MAKALAH

PENGANTAR REKAYASA GENETIKA

KELOMPOK

ELDENSIA MANUL

MARTHA HERLINDA MEI

YOSEFINA SUSANA BENI

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS FLORES

2020

1
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan ke Tuhan Yang Maha Esa yang atas rahmat-Nya maka kami
dapat menyelesaikan penyusunan makalah yang berjudul “Pengantar Rekayasa Genetik” guna
memenuhi tugas mata kulia genetika.

Dalam penulisan makalah ini kami merasa masih banyak kekurangan-kekurangan baik
pada teknis penulisan maupun materi yang disampaikan, untuk itu kritik dan saran dari semua
pihak sangat kami harapkan demi penyempurnaan pembuatan makalah ini.

Akhirnya kami berharap semoga makalah yang kami susun dapat dimengerti dan
dipahami oleh para pembaca.

Ende, 16 Juni 2020

Penyusun

2
 BAB I

PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG

Sejarah perkembangan genetika sebagai ilmu pengetahuan dimulai menjelang akhir

abad ke 19 ketika seorang biarawan Austria bernama Gregor Johann Mendel berhasil
melakukan analisis yang cermat dengan interpretasi yang tepat atas hasil-hasil percobaan
persilangannya pada tanaman kacang ercis (Pisum satifum). Sebenarnya, Mendel bukanlah
orang pertama yang melakukan percobaan- percobaan persilangan. Akan tetapi, berbeda
dengan para pendahulunya yang melihat setiap individu dengan keseluruhan sifatnya yang
kompleks, Mendel mengamati pola pewarisan sifat demi sifat sehingga menjadi lebih
mudah untuk diikuti. Deduksinya mengenai pola pewarisan sifat ini kemudian menjadi
landasan utama bagi perkembangan genetika sebagai suatu cabang ilmu pengetahuan, dan
Mendelpun di akui sebagai Bapak Genetika.

Karya Mendel tentang pola pewarisan sifat tersebut dipublikasikan pada tahun 1866
di Proceedings of the Brunn Society for Natural History. Namun, selama lebih dari 30
tahun tidak pernah ada peneliti lain yang memperhatikannya. Baru pada tahun 1900 tiga
orang ahli botani secara terpisah, yaitu Hugo de Vries di belanda, Carl Correns di jerman
dan Eric von Tschermak-Seysenegg di Austria, melihat bukti kebenaran prinsip-prinsip
Mendel pada penelitian mereka masing-masing. Semenjak saat itu hingga lebih kurang
pertengahan abad ke-20 berbagai percobaan persilangan atas dasar prinsip-prinsip Mendel
sangat mendominasi penelitian di bidang genetika. Hal ini menandai berlangsungnya suatu
era yang dinamakan genetika klasik.

Selanjutnya, pada awal abad ke-20 ketika biokimia mulai berkembang sebagai
cabang ilmu pengetahuan baru, para ahli genetika tertarik untuk mengetahui lebih dalam
tentang hakekat materi genetik, khususnya mengenai sifat biokimianya. Pada tahun 1920-
an, dan kemudian tahun 1940-an, terungkap bahwa senyawa kimia materi genetika adalah
asam dioksiribonekleat (DNA). Dengan ditemukannya model struktur molekul DNA pada

3
 tahun1953 oleh J.D.Watson dan F.H.C. Crick dimulailah era genetika yang baru, yaitu
genetika molekuler.

Perkembangan penelitian genetika molekuler terjadi demikian pesatnya. Jika ilmu

pengetahuan pada umumnya mengalami perkembangan dua kali lipat (doubling time)
dalam satu dasa warsa, maka hal pada genetika molekuler hanyalah dua tahun. Bahkan,
perkembangan yang lebih revolusioner dapat disaksikan semenjak tahun 1970-an, yaitu
pada saat dikenalnya teknologi manipulasi molekul DNA atau teknologi DNA rekombinan
atau dengan istilah yang lebih populer disebut Rekayasa Genetika.

Saat ini sudah menjadi berita biasa apabila organisme- organisme seperti domba,
babi dan kera, didapatkan melalui teknik rekayasa genetika yang disebut kloning .
sementara itu, pada manusia telah di lakukan pemetaan seluruh genom atau dikenal sebagai
proyek genom manusia (human genom project), yang diluncurkan pada tahun 1990 dan
diharapkan selesai pada tahun 2005. ternyata pelaksaan proyek ini berjalan justru lebih
cepat dua tahun dari pada jadwal yang telah ditentukan.

B. RUMUSAN MASALAH
1. Apa Saja Ikatan kimia Pada Materi Genetika?
2. Bagaimana Enzim Yang Berperan Dalam Manipulasi Genetika?
3. Bagaimana Proses Pembentukan DNA Rekombinan?

C. TUJUAN
1. Mampu Menjelaskan Ikatan Kimia Pada Materi Genetika
2. Mampu Menjelaskan Enzim Yang Berperan Dalam Manipulasi Genetika
3. Mamapu Menjelaskan Proses Pembentukan DNA Rekombinan

4
 BAB II
PEMBAHASAN

A. IKATAN KIMIA PADA MATERI GENETIKA

Materi genetik adalah unit pewarisan sifat bagi makhluk hidup. Makhluk hidup
tidak ada yang identik bukan? Hal ini diakibatkan karena makhluk hidup mempunyai
materi genetik yang berbeda-beda. Materi genetik berada pada seluruh tubuh, pada setiap
sel, setiap sel mengandung kromosom yang terdiri dari uraian gen. Gen adalah unit
pewarisan sifat bagi organisme makhluk hidup. Gen mempunyai dua fungsi, yaitu sebagai
informasi genetik yang dibawa oleh setiap individu ke keturunannya dan sebagai pengatur
metabolisme untuk perkembangan setiap mahkluk hidup. Dalam gen inilah terdapat materi
genetik yaitu DNA dan RNA.

a. DNA (Deoxyribonucleic Acid)

DNA merupakan asam nukleat yang menyusun gen di dalam inti sel. Selain
itu DNA juga terdapat dalam mitrokondria, kloroplas, sentrol, plastid dan
sitoplasma. DNA merupakan materi genetik yang membawa informasi biologis dari
setiap makhluk hidup dan beberapa virus. DNA dibawa oleh setiap individu ke
keturunannya.

Struktur DNA

5
 Struktur DNA terdiri dari suatu molekul besar kompleks dengan dua pita panjang
saling berpilin membentuk heliks ganda. Setiap DNA terbentuk dari ratusan hingga ribuan
polimer nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari:

 Gula pentosa deoksiribosa atau 2-deoksiribosa (H−(C=O)−(CH2)−(CHOH)3−H)

 Gugus fosfat  atau Ostorifosfat (PO43-)

 Basa nitrogen atau nukleobasa

Ikatan Kimia pada Rantai DNA

Seperti namanya, DNA tersusun atas beberapa ikatan rantai kimia. Ikatan

kimia ini menyambungkan antara gugus fosfat, basa, dan gula dalam susunan DNA.

a. Ikatan fosfodiester, yaitu ikatan kimia antara gugus fosfat dari satu nukelotida dan gula
dari nukleotida berikutnya.
b. Ikatan hidrogen,  yaitu ikatan kimia antarpasangan basa nitrogen.

c. Ikatan antara gula deoksiribosa dan basa nitrogen:

 Deoksiadenosin monofosfat (dAMP): antara gula deoksiribosa dan basa adenin.

 Deoksiguanin monofosfat (dGMP): antara gula deoksiribosa dan basa guanin.

 Deoksisistidin monofosfat (dCMP): antara gula deoksiribosa dan basa sitosin.

 Deoksitimidin monofosfat (dTMP): antara gula deoksiribosa dan basa timin.

b. RNA (Ribonucleid Acid)

RNA adalah makromolekul polinukleotida berupa rantai tunggal atau

ganda yang tidak berpilin seperti halnya DNA. RNA banyak terdapat pada
ribosom atau sitoplasma dan keberadaannya tidak tetap karena mudah terurai dan
harus dibentuk kembali.

6
7
 Berbeda dengan DNA, RNA merupakan rantai tunggal polinukleotida. Tiap
ribonukleotida terdiri dari 3 gugus molekul, yaitu gula 5 karbon (ribosa), gugus fosfat,
membentuk punggung RNA bersama ribosa, basa nitrogen, yang terdiri dari basa purin
yang sama dengan DNA sedangkan pirimidin berbeda, yaitu sitosin dan urasil, dan gugus
fosfat.

Fungsi RNA

RNA berperan dalam proses sintesis protein di dalam sel. Akan tetapi, pada
beberapa jenis virus, RNA berperan seperti DNA untuk membawa informasi genetik.

Macam-Macam RNA

 RNA genetik,  yaitu RNA yang berperan seperti DNA dalam membawa informasi
genetik. RNA tipe ini hanya ada dalam beberapa jenis virus.

8
  RNA nongenetik,  yaitu RNA yang hanya berperan dalam proses sintesis protein.
RNA tipe ini ada dalam organisme yang memiliki DNA. Ada tiga macam RNA
nongenetik, yaitu:

 RNA duta (mRNA), rantai tunggal panjang yang tersusun atas ratusan

nukleotida. RNA ini terbentuk melalui proses transkripsi di dalam inti sel
oleh DNA. Fungsi dari mRNA adalah sebagai pembawa kode genetik
(kodon) dari inti sel ke sitoplasma.

 RNA pemindah (tRNA), rantai tunggal pendek yang dibentuk DNA di

dalam inti sel kemudian diangkut ke sitoplasma. Fungsi dari tRNA adalah
sebagai penerjemah kodon dari mRNA dan pengangkut asam-asam amino
dari sitoplasma ke ribosom.

 RNA ribosom (rRNA) memiliki rantai tunggal, tidak bercabang, serta

fleksibel pada ribosom yang dibentuk DNA di dalam inti sel. Jumlahnya
lebih banyak daripada mRNA ataupun tRNA. Fungsi dari rRNA adalah
sebagai mesin perakit polipeptida pada sintesis protein.

Perbedaan DNA dan RNA

Perbedaan DNA RNA

rantai panjang , ganda, dan berpilin rantai pendek, tunggal, dan
Bentuk (double heliks) tidak berpilin
Mengendalikan faktor keturunan dan
sebagai materi genetik (bahan baku) Mengendalikan sintesis
Fungsi untuk sintesis protein sintesis protein. protein
Berada dalam nukleus,
Berada dalam nukleus, kloroplas, sitoplasma, kloroplas,
Letak mitokondria mitokondria
Komponen Gula Deoksiribosa Ribosa
Ukuran Panjang Pendek
Jenis Basa Purin (adenin dan guanin) gugus Purin (adenin dan guanin) dan

9
 fosfat. dan Pirimidin (sitosin dan
Nitrogen timin) Pirimidin (sitosin dan urasil)
Berubah-ubah sesuai sesuai
Tetap, tidak dipengaruhi oleh aktivitas dengan jumlah sintesis
Kadar sintesis protein. protein yang dibutuhkan.
Periode pendek karena mudah
Keberadaannya Permanen. terurai.

B. ENZIM YANG BERPERAN DALAM MANIPULASI GENETIKA

Adapun perangkat yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya

enzim restriksi untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung
DNA, vektor untuk menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup dimana vektor
yang sering digunakan diantarnya plasmid dan bakteriofag, pustaka genom untuk
menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan, serta enzim transkripsi
balik untuk membuat DNA berdasarkan RNA (cDNA).

a. Enzim Restriksi

Enzim restriksi merupakan enzim yang memotong molekul DNA. Karena

enzim ini memotong di bagian dalam molekul DNA, maka enzim ini juga
dinamakan endonuklease restriksi. Enzim ini memotong (menghidrolisis) DNA pada
rangka gula-fosfat tepatnya pada ikatan fosfodiester. Enzim restrik si akan mengenali
dan memotong DNA hanya pada urutan nukleotida tertentu, biasanya sepanjang 4
hingga 6 pasang basa.

 Enzim restriksi memiliki beberapa karakteristik, diantaranya:

1. Enzim restriksi mengenali urutan nukleotida spesifik.

2.  Enzim restriksi memotong ikatan fosfodiester diantara basa spesifik, satu
di setiap helai DNA.
3. Hasil dari masing-masing reaksi tersebut yakni dua buah fragmen DNA
untai ganda.

10
 4. Enzim restriksi tidak membeda-bedakan antara DNA yang berasal dari
organisme yang berbeda
5. Sebagian besar enzim restriksi akan memotong DNA yang mengandung
urutan pengenalan mereka, tidak mempermasalahkan sumber DNA
tersebut.
6.  Enzim restriksi merupakan bagian alami dari sistem pertahanan bakteri.

Enzim retriksi disebut juga endonuklease. Enzim-enzim ini memotong rantai

ganda DNA pada tempat-tempat tertentu. Cara kerja enzim restriksi adalah dengan
mengenal sekuens (urutan basa) tertentu pada DNA, kemudian baru melakukan
pemotongan.

Ada tiga golongan enzim restriksi yang telah diketahui, yaitu enzim restriksi
golongan I, golongan II, dan golongan III. Enzim restriksi golongan I bekerja dengan
mengenal sekuens tertentu pada DNA, tetapi melakukan pemotongan di luar (di sekitar)
sekuens pengenal tersebut. Enzim restriksi yang berguna pada prosedur kloning DNA
adalah enzim restriksi dari golongan II karena golongan ini memotong DNA pada posisi
yang tertentu di dalam sekuens pengenal tadi.Enzim restriksi golongan tiga memiliki cara
kerja yang mirip dengan golongan I, dimana pemotongan yang tidak spesifik dilakukan di
sekitar sekuens pengenalnya.

Nama dari suatu enzim restriksi biasanya diambil dari nama bakteri asal enzim
tersebut diisolasi.Bakteria umumnya mensintesis satu atau lebih endonuklease yang dapat
memotong DNA.Endonuklease atau enzim restriksi ini berfungsi terutama mengahalangi
adanya DNA-DNA asing yang masuk ke dalam sel bakteri tersebut. DNA dari sel yang
mensintesis enzim restriksi itu sendiri terlindungi dari aksi enzim restriksinya karena sel
tersebut juga mensintesis enzim modifikasi yang merubah struktur dari sekuens pengenal
enzim restriksi tadi.

b. Enzim DNA Ligase

DNA ligase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan

fosfodiester antara ujung 5’-fosfat dan 3’-hidroksil pada DNA saat terjadinya replikasi

11
 DNA, rekombinasi dan kerusakan. Sacara biologis, DNA ligase diperlukan untuk
menggabungkan fragmen okazaki saat proses replikasi, menyambung potongan-
potongan DNA yang baru disintesis serta berperan dalam proses reparasi DNA. DNA
ligase merupakan enzim yang sangat berguna baik di dalam sel maupun di luar sel.
Untuk penggunaan di luar sel , penggabungan dengan enzim restriksi telah membuat
terobosan baru  di bidang teknologi DNA rekombinan. Enzim restriksi diibaratkan
sebagai gunting yang memungkinkan untuk memotong DNA di tempat yang spesifik.
Kemudian DNA ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah
terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional.

c. Vektor

Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di luar sel, para ilmuwan
dalam bioteknologi harus bisa membuat suatu tempat yang keadaannya stabil dan
cocok dengan tempat DNA yang dimanipulasi. Vektor disini bisa diartikan sebagai alat
yang membawa DNA ke dalam sel induk barunya. Agar suatu metode dalam rekayasa
genetika berhasil maka di dalam vektor DNA hasil rekombinan hanya membawa DNA
rekombinan yang digabungkan dengan DNA vektor melalui enzim ligase. Namun di
dalam vektor, DNA rekombinan tidak termutasi lagi membentuk DNA dengan sifat
baru. Adapun contoh dari vektor  yang terdapat di alam adalah plasmid dan virus
atau bacteriophage.

1.  Plasmid

Plasmid adalah molekul DNA yang terpisah dan dapat bereplikasi secara
independen dari DNA kromosom. Di dalam satu sel bakteri, dapat ditemukan lebih
dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak
mengkodekan fungsi yang penting untuk pertumbuhan sel tersebut. Umumnya,
plasmid mengkodekan gen-gen yang diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan
yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali normal, DNA
plasmid dapat dibuang. Istilah ini pertama kali diperkenalkan oleh ahli biologi
molekuler Amerika Yosua Lederberg pada tahun 1952.

12
 Pada awalnya penamaan plasmid didasarkan pada sifat fenotipe yang
dikodekan oleh DNA plasmid tersebut. Contohnya plasmid ColE1 yang berasal
dari E. coli dapat menyandikan bakteriocin colicin. Banyaknya laboratorium ataupun
institusi yang membuat plasmid kloning membuat sistem penamaan tersebut berubah.
Untuk standardisasi penulisan plasmid, digunakan huruf "p" yang diikuti oleh inisial
huruf kapital dan angka. Huruf kapital diambil dari nama institusi atau laboratorium
tempat plasmid tersebut berasal ataupun dari nama penemu plasmid tersebut.
Sedangkan angka yang ada merupakan kode antara dua laboratorium tempat plasmid
tersebut dibuat. Contohnya: pBR322, "p" menyatakan plasmid, BR merupakan
laboratorium tempat plasmid tersebut pertama kali dikonstruksi (BR dari Bolivar dan
Rodriguez, perancang plasmid tersebut), sedangkan 322 menyatakan di laboratorium
mana plasmid ini dibuat, banyak pBR lainnya seperti pBR325, pBR327, dll.

Plasmid berfungsi sebagai alat penting dalam laboratorium genetika dan

bioteknologi, di mana mereka umumnya digunakan untuk memperbanyak (membuat
banyak salinan) atau mengekspresikan gen tertentu. Plasmid banyak tersedia secara
komersial untuk penggunaan tersebut. Gen dapat direplikasi dimasukkan ke salinan
gen yang mengandung plasmid yang membuat sel-sel resisten terhadap antibiotik
tertentu dan situs kloning ganda (MCS, atau polylinker), yang merupakan daerah
pendek yang mengandung situs restriksi beberapa yang umum digunakan
memungkinkan penyisipan DNA mudah fragmen di lokasi tersebut. Selanjutnya,
dimasukkan ke dalam plasmid bakteri dengan proses yang disebut transformasi.
Kemudian, bakteri yang terkena antibiotik tertentu. Hanya bakteri yang mengambil
salinan plasmid bertahan hidup, karena plasmid membuat mereka bertahan. Secara
khusus, gen melindungi diekspresikan (digunakan untuk membuat protein) dan
protein diekspresikan memecah antibiotik. Dengan cara ini, antibiotik bertindak
sebagai filter untuk bakteri yang dimodifikasi. Kemudian bakteri tersebut dapat
tumbuh dalam jumlah besar, dipanen, dan segaris (sering menggunakan metode lisis
alkali) untuk mengisolasi plasmid.

2. Bacteriophage

13
 Salah satu vektor yang banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan
adalah bacteriophage atau faga yaitu virus yang menginfeksi bakteri. Seperti halnya
virus, fage harus menginfeksi bakteri yang menjadi inangnya. Setelah jumlahnya
mencukupi, fage akan melisis sel inang dan dapat menghasilkan banyak fage untuk
setiap sel bakteri yang mengalami lisis. Oleh karena itu jumlah fage menjadi sangat
besar bila yang mengalami lisis adalah kumpulan bakteri (koloni). Oleh karena itu
vektor yang berupa bacteriophage sangat menguntungkan jika DNA yang disisipkan
ingin diperbanyak dalam jumlah besar. Kontruksi pustaka genom juga banyak
menggunakan fage sebagai vektornya. Selain kemampuan membawa DNA sisipan
lebih besar dari plasmid, penyimpanan fage relatif lebih mudah dibandingkan dengan
bakteri. Penggunaan fage sebagai vektor juga menguntungkan dalam proses
penapisan untuk mengisolasi suatu gen atau DNA, karena rasio copy DNA atau gen
target terhadap genom total fage jauh lebih tinggi daripada rasio copy DNA terhadap
genom total bakteri bilamana menggunakan plasmid sebagai vektornua. Selain itu
proses purifikasi, denaturasi dan fiksasi DNA di membrane pada saat persiapan
hibridisasi dalam rangka penapisan DNA target, lebih mudah pada fage yang
menginfeksi bakteri sehingga membentuk plak (plaque) daripada koloni bakteri yang
mengandung plasmid.

d. Enzim Transkriptase Balik

Enzim transkriptase-balik adalah enzim yang secara alami digunakan
oleh  Retrovirus untuk membuat copy DNA berdasarkan RNA-nya. Enzim
transkriptase balik ditemukan oleh  Howard Temin dan David Baltimore secara
terpisah pada tahun 1970 tidak lama setelah penemuan  enzim restriksi. Enzim
transkriptase balik ini kemudian digunakan untuk mengkonstruksi copy DNA  yang
disebut cDNA (complementary DNA) dengan menggunakan mRNA sebagai
cetakannya. Tujuan mengkonversi mRNA menjadi cDNA adalah karena DNA sifatnya
lebih stabil dari pada RNA. Setelah dikonversi, untai cDNA tersebut dapat digunakan

14
 untuk PCR, sebagai probe untuk analisis ekspresi dan untuk perbanyakan/ cloning
sekuen mRNA. Jika seorang peneliti ingin mengekspresikan suatu protein spesifik
dalam sel yang tidak lazim memproduksi protein tersebut, satu cara sederhana adalah
dengan mentransfer cDNA yang mengkode protein tersebut ke sel resipien.

Saat ini, enzim transkriptase balik sudah diproduksi secara komersial.

Ketersediaan enzim  transkriptase-balik ini telah memberikan kemudahan bagi para
peneliti untuk mempelajari gen yang  bertanggung-jawab terhadap sifat-sifat tertentu.

e.  Pustaka Genom

Pustaka genom merupakan sekumpulan sekuens (urutan) DNA dari suatu

organisme yang masing-masing telah diklon ke dalam vektor tertentu untuk
memudahkan pemurnian, penyimpanan, dan analisisnya. Pada dasarnya terdapat dua
macam perpustakaan gen yang dapat dikonstruksi, bergantung kepada sumber DNA
digunakan. Jika DNA yang digunakan adalah DNA genomik/kromosom, maka
perpustakaan yang dihasilkan disebut perpustakaan genom. Sementara itu, jika DNA
yang digunakan merupakan hasil transkripsi balik suatu populasi mRNA seperti yang
umum dijumpai pada eukariot, maka perpustakaan yang diperoleh dinamakan
perpustakaan cDNA.

C. PROSES PEMBENTUKAN DNA REKOMBINIAN

Teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa teknik diantaranya adalah teknik

mengisolasi DNA, memotong DNA, menggabung/ menyambung DNA serta teknik
memasukkan DNA ke dalam sel hidup sehingga DNA rekombinan dapat bereplikasi dan
dapat diekspresikan. Adapun langkah – langkah pembuatan DNA rekombinan menurut
Moeljopawiro adalah sebagai berikut:

1. Isolasi sumber DNA

15
 Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses pemisahan fragmen
DNA target dari campuran fragmen-fragmen DNA pengotornya. Hal ini penting
dalam rekayasa genetik karena fragmen tersebut dapat digunakan untuk pelacak
dalam mendeteksi gen DNA lain dan dapat dicangkokkan ke fragmen DNA
lainnya. Fragmen DNA yang tidak tercampur dengan fragmen DNA lainnya
diperoleh melalui beberapa tahap.

Tahap pertama adalah pemisahan fragmen yang ingin diisolasi dari

fragmen lainnya dengan pemotongan menggunakan enzim restriksi atau hasil PCR,
yang dilanjutkan dengan elektroforesis menggunakan gel agarose. Tahap
selanjutnya adalah mendeteksi fragmen yang akan diisolasi dan memotong gel
agarose yang mengandung fragment tersebut. Tahap terakhir adalah mengisolasi
fragmen DNA dari gel agarose dengan cara melewatkannya pada membran Hybon
N netral dan memberi larutan buffer elusi yang berisi Tris buffer dan Sodium
Dodesil Sulfat.

2. Pemotongan Gen

Restriksi plasmid merupakan proses pemotongan fragmen DNA pada situs

tertentu sesuai yang diinginkan dengan menggunakan enzim restriksi. Molekul
DNA rekombinan tidak dapat dibuat dengan mudah tanpa adanya dua jenis enzim,
yaitu: enzim restriksi endonuklease yang berperan sebagai “gunting” untuk
memotong DNA pada situs spesifik. Setiap enzim restriksi mengenali urutan
spesifik dan memotong hanya di tempat-tempat tertentu dari urutan basa tersebut.
Enzim restriksi memotong DNA double strands dengan memutus ikatan kovalen di
antara phosphat dari satu deoksiribonukleotida dengan gula dari
deoksiribonukleotida yang berbatasan dengannya.

Terdapat dua tipe hasil pemotongan, ujung rata (blunt end) dan ujung
kohesif (sticky end). Ujung rata (blunt end) dihasilkan ketika dua utas molekul
dipotong pada posisi yang sama, bagian akhirnya rata dan tidak ada nukleotida
yang tidak berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika setiap
molekul DNA dipotong pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu utas (5’

16
 atau 3’) menggantung dengan beberapa nukleotida. Akhiran single strand yang
tidak rata ini dapat berpasangan secara spontan dengan basa pasangannya sehingga
disebut “sticky” (mudah lengket) atau kohesif.

3. Penggabungan Gen

Ligasi adalah proses penyambungan antara satu fragmen DNA dengan

fragmen DNA lainnya. Di dalam pengklonan gen, DNA insert disambungkan
dengan vector pengklonan. Terdapat beberapa jenis vector, diantaranya vector
untuk bakteri adalah plasmid, phage dan cosmid, serta beberapa vector lain yang
digunakan untuk organisme selain bakteri, yaitu Yeast Artificial Chromosomes
(YAC), Bacterial Artificial Chromosomes (BAC), Plant Cloning Vectors dan
Mammalian Cell Vectors (Barnum, 2005).

Faktor yang sangat berperan dalam proses ligasi adalah Enzim Ligase.
Ligasi berhasil bila kedua ujung yang akan disambungkan berkomplemen.
Kecocokan yang sangat spesifik dibutuhkan bila fragmen DNA yang akan
disambungkan mempunyai ujung tidak rata (sticky end), karena penyambungannya
harus mengikuti kaidah Chargaff, yaitu T berpasangan dengan A dan G
berpasangan dengan C. Sedangkan fragmen DNA yang mempunyai ujung rata
(blunt end) dapat disambungkan dengan sembarang fragmen DNA lain yang
berujung rata. Oleh karena itu untuk mengklon suatu fragmen DNA yang spesifik
menggunakan ujung tidak rata sedangkan pengklonan DNA yang tidak
memerlukan spesifikasi tertentu menggunakan ujung rata (Suharsono, 2000).

4. Penyisipan Gen ke dalam Bakteri

Penyisipan gen dapat dilakukan melalui dua cara yaitu:

a. Konjugasi : perpindahan DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri lainnya
(sel resipien) melalui kontak fisik antara kedua sel
b. Transformasi : pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya.
c. Transduksi : cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam sel lainnya melalui

17
perantara fage.

DNA yang masuk ke dalam bakteri dapat berintegrasi dengan DNA atau
kromosom bakteri sehingga terbentuk DNA rekombinan atau kromosom rekombinan.
Adapun proses rekombinasi DNA dari pemotongan hingga penggabungan seperti yang
ditampilkan pada gambar berikut:

5. Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target

Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target / Sel Hidup dapat dilakukan

dengan tiga cara yaitu:

 Transformasi : pengambilan DNA rekombinan dari lingkungan di

sekelilingnya.

 DNA-packaging : memasukkan molekul DNA-phage ke dalam partikel phage.

 Minkroinjection : memakai jarum super kecil untuk menginjekasikan DNA

rekombinan langsung ke inti sel yang ditransformasi.

Adapun proses pemasukan DNA rekombinan ke dalam sel target, misalnya

pada tumbuhan dapat ditampilkan seperti gambar berikut:

18
 BAB III

PENUTUP

A. KESIMPULAN

Rekayasa genetika merupakan penerapan teknik-teknik genetika molekuler untuk

mengubah susunan genetik dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik

19
yang diarahkan pada kemanfaatan tertentu. Dasar dari pengembangan teknologi DNA
Rekombinan adalah ditemukannya mekanisme seksual pada bakteri. Perangkat yang
digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya enzim restriksi, enzim ligase,
vektor, pustaka genom, serta enzim transkripsi balik

Adapun perangkat yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya

enzim restriksi  untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung
DNA, vektor untuk menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup dimana
vektor yang sering digunakan diantarnya plasmid dan bakteriofag, pustaka genom untuk
menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan, serta enzim transkripsi
balik untuk membuat DNA berdasarkan RNA (cDNA).  

DAFTAR PUSTAKA

Sumber diambil dari buku referensi, www.google.com/ , dan pengetahuan pengarang.

Suharsono dan Egi Nuryadin. (2018). Biologi Sel. Tasikmalaya: LPPM Universitas

Siliwangi.

Suryo. (2008). Genetika Manusia. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.

20
 Agorsiloku. 2010. Dampak Penggunaan Hasil Rekayasa Genetika. http://www.
agorsiloku.wordpress.com
Amarullah, Zakky. 2010. Rekayasa Genetika. http://senyawa-kimia.blogspot.com
Anonym. 2013. Kelinci Transgenik: Kelinci Glow in The Dark http://www.
penulispro.com/ Arvinni. 2010. Rekayasa genetika
http://www.maribelajar.blogspot.com/ diakses pada

21