaksi Anabolisme dan katabolisme berlangsung secara cepat. Terjadi karena
adanya katalisator yaitu enzim (melekul protein), berfungsi secara cepat karena
adanya : ko enzim yaitu beberapa vitamin B Complek dan kofaktor yaitu beberapa
mineral, serta adanya media air.
ATP yang dihasilkan dari interelasi metabolisme merupakan bahan penyedia
energi tubuh, terjadi dalam mitokandria kemudian diterima oleh nukleotida dengan
gugus fosfat berenergi rendah sampai berenergi tinggi, Nukleotida berenergi rendah
menerima energi ADP (Adenosin Difosfat) ditambah dengan gugus fosfat ADP akan
menjadi ATP (denosin Trifosfat) yang berenergi tinggi sebagai penyedia energi.
ADP + Energi + Fosfat a’ ATP
Bila sel atau tubuh memerlukan energi akan terjadi penguraian ATP menjadi ADP
lagi yang menghasilkan energi untuk dipergunakan berbagai kegiatan
ATP a’ ADP + Fosfat + Energi

Fungsi Energi dari Penguraian ATP atau ATP yang yang terurai akan sangat berguna
untuk sel dan penggerakan otok  yaitu
Untuk  Keperluan sel :
 Proses pencernaan, menyerapan, dan mengangkut zat gizi penghasilan energi
hingga masuk kedalam sel di dalam sel akan berguna
 Membentuk melekul baru (misal. Enzim, hormon dan antibody
 Mengganti struktur sel yang rusak
 Mengeluarkan dan memasukan zat-zat dari dan kedalam sel
 Membentuk melekul cadangan energi
Untuk pergerakan otot
 aktif maupun istirahat
 diperintah otak maupun tidak diperintah otak
Atau secara keseluruhan Energi (Kalori) yang dihasilkan dari penguraian ATP akan
digunakan untuk :
1. Aktifitas saat tubuh istirahat Basal (Basal Energy Expenditure= BEE ),
2. Aktifitas Fisik ( AF) dan
3. Pengaruh termis dari makanan (thermic effect of food = TEF).
4. Seluruh Energi yang digunakan tubuh ini  adalah Penjumlahan dari BEE +AF
+ TEF.  Inilah yang disebut dengan Penentuan Energi (kalori) Total.
ADP + Energi + Fosfat a’ ATP

Bila sel atau tubuh memerlukan energi akan terjadi penguraian ATP menjadi ADP
lagi yang menghasilkan energi untuk dipergunakan berbagai kegiatan
ATP a’ ADP + Fosfat + Energi

Fungsi Energi dari Penguraian ATP atau ATP yang yang terurai akan sangat berguna
untuk sel dan penggerakan otok  yaitu
Untuk  Keperluan sel :
a. Proses pencernaan, menyerapan, dan mengangkut zat gizi penghasilan
energy hingga masuk kedalam sel di dalam sel akan berguna
b. Membentuk melekul baru (misal. Enzim, hormon dan antibody
c. Mengganti struktur sel yang rusak
d. Mengeluarkan dan memasukan zat-zat dari dan kedalam sel
e. Membentuk melekul cadangan energi
Untuk pergerakan otot
a. aktif maupun istirahat
 b. diperintah otak maupun tidak diperintah otak
Atau secara keseluruhan Energi (Kalori) yang dihasilkan dari penguraian ATP akan
digunakan untuk :
1. Aktifitas saat tubuh istirahat Basal (Basal Energy Expenditure= BEE ),
2. Aktifitas Fisik ( AF) dan
3. Pengaruh termis dari makanan (thermic effect of food = TEF).
4. Seluruh Energi yang digunakan tubuh ini  adalah Penjumlahan dari BEE +AF
+ TEF.  Inilah yang disebut dengan Penentuan Energi (kalori) Total.

Penentuan Energi (Kalori) Total

PERTAMA: Aktifitas saat tubuh istirahat Basal (Basal Energy Expenditure=

BEE). Misalnya Proses metabolisme dalam sel, Denyut jantung, Gerakan peristaltik
usus, Pernapasan, Sekresi enzim dan hormon, Tonus otot dll. Aktifitas ini nyaris tidak
dapat dikontrol oleh otak.

KEDUA : Aktifitas Fisik ( AF) dibagi dalam tiga aktifitas. Aktifitas sangat ringan dan
ringan menggunakan energi sebesar 30 – 50 % dari BEE. Aktifitas sedang 50 – 75 %
dari BEE. Dan Aktifitas berat (kerja berat) menggunakan energi 75 % dari BEE.
Aktifitas ini dikontrol oleh otak. Aktifitas SANGAT RINGAN bila dilakukan sambil
duduk dengan sedikit menggunakan otot tangan, seperti mengetik, menyiangi
sayuran, dll. Aktifitas RINGAN bila menggunakan otot tangan dengan lebih kuat
seperti menyeterika atau dengan menggunakan otot tangan dan kaki dengan santai.
Aktifitas SEDANG berupa aktifitas-aktifitas orang yang setara dengan orang yang
berjalan cepat diselingi dengan lari-lari kecil. Sedangkan Aktifitas BERAT berupa
Aktifitas orang yang setara dengan orang yang berlari dengan kecepatan 12-14
km /jam. Untuk menghitung energi aktifitas fisik sebaiknya dicatat jamnya, Misalnya
5 jam sangat ringan, 6 jam ringan, 2 jam sedang dan 1 jam berat.
KETIGA : Pengaruh termis dari makanan ( thermic effect of food = TEF). Pada saat
mengkonsumsi makanan terjadi proses pencernaan dan penyerapan, mengangkut zat
gizi penghasil energi hingga mencapai sel-sel tubuh. Terjadi peningkatan BEE dan
aktifitas fisik atau terjadi peningkatan penggunaan Energi disebut Thermic Effect of
Food = TEF. Nilai TEF biasa disebut juga dengan Specifik Dinamik Action= SDA.
Nilai TEF untuk protein adalah tertinggi 30 %, lalu karbohidrat, kemudian lemak.
SDA bekerja mulai dari TEF tertinggi kemudian yang terendah. Karena menu
makanan merupakan gabungan protein, karbohidrat dan lemak, maka nilai TEF
adalah 10 % dari ( BEE + AF )

Keseimbangan Energi
Keseimbangan energi terjadi karena asupan energi dari makanan sama banyak dengan
penggunaanya, tubuh dalam kondisi ENERGI SEIMBANG. Bila asupan energi dari
makanan melebihi penggunaanya, maka tubuh dalam kondisi KELEBIHAN
ENERGI, dan selanjutnya energi ini akan tersimpan dalam dalam bentuk glikogen
hati (maks. 600 mg) dan glikogen otot (maks. 300 mg), serta tersimpan dalam bentuk
asam lemak trigliserida dengan daya tampung tak terbatas (bermakna) yaitu Rongga
perut dan jaringan dibawah kulit. Dalam keadaan kelebihan energi yang tersimpan,
BB akan bertambah 10%-20% diatas normal (Over weight dan Obesitas). Gangguan
kesehatan akan sering muncul diantaranya : penyakit jantung koroner, Hiptertensi,
Gangguan sendi tulang tungkai, Gangguan pernapasan, Perlemakan hati, DM Dan
berbagai gangguan hormonal.

Topik 3 :Metabolisme Karbohidrat

 Metabolisme karbohidrat adalah proses kimia yang berlangsung dalam tubuh
makhluk hidup untuk mengolah karbohidrat, baik itu reaksi pemecahan (katabolisme)
maupun reaksi pembentukan (anabolisme).
Bentuk karbohidrat terpenting adalah glukosa, yaitu suatu senyawa gula sederhana
(monosakarida), dipahami ada terdapat di setiap makhluk hidup untuk proses
metabolisme ini. Glukosa dan bentuk karbohidrat lainnya memiliki tempatnya
masing-masing di dalam proses metabolik antarspesies. Contohnya, tanaman
menyimpan energi dengan membentuk karbohidrat dari karbon dioksida dan air
melalui fotosintesis, biasanya dalam bentuk pati atau lipid. Tanaman lalu dimakan
oleh binatang dan jamur, sebagai bahan bakarnya respirasi seluler. Oksidasi pada satu
gram karbohidrat menghasilkan energy sebesar 4 kcal (kilokalori); sementara dari
lipid, 9 kcal. Energi dari metabolisme (contohnya, oksidasi glukosa) biasanya
disimpan sementara di sel-sel tubuh dalam bentuk adenosina trifosfat.[1]
Metabolisme pada makhluk hidup dengan respirasi aerob menguiraikan glukosa
dengan oksigen untuk menghasilkan energi, dan hasil sampingnya, karbon dioksida
dan air.
Semua bentuk karbohidrat kurang lebih memiliki rumus kimia CnH2nOn; Rumus
kimia glukosa adalah C6H12O6. Setiap molekul monosakarida bisa membentuk
senyawa disakarida, contohnya sukrosa, ataupun senyawa polisakarida yang lebih
panjang, contohnya pati and selulosa.
Glikolisis dan Fermentasi
Glikolisis adalah jalur metabolisme yang terjadi di sitosol sel dalam organisme
hidup. Hal ini bisa berfungsi jika ada atau tidak adanya oksigen. Oleh karena itu,
dapat dibagi sebagai glikolisis aerob dan anaerobik. Glikolisis aerobik menghasilkan
lebih banyak ATP daripada proses anaerobik. Dengan adanya oksigen, ia
menghasilkan molekul piruvat dan 2 ATP yang dihasilkan sebagai bentuk energi
bersih.
Fermentasi adalah proses metabolisme yang mengubah gula (terutama glukosa,
fruktosa, dan sukrosa) menjadi asam, gas atau alkohol. Ini pada dasarnya terjadi pada
ragi, bakteri dan sel otot kelaparan yang kelaparan dalam rangka untuk
memfermentasi asam laktat. Siklus Krebs dan sistem transpor elektron tidak terjadi
dalam fermentasi. Namun, jalur ekstraksi energi tunggal adalah glikolisis ditambah
satu atau dua reaksi ekstra. Hal ini pada dasarnya adalah Regenerasi NAD + dari
NADH yang dihasilkan selama glikolisis.
Siklus Asam Sitrat
 Siklus asam sitrat[1] (bahasa Inggris: citric acid cycle, tricarboxylic acid cycle,
TCA cycle, Krebs cycle, Szent-Györgyi-Krebs cycle) adalah sederetan jenjang reaksi
metabolisme pernapasan seluler yang terpacu enzim yang terjadi setelah proses
glikolisis, dan bersama-sama merupakan pusat dari sekitar 500 reaksi metabolisme
yang terjadi di dalam sel.[2] Lintasan katabolisme akan menuju pada lintasan ini
dengan membawa molekul kecil untuk diiris guna menghasilkan energi, sedangkan
lintasan anabolisme merupakan lintasan yang bercabang keluar dari lintasan ini
dengan penyediaan substrat senyawa karbon untuk keperluan biosintesis. Metabolom
dan jenjang reaksi pada siklus ini merupakan hasil karya Albert Szent-Györgyi and
Hans Krebs.
Pada sel eukariota, siklus asam sitrat terjadi pada mitokondria, sedangkan pada
organisme aerob, siklus ini merupakan bagian dari lintasan metabolisme yang
berperan dalam konversi kimiawi terhadap karbohidrat, lemak dan protein - menjadi
karbon dioksida, air, dalam rangka menghasilkan suatu bentuk energi yang dapat
digunakan. Reaksi lain pada lintasan katabolisme yang sama, antara lain glikolisis,
oksidasi asam piruvat dan fosforilasi oksidatif. Produk dari siklus asam sitrat adalah
prekursor bagi berbagai jenis senyawa organik. Asam sitrat merupakan prekursor dari
kolesterol dan asam lemak, asam ketoglutarat-alfa merupakan prekursor dari asam
glutamat, purina dan beberapa asam amino, suksinil-KoA merupakan prekursor dari
heme dan klorofil, asam oksaloasetat merupakan prekursor dari asam aspartat, purina,
pirimidina dan beberapa asam amino.

Jalur Pentosa Posfat

Jalur pentosa fosfat adalah jalur metabolisme yang sejajar dengan glikolisis. Ini
menghasilkan NADPH dan pentosa serta ribosa 5-fosfat, prekursor untuk sintesis
nukleotida. Sementara jalur pentosa fosfat melibatkan oksidasi glukosa, peran
utamanya adalah anabolik daripada katabolik. Ada dua fase berbeda di jalur tersebut.
Yang pertama adalah fase oksidatif , di mana NADPH dihasilkan, dan yang kedua
adalah sintesis non-oksidatif dari gula 5-karbon. Untuk kebanyakan organisme, jalur
pentosa fosfat berlangsung di sitosol ; pada tumbuhan, sebagian besar langkah terjadi
di plastida .
Mirip dengan glikolisis , jalur pentosa fosfat tampaknya memiliki asal evolusi
yang sangat kuno. Reaksi dari jalur ini sebagian besar dikatalisasi oleh enzim dalam
sel modern, namun demikian, mereka juga terjadi secara non-enzimatis dalam kondisi
yang mereplikasi kondisi lautan Arkean , dan dikatalisasi oleh ion logam , terutama
ion besi (Fe (II)). [4] Hal ini menunjukkan bahwa asal mula jalur bisa berasal dari
dunia prebiotik.
 Topik 4 : Transfor Elektron dan posforilisasi oksidatif serta biosintesis
Transpor elektron adalah proses terakhir dari respirasi aerob, dimana akan
dihasilkan ATP dari NADH dan FADH2 hasil dari glikolisis, dekarboksilasi
oksidatif, dan siklus krebs. Transpor elektron terjadi di membran dalam mitokondria,
di membran ini terdapat bagian-bagian penting yang berperan sebagai penerima
elekton yaitu. kompleks protein I, kompleks protein II, kompleks protein III,
kompleks protein IV, ubiquinon, dan sitokrom c. Proses ini disebut juga dengan
fosforilasi oksidatif dan ditemukan pada tahun 1948 oleh Eugene Kennedy dan Albert
Lehninger.
Secara singkat transpor elektron untuk NADH sebagai berikut :

a. Molekul NADH akan melepaskan elektronnya dan ditangkap kompleks

protein I kemudian berpindah menuju ubiquinon.
b. Saat elektron meninggalkan kompleks protein I, menyebabkan sebuah H+
dikeluarkan menuju ruang antar membran.
c. Dari ubiquinon, elektron akan menuju kompleks protein III dan kemudian
menuju sitokrom c.
d. Saat elektron meninggalkan kompleks protein III, sebuah H+ juga akan
dikeluarkan menuju ruang antar membran.
e. Dari sitokrom c elektron akan menuju kompleks sitokrom IV yang
kemudian akan menuju penerima elektron terakhir yaitu O2.
f. Saat elektron meninggalkan kompleks protein IV menyebabkan sebuah
H+ juga dikeluarkan menuju ruang antar membran.
g. O2 setelah menerima elektron akan mengikat H+ dan membentuk H2O.
h. Tiga H+ yang telah dikeluarkan tadi akan masuk kembali melalui enzim
ATP sintase yang berada di membran tersebut. 
i. Setiap H+ yang  masuk melalui ATP sintase juga akan dihasilkan 1
molekul ATP.
j. Jadi total dari satu NADH akan dihasilkan 3 ATP.

Dan proses transpor elektron untuk molekul FADH2 sebagai berikut :

a. Molekul FADH2 akan melepaskan elektronnya dan ditangkap kompleks

protein II kemudian berpindah menuju ubiquinon, namun pada tahap ini
tidak menyebabkan dikeluarkannya H+.
b. Kemudian elektron akan meninggalkan ubiquinon dan menuju kompleks
protein III, sitokrom C, dan kompleks protein IV.
 c. Saat elektron melewati kompleks protein III dan IV masing-masing
menyebabkan dikeluarkannya molekul H+.
d. Jadi hanya 2 H+ yang dikeluarkan hingga nantinya masuk kembali melalui
ATP sintase dan terbentuk 2 ATP.
c. Di akhir cerita elektron juga akan ditangkap oleh O2 menghasilkan H2O.

Fosforilasi oksidatif adalah suatu lintasan metabolisme dengan penggunaan

energi yang dilepaskan oleh oksidasi nutrien untuk menghasilkan ATP, dan
mereduksi gas oksigen menjadi air. Walaupun banyak bentuk kehidupan di bumi
menggunakan berbagai jenis nutrien, hampir semua organisme menjalankan
fosforilasi oksidatif untuk menghasilkan ATP, oleh karena efisiensi proses
mendapatkan energi, dibandingkan dengan proses fermentasi alternatif lainnya
seperti glikolisis anaerobik.

Menurut teori kemiosmotik yang dicetuskan oleh Peter Mitchell, energi yang
dilepaskan dari reaksi oksidasi pada substrat pendonor elektron, baik pada
respirasi aerobik maupun anaerobik, perlahan akan disimpan dalam bentuk
potensial elektrokemis sepanjang garis tepi membran tempat terjadinya reaksi
tersebut, yang kemudian dapat digunakan oleh ATP sintase untuk menginduksi
reaksi fosforilasi terhadap molekul adenosina difosfat dengan molekul Pi.

Elektron yang melekat pada molekul sisi dalam kompleks IV rantai transpor
elektron akan digunakan oleh kompleks V untuk menarik ion H+ dari sitoplasma
menuju membran mitokondria sisi luar, disebut kopling kemiosmotik,[3] yang
menyebabkan kemiosmosis, yaitu difusi ion H+ melalui ATP sintase ke dalam
mitokondria yang berlawanan dengan arah gradien pH, dari area dengan energi
potensial elektrokimiawi lebih rendah menuju matriks dengan energi potensial
lebih tinggi. Proses kopling kemiosmotik juga berpengaruh pada kombinasi
gradien pH dan potensial listrik di sepanjang membran yang disebut gaya gerak
proton.

Biosintesis adalah suatu proses banyak-tahap, yang dikatalisis-enzim di mana

substrat diubah menjadi produk yang lebih kompleks dalam organisme hidup.
Dalam biosintesis, senyawa dimodifikasi, diubah menjadi senyawa lain, atau
digabungkan bersama untuk membentuk makromolekul. Proses ini terkadang
terdiri dari jalur metabolik. Beberapa dari jalur biosintesis ini berlokasi didalam
organel sel tunggal, sementara lainnya melibatkan enzim yang berlokasi di dalam
organel sel ganda. Contoh dari jalur biosintesis ini diantaranya pada produksi
komponen membran lipida dan nukleotida. Biosintesis biasanya bersinonim
dengan anabolisme.

Unsur-unsur prasyarat untuk biosintesis meliputi: senyawa prekursor, energi

kimia (misalnya ATP), dan enzim katalitik yang mungkin memerlukan koenzim
(misalnya NADH, NADPH). Elemen-elemen ini menciptakan monomer, suatu
blok pembangun untuk makromolekul. Beberapa makromolekul biologis penting
meliputi: protein, yang terdiri dari monomer asam amino yang bergabung melalui
ikatan peptida, dan molekul DNA, yang terdiri dari nukleotida yang bergabung
melalui ikatan fosfodiester.

Sifat reaksi kimia :

Biosintesis terjadi karena serangkaian reaksi kimia. Agar reaksi-reaksi ini

terjadi, unsur-unsur berikut ini diperlukan:

a. Senyawa prekursor: senyawa-senyawa ini adalah molekul awal atau

substrat dalam suatu reaksi. Prekursor ini juga dapat dilihat sebagai
reaktan dalam proses kimia tertentu.
b. Energi kimia: energi kimia dapat ditemukan dalam bentuk molekul
energi tinggi. Molekul-molekul ini diperlukan untuk reaksi yang tidak
menguntungkan secara energi. Lebih lanjut, hidrolisis senyawa ini
mendorong reaksi ke depan. Molekul berenergi tinggi, seperti ATP,
memiliki tiga fosfat. Seringkali, fosfat terminal terpecah selama
hidrolisis dan dipindahkan ke molekul lain.
c. Enzim katalitik: molekul-molekul ini adalah protein khusus yang
mengkatalisasi suatu reaksi dengan meningkatkan laju reaksi dan
menurunkan energi aktivasi.
d. Koenzim atau kofaktor: kofaktor adalah molekul yang membantu
dalam reaksi kimia. Konfaktor tersebut mungkin merupakan suatu ion
logam, turunan vitamin seperti NADH dan asetil KoA, atau turunan
non-vitamin seperti ATP. Dalam kasus NADH, molekul mentransfer
hidrogen, sedangkan asetil KoA mentransfer gugus asetil, dan ATP
mentransfer fosfat.
 Topik 5 : Metabolisme Lipid
Asam Lemak
Dalam kimia, terutama biokimia, suatu asam lemak adalah asam karboksilat
dengan rantai alifatik panjang, baik jenuh maupun tak jenuh. Hampir semua asam
lemak alami memiliki rantai tak bercabang dengan jumlah atom karbon genap, mulai
dari 4 sampai 28.Asam lemak biasanya diturunkan dari trigliserida atau fosfolipida.
Asam lemak adalah sumber nutrisi bahan bakar penting untuk hewan karena, ketika
dimetabolisme, mereka menghasilkan ATP dalam jumlah banyak. Banyak jenis sel
yang dapat menggunakan glukosa atau asam lemak untuk kebutuhan ini. Asam lemak
berantai panjang tidak dapat melintasi penghalang darah otak (bahasa Inggris: blood–
brain barrier, BBB) dan sehingga tidak dapat digunakan sebagai bahan bakar oleh sel
sistem saraf pusat;[butuh rujukan] namun, asam lemak rantai pendek bebas dan asam
lemak rantai sedang dapat melintasi BBB,[ selain glukosa dan badan ketona.
Jenis asam lemak :
Asam lemak memiliki ikatan rangkap karbon–karbon yang dikenal sebagai tak jenuh.
Asam lemak tanpa ikatan rangkap dikenal sebagai asam lemak jenuh. Mereka juga
memiliki beda panjang.
a. Panjang rantai asam lemak bebas
Rantai asam lemak berbeda panjangnya, sering kali dikategorikan
sebagai pendek hingga sangat panjang.

1. Asam lemak rantai pendek (short-chain fatty acid, SCFA),

adalah asam lemak dengan ekor alifatik yang memiliki
jumlah karbon lima atau kurang (misalnya, asam butirat).
[4]
2. Asam lemak rantai sedang (medium-chain fatty acid,
MCFA), adalah asam lemak dengan ekor alifatik yang
memiliki jumlah karbon 6 sampai 12,[5] yang dapat
membentuk trigliserida rantai sedang.
 3. Asam lemak rantai panjang (long-chain fatty acid, LCFA),
adalah asam lemak dengan ekor alifatik 13 sampai 20
karbon.[6]
4. Asam lemak rantai sangat panjang (very long chain fatty
acid, VLCFA) adalah asam lemak dengan ekor alifatik
sama dengan 22 karbon atau lebih.

b. Asam lemak tak jenuh

Asam lemak tak jenuh memiliki satu atau lebih ikatan rangkap antar
atom karbon. (Pasangan atom karbon yang terhubung melalui ikatan rangkap
dapat dijenuhkan dengan adisi atom hidrogen, mengubah ikatan rangkap
menjadi ikatan tunggal. Oleh karena itu, ikatan rangkap disebut tak jenuh.)
Dua atom karbon dalam rantai yang terikat di sebelah ikatan rangkap dapat
membentuk konfigurasi cis atau trans.
cis
Konfigurasi cis berarti bahwa dua atom hidrogen yang berdekatan
dengan ikatan rangkap berada pada sisi yang sama dari rantai. Kekakuan
ikatan rangkap membekukan konformasi dan, dalam kasus isomer cis,
menyebabkan rantai membengkok dan menghalangi kebebasan konformasi
asam lemak. Semakin banyak ikatan rangkap dalam rantai dengan
konfigurasi cis, semakin kecil fleksibilitasnya. Ketika suatu rantai memiliki
banyak ikatan cis, ia semakin melengkung dalam konformasi yang dapat
dicapai. Misalnya, asam oleat, dengan satu ikatan rangkap, memiliki
"patahan" di dalamnya, sementara asam linoleat, dengan dua ikatan
rangkap memiliki lekukan yang lebih jelas. Asam α-linolenat, dengan tiga
ikatan rangkap, memiliki bentuk kait. Efek dari ini adalah bahwa, dalam
lingkungan terbatas, ketika asam lemak adalah bagian dari fosfolipida
dalam lipida dua lapis, atau trigliserida dalam droplet lipida, ikatan cis
membatasi kemampuan asam lemak untuk dimampatkan, dan oleh karena
itu dapat mempengaruhi titik lebur membran atau lemak.
trans
Konfigurasi trans, sebaliknya, berarti bahwa dua atom hidrogen yang
berdekatan berada pada sisi yang berseberangan dari rantai. Alhasil,
mereka tidak banyak menyebabkan pembengkokan rantai, dan bentuknya
 mirip dengan asam lemak jenuh lurus. Dalam hampir semua asam lemak
tak jenuh alami, masing-masing ikatan rangkap memiliki n atom karbon di
sebelahnya, untuk beberapa n, dan seluruhnya berikatan cis. Hampir semua
asam lemak dengan konfigurasi trans (lemak trans) tidak dijumpai di alam
dan merupakan hasil pengolahan manusia (misalnya, hidrogenasi).
Perbedaan geometri antara berbagai jenis asam lemak tak jenuh, dan juga
antara asam lemak jenuh dan tak jenuh, memainkan peran penting dalam
proses biologi, dan dalam konstruksi struktur biologis (misalnya membran
sel).\
c. Asam lemak esensial
Asam lemak yang dibutuhkan oleh tubuh manusia tetapi tidak dapat dibuat
dalam jumlah yang mencukupi dari substrat lain, dan oleh karenanya harus
diperoleh dari luar, disebut asam lemak esensial. Terdapat dua kelompok asam
lemak esensial: pertama, yang memiliki ikatan rangkap berjarak tiga atom
karbon dari ujung metil; dan kedua, yang memiliki ikatan rangkap berjarak
enam atom karbon dari ujung metil. Manusia tidak memiliki kemampuan untuk
mengintroduksi ikatan rangkap pada asam lemak di luar karbon 9 dan 10,
dihitung dari sisi asam karboksilat.[7] Dua asam lemak esensial adalah asam
linoleat (linoleic acid, LA) dan asam alfa-linolenat (alpha-linolenic acid, ALA).
Mereka banyak terdapat dalam minyak tumbuhan. Tubuh manusia memiliki
keterbatasan kemampuan dalam mengubah ALA menjadi asam lemak omega-3
yang lebih panjang — asam eikosapentaenoat (eicosapentaenoic acid, EPA) dan
asam dokosaheksaenoat (docosahexaenoic acid, DHA), yang dapat pula
diperoleh dari ikan.

d. Asam lemak jenuh

Asam lemak jenuh tidak memiliki ikatan rangkap. Oleh karena itu, asam
lemak jenuh adalah asam lemak yang jenuh dengan hidrogen (karena ikatan
rangkap mengurangi jumlah hidrogen pada masing-masing karbon). Masing-
masing karbon dalam rantai memiliki 2 atom hidrogen (kecuali karbon omega
di ujung yang memiliki 3 hidrogen), karena asam lemak jenuh hanya memiliki
ikatan tunggal.
Trisil gliserol
 Trigliserida (atau lebih tepatnya triasilgliserol atau triasilgliserida) adalah sebuah
gliserida, yaitu ester dari gliserol dan tiga asam lemak.[1] Trigliserida merupakan
penyusun utama minyak nabati dan lemak hewani.
Struktur kimia :
Struktur umum trigliserida
Rumus kimia trigliserida adalah CH2COOR-CHCOOR'-CH2-COOR", di mana R,
R' dan R" masing-masing adalah sebuah rantai alkil yang panjang. Ketiga asam lemak
RCOOH, R'COOH and R"COOH bisa jadi semuanya sama, semuanya berbeda
ataupun hanya dua diantaranya yang sama.
Panjang rantai asam lemak pada trigliserida yang terdapat secara alami dapat
bervariasi, tetapi panjang yang paling umum adalah 16, 18, atau 20 atom karbon.
Asam lemak alami yang ditemukan pada tumbuhan dan hewan biasanya terdiri dari
jumlah atom karbon yang genap disebabkan cara asam lemak dibiosintesis dari asetil-
KoA. Sekalipun begitu, bakteria memiliki kemampuan untuk menyintesis asam lemak
dengan atom karbon ganjil ataupun rantai bercabang. Karena itu, hewan memamah
biak biasanya memiliki asam lemak berkarbon ganjil, misalnya 15, karena aksi
bakteria di dalam rumennya.
Kebanyakan lemak alami memiliki campuran kompleks dari berbagai macam
trigliserida; karena ini, lemak mencair pada suhu yang berbeda-beda. Lemak seperti
mentega kokoa hanya terdiri dari beberapa trigliserida, salah satunya mengandung
berturut-turut palmitat, oleat, dan stearat. Hal ini menyebabkan terjadinya titik lebur
yang tajam, yang menyebabkan coklat meleleh dalam mulut tanpa terasa berminyak.
Pada sel, trigliserida (atau lemak netral) dapat melalui membran sel dengan bebas,
tidak seperti molekul lainnya, karena karakteristiknya yang non-polar sehingga tidak
bereaksi dengan lapisan ganda fosfolipid pada membran.
Lipoprotein
Lipoprotein adalah struktur biokimia yang berisi protein dan lemak, yang terikat
pada protein, yang memungkinkan lemak untuk bergerak melalui air pada bagian
dalam dan di luar sel. Protein berfungsi untuk mengemulsi lipid (jika tidak disebut
molekul lemak). Banyak enzim, transporter, protein struktural, antigen, adenin, dan
racun merupakan lipoprotein. Contohnya termasuk lipoprotein densitas tinggi (HDL)
dan lipoprotein densitas rendah (LDL), yang memungkinkan lemak untuk dibawa
dalam aliran darah, protein transmembran dari mitokondria dan kloroplas, dan
lipoprotein pada bakteri.
Fungsi :
 Fungsi dari partikel lipoprotein adalah untuk mengangkut lipid (lemak) (seperti
triasilgliserol) di sekitar tubuh dalam darah. Semua sel menggunakan dan
mengandalkan lemak dan kolesterol sebagai pembentuk untuk membuat membran sel
ganda yang menggunakan keduanya untuk mengontrol kadar air internal dan zat yang
larut dalam air dan elemen untuk mengatur struktur internal dan sistem protein
enzimatik. Partikel lipoprotein memiliki kelompok hidrofilik fosfolipid, kolesterol,
dan apoprotein yang diarahkan keluar. Karakteristik tersebut membuat mereka larut
di kolam berbasis air asin atau darah. Lemak Trigliserida dan ester kolesterol dibawa
secara internal, terlindung dari air oleh monolayer fosfolipid dan apoprotein.
Interaksi protein membentuk permukaan partikel (a) dengan enzim dalam darah,
(b) satu sama lain, dan (c) dengan protein spesifik pada permukaan sel menentukan
apakah trigliserida dan kolesterol akan ditambahkan atau dihapus dari partikel
transportasi lipoprotein. Mengenai pengembangan dan perkembangan ateroma yang
bertentangan dengan regresi, masalah kunci selalu menjadi pola transportasi
kolesterol, tidak konsentrasi kolesterol itu sendiri.
 Topik 6 : Metabolisme Lipid
Lipid Membrane
Lipid membran adalah sekelompok senyawa (secara struktural mirip dengan lemak
dan minyak) yang membentuk permukaan berlapis ganda dari semua sel (lipid
bilayer). Tiga kelas utama membran lipid adalah fosfolipid, glikolipid, dan kolesterol.
Lipid bersifat amfifilik: mereka memiliki satu ujung yang larut dalam air ('polar') dan
ujung yang larut dalam lemak ('nonpolar'). Dengan membentuk lapisan ganda dengan
ujung kutub mengarah ke luar dan ujung nonpolar mengarah ke dalam membran lipid
dapat membentuk 'lapisan ganda lipid' yang menjaga bagian dalam sel yang berair
terpisah dari bagian luar yang berair. Pengaturan lipid dan berbagai protein, bertindak
sebagai reseptor dan pori-pori saluran di membran, mengontrol masuk dan keluarnya
molekul dan ion lain sebagai bagian dari metabolisme sel. Untuk melakukan fungsi
fisiologis, protein membran difasilitasi untuk berputar dan berdifusi lateral dalam
hamparan dua dimensi lipid bilayer dengan adanya cangkang lipid yang melekat erat
pada permukaan protein, yang disebut cangkang lipid annular.
Lapisan ganda yang dibentuk oleh lipid membran berfungsi sebagai unit
penahanan sel hidup. Lipid membran juga membentuk matriks tempat protein
membran berada. Secara historis lipid dianggap hanya memiliki peran struktural.
Peran fungsional lipid sebenarnya banyak: Mereka berfungsi sebagai agen pengatur
dalam pertumbuhan dan adhesi sel. Mereka berpartisipasi dalam biosintesis
biomolekul lain. Mereka dapat berfungsi untuk meningkatkan aktivitas enzimatik
enzim. Lipid pembentuk non-bilayer seperti monogalaktosil digliserida (MGDG)
mendominasi sebagian besar lipid dalam membran tilakoid, yang bila terhidrasi
sendiri, membentuk fase silinder heksagonal terbalik. Namun, dalam kombinasi
dengan lipid dan karotenoid / klorofil lain dari membran tilakoid, mereka juga
menyesuaikan diri sebagai lapisan ganda lipid.
Steroid
teroid adalah senyawa organik lemak sterol tidak terhidrolisis yang didapat dari
hasil reaksi penurunan dari terpena atau skualena. Steroid merupakan kelompok
senyawa yang penting dengan struktur dasar sterana jenuh (bahasa Inggris: saturated
tetracyclic hydrocarbon : 1,2-cyclopentanoperhydrophenanthrene) dengan 17 atom
karbon dan 4 cincin.Senyawa yang termasuk turunan steroid, misalnya kolesterol,
ergosterol, progesteron, dan estrogen. Pada umunya steroid berfungsi sebagai
hormon. Steroid mempunyai struktur dasar yang terdiri dari 17 atom karbon yang
membentuk tiga cincin sikloheksana dan satu cincin siklopentana. Perbedaan jenis
steroid yang satu dengan steroid yang lain terletak pada gugus fungsional yang diikat
oleh ke-empat cincin ini dan tahap oksidasi tiap-tiap cincin.
Lemak sterol adalah bentuk khusus dari steroid dengan rumus bangun diturunkan
dari kolestana dilengkapi gugus hidroksil pada atom C-3, banyak ditemukan pada
tanaman, hewan dan fungsi. Semua steroid dibuat di dalam sel dengan bahan baku
berupa lemak sterol, baik berupa lanosterol pada hewan atau fungsi, maupun berupa
sikloartenol pada tumbuhan. Kedua jenis lemak sterol di atas terbuat dari siklisasi
squalena dari triterpena. Kolesterol adalah jenis lain lemak sterol yang umum
dijumpai. Beberapa steroid bersifat anabolik, antara lain testosteron, metandienon,
nandrolon dekanoat, 4-androstena-3 17-dion. Steroid anabolik dapat mengakibatkan
sejumlah efek samping yang berbahaya, seperti menurunkan rasio lipoprotein
densitas tinggi, yang berguna bagi jantung, menurunkan rasio lipoprotein densitas
rendah, stimulasi tumor prostat, kelainan koagulasi dan gangguan hati, kebotakan,
menebalnya rambut, tumbuhnya jerawat dan timbulnya payudara pada pria. Secara
fisiologi, steroid anabolik dapat membuat seseorang menjadi agresif.
Isoprenoid
Isoprena adalah nama umum (nama trivial) dari 2-metilbuta-1,3-diena. Senyawa
ini biasa digunakan dalam industri, penyusun berbagai senyawa biologi penting, serta
dapat berbahaya bagi lingkungan dan beracun bagi manusia bila terpapar secara
berlebihan. Dalam suhu ruang isoprena berwujud cairan bening yang sangat mudah
terbakar dan terpantik. Bila tercampur dengan udara sangat mudah meledak dan
sangat reaktif bila dipanaskan. Pengangkutan isoprena memerlukan penanganan
khusus.
Secara industri senyawa ini dihasilkan dari hasil sampingan peluruhan nafta atau
minyak. Saat ini sekitar 95% produksi isoprena dunia digunakan untuk membuat
karet sintetik cis-1,4-poliisoprena. Karet sendiri juga merupakan polimer isoprena —
paling sering cis-1,4-poliisoprena - dengan bobot molekul 100.000 hingga 1.000.000.
Biasanya ada campuran beberapa persen bahan lain, seperti protein, asam lemak,
resin, dan bahan organik lainnya, pada karet alam berkualitas tinggi. Getah perca,
suatu karet alam lain, merupakan trans-1,4-poliisoprena, isomer struktural yang
memiliki karakteristik mirip namun tidak persis sama.
 Isoprena dihasilkan secara alamiah oleh tumbuhan dan hewan. Biasanya dapat
dikatakan bahwa senyawa ini adalah hidrokarbon yang paling umum ditemukan pada
tubuh manusia. Isoprena biasa juga dikandung pada kadar rendah pada banyak bahan
pangan. Hal ini tidak mengherankan karena isoprena merupakan kerangka dasar dari
banyak metabolit sekunder pada tumbuhan. Terpena, terpenoid, dan koenzim Q
tersusun dari isoprena. Golongan senyawa lain yang dapat dianggap tersusun dari
kerangka isoprena adalah fitol, retinol, tokoferol, dolikol, dan skualena. Heme A
memiliki ekor isoprenoid. Lanosterol, prekursor sterol pada hewan, diturunkan dari
skualena. Satuan isoprena fungsional dalam organisme adalah dimetilalil pirofosfat
(DMAPP) dan isomernya isopentenil pirofosfat (IPP). Metabolit sekunder tumbuhan
yang dapat dirunut struktur kerangka kimianya sebagai turunan atau polimer isoprena
dikenal sebagai golongan isoprenoid.
Pada tumbuhan, isoprena dihasilkan pada kloroplas daun melalui jalur DMAPP,
dengan enzim isoprena sintase bertanggung jawab sebagai pembuka proses. Praktis
pada semua organisme penurunan isoprena disintesis melalui jalur HMG-CoA
reduktase. Karena turunan isoprena banyak yang merupakan minyak atsiri, banyak
isoprena dilepaskan ke udara. Isoprena diketahui memengaruhi status oksidasi massa
udara, dan merupakan pemicu terbentuknya ozon, gas polutan pada lapisan bawh
atmosfer. Efek senyawa ini pada atmosfer banyak dipelajari. Isoprena diduga dapat
menyebabkan kanker.
Eikosanoid
Eikosanoid adalah molekul pensinyalan yang dibuat oleh oksidasi enzimatik dan
non-enzimatik asam arakidonat atau asam lemak tak jenuh ganda (PUFA) lainnya,
yang mirip dengan asam arakidonat, dengan panjang 20 unit karbon. Eikosanoid
adalah sub-kategori oksilipin, yaitu asam lemak teroksidasi dari unit karbon yang
beragam panjangnya, dan dibedakan dari oksilipin lain dengan kepentingannya yang
luar biasa sebagai molekul pensinyalan sel. Fungsi eikosanoid dalam sistem fisiologis
yang beragam dan proses patologis seperti: mendorong atau menghambat
peradangan, alergi, demam, dan respons imun lainnya; mengatur aborsi kehamilan
dan persalinan normal; berkontribusi terhadap persepsi nyeri; mengatur pertumbuhan
sel; mengendalikan tekanan darah; dan memodulasi aliran regional darah ke jaringan.
Dalam menjalankan peran ini, eikosanoid paling sering bertindak sebagai agen
pensinyalan autokrin untuk memengaruhi sel asal mereka atau sebagai agen
pensinyalan parakrin untuk memengaruhi sel di dekat sel asal mereka. Eikosanoid
juga dapat bertindak sebagai agen endokrin untuk mengontrol fungsi sel yang jauh.
 Topik 7 : Metabolisme Senyawa N
Biosintesis adalah proses katalis enzim multi-langkah di mana substrat diubah
menjadi produk yang lebih kompleks dalam organisme hidup. Dalam biosintesis,
senyawa sederhana dimodifikasi, diubah menjadi senyawa lain, atau digabungkan
menjadi makromolekul . Proses ini seringkali terdiri dari jalur metabolisme .
Beberapa jalur biosintetik ini terletak di dalam satu organel seluler, sementara yang
lain melibatkan enzim yang berada di dalam beberapa organel seluler. Contoh dari
jalur biosintesis ini termasuk produksi komponen membran lipid dan nukleotida .
Biosintesis biasanya identik dengan anabolisme .
Unsur prasyarat untuk biosintesis meliputi: senyawa prekursor , energi kimia
(misalnya ATP ), dan enzim katalitik yang mungkin memerlukan koenzim (misalnya
NADH , NADPH ). Elemen-elemen ini menciptakan monomer , bahan penyusun
makromolekul. Beberapa makromolekul biologis yang penting meliputi: protein ,
yang terdiri dari monomer asam amino yang bergabung melalui ikatan peptida , dan
molekul DNA , yang terdiri dari nukleotida yang bergabung melalui ikatan
fosfodiester .
Sifat reaksi kimia
Biosintesis terjadi karena serangkaian reaksi kimia. Agar reaksi-reaksi ini terjadi,
unsur-unsur berikut ini diperlukan:
a. Senyawa prekursor: senyawa-senyawa ini adalah molekul awal atau substrat
dalam suatu reaksi. Prekursor ini juga dapat dilihat sebagai reaktan dalam
proses kimia tertentu.
b. Energi kimia: energi kimia dapat ditemukan dalam bentuk molekul energi
tinggi. Molekul-molekul ini diperlukan untuk reaksi yang tidak
menguntungkan secara energi. Lebih lanjut, hidrolisis senyawa ini
mendorong reaksi ke depan. Molekul berenergi tinggi, seperti ATP,
 memiliki tiga fosfat. Seringkali, fosfat terminal terpecah selama hidrolisis
dan dipindahkan ke molekul lain.
c. Enzim katalitik: molekul-molekul ini adalah protein khusus yang
mengkatalisasi suatu reaksi dengan meningkatkan laju reaksi dan
menurunkan energi aktivasi.[3]
d. Koenzim atau kofaktor: kofaktor adalah molekul yang membantu dalam
reaksi kimia. Konfaktor tersebut mungkin merupakan suatu ion logam,
turunan vitamin seperti NADH dan asetil KoA, atau turunan non-vitamin
seperti ATP. Dalam kasus NADH, molekul mentransfer hidrogen, sedangkan
asetil KoA mentransfer gugus asetil, dan ATP mentransfer fosfat.
Lipida
Banyak makromolekul rumit disintesis dalam pola struktur berulang yang
sederhana. Sebagai contoh, struktur lipida yang paling sederhana adalah asam lemak.
Asam lemak adalah turunan hidrokarbon; mereka mengandung "kepala" gugus
karboksil dan "ekor" rantai hidrokarbon. Asam lemak ini menciptakan komponen
yang lebih besar, yang pada gilirannya menggabungkan interaksi nonkovalen untuk
membentuk lapisan ganda lipida. Rantai asam lemak ditemukan dalam dua komponen
utama lipid membran: fosfolipida dan sfingolipida. Komponen membran utama
ketiga, kolesterol, tidak mengandung unit asam lemak ini.
Nukleotida
Biosintesis nukleotida melibatkan reaksi yang dikatalisis-enzim yang mengubah
substrat menjadi produk yang lebih kompleks.[3] Nukleotida adalah blok pembangun
DNA dan RNA. Nukleotida terdiri dari cincin beranggota lima yang terbentuk dari
gula ribosa dalam RNA, dan gula deoksiribosa dalam DNA; gula-gula ini terkait
dengan basa purin atau pirimidin dengan ikatan glikosida dan gugus fosfat di lokasi 5'
pada gula.
DNA
Ketika DNA polimerase bergerak dari posisi 3' ke arah 5' di sepanjang untaian
templat, ia mensintesis untai baru dari posisi 5' ke arah 3' DNA terdiri dari nukleotida
yang bergabung dengan ikatan fosfodiester. Sintesis DNA, yang terjadi di inti, adalah
proses semikonservatif, yang berarti bahwa molekul DNA yang dihasilkan
mengandung untai asli dari induknya struktur dan untai baru. Sintesis DNA
dikatalisis oleh keluarga DNA polimerase yang membutuhkan empat
deoksinukleosida trifosfat, untai templat, dan primer dengan 3 'OH bebas yang
menggabungkan nukleotida. Agar replikasi DNA terjadi, garpu replikasi dibuat oleh
enzim yang disebut helikase yang melepaskan heliks DNA.[10] Topoisomerase yang
berada di garpu replikasi menghapus superkoil yang disebabkan oleh DNA yang tidak
mengikat, dan protein pengikat untai tunggal mempertahankan dua templat DNA
untai tunggal distabilkan sebelum replikasi.
Asam amino
Protein adalah polimer yang tersusun dari asam amino yang dihubungkan oleh
ikatan peptida. Ada lebih dari 300 asam amino yang ditemukan di alam dan hanya
dua puluh diantaranya, yang dikenal sebagai asam amino esensial, adalah blok
pembangun untuk protein.[11] Hanya tumbuhan hijau dan sebagian besar mikrob
yang mampu mensintesis semua dari 20 asam amino esensial yang dibutuhkan oleh
semua spesies hidup. Mamalia hanya dapat mensintesis sepuluh dari dua puluh asam
amino esensial. Asam amino lainnya, valin, metionin, leusin, isoleusin, fenilalanin,
lisin, treonin dan triptofan untuk orang dewasa dan histidin, serta arginin untuk bayi
diperoleh melalui makanan.
Protein
Sintesis protein terjadi melalui proses yang disebut translasi.[13] Selama proses
translasi, materi genetik yang disebut mRNA dibaca oleh ribosom untuk
menghasilkan rantai protein polipeptida.[13] Proses ini membutuhkan transfer RNA
(tRNA) yang berfungsi sebagai adaptor dengan mengikat asam amino di satu sisi dan
berinteraksi dengan mRNA di ujung lainnya; pasangan yang terakhir antara tRNA
dan mRNA memastikan bahwa asam amino yang benar ditambahkan ke rantai.[13]
Sintesis protein terjadi dalam tiga fase: inisiasi, elongasi, dan terminasi.
 Topik 8 : Metabolisme Senyawa N
Asam Amino Forpirin dan neurotransmitter
Porphyrins adalah sekelompok senyawa organik siklus makro heterosiklik , terdiri
dari empat subunit pirol termodifikasi yang saling berhubungan pada atom karbon α
mereka melalui jembatan metin (= CH−). Induk porfirin adalah porfin , senyawa
kimia langka yang hanya memiliki kepentingan teoretis. Porfin tersubstitusi disebut
porfirin. Dengan total 26 π-elektron, 18 π-elektron di antaranya membentuk siklus
planar dan kontinu, struktur cincin porfirin sering digambarkan sebagai aromatik .
Salah satu hasil dari sistem terkonjugasi besar adalah bahwa porfirin biasanya
menyerap dengan kuat di wilayah spektrum elektromagnetik yang terlihat, yaitu
berwarna pekat. Nama "porphyrin" berasal dari kata Yunani πορφύρα ( porphyra ),
yang berarti ungu .
Siklus 18-elektron porfin, struktur induk porfirin, disorot. (Beberapa pilihan atom
lain, melalui pirol nitrogen, misalnya, juga menghasilkan siklus 18 elektron.)
Kompleks logam yang berasal dari porfirin terjadi secara alami. Salah satu keluarga
kompleks porfirin yang paling terkenal adalah heme , pigmen dalam sel darah merah,
kofaktor dari protein hemoglobin .
Siklus 18-elektron porfin, struktur induk porfirin, disorot. (Beberapa pilihan atom
lain, melalui pirol nitrogen, misalnya, juga menghasilkan siklus 18 elektron.)
Porfirin adalah asam konjugasi dari ligan yang mengikat logam untuk
membentuk kompleks . Ion logam biasanya memiliki muatan 2+ atau 3+. Persamaan
skematis untuk sintesis ini ditampilkan:
H 2 porfirin + [ML n ] 2+ → M (porfirin) L n − 4 + 4 L + 2 H + , di mana M = ion
logam dan L = ligan
Porfirin tanpa ion logam di dalam rongga adalah basa bebas . Beberapa porfirin yang
mengandung besi disebut hemes. Protein yang mengandung heme, atau hemoprotein ,
banyak ditemukan di alam. Hemoglobin dan mioglobin adalah dua protein
pengikat O2 yang mengandung porfirin besi. Berbagai sitokrom juga merupakan
hemoprotein.
Neurotransmitter adalah senyawa kimiawi dalam tubuh yang bertugas untuk
menyampaikan pesan antara satu sel saraf (neuron) ke sel saraf target. Sel-sel target
ini dapat berada di otot, berbagai kelenjar, dan bagian lain dalam
tubuh.Neurotransmiter memainkan peran yang sangat penting untuk otak dalam
mengatur kinerja berbagai sistem tubuh.
Berikut tipe-tipe neurotransmitter berdasarkan cara kerjanya:
1. Neurotransmitter eksitasi (excitatory)
Neurotransmitter eksitasi bekerja dengan mendorong neuron target untuk
melakukan sebuah aksi. Beberapa contoh neurotransmitter eksitasi yang terkenal
adalah epinephrine dan norepinephrine.
2. Neurotransmitter inhibisi (inhibitory)
Neurotransmiter ini dapat menghambat aktivitas neuron, sehingga berkebalikan
dengan cara kerja neurotransmitter eksitasi. Salah contoh neurotransmitter inhibisi
 adalah serotonin.Beberapa neurotransmitter dapat bekerja sebagai eksitasi maupun
inhibisi. Contoh dari neurotransmitter ini yaitu dopamin dan asetilkolin.
3. Neurotransmitter modulator
Neurotransmitter modulator, atau sering disebut sebagai neuromodulator,
merupakan neurotransmitter yang dapat memengaruhi neuron dalam jumlah besar
pada satu waktu. Selain itu, neurotransmitter modulator juga dapat berkomunikasi
dengan neurotransmitter lainnya.
Beberapa neurotransmitter yang terkenal
Sebagian neurotransmitter sudah akrab di telinga kita. Di antara yang terkenal
tersebut, termasuk:
1. Asetilkolin
Asetilkolin adalah neurotransmitter yang berperan dalam kontraksi otot,
merangsang aktivitas beberapa hormon, serta mengendalikan detak jantung. Selain
itu, neurotransmitter ini berkontribusi dalam fungsi otak dan daya ingat.
Asetilkolin merupakan salah satu contoh neurotransmitter eksitasi.Kadar
asetilkolin yang rendah telah dikaitkan dengan beragam gangguan medis, seperti
Alzheimer. Hanya saja, level asetilkolin yang terlalu tinggi juga menimbulkan
masalah berupa kontraksi otot berlebihan.
2. Dopamin
Dikenal sebagai neurotransmitter rasa senang, dopamin memainkan peran penting
untuk daya ingat, perilaku, mempelajari sesuatu, hingga koordinasi gerak tubuh.
Selain itu, neurotransmitter ini juga berfungsi dalam pergerakan otot.Apabila
tubuh kekurangan dopamin, risiko penyakit Parkinson pun dapat terjadi. Anda
dapat menjaga kadar dopamin dengan berolahraga secara teratur.
3. Endorfin
Endorfin bekerja dengan menghambat sinyal rasa sakit dan menciptakan suasana
diri yang berenergi dan perasaan euforia. Selain itu, neurotransmitter ini juga
dikenal sebagai pereda nyeri alami tubuh.Beberapa cara yang bisa Anda lakukan
untuk menjaga kadar endorfin adalah dengan mencari aktivitas yang memancing
tawa, serta melakukan latihan aerobik, seperti bersepeda dan jalan santai. Hal ini
penting dilakukan karena kadar endorfin yang rendah berkaitan dengan beberapa
jenis sakit kepala serta fibromyalgia (nyeri pada tulang dan otot).
4. Epinephrine
 Neurotransmitter ini mungkin lebih dikenal sebagai adrenalin. Epinephrine
memainkan fungsi sebagai neurotransmitter sekaligus hormon. Epinephrine
dilepaskan tubuh saat Anda stres dan ketakutan, sehingga memengaruhi detak
jantung serta laju pernapasan. Tak hanya itu, epinephrine memengaruhi otak untuk
segera membuat keputusan.
5. Serotonin
Serotonin berperan dalam mengatur suasana hati seseorang. Selain itu, serotonin
juga mengatur pembekuan darah, nafsu makan, aktivitas tidur, serta ritme
sirkadian.Serotonin erat kaitannya dengan antidepresan untuk penanganan depresi.
Salah satu golongan antidepresan, selective serotonin reuptake inhibitors (SSRIs),
dapat meredakan gejala depresi dengan meningkatkan kadar serotonin di otak.
6. Oksitosin
Oksitosin dihasilkan dalam hipotalamus pada otak dan menjalankan fungsi
neurotransmitter maupun hormon sekaligus. Oksitosin memainkan sejumlah
peranan penting, seperti dalam mengenali lingkungan sosial, menjalin ikatan batin,
serta reproduksi seksual.
Topik 9 : Metabolisme Asam Nukleat
Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme,
termasuk yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolisme memiliki dua
arah lintasan reaksi kimia organik, yaitu anabolisme dan katabolisme. Katabolisme
itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan
energi. Adapun anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari
molekulmolekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.
Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,
dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada
nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer
dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein.
Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan
dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa
tetapi tidak larut dalam asam. Kemudian zat ini dinamakan ”nuclein” sekarang
dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat
merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki
peranan yang sangat penting dalam biosintesis protein. Bila nukleotida mengandung
ribose, maka asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic acid = asam
ribonukleat) yang berguna dalam sintesis protein. Bila nukleotida mengandung
deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid =
asam deoksiribonukleat) yang merupakan bahan utama pementukan inti sel. Dalam
asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin.
Baik dalm RNA maupun DNA purin selalu adenine dan guanine. Dalam RNA
primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan timin. Baik
DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikatpada protein yang
mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa
gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut nukleoprotein. Molekul
asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein, tetapi yang menjadi monomer
bukan asam amino, melainkan nukleotida.
Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu,
menyimpan informasi genetik dan menerunkannya kepada keturunanya. Susunan
asam nukleat yang menentukan apakah mahluk itu menjadi hewan, tumbuhan,
maupun manusia. Begitu pula susunan dalam sel, apakah sel itu menjadi sel otot
maupun sel darah. Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan,
menstransmisi, danmentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary
metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim
pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim
reaksi oksidasi reduksi.
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau
asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. Baik
DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat
basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara
protein danasam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan
polimer sepertiprotein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh
nukleutida asam nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa energy.
1. DNA
DNA (deoxyribose nucleic acid) merupakan komponen penyusun
kehidupan. Zat inilah yang membuat lebah adalah seekor lebah dan kanguru
adalah kanguru. DNA adalah apa yang membuat tiap-tiap individual (apapun
jenis dan spesiesnya) unik. DNA terdapat pada semua organisme hidup dari
mulai bakteri terkecil sampai ikan paus raksasa. Molekul ini tidak hanya
menentukan sifat fisik, seperti warna rambut dan warna mata, tapi juga
kemungkinan penyakit yang dimiliki. DNA adalah material pembawa sifat yang
 dapat ditemukan pada sel. Ia menyediakan instruksi untuk membuat, menjaga,
dan mengatur kerja sel dan organisme. Asam ini adalah polimer yang terdiri
atas molekul-molekul deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain sehingga
membentuk rantai polinukleotida yang panjang.
Interaksi ikatan hidrogen antara masing-masing basa nitrogen
menyebabkan bentuk dari dua rantai DNA menjadi sedemikian rupa, bentuk ini
disebut double helix. Interaksi spesifik ini terjadi antara basa A dengan T, dan
C dengan G. Sehingga jika double helix dibayang kan sebagai sebuah tangga
spiral, maka ikatan basa-basa ini sebagai anak tangga-nya. Lebar dari ‘anak
tangga’ adalah sama, karena pasangan basa selalu terdiri dari satu primidin dan
satu purin.
2. RNA
Asam ribonukleat adalah salah satu polimer yang terdiri atas
molekulmolekul ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk
oleh adanya ikatan antara atom C nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada
molekul [0/9ribosa dengan perantaraan gugus fosfat.

Topik 10 : Replikasi, restriksi, dan rekombinasi

Replikasi
Replikasi adalah proses penggandaan DNA utuk memperbayak diri yang
terjadi pada fase sintesis saat interfase mejelang sel akan membelah. Tujuan replikasi
DNA adalah agar sel anakan hasil pembelhan mengandung DNA yang identik dengan
DNA sel induknya. Pada konteks virus, replikasi adalah tahap pembentukan virus-
virus baru di dalam sel inang. Replikasi dilakukan virus untuk bereproduksi.
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur,
yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).
Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang
terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase
yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA,
membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing
terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi
"cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida
komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut
primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan
nukleotida—dalam hal ini, deoksiribonukleotida—ke ujung 3'-hidroksil bebas
nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru
disintesis dari arah 5'→3', sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA "induk"
dengan arah 3'→5'. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu
replikasi berorientasi 3'→5', sementara untaian lainnya berorientasi 5'→3', dan
helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'→3'. Oleh karena
itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Restriksi
Enzim restriksi atau endonuklease restriksi adalah enzim yang memotong
molekul DNA.[1] Enzim ini memotong DNA pada rangka gula-fosfat tanpa merusak
basa.[1] Setiap enzim mempunyai sekuens pengenalan yang unik pada utas DNA,
biasanya sepanjang 4-6 pasang basa.
Pada akhir 1960-an, ilmuwan Stewart Linn dan Werner Arber mengisolasi
dua contoh enzim yang berperan dalam menghambat pertumbuhan bakteriofag yang
menyerang E. coli. Salah satu enzim bekerja memetilasi DNA, sedangkan enzim yang
satunya bekerja memotong DNA yang tidak termetilasi pada beberapa lokasi di
sepanjang molekul DNA. Enzim yang pertama disebut metilase (methylase),
sedangkan enzim yang satunya disebut nuklease restriksi (restriction nuclease).
Kemudian pada tahun 1968, H.O. Smith, K.W. Wilcox, dan T.J. Kelley, yang bekerja
di Johns Hopkins University, mengisolasi dan mengkarakterisasi enzim nuklease
restriksi pertama. Enzim ini berasal dari bakteri Haemophilus influenzae, dan diberi
nama HindII. Enzim ini selalu memotong molekul DNA pada sekuen spesifik dengan
panjang situs pengenalan enam pasang basa.
Rekombinasi
 Rekombinasi genetika merupakan proses pemutusan seunting bahan genetika
(biasanya DNA, namun juga bisa RNA) yang kemudian diikuti oleh penggabungan
dengan molekul DNA lainnya. Pada eukariota rekombinasi biasanya terjadi selama
meiosis sebagai pindah silang kromosom antara kromosom yang berpasangan. Proses
ini menyebabkan keturunan suatu makhluk hidup memiliki kombinasi gen yang
berbeda dari orang tuanya, dan dapat menghasilkan alel kimerik yang baru. Pada
biologi evolusioner, perombakan gen ini diperkirakan memiliki banyak keuntungan,
yakni mengizinkan organisme yang bereproduksi secara seksual menghindari Ratchet
Muller. Dalam biologi molekular, rekombinasi juga dapat merujuk pada rekombinasi
rantai DNA yang tidak sama secara buatan, sering kali merupakan DNA organisme
yang berbeda. Rekombinasi ini menghasilkan DNA rekombinan.
Penemuan Teknologi DNA rekombinan membuat kegiatan analisis dan
rekayasa genetik semakin berkembang khususnya dalam bidang-bidang yang telah
lama mempraktikkan pemodelan dan analisis genetik seperti kedokteran, pertanian,
dan industri.[7][4] Transfer gen antar organisme saat ini dapat dilakukan bahkan di
antara organisme-organisme yang secara biologi dahulu tidak bisa bergabung.[4]
Proses transfer gen yang secara konvensional menggunakan reproduksi seksual yaitu
persilangan dapat dihindari, misalnya pada produksi jagung “Bt” yang salah satunya
tersusun dari gen bakteri yang ditransfer ke tanaman jagung untuk membuat jagung
tahan terhadap hama penggerek di Eropa. Penanda molekuler telah tersedia untuk
membuat proses seleksi menjadi lebih efektif dan efisien.
Dalam dunia kesehatan, produk komersial pertama yang dihasilkan dengan teknologi
DNA rekombinan adalah insulin. Penelitian dan proyek insulin ini dimulai sebelum
peraturan dan kebijakan pemerintah tentang pemanfaatan secara luas dan komersial
tentang DNA rekombinan dibuat. Ketika penelitian dasar teknologi DNA rekombinan
terus dilakukan untuk mencari efisiensi dan manfaat bagi umat manusia, pemanfaatan
secara komersial produk-produk yang dihasilkan dari teknologi ini dikendalikan oleh
perilaku pasar dan modal-modal investasi yang diberikan.
 Topik 11 : Transkripsi dan Transiasi

Transkripsi
Dalam genetika, transkripsi adalah pembuatan RNA terutama mRNA dengan
menyalin sebagian berkas DNA oleh enzim RNA polimerase. Transkripsi merupakan
bagian dari rangkaian ekspresi genetik. Pengertian asli "transkripsi" adalah alih
aksara atau penyalinan. Di sini, yang dimaksud adalah mengubah "teks" DNA
menjadi RNA.
Proses
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel atau di dalam matriks mitokondria
dan plastida. Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa
rangsangan. Pada proses tanpa rangsangan, transkripsi berlangsung terus-menerus
(gen-gennya disebut gen konstitutif atau "gen pengurus rumah", house-keeping
genes). Sementara itu, gen yang memerlukan rangsangan biasanya gen yang hanya
diproduksi sewaktu-waktu; gennya disebut gen regulatorik karena biasanya mengatur
mekanisme khusus. Rangsangan akan mengaktifkan bagian promoter inti, segmen
gen yang berfungsi sebagai pencerap RNA polimerase yang terletak di bagian hulu
bagian yang akan disalin (disebut transcription unit), tidak jauh dari ujung 5' gen.
Promoter inti terdiri dari kotak TATA, kotak CCAAT dan kotak GC.
Sebelum RNA polimerase dapat terikat pada promoter inti, faktor transkripsi
TFIID akan membentuk kompleks dengan kotak TATA. Inhibitor dapat mengikat
pada kompleks TFIID-TATA dan mencegah terjadinya kompleks dengan faktor
transkripsi lain, namun hal ini dapat dicegah dengan TFIIA yang membentuk
kompleks DA-TATA. Setelah itu TFIIB dan TFIIF akan turut terikat membentuk
kompleks DABF-TATA. Setelah itu RNA polimerase akan mengikat pada DABF-
TATA, dan disusul dengan TFIIE, TFIIH dan TFIIJ.
Kompleks tersebut terjadi pada bagian kotak TATA yang terletak sekitar 10-
25 pasangan basa di bagian hulu (upstream) dari kodon mulai (AUG). Adanya faktor
transkripsi ini akan menarik enzim RNA polimerase mendekat ke DNA dan
kemudian menempatkan diri pada tempat yang sesuai dengan kodon mulai (TAC
pada berkas DNA). Berkas DNA yang ditempel oleh RNA polimerase disebut
sebagai berkas templat, sementara berkas pasangannya disebut sebagai berkas kode
(karena memiliki urutan basa yang sama dengan RNA yang dibuat). Pada awal
transkripsi, enzim guaniltransferase menambahkan gugus m7Gppp pada ujung 5'
untai pre-mRNA. Sejumlah ATP diperlukan untuk membuat RNA polimerase mulai
bergerak dari ujung 3' (ujung karboksil) berkas templat ke arah ujung 5' (ujung
amino). pre-mRNA yang terbentuk dengan demikian berarah 5' → 3'. Pergerakan
RNA polimerase akan berhenti apabila ia menemui urutan basa yang sesuai dengan
kodon berhenti, dan deret AAUAAA akan ditambahkan pada pangkal 3' pre-mRNA.
Setelah proses selesai, RNA polimerase akan lepas dari DNA, sedangkan pre-mRNA
akan teriris sekitar 20 bp dari deret AAUAAA dan sebuah enzim, poli(A) polimerase
akan menambahkan deret antara 150 - 200 adenosina untuk membentuk pre-mRNA
yang lengkap yang disebut mRNA primer. Tergantung intensitasnya, dalam satu
berkas transcription unit sejumlah RNA polimerase dapat bekerja secara simultan.
Intensitas transkripsi ditentukan oleh keadaan di sejumlah bagian tertentu pada DNA.
Ada bagian yang disebut suppressor yang menekan intensitas, dan ada yang disebut
enhancer yang memperkuatnya.
Transiasi
Translasi dalam genetika dan biologi molekular adalah proses penerjemahan
urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam
amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Transkripsi dan Translasi
merupakan dua proses utama yang menghubungkan gen ke protein. Translasi hanya
terjadi pada molekul mRNA, sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul
mRNA yang merupakan salinan urutan DNA menyusun suatu gen dalam bentuk
kerangka baca terbuka. mRNA membawa informasi urutan asam amino.
Proses
Proses translasi berupa penerjemahan kodon atau urutan nukleotida yang terdiri
atas tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu. Kodon pada
mRNA akan berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA. Setiap tRNA
mempunyai antikodon yang spesifik. Tiga nukleotida di antikodon tRNA saling
berpasangan dengan tiga nukleotida dalam kodon mRNA menyandi asam amino
tertentu. Proses translasi dirangkum dalam tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi
(pemanjangan) dan terminasi (penyelesaian). Translasi pada mRNA dimulai pada
kodon pertama atau kodon inisiasi translasi berupa ATG pada DNA atau AUG pada
RNA. Penerjemahan terjadi dari urutan basa molekul (yang juga menyusun kodon-
kodon setiap tiga urutan basa) mRNA ke dalam urutan asam amino polipeptida.
Banyak asam amino yang dapat disandikan oleh lebih dari satu kodon. Tempat-
tempat translsasi ini ialah ribosom, partikel kompleks yang memfasilitasi perangkaian
secara teratur asam amino menjadi rantai polipeptida. Asam amino yang akan
dirangkaikan dengan asam amino lainnya dibawa oleh tRNA. Setiap asam amino
akan dibawa oleh tRNA yang spesifik ke dalam kompleks mRNA-ribosom. Pada
proses pemanjangan ribosom akan bergerak terus dari arah 5'3P ke arah 3'OH
sepanjang mRNA sambil merangkaikan asam-asam amino. Proses penyelesaian
ditandai dengan bertemunya ribosom dengan kodon akhir pada mRNA.