Mekanisme kerjanya berdasarkan antagonisme saingan (kompetitif). Kuman
membtuhkan PABA (p-asam amino benzoic acid) untuk membentuk asam folat (THFA). Asam folat digunakan untuk sintesis purin dan DNA/RNA.
Sulfonamida menyaingi PABA dengan menghambat/mengikat enzim
dihidropteroat sintase (DHPS) sehingga menghambat pembentukan asam folat.
Sulfonamida menyebabkan bakteri keliru menggunakannya sebagai
pembentuk asam folat. Sintesis Asam folat, purin dan DNA/RNA gagal sehingga pertumbuhan bakteri terhambat.
Sulfonamida bekerja dengan cara mengganggu pembentukan asam folat pada
bakteri. Asam folat merupakan nutrisi yang dibutuhkan bakteri untuk membentuk asam nukleat, DNA, dan RNA, agar bakteri dapat berkembang biak. Jika proses pembentukan asam folat terganggu, bakteri tidak bisa berkembang biak.
Tokksisitas selektif sulfonamida terjadi karena sel-sel mamalia mengambil
asam folat yang didapat dalam makanan sedangkan bakteri kekurangan kemampuan ini dan harus mensintesis asam folat.
Kombinasi sulfonamida dan trimetoprim (suatu 2,4-diamino pyrimidine) akan
menguatkan efek antibakteri. Kombinasi ini menyebabkan penghambatan ganda pada pembentukan asam folat.
bersifat toksisitas selektif karena afinitasnya terhadap enzim DHFR bakteri 50.000 kali lebih besar daripada afinitasnya terhadap enzim DHFR manusia. Adanya darah, nanah, dan jaringan nekrotik dapat menyebabkan efek antibakteri berkurang karena kebutuhan asam folat bakteri sudah terpenuhi dalam media yang mengandung basa purin. Trimethoprim bekerja dengan cara menghentikan pertumbuhan bakteri penyebab infeksi. Dalam meningkatkan efektivitas, trimethoprim biasanya dikombinasikan dengan sulfamethoxazole.