TUGAS GENETIKA

Nama : Yohana Hendrika Vidya Bria

NIM : 607342412074
Offering : KM

TRANSKRIPSI

Transkripsi (dari bahasa Inggris: transcription) adalah proses penyalinan kode-

kode genetika yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah
bagian dari rangkaian ekspresi genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe.
Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul DNA digunakan sebagai cetakan
untuk sintesis molekul RNA yang komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam
proses transkripsi pada garis besarnya dapat dibedakan menjadi 3 kelompok molekul
RNA, yaitu : mRNA (messenger RNA), tRNA(transfer RNA), dan rRNA (ribosomal
RNA).

Proses

Transkripsi berlangsung di dalam inti sel (nukleus) atau di dalam matriks pada
mitokondria dan plastida. Proses transkripsi adalah proses sintesa RNA dari template
DNA, bedanya basa RNA adalah Urasil (U) sebagai gantinya timin (T). Jadi bila dalam
untai DNA A maka hasil transkripsinya adalah U dan bila pada DNA T, maka pada RNA
menjadi A, bila pada DNA C maka hasil transkripsi pada RNA adalah G dan sebaliknya.
Contoh untai DNA AAACCGGCAAAA maka untai molekul RNA hasil transkripsi
adalah RNA UUUGGCCGUUUURNA adalah untai tunggal, komplementernya DNA.
RNA adalah pembawa pesan DNA urutan basa pada RNA dibaca tiga-tiga disebut kodon,
mendiktekan jenis asam amino yang dikode pada tahap translasi. Jadi informasi genetik
ditulis sebagai kodon dan ditranslasikan ke dalam rangkaian (urutan) asam aminoEnzim
untuk mentranskripsi DNA menjadi RNA disebut RNA polymerase.

Proses transkripsi dimulai ketika enzim RNA polimerase berkontak dengan

protein pada DNA yang disebut promotor. Setelah tahap transkripsi dimulai dari proses
yang disebut inisiasi, yaitu ketika enzim RNA polimerase bergabung dengan
promotor.Pada tiap gen, promotor hanya mengkode untuk mentranskripsi satu untai DNA
saja. Bagian yang ditranskripsi berbeda antara satu gen dengan gen lainnya. Tahap
transkripsi berikutnya adalah pemanjangan RNA, RNA terpisah atau menjauh dari DNA
templatenya, sehingga kedua untai DNA dapat bergabung lagi, dilanjutkan dengan tahap
ketiga.Tahap ketiga transkripsi adalah terminasi, yaitu ketika RNA polimerase mencapai
urutan basa tertentu yang disebut terminator.

Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA, yaitu yang pertama adalah RNA
yang mengkode urutan asam amino, disebut RNA pembawa atau mesenger disingkat
mRNA, dan dua jenis RNA, yaitu transfer RNA disingkat tRNA sebagai molekul
penerjemah dan ribosom disingkat rRNA yang menyediakan diri sebagai tempat atau
pabrik pembuat protein, semuanya berperanan dalam proses translasi.mRNA yang
dihasilkan bukan hanya untai dari informasi genetik dari DNA, tetapi masing-masing
ujungnya diperpanjang dengan untai selain berita genetik pada proses transkripsi yang
diperlukan untuk proses translasi nantinya.Berita genetik ditranslasi dalam sitoplasma.
Pada prokariot semua transkripsi dan translasi terjadi dalam sitoplasma.

MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARYOT

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang

terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA
yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada
transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template),
tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA
strand/nontemplate strand). Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut
ini: 5’-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA pengkode

3’-TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5’ Untaian DNA cetakan

Transkripsi

5’-AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA UUU -3’ RNA hasil transkripsi
 Perlu diingat bahwa pada struktur RNA tidak ada nukleotida T (thymine), karena
struktur T digantikan oleh U (uracil). Nukleotida T dan U mempunyai cincin yang
serupa yaitu cincin pirimidin, tetapi pada basa T ada gugus metil (CH 3) pada atom C
nomor 5, sedangkan pada basa U tidak ada gugus metil.

Secara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa dengan transkripsi
pada eukaryot, meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua system
tersebut. Pada prokaryot, transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase
holoenzim pada bagian promoter suatu gen. pada awal penempelan, RNA polimerase
masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup
(closed promoter complex). Selanjutnya, RNA polimerase akan terikat secara kuat dan
ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka (membentuk struktur
open promoter complex). Pada prokaryot, RNA polimerase menempel secara langsung
pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain. Dalam
proses penempelan promoter tersebut, subunit σ berperan dalam menemukan bagian
promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel. Diduga, proses
pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim
tersebut secara tidak spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya, RNA polimerase akan
mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. Struktur khas
tersebut berupa suatu kelompok ikatan hydrogen anatara kedua untaian DNA pada posisi
-35 dan -10. kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan
mencapai 1.000 pasangan basa per detik.

Setelah RNA polimerase menempel pada promoter, subunit σ melepaskan diri

dari struktur holoenzim. Pelepasan subunit σ biasanya terjadi setelah terbentuk molekul
RNA sepanjang 8-9 nukleotida. RNA polimerase inti yang sudah menempel pada
promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. Ikatan ini sangat
penting dalam proses transkripsi selesai.

Inisiasi Transkripsi
 Tahapan proses inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah yaitu: (1) pembentukan
kompleks promoter tertutup, (2) pembentukan kompleks promoter terbuka, (3)
penggabungan beberapa nukleotida awal (sekiatar 10 nukleotida), dan (4) perubahan
konfirmasi RNA polimerase karena subunit σ dilepaskan dari kompleks holoenzim.
Subunit σ tersebut selanjutnya dapat digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi
selanjutnya. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA polimerase menempel biasanya
terjadi pada daerah sekitar -9 sampai +3 sehingga menjadi struktur untai tunggal. Bagian
DNA yang berkaitan dengan RNA polimerase membentuk suatu struktur gelembung
transkripsi (transcription bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang basa. Setelah
struktur promoter terbuka secara stabil, maka selanjutnya RNA polimerase melakukan
proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan sebagai
panduannya. Dalam proses transkripsi, nukleotida RNA digabungkan sehingga
membentuk transkrip RNA. Nukleotida pertama yang digabungkan hampir selalu berupa
molekul purin. Kajian pada 88 promoter menunjukkan bahwa 51% molekul RNA diawali
dengan basa A, 42% diawali dengan G, 5% diawali dengan C, dan 2% diawali dengan U.
pada awalnya basa-basa RNA yang digabungkan membentuk ikatan hidrogen dengan
basa DNA cetakan, sehingga jika urutan DNA cetakan adalah ATG, maka basa RNA
yang digabungkan adalah UAC.

Subunit σ mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak

mempercepat laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi merupakan prose
yang menentukan laju transkrpisi. Inisiasi transkripsi dapat dihambat oleh pemberian
antibiotic rifampisin, tetapi antibiotic ini tidak menghambat proses pemajangan
transkrip. Penelitian yang dilakukan oleh Alfred Heil dan Walter Zilig pada tahun 1970
membuktikan bahwa subunit RNA polimerase yang menentukan kepekaan atau
ketahanan terhadap antibiotik rifampisin adalah subunit β.

Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi, selanjutnya subunit σ terlepas dari enzim
inti dan dapat digunakan oleh enzim inti RNA polimerase yang lain.siklus subunit σ
tersebut pertama kali diungkapkan oleh Travers dan Burgess pada tahun 1969. Mereka
menunjukan bahwa jika transkripsi berlangsung pada kekuatan ionic yang rendah, maka
RNA polimerase inti tidak terlepas dari DNA cetakan pada ujung suatu gen. Hal ini
menyebabkan inisiasi transkrisi berhenti. Jika ke dalam sistem tersebut dimasukkan
RNA polimerase inti yang baru maka, transkripsi kemudian berjalan kembali. Keadaan
ini menunjukkan bahwa RNA polimerase inti yang baru tersebut kemudian bergabung
dengan subunit σ yang sebelumnya telah dilepaskan dari enzim RNA polimerase inti
lainnya.

Proses Pemanjangan Transkrip

Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hibrid

dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini
bersifat sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut akan
terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA
polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses pemanjangan
(elogation) untaian RNA. Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA sekitar
anatara 30 samapai 60 nukleotida perdetik, meskipun laju rata-ratanya dapat lebih rendah
dari nilai ini. Secara umum, berdasarkan atas nilai laju semacam ini, suatu gen yang
mengkode protein akan disalin menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun
demikian, laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0,1 nekleotida
perdetik) jika RNA polimerase melewati sisi jeda (pause site) yang biasanya mengandung
banyak basa GC. Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat oleh antibiotic
streptoligin. Kepekaan atau ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan oleh subunit
β pada RNA polimerase.

Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada

ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambah tersebut
bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Sebagai contoh,
jika nukleotida pada DNA cetakan adalah A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan
adalah U.

Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai
perubahan topologi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA polimerase
bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalananya. Dengan cara demikian maka
dapat dihindari terjadinya pelintiran pada stuktur DNA, tetapi untaian RNA hasil
transkripnya akan melintir sepanjang untaian DNA. Sebaliknya, hipotesis kedua
menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA
sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang
ditranskripsi harus mengalami puntiran. Untaian DNA yang ada di depan RNA
polymerase akan membuka sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan memutir
kembali untuk menutup.

Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi
sintesis RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu
dengan nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh
keberadaan subunit β pada RNA polimerase. Transkripsi akan berakir pada saat RNA
polimerase mencapai ujung gen yang disebut terminator. Pada bakteri E. coli ada dua
macam terminator yaitu: (1) terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho-
dependent terminator), dan (2) terminator yang tergantung pada protein rho(rho-
independent terminator).

Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tidak Tergantung pada Faktor Rho

Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus
melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan
nukleotida tertentu pada bagian terminator. Sinyal yang akan mengakhiri transkripsi
dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh daerah yang mengandung banyak urutan
GC yang dapat membentuk struktur batang dan lengkung (stem-and-loop) pada RNA
dengan panjang sekitar 20 basa di sebelah hulu dari ujung 3’ –OH dan diikuti oleh
rangkaian 4-8 residu uridin berurutan. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan
RNA polimerase berhenti dan merusak bagian 5’ dari hibrid RNA-DNA. Bagian sisa
hibrid RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan
dengan dA. Akibatnya ujung 3’ hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi
berakhir. Eksperimen yang dilakukan oleh Peggy Farnham dan Terry Platt menunjukkan
bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan factor rho mempunyai 2 ciri utama,
yaitu, (1) adanya rangkaian basa berulang-balik (inverted repeat) yang dapat membentuk
lengkungan, dan (2) adanya rangkaian basa T pada untaian DNA bukan cetakan
(nontemplate strand) sehingga membentuk pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang
menahan transkrip RNA pada untaian DNA cetakan. Pada waktu lengkungan RNA
terbentuk, maka RNA polimerase berhenti dan ikatan basa yang lemah menyebabkan
RNA yang baru terbentuk akan lepas.

Pengakhiran Transkripsi yang Tergantung pada Faktor Rho

Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini memerlukan protein ρ (rho).

Pengakhiran transkripsi yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah jeda yang
terletak pada jarak tertentu dari promoter. Dengan demikian jika ada daerah jeda yang
terletak di dekat promoter, maka daerah itu tidak dapat berfungsi sebagai daerah
pengakhiran transkripsi. Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan
berulang-balik yang dapat membentuk lengkungan (loop), tetapi tidak ada rangkaian basa
T seperti pada daerah terminator yang tidak melibatkan faktor rho. Faktor rho diduga ikut
teriakat pada transkip dan mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA
polimerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan
RNA. Selanjutnya, faktor rho menyebabkan destabilitasasi ikatan RNA-DNA sehingga
transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan.

MEKANISME TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK

Secara umum mekanisme pada eukariotik serupa dengan yang terjdi pada
prokariotik. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor
transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. Faktor
transkripsi dibedakan menjadi dua kelompok, yaitu (1) faktor transkripsi umum, dan (2)
faktor transkripsi yang khusus suatu gen. Faktor transkripsi umum mengarahkan
polimerase ke promoter. Penempelan RNA polimerase pada promoter oleh faktor
transkkripsi umum hanya menghasilkan transkripsi pada dasar (basal level). Pengaturan
transkripsi yang lebih spesifik dilakukan oleh faktor transkripsi yang khusus untuk suatu
gen. Meskipun demikian, proses penempelan tersebut sangat vital bagi keberlangsungan
proses transkripsi. Setelah faktor-faktor transkripsi yang umum dan polimerase
menempel pada promoter, selanjutnya akan terjadi pembentukan kompleks promoter
terbuka (open promoter complex). Transkripsi dimulai pada titik awal transkripsi (RNA
initiation site, RIS) yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan kodon awal ATG.

Pada eukariotik terdapat tiga kelas gen, yaitu gen kelas I, gen kelas II, dan gen
kelas III yang masing-masing dikatalisis oleh RNA polimerase dan faktor transkripsi
yang berbeda.

Proses transkripsi pada eukaryot

 Proses transkripsi secara umum

Perbedaan Transkripsi Pada Prokariot Dan Transkripsi Pada Eukariot

Transkripsi Pada Prokariot

1. Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter); bagian
struktural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm
mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’.
 Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah bagian gen
yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Bagian inilah yg
mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi.
Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg
berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator adalah
memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi.
Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu 1)
terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan 2)
diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.

2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac
(operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia
coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen
struktural.

3. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode

genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam
satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk
polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-masing polipeptida akan
ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama.

4. Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi
(ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino.
Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode
300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang
berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada
beberapa archaea tertentu.

5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah
promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan
eukariot)
6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai.

7. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan
cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC.
Molekul DNA yg ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan sebagai
cetakan, hanya salah satu untaiannya

8. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:

1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),

2) pemanjangan

3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Transkripsi pada eukariot

1. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg mengkode
18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I);
Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer
promoter) dan promoter utama. Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode
protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh
RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai
(initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir (downstream) yg
terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu
(upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5S rRNA dan bbrp
RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Sebagian
besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang

2. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen
struktural.
3. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya
mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam
rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida).

4. Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering dijumpai
meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron.

5. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada

prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor
transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter. RNA
polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter,
melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut faktor transkripsi
(transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu : (1) TF umum dan (2) TF yg khusus
untuk suatu gen. TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke promoter
adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ.

6. Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi berlangsung di dlm
sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan
translasi, yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi.

Pada fase ini, terjadi proses :

1). Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);

2). Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA);

3). Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA dan

4). Penyuntingan mRNA

7. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode

suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan spesifik (intron).
 TUGAS GENETIKA

Nama : Maria Angelina G. Koban

NIM : 607342412091
Offering : KM

TRANSKRIPSI

1. Bagaimana proses transkripsi yang berlangsung pada prokariotik? Jelaskan!

Jawaban :
Secara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa dengan transkripsi
pada eukaryot, meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua
system tersebut. Pada prokaryot, transkripsi dimulai dengan penempelan RNA
polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen. pada awal penempelan, RNA
polimerase masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam
keadaan tertutup (closed promoter complex). Selanjutnya, RNA polimerase akan
terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai
terbuka (membentuk struktur open promoter complex). Pada prokaryot, RNA
polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui
suatu ikatan dengan protein lain. Dalam proses penempelan promoter tersebut,
subunit σ berperan dalam menemukan bagian promoter suatu gen sehingga RNA
polimerase dapat menempel. Diduga, proses pengenalan suatu promoter oleh RNA
polimerase diawali dengan penempelan enzim tersebut secara tidak spesifik pada
molekul DNA. Selanjutnya, RNA polimerase akan mencari bagian DNA yang
mempunyai struktur khas suatu promoter. Struktur khas tersebut berupa suatu
kelompok ikatan hydrogen anatara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10.
kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan mencapai
1.000 pasangan basa per detik. Setelah RNA polimerase menempel pada promoter,
subunit σ melepaskan diri dari struktur holoenzim. Pelepasan subunit σ biasanya
terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. RNA polimerase
 inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga
tidak lepas. Ikatan ini sangat penting dalam proses transkripsi selesai.

2. Jelaskan perbedaan transkripsi pada prokariotik dan eukariotik!

Jawaban :
Perbedaan transkripsi pada prokariotik dan eukariotik yaitu; pada prokariot, gen
terdiri atas 3 bagian utama, daerah pengendali (promoter), bagian struktural dan
terminator, gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon, contoh :
operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri
Escherichia coli), saat ditranskripsi operon lac menghasilkan satu mRNA yg
membawa kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA
polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian
kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda, ciri utama gen struktural pd prokariot
adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum
titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi
rangkaian asam amino, pada prokariot RNA polimerase menempel secara langsung
pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain, pada
prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya
sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai, urutan
nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan
cetakannya, tahapan transkripsi pada prokariot meliputi : inisiasi transkripsi
(terbentuk gelembung transkripsi), pemanjangan, terminasi (tergantung faktor rho dan
tidak tergantung faktor rho). Sedangkan pada eukariotik gennya dibedakan atas, gen
yang mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA
polimerase I); gen yg mengkode protein dan beberapa RNA berukuran kecil yg
terdapat di dalsm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II); dan gen-gen yg
mengkode tRNA, 5S rRNA dan beberapa RNA kecil yg ada di dlm nukleus
(ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Pada eukariotik tidak dikenal adanya sistim
operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. Gen pada
eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya mengkode
satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam rangkaian
 kodon untuk satu macam polipeptida). Pada gen struktural eukariot, keberadaan
intron merupakan hal yang sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot
mengandung intron. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai
mekanisme pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses
penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah
promoter. RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di
daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut
faktor transkripsi (transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu : (1) TF umum
dan (2) TF yg khusus untuk suatu gen. TF umum dalam mengarahkan RNA
polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ.
Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi berlangsung di dlm
sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan
translasi, yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi, pada fase ini terjadi proses
pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing); poliadenilasi (penambahan
gugus poli-A pada ujung 3’mRNA); penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA
dan penyuntingan mRNA. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara
sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak
mengkode urutan spesifik (intron).

3. Apa yang dimaksud dengan :

a) Promoter
b) Bagian struktural
c) Terminator
d) Operan
e) Sifat monosistronik
Jawaban :
a) Promoter adalah bagian gen yang berperan dalam mengendalikan proses
transkripsi dan terletak pada ujung 5’.
b) Bagian struktural adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir (downstream)
dari promoter.
 c) Terminator adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari bagian structural
yang berperan dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi.
d) Operan adalah organisasi beberapa gen structural yang ekspresinya dikendalikan
oleh satu promoter yang sama.
e) Sifat monosistronik adalah satu transkrip yang dihasilkan hanya mengkode satu
macam produk ekspresi.

TRANSLASI

1. Jelaskan perbedaan proses translasi pada prokariotik dan eukariotik dalam

hubungannya dengan proses transkripsi!
Jawaban :
Pada prokariotik, proses translasi dilakukan hampir serentak dengan proses
transkripsi, artinya sebelum transkripsi selesai maka proses translasi sudah dimulai.
Sebaliknya, pada eukariotik translasi baru dapat dilaksanakan jika proses transkripsi
sudah selesai.